Name: concentration of metabolites from low-density planktonic communities for environmental metabolomics using nuclear magnetic resonance spectroscopy
Uploaded: 2012-04-07T14:00:00
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この研究は、文部科学、技術、日本省から探索研究（JK）に挑戦するための科学研究費補助金、および科学研究（A）（JKとSM）によって部分的にサポートされていました。理研FPRフェローシップ（RCE）は、追加サポートを提供。著者は、博士に感謝の意を表明する。英資近山、NMRおよび統計分析と技術支援のための恭代​​関山と真美岡本。

1。溶出物を削除するフィルタの準備<ol><li> 25 mm径0.22μmの孔サイズデュラポアPVDF親水性フィルター（ミリポア社製）を使用します。ピンセットを使用してクリーン500ミリリットルパイレックスビーカー内のフィルタを配置します。蒸留水で3回プレリンス。あなたがお互いにくっつくのフィルターを防ぐために、リンスとしてよく渦。 300ミリリットルのMilli-Q（ミリポア社製）または同等の?...

<ol>
	<li>Bundy, J. G., Davey, M. P., Viant, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+metabolomics:+a+critical+review+and+future+perspectives.">Environmental metabolomics: a critical review and future perspectives.</a> Metabolomics. 5, 3-21 (2008).</li><li>Chikayama, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Statistical+indices+for+simultaneous+large-scale+metabolite+detections+for+a+single+NMR+spectrum.">Statistical indices for simultaneous large-scale metabolite detections for a single NMR spectrum.</a> Anal. Chem. 82, 1653-1658 (2010).</li><li>Lewis, I. A., Schommer, S. C., Markley, J. 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Biol. 358, 273-286 (2007).</li><li>Martin, F. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+top-down+systems+biology+view+of+microbiome-mammalian+metabolic+interactions+in+a+mouse+model.">A top-down systems biology view of microbiome-mammalian metabolic interactions in a mouse model.</a> Mol. Syst. Biol. 3, 112 (2007).</li><li>Mahrous, E. A., Lee, R. B., Lee, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+approach+to+lipid+profiling+of+mycobacteria+using+2D+HSQC+NMR+maps.">A rapid approach to lipid profiling of mycobacteria using 2D HSQC NMR maps.</a> J. Lipid Res. 49, 455-463 (2008).</li><li>Fukuda, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+and+characterization+of+bacterial+metabolic+dynamics+with+a+novel+profiling+technique,+real-time+metabolotyping.">Evaluation and characterization of bacterial metabolic dynamics with a novel profiling technique, real-time metabolotyping.</a> PloS ONE. 4, e4893 (2009).</li><li>Date, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+monitoring+approach+for+metabolic+dynamics+in+microbial+ecosystems+using+stable-isotope-labeling+technologies.">New monitoring approach for metabolic dynamics in microbial ecosystems using stable-isotope-labeling technologies.</a> J. Biosci. Bioeng. 110, 87-93 (2010).</li><li>Nakanishi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+omics+approach+identifies+nutrition-mediated+microbial+interactions.">Dynamic omics approach identifies nutrition-mediated microbial interactions.</a> J. Proteome Res. 10, 824-836 (2011).</li><li>Falkowski, P., Barber, R., Smetacek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biogeochemical+controls+and+feedbacks+on+ocean+primary+production.">Biogeochemical controls and feedbacks on ocean primary production.</a> Science. 281, 200-207 (1998).</li><li>Viant, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolomics+of+aquatic+organisms:+the+new+'omics'+on+the+block.">Metabolomics of aquatic organisms: the new 'omics' on the block.</a> Mar. Ecol. Prog. Ser. 332, 301-306 (2007).</li><li>Sekiyama, Y., Chikayama, E., Kikuchi, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+semipolar+solvent+system+as+a+step+toward+heteronuclear+multidimensional+NMR-based+metabolomics+for+13C-labeled+bacteria,+plants,+and+animals.">Evaluation of a semipolar solvent system as a step toward heteronuclear multidimensional NMR-based metabolomics for 13C-labeled bacteria, plants, and animals.</a> Anal. Chem. 83, 719-726 (2011).</li><li>Delaglio, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NMRPipe:+A+multidimensional+spectral+processing+system+based+on+UNIX+pipes.">NMRPipe: A multidimensional spectral processing system based on UNIX pipes.</a> J. Biomol. 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Chem. 82, 1643-1652 (2011).</li></ol>

ここで示したろ過及び代謝物抽出法は、NMRメタボロミクスのために十分な量で収集する微生物プランクトンのバイオマスが可能になります。 KPIと1D 1 H NMRを用いて水性の水溶性代謝物の抽出のみが実証されていますが、他の抽出溶媒と分光の手法を使用することができます。一つの有用な例は、異種のサンプルから優れたNMRスペクトルを生成するために示され、常磁性イオンによる汚...

<table border="1"><tbody><tr><td> 試薬の名前 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td><td> コメント </td></tr><tr><td> 0.22μmの親水性デュラポアPVDFフィルター、25ミリメートル</td><td>ミリポア</td><td> GVWP02500 </td><td></td></tr><tr><td>微量分析フィルターホルダー、25ミリメートル、フリットガラスのサポート</td><td>ミリポア</td><td> XX1002500 </td><td></td></tr><tr><td> 3位マニホールド、47ミリメートル、ステンレス鋼</td><td>ミリポア</td><td> XX2504735 </td><td></td></tr><tr><td> KH 2 PO 4 </td><td>埼玉県和光市</td><td> 169から04245 </td><td></td></tr><tr><td> K 2 HPO 4 </td><td>埼玉県和光市</td><td> 164から04295 </td><td></td></tr><tr><td>重水、2 H&gt; 90％ </td><td> Campridge同位Laboratoties </td><td> DLM-4 </td><td></td<html> &gt; </tr><tr><td> DSS </td><td>フルカ</td><td> 92754 </td><td></td></tr><tr><td> Automill </td><td> Tokken </td><td> TK-AM4 </td><td>含まれているステンレス製の粉砕機</td></tr><tr><td>サーモ快適さ</td><td>エッペンドルフ</td><td> 5355 000.011 </td><td></td></tr><tr><td>断片化</td><td> Diagenodeの</td><td> UCD-200 </td><td></td></tr><tr><td>真空蒸発装置</td><td> EYELA </td><td> CVE-3100 </td><td></td></tr><tr><td> NMR </td><td>ブルカー</td><td> 5ミリメートル-TXIプローブを用いたDRX-500 </td><td></td></tr><tr><td>スペクトルビニングツール</td><td>独自に開発した</td><td> FT2DB </td><td> <a href="https://database.riken.jp/ecomics/">https://database.riken.jp/ecomics/</a> </td></tr><tr><td>代謝物のアノテーションツールとデータベース</td><td>独自に開発した</td><td> SpinAssign </td><td>= nmr_search &quot;&gt; http://prime.psc.riken.jp/?action=nmr_search </td></tr></tbody></table>

concentration of metabolites from low-density planktonic communities for environmental metabolomics using nuclear magnetic resonance spectroscopy

環境メタボロミクスは生物に対応し、生化学的なレベル1の環境と相互に作用する方法に新たな理解を推進している新興分野である。核磁気共鳴（NMR）分光法は、このような研究のためにかなりの約束で、ガスクロマトグラフィー - 質量分析（GC-MS）を含むいくつかの技術の一つです。 NMRの利点は、非標的分析に適した構造情報を提供し、スペクトルは個々の代謝物のスペクトル2,3の最近使用可能なデータベースに対して、定量的および統計的方法で照会することができますということです。さらに、NMRスペクトルデータは、互いに分類群の生理的応答と環境4,5,6のより包括的な理解を提供するために、他のオミクスレベル（例えばトランスクリプトミクス、ゲノミクス）からのデータと組み合わせることができます。しかし、NMRはAPにそれが難しく、他のメタボローム技術よりも感度が低いです。サンプル集団はそのような全体の組織、生体液または細胞培養物として明確に定義され、容易に抽出可能な情報源からの代謝物に比べて低い低密度及び代謝物濃度になります自然の微生物のシステムへのプライ。その結果、現在までに行われた微生物のいくつかの直接的な環境メタボローム研究はそのようなホスト·シンビオント·システムなどのカルチャベースまたは容易に定義されている高密度の生態系、安定同位体標識をすることができます腸内環境の共培養または操作建設に限られてきたさらに、NMR信号7,8,9,10,11,12を強化するために使用されます。 NMRに適した濃度で、環境の代謝物の濃度と回収を容易にする方法は、不足している。最近の関心は多くのエネルギーと物質の流れがプランクトンコミュニティ13,14によって媒介される水生環境内の生物の環境へのメタボロミクスに与えられているので、濃度のための方法を開発しましたるとろ過による浮遊微生物のシステムからの全コミュニティの代謝物の抽出。市販の親水性ポリ-1,1 - difluoroethene（PVDF）フィルタは、特別に完全にそうでなければ、その後の分析で汚染物質として現れることができる抽出物を除去するために扱われます。これらの処理のフィルタは、興味のある環境や実験サンプルをフィルタリングするために使用されています。湿潤試料材料を含むフィルターを凍結乾燥し、水、水溶性代謝物は、標準化されたリン酸カリウム抽出緩衝液2を使用して、従来のNMR分光法のために直接抽出されます。これらのメソッドから派生したデータは統計的に意味のあるパターンを識別するために分析、またはコミュニティと生態系の機能の包括的な理解のための他のオミクスレベルで統合することができます。

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Concentration of Metabolites from Low-density Planktonic Communities for Environmental Metabolomics using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy

微生物のプランクトンコミュニティからの代謝物抽出のための方法が示されています。コミュニティ全体のサンプリングが特別に用意されたフィルター上にろ過することにより達成される。凍結乾燥後、水性の水溶性代謝物が抽出されます。このアプローチは、自然または実験的な微生物群集のトランスオミクス研究への環境メタボロミクスの応用が可能になります。

核磁気共鳴分光法を用いた環境メタボロミクスのための低密度プランクトンコミュニティからの代謝物の濃度

Environmental metabolomics is an emerging field that is promoting new understanding in how organisms respond to and interact with the environment and each ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microbial Communities in Nature and Laboratory - Interview

自然と実験室での微生物群集 - インタビュー

In vitro Labeling of Human Embryonic Stem Cells for Magnetic Resonance Imaging

磁気共鳴イメージングのためのヒト胚性幹細胞のin vitroでラベリングの

Human embryonic stem cells (hESC) have demonstrated the ability to restore the injured myocardium. Magnetic resonance imaging (MRI) has emerged as one of ...

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

環境トランスクリプトミクスを使って海洋微生物群集からの遺伝子発現の分析

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Detection of Nitric Oxide and Superoxide Radical Anion by Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy from Cells using Spin Traps

一酸化窒素とスピントラップを使用して、細胞からの電子常磁性共鳴分光法によるスーパーオキシドアニオンラジカルの検出

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in ...

Preparation, Purification, and Characterization of Lanthanide Complexes for Use as Contrast Agents for Magnetic Resonance Imaging

磁気共鳴イメージングのための準備、精製、および造影剤として使用するための希土類錯体のキャラクタリゼーション

Polyaminopolycarboxylate-based ligands are commonly used to chelate lanthanide ions, and the resulting complexes are 
useful as contrast agents for ...

Quantifying Mixing using Magnetic Resonance Imaging

磁気共鳴イメージングを使用してミキシング定量化

Mixing is a unit operation that combines two or more components into a homogeneous mixture.  This work involves mixing two viscous liquid streams using an ...

Purification of Transcripts and Metabolites from Drosophila Heads

Purification of Transcripts and Metabolites from Drosophila Heads

転写産物および代謝物からの精製<em&gt;ショウジョウバエ</em&gt;ヘッド

For the last decade, we have tried to understand the molecular and cellular mechanisms of neuronal degeneration using Drosophila as a model organism. ...

Removal of Exogenous Materials from the Outer Portion of Frozen Cores to Investigate the Ancient Biological Communities Harbored Inside

古代生物群集抱いて内部を調査するための冷凍コアの外側部分からの外因性物質の除去

The cryosphere offers access to preserved organisms that persisted under past environmental conditions. In fact, these frozen materials could reflect ...

Experimental Protocol for Using Drosophila As an Invertebrate Model System for Toxicity Testing in the Laboratory

Experimental Protocol for Using Drosophila As an Invertebrate Model System for Toxicity Testing in the Laboratory

無脊椎動物モデル システムとしてショウジョウバエを使用して毒性を実験室でテストするための実験プロトコル

Emergent properties and external factors (population-level and ecosystem-level interactions, in particular) play important roles in mediating ...

Co-immunoprecipitation Assay Using Endogenous Nuclear Proteins from Cells Cultured Under Hypoxic Conditions

低酸素の条件の下で培養された細胞から内因性の核蛋白質を用いた Co 免疫沈降試験

Low oxygen levels (hypoxia) trigger a variety of adaptive responses with the Hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1) complex acting as a master regulator. ...