Amostras de proteínas visualização por microscopia eletrônica negativa mancha (EM) tornou-se um método de análise estrutural populares. É útil para a análise estrutural quantitativa, como cálculo de uma reconstrução 3D das moléculas em estudo, e também para a análise qualitativa da qualidade de preparações de proteína. Neste artigo apresentamos protocolos detalhados para preparar as grades EM, a coloração da amostra e visualizar a amostra em um microscópio eletrônico. Usuários novatos podem seguir estes protocolos facilmente e utilizar negativa mancha EM como um ensaio de rotina, além de outros ensaios bioquímicos, para avaliar as suas amostras de proteína.