Name: high-throughput saccharification assay for lignocellulosic materials
Uploaded: 2011-07-03T14:00:00
Duration: 11 min 39 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials at JoVE.com

Författarna vill tacka A Viksø-Nielsen (Novozymes) för gåvan av cellulolytic enzymer. Detta arbete har finansierats av FP7 FÖRNYADE och BBSRC projekt BB/G016178 och BB/G016194.

1. Beredning av proverna Vi arbetar normalt med härrör från antingen örtartade eller vedartade växter. Vid örtartade material vi odla växter till förfall, och efter frö utveckling vi samlar torra stammar gång åldrande är klar. Stjälkarna hackas i 4 mm segment och placeras i 2 ml injektionsflaskor med tre fräsning bollar. När det gäller vedartade material, proverna marken för att grovt sågspån med en kurs trä-fil och sedan placeras i en boll kvarn för vidare bearbetning. Proverna placeras i ett rack i slip / formatering station (Figur 1). Denna station finfördelar sekventiellt, blandar, och väger varje prov. Antalet repetitioner som behövs per prov fastställs genom att testa det malda materialet i en serie av preliminära experiment där den inneboende variationen för en viss partikelstorlek bestäms. De 2 ml injektionsflaskor är genomborrad i botten och material distribueras av vibrationer i flaskan över den valda bra. Den vibrerande armen styrs av en återkoppling från den balans som möjliggör exakt dosering av pulvret. Roboten doserar 4 mg / bra i en vanlig analys och 4 repetitioner behövs i de flesta fall. Detta gör att 20 växtprover / platta som skall analyseras. 2. Förbehandling När proverna är formaterade, är 96-brunnar hanteras av en automatiserad vätskehantering system (Figur 2). Här en mild förbehandling utförs på växtmaterial genom att tillsätta 350 mikroliter av syra eller alkaliska lösningar och värme plattan på en anpassad block. För att undvika avdunstning under analysen, är de 96 brunnar tätas med en silikon matt. Den temperatur och tid för förbehandling kan ändras beroende på det material som studeras. Den maximala temperaturen är dock 100 ° C. Ett alternativt förfarande för att testa hårdare förbehandlingar är att förbehandla de material off line och eliminera pretreatmet från processen. 3. Hydrolys <ol><li> Efter att materialet förbehandlas, avlägsnar roboten automatiskt förbehandling lösningen, och tvättar, alla brunnar, 5 gånger med 850 mikroliter 25 mM acetatbuffert. Den sköljningar utförs genom att lägga till buffert för förbehandling lösningen, och därefter tar bort 50% av den totala volymen efter att låta fasta ämnen i provet att lösa. Höjden på strävan är satt till hälften av den flytande massa för att undvika aspirering partiklar från botten av brunnen, det är försumbar förlust av partiklar med hjälp av denna metod. Efter dessa tvättar pH i brunnen är 4,5 och materialet är klar för enzymatisk hydrolys. </li><li> Ett enzym blandning som innehåller en lösning av cellulaser och hemicellulases läggs till av roboten. I varje brunn är 850 mikroliter enzym blandning doseras och skivan är flyttade in i ett 50 ° C skaka inkubator. Standarden hydrolysen utförs inom 8 timmar, men den här gången kan anpassas till syftet med experimentet. Standarden enzym lastning används för gräs är 7 FPU / g av materialet. </li></ol> 4. Upptäckt av reducerande socker Fastställande av reducerande socker släpptes efter hydrolys utfördes med hjälp av en modifierad 3-metyl-2-benzothiazolinone hydrozone (MTBH) metod 3. MBTH valdes ut som den lämpligaste metoden för att det var lättast att automatisera och minst känsliga för störningar från föreningar som proteiner. Vi ändrade denna mycket känslig metod för användning på robot-plattformen så att den kunde exakt mäta socker vid de koncentrationer som finns i biomassan hydrolysat, med en slutlig volym på 250 mikroliter som är lämplig för en vanlig optisk 96 brunnar. Alla stegen nedan utförs automatiskt och tre oberoende bestämningar av reducerande socker genomfördes för varje försockring reaktion. <ol><li> 30 mikroliter av hydrolysat togs från den djupa brunnar och blandas med 45 mikroliter 25 mm Natriumacetat buffert i ett kjolar PCR-platta med 96 brunnar. </li><li> 25 mikroliter av 1N NaOH och 50 l av en lösning innehållande 0,43 mg / ml MBTH och 0,14 mg / ml DTT lades till. </li><li> Efter blandning var PCR-plattan värmas vid 60 ° C i 20 min i en termocykler eller liknande enhet som ger exakt samma mängd värme till alla 96 brunnar. </li><li> Den resulterande reaktionen överfördes till en optisk tallrik. </li><li> Tillsätt 100 l av oxiderande reagens (0,2% FeNH4 (SO4) 2, 0,2% Sulfamic syra och 0,1% HCl). Blanda väl och låt utvecklas i minst 1 h. </li><li> Varje platta ska också innehålla standardformuleringar reaktioner 50 nmol, 100 nmol och 150 nmol glukos. Den optiska Plattorna avläses vid 620 nm. </li></ol> 5. Representativa resultat: Exempel på olika typer av analyser presenteras i figur 3 och 4. Alla resultat erhölls genom att använda automatiserade plattformen. Figur 3 ärpresenterar den ökade reducerande sockerarter släpptes av 8 h inkubationer från marken poppel med ökande mängder av cellulolytic enzymer. Figur 4 visar effekterna av sura och alkaliska förbehandling på poppel prover. Den NaOH förbehandling är mer effektiv än den utspädda H2SO4 förbehandling för att underlätta frisläppandet av socker under hydrolys. Mängden socker mätt efter hydrolys minskar när förbehandling utförs med hjälp av NaOH koncentrationer högre än 1m. <img src="/files/ftp_upload/3240/3240fig1.jpg" alt="Figur 1" /> Figur 1. Robotic station för slipning och 96 samt formatering av biomassa <img src="/files/ftp_upload/3240/3240fig2.jpg" alt="Figur 2" /> Figur 2. Likvida hantering station för High Throughput försockring analys <img src="/files/ftp_upload/3240/3240fig3.jpg" alt="Figur 3" /> Figur 3. Effekten av olika enzym belastningar på release av reducerande socker medel från poppel prover <img src="/files/ftp_upload/3240/3240fig4.jpg" alt="Figur 4" /> Figur 4. Effekter av olika förbehandlingar på försockring av poppel prover. A. Socker släpptes efter pretreament med olika procentsatser av H2SO4 vid 90 ° C i 30 minuter. B. Socker släpptes efter NaOH förbehandlingar vid samma temperatur och tid än syra förbehandling .

<ol>
	<li>Carpita, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+Biogenesis+of+the+Cell+Walls+of+Grasses.">Structure and Biogenesis of the Cell Walls of Grasses.</a> Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol. 47, 445-476 (1996).</li><li>Gomez, L. D., Steele-King, C. G., McQueen-Mason, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sustainable+liquid+biofuels+from+biomass:+the+writing's+on+the+walls.">Sustainable liquid biofuels from biomass: the writing's on the walls.</a> New Phytol. 178, 473-485 (2008).</li><li>Anthon, G. E., Barrett, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+reducing+sugars+with+3-methyl-2-benzothiazolinonehydrazone.">Determination of reducing sugars with 3-methyl-2-benzothiazolinonehydrazone.</a> Anal Biochem. 305, 287-289 (2002).</li><li>Gomez, L. D., Whitehead, C., Barakate, A., Halpin, C., McQueen-Mason, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+saccharification+assay+for+determination+of+digestibility+in+plant+materials.">Automated saccharification assay for determination of digestibility in plant materials.</a> Biotechnol Biofuels. 3, 23-23 (2010).</li></ol>

Variations of the standard saccharification protocol can be used in the same platform for determining the activity of cellulolytic enzymes (i.e. by variation of the enzyme concentrations used in a plate as well as using paper as substrate); comparison of the efficiency of several enzyme mixtures on a specific material; time course for saccharification; etc.
A standard saccharification protocol to compare the saccharification potential in different plant materials involves an eight hour hydrolysis (Figures 3 and 4). Most of the plant materials analysed requires four replicates. Under these conditions, the platform can process 80 samples/day. This analysis is being used to screen large populations of barley, maize, and brachypodium in order to establish variability in saccharification potential and the genes involved in its determination4.

<table border="1"><tbody><tr><th> Reagensets namn </th><th> Företag </th><th> Katalognummer </th></tr><tr><td> Slipning och väger robot </td><td> Labman Automation </td><td></td></tr><tr><td> 2 ml micro rör med lock </td><td> Sarstedt Ab </td><td> 72,694 </td></tr><tr><td> 5 mm rostfritt stål kulor </td><td> Qiagen Ltd </td><td> 69.989 </td></tr><tr><td> 1,2 ml Abgene fyrkantiga bra förvaring plattor </td><td> Fisher Scientific Ltd </td><td> TUL-050-050C </td></tr><tr><td> Whatman cap matta för 96 fyrkantiga brunnar </td><td> Fisher Scientific Ltd </td><td> 7704-0104 </td></tr><tr><td> Flytande hanling robot </td><td> Tecan Group Ltd </td><td> Frihet Evo 200 </td></tr><tr><td> Svavelsyra </td><td> Fisher Scientific Ltd </td><td> S/9231/PB17 </td></tr><tr><td> Natriumhydroxid </td><td> Fisher Scientific Ltd </td><td> BPE359-500 </td></tr><tr><td> Natriumacetat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S8750-500G </td></tr><tr><td> Ättiksyra </td><td> Fisher Scientific Ltd </td><td> A/0420/PB17 </td></tr><tr><td> Novozyme 188 </td><td> Novozyme </td><td> DCN00214 </td></tr><tr><td> Celluclast 1.5L </td><td> Novozyme </td><td> CCN03122 </td></tr><tr><td> 96 väl PCR fullt kjol plattor </td><td> Sarstedt Ab </td><td> 72.1980.202 </td></tr><tr><td> D-Glukos </td><td> Fisher Scientific Ltd </td><td> G/0450/53 </td></tr><tr><td> 3-Metyl-2-benzothiazolinone hydrazon hydroklorid hydrat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 129.739-25G </td></tr><tr><td> DL-ditiotreitol </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> D9163-1G </td></tr><tr><td> Corning mikrotiterplatta 96 och flat botten </td><td> Fisher Scientific Ltd </td><td> TKT-521-050H </td></tr><tr><td> Ammonium järn (III) sulfat dodekahydrat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> F1668-250G </td></tr><tr><td> Sulfamic acid </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 242.772-500G </td></tr><tr><td> Saltsyra </td><td> Fisher Scientific Ltd </td><td> 12462-0026 </td></tr></tbody></table>

high-throughput saccharification assay for lignocellulosic materials

Polysackarider som utgör anläggningen lignocellulosa kan brytas ned för att producera en rad olika sockerarter som sedan kan användas i upprättandet av ett bioraffinaderi. Dessa råvaror skulle innebära en ny industriell plattform, som är både hållbar och koldioxidneutral, att ersätta det nuvarande beroendet av fossila bränslen. Den motspänstighet att dekonstruktion observerats i lignocellulosa är producerad av flera inneboende egenskaper växternas cellväggar. Kristallin cellulosa är inbäddad i matrisen polysackarider som xylans och arabinoxylaner, och hela strukturen är inkapslad av fenol polymer lignin, som är också svårt att smälta 1. I syfte att förbättra smältbarheten av vegetabiliskt material vi behöver för att upptäcka de viktigaste flaskhalsarna för försockring av cellväggarna och även skärmen mutant och populationer avel för att bedöma variationen i försockring 2. Dessa uppgifter kräver en hög genomströmning metod och här presenterar vi en analytisk plattform som kan utföra försockringen analys i ett 96-brunnar format. Denna plattform har utvecklats för att screening av lignocellulosa smältbarhet av stora populationer från olika växtarter. Vi har skalat ner reaktionen volymer för skonsam förbehandling, partiella enzymatisk hydrolys och socker beslutsamhet, så att ett stort antal som ska bedömas snabbt i ett automatiserat system. Denna automatiserade plattform fungerar med milligram mängder biomassa, utföra bollen fräs under kontrollerade förhållanden för att minska växtmaterial till en standardiserad partikelstorlek på ett reproducerbart sätt. När proverna marken, delar ut den automatiska formateringen roboten specificerade och inspelade mängder av material till motsvarande brunnar på 96 djupa brunnar (Figur 1). Normalt dosera vi samma material i 4 brunnar har 4 replikat för analys. När plattorna är fyllda med växtmaterial i önskad layout, de är manuellt flyttas till en vätskehantering station (Figur 2). I denna station proverna utsätts för en mild förbehandling med antingen utspädd syra eller basiska och inkuberas vid temperaturer upp till 90 ° C. Förbehandling lösningen därefter bort och proverna sköljas med buffert för att returnera dem till ett lämpligt pH-värde för hydrolys. Proven inkuberas sedan med ett enzym blandning för en variabel tid vid 50 ° C. En alikvot tas från hydrolysatet och reducerande socker automatiskt bestäms av MBTH kolorimetriska metoden.

Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials at JoVE.com

High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials

En enkel och snabb metod för att bestämma försockringen potential stort antal prover växtbiomassa beskrivs. Den automatiserade plattform för denna analys består i att anläggningen biomassa för analys i 96 brunnar och den efterföljande prestanda förbehandling, hydrolys och kvantifiering av den frigjorda socker.

Med hög kapacitet försockringen analys för lignocellulosa

Polysaccharides that make up plant lignocellulosic biomass can be broken down to produce a range of sugars that subsequently can be 
used in establishing ...

Research

JoVE Journal

Biology

High-throughput Crystallization of Membrane Proteins Using the Lipidic Bicelle Method

Hög genomströmning Kristallisering av membranproteiner Använda Lipidic Bicelle Metod

Membrane proteins (MPs) play a critical role in many physiological processes such as pumping specific molecules across the otherwise impermeable membrane ...

RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

RNA förutsägelser av sekundär struktur med high-throughput SHAPE

Understanding the function of RNA involved in biological processes requires a thorough knowledge of RNA structure. Toward this end, the methodology dubbed ...

High-throughput Functional Screening using a Homemade Dual-glow Luciferase Assay

Hög kapacitet Funktionell Screening med hjälp av en hemmagjord Dual-glöd luciferas analys

We present a rapid and inexpensive high-throughput screening protocol to identify transcriptional regulators of alpha-synuclein, a gene associated with ...

A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes

En hög genomströmning MHC II-bindningsanalys för kvantitativ analys av peptidepitoper

Biochemical assays with recombinant human MHC II molecules can provide rapid, quantitative insights into immunogenic epitope identification, deletion, or ...

High-throughput Titration of Luciferase-expressing Recombinant Viruses

Hög kapacitet Titrering av luciferas-uttryckande rekombinanta virus

Standard plaque assays to determine infectious viral titers can be time consuming, are not amenable to a high volume of samples, and cannot be done with ...

Recovery of Adult Zebrafish Hearts for High-throughput Applications

Återvinning av vuxna zebrafisk Hjärtan för hög genomströmning Applications

Use of the zebrafish model system for studying development, regeneration, and disease is expanding toward use of adult hearts for cell dissociation and ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Hög kapacitet Screening för kemiska modulatorer av Post-transkription Reglerade Gener

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Detection of miRNA Targets in High-throughput Using the 3'LIFE Assay

Upptäckt av miRNA mål i hög kapacitet Använda 3&#39;LIFE analys

Luminescent Identification of Functional Elements in 3&#8217;UTRs (3&#8217;LIFE) allows the rapid identification of targets of specific miRNAs within an ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

qPCRTag Analys - En hög genomströmning, Realtid PCR-analys för Sc2.0 Genotypning

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

Hög genomströmning<em&gt; Danio rerio</em&gt; Energi Utgifter analys

Zebrafish are an important model organism with inherent advantages that have the potential to make zebrafish a widely applied model for the study of ...