Name: high-throughput saccharification assay for lignocellulosic materials
Uploaded: 2011-07-03T14:00:00
Duration: 11 min 39 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials at JoVE.com

Yazarların Viksø-Nielsen (Novozymes) selülolitik enzimlerin hediye için teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma, 7.ÇP YENİLEME ve BBSRC projeleri BB/G016178 ve BB/G016194 tarafından finanse edildi.

1. Örneklerinin hazırlanması: Biz normalde otsu ve odunsu bitkilerin ya sapları ile çalışır. Otsu malzemelerin durumda biz olgunluk bitkiler büyümeye ve tohum oluşumu yaşlanması tamamlandıktan sonra sonra biz kuru sapları toplamak. Sapları 4 mm parça halinde doğranmış ve üç öğütme topları ile 2 ml flakon yerleştirilir. Odunsu bir malzeme söz konusu olduğunda, örneklerin bir ders ahşap dosya ile kaba talaş zemin ve daha sonra daha fazla işlem için bir bilyalı değirmen yerleştirilir. Örnekleri taşlama / istasyonu (Şekil 1) biçimlendirme içinde bir rafa yerleştirilir. Bu istasyon sırayla biler karışımları ve her bir örnek ağırlığındadır. Örnek başına gerekli tekrarlar, belirli bir parçacık boyutu için içsel değişkenlik belirlenir ön deneyler bir dizi zemin malzemesi test ederek kurulmuştur. 2 ml flakon altta deldi ve malzemeler seçilmiş iyi flakonun titreşim dağıtılmıştır. Titreşimli kol, toz doğru dağıtım için izin dengesi bir geri besleme tarafından kontrol edilir. Robot standart bir analiz / 4 mg yayar ve 4 tekrarlar durumlarda şartlarda ihtiyaç vardır. Bu 20 bitki örneklerinin / plaka analiz edilmesini sağlıyor. 2. Tedavi öncesi Numunelerin biçimlendirilmiş sonra, 96-iyi plakalar, otomatik bir sıvı taşıma sistemi (Şekil 2) tarafından işlenir. Burada hafif bir tedavi öncesi asit veya alkali çözeltiler 350 mcL ekleyerek ve uyarlanmış bir blok üzerine tabak ısıtma bitki materyali yapılır. Analizi sırasında buharlaşmasını önlemek için, 96 kuyucuğu bir silikon mat ile mühürlenir. Sıcaklığı ve süresi, tedavi öncesi çalışılan malzemeye göre değişiklik yapılabilir. Maksimum sıcaklık, ancak 100 ° C Sert ön işlemleri test etmek için alternatif bir prosedür, çizgi dışı malzemeler ön işlemden ve pretreatmet süreci ortadan kaldırmak için. 3. Hidroliz <ol><li> Malzemelerin ön tedavi edildikten sonra, robot, tedavi öncesi çözüm ve yıkar, tüm kuyuları, 5 kez 850 mcL 25 mM Asetat Tamponu otomatik olarak kaldırır. Çalkalama, tedavi öncesi bir çözüm tampon ekleyerek ve daha sonra örnek katıların yerleşmelerine izin verme sonra toplam hacminin% 50 kaldırarak tarafından yürütülmektedir. Aspirasyon yüksekliği iyi alt katıların aspire önlemek için sıvı kütlesinin yarısı; bu yaklaşımı kullanarak katıların ihmal kaybı. Bu yıkar sonra iyi pH 4.5 ve malzeme enzimatik hidroliz için hazırdır. </li><li> Sellülazlar ve hemicellulases bir çözüm içeren bir enzim karışımı robot tarafından eklenir. Her kuyuya, 850 mcL enzim karışımı sürülür ve 50 ° C sallayarak inkübatör plaka taşınır. Standart hidroliz 8 saat için yapılır, ama bu sefer Deneyin amacı adapte edilebilir. Otlar için kullanılan standart bir enzim yükleme malzeme 7 FPU / g. </li></ol> 4. Indirgen şeker tespiti Hidroliz sonra yayımlanan indirgen şeker tayini, modifiye edilmiş bir 3-metil-2-benzothiazolinone hydrozone (MTBH) yöntemi 3 kullanılarak gerçekleştirildi . Otomatikleştirmek için en kolay ve protein gibi bileşikler girişime en az hassas olması nedeniyle MBTH en uygun yöntem olarak seçilmiştir. , Doğru, biyokütle hidrolizatların konsantrasyonlarında şekerler ölçmek öyle ki, Biz standart bir optik 96 plaka için uygundur 250 mcL nihai hacmi ile robot platformu kullanmak için bu son derece duyarlı bir yöntem değiştirdi. Altındaki tüm adımları otomatik olarak yapılır ve her saccharification reaksiyon için indirgen şekerler üç bağımsız tespitler yapılmıştır. <ol><li> Hidrolizat 30 mcL derin kuyu plaka alınan ve 25 mM Sodyum Asetat tampon etekli PCR 96 plaka 45 mcL ile karıştırılır. </li><li> (25) 1N NaOH mcL ve 0.43 mg / ml MBTH ve 0.14 mg / ml DTT içeren bir çözüm 50 ul eklendi. </li><li> Karıştırıldıktan sonra, PCR plaka 60 ısıtılmış ° C 20 dakika 96 kuyulara tam olarak aynı miktarda ısı sağlayan bir PCR veya benzeri bir cihaz. </li><li> Ortaya çıkan reaksiyon optik plaka transfer edildi. </li><li> Oksitleyici reaktif (% 0.2 FeNH4 (SO4) 2,% 0.2 SÜLFAMİK asit ve% 0.1 HCI) 100 ul ekleyin. En az 1 saat süreyle iyice karıştırınız ve geliştirmek için bırakın </li><li> Her plakası da 50 nmol, 100 nmol ve 150 nmol glukoz standart reaksiyonlar içermelidir. Optik plakaları 620 nm&#39;de okunur. </li></ol> 5. Temsilcisi Sonuçlar: Şekil 3 ve 4 farklı türde analiz örnekleri sunulmaktadır. Otomatik platformu kullanarak tüm sonuçlar elde edildi. Şekil 3 tekrarselülolitik enzimlerin artan miktarlarda toprak kavak 8 saat inkubasyon tarafından yayımlanan indirgen şeker artış sunar. Şekil 4, asit ve alkali tedavi öncesi kavak numuneler üzerinde etkileri sunar. NaOH ön arıtma daha verimli olduğunu hidrolizi sırasında serbest bırakılması şekerler kolaylaştırmada seyreltilmiş H2SO4 tedavi öncesi. Hidroliz sonra ölçülen şekerlerin miktarı, tedavi öncesi 1M daha yüksek NaOH konsantrasyonları kullanılarak yapıldığında azalır. <img src="/files/ftp_upload/3240/3240fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1 öğütme ve biyokütle 96 iyi biçimlendirme Robotik istasyonu <img src="/files/ftp_upload/3240/3240fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2: Yüksek Verim saccharification analizi için sıvı taşıma istasyonu <img src="/files/ftp_upload/3240/3240fig3.jpg" alt="Şekil 3" /> Şekil 3 kavak örnekleri şeker benzerleri azaltarak serbest bırakılması farklı bir enzim yükleri Etkisi <img src="/files/ftp_upload/3240/3240fig4.jpg" alt="Şekil 4" /> NaOH ön işlemleri aynı sıcaklıkta ve saatte asit ön arıtma daha sonra serbest H2SO4 farklı yüzdeler ile Pretreament 90 ° C de 30 dakika sonra serbest Şekil 4 saccharification kavak örneklerinin farklı ön işlemleri Etkisi A. Şeker B. Şeker .

<ol>
	<li>Carpita, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+Biogenesis+of+the+Cell+Walls+of+Grasses.">Structure and Biogenesis of the Cell Walls of Grasses.</a> Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol. 47, 445-476 (1996).</li><li>Gomez, L. D., Steele-King, C. G., McQueen-Mason, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sustainable+liquid+biofuels+from+biomass:+the+writing's+on+the+walls.">Sustainable liquid biofuels from biomass: the writing's on the walls.</a> New Phytol. 178, 473-485 (2008).</li><li>Anthon, G. E., Barrett, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+reducing+sugars+with+3-methyl-2-benzothiazolinonehydrazone.">Determination of reducing sugars with 3-methyl-2-benzothiazolinonehydrazone.</a> Anal Biochem. 305, 287-289 (2002).</li><li>Gomez, L. D., Whitehead, C., Barakate, A., Halpin, C., McQueen-Mason, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+saccharification+assay+for+determination+of+digestibility+in+plant+materials.">Automated saccharification assay for determination of digestibility in plant materials.</a> Biotechnol Biofuels. 3, 23-23 (2010).</li></ol>

Variations of the standard saccharification protocol can be used in the same platform for determining the activity of cellulolytic enzymes (i.e. by variation of the enzyme concentrations used in a plate as well as using paper as substrate); comparison of the efficiency of several enzyme mixtures on a specific material; time course for saccharification; etc.
A standard saccharification protocol to compare the saccharification potential in different plant materials involves an eight hour hydrolysis (Figures 3 and 4). Most of the plant materials analysed requires four replicates. Under these conditions, the platform can process 80 samples/day. This analysis is being used to screen large populations of barley, maize, and brachypodium in order to establish variability in saccharification potential and the genes involved in its determination4.

<table border="1"><tbody><tr><th> Reaktifin Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog numarası </th></tr><tr><td> Taşlama ve tartım robotu </td><td> Labman Otomasyon </td><td></td></tr><tr><td> Kapaklar ile 2 ml mikro tüp </td><td> Sarstedt Ltd </td><td> 72,694 </td></tr><tr><td> 5 mm paslanmaz çelik boncuk </td><td> Qiagen Ltd </td><td> 69989 </td></tr><tr><td> 1.2ml Abgene kare iyi depolama plakalar </td><td> Fisher Scientific Ltd. </td><td> TUL-050-050C </td></tr><tr><td> 96 kare kuyucuğu whatman kapağı mat </td><td> Fisher Scientific Ltd. </td><td> 7704-0104 </td></tr><tr><td> Sıvı hanling robot </td><td> Tecan Grup Ltd. </td><td> Özgürlük Evo 200 </td></tr><tr><td> Sülfürik asit </td><td> Fisher Scientific Ltd. </td><td> S/9231/PB17 </td></tr><tr><td> Sodyum hidroksit </td><td> Fisher Scientific Ltd. </td><td> BPE359-500 </td></tr><tr><td> Sodyum asetat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S8750-500G </td></tr><tr><td> Asetik asit </td><td> Fisher Scientific Ltd. </td><td> A/0420/PB17 </td></tr><tr><td> Novozyme 188 </td><td> Novozyme </td><td> DCN00214 </td></tr><tr><td> Celluclast 1.5L </td><td> Novozyme </td><td> CCN03122 </td></tr><tr><td> 96 iyi PCR etek plakaları </td><td> Sarstedt Ltd </td><td> 72.1980.202 </td></tr><tr><td> D-glikoz </td><td> Fisher Scientific Ltd. </td><td> G/0450/53 </td></tr><tr><td> 3-Metil-2-benzothiazolinone Hidrazon hidroklorür hidrat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 129.739-25G </td></tr><tr><td> DL-dithiothreitol </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> D9163-1G </td></tr><tr><td> Corning mikroplaka 96 sıra düz dipli </td><td> Fisher Scientific Ltd. </td><td> TKT-521-050H </td></tr><tr><td> Amonyum demir (III) sülfat dodekahidratı </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> F1668-250G </td></tr><tr><td> SÜLFAMİK asit </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 242.772-500G </td></tr><tr><td> Hidroklorik asit </td><td> Fisher Scientific Ltd. </td><td> 12462-0026 </td></tr></tbody></table>

high-throughput saccharification assay for lignocellulosic materials

Bitki lignocellulosic biyokütle makyaj polisakkaritler daha sonra bir biorefinery kurulmasında kullanılabilir şekerlerin bir dizi üretmek için ayrılabilir. Bu hammaddeler, mevcut fosil yakıt bağımlılığını yerine, sürdürülebilir ve karbon nötr bir yeni sanayi platformu, oluşturacaktır. Lignocellulosic malzemeleri gözlenen yapı sökümüne dinlemezlik bitki hücre duvarları çeşitli içsel özelliklerine göre üretilir. Kristal selüloz xylans ve arabinoxylans olarak matris polisakkaritler gömülü ve 1 sindirmek için de zor olan fenolik polimer lignin, tüm yapı kaplı. Saccharification 2 değişkenliği değerlendirmek için saccharification için hücre duvarlarının önemli darboğazlar ve aynı zamanda ekran mutant ve üreme nüfusu keşfetmek gerekir sindirilme bitki materyali geliştirmek için. Bu görevler, yüksek kapasiteli bir yaklaşım gerektirir ve burada 96-plaka formatında saccharification analizi gerçekleştirebilir analitik bir platform sunuyoruz. Bu platform, çeşitli bitki türlerinin büyük popülasyonlarının lignoselüloz sindirilme tarama izin vermek için geliştirilmiştir. Biz çok sayıda otomatik bir sistem hızla değerlendirilmelidir izin vermek için nazik hazırlama, kısmi enzimatik hidroliz ve şeker tayini için reaksiyon hacmi küçülttüm. Bu otomatik bir platform, tekrarlanabilir bir şekilde standartlaştırılmış bir parçacık boyutu bitki materyali azaltmak için kontrollü şartlar altında topu freze gerçekleştirirken miligram miktarda biyokütle ile çalışır. Zemin numuneleri sonra, otomatik biçimlendirme robot, 96 derin kuyu plaka (Şekil 1) karşılık gelen kuyu içine malzeme belirtilen ve kaydedilen miktarda dağıtır. Normalde 4 analiz için çoğaltır 4 kuyu içine aynı malzeme dağıtım. Plakalar istenilen düzende bitki materyali ile doldurulur sonra, bir sıvı taşıma istasyonu (Şekil 2) elle taşınır. Bu istasyondan numune seyreltik asit veya alkali ya da hafif bir tedavi öncesi tabi tutulur ve 90 ° C&#39;ye kadar sıcaklıklarda inkübe Tedavi öncesi çözüm daha sonra kaldırılır ve örnekleri için uygun pH hidroliz dönmek için tamponu ile durulanır. Örnekler daha sonra 50 değişken uzunlukta bir zaman için bir enzim karışımı ° C ile inkübe Bir kısım hidrolizat alınan ve indirgen şekerler MBTH kolorimetrik yöntemi ile otomatik olarak belirlenir.

Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials at JoVE.com

High-throughput Saccharification Assay for Lignocellulosic Materials

Bitki biyokütle örnekleri çok sayıda saccharification potansiyeli belirlemek için basit ve hızlı bir yöntem açıklanmıştır. Bu analiz için otomatik bir platform 96 kuyucuğu ve yayımlanan şekerler hazırlama, hidroliz ve miktar daha sonraki performans analizi için bitki biyokütle hazırlık içerir.

Lignocellulosic Malzemeler için Yüksek verim Saccharification Testi

Polysaccharides that make up plant lignocellulosic biomass can be broken down to produce a range of sugars that subsequently can be 
used in establishing ...

Research

JoVE Journal

Biology

High-throughput Crystallization of Membrane Proteins Using the Lipidic Bicelle Method

Yüksek verim Kristalizasyon lipidik Bicelle Yöntemiyle Membran Proteinleri

Membrane proteins (MPs) play a critical role in many physiological processes such as pumping specific molecules across the otherwise impermeable membrane ...

RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

Yüksek verim SHAPE kullanarak RNA İkincil Yapısı Tahmin

Understanding the function of RNA involved in biological processes requires a thorough knowledge of RNA structure. Toward this end, the methodology dubbed ...

High-throughput Functional Screening using a Homemade Dual-glow Luciferase Assay

Bir ev yapımı Çift kızdırma Lusıferaz Testi kullanarak yüksek verim Fonksiyonel Taraması

We present a rapid and inexpensive high-throughput screening protocol to identify transcriptional regulators of alpha-synuclein, a gene associated with ...

A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes

Peptid Epitopların Kantitatif Analiz için bir yüksek veri akışı MHC II Bağlanma Deneyi

Biochemical assays with recombinant human MHC II molecules can provide rapid, quantitative insights into immunogenic epitope identification, deletion, or ...

High-throughput Titration of Luciferase-expressing Recombinant Viruses

Lusiferaz ifade eden rekombinant virüsler yüksek verimlilik Titrasyon

Standard plaque assays to determine infectious viral titers can be time consuming, are not amenable to a high volume of samples, and cannot be done with ...

Recovery of Adult Zebrafish Hearts for High-throughput Applications

Yüksek verim Uygulamaları Yetişkin Zebra Hearts Kurtarma

Use of the zebrafish model system for studying development, regeneration, and disease is expanding toward use of adult hearts for cell dissociation and ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Post-transkripsiyonel ayarlı genlerin kimyasal Modülatörler için yüksek verimli tarama

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Detection of miRNA Targets in High-throughput Using the 3'LIFE Assay

3&#39;LIFE Test kullanma Yüksek throughput miRNA Hedefleri tespiti

Luminescent Identification of Functional Elements in 3&#8217;UTRs (3&#8217;LIFE) allows the rapid identification of targets of specific miRNAs within an ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

qPCRTag Analizi - A Yüksek Verimli, Sc2.0 Genotiplendirme için Real Time PCR Testi

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

Yüksek Verimli<em&gt; Danio rerio</em&gt; Enerji Harcaması Deneyi

Zebrafish are an important model organism with inherent advantages that have the potential to make zebrafish a widely applied model for the study of ...