Name: performing custom microrna microarray experiments
Uploaded: 2011-10-28T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments at JoVE.com

Het werk werd mede ondersteund door National Institute of Drug Abuse Center (P50 DA 011.806) en de Verenigde States Army Department of Defense (W81XWH-07-1-0183).

1. Afdrukken van aangepaste miRNA microarrays <ol><li> Druk de microarray dia&#39;s met behulp van de microarray kern van facilitaire diensten aan een universiteit of een bedrijf. De kwaliteit van de microarray fabricage is een van de meest kritische factoren voor het succes van een microarray experiment. Probeer een paar diensten, indien mogelijk. Idealiter zou een afdruk 50-100 dia&#39;s in een tijd, en alle dia&#39;s eruit zal zien identiek, met goed gescheiden, individuele plekken. </li><li> Voor microarray-onders...

<ol>
	<li>Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+functions+of+animal+microRNAs.">The functions of animal microRNAs.</a> Nature. 431, 350-355 (2004).</li><li>Friedman, R. C., Farh, K. K., Burge, C. B., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Most+mammalian+mRNAs+are+conserved+targets+of+microRNAs.">Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs.</a> Genome Res. 19, 92-105 (2009).</li><li>Chekulaeva, M., Filipowicz, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+miRNA-mediated+post-transcriptional+regulation+in+animal+cells.">Mechanisms of miRNA-mediated post-transcriptional regulation in animal cells.</a> Curr. Opin. Cell Biol. 21, 452-460 (2009).</li><li>Farazi, T. A., Spitzer, J. I., Morozov, P., Tuschl, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRNAs+in+human+cancer.">miRNAs in human cancer.</a> J. Pathol. 223, 102-115 (2011).</li><li>Small, E. M., Olson, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pervasive+roles+of+microRNAs+in+cardiovascular+biology.">Pervasive roles of microRNAs in cardiovascular biology.</a> Nature. 469, 336-342 (2011).</li><li>Thomson, J. M., Parker, J., Perou, C. M., Hammond, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+custom+microarray+platform+for+analysis+of+microRNA+gene+expression.">A custom microarray platform for analysis of microRNA gene expression.</a> Nat. Methods. 1, 47-53 (2004).</li><li>Zhang, X., Xu, W., Tan, J., Zeng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stripping+custom+microRNA+microarrays+and+the+lessons+learned+about+probe:slide+interactions.">Stripping custom microRNA microarrays and the lessons learned about probe:slide interactions.</a> Anal. Biochem. 386, 222-227 (2009).</li><li>Griffiths-Jones, S., Saini, H. K., van Dongen, S., Enright, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRBase:+tools+for+microRNA+genomics.">miRBase: tools for microRNA genomics.</a> Nucl. Acids. Res. 36, D154-D158 (2008).</li><li>Landgraf, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mammalian+microRNA+expression+atlas+based+on+small+RNA+library+sequencing.">A mammalian microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing.</a> Cell. 129, 1401-1414 (2007).</li><li>Chiang, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+microRNAs:+experimental+evaluation+of+novel+and+previously+annotated+genes.">Mammalian microRNAs: experimental evaluation of novel and previously annotated genes.</a> Genes. Dev. 24, 992-1009 (2010).</li></ol>

Ondanks de recente ontwikkelingen in de diepe sequencing technologie, micro-array nog steeds een levensvatbare keuze voor high-throughput analyse van DNA en RNA. In vergelijking met diepe sequencing, microarray experimenten zijn goedkoper, en een typische moleculaire biologie laboratorium kan de meeste van de experimenten en data-analyse in huis, die zorgt voor flexibiliteit en bespaart tijd. In de toekomst, microarrays zijn waarschijnlijk zeer geschikt om intensief te ondervragen sets van genen, bijvoorbeeld, kan alle ...

<table border="1"><tbody><tr><th> Items </th><th> Verkoper </th><th> Catalogus nummer </th><th> Reacties </th></tr><tr><td> NCode meerdere soorten miRNA Microarray Probe Set V2 </td><td> Invitrogen </td><td> MIRMPS201 </td><td> Ontworpen op basis van de miRBase versie 9.0 (oktober 2006). Het bevat ~ 1140 ongewijzigd, 34-44 nt lang oligonucleotiden als probes voor de worm, vlieg, zebravis, muis, rat, en menselijke miRNAs, en een aantal van de interne controle sondes, zoals snoRNAs. De miRNA sondes zijn doubletten van de sequenties complementair aan volwassen miRNAs, vandaar de grootte van ~ 44 nt. Voor de analyse kan men zich richten op miRNAs uit een bepaald genoom (s) van belang. </td></tr><tr><td> TRIzol </td><td> Invitrogen </td><td> 15596018 </td><td> We hebben ook verrijkt, kleine RNA-fractie voor de etikettering, hoewel de totale RNA monsters zijn sneller en gemakkelijker te bereiden en te kwantificeren en geschikt voor downstream-toepassingen zoals mRNA-analyse. </td></tr><tr><td> T4 RNA-ligase een </td><td> New England Biolabs </td><td> M0204L </td><td></td></tr><tr><td> Ulysis Alexa Fluor 647 Nucleic Acid Labeling Kit </td><td> Invitrogen </td><td> U21660 </td><td> Deze kit of soortgelijke producten kunnen worden gebruikt voor experimentele RNA monsters of een controle RNA (in plaats van controle DNA) label ook. </td></tr><tr><td> 5&#39;-PCU-DY547-3 &#39; </td><td> Dharmacon </td><td> Op maat gemaakt </td><td> Kleine RNA-fractie kan op dezelfde manier worden gelabeld door ligatie. </td></tr><tr><td> CentriSep columns </td><td> Princeton Scheidingen </td><td> CS-901 </td><td></td></tr><tr><td> GAPSII gecoat slide </td><td> Corning </td><td> 40004 </td><td> Andere soorten van dia&#39;s kunnen ook worden gebruikt. </td></tr><tr><td> Microarray hybridisatie kamers </td><td> Corning </td><td> 2551 of 40.080 </td><td> Andere soorten van hybridisatie kamers en dekglaasjes zou ook moeten werken. Met behulp van commercieel beschikbare hybridisatie machines kunnen verminderen hybridisatie tijd aanzienlijk, bijvoorbeeld om ~ 2 uur. </td></tr><tr><td> Lifterslips </td><td> ThErmo / Erie Scientific </td><td> 25X60I-M5439-001-LS </td><td></td></tr><tr><td> BlueFuse </td><td> BlueGenome </td><td></td><td></td></tr><tr><td> GeneSpring </td><td> Agilent </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

performing custom microrna microarray experiments

microRNAs (miRNAs) zijn een grote familie van ~ 22 nucleotiden (nt) lange RNA-moleculen die op grote schaal worden uitgedrukt in een eukaryoten. Complex genomen coderen minstens honderden miRNAs, die vooral remmen de expressie van een groot aantal van target genen post-transcriptioneel 2, 3. miRNAs controle een breed scala van biologische processen 1. Daarnaast heeft veranderd miRNA expressie in verband gebracht met menselijke ziekten zoals kanker, en miRNAs kunnen dienen als biomarkers voor ziekten en prognose 4, 5. Het is daarom belangrijk te begrijpen van de expressie en functies van miRNAs onder diverse omstandigheden. Drie belangrijke benaderingen zijn gebruikt om het profiel van miRNA expressie: real-time PCR, microarray, en diepe sequencing. De techniek van miRNA microarray heeft het voordeel dat high-throughput, over het algemeen minder duur, en de meeste van de experimentele en de analyse stappen kunnen worden carrIED in een moleculaire biologie laboratorium bij de meeste universiteiten, medische faculteiten en de bijbehorende ziekenhuizen. Hier beschrijven we een methode voor het uitvoeren van op maat miRNA microarray experimenten. Een miRNA probe set zal worden afgedrukt op glas dia&#39;s miRNA microarrays te produceren. RNA is geïsoleerd met behulp van een methode of reagens dat kleine RNA-soorten jam, en vervolgens voorzien van een fluorescentie kleurstof. Als een controle, zijn DNA-oligonucleotiden die overeenkomen met een subset van miRNAs ook gelabeld met een andere fluorescentie kleurstof. De referentie-DNA zal dienen om de kwaliteit van de dia-en hybridisatie aan te tonen en zal ook gebruikt worden voor data normalisatie. Het RNA en DNA zijn gemengd en gehybridiseerd aan een microarray slide met probes voor het grootste deel van de miRNAs in de database. Na het wassen is de dia gescand om beelden te verkrijgen, en intensiteiten van de individuele plekken gekwantificeerd. Deze ruwe signalen zullen verder worden verwerkt en geanalyseerd als de expressie data van de overeenkomstige miRNAs. Microarray dia&#39;s kunnen worden gestript en geregenereerd om de kosten van microarrays te verminderen en de consistentie van microarray experimenten te verbeteren. Dezelfde principes en procedures zijn van toepassing op andere vormen van custom microarray experimenten.

Watch this Scientific Journal Video about Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments at JoVE.com

Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments

Een eenvoudige procedure van het uitvoeren van op maat microRNA microarray experimenten beschreven. De stappen omvatten het isoleren van RNA, etikettering RNA en DNA, het hybridiseren van het monsters microarrays, het scannen van de microarrays, kwantificeren en analyseren van hybridisatie signalen.

Het uitvoeren van op maat MicroRNA microarray experimenten

microRNAs (miRNAs) are a large family of &tilde; 22 nucleotides (nt) long RNA molecules that are widely expressed in eukaryotes 1.  Complex genomes encode ...

Research

JoVE Journal

Biology

Gibberella zeae Ascospore Production and Collection for Microarray Experiments.

Gibberella zeae Ascospore Productie en collectie voor microarray experimenten.

Fusarium graminearum Schwabe (teleomorph Gibberella zeae) is a plant pathogen causing scab disease on wheat and barley that reduces crop yield and grain ...

Preparation of Artificial Bilayers for Electrophysiology Experiments

Voorbereiding van de Kunstmatige dubbellagen voor Elektrofysiologie Experimenten

Planar lipid bilayers, also called artificial lipid bilayers, allow you to study ion-conducting channels in a well-defined environment. These bilayers can ...

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

Het verwerken van de Loblolly Pine PtGen2 cDNA microarray

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Global analyse van genexpressie met behulp van een zebravis oligonucleotide microarray platform

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Microarray analyse voor Saccharomyces cerevisiae</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases (ZFNs)

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases ZFNs

Genoom bewerken met CompoZr Custom Zinc Finger Nucleasen (ZFNs)

Genome editing is a powerful technique that can be used to elucidate gene function and the genetic basis of disease. Traditional gene editing methods such ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisatie voor formaline gefixeerde nierweefsel

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

Utilizing Custom-designed Galvanotaxis Chambers to Study Directional Migration of Prostate Cells

Gebruik te maken van op maat ontworpen galvanotaxis Chambers naar Study Directional Migratie van Prostaat Cellen

The physiological electric field serves specific biological functions, such as directing cell migration in embryo development, neuronal outgrowth and ...

In Vivo Nanovector Delivery of a Heart-specific MicroRNA-sponge

In Vivo Nanovector Delivery of a Heart-specific MicroRNA-sponge

In Vivo Nanovector levering van een hart-specifieke MicroRNA-spons

MicroRNA (miRNA) is small non-coding RNA which inhibits post-transcriptional messenger RNA (mRNA) expression. Human diseases, such as cancer and ...

CRISPR Gene Editing Tool for MicroRNA Cluster Network Analysis

CRISPR Gene Editing Tool voor MicroRNA Cluster Network Analyse

MicroRNAs (miRNAs) have emerged as important cellular regulators (tumor suppressors, pro-oncogenic factors) of cancer and metastasis. Most published ...