Name: performing custom microrna microarray experiments
Uploaded: 2011-10-28T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments at JoVE.com

काम के हिस्से में नशीली दवाओं के सेवन केंद्र के राष्ट्रीय संस्थान (P50 011806 डीए) और संयुक्त राज्य अमेरिका सेना के रक्षा विभाग (W81XWH-07-1-0183) द्वारा समर्थित किया गया.

1. कस्टम miRNA प्रोटीन का मुद्रण <ol><li> प्रिंट माइक्रोएरे एक विश्वविद्यालय या एक कंपनी में माइक्रोएरे कोर सुविधा सेवाओं का उपयोग कर स्लाइड. माइक्रोएरे निर्माण की गुणवत्ता एक माइक्रोएरे प्रयोग की सफलता के ल...

<ol>
	<li>Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+functions+of+animal+microRNAs.">The functions of animal microRNAs.</a> Nature. 431, 350-355 (2004).</li><li>Friedman, R. C., Farh, K. K., Burge, C. B., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Most+mammalian+mRNAs+are+conserved+targets+of+microRNAs.">Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs.</a> Genome Res. 19, 92-105 (2009).</li><li>Chekulaeva, M., Filipowicz, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+miRNA-mediated+post-transcriptional+regulation+in+animal+cells.">Mechanisms of miRNA-mediated post-transcriptional regulation in animal cells.</a> Curr. Opin. Cell Biol. 21, 452-460 (2009).</li><li>Farazi, T. A., Spitzer, J. I., Morozov, P., Tuschl, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRNAs+in+human+cancer.">miRNAs in human cancer.</a> J. Pathol. 223, 102-115 (2011).</li><li>Small, E. M., Olson, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pervasive+roles+of+microRNAs+in+cardiovascular+biology.">Pervasive roles of microRNAs in cardiovascular biology.</a> Nature. 469, 336-342 (2011).</li><li>Thomson, J. M., Parker, J., Perou, C. M., Hammond, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+custom+microarray+platform+for+analysis+of+microRNA+gene+expression.">A custom microarray platform for analysis of microRNA gene expression.</a> Nat. Methods. 1, 47-53 (2004).</li><li>Zhang, X., Xu, W., Tan, J., Zeng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stripping+custom+microRNA+microarrays+and+the+lessons+learned+about+probe:slide+interactions.">Stripping custom microRNA microarrays and the lessons learned about probe:slide interactions.</a> Anal. Biochem. 386, 222-227 (2009).</li><li>Griffiths-Jones, S., Saini, H. K., van Dongen, S., Enright, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRBase:+tools+for+microRNA+genomics.">miRBase: tools for microRNA genomics.</a> Nucl. Acids. Res. 36, D154-D158 (2008).</li><li>Landgraf, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mammalian+microRNA+expression+atlas+based+on+small+RNA+library+sequencing.">A mammalian microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing.</a> Cell. 129, 1401-1414 (2007).</li><li>Chiang, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+microRNAs:+experimental+evaluation+of+novel+and+previously+annotated+genes.">Mammalian microRNAs: experimental evaluation of novel and previously annotated genes.</a> Genes. Dev. 24, 992-1009 (2010).</li></ol>

गहरी अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों में हाल के अग्रिमों के बावजूद, माइक्रोएरे डीएनए और आरएनए के उच्च throughput विश्लेषण के लिए एक व्यवहार्य विकल्प रहता है. गहरी अनुक्रमण की तुलना में, माइक्रोएरे प्रयोगों सस्ता ...

<table border="1"><tbody><tr><th> आइटम </th><th> विक्रेता </th><th> सूचीपत्र संख्या </th><th> टिप्पणियाँ </th></tr><tr><td> NCode मल्टी प्रजाति माइक्रोएरे जांच सेट V2 miRNA </td><td> Invitrogen </td><td> MIRMPS201 </td><td> MiRBase रिलीज 9.0 (अक्टूबर 2006) पर आधारित बनाया है. यह ~ असंशोधित १,१४०, कीड़ा, मक्खी, zebrafish, माउस, चूहा, और मानव miRNAs के लिए जांच के रूप में 34-44 NT के लंबे oligonucleotides, और snoRNAs जैसे आंतरिक नियंत्रण जांच की एक संख्या शामिल हैं. miRNA जांच परिपक्व miRNAs, इसलिए ~ nt 44 के आकार के लिए पूरक दृश्यों की दोहरी कर रहे हैं. विश्लेषण के लिए एक ब्याज की एक विशेष जीनोम (ओं) से miRNAs पर ध्यान केंद्रित कर सकते हैं. </td></tr><tr><td> Trizol </td><td> Invitrogen </td><td> 15596018 </td><td> हम भी इस्तेमाल किया समृद्ध है, लेबलिंग के लिए छोटे आरएनए अंश है, हालांकि कुल शाही सेना के नमूने के रूप में तेजी से और आसान करने के लिए तैयार है और जिसका अंदाजा और mRNA विश्लेषण जैसे बहाव के अनुप्रयोगों के लिए उपयुक्त हैं. </td></tr><tr><td> टी -4 शाही सेना एक ligase </td><td> न्यू इंग्लैंड बॉयपेट </td><td> M0204L </td><td></td></tr><tr><td> Ulysis Alexa 647 न्यूक्लिक एसिड लेबल किट Fluor </td><td> Invitrogen </td><td> U21660 </td><td> इस किट या इसी तरह के उत्पादों के लिए प्रयोगात्मक शाही सेना के नमूने या एक नियंत्रण शाही सेना (नियंत्रण डीएनए के बजाय) के रूप में अच्छी तरह से लेबल किया जा सकता. </td></tr><tr><td> 5&#39;-PCU-DY547-3 &#39; </td><td> Dharmacon </td><td> कस्टम बनाया </td><td> छोटे आरएनए अंश इसी तरह ligation द्वारा लेबल किया जा सकता है. </td></tr><tr><td> CentriSep स्तंभों </td><td> प्रिंसटन Separations </td><td> CS-901 </td><td></td></tr><tr><td> GAPSII लेपित स्लाइड </td><td> कोर्निंग </td><td> 40004 </td><td> स्लाइड्स के अन्य प्रकार भी इस्तेमाल किया जा सकता है. </td></tr><tr><td> माइक्रोएरे संकरण कक्षों </td><td> कोर्निंग </td><td> 2551 या 40080 </td><td> संकरण कक्षों और coverslips के अन्य प्रकार भी काम करना चाहिए. मशीनों का उपयोग व्यावसायिक रूप से उपलब्ध संकरण संकरण समय काफी कम कर सकते हैं, जैसे ~ 2 घंटे के लिए. </td></tr><tr><td> Lifterslips </td><td> गुermo / Erie वैज्ञानिक </td><td> 25X60I-M5439-001-रास </td><td></td></tr><tr><td> BlueFuse </td><td> BlueGenome </td><td></td><td></td></tr><tr><td> GeneSpring </td><td> Agilent </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

performing custom microrna microarray experiments

microRNAs (miRNAs) are a large family of &tilde; 22 nucleotides (nt) long RNA molecules that are widely expressed in eukaryotes 1. Complex genomes encode at least hundreds of miRNAs, which primarily inhibit the expression of a vast number of target genes post-transcriptionally 2, 3. miRNAs control a broad range of biological processes 1. In addition, altered miRNA expression has been associated with human diseases such as cancers, and miRNAs may serve as biomarkers for diseases and prognosis 4, 5. It is important, therefore, to understand the expression and functions of miRNAs under many different conditions.
Three major approaches have been employed to profile miRNA expression: real-time PCR, microarray, and deep sequencing. The technique of miRNA microarray has the advantage of being high-throughput, generally less expensive, and most of the experimental and analysis steps can be carried out in a molecular biology laboratory at most universities, medical schools and associated hospitals. Here, we describe a method for performing custom miRNA microarray experiments. A miRNA probe set will be printed on glass slides to produce miRNA microarrays. RNA is isolated using a method or reagent that preserves small RNA species, and then labeled with a fluorescence dye. As a control, reference DNA oligonucleotides corresponding to a subset of miRNAs are also labeled with a different fluorescence dye. The reference DNA will serve to demonstrate the quality of the slide and hybridization and will also be used for data normalization. The RNA and DNA are mixed and hybridized to a microarray slide containing probes for most of the miRNAs in the database. After washing, the slide is scanned to obtain images, and intensities of the individual spots quantified. These raw signals will be further processed and analyzed as the expression data of the corresponding miRNAs. Microarray slides can be stripped and regenerated to reduce the cost of microarrays and to enhance the consistency of microarray experiments. The same principles and procedures are applicable to other types of custom microarray experiments.

Watch this Scientific Journal Video about Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments at JoVE.com

Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments

कस्टम microRNA माइक्रोएरे प्रयोगों प्रदर्शन करने का एक सरल प्रक्रिया में वर्णित है. चरणों में शामिल अलग शाही सेना, लेबलिंग शाही सेना और संदर्भ डीएनए, प्रोटीन के लिए नमूने hybridizing, प्रोटीन स्कैनिंग, बढ़ाता और संकरण संकेतों का विश्लेषण.

कस्टम MicroRNA माइक्रोएरे प्रयोगों प्रदर्शन

microRNAs (miRNAs) are a large family of &tilde; 22 nucleotides (nt) long RNA molecules that are widely expressed in eukaryotes 1.  Complex genomes encode ...

Research

JoVE Journal

Biology

Gibberella zeae Ascospore Production and Collection for Microarray Experiments.

Gibberella zeae Ascospore माइक्रोएरे प्रयोगों के लिए उत्पादन और संग्रह.

Fusarium graminearum Schwabe (teleomorph Gibberella zeae) is a plant pathogen causing scab disease on wheat and barley that reduces crop yield and grain ...

Preparation of Artificial Bilayers for Electrophysiology Experiments

कृत्रिम bilayers इलैक्ट्रोफिजियोलॉजी प्रयोगों के लिए तैयार

Planar lipid bilayers, also called artificial lipid bilayers, allow you to study ion-conducting channels in a well-defined environment. These bilayers can ...

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

प्रसंस्करण विनोदी पाइन PtGen2 सीडीएनए माइक्रोएरे

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

वैश्विक जीन एक्सप्रेशन विश्लेषण एक Zebrafish Oligonucleotide माइक्रोएरे प्लेटफार्म का उपयोग करना

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

माइक्रोएरे विश्लेषण के लिए Saccharomyces cerevisiae</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases (ZFNs)

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases ZFNs

साथ जीनोम संपादन CompoZr कस्टम जिंक उंगली न्युक्लिअसिज़ (ZFNs)

Genome editing is a powerful technique that can be used to elucidate gene function and the genetic basis of disease. Traditional gene editing methods such ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA<em&gt; सीटू</em&gt; Formalin तय किडनी ऊतकों के लिए संकरण

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

Utilizing Custom-designed Galvanotaxis Chambers to Study Directional Migration of Prostate Cells

प्रोस्टेट कोशिकाओं की दिशात्मक प्रवास का अध्ययन करने के लिए कस्टम डिजाइन Galvanotaxis मंडलों का उपयोग

The physiological electric field serves specific biological functions, such as directing cell migration in embryo development, neuronal outgrowth and ...

In Vivo Nanovector Delivery of a Heart-specific MicroRNA-sponge

In Vivo Nanovector Delivery of a Heart-specific MicroRNA-sponge

वीवो में एक दिल विशेष MicroRNA-स्पंज की Nanovector डिलिवरी

MicroRNA (miRNA) is small non-coding RNA which inhibits post-transcriptional messenger RNA (mRNA) expression. Human diseases, such as cancer and ...

CRISPR Gene Editing Tool for MicroRNA Cluster Network Analysis

माइक्रोआरएनए क्लस्टर नेटवर्क विश्लेषण के लिए सीआरआईएसपीआर जीन संपादन उपकरण

MicroRNAs (miRNAs) have emerged as important cellular regulators (tumor suppressors, pro-oncogenic factors) of cancer and metastasis. Most published ...