Name: performing custom microrna microarray experiments
Uploaded: 2011-10-28T12:00:00
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作業は、薬物乱用センター（P50 DA 011806）の国立研究所と国防総省の米国陸軍省（W81XWH - 07 - 1〜0183）によって部分的にサポートされていました。

1。カスタムmiRNAのマイクロアレイの印刷<ol><li>マイクロアレイは、大学や企業ではマイクロアレイの中核施設のサービスを使用してスライド印刷。マイクロアレイ製造の品質は、マイクロアレイ実験の成功のための最も重要な要因の一つです。可能であればいくつかのサービスをお試しください。理想的には、一度に50から100までのスライドを印刷して、そしてすべてのスライドがうまく分...

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	<li>Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+functions+of+animal+microRNAs.">The functions of animal microRNAs.</a> Nature. 431, 350-355 (2004).</li><li>Friedman, R. C., Farh, K. K., Burge, C. B., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Most+mammalian+mRNAs+are+conserved+targets+of+microRNAs.">Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs.</a> Genome Res. 19, 92-105 (2009).</li><li>Chekulaeva, M., Filipowicz, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+miRNA-mediated+post-transcriptional+regulation+in+animal+cells.">Mechanisms of miRNA-mediated post-transcriptional regulation in animal cells.</a> Curr. Opin. Cell Biol. 21, 452-460 (2009).</li><li>Farazi, T. A., Spitzer, J. I., Morozov, P., Tuschl, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRNAs+in+human+cancer.">miRNAs in human cancer.</a> J. Pathol. 223, 102-115 (2011).</li><li>Small, E. M., Olson, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pervasive+roles+of+microRNAs+in+cardiovascular+biology.">Pervasive roles of microRNAs in cardiovascular biology.</a> Nature. 469, 336-342 (2011).</li><li>Thomson, J. M., Parker, J., Perou, C. M., Hammond, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+custom+microarray+platform+for+analysis+of+microRNA+gene+expression.">A custom microarray platform for analysis of microRNA gene expression.</a> Nat. Methods. 1, 47-53 (2004).</li><li>Zhang, X., Xu, W., Tan, J., Zeng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stripping+custom+microRNA+microarrays+and+the+lessons+learned+about+probe:slide+interactions.">Stripping custom microRNA microarrays and the lessons learned about probe:slide interactions.</a> Anal. Biochem. 386, 222-227 (2009).</li><li>Griffiths-Jones, S., Saini, H. K., van Dongen, S., Enright, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRBase:+tools+for+microRNA+genomics.">miRBase: tools for microRNA genomics.</a> Nucl. Acids. Res. 36, D154-D158 (2008).</li><li>Landgraf, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mammalian+microRNA+expression+atlas+based+on+small+RNA+library+sequencing.">A mammalian microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing.</a> Cell. 129, 1401-1414 (2007).</li><li>Chiang, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+microRNAs:+experimental+evaluation+of+novel+and+previously+annotated+genes.">Mammalian microRNAs: experimental evaluation of novel and previously annotated genes.</a> Genes. Dev. 24, 992-1009 (2010).</li></ol>

深いシーケンシング技術の最近の進歩にもかかわらず、マイクロアレイは、DNAとRNAのハイスループット分析のための実行可能な選択肢です。ディープシーケンシングに比べて、マイクロアレイ実験には安上がりだし、典型的な分子生物学の研究室では、柔軟性を可能にすると時間の節約、社内での実験とデータ分析のほとんどを実行できます。将来的には、マイクロアレイの可能性は適して?...

<table border="1"><tbody><tr><th>アイテム</th><th>ベンダ</th><th>カタログ番号</th><th>コメント</th></tr><tr><td>マイクロアレイプローブセットV2をmiRNAの複数種をnCodeの</td><td>インビトロジェン</td><td> MIRMPS201 </td><td> miRBaseリリース9.0（2006年10月）に基づいて設計されています。それは、〜1140変更されていない、ワーム、ハエ、ゼブラフィッシュ、マウス、ラット、及びヒトmiRNAのプローブとして、34〜44 ntの長いオリゴヌクレオチド、およびそのようなsnoRNAsのような内部統制のプローブの数が含まれています。 miRNAのプローブは、それ故に成熟miRNAに相補的な配列、〜44ヌクレオチドのサイズのダブレットです。分析のために一つは関心のある特定のゲノム（s）からのmiRNAに焦点を当てることができます。 </td></tr><tr><td>トリゾール</td><td>インビトロジェン</td><td> 15596018 </td><td>トータルRNAサンプルは、このようなmRNAの解析のようなダウンストリームアプリケーションのための迅速かつ容易に準備すると、定量化し、適しているものの、我々はまた、標識のための豊かな、small RNA画分を使用している。 </td></tr><tr><td> T4 RNAリガーゼ1 </td><td>ニューイングランドBiolABS </td><td> M0204L </td><td></td></tr><tr><td> UlysisのAlexa Fluor ® 647核酸標識キット</td><td>インビトロジェン</td><td> U21660 </td><td>このキットまたは類似の製品も同様に実験的なRNAサンプルやコントロールRNAを（代わりに、コントロールDNAの）ラベルを付けるために使用することができます。 </td></tr><tr><td> 5&#39; - PCU - DY547 - 3&#39; </td><td> Dharmacon </td><td>カスタムは行わ</td><td> small RNAの画分を同様に連結することにより標識することができる。 </td></tr><tr><td> CentriSep列</td><td>プリンストンセパレーション</td><td> CS - 901 </td><td></td></tr><tr><td> GAPSIIコートスライド</td><td>コー​​ニング</td><td> 40004 </td><td>スライドの他のタイプも使用されることがあります。 </td></tr><tr><td>マイクロアレイハイブリダイゼーションチャンバー</td><td>コー​​ニング</td><td> 2551または40080 </td><td>ハイブリダイゼーションチャンバーとカバースリップの他の種類も動作するはずです。市販のハイブリダイゼーションのマシンを使用すると、約2時間、、大幅に例えばハイブリダイゼーションの時間を短縮することができます。 </td></tr><tr><td> Lifterslips </td><td>目ermo /エリー科学</td><td> 25X60I - M5439 - 001 - LS </td><td></td></tr><tr><td> BlueFuse </td><td> BlueGenome </td><td></td><td></td></tr><tr><td>ジーンスプリング</td><td>アジレント</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

performing custom microrna microarray experiments

マイクロRNA（miRNA）は、広く真核生物1で表されている〜22ヌクレオチド（nt）長いRNA分子の大家族です。複雑なゲノムは主に転写後に標的遺伝子の膨大な数の2、3の発現を阻害するmiRNAは、の少なくとも数百人をエンコードする。 miRNAは生物学的プロセス1の広い範囲を制御します。さらに、変更されたmiRNAの発現は、癌などのヒトの疾患と関連している、とmiRNAは病気と予後4、5のためのバイオマーカーとして機能することができる。それは多くの異なる条件下での発現とmiRNAの機能を理解することが重要です。 リアルタイムPCR、マイクロアレイ、およびディープシーケンシング：三つの主要なアプローチは、プロファイルのmiRNAの発現に用いられてきた。 miRNAのマイクロアレイの技術は、一般的に安価、高スループットという利点があり、実験と解析の手順のほとんどは、カーすることができますほとんどの大学、医学校および関連病院での分子生物学の実験室でIED。ここでは、カスタムのmiRNAマイクロアレイ実験を行う方法を説明します。 miRNAのプローブセットは、miRNAのマイクロアレイを製造するガラススライド上に印刷されます。 RNAは、小さなRNA種を保存する方法または試薬を用いて単離し、そしてその後、蛍光色素で標識されている。コントロールとして、miRNAのサブセットに対応する基準DNAオリゴヌクレオチドはまた、異なる蛍光色素で標識されています。リファレンスDNAは、スライドとハイブリダイゼーションの品質を実証するのに役立つだろうし、また、データの正規化のために使用されます。 RNAとDNAを混合し、データベースにおけるmiRNAのほとんどのプローブを含むマイクロアレイスライドにハイブリダイズさせる。洗浄後、スライド、画像、および定量化の個々のスポットの強度を得るためにスキャンされます。これらの生信号をさらに処理し、対応するmiRNAの発現データとして解析されます。 Microarrayのスライドは、マイクロアレイのコストを削減し、マイクロアレイ実験の一貫性を高めるために除去し、再生成することができます。同じ原理と手順は、カスタムマイクロアレイ実験の他のタイプに適用可能である。

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Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments

カスタムmicroRNAのマイクロアレイの実験を行うの簡単な手順が説明されています。手順は、ハイブリダイゼーションシグナルを定量化し、分析、マイクロアレイのスキャン、マイクロアレイにサンプルをハイブリダイズ、RNA、標識RNAとリファレンスのDNAを単離することがあります。

カスタムmicroRNAのマイクロアレイの実験を行う

microRNAs (miRNAs) are a large family of &tilde; 22 nucleotides (nt) long RNA molecules that are widely expressed in eukaryotes 1.  Complex genomes encode ...

Research

JoVE Journal

Biology

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