Name: one-day workflow scheme for bacterial pathogen detection and antimicrobial resistance testing from blood cultures
Uploaded: 2012-07-09T12:00:00
Duration: 8 min 30 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about One-day Workflow Scheme for Bacterial Pathogen Detection and Antimicrobial Resistance Testing from Blood Cultures at JoVE.com

وأيد هذا العمل من قبل العظم Profileringsfonds (PF245).

<ol>
	<li>Wallet, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preliminary+clinical+study+using+a+multiplex+real-time+PCR+test+for+the+detection+of+bacterial+and+fungal+DNA+directly+in+blood.">Preliminary clinical study using a multiplex real-time PCR test for the detection of bacterial and fungal DNA directly in blood.</a> Clin. Microbiol. Infect. 16, 774 (2010).</li><li>Beekmann, S. E., Diekema, D. J., Chapin, K. C., Doern, G. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+rapid+detection+of+bloodstream+infections+on+length+of+hospitalization+and+hospital+charges.">Effects of rapid detection of bloodstream infections on length of hospitalization and hospital charges.</a> J. Clin. Microbiol. 41, 3119 (2003).</li><li>Raymaekers, M., Bakkus, M., Boone, E., de Rijke, B., Housni, H. E. l., Descheemaeker, P., De Schouwer, P., Franke, S., Hillen, F., Nollet, F., Soetens, O., Vankeerberghen, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Diagnostics+working+group.+Reflections+and+proposals+to+assure+quality+in+molecular+diagnostics.">Molecular Diagnostics working group. Reflections and proposals to assure quality in molecular diagnostics.</a> Acta. Clin. Belg. 66, 33 (2011).</li><li>Peters, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+developments+in+the+diagnosis+of+bloodstream+infections.">New developments in the diagnosis of bloodstream infections.</a> Lancet Infect. Dis. 4, 751 (2004).</li><li>Hansen, W. L., Beuving, J., Bruggeman, C. A., Wolffs, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+probes+for+the+diagnosis+of+clinically+relevant+bacterial+infections+in+blood+cultures.">Molecular probes for the diagnosis of clinically relevant bacterial infections in blood cultures.</a> J. Clin. Microbiol. 48, 4432-4432 (2010).</li><li>Beuving, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic+susceptibility+testing+of+grown+blood+cultures+by+combining+culture+and+real-time+polymerase+chain+reaction+is+rapid+and+effective.">Antibiotic susceptibility testing of grown blood cultures by combining culture and real-time polymerase chain reaction is rapid and effective.</a> PLoS ONE. 6, (2011).</li><li>Rolain, J. M., Mallet, M. N., Fournier, P. E., Raoult, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+for+universal+antibiotic+susceptibility+testing.">Real-time PCR for universal antibiotic susceptibility testing.</a> J. Antimicrob. Chemother. 54, 538 (2004).</li><li>Nadkarni, M. A., Martin, F. E., Jacques, N. A., Hunter, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+bacterial+load+by+real-time+PCR+using+a+broad-range+(universal)+probe+and+primers+set.">Determination of bacterial load by real-time PCR using a broad-range (universal) probe and primers set.</a> Microbiol. 148, 257 (2002).</li><li>Waites, K. B., Brookings, E. S., Moser, S. A., Zimmer, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+susceptibility+testing+with+positive+BacT/Alert+blood+cultures+by+using+MicroScan+overnight+and+rapid+panels.">Direct susceptibility testing with positive BacT/Alert blood cultures by using MicroScan overnight and rapid panels.</a> J. Clin. Microbiol. 36, 2052 ( ).</li><li>Vliegen, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+bacteria+by+real-time+amplification+and+sequencing+of+the+16S+rRNA+gene.">Rapid identification of bacteria by real-time amplification and sequencing of the 16S rRNA gene.</a> J. Microbiol. Meth. 66, 156 (2006).</li><li>Hall, L., Doerr, K. A., Wohlfiel, S. L., Roberts, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+MicroSeq+system+for+identification+of+mycobacteria+by+16S+ribosomal+DNA+sequencing+and+its+integration+into+a+routine+clinical+mycobacteriology+laboratory.">Evaluation of the MicroSeq system for identification of mycobacteria by 16S ribosomal DNA sequencing and its integration into a routine clinical mycobacteriology laboratory.</a> J. Clin. Microbiol. 41, 1447 (2003).</li></ol>

ليس لدينا ما يكشف.

البروتوكول وصفها هنا يمكن التعرف السريع على مسببات الأمراض، ويقدم لمحة فنية المضادة للجراثيم التي يمكن أن تؤدي إلى الإدارة في وقت مبكر من المضادات الحيوية الكافية وبالتالي تحسين تشخيص المرضى الذين يعانون من التهابات مجرى الدم. تبعا للظروف وطلبت من الاختبار، أي منخفضة التكلفة، وإنتاجية عالية، الحد الأدنى من فترة التسليم، ويمكن تعديل ظروف الاختبار. لا يمكن أن يؤديها الإجراء بأكمله في غضون يوم عمل واحد. وعلاوة على ذلك، يمكن تنفيذ جزأين من البروتوكول في وقت واحد، مما يقلل من وقت دورانها بشكل ملحوظ. كما وردت هنا، لوحة الهوية هي مجموعة من البكتيريا الأكثر صلة سريريا في المستشفى. منذ المبدأ الرئيسي هو استهداف المنطقة الجينات 16S، يمكن تصميم تحقيقات محددة لالكائنات الحية الدقيقة الأخرى، وأضيف إلى فحص. كان من المفترض الفحص الكامل للتحليل السريع للثقافات الدم، ولكن يمكن أن تستخدم أيضا لمعالجة سمواد ذر عينة. هذا هو الحال أيضا بالنسبة للمضادات الحيوية التي تم استخدامها لاختبار الحساسية للمضادات الحيوية: يمكن إضافة المضادات الحيوية أو غيرها، استنادا إلى أنماط المقاومة المحلية والمبادئ التوجيهية.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم كاشف </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td><td> تعليقات </td></tr><tr><td> كلوريد الصوديوم (كلوريد الصوديوم) </td><td> ميرك للمواد الكيميائية </td><td> 106404 </td><td> 0.9٪ في الماء </td></tr><tr><td> Vacutainer فاصل المصل طائرة أسرع من الصوت الأنبوبة 5 مل </td><td> دينار بحريني أنظمة التشخيص </td><td> 367986 </td><td></td></tr><tr><td> مولر هينتون الثاني مرق </td><td> دينار بحريني تشخيص Dystems </td><td> 212322 </td><td> 44 جم / لتر في المياه </td></tr><tr><td> منبذة Rotixa 50 RS </td><td> أندرياس Hettich GMBH &amp; CO. </td><td> 4910 </td><td></td></tr><tr><td> منبذة 5415 D </td><td> إيبندورف </td><td> توقف </td><td></td></tr><tr><td> الاشعال </td> &lt;TD&gt; سيغما الدريخ </td><td> NA </td><td></td></tr><tr><td> تحقيقات </td><td> Sigma-Aldrich/Applied النظم البيولوجية </td><td> NA </td><td></td></tr><tr><td> TaqManEnvironmental سيد مزيج 2.0 </td><td> النظم البيولوجية التطبيقية </td><td> 4396838 </td><td></td></tr><tr><td> معدل الذكاء SYBRGreen Supermix </td><td> الحيوي راد مختبرات BV </td><td> 170-8880 </td><td></td></tr><tr><td> MicroAmp بصري 96-حسنا بلايت رد الفعل </td><td> النظم البيولوجية التطبيقية </td><td> N8010560 </td><td></td></tr><tr><td> MicroAmp فيلم لاصق بصري </td><td> النظم البيولوجية التطبيقية </td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td> معدل الذكاء 96-حسنا لوحات PCR </td><td> الحيوي راد مختبرات BV </td><td> 223-9441 </td><td></td></tr><tr><td> Microseal B لاصق الأختام </td><td> الحيوي راد العملatories BV </td><td> MSB-1001 </td><td></td></tr><tr><td> في الوقت الحقيقي ونظام الكشف PCR </td><td> النظم البيولوجية التطبيقية </td><td> ABI PRISM 7900HT </td><td></td></tr><tr><td> في الوقت الحقيقي ونظام الكشف PCR </td><td> الحيوي راد مختبرات BV </td><td> MyiQ أحادية اللون </td><td></td></tr></tbody></table>

one-day workflow scheme for bacterial pathogen detection and antimicrobial resistance testing from blood cultures

وترتبط عدوى مجرى الدم مع ارتفاع معدلات الوفيات بسبب ظهور محتمل للتسمم، وتعفن الدم الشديد والصدمة الإنتانية 1. ولذلك، إدارة سريع من العلاج بالمضادات الحيوية الكافي يتسم بأهمية قبل كل شيء في علاج التهابات مجرى الدم. العنصر الحاسم في هذه العملية هو التوقيت، وتعتمد اعتمادا كبيرا على نتائج تحديد البكتيريا للمضادات الحيوية، واختبارات الحساسية. ويتم الحصول بصورة روتينية على حد سواء من هذه المعلمات من قبل ثقافة على أساس الاختبار، والتي تستغرق وقتا طويلا، ويأخذ في 24-48 ساعة في المتوسط ​​2 و 4. وكان الهدف من الدراسة لتطوير المعتمدة على الحمض النووي لتحديد هوية المقايسات السريع للالتهابات مجرى الدم، وكذلك إجراء اختبارات الحساسية للمضادات الميكروبات السريع. الفحص الأول هو 16S eubacterial rDNA القائم على فحص PCR في الوقت الحقيقي مع استكمال الأنواع أو تحقيقات جنس محدد 5. باستخدام هذه التحقيقات، الجراثيم سلبية الغرام بما في ذلك أنواع الزائفة، الزائفة الزنجاريةويمكن تمييزها القولونية، فضلا عن الجراثيم الإيجابية الغرام بما في ذلك النيابة العنقودية الذهبية.، المكورات العنقودية الذهبية، المعوية النيابة.، العقدية النيابة.، والعقدية الرئوية. باستخدام هذا الفحص multiprobe، أعطيت تحديد الأول من هذا الكائن الصغير المسبب للمرض بعد 2 ساعة. ثانيا، قمنا بتطوير فحص شبه الجزيئية لإجراء اختبارات الحساسية للمضادات الحيوية من س. المذهبة، المعوية النيابة. و (اختياري) الميكروب الهوائي سلبية الغرام قضبان 6. واستند هذا الاختبار على دراسة التي استخدمت PCR لقياس نمو البكتيريا 7. يتم تحضين البكتيريا حصادها مباشرة من الثقافات الدم لمدة 6 ساعات مع مجموعة مختارة من المضادات الحيوية، وبعد Sybr الأخضر القائم على فحص PCR في الوقت الحقيقي ويحدد تثبيط نمو. ويمكن الجمع بين هاتين الطريقتين توجيه اختيار العلاج المناسب من المضادات الحيوية في اليوم نفسه (الشكل 1). في الختاموالتحليل الجزيئي لكلا تحديد وقابلية للمضادات الحيوية تقدم أسرع بديلة للكشف عن العوامل المسببة للأمراض، ويمكن تحسين تشخيص العدوى مجرى الدم.

Watch this Scientific Journal Video about One-day Workflow Scheme for Bacterial Pathogen Detection and Antimicrobial Resistance Testing from Blood Cultures at JoVE.com

One-day Workflow Scheme for Bacterial Pathogen Detection and Antimicrobial Resistance Testing from Blood Cultures

تصميم خطة واضحة سير العمل ليوم واحد لتشخيص مسببات الأمراض البكتيرية تمكن من التعرف السريع للالتهابات مجرى الدم. إدراج الأهداف الثمانية البكتيرية ذات الصلة سريريا وملفاتهم الشخصية المقاومة للمضادات الحيوية يقدم الطبيب نظرة أولية في نفس اليوم، والتي يمكن أن تؤدي إلى مزيد من العلاج الملائم.

في يوم واحد خطة سير العمل للكشف عن مسببات الأمراض البكتيرية ومضادات الميكروبات اختبار المقاومة من زرع الدم

Bloodstream infections are associated with high mortality rates because of the probable manifestation of sepsis, severe sepsis and septic shock1. ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Protocol for Recombinant RBD-based SARS Vaccines: Protein Preparation, Animal Vaccination and Neutralization Detection

بروتوكول لقاحات مرض السارس المؤتلف RBD المستندة : إعداد البروتين ، والكشف عن تطعيم الحيوانات تحييد

Based on their safety profile and ability to induce potent immune responses against infections, subunit vaccines have been used as candidates for a wide ...

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

إجراء 1.5 ساعة لتحديد معوي أنواع الثقافات مباشرة من الدم

Enterococci are a common cause of bacteremia with E. faecalis being the predominant species followed by E. faecium.  Because resistance to ampicillin and ...

Introducing Shear Stress in the Study of Bacterial Adhesion

إدخال إجهاد القص في دراسة الالتصاق الجرثومي

During bacterial infections a sequence of interactions occur between the pathogen and its host. Bacterial adhesion to the host cell surface is often the ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

الإنتاجية العالية لطريقة الكشف عن فيروس الإنفلونزا

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Saliva, Salivary Gland, and Hemolymph Collection from Ixodes scapularis Ticks

Saliva, Salivary Gland, and Hemolymph Collection from Ixodes scapularis Ticks

اللعاب، الغدد اللعابية، وجمع اللمف الدموي من القراد اللبود الكتفي

Ticks are found worldwide and afflict humans with many tick-borne illnesses. Ticks are vectors for pathogens that cause Lyme disease and tick-borne ...

Nanomechanics of Drug-target Interactions and Antibacterial Resistance Detection

Nanomechanics من المخدرات التفاعلات المستهدفة وكشف المقاومة للجراثيم

The cantilever sensor, which acts as a transducer of reactions between model bacterial cell wall matrix immobilized on its surface and antibiotic drugs in ...

Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

?????? PCR ????? ??????? ?? ?????????? ????? ???????? ????? ?? ????? ??? ?????? ?? ????????? ??????<em&gt; ???????? ????????? ???????</em

Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) typing  is a very important molecular tool for understanding the epidemiology and  clonal strain ...

Preparation of a Blood Culture Pellet for Rapid Bacterial Identification and Antibiotic Susceptibility Testing

إعداد ثقافة بيليه الدم الجرثومي السريع لتحديد واختبار حساسية المضادات الحيوية

Bloodstream infections and sepsis are a major cause of morbidity and mortality. The successful outcome of patients suffering from bacteremia depends on a ...

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

Loop-mediated Isothermal Amplification LAMP Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

متساوي التضخيم (LAMP) فحوصات بوساطة حلقة للكشف عن أنواع محددة من<em&gt; الأيمرية</em&gt; التي تصيب الدجاج

Eimeria species parasites, protozoa which cause the enteric disease coccidiosis, pose a serious threat to the production and welfare of chickens. In the ...

Using a Bacterial Pathogen to Probe for Cellular and Organismic-level Host Responses

استخدام مسببات الأمراض بكتيرية للتحقيق لاستجابات المضيف الخلوية ومستوى أورجانيسميك

There are a variety of strategies bacterial pathogens employ to survive and proliferate once inside the eukaryotic cell. The so-called 'cytosolic' ...