Name: one-day workflow scheme for bacterial pathogen detection and antimicrobial resistance testing from blood cultures
Uploaded: 2012-07-09T12:00:00
Duration: 8 min 30 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about One-day Workflow Scheme for Bacterial Pathogen Detection and Antimicrobial Resistance Testing from Blood Cultures at JoVE.com

Эта работа была поддержана Profileringsfonds манатов (PF245).

<ol>
	<li>Wallet, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preliminary+clinical+study+using+a+multiplex+real-time+PCR+test+for+the+detection+of+bacterial+and+fungal+DNA+directly+in+blood.">Preliminary clinical study using a multiplex real-time PCR test for the detection of bacterial and fungal DNA directly in blood.</a> Clin. Microbiol. Infect. 16, 774 (2010).</li><li>Beekmann, S. E., Diekema, D. J., Chapin, K. C., Doern, G. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+rapid+detection+of+bloodstream+infections+on+length+of+hospitalization+and+hospital+charges.">Effects of rapid detection of bloodstream infections on length of hospitalization and hospital charges.</a> J. Clin. Microbiol. 41, 3119 (2003).</li><li>Raymaekers, M., Bakkus, M., Boone, E., de Rijke, B., Housni, H. E. l., Descheemaeker, P., De Schouwer, P., Franke, S., Hillen, F., Nollet, F., Soetens, O., Vankeerberghen, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Diagnostics+working+group.+Reflections+and+proposals+to+assure+quality+in+molecular+diagnostics.">Molecular Diagnostics working group. Reflections and proposals to assure quality in molecular diagnostics.</a> Acta. Clin. Belg. 66, 33 (2011).</li><li>Peters, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+developments+in+the+diagnosis+of+bloodstream+infections.">New developments in the diagnosis of bloodstream infections.</a> Lancet Infect. Dis. 4, 751 (2004).</li><li>Hansen, W. L., Beuving, J., Bruggeman, C. A., Wolffs, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+probes+for+the+diagnosis+of+clinically+relevant+bacterial+infections+in+blood+cultures.">Molecular probes for the diagnosis of clinically relevant bacterial infections in blood cultures.</a> J. Clin. Microbiol. 48, 4432-4432 (2010).</li><li>Beuving, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic+susceptibility+testing+of+grown+blood+cultures+by+combining+culture+and+real-time+polymerase+chain+reaction+is+rapid+and+effective.">Antibiotic susceptibility testing of grown blood cultures by combining culture and real-time polymerase chain reaction is rapid and effective.</a> PLoS ONE. 6, (2011).</li><li>Rolain, J. M., Mallet, M. N., Fournier, P. E., Raoult, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+for+universal+antibiotic+susceptibility+testing.">Real-time PCR for universal antibiotic susceptibility testing.</a> J. Antimicrob. Chemother. 54, 538 (2004).</li><li>Nadkarni, M. A., Martin, F. E., Jacques, N. A., Hunter, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+bacterial+load+by+real-time+PCR+using+a+broad-range+(universal)+probe+and+primers+set.">Determination of bacterial load by real-time PCR using a broad-range (universal) probe and primers set.</a> Microbiol. 148, 257 (2002).</li><li>Waites, K. B., Brookings, E. S., Moser, S. A., Zimmer, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+susceptibility+testing+with+positive+BacT/Alert+blood+cultures+by+using+MicroScan+overnight+and+rapid+panels.">Direct susceptibility testing with positive BacT/Alert blood cultures by using MicroScan overnight and rapid panels.</a> J. Clin. Microbiol. 36, 2052 ( ).</li><li>Vliegen, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+identification+of+bacteria+by+real-time+amplification+and+sequencing+of+the+16S+rRNA+gene.">Rapid identification of bacteria by real-time amplification and sequencing of the 16S rRNA gene.</a> J. Microbiol. Meth. 66, 156 (2006).</li><li>Hall, L., Doerr, K. A., Wohlfiel, S. L., Roberts, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+MicroSeq+system+for+identification+of+mycobacteria+by+16S+ribosomal+DNA+sequencing+and+its+integration+into+a+routine+clinical+mycobacteriology+laboratory.">Evaluation of the MicroSeq system for identification of mycobacteria by 16S ribosomal DNA sequencing and its integration into a routine clinical mycobacteriology laboratory.</a> J. Clin. Microbiol. 41, 1447 (2003).</li></ol>

Нам нечего раскрывать.

Протокол, описанный здесь, позволяет быстро выявлять возбудителей и обеспечивает функциональную антимикробной профиля, которые могут привести к раннему администрации адекватных антибиотиков тем самым улучшая прогноз для пациентов с инфекциями кровотока. В зависимости от запрашиваемой условия теста, то есть низкая стоимость, высокая пропускная способность, минимальный оборот вокруг время, условия проведения испытаний могут быть скорректированы. Вся процедура может быть выполнена в течение одного рабочего дня. Кроме того, две части протокола могут быть выполнены одновременно, что снижает оборот вокруг время значительно. Как показано здесь, выявление панель выбора наиболее клинически значимых бактерий в нашей больнице. Поскольку основной принцип ориентации региона 16S гена, зондами для других микроорганизмов могут быть разработаны и добавлены в анализе. Полный анализ был первоначально предназначен для экспресс-анализа крови культур, но также может быть использован для обработки выводаМатериалы термо образца. Это также относится к антибиотикам, которые были использованы для тестирования чувствительности к антибиотикам: более или другие антибиотики могут быть добавлены, исходя из местных моделей устойчивости и руководящих принципов.

<table border="1"><tbody><tr><td> Название реагента </td><td> Компания </td><td> Номер по каталогу </td><td> Комментарии </td></tr><tr><td> Хлорид натрия (NaCl) </td><td> Химическая продукция Мерк </td><td> 106404 </td><td> 0,9% в воде </td></tr><tr><td> Vacutainer SST сыворотки сепаратор труба 5 мл </td><td> BD Диагностические системы </td><td> 367986 </td><td></td></tr><tr><td> Мюллер Хинтон II бульон </td><td> BD Диагностические Dystems </td><td> 212322 </td><td> 44 г / л в воде </td></tr><tr><td> Центрифуга Rotixa 50 RS </td><td> Andreas Hettich GmbH &amp; Ко КГ </td><td> 4910 </td><td></td></tr><tr><td> Центрифуга 5415 D </td><td> Эппендорф </td><td> Прекращенный </td><td></td></tr><tr><td> Грунтовки </td> &lt;TD&gt; Sigma-Aldrich </td><td> не доступно </td><td></td></tr><tr><td> Зонды </td><td> Sigma-Aldrich/Applied Biosystems </td><td> не доступно </td><td></td></tr><tr><td> TaqManEnvironmental мастер смеси 2,0 </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4396838 </td><td></td></tr><tr><td> IQ SYBRGreen Supermix </td><td> Bio-Rad Laboratories BV </td><td> 170-8880 </td><td></td></tr><tr><td> МкА оптический 96-Ну реакции плиты </td><td> Applied Biosystems </td><td> N8010560 </td><td></td></tr><tr><td> МкА оптический клей фильм </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td> IQ 96-Ну ПЦР пластины </td><td> Bio-Rad Laboratories BV </td><td> 223-9441 </td><td></td></tr><tr><td> Microseal B Клей уплотнения </td><td> Bio-Rad трудаatories BV </td><td> MSB-1001 </td><td></td></tr><tr><td> ПЦР в реальном времени система обнаружения </td><td> Applied Biosystems </td><td> ABI PRISM 7900HT </td><td></td></tr><tr><td> Real-Time PCR Detection System </td><td> Bio-Rad Laboratories BV </td><td> MyiQ одноцветных </td><td></td></tr></tbody></table>

one-day workflow scheme for bacterial pathogen detection and antimicrobial resistance testing from blood cultures

Инфекций кровотока, связанных с высокой смертностью из-за вероятного проявления сепсиса, тяжелого сепсиса и септического шока 1. Таким образом, быстрое введение адекватной антибактериальной терапии имеет первостепенное значение при лечении инфекций кровотока. Важнейшим элементом в этом процессе является выбор времени, во многом зависит от результатов бактериальной идентификации и тестирования чувствительности антибиотиков. Оба эти параметры обычно получены культуры на основе тестирования, которое отнимает много времени и занимает в среднем 24-48 часов, 2, 4. Цель исследования заключалась в разработке ДНК-тесты для быстрой идентификации инфекций кровотока, а также быстрое антимикробной чувствительности. Первый тест является эубактерий 16S рДНК на основе ПЦР в реальном времени анализ дополнен видов или род-зондами 5. С помощью этих зондов, грамотрицательных бактерий, включая Pseudomonas sрр., Синегнойной палочкии кишечной палочки, а также грамположительных бактерий, включая бактерии рода стафилококки., золотистого стафилококка, Enterococcus SPP., стрептококки., и пневмококк можно было различить. С помощью этого анализа multiprobe, первый идентификации возбудителя микроорганизмов был дан через 2 часа. Во-вторых, мы разработали полу-молекулярный тест для тестирования чувствительности к антибиотикам С. стафилококк, Enterococcus SPP. и (факультативно) аэробных грамотрицательных палочек 6. Этот анализ был основан на исследовании, в котором ПЦР был использован для измерения роста бактерий 7. Бактерии собраны непосредственно из крови культуры инкубируют в течение 6 ч при выборе антибиотиков и после SYBR Green на основе ПЦР в реальном времени анализ определяет торможение роста. Сочетание этих двух методов может направить выбор подходящего антибиотикотерапии в тот же день (рис. 1). В заключение, Молекулярный анализ и определение чувствительности к антибиотикам и предлагает более быстрой альтернативой для обнаружения патогенов и может улучшить диагностику инфекций кровотока.

Watch this Scientific Journal Video about One-day Workflow Scheme for Bacterial Pathogen Detection and Antimicrobial Resistance Testing from Blood Cultures at JoVE.com

One-day Workflow Scheme for Bacterial Pathogen Detection and Antimicrobial Resistance Testing from Blood Cultures

Дизайн простой однодневный рабочий схема бактериального возбудителя диагностика позволяет быстро признание инфекций кровотока. Включение восьми клинически значимых бактериальных целей и их антибиотик профилей сопротивление предлагает врач первоначальный взгляд на тот же день, что может привести к более адекватной терапии.

Однодневный рабочий процесс Схема бактериальных патогенов обнаружения и антимикробной сопротивления из крови культур

Bloodstream infections are associated with high mortality rates because of the probable manifestation of sepsis, severe sepsis and septic shock1. ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Protocol for Recombinant RBD-based SARS Vaccines: Protein Preparation, Animal Vaccination and Neutralization Detection

Протокол Рекомбинантный РосБР основе вакцины атипичной пневмонии: белковый препарат, вакцинация животных и нейтрализации Обнаружение

Based on their safety profile and ability to induce potent immune responses against infections, subunit vaccines have been used as candidates for a wide ...

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

A 1.5 Hour Procedure for Identification of Enterococcus Species Directly from Blood Cultures

1,5 час порядок идентификации Enterococcus Виды Непосредственно из культуры крови

Enterococci are a common cause of bacteremia with E. faecalis being the predominant species followed by E. faecium.  Because resistance to ampicillin and ...

Introducing Shear Stress in the Study of Bacterial Adhesion

Представляем напряжения сдвига в изучении бактериальной адгезии

During bacterial infections a sequence of interactions occur between the pathogen and its host. Bacterial adhesion to the host cell surface is often the ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

Высокая пропускная способность Метод обнаружения для вируса гриппа

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Saliva, Salivary Gland, and Hemolymph Collection from Ixodes scapularis Ticks

Saliva, Salivary Gland, and Hemolymph Collection from Ixodes scapularis Ticks

Слюна, слюнные железы, и гемолимфы Коллекция от иксодовых клещей Scapularis

Ticks are found worldwide and afflict humans with many tick-borne illnesses. Ticks are vectors for pathogens that cause Lyme disease and tick-borne ...

Nanomechanics of Drug-target Interactions and Antibacterial Resistance Detection

Наномеханика лекарственно-целевого взаимодействия и антибактериальные обнаружения сопротивления

The cantilever sensor, which acts as a transducer of reactions between model bacterial cell wall matrix immobilized on its surface and antibiotic drugs in ...

Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

??????????? ??? ??? ??????????? ??????????????? ??????? ????????? ??? ????? I ?? V ? ??????????-??????????<em&gt; ?????????? ???????????</em

Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) typing  is a very important molecular tool for understanding the epidemiology and  clonal strain ...

Preparation of a Blood Culture Pellet for Rapid Bacterial Identification and Antibiotic Susceptibility Testing

Подготовка крови культуры Пелле для быстрого идентификации бактерий и чувствительности к антибиотикам

Bloodstream infections and sepsis are a major cause of morbidity and mortality. The successful outcome of patients suffering from bacteremia depends on a ...

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

Loop-mediated Isothermal Amplification LAMP Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

Loop-опосредованной изотермический амплификации (ЛАМП) Анализы на конкретные виды обнаружения<em&gt; Eimeria</em&gt;, Которые заражают цыплят

Eimeria species parasites, protozoa which cause the enteric disease coccidiosis, pose a serious threat to the production and welfare of chickens. In the ...

Using a Bacterial Pathogen to Probe for Cellular and Organismic-level Host Responses

Использование бактериальных патогенов чтобы зонд для сотовых и организмический уровне принимающей ответов

There are a variety of strategies bacterial pathogens employ to survive and proliferate once inside the eukaryotic cell. The so-called 'cytosolic' ...