Name: a protocol for computer-based protein structure and function prediction
Uploaded: 2011-11-03T12:00:00
Duration: 16 min 41 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction at JoVE.com

Projektet er delvist understøttet af Alfred P. Sloan Foundation, NSF Career Award (DBI 1.027.394), og National Institute of General Medical Sciences (GM083107, GM084222).

<ol>
	<li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Template-based+modeling+and+free+modeling+by+I-TASSER+in+CASP7.">Template-based modeling and free modeling by I-TASSER in CASP7.</a> Proteins. 69, 108-117 (2007).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER:+Fully+automated+protein+structure+prediction+in+CASP8.">I-TASSER: Fully automated protein structure prediction in CASP8.</a> Proteins. 77, 100-113 (2009).</li><li>Wu, S., Skolnick, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ab+initio+modeling+of+small+proteins+by+iterative+TASSER+simulations.">Ab initio modeling of small proteins by iterative TASSER simulations.</a> BMC Biol. 5, 17-17 (2007).</li><li>Roy, A., Kucukural, A., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER:+a+unified+platform+for+automated+protein+structure+and+function+prediction.">I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction.</a> Nat Protoc. 5, 725-738 (2010).</li><li>Wu, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LOMETS:+a+local+meta-threading-server+for+protein+structure+prediction.">LOMETS: a local meta-threading-server for protein structure prediction.</a> Nucleic Acids Res. 35, 3375-3382 (2007).</li><li>Zhang, Y., Kihara, D., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Local+energy+landscape+flattening:+parallel+hyperbolic+Monte+Carlo+sampling+of+protein+folding.">Local energy landscape flattening: parallel hyperbolic Monte Carlo sampling of protein folding.</a> Proteins. 48, 192-201 (2002).</li><li>Li, Y., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=REMO:+A+new+protocol+to+refine+full+atomic+protein+models+from+C-alpha+traces+by+optimizing+hydrogen-bonding+networks.">REMO: A new protocol to refine full atomic protein models from C-alpha traces by optimizing hydrogen-bonding networks.</a> Proteins. 76, 665-676 (2009).</li><li>Zhang, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+protein+structure+refinement+using+fragment+guided+molecular+dynamics+simulations.">High-resolution protein structure refinement using fragment guided molecular dynamics simulations.</a> , (2011).</li><li>Roy, A., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=COFACTOR:+protein-ligand+binding+site+predictions+by+global+structure+similarity+match+and+local+geometry+refinement.">COFACTOR: protein-ligand binding site predictions by global structure similarity match and local geometry refinement.</a> , (2011).</li><li>Zhang, Y., Hubner, I. A., Arakaki, A. K., Shakhnovich, E., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+origin+and+highly+likely+completeness+of+single-domain+protein+structures.">On the origin and highly likely completeness of single-domain protein structures.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, 2605-2610 (2006).</li><li>Zhang, Y., Kolinski, A., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TOUCHSTONE+II:+a+new+approach+to+ab+initio+protein+structure+prediction.">TOUCHSTONE II: a new approach to ab initio protein structure prediction.</a> Biophys. J. 85, 1145-1164 (2003).</li><li>Wu, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comprehensive+assessment+of+sequence-based+and+template-based+methods+for+protein+contact+prediction.">A comprehensive assessment of sequence-based and template-based methods for protein contact prediction.</a> Bioinformatics. 24, 924-931 (2008).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SPICKER:+a+clustering+approach+to+identify+near-native+protein+folds.">SPICKER: a clustering approach to identify near-native protein folds.</a> J. Comput. Chem. 25, 865-871 (2004).</li><li>Zhang, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+protein+structure+refinement+using+fragment+guided+molecular+dynamics+simulations.">High-resolution protein structure refinement using fragment guided molecular dynamics simulations.</a> , (2010).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER+server+for+protein+3D+structure+prediction.">I-TASSER server for protein 3D structure prediction.</a> BMC Bioinformatics. 9, 40-40 (2008).</li><li>Xu, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+significant+is+a+protein+structure+similarity+with+TM-score+=+0.5?.">How significant is a protein structure similarity with TM-score = 0.5?.</a> Bioinformatics. 26, 889-895 (2010).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scoring+function+for+automated+assessment+of+protein+structure+template+quality.">Scoring function for automated assessment of protein structure template quality.</a> Proteins. 57, 702-710 (2004).</li><li>Barrett, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nomenclature+Committee+of+the+International+Union+of+Biochemistry+and+Molecular+Biology+(NC-IUBMB).+Enzyme+Nomenclature.+Recommendations+1992.+Supplement+4:+corrections+and+additions+(1997).">Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Enzyme Nomenclature. Recommendations 1992. Supplement 4: corrections and additions (1997).</a> Eur J Biochem. 250, 1-6 (1997).</li><li>Ashburner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+ontology:+tool+for+the+unification+of+biology.+The+Gene+Ontology+Consortium.">Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium.</a> Nat. Genet. 25, 25-29 (2000).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TM-align:+a+protein+structure+alignment+algorithm+based+on+the+TM-score.">TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score.</a> Nucleic. Acids. Res. 33, 2302-2309 (2005).</li><li>Xu, D., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RK+Ab+Intio+Protein+Structure+Prediction.">RK Ab Intio Protein Structure Prediction.</a> , (2011).</li><li>Kim, D. E., Chivian, D., Baker, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+structure+prediction+and+analysis+using+the+Robetta+server.">Protein structure prediction and analysis using the Robetta server.</a> Nucleic. Acids. Res. 32, W526-W531 (2004).</li><li>Roy, A., Mukherjee, S., Hefty, P. S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inferring+protein+function+by+global+and+local+similarity+of+structural+analogs.">Inferring protein function by global and local similarity of structural analogs.</a> , (2011).</li><li>Marchler-Bauer, A., Bryant, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CD-Search:+protein+domain+annotations+on+the+fly.">CD-Search: protein domain annotations on the fly.</a> Nucleic. Acids. Res. 32, W327-W331 (2004).</li><li>Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Pfam+protein+families+database.">The Pfam protein families database.</a> Nucleic. Acids. Res. 38, D211-D222 (2010).</li><li>Zdobnov, E. M., Apweiler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=InterProScan--an+integration+platform+for+the+signature-recognition+methods+in+InterPro.">InterProScan--an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro.</a> Bioinformatics. 17, 847-848 (2001).</li></ol>

Ingen interessekonflikter erklæret.

Protokollen præsenteret ovenfor er en generel retningslinje for struktur og funktion modellering ved hjælp af I-TASSER server. Selv om denne automatiske procedure virker meget godt for de fleste af de proteiner, menneskelige indgreb ofte hjælpe i væsentlig grad at forbedre modellerne nøjagtighed, især for de proteiner, som mangler tæt skabeloner i FBF biblioteket. Brugere kan gribe ind i løbet af I-TASSER modellering på følgende måder: (a) opdeling af multi-domæne proteiner (b) at give eksterne begrænsninger for at forbedre strukturen forsamling, og (c) At fjerne skabeloner i løbet af modellering. Opdeling af multi-domæne protein: Mange lange protein-sekvenser ofte indeholder flere domæner tøjret ved hjælp af fleksible linker regioner, hvilket gør deres struktur opklaringen vanskelig ved hjælp af både eksperimentelle og beregningsmæssige teknikker. Ikke desto mindre, som domæner er uafhængigt folde enheder og kan udføre forskellige molekylære funktion, det erønskeligt at opdele lange multi-domæne proteiner og model hvert enkelt domæne. Modeling domæner individuelt vil ikke kun fremskynde forudsigelsen processen, men også øger kvaliteten af ​​query-skabelon tilpasning, hvilket resulterer i mere pålidelig struktur og funktion forudsigelser. Domæne grænser i protein-sekvenser kan forudsiges ved hjælp af frit tilgængelige eksterne online-programmer som NCBI CDD 24, PFAM 25 eller InterProScan 26. Også, hvis LOMETS gevindskæring justeringer er tilgængelige for forespørgslen protein, kan domænenavn grænser være placeret ved visuelt at identificere lange strækninger af unaligned rester i øverste trådning skabeloner (se trin 5.4). Disse unaligned regioner overvejende svarer til domæne linkeren regioner. Hvis multi-domæne skabeloner er allerede tilgængelige i skabelonen FBF bibliotek med alle forespørgslen justeret domæner, så forespørgslen protein kan modelleres som fuld længde. Sørg for eksterne begrænsninger <pclass = &quot;jove_content&quot;&gt; Strukturen forsamling simuleringer i I-TASSER er primært styret af rumlige begrænsninger indsamlet fra LOMETS trådning skabeloner. For forespørgsel proteiner, der har gode trådning hit (Norm. Z-score&gt; 1) i skabelonen biblioteket, er afledt rumlige begrænsninger meste af høj nøjagtighed og I-TASSER vil generere høj opløsning strukturelle modeller for disse proteiner. Modsat, for forespørgsel proteiner, der har svage eller ingen threading hit (Norm. Z-score &lt;1), indsamlet rumlige begrænsninger ofte indeholder fejl, på grund af usikkerheden af skabelonen og tilpasning. For disse protein-targets, kan bruger-specificeret geografisk information være meget nyttigt at forbedre kvaliteten af ​​den forudsagte model. Brugere kan give ydre begrænsninger til I-TASSER server på to måder: A. Angiv kontakt / distance begrænsninger Eksperimentelt præget inter-rester kontakter / afstande, for eksempel fra NMR ellertværbindende eksperimenter, kan specificeret ved at uploade et tilbageholdenhed fil. Et eksempel fil er vist i figur 8, hvor kolonne 1 angiver den type frihedsberøvelse, nemlig &quot;DIST&quot; eller &quot;kontakt&quot;. Ved fjernsalg tilbageholdenhed (DIST), kolonne 2 og 4 indeholder rester positioner (i, j), kolonne 3 og 5 indeholder de atom-typer i den rest, og kolonne 6 angiver afstanden mellem de to angivne atomer. For kontakt begrænsninger (kontakt), kolonne 2 og 3 indeholder de positioner (i, j), restprodukter, som skal være i kontakt. Afstanden mellem sidekæder centrum af disse kontakter rester par afgøres baseret på observerede afstande i kendte strukturer i FBF. I-TASSER vil forsøge at tegne disse atom par tæt på den angivne afstand i løbet af strukturen raffinement simuleringer. B. Angiv et protein struktur skabelon LOMETS threading programmer bruger en repræsentant FBF biblioteket for at finde en plausibel folder for forespørgslen protein. Selv om der ved hjælp af en repræsentativ struktur bibliotek hjælper til at reducere den tid, der kræves for at beregne den sekvens-struktur alignments, er det muligt, at en god skabelon protein er savnet i biblioteket eller skabelon kan ikke have været identificeret ved LOMETS gevindskæring programmer, selvom det er til stede i biblioteket. I disse tilfælde skal brugeren angive den ønskede protein struktur som skabelon. Hvis du vil angive protein-struktur som en ekstra skabelon, kan brugere enten uploade et FBF formateret struktur fil eller angive FBF-ID for en deponeret protein struktur i FBF bibliotek. I-TASSER vil generere forespørgslen-skabelonen tilpasning ved hjælp af Muster-programmet 23, og vil indsamle rumlige begrænsninger fra både den angivne bruger skabelonen, og LOMETS skabeloner til at guide strukturen forsamling simulering. Fordi nøjagtigheden af ​​LOMETS begrænsninger er forskellig for forskellige mål, vægten af ​​LOMETS begrænsninger er stærkere i let (homologe) targets end den hårde (ikke-homologe) mål, som er blevet systematisk tunet i vores benchmark træning. Brugere kan også angive deres egne query-skabelon alignments. Serveren accepterer tilpasning i to formater: FASTA format (Figur 9A) og 3D-format (Figur 9B). Den FASTA format er standard og beskrevet på <a href="http://zhanglab.%20ccmb.med.umich.edu/FASTA/">http://zhanglab. ccmb.med.umich.edu / FASTA /</a> . 3D-formatet svarer til den standard FBF format ( <a href="http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html">http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html</a> ), men yderligere to kolonner er afledt af de skabeloner føjes til ATOM poster (se figur 9B): Kolonne 1-30: Atom (C-alfa-only) og rester navne til forespørgslen sekvens. Kolonne 31-54: Koordinater af C-alfa atomer af forespørgslen kopieret fra den tilsvarende atomer i skabelonen. Kolonne 55-59: tilsvarende restkoncentrationer nummer i den skabelon baseret på tilpasning Kolonne 60-64: tilsvarende restkoncentrationer navn i skabelonen Udelad skabeloner proteiner Proteiner er fleksible molekyler og kan vedtage flere konformationelle stater til at ændre deres biologiske aktivitet. For eksempel har strukturer i mange protein kinaser og membranproteiner blevet løst i både aktive og inaktive kropsbygning. Også tilstedeværelsen eller fraværet af bundne ligand kan forårsage store strukturelle bevægelser. Mens alle de konformationelle stater i skabelonen er ens for trådning programmer, er det ønskeligt at modellere forespørgsel ved hjælp af skabeloner i kun én bestemt tilstand. En ny mulighed på serveren giver brugeren mulighed for at udelukke skabelon proteiner i løbet struktur modellering. Denne funktion vil også gøre det muligt for brugeren at vælge homologi niveau af skabeloner, der kan anvendes til modellering. Brugere kan udelukke skabelon proteiner frOM I-TASSER bibliotek ved at: A. Angivelse af en sekvens identitet cutoff Brugere kan bruge denne mulighed for at udelukke homologe proteiner fra I-TASSER skabelon bibliotek. Det homologi er indstillet baseret på rækkefølgen identitet cutoff, det vil sige antallet af identiske rest mellem forespørgslen og skabelonen protein divideret med sekvens længden af ​​forespørgslen sekvens. For eksempel, hvis brugeren typer i &quot;70%&quot; i den viste form, alle skabeloner proteiner, der har en sekvens identitet&gt; 70% til forespørgslen protein jeg-vil blive udelukket fra I-TASSER skabelon bibliotek. B. Udeluk bestemt skabelon proteiner Bestemt skabelon proteiner, kan udelukkes fra I-TASSER Template Library ved at uploade en liste med FBF-id&#39;er for de strukturer, der skal udelukkes. Et eksempel fil er vist i figur 10. Da de samme protein kan eksistere som flere poster i FBF bibliotek, I-TASSER se-floden vil som standard udelukke den angivne skabeloner (i Kolonne1) samt alle andre skabeloner fra det bibliotek, der har en identitet&gt; 90% til den angivne skabeloner. Brugere kan også angive en anden identitet cutoff, fx 70%, hvor alle skabeloner med identitet&gt; 70% til specifikke skabelon proteiner vil blive udelukket.

<ol><li> FASTA formateret aminosyresekvens af det protein, der skal modelleres (jf. <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml</a> ). </li><li> En personlig computer med adgang til internettet og en webbrowser. </li><li> Molekylær visualisering software, f.eks RASMOL eller PYMOL, til at analysere den forventede tertiære struktur og funktionelle hjemmesider. </li></ol>

a protocol for computer-based protein structure and function prediction

Genomsekvensering projekter har kryptograferede millioner af protein sekvens, som kræver kendskab til deres struktur og funktion for at forbedre forståelsen af ​​deres biologiske rolle. Selvom eksperimentelle metoder kan give detaljerede oplysninger for en lille brøkdel af disse proteiner er datamodellering behov for hovedparten af ​​protein molekyler, der er eksperimentelt uncharacterized. I-TASSER server er en on-line workbench til høj opløsning modellering af protein struktur og funktion. Givet et protein sekvens, indeholder en typisk output fra I-TASSER server sekundær struktur forudsigelse, forudsagde opløsningsmiddel tilgængeligheden af ​​de enkelte restkoncentrationer, homologe skabelon proteiner opdaget ved gevindskæring og struktur justeringer, op til fem i fuld længde tertiær strukturelle modeller, og struktur-baserede funktionelle annotationer for enzym klassificering, Gene ontologi vilkår og protein-ligand bindingssteder. Alle forudsigelser er kodet med en tillid score, somfortæller, hvordan præcis de forudsigelser er uden at kende de eksperimentelle data. For at lette de særlige anmodninger fra slutbrugere, serveren giver kanaler til at acceptere bruger-specificerede inter-rester afstand og kontakt kort til interaktivt ændre I-TASSER modellering, og det giver også brugerne mulighed for at angive eventuelle proteiner som skabelon, eller at udelukke enhver skabelon proteiner i løbet af strukturen samling simuleringer. De strukturelle oplysninger kan indsamles af brugere baseret på eksperimentelle beviser eller biologiske indsigter med det formål at forbedre kvaliteten af ​​I-TASSER forudsigelser. Serveren blev vurderet som det bedste programmer for proteiners struktur og funktion forudsigelser i den nylige EU-dækkende CASP eksperimenter. Der er i øjeblikket&gt; 20.000 registrerede forskere fra over 100 lande, der bruger online-I-TASSER server.

Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction at JoVE.com

A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction

Retningslinjer for computerbaseret strukturelle og funktionelle karakterisering af protein ved hjælp af I-TASSER rørledningen er beskrevet. Fra forespørgsel protein sekvens, er 3D-modeller genereret ved hjælp af flere tråde alignments og iterativ strukturelle samling simuleringer. Funktionelle slutninger er derefter trukket baseret på kampe til proteiner med kendt struktur og funktioner.

En protokol for Computer-Based proteiners struktur og funktion Prediction

Genome sequencing projects have ciphered millions of protein sequence, which require knowledge of their structure and function to improve the ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Importance of Correct Protein Concentration for Kinetics and Affinity Determination in Structure-function Analysis 

In this study, we explore the interaction between the bovine cysteine protease inhibitor cystatin B and a catalytically inactive form of papain (Fig. 1), ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Analysis of the Development of a Morphological Phenotype as a Function of Protein Concentration in Budding Yeast

Gene deletion and protein overexpression are common methods for studying functions of proteins. In this article, we describe a protocol for analysis of ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

En protokol til identifikation af protein-protein interaktioner Udfra<sup&gt; 15</sup&gt; N metabolisk mærkning Immunoprecipitation, Kvantitativ massespektrometri og Affinity Modulation

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Using High Resolution Computed Tomography to Visualize the Three Dimensional Structure and Function of Plant Vasculature

Brug High Resolution Computed Tomography at visualisere de tredimensionelle struktur og funktion af dyrs vaskulatur

High resolution x-ray computed tomography (HRCT) is a non-destructive diagnostic imaging technique with sub-micron resolution capability that is now being ...

RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

Understanding the function of RNA involved in biological processes requires a thorough knowledge of RNA structure. Toward this end, the methodology dubbed ...

A Protocol for Phage Display and Affinity Selection Using Recombinant Protein Baits

En protokol for fagvisning og Affinity Selection Brug rekombinant protein Lokkemad

Using  recombinant phage as a scaffold to present various protein portions encoded by  a directionally cloned cDNA library to immobilized bait molecules ...

Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer

Undersøgelse af protein-protein interaktioner i levende celler Brug Bioluminescens Resonance Energy Transfer

Assays based on Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET) provide a sensitive and reliable means to monitor protein-protein interactions in live ...

Discovering Protein Interactions and Characterizing Protein Function Using HaloTag Technology

Opdage protein interaktioner og karakterisere Protein Funktion Brug HaloTag Technology

Research in proteomics has exploded in recent years with advances in mass spectrometry capabilities that have led to the characterization of numerous ...