Name: a protocol for computer-based protein structure and function prediction
Uploaded: 2011-11-03T12:00:00
Duration: 16 min 41 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction at JoVE.com

Het project wordt gedeeltelijk ondersteund door de Alfred P. Sloan Foundation, NSF Career Award (DBI 1.027.394) en het Nationale Instituut van Algemene Medische Wetenschappen (GM083107, GM084222).

<ol>
	<li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Template-based+modeling+and+free+modeling+by+I-TASSER+in+CASP7.">Template-based modeling and free modeling by I-TASSER in CASP7.</a> Proteins. 69, 108-117 (2007).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER:+Fully+automated+protein+structure+prediction+in+CASP8.">I-TASSER: Fully automated protein structure prediction in CASP8.</a> Proteins. 77, 100-113 (2009).</li><li>Wu, S., Skolnick, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ab+initio+modeling+of+small+proteins+by+iterative+TASSER+simulations.">Ab initio modeling of small proteins by iterative TASSER simulations.</a> BMC Biol. 5, 17-17 (2007).</li><li>Roy, A., Kucukural, A., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER:+a+unified+platform+for+automated+protein+structure+and+function+prediction.">I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction.</a> Nat Protoc. 5, 725-738 (2010).</li><li>Wu, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LOMETS:+a+local+meta-threading-server+for+protein+structure+prediction.">LOMETS: a local meta-threading-server for protein structure prediction.</a> Nucleic Acids Res. 35, 3375-3382 (2007).</li><li>Zhang, Y., Kihara, D., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Local+energy+landscape+flattening:+parallel+hyperbolic+Monte+Carlo+sampling+of+protein+folding.">Local energy landscape flattening: parallel hyperbolic Monte Carlo sampling of protein folding.</a> Proteins. 48, 192-201 (2002).</li><li>Li, Y., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=REMO:+A+new+protocol+to+refine+full+atomic+protein+models+from+C-alpha+traces+by+optimizing+hydrogen-bonding+networks.">REMO: A new protocol to refine full atomic protein models from C-alpha traces by optimizing hydrogen-bonding networks.</a> Proteins. 76, 665-676 (2009).</li><li>Zhang, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+protein+structure+refinement+using+fragment+guided+molecular+dynamics+simulations.">High-resolution protein structure refinement using fragment guided molecular dynamics simulations.</a> , (2011).</li><li>Roy, A., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=COFACTOR:+protein-ligand+binding+site+predictions+by+global+structure+similarity+match+and+local+geometry+refinement.">COFACTOR: protein-ligand binding site predictions by global structure similarity match and local geometry refinement.</a> , (2011).</li><li>Zhang, Y., Hubner, I. A., Arakaki, A. K., Shakhnovich, E., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+origin+and+highly+likely+completeness+of+single-domain+protein+structures.">On the origin and highly likely completeness of single-domain protein structures.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, 2605-2610 (2006).</li><li>Zhang, Y., Kolinski, A., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TOUCHSTONE+II:+a+new+approach+to+ab+initio+protein+structure+prediction.">TOUCHSTONE II: a new approach to ab initio protein structure prediction.</a> Biophys. J. 85, 1145-1164 (2003).</li><li>Wu, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comprehensive+assessment+of+sequence-based+and+template-based+methods+for+protein+contact+prediction.">A comprehensive assessment of sequence-based and template-based methods for protein contact prediction.</a> Bioinformatics. 24, 924-931 (2008).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SPICKER:+a+clustering+approach+to+identify+near-native+protein+folds.">SPICKER: a clustering approach to identify near-native protein folds.</a> J. Comput. Chem. 25, 865-871 (2004).</li><li>Zhang, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+protein+structure+refinement+using+fragment+guided+molecular+dynamics+simulations.">High-resolution protein structure refinement using fragment guided molecular dynamics simulations.</a> , (2010).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER+server+for+protein+3D+structure+prediction.">I-TASSER server for protein 3D structure prediction.</a> BMC Bioinformatics. 9, 40-40 (2008).</li><li>Xu, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+significant+is+a+protein+structure+similarity+with+TM-score+=+0.5?.">How significant is a protein structure similarity with TM-score = 0.5?.</a> Bioinformatics. 26, 889-895 (2010).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scoring+function+for+automated+assessment+of+protein+structure+template+quality.">Scoring function for automated assessment of protein structure template quality.</a> Proteins. 57, 702-710 (2004).</li><li>Barrett, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nomenclature+Committee+of+the+International+Union+of+Biochemistry+and+Molecular+Biology+(NC-IUBMB).+Enzyme+Nomenclature.+Recommendations+1992.+Supplement+4:+corrections+and+additions+(1997).">Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Enzyme Nomenclature. Recommendations 1992. Supplement 4: corrections and additions (1997).</a> Eur J Biochem. 250, 1-6 (1997).</li><li>Ashburner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+ontology:+tool+for+the+unification+of+biology.+The+Gene+Ontology+Consortium.">Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium.</a> Nat. Genet. 25, 25-29 (2000).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TM-align:+a+protein+structure+alignment+algorithm+based+on+the+TM-score.">TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score.</a> Nucleic. Acids. Res. 33, 2302-2309 (2005).</li><li>Xu, D., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RK+Ab+Intio+Protein+Structure+Prediction.">RK Ab Intio Protein Structure Prediction.</a> , (2011).</li><li>Kim, D. E., Chivian, D., Baker, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+structure+prediction+and+analysis+using+the+Robetta+server.">Protein structure prediction and analysis using the Robetta server.</a> Nucleic. Acids. Res. 32, W526-W531 (2004).</li><li>Roy, A., Mukherjee, S., Hefty, P. S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inferring+protein+function+by+global+and+local+similarity+of+structural+analogs.">Inferring protein function by global and local similarity of structural analogs.</a> , (2011).</li><li>Marchler-Bauer, A., Bryant, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CD-Search:+protein+domain+annotations+on+the+fly.">CD-Search: protein domain annotations on the fly.</a> Nucleic. Acids. Res. 32, W327-W331 (2004).</li><li>Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Pfam+protein+families+database.">The Pfam protein families database.</a> Nucleic. Acids. Res. 38, D211-D222 (2010).</li><li>Zdobnov, E. M., Apweiler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=InterProScan--an+integration+platform+for+the+signature-recognition+methods+in+InterPro.">InterProScan--an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro.</a> Bioinformatics. 17, 847-848 (2001).</li></ol>

Geen belangenconflicten verklaard.

Het protocol hierboven gepresenteerde is een algemene richtlijn voor de structuur en functie van het modelleren met behulp van de I-TASSER server. Hoewel deze geautomatiseerde procedure werkt zeer goed voor het grootste deel van de eiwitten, menselijk ingrijpen vaak helpen om een ​​aanzienlijke verbetering van de modellering nauwkeurigheid, met name voor de eiwitten die nauw templates gebrek in het VOB bibliotheek. Gebruikers kunnen ingrijpen tijdens de I-TASSER model op de volgende manieren: (a) splitsing van multi-domein eiwitten, (b) het verstrekken van externe beperkingen om de structuur montage verbeteren, en (c) het verwijderen van templates in de modellering. Splitsen van multi-domein eiwit: Veel lange eiwit-sequenties bevatten vaak meerdere domeinen gebonden door flexibele linker regio&#39;s, waardoor hun structuuropheldering moeilijk met behulp van zowel experimentele en computationele technieken. Niettemin, zoals domeinen zijn onafhankelijk van elkaar vouwen entiteiten en kunnen verschillende moleculaire functie uit te voeren, het iswenselijk om lange multi-domein eiwitten en model split elk domein afzonderlijk. Modelleren van domeinen individueel zal niet alleen maar versnellen de voorspelling proces, maar verhoogt ook de kwaliteit van de query-template alignment, wat resulteert in meer betrouwbare structuur en functie voorspellingen. Domeingrenzen in eiwit-sequenties kunnen worden voorspeld behulp van vrij verkrijgbare externe online programma&#39;s zoals NCBI CDD 24, 25 of PFAM InterProScan 26. Ook als LOMETS draadsnijden uitlijningen zijn beschikbaar voor de query eiwit, kan domeingrenzen worden gelokaliseerd door visueel te identificeren lange stukken van niet aangepaste residuen in de top-threading sjablonen (zie stap 5.4). Deze niet aangepaste regio&#39;s, hoofdzakelijk overeen met domeinnaam linker regio&#39;s. Als multi-domein templates zijn reeds beschikbaar in de sjabloon VOB bibliotheek met alle uitgelijnd vraag domeinen, wordt de query eiwit kan worden gemodelleerd als volledige lengte. Zorg voor externe beperkingen <pclass = &quot;jove_content&quot;&gt; De structuur assemblage simulaties in I-TASSER worden voornamelijk geleid door ruimtelijke beperkingen verzameld uit de LOMETS threading templates. Voor de zoekopdracht eiwitten die een goede threading hit (Norm. Z-score&gt; 1) zijn in de template bibliotheek, afgeleid ruimtelijke beperkingen zijn vooral van hoge nauwkeurigheid en I-TASSER zal een hoge resolutie structurele modellen te genereren voor deze eiwitten. In tegenstelling, voor de zoekopdracht eiwitten die zwakke of geen schroefdraad hit (Norm. Z-score &lt;1), verzamelde ruimtelijke beperkingen vaak fouten bevatten als gevolg van de onzekerheid van de template en de uitlijning. Voor deze eiwit targets, kan door de gebruiker opgegeven ruimtelijke informatie zeer nuttig zijn om de kwaliteit van de voorspelde model te verbeteren. Gebruikers kunnen externe beperkingen om de I-TASSER server op twee manieren: A. Geef de contact / afstand beperkingen Experimenteel gekenmerkt inter-residu contacten / afstanden, bijvoorbeeld een MRI-ofcross-linking experimenten, kan worden gespecificeerd door het uploaden van een bestand terughoudendheid. Een voorbeeld bestand wordt weergegeven in figuur 8, waar een kolom geeft het type van de beperking, dat wil zeggen &quot;DIST&quot; of &quot;contact&quot;. Voor afstand hoofdsteun (DIST), kolommen 2 en 4 bevatten residu posities (i, j), kolommen 3 en 5 bevatten de atoom-types in het residu en kolom 6 specificeert de afstand tussen de twee opgegeven atomen. Voor contact beperkingen (CONTACT), kolommen 2 en 3 bevatten de posities (i, j) van residuen die moeten worden in het contact. De afstand tussen de zijketens centrum van deze contact op te nemen residu paren wordt beslist op basis van waargenomen afstanden in bekende structuren in het VOB. I-TASSER zal proberen om deze atoom paren dicht bij de opgegeven afstand tijdens de structuur verfijning simulaties te trekken. B. Geef een eiwitstructuur sjabloon LOMETS threading programma&#39;s gebruiken een vertegenwoordiger van het VOB bibliotheek om plausibele plooien te vinden voor de query protein. Hoewel het gebruik van een representatieve structuur bibliotheek helpt het verminderen van de tijd die nodig is om de sequentie-structuur uitlijningen te berekenen, is het mogelijk dat een goed sjabloon eiwit wordt gemist in de bibliotheek of het sjabloon kan niet zijn geïdentificeerd door middel LOMETS threading-programma&#39;s, ook al is het aanwezig in de bibliotheek. In deze gevallen dient de gebruiker de gewenste eiwit structuur als de sjabloon. Om aan te geven eiwitstructuur als een extra sjabloon, kunnen gebruikers zowel uploaden een PDB geformatteerd structuur bestand of geef het VOB ID van een gedeponeerd eiwitstructuur in het VOB bibliotheek. De I-TASSER genereert de query-template uitlijning met behulp van Muster-programma 23 en zal ruimtelijke beperkingen te verzamelen van zowel de gebruiker opgegeven template en LOMETS sjablonen om de structuur montage simulatie gids. Omdat de nauwkeurigheid van de LOMETS beperkingen is verschillend voor verschillende doelen, het gewicht van de LOMETS beperkingen is sterker in eenvoudig (homologe) targets dan die harde (niet-homologe) doelen, die systematisch zijn afgestemd op onze benchmark training. Gebruikers kunnen ook aangeven hun eigen query-template uitlijningen. De server accepteert de aanpassing in twee formaten: de FASTA formaat (figuur 9A) en de 3D-formaat (figuur 9B). De FASTA formaat is standaard en beschreven op <a href="http://zhanglab.%20ccmb.med.umich.edu/FASTA/">http://zhanglab. ccmb.med.umich.edu / FASTA /</a> . De 3D-formaat is vergelijkbaar met de standaard VOB-formaat ( <a href="http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html">http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html</a> ), maar twee extra kolommen afgeleid van de sjablonen zijn toegevoegd aan het ATOM records (zie figuur 9B): Kolommen 1-30: Atom (C-alpha only) en residu namen voor de query sequentie. Kolommen 31-54: Coördinaten van de C-alfa-atomen van de query gekopieerd van de overeenkomstige atomen in de sjabloon. Kolommen 55-59: Overeenkomstige residu nummer in de sjabloon op basis van afstemming Kolommen 60-64: Overeenkomstige residu naam in de sjabloon Uit te sluiten templates eiwitten Eiwitten zijn flexibel moleculen en kan aannemen meerdere conformationele staten om hun biologische activiteit te veranderen. Zo hebben de structuren van veel proteïne kinases en membraaneiwitten opgelost in zowel actieve als inactieve conformatie. Ook de aanwezigheid of afwezigheid van gebonden ligand kan leiden tot grote structurele bewegingen. Terwijl alle conformationele toestanden van de template zijn gelijk voor de threading-programma&#39;s, is het wenselijk om de query met behulp van sjablonen in slechts een bepaalde toestand model. Een nieuwe optie op de server kan de gebruiker template eiwitten uit te sluiten tijdens de structuur van het modelleren. Deze functie zou ook kan de gebruiker de homologie niveau van templates worden gebruikt voor het modelleren te kiezen. Gebruikers kunnen sluiten sjabloon eiwitten frOM de I-TASSER bibliotheek door: A. Het specificeren van een sequentie-identiteit cutoff Gebruikers kunnen deze optie gebruiken om homologe eiwitten uit te sluiten van de I-TASSER template bibliotheek. De homologie niveau is ingesteld op basis van de sequentie-identiteit cutoff, dat wil zeggen het aantal identieke residu tussen de query en de sjabloon eiwit gedeeld door de volgorde lengte van de query sequentie. Bijvoorbeeld als de gebruiker typt in &quot;70%&quot; in de meegeleverde vorm, alle sjablonen eiwitten die een sequentie-identiteit hebben&gt; 70% aan de query eiwit I-zal worden uitgesloten van de I-TASSER template bibliotheek. B. uitsluiten specifieke sjabloon eiwitten Specifieke sjabloon eiwitten kunnen worden uitgesloten van de I-TASSER template library door het uploaden van een lijst met VOB-ID&#39;s van de structuren uit te sluiten. Een voorbeeld bestand wordt weergegeven in Figuur 10. Als het hetzelfde eiwit kan bestaan ​​als meerdere vermeldingen in het VOB bibliotheek, I-TASSER server zal uitsluiten door de opgegeven standaard templates (in Kolom1), alsmede alle andere sjablonen uit de bibliotheek die een identiteit hebben&gt; 90% aan de opgegeven templates. Gebruikers kunnen ook aangeven een andere identiteit cutoff, bijvoorbeeld 70%, waarbij alle sjablonen met identiteit&gt; 70% op bepaalde template eiwitten worden uitgesloten.

<ol><li> FASTA geformatteerd aminozuursequentie van het eiwit te worden gemodelleerd (zie <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml</a> ). </li><li> Een personal computer met toegang tot het internet en een webbrowser. </li><li> Moleculaire visualisatie software, zoals RasMol of pymol, voor het analyseren van de voorspelde tertiaire structuur en functionele sites. </li></ol>

a protocol for computer-based protein structure and function prediction

Genoom sequencing projecten zijn versleuteld miljoenen eiwitsequentie, die de kennis van hun structuur en functie nodig hebben om het begrip van hun biologische rol te verbeteren. Hoewel de experimentele methoden kunnen gedetailleerde informatie te verstrekken voor een klein deel van deze eiwitten, is computationele modellering nodig is voor het merendeel van de eiwit-moleculen die experimenteel zijn ongekarakteriseerde. De I-TASSER server is een on-line werkbank voor hoge-resolutie modellering van eiwit structuur en functie. Gegeven een eiwitsequentie, een typisch uitgang van de I-TASSER server bevat secundaire structuur voorspelling, voorspelde solvent toegankelijkheid van elk residu, homologe template eiwitten aangetroffen door te rijgen en structuur uitlijningen, tot vijf full-length tertiaire structurele modellen, en structure-based functionele annotaties voor enzym classificatie, Gene Ontology termen en eiwit-ligand binding sites. Alle voorspellingen zijn gemarkeerd met een score die het vertrouwenvertelt hoe nauwkeurig de voorspellingen zijn zonder het te weten de experimentele data. Ter vergemakkelijking van de speciale wensen van de eindgebruikers, de server geeft kanalen naar de gebruiker opgegeven inter-residu op afstand te accepteren en kaarten contact met interactief veranderen de I-TASSER modelleren, maar ook kunnen gebruikers met vermelding van eventuele eiwitten als sjabloon of uit te sluiten elke template eiwitten tijdens de structuur van de montage simulaties. De structurele informatie kan worden verzameld door de gebruikers op basis van experimentele bewijzen of biologische inzichten met als doel het verbeteren van de kwaliteit van de I-TASSER voorspellingen. De server werd geëvalueerd als de beste programma&#39;s voor proteïne structuur en functie voorspellingen in het recente community-brede CASP experimenten. Er zijn momenteel&gt; 20.000 geregistreerde wetenschappers uit meer dan 100 landen die gebruik maken van de on-line I-TASSER server.

Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction at JoVE.com

A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction

Richtlijnen voor de computer op basis van structurele en functionele karakterisering van eiwitten met behulp van de I-TASSER pijplijn is beschreven. Vanaf vraag eiwitsequentie, zijn 3D-modellen gegenereerd met behulp van meerdere threading uitlijningen en iteratief structurele assemblage simulaties. Functionele gevolgtrekkingen worden daarna getrokken op basis van wedstrijden om eiwitten met bekende structuur en functies.

Een protocol voor Computer-Based Protein Structure en functie Voorspelling

Genome sequencing projects have ciphered millions of protein sequence, which require knowledge of their structure and function to improve the ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Importance of Correct Protein Concentration for Kinetics and Affinity Determination in Structure-function Analysis 

Het belang van correcte eiwitconcentratie voor Kinetics en affiniteit Bepaling in structuur-functie analyse

In this study, we explore the interaction between the bovine cysteine protease inhibitor cystatin B and a catalytically inactive form of papain (Fig. 1), ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

Met behulp van de GELFREE 8100 Fractionering System for Molecular Weight-Based Fractionering met Liquid Phase Recovery

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Analysis of the Development of a Morphological Phenotype as a Function of Protein Concentration in Budding Yeast

Analyse van de ontwikkeling van een morfologische fenotype als een functie van de eiwitconcentratie in gist

Gene deletion and protein overexpression are common methods for studying functions of proteins. In this article, we describe a protocol for analysis of ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

Een protocol voor de identificatie van eiwit-eiwit interacties op basis van<sup&gt; 15</sup&gt; N Metabole Labeling, Immunoprecipitatie, kwantitatieve Massaspectrometrie en Affiniteit Modulatie

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Using High Resolution Computed Tomography to Visualize the Three Dimensional Structure and Function of Plant Vasculature

Met behulp van hoge resolutie Computed Tomography om de driedimensionale structuur en functie van Plant vaatstelsel Visualiseer

High resolution x-ray computed tomography (HRCT) is a non-destructive diagnostic imaging technique with sub-micron resolution capability that is now being ...

RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

RNA secundaire structuur Voorspelling behulp van High-throughput SHAPE

Understanding the function of RNA involved in biological processes requires a thorough knowledge of RNA structure. Toward this end, the methodology dubbed ...

A Protocol for Phage Display and Affinity Selection Using Recombinant Protein Baits

Een protocol voor faag display en Affiniteit selectie met recombinant eiwit Baits

Using  recombinant phage as a scaffold to present various protein portions encoded by  a directionally cloned cDNA library to immobilized bait molecules ...

Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer

Onderzoeken eiwit-eiwit interacties in levende cellen met behulp van bioluminescentie resonantie energieoverbrenging

Assays based on Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET) provide a sensitive and reliable means to monitor protein-protein interactions in live ...

Discovering Protein Interactions and Characterizing Protein Function Using HaloTag Technology

Het ontdekken van eiwit interacties en karakteriseren Eiwit-functie gebruiken HaloTag Technology

Research in proteomics has exploded in recent years with advances in mass spectrometry capabilities that have led to the characterization of numerous ...

Functional Reconstitution and Channel Activity Measurements of Purified Wildtype and Mutant CFTR Protein

Functionele Het oplossen en Channel activiteit Metingen van gezuiverde wildtype en mutante CFTR eiwit

The Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) is a unique channel-forming member of the ATP Binding Cassette (ABC) superfamily of ...