Name: a protocol for computer-based protein structure and function prediction
Uploaded: 2011-11-03T12:00:00
Duration: 16 min 41 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction at JoVE.com

הפרויקט נתמך בחלקו על ידי אלפרד פ &#39;סלואן קרן, פרס NSF קריירה (DBI 1,027,394), לבין המכון הלאומי למדעי הרפואה הכללית (GM083107, GM084222).

<ol>
	<li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Template-based+modeling+and+free+modeling+by+I-TASSER+in+CASP7.">Template-based modeling and free modeling by I-TASSER in CASP7.</a> Proteins. 69, 108-117 (2007).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER:+Fully+automated+protein+structure+prediction+in+CASP8.">I-TASSER: Fully automated protein structure prediction in CASP8.</a> Proteins. 77, 100-113 (2009).</li><li>Wu, S., Skolnick, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ab+initio+modeling+of+small+proteins+by+iterative+TASSER+simulations.">Ab initio modeling of small proteins by iterative TASSER simulations.</a> BMC Biol. 5, 17-17 (2007).</li><li>Roy, A., Kucukural, A., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER:+a+unified+platform+for+automated+protein+structure+and+function+prediction.">I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction.</a> Nat Protoc. 5, 725-738 (2010).</li><li>Wu, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LOMETS:+a+local+meta-threading-server+for+protein+structure+prediction.">LOMETS: a local meta-threading-server for protein structure prediction.</a> Nucleic Acids Res. 35, 3375-3382 (2007).</li><li>Zhang, Y., Kihara, D., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Local+energy+landscape+flattening:+parallel+hyperbolic+Monte+Carlo+sampling+of+protein+folding.">Local energy landscape flattening: parallel hyperbolic Monte Carlo sampling of protein folding.</a> Proteins. 48, 192-201 (2002).</li><li>Li, Y., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=REMO:+A+new+protocol+to+refine+full+atomic+protein+models+from+C-alpha+traces+by+optimizing+hydrogen-bonding+networks.">REMO: A new protocol to refine full atomic protein models from C-alpha traces by optimizing hydrogen-bonding networks.</a> Proteins. 76, 665-676 (2009).</li><li>Zhang, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+protein+structure+refinement+using+fragment+guided+molecular+dynamics+simulations.">High-resolution protein structure refinement using fragment guided molecular dynamics simulations.</a> , (2011).</li><li>Roy, A., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=COFACTOR:+protein-ligand+binding+site+predictions+by+global+structure+similarity+match+and+local+geometry+refinement.">COFACTOR: protein-ligand binding site predictions by global structure similarity match and local geometry refinement.</a> , (2011).</li><li>Zhang, Y., Hubner, I. A., Arakaki, A. K., Shakhnovich, E., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+origin+and+highly+likely+completeness+of+single-domain+protein+structures.">On the origin and highly likely completeness of single-domain protein structures.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, 2605-2610 (2006).</li><li>Zhang, Y., Kolinski, A., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TOUCHSTONE+II:+a+new+approach+to+ab+initio+protein+structure+prediction.">TOUCHSTONE II: a new approach to ab initio protein structure prediction.</a> Biophys. J. 85, 1145-1164 (2003).</li><li>Wu, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comprehensive+assessment+of+sequence-based+and+template-based+methods+for+protein+contact+prediction.">A comprehensive assessment of sequence-based and template-based methods for protein contact prediction.</a> Bioinformatics. 24, 924-931 (2008).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SPICKER:+a+clustering+approach+to+identify+near-native+protein+folds.">SPICKER: a clustering approach to identify near-native protein folds.</a> J. Comput. Chem. 25, 865-871 (2004).</li><li>Zhang, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+protein+structure+refinement+using+fragment+guided+molecular+dynamics+simulations.">High-resolution protein structure refinement using fragment guided molecular dynamics simulations.</a> , (2010).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER+server+for+protein+3D+structure+prediction.">I-TASSER server for protein 3D structure prediction.</a> BMC Bioinformatics. 9, 40-40 (2008).</li><li>Xu, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+significant+is+a+protein+structure+similarity+with+TM-score+=+0.5?.">How significant is a protein structure similarity with TM-score = 0.5?.</a> Bioinformatics. 26, 889-895 (2010).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scoring+function+for+automated+assessment+of+protein+structure+template+quality.">Scoring function for automated assessment of protein structure template quality.</a> Proteins. 57, 702-710 (2004).</li><li>Barrett, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nomenclature+Committee+of+the+International+Union+of+Biochemistry+and+Molecular+Biology+(NC-IUBMB).+Enzyme+Nomenclature.+Recommendations+1992.+Supplement+4:+corrections+and+additions+(1997).">Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Enzyme Nomenclature. Recommendations 1992. Supplement 4: corrections and additions (1997).</a> Eur J Biochem. 250, 1-6 (1997).</li><li>Ashburner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+ontology:+tool+for+the+unification+of+biology.+The+Gene+Ontology+Consortium.">Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium.</a> Nat. Genet. 25, 25-29 (2000).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TM-align:+a+protein+structure+alignment+algorithm+based+on+the+TM-score.">TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score.</a> Nucleic. Acids. Res. 33, 2302-2309 (2005).</li><li>Xu, D., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RK+Ab+Intio+Protein+Structure+Prediction.">RK Ab Intio Protein Structure Prediction.</a> , (2011).</li><li>Kim, D. E., Chivian, D., Baker, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+structure+prediction+and+analysis+using+the+Robetta+server.">Protein structure prediction and analysis using the Robetta server.</a> Nucleic. Acids. Res. 32, W526-W531 (2004).</li><li>Roy, A., Mukherjee, S., Hefty, P. S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inferring+protein+function+by+global+and+local+similarity+of+structural+analogs.">Inferring protein function by global and local similarity of structural analogs.</a> , (2011).</li><li>Marchler-Bauer, A., Bryant, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CD-Search:+protein+domain+annotations+on+the+fly.">CD-Search: protein domain annotations on the fly.</a> Nucleic. Acids. Res. 32, W327-W331 (2004).</li><li>Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Pfam+protein+families+database.">The Pfam protein families database.</a> Nucleic. Acids. Res. 38, D211-D222 (2010).</li><li>Zdobnov, E. M., Apweiler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=InterProScan--an+integration+platform+for+the+signature-recognition+methods+in+InterPro.">InterProScan--an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro.</a> Bioinformatics. 17, 847-848 (2001).</li></ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

פרוטוקול שהוצגו לעיל הוא קו מנחה כללי מבנה דוגמנות פונקציה באמצעות שרת I-TASSER. אמנם, הליך זה אוטומטית עובד טוב מאוד עבור רוב החלבונים, התערבות האדם לעתים קרובות לעזור לשפר באופן משמעותי את הדיוק דוגמנות, במיוחד עבור חלבונים אשר חסרים תבניות קרוב בספריה PDB. משתמשים יכולים להתערב במהלך דוגמנות I-TASSER בדרכים הבאות: (א) פיצול רב תחום חלבונים (ב) מתן מגבלות חיצוניות על מנת לשפר את מבנה הרכבה: (ג) הסרת תבניות במהלך הדוגמנות. חלבון פיצול רב תחום: רבים רצפי חלבון ארוך לעתים קרובות מכילים מספר תחומים קשורים לפי אזורים מקשר גמיש, מה שהופך הבהרה המבנה שלהם קשה תוך שימוש בטכניקות ניסיוניות הן חישובית. עם זאת, כפי תחומים הן באופן עצמאי מתקפלים הגופים והוא יכול לבצע פונקציה מולקולרית ברורים, היא<html> רצוי לפצל זמן רב תחום חלבונים מודל כל תחום בנפרד. תחומים דוגמנות בנפרד לא רק להאיץ את תהליך החיזוי, אך גם מעלה את האיכות של יישור שאילתה בתבנית, וכתוצאה מכך מבנה אמין יותר תחזיות לתפקד. גבולות המתחם רצפי חלבונים ניתן לחזות שימוש זמין באופן חופשי ברשת תוכניות חיצוניים, כגון צמח השדה CDD 24, 25 או PFAM InterProScan 26. כמו כן, אם LOMETS יישור השחלה זמינים עבור חלבון השאילתה, גבולות תחום יכול להיות ממוקם על ידי זיהוי חזותי ארוכים של שאריות המעוות של תבניות השחלה העליון (ראה שלב 5.4). אלו אזורים המעוות בעיקר מתאימות האזורים מקשר מושלם. אם רב תחום התבניות כבר זמין בספריית תבנית PDB עם כל התחומים שאילתה מיושר, אז חלבון השאילתה יכול להיות המודל כפי באורך מלא. ספק מעצורים חיצוניים class = &quot;jove_content&quot;&gt; הרכבה מבנה סימולציות של I-TASSER מונחים בעיקר על ידי מגבלות מרחביות שנאסף LOMETS השחלה תבניות. עבור חלבונים שאילתה פגעו השחלה טוב (Z-Norm. ציון&gt; 1) בספריית תבנית, מגבלות מרחביות נגזרת בעיקר של דיוק גבוהה ואני-TASSER יפיק מודלים ברזולוציה גבוהה מבני החלבונים האלה. לעומת זאת, עבור חלבונים שאילתה יש חלש או לא פגע השחלה (Norm. Z-ציון &lt;1), מגבלות מרחביות נאסף לעיתים קרובות מכילים טעויות בגלל חוסר הוודאות של התבנית ואת יישור. עבור המטרות האלה חלבון, המשתמש שצוין מידע מרחבי יכול להיות מאוד מועיל לשפר את איכות של המודל החזוי. משתמשים יכולים לספק מעצורים חיצוניים לשרת I-TASSER בשתי דרכים: א &#39;ציין קשר / מרחק מעצורים מאופיין ניסיוני בין שאריות צור קשר / מרחקים, למשל מן התמ&quot;ג אוcross-linking ניסויים, ניתן לציין זאת על ידי טעינת קובץ איפוק. קובץ למשל מוצג באיור 8, שם טור 1 מציין את סוג של איפוק, כלומר &quot;Dist&quot; או &quot;צור קשר&quot;. עבור ריסון מרחק (Dist), עמודות 2 ו -4 עמדות מכילים שאריות (i, j), טורים 3 ו 5 להכיל את אטום סוגי למשקע ועמודה 6 מציין את המרחק בין שני האטומים שצוינו. עבור מעצורים מגע (קשר), עמודים 2 ו - 3 מכילים את העמדות (i, j) של שאריות שאמור להיות במגע. המרחק בין המרכז לצד רשתות אלה זוגות שאריות קשר הוא החליט מבוסס על מרחקים שנצפתה מבנים ידועים PDB. I-TASSER ינסה למשוך זוגות אלה אטום קרוב מרחק שצוין במהלך סימולציות עידון המבנה. ב ציין תבנית מבנה החלבון LOMETS תוכניות השחלה להשתמש בספריית PDB נציג למצוא קפלי מתקבל על הדעת prot את השאילתהעין. למרות שהשימוש ספריה מבנה נציג עוזר להפחית את הזמן הנדרש כדי לחשב את רצף מבנה מערכים, זה אפשרי כי חלבון תבנית טוב הוא החמיץ בספריה או התבנית לא זוהו על ידי תוכניות LOMETS השחלה, גם אם היא כיום בספריה. במקרים כאלה, המשתמש צריך לציין את מבנה החלבון הרצוי כתבנית. כדי לציין את מבנה החלבון כתבנית נוספת, משתמשים יכולים גם להעלות קובץ PDB מבנה מעוצב או לציין את מזהה PDB של מבנה החלבון שהופקדו בספריית PDB. I-TASSER יפיק את יישור שאילתה-תבנית באמצעות תוכנית לגייס 23 ו תאסוף מגבלות מרחביות מן המשתמש הן שצוין התבנית LOMETS תבניות להנחות את הסימולציה הרכבה מבנה. בגלל הדיוק של מעצורים LOMETS שונה עבור מטרות שונות, משקל את המגבלות LOMETS הוא חזק קל (הומולוגיים) targets מזה קשה (לא הומולוגיים) מטרות, אשר היה מכוון באופן שיטתי הכשרה benchmark שלנו. משתמשים יכולים גם לציין שאילתה לתבנית שלהם מערכים. השרת מקבל יישור בשני פורמטים: הפורמט FASTA (איור 9 א) לבין בפורמט 3D (איור 9 ב). הפורמט FASTA הוא תקן תיאר <a href="http://zhanglab.%20ccmb.med.umich.edu/FASTA/">http://zhanglab. ccmb.med.umich.edu / FASTA /</a> . הפורמט 3D דומה לפורמט PDB סטנדרטי ( <a href="http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html">http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html</a> ), אבל שתי עמודות נוספות הנגזרות התבניות מתווספים הרשומות ATOM (ראה איור 9 ב): עמודים 10-30: Atom (C-alpha בלבד) שאריות שמות רצף השאילתה. עמודים 31-54: הקואורדינטות של אטומי C-alpha של השאילתה שהועתקו אטומי המתאים בתבנית. עמודים 55-59: מספר שאריות מקבילים בתבנית בהתבסס על יישור עמודים 60-64: שם שאריות מקבילים בתבנית תכלול חלבונים תבניות החלבונים הם מולקולות גמישה יכול לאמץ מדינות קונפורמציה מרובים לשנות את פעילותם הביולוגית. לדוגמה, מבנים של קינאזות חלבון חלבונים בממברנה רבים נפתרו בתוך קונפורמציה שני פעילים פעיל. כמו כן, קיומו או אי קיומו של ליגנד כבול עלולה לגרום לתנועות מבניים גדולים. בעוד כל המדינות קונפורמציה של תבנית דומים עבור התוכניות השחלה, רצוי מודל השאילתה באמצעות תבניות במצב היחיד בפרט. אפשרות חדשה על השרת מאפשר למשתמש להוציא חלבונים תבנית במהלך דוגמנות המבנה. תכונה זו גם תאפשר למשתמש לבחור את רמת הומולוגיה של תבניות לשמש הדוגמנות. משתמשים יכולים לכלול חלבונים תבנית frאום I-TASSER הספרייה על ידי: א ציון הפסקת זהות ברצף משתמשים יכולים להשתמש באפשרות זו כדי לכלול חלבונים הומולוגיים מספריית I-TASSER את התבנית. רמת הומולוגיה נקבע בהתבסס על הפסקת זהות ברצף, כלומר את מספר שאריות זהה בין השאילתה לבין חלבון תבנית מחולק לפי אורך רצף של רצף השאילתה. לדוגמה, אם משתמש מקליד את המילה &quot;70%&quot; בטופס המיועד לכך, כל התבניות חלבונים אשר יש זהות ברצף&gt; 70% חלבון השאילתה I-ייכללו מספריית I-TASSER את התבנית. ב תכלול חלבונים תבנית ספציפית חלבונים תבנית ספציפית ניתן לשלול מספריית I-TASSER את התבנית על ידי העלאת רשימה המכילה מזהי PDB של המבנים להיות מורחק. קובץ דוגמה מוצגת באיור 10. כאשר החלבון אותו יכול להתקיים כישות ערכים מרובים בספריה PDB, I-TASSER server יהיה כברירת מחדל להוציא את תבניות שצוין (ב Column1), כמו גם את כל התבניות האחרות מהספריה כי יש זהות&gt; 90% על תבניות שצוין. משתמשים יכולים גם לציין הפסקת זהות שונה, למשל 70%, כאשר כל התבניות עם זהות&gt; 70% חלבונים תבנית שצוין ייכללו.

<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> FASTA מעוצב רצף החומצות האמיניות של החלבון להיות המודל (ראה, <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml</a> ). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחשב אישי עם גישה לאינטרנט ודפדפן אינטרנט. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תוכנת הדמיה מולקולרית, למשל RASMOL או PYMOL, לניתוח מבנה שלישוני חזה אתרים פונקציונליים. </li></ol>

a protocol for computer-based protein structure and function prediction

פרויקטים לקביעת רצף הגנום מוצפנת יש מיליונים של רצף חלבון, אשר דורשים ידע של מבנה ותפקוד שלהם כדי לשפר את ההבנה של תפקידם הביולוגי שלהם. למרות שיטות ניסיוניות יכול לספק מידע מפורט על חלק קטן של חלבונים אלה, מודלים חישוביים דרוש רוב מולקולות חלבון אשר uncharacterized בניסוי. שרת I-TASSER הוא שולחן העבודה on-line דוגמנות ברזולוציה גבוהה של מבנה החלבון ותפקודו. בהינתן רצף החלבון, פלט טיפוסי משרת I-TASSER כולל חיזוי מבנה משני, ניבא נגישות ממס שאריות של כל אחד, חלבונים הומולוגיים תבנית זוהה על ידי השחלה ועל יישור המבנה, עד חמש באורך מלא, מודלים מבניים שלישוני, מבנה מבוסס הסברים פונקציונליים לסיווג האנזים, אונטולוגיה ג&#39;ין התנאים חלבון ליגנד אתרי הקישור. כל התחזיות מתויגים עם ציון האמון אשרמספר כיצד מדויק התחזיות הן מבלי לדעת את נתוני הניסוי. כדי להקל על בקשות מיוחדות של משתמשי הקצה, השרת מספק ערוצי לקבל את המשתמש שצוין בין שאריות מרחק וקשר מפות אינטראקטיבי לשנות את הדוגמנות I-TASSER, זה גם מאפשר למשתמשים לציין כל החלבונים כתבנית, או להוציא כל תבנית חלבונים במהלך סימולציות מבנה הרכבה. המידע מבניים יכול להיות שנאספו על ידי המשתמשים בהתבסס על עדויות ניסיוניות או תובנות ביולוגיות במטרה לשפר את איכות I-TASSER התחזיות. השרת הוערך כמו התוכניות הטובות ביותר עבור מבנה החלבון ותחזיות לתפקד הקהילה רחב הניסויים האחרונים CASP. כרגע יש&gt; 20,000 מדענים רשומים מ -100 מדינות המשתמשים on-line I-TASSER השרת.

Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction at JoVE.com

A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction

הנחיות מחשב מבוסס אפיון מבניים ותפקודיים של חלבון באמצעות צינור I-TASSER מתואר. החל מ רצף חלבון השאילתה, מודלים 3D נוצרות באמצעות מערכים השחלה מרובים איטרטיבי סימולציות הרכבה המבני. מסקנות פונקציונלית נמשכים לאחר מכן מבוסס על התאמות לחלבונים עם מבנה ופונקציות ידוע.

פרוטוקול מבנה מחשב מבוסס חלבון חיזוי פונקציה

Genome sequencing projects have ciphered millions of protein sequence, which require knowledge of their structure and function to improve the ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Importance of Correct Protein Concentration for Kinetics and Affinity Determination in Structure-function Analysis 

חשיבותה של ריכוז חלבון נכון עבור קינטיקס וקביעת זיקה בניתוח מבנה פונקציה

In this study, we explore the interaction between the bovine cysteine protease inhibitor cystatin B and a catalytically inactive form of papain (Fig. 1), ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

באמצעות מערכת GELFREE 8100 ההיפוך חלוקה על ההיפוך חלוקה משקל מבוסס מולקולרית עם שלב החילוץ נוזלי

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Analysis of the Development of a Morphological Phenotype as a Function of Protein Concentration in Budding Yeast

ניתוח ופיתוח של הפנוטיפ מורפולוגי כפונקציה של ריכוז חלבון שמרים הנצה

Gene deletion and protein overexpression are common methods for studying functions of proteins. In this article, we describe a protocol for analysis of ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

פרוטוקול לזיהוי של אינטראקציות בין חלבונים על הסמך<sup&gt; 15</sup&gt; תיוג N מטבולית, immunoprecipitation, כמותית המונית ספקטרומטריית וזיקת ​​אפנון

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Using High Resolution Computed Tomography to Visualize the Three Dimensional Structure and Function of Plant Vasculature

שימוש ברזולוציה גבוהה טומוגרפיה ממוחשבת כדי להמחיש את המבנה התל ממדים ופונקציה של הצמח vasculature

High resolution x-ray computed tomography (HRCT) is a non-destructive diagnostic imaging technique with sub-micron resolution capability that is now being ...

RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

חיזוי מבנה המשני RNA באמצעות SHAPE תפוקה גבוהה

Understanding the function of RNA involved in biological processes requires a thorough knowledge of RNA structure. Toward this end, the methodology dubbed ...

A Protocol for Phage Display and Affinity Selection Using Recombinant Protein Baits

פרוטוקול לתצוגת הפאג וזיקה בחירה באמצעות פיתיונות חלבון רקומביננטי

Using  recombinant phage as a scaffold to present various protein portions encoded by  a directionally cloned cDNA library to immobilized bait molecules ...

Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer

חוקר חלבונים אינטראקציות בתאים חיים באמצעות העברת פליטת אור התהודה אנרגיה

Assays based on Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET) provide a sensitive and reliable means to monitor protein-protein interactions in live ...

Discovering Protein Interactions and Characterizing Protein Function Using HaloTag Technology

גילוי אינטראקציות חלבון ואפיון תפקוד חלבון באמצעות HaloTag טכנולוגיה

Research in proteomics has exploded in recent years with advances in mass spectrometry capabilities that have led to the characterization of numerous ...

Functional Reconstitution and Channel Activity Measurements of Purified Wildtype and Mutant CFTR Protein

מדידות הכינון פונקציונלי ופעילות הערוץ של מטוהרים wildtype וחלבון CFTR Mutant

The Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) is a unique channel-forming member of the ATP Binding Cassette (ABC) superfamily of ...