Name: a protocol for computer-based protein structure and function prediction
Uploaded: 2011-11-03T12:00:00
Duration: 16 min 41 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction at JoVE.com

Proje Alfred P. Sloan Vakfı, NSF Kariyer Ödülü (DBI 1.027.394) ve Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü (GM083107, GM084222) tarafından kısmen desteklenmektedir.

<ol>
	<li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Template-based+modeling+and+free+modeling+by+I-TASSER+in+CASP7.">Template-based modeling and free modeling by I-TASSER in CASP7.</a> Proteins. 69, 108-117 (2007).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER:+Fully+automated+protein+structure+prediction+in+CASP8.">I-TASSER: Fully automated protein structure prediction in CASP8.</a> Proteins. 77, 100-113 (2009).</li><li>Wu, S., Skolnick, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ab+initio+modeling+of+small+proteins+by+iterative+TASSER+simulations.">Ab initio modeling of small proteins by iterative TASSER simulations.</a> BMC Biol. 5, 17-17 (2007).</li><li>Roy, A., Kucukural, A., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER:+a+unified+platform+for+automated+protein+structure+and+function+prediction.">I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction.</a> Nat Protoc. 5, 725-738 (2010).</li><li>Wu, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LOMETS:+a+local+meta-threading-server+for+protein+structure+prediction.">LOMETS: a local meta-threading-server for protein structure prediction.</a> Nucleic Acids Res. 35, 3375-3382 (2007).</li><li>Zhang, Y., Kihara, D., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Local+energy+landscape+flattening:+parallel+hyperbolic+Monte+Carlo+sampling+of+protein+folding.">Local energy landscape flattening: parallel hyperbolic Monte Carlo sampling of protein folding.</a> Proteins. 48, 192-201 (2002).</li><li>Li, Y., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=REMO:+A+new+protocol+to+refine+full+atomic+protein+models+from+C-alpha+traces+by+optimizing+hydrogen-bonding+networks.">REMO: A new protocol to refine full atomic protein models from C-alpha traces by optimizing hydrogen-bonding networks.</a> Proteins. 76, 665-676 (2009).</li><li>Zhang, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+protein+structure+refinement+using+fragment+guided+molecular+dynamics+simulations.">High-resolution protein structure refinement using fragment guided molecular dynamics simulations.</a> , (2011).</li><li>Roy, A., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=COFACTOR:+protein-ligand+binding+site+predictions+by+global+structure+similarity+match+and+local+geometry+refinement.">COFACTOR: protein-ligand binding site predictions by global structure similarity match and local geometry refinement.</a> , (2011).</li><li>Zhang, Y., Hubner, I. A., Arakaki, A. K., Shakhnovich, E., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+origin+and+highly+likely+completeness+of+single-domain+protein+structures.">On the origin and highly likely completeness of single-domain protein structures.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, 2605-2610 (2006).</li><li>Zhang, Y., Kolinski, A., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TOUCHSTONE+II:+a+new+approach+to+ab+initio+protein+structure+prediction.">TOUCHSTONE II: a new approach to ab initio protein structure prediction.</a> Biophys. J. 85, 1145-1164 (2003).</li><li>Wu, S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comprehensive+assessment+of+sequence-based+and+template-based+methods+for+protein+contact+prediction.">A comprehensive assessment of sequence-based and template-based methods for protein contact prediction.</a> Bioinformatics. 24, 924-931 (2008).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SPICKER:+a+clustering+approach+to+identify+near-native+protein+folds.">SPICKER: a clustering approach to identify near-native protein folds.</a> J. Comput. Chem. 25, 865-871 (2004).</li><li>Zhang, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+protein+structure+refinement+using+fragment+guided+molecular+dynamics+simulations.">High-resolution protein structure refinement using fragment guided molecular dynamics simulations.</a> , (2010).</li><li>Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-TASSER+server+for+protein+3D+structure+prediction.">I-TASSER server for protein 3D structure prediction.</a> BMC Bioinformatics. 9, 40-40 (2008).</li><li>Xu, J., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+significant+is+a+protein+structure+similarity+with+TM-score+=+0.5?.">How significant is a protein structure similarity with TM-score = 0.5?.</a> Bioinformatics. 26, 889-895 (2010).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scoring+function+for+automated+assessment+of+protein+structure+template+quality.">Scoring function for automated assessment of protein structure template quality.</a> Proteins. 57, 702-710 (2004).</li><li>Barrett, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nomenclature+Committee+of+the+International+Union+of+Biochemistry+and+Molecular+Biology+(NC-IUBMB).+Enzyme+Nomenclature.+Recommendations+1992.+Supplement+4:+corrections+and+additions+(1997).">Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Enzyme Nomenclature. Recommendations 1992. Supplement 4: corrections and additions (1997).</a> Eur J Biochem. 250, 1-6 (1997).</li><li>Ashburner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+ontology:+tool+for+the+unification+of+biology.+The+Gene+Ontology+Consortium.">Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium.</a> Nat. Genet. 25, 25-29 (2000).</li><li>Zhang, Y., Skolnick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TM-align:+a+protein+structure+alignment+algorithm+based+on+the+TM-score.">TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score.</a> Nucleic. Acids. Res. 33, 2302-2309 (2005).</li><li>Xu, D., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RK+Ab+Intio+Protein+Structure+Prediction.">RK Ab Intio Protein Structure Prediction.</a> , (2011).</li><li>Kim, D. E., Chivian, D., Baker, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+structure+prediction+and+analysis+using+the+Robetta+server.">Protein structure prediction and analysis using the Robetta server.</a> Nucleic. Acids. Res. 32, W526-W531 (2004).</li><li>Roy, A., Mukherjee, S., Hefty, P. S., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inferring+protein+function+by+global+and+local+similarity+of+structural+analogs.">Inferring protein function by global and local similarity of structural analogs.</a> , (2011).</li><li>Marchler-Bauer, A., Bryant, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CD-Search:+protein+domain+annotations+on+the+fly.">CD-Search: protein domain annotations on the fly.</a> Nucleic. Acids. Res. 32, W327-W331 (2004).</li><li>Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Pfam+protein+families+database.">The Pfam protein families database.</a> Nucleic. Acids. Res. 38, D211-D222 (2010).</li><li>Zdobnov, E. M., Apweiler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=InterProScan--an+integration+platform+for+the+signature-recognition+methods+in+InterPro.">InterProScan--an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro.</a> Bioinformatics. 17, 847-848 (2001).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Yukarıda sunulan protokol yapısı ve fonksiyonu modelleme I-TASSER sunucusu kullanarak için genel bir kılavuzdur. Bu otomatik işlem proteinlerin çoğu için çok iyi çalışır, rağmen, insan müdahaleler çoğu zaman özellikle yakın şablonlar PDB kütüphane eksikliği proteinler için önemli ölçüde modelleme doğruluğunu geliştirmek için yardımcı olur. (B) yapısı montaj geliştirmek için dış koltuk sağlayan; (a) çok etki alanı proteinler bölme ve (c) modelleme sırasında şablonları çıkarmadan: Kullanıcılar aşağıdaki şekillerde I-TASSER modelleme sırasında müdahalede bulunabilir. Yarma çok etki alanı protein: Birçok uzun protein dizileri, hem deneysel ve hesaplamalı teknikler kullanarak yapı aydınlatılması zorlaştırır esnek linker bölgeler, gergin birden çok etki alanına sık sık içerir. Bununla birlikte, etki alanları kişiler bağımsız katlama ve farklı moleküler işlevi gerçekleştirmek;ayrı ayrı etki, uzun multi-domain proteinleri ve model split istenebilir. Modelleme etki alanlarını ayrı ayrı sadece tahmin sürecini hızlandırmak değil, aynı zamanda sorgu-template uyum kaliteli, daha güvenilir bir yapı ve işlev tahminlerde artırır. Protein dizileri etki alanı sınırları NCBI CDD 24, PFAM 25 veya InterProScan 26 gibi serbestçe kullanılabilir dış online programlar kullanılarak tahmin edilebilir. Ayrıca, sorgu protein LOMETS parçacığı hizalanmalar varsa, etki alanı sınırları görsel olarak (Adım 5.4) üst parçacığı şablonlar hizalanmamış artıkları uzun menziller belirlenmesi yer. Bu hizalanmamış bölgelerde daha çok etki alanı ilintileyici bölgelere karşılık gelir. Çok etki alanı şablonları şablon PDB hizalanmış tüm sorgu alanları ile kütüphanede mevcut olup olmadığını, daha sonra sorgu protein tam boy olarak modellenebilir. Dış sınırlamalar sağlayın <pclass = &quot;jove_content&quot;&gt; I-TASSER yapı montaj simülasyonları çoğunlukla şablonları parçacığı LOMETS toplanan mekansal koltuk tarafından yönlendirilir. Şablon kütüphanesi iyi parçacığı isabet (Norm. Z-skoru&gt; 1) sorgu proteinler için, elde edilen mekansal sınırlamalar çoğunlukla yüksek doğruluk ve I-TASSER bu proteinlerin yüksek çözünürlüklü yapısal modeller üretecektir. Aksine, zayıf var sorgu proteinler ya da hiç iş parçacığı isabet (Norm. Z-skoru &lt;1) için, toplanan mekansal sınırlamalar genellikle şablonu ve hizalama belirsizlik nedeniyle hataları içerebilir. Bu protein hedefleri için, kullanıcı tarafından belirlenen mekansal bilgi tahmin edilen modelin kalitesini artırmak için çok yararlı olabilir. Kullanıcılar iki şekilde I-TASSER sunucu harici koltuk sağlayabilir: A. kişi / mesafe koltuk belirtin Deneysel karakterize arası kalıntı rehber / mesafeleri, NMR örneğin veyaçapraz bağlayarak deneyler, bir kısıtlama dosyasını yükleyerek belirtilebilir. Bir örnek dosya Şekil 8, Sütun 1 kısıtlama türünü belirtir gösterilir, &quot;DIST&quot; veya &quot;İLETİŞİM&quot; yani. Mesafe kısıtlama (DIST), sütunlar, 2 ve 4 kalıntı pozisyonlar (i, j) içeren, 3 ve 5 sütun belirtilen iki atomlar arasındaki mesafe belirten kalıntı ve sütun 6 atom türlerini içerir. Temas koltuk (İLETİŞİM), 2 ve 3 sütun iletişim halinde olmalıdır kalıntılarının pozisyonlar (i, j) içerir. Bu iletişime kalıntı çiftlerinin yan zincirleri merkezi arasındaki mesafe PDB bilinen yapılarda gözlenen mesafelerde göre karar verilir. I-TASSER yapısı arıtma simülasyonları sırasında belirtilen mesafe yakın bu atom çiftlerini çekmek için çalışacağız. B. protein yapısı şablonu belirtin LOMETS parçacığı programları sorgu Prot için makul kıvrımları bulmak için bir temsilci PDB kütüphane kullanımıein. Temsili bir yapısı kütüphanesi kullanarak dizisi yapısı hizalanmalar hesaplamak için gereken süreyi azaltmak için yardımcı olsa bile, bu, iyi bir şablonu protein, kütüphanede cevapsız veya şablon LOMETS parçacığı programlar tarafından tespit edilmiştir olmayabilir mümkündür kütüphanede mevcut. Bu durumlarda, kullanıcı şablonu olarak istenilen protein yapısı belirtmelisiniz. Protein yapısı ek bir şablon olarak belirtmek için, kullanıcılar ya da bir PDB biçimlendirilmiş yapı dosyası yükleme veya PDB kütüphanede yatırılır protein yapısı PDB kimliği belirtin. I-TASSER Muster programı 23 kullanarak sorgu şablonu hizalama üretecek ve belirtilen kullanıcı şablon ve yapı montaj simülasyon kılavuzu LOMETS şablonları hem mekansal koltuk toplayacaktır. LOMETS koltuk doğruluğu farklı hedefler için farklı olduğundan, LOMETS koltuk ağırlık kolay (homolog) ta güçlüdürsistematik benchmark eğitim ayarlandı sabit (non-homolog) hedefler, daha rgets. Kullanıcılar ayrıca, kendi sorgu şablonu hizalanmalar belirtebilirsiniz. : Sunucu, iki formatta uyum FASTA biçimi (Şekil 9A) ve 3D formatında (Şekil 9B) kabul eder. FASTA standart ve format adresinde açıklanan olduğunu <a href="http://zhanglab.%20ccmb.med.umich.edu/FASTA/">http://zhanglab. ccmb.med.umich.edu / FASTA /</a> . 3D formatı standart PDB formatı (benzer <a href="http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html">http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html</a> ), ancak şablonları türetilen iki ek sütunlar ATOM kayıtları (bkz. Şekil 9B) eklenir: Sütunlar 1-30: Atom (sadece C-alfa) ve kalıntı sorgu sırası için isimleri. Sütunlar 31-54: C-alfa şablonda ilgili atomlardan kopyalanan sorgu atomların koordinatları. Sütunlar 55-59 Sorumlu kalıntı sayısı şablon dayalı hizalama Sütunlar 60-64 Sorumlu kalıntı adı şablonu Şablonlar proteinler dışla Proteinler esnek moleküller ve biyolojik aktivitesini değiştirmek için birden fazla yapısal durumları kabul edebilir. Örneğin, birçok protein kinazlar ve membran proteinlerinin yapıları hem de aktif ve pasif yapısındaki çözüldü. Ayrıca bağlı ligand varlığı ya da yokluğu büyük yapısal hareketlere neden olabilir. Şablonun tüm yapısal durumları parçacığı programlar için benzer olsa da, sadece belirli bir devlet şablonları kullanarak sorgu modeli için arzu edilen bir durumdur. Sunucu üzerinde yeni bir seçenek, kullanıcı yapı modelleme sırasında şablon proteinler hariç sağlar. Bu özellik aynı zamanda kullanıcı modelleme için kullanılan şablonlar homoloji düzeyini seçmek için izin verecek. Kullanıcılar şablon proteinleri fr hariç tutabilirsinizom I-TASSER kütüphanesi: A. bir dizi kimlik kesme belirtme Kullanıcılar I-TASSER şablon kütüphanesi homolog proteinler dışlamak için bu seçeneği kullanabilirsiniz. Homoloji seviyesi dizisi kimlik limitine göre ayarlanır, yani sorgu ve sorgu sırası sıra uzunluğuna bölünmesiyle şablon protein arasında aynı kalıntı sayısı. Örneğin, eğer sağlanan formu &quot;% 70&quot; kullanıcı türleri,&gt;% 70 sorgu protein I-I-TASSER şablon kütüphanesi dışında bir dizi kimliğe sahip tüm şablonları proteinler. B. belirli bir şablon proteinleri Dahil Değildir Belirli bir şablon proteinleri Dışlanacak yapıların PDB kimlikleri içeren bir liste yükleyerek I-TASSER şablon kütüphanesi dışında olabilir. Bir örnek dosya Şekil 10&#39;da gösterilmiştir. Aynı protein PDB kütüphanede birden fazla giriş, I-TASSER se var gibirver varsayılan olarak belirtilen şablonları (Sütun1) yanı sıra bir kimlik kütüphane diğer tüm şablonları&gt; belirtilen şablonlar% 90 hariç. Kullanıcılar ayrıca, kimliği ile tüm şablonları&gt;% 70 belirli bir şablon proteinler dışı bırakılacaktır farklı bir kimlik kesim, örneğin% 70 belirleyebilirsiniz.

<ol><li> FASTA modellenebilir (bkz., protein, amino asit dizilimi biçimlendirilmiş <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml</a> ). </li><li> Internet erişimi ve bir web tarayıcısı ile bir kişisel bilgisayar. </li><li> Tahmin üçüncül yapısı ve fonksiyonel siteler analiz etmek için Moleküler görselleştirme yazılım, örneğin RasMol veya PYMOL. </li></ol>

a protocol for computer-based protein structure and function prediction

Genom sıralama projeleri kendi biyolojik rolü anlayış geliştirmek için yapı ve fonksiyon bilgisi gerektiren, milyonlarca protein dizisi şifrelenmiştir. Deneysel yöntemler bu proteinlerin küçük bir kısmı için ayrıntılı bilgi sağlayabilir rağmen, sayısal modelleme, deneysel uncharacterized protein moleküllerinin çoğunluğu için gereklidir. I-TASSER sunucu protein yapısı ve işlevi yüksek çözünürlüklü modelleme için bir on-line bir tezgah. I-TASSER sunucu tipik bir çıkış, bir protein dizisi göz önüne alındığında, ikincil yapı tahmini içeren her bir kalıntı solvent erişilebilirlik, homolog parçacığı ve yapısı hizalanmalar tarafından tespit şablon proteinler, beş tam uzunlukta üçüncül yapısal modeller ve yapı tabanlı tahmin enzim sınıflandırma fonksiyonel ek açıklamalar, Gen Ontoloji açısından ve protein-ligand bağlanma yerleri. Tüm tahminler bir güven puanı ile etiketlenmiş olanöngörüleri deneysel verileri bilmeden ne kadar doğru söyler. Son kullanıcıların özel istekler kolaylaştırmak için, sunucu, kullanıcı tarafından belirtilen inter-kalıntı mesafe kabul ve I-TASSER modelleme etkileşimli değiştirmek için haritalar iletişim kanalı sağlayan, aynı zamanda kullanıcıların şablon olarak herhangi bir protein belirtmek için izin verir, veya herhangi bir şablon dışlamak için sırasında proteinlerin yapı montaj simülasyonları. Yapısal bilgiler I-TASSER tahminlerin kalitesinin iyileştirilmesi amacı ile deneysel kanıtlar veya biyolojik anlayışlar dayalı kullanıcıları tarafından toplanmış olabilir. Sunucu toplum genelinde son CASP deneylerde protein yapısı için en iyi programlar ve fonksiyon tahminlerde olarak değerlendirildi. Şu anda on-line I-TASSER sunucu kullanıyorsanız, 100&#39;den fazla ülkeden gelen 20.000 kayıtlı bilim adamları vardır.

Watch this Scientific Journal Video about A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction at JoVE.com

A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction

I-TASSER boru hattı kullanarak protein yapısal ve fonksiyonel karakterizasyonu tabanlı bir bilgisayar için yönergeler açıklanmıştır. 3D modelleri sorgu protein dizisi başlayarak, birden fazla iş parçacığı hizalanmalar kullanılarak oluşturulan yapısal montaj simülasyonları yinelemeli. Fonksiyonel çıkarımlar sonra bilinen yapı ve fonksiyonlara sahip proteinlere maçlarına göre çizilir.

Bilgisayar Tabanlı Protein Yapısı ve İşlevi Tahmin Protokolü

Genome sequencing projects have ciphered millions of protein sequence, which require knowledge of their structure and function to improve the ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Importance of Correct Protein Concentration for Kinetics and Affinity Determination in Structure-function Analysis 

Kinetik ve Yapı-fonksiyon Analiz Affinity belirlenmesi Doğru Protein Konsantrasyonu Önemi

In this study, we explore the interaction between the bovine cysteine protease inhibitor cystatin B and a catalytically inactive form of papain (Fig. 1), ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

Sıvı Faz Kurtarma Moleküler Ağırlık Tabanlı Fraksiyonu GELFREE 8100 Fraksiyonu Sisteminin Kullanılması

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

Analysis of the Development of a Morphological Phenotype as a Function of Protein Concentration in Budding Yeast

Geliştirici Maya Protein Konsantrasyonu bir işlev olarak Morfolojik Fenotip Kalkınma Analizi

Gene deletion and protein overexpression are common methods for studying functions of proteins. In this article, we describe a protocol for analysis of ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

Dayanarak protein-protein etkileşimleri ve kimliği için bir protokol<sup&gt; 15</sup&gt; K Metabolik Etiketleme, immünopresipitasyon, Kantitatif Kütle Spektrometrisi ve Affinity Modülasyon

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Using High Resolution Computed Tomography to Visualize the Three Dimensional Structure and Function of Plant Vasculature

Bitki damarları ve Üç Boyutlu Yapı ve Fonksiyon Visualize&#39;a Yüksek Çözünürlüklü Bilgisayarlı Tomografi Kullanımı

High resolution x-ray computed tomography (HRCT) is a non-destructive diagnostic imaging technique with sub-micron resolution capability that is now being ...

RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

Yüksek verim SHAPE kullanarak RNA İkincil Yapısı Tahmin

Understanding the function of RNA involved in biological processes requires a thorough knowledge of RNA structure. Toward this end, the methodology dubbed ...

A Protocol for Phage Display and Affinity Selection Using Recombinant Protein Baits

Rekombinant Protein Yemler Kullanarak Phage Ekran ve Affinity seçimi için Protokol

Using  recombinant phage as a scaffold to present various protein portions encoded by  a directionally cloned cDNA library to immobilized bait molecules ...

Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer

Biyoparlaklık Rezonans Enerji Transferi kullanma Canlı Hücrelerde Protein-protein etkileşimleri araştıran

Assays based on Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET) provide a sensitive and reliable means to monitor protein-protein interactions in live ...

Discovering Protein Interactions and Characterizing Protein Function Using HaloTag Technology

Protein Etkileşimleri keşfetmek ve HaloTag Teknoloji Kullanımı Protein Fonksiyonu Karakterizasyonu

Research in proteomics has exploded in recent years with advances in mass spectrometry capabilities that have led to the characterization of numerous ...

Functional Reconstitution and Channel Activity Measurements of Purified Wildtype and Mutant CFTR Protein

Saf Yabanitip ve Mutant CFTR Protein Fonksiyonel Sulandırma ve Kanal Aktivite Ölçümleri

The Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) is a unique channel-forming member of the ATP Binding Cassette (ABC) superfamily of ...