Name: prediction of hiv-1 coreceptor usage (tropism) by sequence analysis using a genotypic approach
Uploaded: 2011-12-01T13:00:00
Duration: 7 min 6 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach at JoVE.com

وتمول الكتاب من كورس، MedSys إدخال خلية، CHAIN ​​والمشاريع راتين.

<ol>
	<li>Heger, E., Schuelter, E., Klimkait, T., Lengauer, T., Kaiser, R., Walter, H., Sierra, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=European+coreceptor+proficiency+panel+test.">European coreceptor proficiency panel test.</a> , (2011).</li><li>Lengauer, T., Sander, O., Sierra, S., Thielen, T., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioinformatic+prediction+of+HIV+coreceptor+usage.">Bioinformatic prediction of HIV coreceptor usage.</a> Nature Biotech. 25 (12), 1407-1410 (2007).</li><li>McGovern, R., Dong, W., Zhong, X., Knapp, D., Thielen, A., Chapman, D., Lewis, M., James, I., Valdez, H., Harrigan, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Population-based+Sequencing+of+the+V3-loop+Is+Comparable+to+the+Enhanced+Sensitivity+Trofile+Assay+in+Predicting+Virologic+Response+to+Maraviroc+of+Treatment-na+ve+Patients+in+the+MERIT+Trial.">Population-based Sequencing of the V3-loop Is Comparable to the Enhanced Sensitivity Trofile Assay in Predicting Virologic Response to Maraviroc of Treatment-na ve Patients in the MERIT Trial.</a> , (2010).</li><li>Reuter, S., Braken, P., Jensen, B., Sierra-Aragon, S., Oette, M., Balduin, M., Kaiser, R., Haussinger, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maraviroc+in+treatment-experienced+patients+with+HIV-1+infection+-+experience+from+routine+clinical+practice.">Maraviroc in treatment-experienced patients with HIV-1 infection - experience from routine clinical practice.</a> Eur. J. Med. Res. 15 (6), 231-237 (2010).</li><li>Recordon-Pinson, P., Soulie, C., Flandre, P., Descamps, D., Lazrek, M., Charpentier, C., Montes, B., Trabaud, M. A., Cottalorda, J., Schneider, V., Morand-Joubert, L., Tamalet, C., Desbois, D., Mace, M., Ferre, V., Vabret, A., Ruffault, A., Pallier, C., Raymond, S., Izopet, J., Reynes, J., Marcelin, A. G., Masquelier, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+genotypic+prediction+of+HIV-1+coreceptor+use+versus+a+phenotypic+assay+and+correlation+with+the+virological+response+to+maraviroc:+the+ANRS+GenoTropism+study.">Evaluation of the genotypic prediction of HIV-1 coreceptor use versus a phenotypic assay and correlation with the virological response to maraviroc: the ANRS GenoTropism study.</a> Antimicrob. Agents. Chemother. 54 (8), 3335-3340 (2010).</li><li>Swenson, L. C., Knapp, D., Harrigan, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calibration+and+accuracy+of+the+geno2pheno+co-receptor+algorithm+for+predicting+HIV+tropism+for+single+and+triplicate+measurements+of+V3+genotype.">Calibration and accuracy of the geno2pheno co-receptor algorithm for predicting HIV tropism for single and triplicate measurements of V3 genotype.</a> , (2010).</li><li>Macartney, M. J., Cameron, J., Strang, A., Garc&#237;a, A., Booth, C., Marshall, N., Johnson, M., Geretti, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+a+genotypic+assay+for+the+prediction+of+HIV-1+coreceptor+tropism+and+guiding+the+use+of+CCR5+antagonists+in+clinical+practice.">Use of a genotypic assay for the prediction of HIV-1 coreceptor tropism and guiding the use of CCR5 antagonists in clinical practice.</a> , (2010).</li><li>Sierra, S., Thielen, A., Reuter, S., Jensen, B., Esser, S., F&#228;tkenheuer, G., Lengauer, T., Pfister, H., Sichtig, N., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tropism+determination+and+clinical+outcome+of+61+patients+under+MVC+treatment.">Tropism determination and clinical outcome of 61 patients under MVC treatment.</a> , (2010).</li><li>Obermeier, M., Carganico, A., Bieniek, B., Schleehauf, D., Dupke, S., Fischer, K., Freiwald, M., Neifer, S., Schuler, C., Mayr, C., Klausen, G., K&#246;ppe, S., &#252;&#252;nsche, T., Berg, T., Baumgarten, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tropism+testing+from+proviral+DNA+-+analysis+of+a+subgroup+from+the+Berlin+Maraviroc+cohort.">Tropism testing from proviral DNA - analysis of a subgroup from the Berlin Maraviroc cohort.</a> , (2010).</li><li>Vandekerckhove, L. P., Wensing, A. M., Kaiser, R., Brun-Vezinet, F., Clotet, B., De Luca, A., Dressler, S., Garcia, F., Geretti, A. M., Klimkait, T., Korn, K., Masquelier, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=European+guidelines+on+the+clinical+management+of+HIV-1+tropism+testing.">European guidelines on the clinical management of HIV-1 tropism testing.</a> Lancet Infect Dis. 11 (5), 394-407 (2011).</li><li>Walter, H., Eberle, J., M&#246;ller, H., Noah, C., Wolf, E., St rmer, M., Braun, P., Krn, K., D umer, M., Berg, T., Obermeier, M., Thielen, A., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Empfehlung+zur+Bestimmung+des+HIV-1-Korezeptor-Gebrauchs+(DAIG+Recommendations+for+the+HIV-1+tropism+testing).">Empfehlung zur Bestimmung des HIV-1-Korezeptor-Gebrauchs (DAIG Recommendations for the HIV-1 tropism testing).</a> , (2011).</li><li>Obermeier, M. J., Carganico, A., Dupke, S., Schranz, D., Cordes, C., Freiwald, M., Klausen, G., K&#246;ppe, S., Schuler, C., Mayr, C., Schleehauf, D., Berg, T., Krznaric, I., Baumgarten, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+application+of+genotypic+co-receptor+tropism+testing+from+viral+RNA+and+proviral+DNA:+week+24+analysis+of+the+Berlin+maraviroc+cohort.">Clinical application of genotypic co-receptor tropism testing from viral RNA and proviral DNA: week 24 analysis of the Berlin maraviroc cohort.</a> Journal of the International AIDS Society. 13, 129-129 (2010).</li><li>Toma, J., Frantzell, A., Hoh, R., Martin, J., Deeks, S., Petropoulos, C., Huang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determining+HIV-1+Co-receptor+Tropism+Using+PBMC+Proviral+DNA+Derived+from+Aviremic+Blood+Samples.">Determining HIV-1 Co-receptor Tropism Using PBMC Proviral DNA Derived from Aviremic Blood Samples.</a> , (2010).</li></ol>

ويرعى هذه المادة الفيديو عن طريق الرعاية الصحية وجلاكسو سميث كلاين فييف.

تسلسل V3 يسمح موثوقة التنبؤ tropism الفيروسية، كما هو مبين في الدراسات السريرية 3-9. في الواقع، يتم التفكير في تحديد النمط الجيني في المبادئ التوجيهية الحالية الأوروبي والألماني النمساوي-10. مقارنة اختبار المظهري، وليس فقط هي المرة دوران أقصر (أي ما يعادل اختبار المقاومة)، ولكن أيضا هي التكاليف. وبالإضافة إلى ذلك، والميزة الرئيسية لاختبار الوراثي هو أن يتم تصنيف النتائج على النحو FPR، وبالتالي يمكن أن تتكيف مع احتياجات المرضى. النتائج Trofile، من ناحية أخرى، هي ببساطة R5 X4 أو التقارير، والتي لا تعطى الوصول إلى البيانات الخام. حاليا، فإن المبادئ التوجيهية الأوروبية تشير إلى FPR القطع من 20٪ 10، في حين أن المبادئ التوجيهية النمساوية الألمانية تسمح بتكييف FPR قطع خصيصا لاحتياجات كل مريض 11. في هذا الخط، للمرضى مع مجموعة واسعة من الخيارات العقاقير المضادة للفيروسات، وارتفاع FPR انقطاع (&gt; 20٪) هي موصىانتهى. وعلى العكس، قد يكون استخداما لمرحلة ما قبل المعالجة المرضى الذين يعانون من الخيارات العلاجية محدودة، وانخفاض FPR انقطاع (&gt; 5٪). هذا النوع من العلاج هو التوجيه المستمر حاليا من قبل المقاومة لاختبار NRTIs، NNRTIs، حزب القانون والعدالة، وINIS، حيث يمكن أن تدرج أدوية جزئيا الناشطة في علاج المرضى الذين يعانون من انخفاض الخيارات العلاجية. وبالإضافة إلى ذلك، مع تزايد أعداد التغييرات العلاج genotypically موجهة، وذات الصلة سريريا FPR باستمرار انقطاع يجري تعديل من قبل لجنة من الفيروسات، bioinformaticians والأطباء. ميزة أخرى هامة من الاختبار الوراثي tropism هو إمكانية تحليل العينات السريرية مع الحمل الفيروسي منخفضة جدا لا يمكن الكشف عنها أو حتى (VL). في هذه الحالات، عندما البلازما RNA ليس amplifiable، يمكن التسلسل الحمض النووي proviral وتستخدم لتنبؤات موثوقة 9،12. من ملاحظة، زاد عدد المرضى الذين يعانون من الحمل الفيروسي منخفضة أو غير قابل للكشف بشكل حاد في السنوات الأخيرة. وحتى الآن، TROFILE مقايسة يسمح فقط تحليل عينات من المرضى الذين يعانون من VL &lt;1000 نسخة / مل. ومع ذلك، فقد أظهرت الدراسات الأولية أن الحمض النووي يمكن proviral adecuate أيضا لفحصها من قبل Trofile 13.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم كاشف </td><td> شركة </td><td> كتالوج رقم </td><td> تعليقات </td></tr><tr><td> بيور الاتفاق ماجنا عزل الحمض النووي كيت I </td><td> روش تشخيص </td><td> 04 802 993 001 </td><td></td></tr><tr><td> ماجنا نظام مدمج الصرفة </td><td> روش تشخيص </td><td> 03731146001 </td><td></td></tr><tr><td> T3000 Thermocycler </td><td> Biometra </td><td> 050-723 </td><td></td></tr><tr><td> خطوة واحدة RT-PCR كيت </td><td> QIAGEN </td><td> 210215 </td><td></td></tr><tr><td> HotStarTaq ماجستير ميكس كيت </td><td> QIAGEN </td><td> 203445 </td><td></td></tr><tr><td> QIAquick كيت PCR تنقية </td><td> QIAGEN </td><td> 28106 </td><td></td></tr><tr><td> نوكلياز خارجية I (إكسو I) </td><td> Fermentas </td><td> EN0582 </td><td></td></tr><tr><td> FastAP الفوسفاتيز القلوية للحرارة </td><td> Fermentas </td><td> EF0651 </td> &lt;TD&gt; </td></tr><tr><td> BigDye دورة V3.1 المنهي تسلسل كيت </td><td> النظم البيولوجية التطبيقية </td><td> 4337457 </td><td></td></tr><tr><td> Sephadex G-50 فائق الجودة </td><td> GE للرعاية الصحية </td><td> 17-0041-01 </td><td></td></tr><tr><td> ABI بريزم المنظم XL 3130 الشعرية </td><td> النظم البيولوجية التطبيقية </td><td> 3130XL </td><td></td></tr></tbody></table>

prediction of hiv-1 coreceptor usage (tropism) by sequence analysis using a genotypic approach

Maraviroc (MVC) هو أول من المخدرات المضادة للفيروسات القهقرية المرخصة من فئة مضادات coreceptor. أنه يربط إلى المضيف coreceptor CCR5، والذي يستخدم من قبل غالبية سلالات فيروس نقص المناعة البشرية من أجل تصيب خلايا المناعة البشري (الشكل 1). العزلات الأخرى فيروس نقص المناعة البشرية تستخدم coreceptor مختلفة، CXCR4. مستقبلات التي تستخدم، يتم تحديد في الفيروس عن طريق البروتين بيئية (الشكل 2). اعتمادا على coreceptor المستخدمة، وتصنف الفيروسات وR5 أو X4، على التوالي. MVC يربط لمستقبلات CCR5 منع دخول الفيروسات R5 في الخلية المستهدفة. أثناء المرض، قد الفيروسات X4 تظهر وتتفوق على الفيروسات R5. تحديد الاستخدام coreceptor (وتسمى أيضا tropism) وبالتالي إلزامية قبل إدارة MVC، كما طالب EMA وFDA. وقد أجريت دراسات لتحفيز كفاءة MVC، MERIT و 1029 مع حرف واحد فقط من الفحص Trofile، سان فرانسيسكو، الولايات المتحدة الأمريكية هذا الفحص عالية الجودة على أساس sophiاختبارات المؤتلف sticated. قبول لهذا الاختبار للالروتين اليومي منخفضة بدلا من خارج الولايات المتحدة الأمريكية، منذ الأوروبية الأطباء يميلون بدلا المختبرات للعمل مع الخبراء اللامركزية، التي توفر أيضا ما يصاحب ذلك اختبار المقاومة. خضعت هذه المختبرات العديد من التقييمات ضمان الجودة، وكان آخرها عرض في 2011 1. لعدة سنوات الآن، لقد أجرينا قرارات tropism على أساس تحليل تسلسل فيروس نقص المناعة البشرية من المنطقة الجينات الحياة الفطرية-V3 (V3) 2. هذه المنطقة يحمل ما يكفي من المعلومات لإجراء التنبؤ موثوق بها. تحديد النمط الجيني من استخدام coreceptor يقدم مزايا مثل: دوران وقت أقصر (أي ما يعادل اختبار المقاومة)، وتخفيض التكاليف، وإمكانية لتكييف النتائج مع احتياجات المرضى وإمكانية تحليل العينات السريرية مع الحمل الفيروسي منخفضة جدا لا يمكن الكشف عنها أو حتى (VL )، لاسيما وأن عدد العينات التي تم تحليلها مع VL &lt;1000 نسخة / ميكرولترزيادة تقريبا في السنوات الأخيرة (الشكل 3). أظهرت الخطوات الرئيسية لاختبار tropism (الشكل 4) في هذا الفيديو: 1. جمع عينة الدم 2. عزل RNA فيروس نقص المناعة البشرية من / فيروس نقص المناعة البشرية والبلازما أو DNA من خلايا الدم proviral حيدات النوى 3. التضخيم في المنطقة ENV 4. التضخيم في المنطقة V3 5. رد فعل تسلسل AMPLICON V3 6. تنقية العينات التسلسل 7. تسلسل العينات النقية 8. تسلسل التحرير 9. التسلسل تفسير البيانات والتنبؤ tropism

Watch this Scientific Journal Video about Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach at JoVE.com

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

مطلوب التنبؤ استخدام coreceptor HIV-1 من أجل إدارة فئة جديدة من العقاقير المضادة للفيروسات، أي الخصوم coreceptor. لا يمكن أن يؤديها من خلال تحليل تسلسل<em&gt; الحياة الفطرية</em&gt; الجينات وتفسير لاحق من خلال تفسير النظام القائمة على الانترنت (geno2pheno<sub&gt; [coreceptor]</sub&gt;).

التنبؤ الإشتخدام HIV-1 Coreceptor (Tropism) من خلال تحليل تسلسل الوراثي باستخدام نهج

Maraviroc (MVC) is the first licensed antiretroviral drug from the class of coreceptor antagonists. It binds to the host coreceptor CCR5, which is used by ...

<a class="grey_button" href="http://www.jove.com/video/4153"> Espa&ntilde;ol </a>

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage (Tropism) by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

تقييم ميزات التعليم العالي ذات الصلة مناعيا الديناميكية الهيكلية للHIV - 1 حلقة V3 تسلسل R2 بواسطة ولي العهد منذ البداية للطي

The antigenic diversity of HIV-1 has long been an obstacle to vaccine design, and this variability is especially pronounced in the V3 loop of the virus' ...

Specific Marking of HIV-1 Positive Cells using a Rev-dependent Lentiviral Vector Expressing the Green Fluorescent Protein

تمييز خلايا محددة HIV - 1 الإيجابية باستخدام المتجهات التي تعتمد على رؤيا Lentiviral وإذ تعرب عن البروتين الأخضر نيون

Most of HIV-responsive expression vectors are based on the HIV promoter, the long terminal repeat (LTR). While responsive to an early HIV protein, Tat, ...

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

الاستدلال الوراثي من HIV - 1 Tropism باستخدام السكان على أساس تسلسل V3

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

Structure of HIV-1 Capsid Assemblies by Cryo-electron Microscopy and Iterative Helical Real-space Reconstruction

هيكل HIV - 1 بواسطة جمعيات قفيصة البرد المجهر الإلكتروني وتكرارية حلزوني الإعمار الحقيقي الفضاء

Cryo-electron microscopy (cryo-EM), combined with image processing, is an increasingly powerful tool for structure determination of macromolecular protein ...

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

Uncoating في المختبر من HIV - 1 النوى

The genome of the retroviruses is encased in a capsid surrounded by a lipid envelope. For lentiviruses, such as HIV-1, the conical capsid shell is ...

New Tools to Expand Regulatory T Cells from HIV-1-infected Individuals

أدوات جديدة لتوسيع الخلايا التائية التنظيمية من الأفراد HIV-1-المصابة

CD4+ Regulatory T cells (Tregs) are potent immune modulators and serve an important function in human immune homeostasis. Depletion of Tregs has led to ...

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

تقييم الفطرية الاستشعار من HIV-1 CD4 المصابة<sup&gt; +</sup&gt; T الخلايا عن طريق الخلايا الجذعية بلازماوية الشكل باستخدام<em&gt; خارج الحي</em&gt; المشارك ثقافة النظام.

HIV-1 innate sensing requires direct contact of infected CD4+ T cells with plasmacytoid dendritic cells (pDCs). In order to study this process, the ...

Conformational Evaluation of HIV-1 Trimeric Envelope Glycoproteins Using a Cell-based ELISA Assay

تقييم بتكوين لHIV-1 مغلف مثلوثي بروتينات سكرية باستخدام خلية القاعدة ELISA الفحص

HIV-1 envelope glycoproteins (Env) mediate viral entry into target cells and are essential to the infectious cycle. Understanding how those glycoproteins ...

Isolation of Exosomes from the Plasma of HIV-1 Positive Individuals

عزل Exosomes من البلازما من HIV-1 الأفراد ايجابية

Exosomes are small vesicles ranging in size from 30 nm to 100 nm that are released both constitutively and upon stimulation from a variety of cell types. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

تصور HIV-1 الكمامة ملزم لالعملاق Unilamellar الحويصلة (GUV) الأغشية

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...