Name: prediction of hiv-1 coreceptor usage (tropism) by sequence analysis using a genotypic approach
Uploaded: 2011-12-01T13:00:00
Duration: 7 min 6 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach at JoVE.com

Авторы финансируются из Corus, MedSys в клетку, цепи и Resina проектов.

<ol>
	<li>Heger, E., Schuelter, E., Klimkait, T., Lengauer, T., Kaiser, R., Walter, H., Sierra, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=European+coreceptor+proficiency+panel+test.">European coreceptor proficiency panel test.</a> , (2011).</li><li>Lengauer, T., Sander, O., Sierra, S., Thielen, T., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioinformatic+prediction+of+HIV+coreceptor+usage.">Bioinformatic prediction of HIV coreceptor usage.</a> Nature Biotech. 25 (12), 1407-1410 (2007).</li><li>McGovern, R., Dong, W., Zhong, X., Knapp, D., Thielen, A., Chapman, D., Lewis, M., James, I., Valdez, H., Harrigan, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Population-based+Sequencing+of+the+V3-loop+Is+Comparable+to+the+Enhanced+Sensitivity+Trofile+Assay+in+Predicting+Virologic+Response+to+Maraviroc+of+Treatment-na+ve+Patients+in+the+MERIT+Trial.">Population-based Sequencing of the V3-loop Is Comparable to the Enhanced Sensitivity Trofile Assay in Predicting Virologic Response to Maraviroc of Treatment-na ve Patients in the MERIT Trial.</a> , (2010).</li><li>Reuter, S., Braken, P., Jensen, B., Sierra-Aragon, S., Oette, M., Balduin, M., Kaiser, R., Haussinger, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maraviroc+in+treatment-experienced+patients+with+HIV-1+infection+-+experience+from+routine+clinical+practice.">Maraviroc in treatment-experienced patients with HIV-1 infection - experience from routine clinical practice.</a> Eur. J. Med. Res. 15 (6), 231-237 (2010).</li><li>Recordon-Pinson, P., Soulie, C., Flandre, P., Descamps, D., Lazrek, M., Charpentier, C., Montes, B., Trabaud, M. A., Cottalorda, J., Schneider, V., Morand-Joubert, L., Tamalet, C., Desbois, D., Mace, M., Ferre, V., Vabret, A., Ruffault, A., Pallier, C., Raymond, S., Izopet, J., Reynes, J., Marcelin, A. G., Masquelier, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+genotypic+prediction+of+HIV-1+coreceptor+use+versus+a+phenotypic+assay+and+correlation+with+the+virological+response+to+maraviroc:+the+ANRS+GenoTropism+study.">Evaluation of the genotypic prediction of HIV-1 coreceptor use versus a phenotypic assay and correlation with the virological response to maraviroc: the ANRS GenoTropism study.</a> Antimicrob. Agents. Chemother. 54 (8), 3335-3340 (2010).</li><li>Swenson, L. C., Knapp, D., Harrigan, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calibration+and+accuracy+of+the+geno2pheno+co-receptor+algorithm+for+predicting+HIV+tropism+for+single+and+triplicate+measurements+of+V3+genotype.">Calibration and accuracy of the geno2pheno co-receptor algorithm for predicting HIV tropism for single and triplicate measurements of V3 genotype.</a> , (2010).</li><li>Macartney, M. J., Cameron, J., Strang, A., Garc&#237;a, A., Booth, C., Marshall, N., Johnson, M., Geretti, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+a+genotypic+assay+for+the+prediction+of+HIV-1+coreceptor+tropism+and+guiding+the+use+of+CCR5+antagonists+in+clinical+practice.">Use of a genotypic assay for the prediction of HIV-1 coreceptor tropism and guiding the use of CCR5 antagonists in clinical practice.</a> , (2010).</li><li>Sierra, S., Thielen, A., Reuter, S., Jensen, B., Esser, S., F&#228;tkenheuer, G., Lengauer, T., Pfister, H., Sichtig, N., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tropism+determination+and+clinical+outcome+of+61+patients+under+MVC+treatment.">Tropism determination and clinical outcome of 61 patients under MVC treatment.</a> , (2010).</li><li>Obermeier, M., Carganico, A., Bieniek, B., Schleehauf, D., Dupke, S., Fischer, K., Freiwald, M., Neifer, S., Schuler, C., Mayr, C., Klausen, G., K&#246;ppe, S., &#252;&#252;nsche, T., Berg, T., Baumgarten, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tropism+testing+from+proviral+DNA+-+analysis+of+a+subgroup+from+the+Berlin+Maraviroc+cohort.">Tropism testing from proviral DNA - analysis of a subgroup from the Berlin Maraviroc cohort.</a> , (2010).</li><li>Vandekerckhove, L. P., Wensing, A. M., Kaiser, R., Brun-Vezinet, F., Clotet, B., De Luca, A., Dressler, S., Garcia, F., Geretti, A. M., Klimkait, T., Korn, K., Masquelier, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=European+guidelines+on+the+clinical+management+of+HIV-1+tropism+testing.">European guidelines on the clinical management of HIV-1 tropism testing.</a> Lancet Infect Dis. 11 (5), 394-407 (2011).</li><li>Walter, H., Eberle, J., M&#246;ller, H., Noah, C., Wolf, E., St rmer, M., Braun, P., Krn, K., D umer, M., Berg, T., Obermeier, M., Thielen, A., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Empfehlung+zur+Bestimmung+des+HIV-1-Korezeptor-Gebrauchs+(DAIG+Recommendations+for+the+HIV-1+tropism+testing).">Empfehlung zur Bestimmung des HIV-1-Korezeptor-Gebrauchs (DAIG Recommendations for the HIV-1 tropism testing).</a> , (2011).</li><li>Obermeier, M. J., Carganico, A., Dupke, S., Schranz, D., Cordes, C., Freiwald, M., Klausen, G., K&#246;ppe, S., Schuler, C., Mayr, C., Schleehauf, D., Berg, T., Krznaric, I., Baumgarten, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+application+of+genotypic+co-receptor+tropism+testing+from+viral+RNA+and+proviral+DNA:+week+24+analysis+of+the+Berlin+maraviroc+cohort.">Clinical application of genotypic co-receptor tropism testing from viral RNA and proviral DNA: week 24 analysis of the Berlin maraviroc cohort.</a> Journal of the International AIDS Society. 13, 129-129 (2010).</li><li>Toma, J., Frantzell, A., Hoh, R., Martin, J., Deeks, S., Petropoulos, C., Huang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determining+HIV-1+Co-receptor+Tropism+Using+PBMC+Proviral+DNA+Derived+from+Aviremic+Blood+Samples.">Determining HIV-1 Co-receptor Tropism Using PBMC Proviral DNA Derived from Aviremic Blood Samples.</a> , (2010).</li></ol>

Это видео статьи спонсируется ViiV Healthcare и GlaxoSmithKline.

V3 последовательности позволяет надежно вирусных прогноз тропизм, как показано в клинических исследованиях, 3-9. В самом деле, генотипические определения предполагается в текущем европейском и немецко-австрийская принципов 10. По сравнению с фенотипическими тестирования, не только время оборота короче (эквивалентное сопротивление тестирования), но и являются расходы. Кроме того, основным преимуществом генотипического тестирования является то, что результаты оценивались как FPR и, следовательно, могут быть адаптированы к потребностям пациентов. Trofile результатов, с другой стороны, просто R5 или X4 отчетов, а также доступ к необработанным данным не дано. В настоящее время европейские принципы предполагают, FPR отключения 20% 10, в то время как австро-германские руководящие принципы позволяют адаптировать FPR отсечения специально для потребностей каждого пациента 11. В соответствии с этим для пациентов с широким спектром вариантов антиретровирусных препаратов, более высокий FPR отключений (&gt; 20%) Рекомендзакончился. Наоборот, для сильно предварительно обработанных пациентов с ограниченными терапевтические возможности, снизить FPR отключений (&gt; 5%) может быть использована. Этот вид терапии руководство в настоящее время продолжается сопротивлением тестирования НИОТ, ННИОТ, ИП, и ИНИС, где частично активные препараты могут быть включены в лечении пациентов со сниженной терапевтических возможностей. Кроме того, с ростом числа генотипически наведением терапии изменениям, клинически значимых FPR отключений постоянно регулируется с помощью панели bioinformaticians, вирусологи и врачи. Еще одним важным преимуществом генотипической тестирования тропизм является возможность анализа клинических образцов с очень низкой или даже вирусную нагрузку (ВН). В этом случае, когда плазма РНК не амплифицируемым, провирусной ДНК могут быть упорядочены и использовать для надежных прогнозов 9,12. Следует отметить, что число пациентов с низким или вирусную нагрузку резко возросло в последние годы. На сегодняшний день Trofile анализа только позволяет проводить анализ образцов от пациентов с ВН &lt;1000 копий / мл. Тем не менее, предварительные исследования показали, что провирусной ДНК может быть также adecuate должна быть протестирована на Trofile 13.

<table border="1"><tbody><tr><td> Название реагента </td><td> Компания </td><td> Номер в каталоге </td><td> Комментарии </td></tr><tr><td> MagNA Pure Компактный нуклеиновых Kit изоляции кислота я </td><td> Roche Diagnostics </td><td> 04 802 993 001 </td><td></td></tr><tr><td> MagNA Pure Compact System </td><td> Roche Diagnostics </td><td> 03731146001 </td><td></td></tr><tr><td> T3000 Термоциклеры </td><td> Biometra </td><td> 050-723 </td><td></td></tr><tr><td> One Step RT-PCR Kit </td><td> Qiagen </td><td> 210215 </td><td></td></tr><tr><td> HotStarTaq Mix Master Kit </td><td> Qiagen </td><td> 203445 </td><td></td></tr><tr><td> QIAquick ПЦР Очистка Kit </td><td> Qiagen </td><td> 28106 </td><td></td></tr><tr><td> Экзонуклеаза I (Exo I) </td><td> Fermentas </td><td> EN0582 </td><td></td></tr><tr><td> Fastap термочувствительного щелочной фосфатазы </td><td> Fermentas </td><td> EF0651 </td> &lt;TD&gt; </td></tr><tr><td> BigDye Terminator v3.1 циклического секвенирования Kit </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4337457 </td><td></td></tr><tr><td> Sephadex G-50 Superfine </td><td> GE Healthcare </td><td> 17-0041-01 </td><td></td></tr><tr><td> ABI Prism 3130 XL капиллярной секвенсор </td><td> Applied Biosystems </td><td> 3130XL </td><td></td></tr></tbody></table>

prediction of hiv-1 coreceptor usage (tropism) by sequence analysis using a genotypic approach

Маравирок (MVC) является первым лицензированным антиретровирусных препаратов из класса корецепторов антагонистов. Он связывается с принимающей корецепторов CCR5, который используется большинством штаммов ВИЧ, с тем, чтобы заразить человека иммунные клетки (рис. 1). Другие штаммы ВИЧ используют различные корецепторов, CXCR4. Какой рецептор используется, определяется вирусом белка Env (рис. 2). В зависимости от корецепторов используется, вирусы классифицируются как R5 или X4, соответственно. MVC связывается с рецептором CCR5 ингибирования вступления вирусы R5 в клетки-мишени. В ходе болезни, X4 вирусы могут возникать и перерастают R5 вирусы. Определение корецепторов использования (также называемый тропизм), следовательно, обязательными до введения MVC, как того требовала EMA и FDA. Исследования для MVC эффективности мотивации, MERIT и 1029 были проведены с Trofile анализа с монограммой, Сан-Франциско, США Это высокое качество анализа на основе Sophisticated рекомбинантного испытаний. Принятие этого теста для повседневной довольно низкий за пределами США, так как европейские врачи, а, как правило, работают с децентрализованным лаборатории экспертов, которые также обеспечивают сопутствующие тестирование сопротивления. Эти лаборатории прошли несколько обеспечению качества оценок, последний был представлен в 2011 1. Вот уже несколько лет мы провели тропизм определений основано на анализе последовательности из ВИЧ-ENV-V3 гена область (V3) 2. Этот регион несет достаточно информации, чтобы выполнить надежный прогноз. Генотипического определения использования корецепторов представляет преимущества, такие как: сокращение времени оборота (эквивалент сопротивления тестирования), снижение затрат, возможность адаптировать результаты к потребностям пациентов и возможность анализа клинических образцов с очень низкой или даже вирусную нагрузку (ВН ), особенно с учетом количества проанализированных проб с ВН &lt;1000 копий / мклпримерно увеличилась в последние годы (рис. 3). Основные шаги для тропизм тестирования (рис. 4) показано в этом видео: 1. Коллекция образцов крови 2. Выделение РНК из плазмы и / или ВИЧ провирусной ДНК из крови мононуклеаров 3. Усиление регионе ENV 4. Усиление V3 области 5. Последовательность реакции ампликона V3 6. Очистка секвенирование образцов 7. Секвенирование очищенных образцов 8. Последовательность редактирования 9. Последовательность интерпретации данных и тропизм прогноз

Watch this Scientific Journal Video about Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach at JoVE.com

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Предсказание корецепторов использования ВИЧ-1 требуется для введения нового класса антиретровирусных препаратов, антагонистов т.е. корецепторов. Он может быть выполнен анализ последовательности<em&gt; ENV</em&gt; Гена и последующей интерпретации через интернет-система интерпретации (geno2pheno<sub&gt; [Корецепторов]</sub&gt;).

Прогнозирование ВИЧ-1 корецепторов использования (тропизм) анализом последовательности использования Генотипическая подход

Maraviroc (MVC) is the first licensed antiretroviral drug from the class of coreceptor antagonists. It binds to the host coreceptor CCR5, which is used by ...

<a class="grey_button" href="http://www.jove.com/video/4153"> Espa&ntilde;ol </a>

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage (Tropism) by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

Оценка Иммунологически Соответствующие Динамическая третичный Структурные особенности ВИЧ-1 петли V3 Последовательность R2 короны на Неэмпирических Складные

The antigenic diversity of HIV-1 has long been an obstacle to vaccine design, and this variability is especially pronounced in the V3 loop of the virus' ...

Specific Marking of HIV-1 Positive Cells using a Rev-dependent Lentiviral Vector Expressing the Green Fluorescent Protein

Конкретные Маркировка ВИЧ-1-положительных клеток использованием Rev-зависимый лентивирусов Векторный выражая зеленый флуоресцентный белок

Most of HIV-responsive expression vectors are based on the HIV promoter, the long terminal repeat (LTR). While responsive to an early HIV protein, Tat, ...

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

Генотипическая вывода ВИЧ-1 тропизм Использование Популяционные Секвенирование V3

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

Structure of HIV-1 Capsid Assemblies by Cryo-electron Microscopy and Iterative Helical Real-space Reconstruction

Структура ВИЧ-1 капсида Ассамблеи по крио-электронной микроскопии и итерационных Винтовая реальном пространстве реконструкции

Cryo-electron microscopy (cryo-EM), combined with image processing, is an increasingly powerful tool for structure determination of macromolecular protein ...

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

В пробирке раздевания ВИЧ-1 сердечников

The genome of the retroviruses is encased in a capsid surrounded by a lipid envelope. For lentiviruses, such as HIV-1, the conical capsid shell is ...

New Tools to Expand Regulatory T Cells from HIV-1-infected Individuals

Новые методы для расширения регуляторных Т-клеток от ВИЧ-1-инфицированных

CD4+ Regulatory T cells (Tregs) are potent immune modulators and serve an important function in human immune homeostasis. Depletion of Tregs has led to ...

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

Оценка Врожденная зондирование инфицированных ВИЧ-1 CD4<sup&gt; +</sup&gt; Т-клеток плазмоцитов дендритных клеток с помощью<em&gt; Экс естественных</em&gt; Совместное культивирование системы.

HIV-1 innate sensing requires direct contact of infected CD4+ T cells with plasmacytoid dendritic cells (pDCs). In order to study this process, the ...

Conformational Evaluation of HIV-1 Trimeric Envelope Glycoproteins Using a Cell-based ELISA Assay

Конформационный Оценка ВИЧ-1 тримерных гликопротеинов с помощью мобильного основе ELISA Пробирной

HIV-1 envelope glycoproteins (Env) mediate viral entry into target cells and are essential to the infectious cycle. Understanding how those glycoproteins ...

Isolation of Exosomes from the Plasma of HIV-1 Positive Individuals

Выделение экзосомы из плазмы ВИЧ-1-инфицированных

Exosomes are small vesicles ranging in size from 30 nm to 100 nm that are released both constitutively and upon stimulation from a variety of cell types. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

Визуализация ВИЧ-1 Gag Связывание с Giant однослойные везикулы (ГУВ) Мембраны

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...