Name: a pcr-based genotyping method to distinguish between wild-type and ornamental varieties of imperata cylindrica
Uploaded: 2012-02-20T12:00:00
Duration: 12 min 1 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A PCR-based Genotyping Method to Distinguish Between Wild-type and Ornamental Varieties of Imperata cylindrica at JoVE.com

אנו מודים אלן טסקר (USDA-כנימות, ריברדייל, MD), סטיבן קומפטון (Clemson), שרי Aultman (Clemson), קרייג רמזי (USDA-כנימות, פורט קולינס, CO), ובטי Marose (UMD) לקבלת סיוע בהשגת דגימות . אנו מודים לתלמידים אנדרו אדריאן (UA-Huntsville) ודרק Thacker (UA-Huntsville) על עזרתם בבדיקת פרוטוקול זה, ויוסף Herdy עבור עבודתו צילומי וידאו. עבודה זו מומנה על ידי דגים הלאומי קרן חיות הבר.

<ol>
	<li>Holm, L. G., Pancho, J. V., Herberger, J. P., Plucknett, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> A Geographical Atlas of World Weeds. , (1979).</li><li>CABI, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crop+Protection+Compendium.">Crop Protection Compendium.</a> Commonwealth Agricultural Bureau International (CABI). , (2007).</li><li>MacDonald, G. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cogongrass+(Imperata+cylindrica)+-+Biology,+ecology,+and+management.">Cogongrass (Imperata cylindrica) - Biology, ecology, and management.</a> Critical Reviews in Plant Sciences. 23, 367-380 (2004).</li><li>Talley, S. M., Cseke, L. J., Zink, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+diagnostic+technologies+for+invasive+plants.">Molecular diagnostic technologies for invasive plants.</a> CPHST Fort Collins Laboratory 2009 Annual Report. , 27-28 (2009).</li><li>Dozier, H., Gaffney, J. F., McDonald, S. -. K., Johnson, E. R. R. L., Shilling, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cogongrass+in+the+United+States:+History,+ecology,+impacts,+and+management.">Cogongrass in the United States: History, ecology, impacts, and management.</a> Weed Technology. 12, 737-743 (1998).</li><li>Chikoye, D., Ekeleme, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weed+flora+and+soil+seedbanks+in+fields+dominated+by+Imperata+cylindrica+in+the+moist+savannah+of+West+Africa.">Weed flora and soil seedbanks in fields dominated by Imperata cylindrica in the moist savannah of West Africa.</a> Weed Research. 41, 475-490 (2001).</li><li>Weber, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Invasive Plant Species of the World: A Reference Guide to Environmental Weeds. , (2003).</li><li>Patterson, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shading+effects+on+growth+and+partitioning+of+plant+biomass+in+Cogongrass+(Imperata+cylindrica)+from+shaded+and+exposed+habitats.">Shading effects on growth and partitioning of plant biomass in Cogongrass (Imperata cylindrica) from shaded and exposed habitats.</a> Weed Science. 28, 735-740 (1980).</li><li>Cole, J. T., Cole, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ornamental+grass+growth+response+to+three+shade+intensities.">Ornamental grass growth response to three shade intensities.</a> Journal of Environmental Horticulture. 18, 18-22 (2000).</li><li>Bryson, C. T., Koger, C. H., Byrd, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+temperature+and+exposure+period+to+heat+on+cogongrass+(Imperata+cylindrica)+viability.">Effects of temperature and exposure period to heat on cogongrass (Imperata cylindrica) viability.</a> Weed Technology. 21, 141-144 (2007).</li><li>Capo-chichi, L. J. A., Faircloth, W. H., Williamson, A. G., Patterson, M. G., Miller, J. H., van Santen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Invasion+Dynamics+and+Genotypic+Diversity+of+Cogongrass+(Imperata+cylindrica)+at+the+Point+of+Introduction+in+the+Southeastern+United+States.">Invasion Dynamics and Genotypic Diversity of Cogongrass (Imperata cylindrica) at the Point of Introduction in the Southeastern United States.</a> Invasive Plant Science and Management. 1 (2), 133-141 (2008).</li><li>Talley, S. M., Ramsey, C. L., Zink, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Experimentally+assessing+the+invasive+potential+of+plants.">Experimentally assessing the invasive potential of plants.</a> CPHST Laboratory 2009 Annual Report. , 29-30 (2009).</li><li>Hodkinson, T. R., Chase, M. W., Lled&#243;, M. D., Salamin, N., Renvoize, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetics+of+Miscanthus,+Saccharum+and+related+genera+(Saccharinae,+Andropogoneae,+Poaceae)+based+on+DNA+sequences+from+ITS+nuclear+ribosomal+DNA+and+plastid+trnLintron+and+trnL-F+intergenic+spacers.">Phylogenetics of Miscanthus, Saccharum and related genera (Saccharinae, Andropogoneae, Poaceae) based on DNA sequences from ITS nuclear ribosomal DNA and plastid trnLintron and trnL-F intergenic spacers.</a> J. Plant Res. 115, 381-392 (2002).</li><li>Kress, W. J., Wurdack, K. J., Zimmer, E. A., Weigt, L. A., Janzen, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+DNA+barcodes+to+identify+flowering+plants.">Use of DNA barcodes to identify flowering plants.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (23), 8369-8374 (2005).</li><li>Roodt-Wilding, R., Spies, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+relationships+in+southern+African+chloridoid+grasses+(Poaceae)+based+on+nuclear+and+chloroplast+sequence+data.">Phylogenetic relationships in southern African chloridoid grasses (Poaceae) based on nuclear and chloroplast sequence data.</a> Systematics and Biodiversity. 4, 401-415 (2006).</li><li>Brody, J. R., Kern, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sodium+boric+acid:+a+Tris-free,+cooler+conductive+medium+for+DNA+electrophoresis.">Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis.</a> BioTechniques. 36, 214-216 (2004).</li><li>Chou, C. -. H., Tsai, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+variation+in+the+intergenic+spacer+of+ribosomal+DNA+of+Imperata+cylindrica+(L.)+Beauv.+var.+major+(Cogongrass)+populations+in+Taiwan.">Genetic variation in the intergenic spacer of ribosomal DNA of Imperata cylindrica (L.) Beauv. var. major (Cogongrass) populations in Taiwan.</a> Botanical Bulletin of Academia Sinica (Taipei). 40, 319-332 (1999).</li></ol>

אין לנו מה למסור.

<html> הילדים בארה&quot;ב תעשיות נוף ניזונים טיפוח ומכירת מיני צמחים אקזוטיים רומן. זה, יחד עם הגלובליזציה הגוברת של הסחר, מגביר את הסיכוי זן צמחים פולשניים יהיה להיכנס, להקים, ופרש בארה&quot;ב היכולת לווסת פדרלי צמחים כאלה מסתמך על מידע שהוא לעיתים קרובות אינה זמינה, כולל פוטנציאל להפוך פולשנית , טקסונומיה נכונה, ואבחנה גנטית בין מינים יליד לאזרח. בגלל הידע שלנו על צמחים פולשניים בדרך כלל מוגבל, צמחים מיובאים עם מאפיינים פולשניים מוסתרים הוכנסו רק ברצון ללמוד לאחר מכן כי הם פולשים משאבים חקלאיים וטבעיים שלנו. פרוטוקול זה נועד לטפל בבעיות כאלה הקשורים עם י cylindrica זנים ידי מתן השיטה הראשונה מולקולרית פשוטה שיכולה במדויק להבחין בין wild-type cogongrass וצורת חזרה של עמיתו JBG נוי שלה. &quot;jove_content&gt; עבור פיתוח של פרוטוקול זה, wild-type cogongrass נאסף אוכלוסיות שהתאזרח בבית יחידת קריק יערנות בריכה סנטה רוזה במחוז ליד ג&#39;יי, פלורידה ביוני 2008. JBG היה רכש מהמשתלה מסחרי (הציפור הכחולה משתלת, Inc ..) בחודש יוני 2008 וכן מאוסף של בעל הבית בקולומביה, מיזורי JBG חוזר התקבלו בחצר מוזיאון קמפבל הגיאולוגית ב אוניברסיטת קלמסון, SC ביוני 2008; מאוניברסיטת פארק ריברדייל, MA ביוני 2009; ו מן החצר הקדמית של בעל הבית בקולומביה, מיזורי בשנת 2009 (מזוהה על ידי לילנד Cseke). כל הצמחים נשמרו בחממה ממוקם באוניברסיטת אלבמה בהאנטסוויל (Huntsville, AL). רצף גנטי של ה-DNA שנאספו מצמחים אלה כלל בהשוואות עומק של 9 אזורים דנ&quot;א עצמאיים הנפוצים לצמחים ברקוד 2. בכל מקרה, רצף של JBG היו במשחק 100% לאלו של JBG לחזור, ובכך עוזרלוודא כי אכן JBG לחזור לטופס, ירוק פולשנית. רק ITS גרעיני trnL-F אזורים הכלורופלסט יש הבדלים שניתן להשתמש בהם כדי להבחין בין גנטית cogongrass ו JBG. באזור שלה יש בסך הכל 3 SNPs (פולימורפיזמים נוקלאוטיד בודד) בין cogongrass ו JBG, ואילו באזור trnL-F יש 2 SNPs ו 2 InDels (הוספות ומחיקות). אלה הבדלים גנטיים שונים מותר ספציפיים primers ה-PCR יש לפתח שיכולים להבחין בין wild-type cogongrass ו JBG חוזר. את התוצאות הכי אמין הגיעו primers שמקורם באזור trnL-F plastid. כך, פרוטוקול זה מבוסס על ההבדלים בין רצף ה-F-trnL אזורים בגנום הכלורופלסט של cogongrass, JBG וחזרו JBG (איור 4). כדי לסייע ביצירת פריימרים ספציפיים יותר את הזנים הנדונים ועל מנת למנוע תוצאות חיוביות שגויות ממינים הקשורים באופן הדוק, אלידוע וסעד trnL-F רצפים של א זנים cylindrica הושוו trnL-F רצפים ממינים דשא הקשורים (43 רצפים עצמאיים מ 29 מינים, כגון Cymbopogon citratus, Sorghastrum incompletum, Coix lacryma-jobi, קמיליה Miscanthus, Saccharum officinarum, halepense דורה). אמנם, בחנו מגוון ספציפיים רצפים פריימר על 29 מינים של הדשא, את הספציפיות של מגוון ספציפיים primers לא נבדקה באופן מקיף על יכולתו להגביר את ה-DNA מרוב מיני דשא אחרים. כתוצאה מכך, רקמת משמש להפקת DNA יש לזהות היטב כמוני cylindrica לפני החל בפרוטוקול זה. אם הדשא לא ניתן לזהות או cogongrass או JBG, אז אנחנו מציעים רצף של מוצר ה-PCR על מנת לוודא כי הם רצפים התאמה מדויקת כדי cogongrass או JBG. נכון לעכשיו, השיטה המדויקת ביותר כדי לוודא את זהותו של הדגימה הדשא נתון הוא לבצע PCR על שניהם לאrnL-F ואזורים שלה, שייבדק על ידי רצף של מוצרי ה-PCR והשוואה של רצפים על רצפים של מינים ידועים לזהות במדויק. ה-DNA יכול להיות מוגבר באמצעות primers בקרה המפורטים בפרוטוקול זה (לאזור trnL-F) או פריימרים אחרים הזמינים בפרסומים אחרים 13-15. סידור העבודה הוא הרבה יותר ועלות אינטנסיבית יותר באמצעות הליך פשוט שלנו. האיכות של פריימרים המשמשים PCR היא קריטית להצלחת ההליך. עשינו את primers עבור הליך זה זמין אלכסוני ביו, Inc ( <a href="http://www.obliquebio.com/web/" target="_blank">http://www.obliquebio.com/web/</a> , Huntsville, AL). יתרון הזמנת את primers מ ביו אלכסוני היא שהם לאחסן מספר רב של aliquots של צבע יסוד אחד מתוך סדרת ייצור זהה מדגם כמו primers השתמשנו לאופטימיזציה במעבדה שלנו. כתוצאה מכך, primers לא רק את רצף זהה, אך לאהיי באים הרבה הייצור המדויק ששימשה בפרוטוקול זה. באמצעות פריימרים ממגרש זאת, יכול לסייע במניעת משתנים חיצוניים בהליך הנובעים הבדלים באיכות של primers PCR. כמו כן, בעוד אחרים polymerases Taq אמור לעבוד בסדר עבור ה-PCR, איכות פולימראז Taq בשימוש תהיה השפעה על איכות תוצאות ה-PCR. כדי לאפשר מרקם טוב יותר PCR ריאגנטים, יש לנו מותאם פרוטוקול באמצעות חומרים כימיים מ Clontech. 2 Advantage פולימראז (Clontech, Mountain View, קליפורניה, חתול # 639201 או 639202) הוא תערובת של פולימראז חזקים, Taq חם ההתחלה האנזים הוכחה קריאה המסייע לספק סגוליות גבוהה amplifications מדויקות יותר. כי פרוטוקול זה מסתמך על ה-DNA הכלורופלסט, אשר ירש אימהי של עשבים, אירועים הכלאה בין גנוטיפים cogongrass ו JBG לא יכול ליפול בפח עם הליך הזיהוי המולקולרי שלנו. במקרים בהם hypridization הוא suspected, מומלץ להשתמש באזורים גרעיני שעברו בירושה משני ההורים. הנפוץ ביותר לא plastid האזור משתנה לשקול genotyping המפעל הוא האזור גרעינית ריבוזומלי ITS 13-15,17. נכון לעכשיו, אנו מתקדמים לקראת ריבוב הגברה של האזור הכלורופלסט trnL-F עם זה של אזור הגרעין שלה בצינור PCR אחת. ריבוב plastid עם אזורים דנ&quot;א גרעיני היה פוטנציאל לעקוף את מגבלות השימוש לבד, עם זאת, שיטות אלו דורשות אופטימיזציה והערכה נוספת כדי לקבוע היתכנות על מקרה לגופו. השימוש כמותי בזמן אמת PCR (QPCR) וטכנולוגיות חדשות יותר, כגון אלומות מולקולריות (בדיקות פריימר ניאון), הם גם העריכו כמו שיטות genotyping כשל ומדויק הצמח. הפרוטוקול המובא כאן מספק גישה מהירה ואמינה להבחין JBG לחזור מזה של wild-type cogongrass. אנו ממליצים להשתמשRS פרוטוקול זה לפנות אלינו על מנת לדווח על תוצאות הנובעת משימוש של פרוטוקול זה. מידע משותפים אלה יסייעו לספק מידע על התפלגות JBG חוזר. זה גם יעזור הרגולטורים ב USDA לקבל החלטות מושכלות על פעולות שניתן צריך לעקוף את התפשטות פוטנציאל הכלאה של זנים פולשניים מאוד cogongrass.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגי </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> DNeasy הצמח מיני קיט </td><td> Qiagen, ולנסיה, CA </td><td> 69104 או 69106 </td><td> כל הגנומי מכובד במפעל ערכת ה-DNA כי התשואות DNA באיכות טובה אמורה לפעול על נהלים אלה. </td></tr><tr><td> trnF (GAA)-F </td><td> אלכסונית ביו, Inc </td><td> 3-0578 </td><td> בקרה חיובית קדימה פריימר </td></tr><tr><td> trnL (אקסון &#39;5), C </td><td> אלכסונית ביו, Inc </td><td> 3-0579 </td><td> הפוך פריימר בקרה חיובית </td></tr><tr><td> trnLF-C-F1 </td><td> אלכסונית ביו, Inc </td><td> 3-0864 </td><td> קדימה wild-type cogongrass פריימר </td></tr><tr><td> trnLF-C-R1 </td><td> אלכסונית ביו, Inc </td><td> 3-0865 </td><td> להפוךwild-type cogongrass פריימר </td></tr><tr><td> trnLF-R-F2 </td><td> אלכסונית ביו, Inc </td><td> 3-0866 </td><td> קדימה JBG ו JBG לחזור פריימר </td></tr><tr><td> trnLF-R-R2 </td><td> אלכסונית ביו, Inc </td><td> 3-0867 </td><td> הפוך JBG ו JBG לחזור פריימר </td></tr><tr><td> היתרון ultrapure PCR dNTP Mix </td><td> Clontech, Mountain View, CA </td><td> 639125 </td><td></td></tr><tr><td> 2 היתרון פולימראז </td><td> Clontech, Mountain View, CA </td><td> 639201 או 639202 </td><td> טוב הוכחה לקריאה, חם תחילת Taq פולימראז </td></tr></tbody></table>

a pcr-based genotyping method to distinguish between wild-type and ornamental varieties of imperata cylindrica

Wild-type I. cylindrica (cogongrass) הוא אחד מעשרת המפעלים המובילים פולשניים הגרועים ביותר בעולם, המשפיעים לרעה על משאבים חקלאיים וטבעיים ב 73 מדינות שונות ברחבי אפריקה, אסיה, אירופה, ניו זילנד, אוקיאניה ואמריקה 1-2. Cogongrass טפסים במהירות, להפיץ, דוכני monodominant כי את מקומו של מגוון רחב של מיני צמחים מקומיים בתורו לאיים על בעלי חיים מקומיים התלויים המין העקורים צמחים מקומיים עבור מספוא ומחסה. כדי להוסיף על הבעיה, מגוון נוי [א cylindrica var. koenigii (Retzius)] משווק באופן נרחב תחת שמות &quot;Rubra&quot; Imperata cylindrica, אדום ברון, ועשב הדם היפנית (JBG). מגוון זה הוא סטרילי putatively ו פולשנית ונחשב נוי רצוי עלים בצבע אדום שלה. עם זאת, בתנאים הנכונים, JBG יכול לייצר זרע בר קיימא (קרול Holko, 2009 תקשורת אישית) והוא יכול לחזור ירוק אניטופס nvasive כי היא לעתים קרובות נבדל cogongrass כפי שנדרש על המאפיינים הייחודיים של מגוון wild-type פולשנית 4 (איור 1). זה עושה את הזיהוי באמצעות מורפולוגיה משימה קשה אפילו מאומנים היטב הטקסונומים הצמח. חזרה של JBG כדי פנוטיפ ירוק אגרסיבי הוא גם לא נדיר. באמצעות השוואות רצף של קידוד אזורי ב-DNA משתנה גם גרעיני הכלורופלסט, יש לנו אישר כי JBG חזר לסורו פולשנית ירוק בתוך מדינות מרילנד, דרום קרוליינה, מיזורי. JBG נמכרה ושתל במצב כמעט בכל ביבשת ארה&quot;ב שבה אין התפשטות פעיל cogongrass. היקף הבעיה לחזור ב לא הבין היטב כי הצמחים הם חזרו והרסו מתועד לעתים קרובות. יישום של פרוטוקול זה מספק שיטה מולקולרית כדי לזהות JBG חוזר והוא יכול לסייע לשמור על אלו סוגים של שיתוף המתרחשיםND ואולי והכלאה. Cogongrass הוא outcrosser מחייבים, וכאשר חצה עם גנוטיפ אחר, יכול לייצר רוח התפזרו קיימא הזרעים להפיץ cogongrass למרחקים רחבים 5-7. JBG יש גנוטיפ שונה במקצת מאשר cogongrass ו יוכלו ליצור כלאיים קיימא עם cogongrass. כדי להוסיף על הבעיה, JBG קר יותר בצל סובלנית יותר cogongrass 8-10, ואת זרימת גנים בין שני זנים עשוי ליצור כלאיים, כי הם יותר אגרסיביים, בצל סובלנית, וקרה הארדי מ wild-type cogongrass. בעוד wild-type cogongrass כיום פושט מעל 490,000,000 דונם ברחבי העולם, בארה&quot;ב ובדרום מזרח הוא פושט על 500,000 דונם והוא מסוגל לכבוש ביותר של ארה&quot;ב כפי שהוא מתפשט במהירות צפונה בשל נישה רחבה שלה 3,7,11 הפוטנציאל הגיאוגרפי. הפוטנציאל של מעבר גנטית היא דאגה רצינית עבור התוכנית הפדרלית USDA-כנימות שבוע רעילים. נכון לעכשיו, משרד החקלאות, כנימות אוסר JBG במדינות ש&quot;שפה יש מכת cogongrass הגדולות (למשל, פלורידה, אלבמה, מיסיסיפי). עם זאת, למנוע שני סוגים של שילוב יכול להוכיח קשה יותר cogongrass ו JBG להרחיב הפצות שלהם. יתר על כן, חלוקת JBG לחזור אינו ידוע כרגע, ללא יכולת לזהות סוגים אלה באמצעות מורפולוגיה, כמה מכת cogongrass עשוי להיות תוצאה של JBG חוזר. למרבה הצער, שיטות מולקולריות שוטפות של זיהוי בדרך כלל לסמוך על AFLP (מוגבר אורך פולימורפיזמים שבר) ואת רצפי DNA, הן אלו זמן רב ויקר. כאן, אנו מציגים 1 חסכונית ואמינה המבוססת על שיטת ה-PCR genotyping מולקולרית במדויק להבחין בין cogongrass ו JBG לחזור.

Watch this Scientific Journal Video about A PCR-based Genotyping Method to Distinguish Between Wild-type and Ornamental Varieties of Imperata cylindrica at JoVE.com

A PCR-based Genotyping Method to Distinguish Between Wild-type and Ornamental Varieties of Imperata cylindrica

אנו מספקים פרוטוקול חסכונית ומהירה genotyping מולקולרי מעסיקה מגוון ספציפיים primers ה-PCR כי ה-DNA היעד רצף ההבדלים בתוך אזור trnL-F הכלורופלסט spacer להבחין בין סוגים שונים של<em&gt; Imperata cylindrica</em&gt; (Cogongrass) שלא ניתן להבחין על ידי המורפולוגיה לבד. זנים אלו כוללים את העשב מזיק רשומים פדרלי, cogongrass מקרוב בנושא, התפשטות רחבה במגוון נוי, אני<em&gt;. cylindrica</em&gt; Var.<em&gt; Koenigii</em&gt; (עשב דם יפני).

PCR מבוסס genotyping שיטה להבחין בין זנים wild-type ו נוי של Imperata cylindrica</em

Wild-type I. cylindrica (cogongrass) is one of the top ten worst invasive plants in the world, negatively impacting agricultural and natural resources in ...

Research

JoVE Journal

Biology

A PCR-based Genotyping Method to Distinguish Between Wild-type and Ornamental Varieties of Imperata cylindrica

Pyrosequencing: A Simple Method for Accurate Genotyping

Pyrosequencing: שיטה פשוטה genotyping מדויק

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a ...

Identifying the Effects of BRCA1 Mutations on Homologous Recombination using Cells that Express Endogenous Wild-type BRCA1

זיהוי השפעות של מוטציות BRCA1 על רקומבינציה הומולוגיים באמצעות תאים אקספרס BRCA1 אנדוגני wild-type

The functional analysis of missense mutations can be complicated by the presence in the cell of the endogenous protein. Structure-function analyses of the ...

Protein Membrane Overlay Assay: A Protocol to Test Interaction Between Soluble and Insoluble Proteins in vitro

Protein Membrane Overlay Assay: A Protocol to Test Interaction Between Soluble and Insoluble Proteins in vitro

חלבון ממברנה Assay Overlay: פרוטוקול בדיקת אינטראקציה בין חלבונים מסיסים ובחלקם לא מסיסים במבחנה</em

Validating interactions between different proteins is vital for investigation of their biological functions on the molecular level.  There are several ...

Optimized PCR-based Detection of Mycoplasma

אופטימליים PCR מבוססי זיהוי של Mycoplasma

The maintenance of contamination-free cell lines is essential to cell-based research. Among the biggest contaminant concerns are mycoplasma contamination. ...

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

Ice יתר: שיטה גידול ארבידופסיס צמחים עגבניות ב 96-פלטות היטב genotyping תפוקה גבוהה

It is becoming common for plant scientists to develop projects that require the genotyping of large numbers of plants. The first step in any genotyping ...

Genotyping of Plant and Animal Samples without Prior DNA Purification

Genotyping של דוגמאות צמחים ובעלי חיים, ללא טיהור DNA לפני

The Direct PCR approach facilitates PCR amplification directly from small amounts of unpurified samples, and is demonstrated here for several plant and ...

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Infinium Assay עבור יישומי Genotyping SNP בקנה מידה גדולה

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

qPCRTag ניתוח - תפוקה גבוהה, בזמן אמת PCR Assay עבור Genotyping Sc2.0

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

קביעת חומצות סיאליות בדגימות כבד וחלב של סוג הבר<em&gt; CMAH</em&gt; נוק- out עכברים.

CMAH (cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acid hydroxylase) is responsible for the oxidation of cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acids in ...

Novel Method of Plasmid DNA Delivery to Mouse Bladder Urothelium by Electroporation

הרומן שיטת המסירה דנ א פלסמיד העכבר Urothelium שלפוחית השתן על ידי אלקטרופורציה

Genetically engineered mouse models (GEMMs) are extremely valuable in revealing novel biological insights into the initiation and progression mechanisms ...