Name: genome-wide screen for mirna targets using the mission target id library
Uploaded: 2012-04-06T12:00:00
Duration: 8 min 40 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Screen for miRNA Targets Using the MISSION Target ID Library at JoVE.com

אנו מודים המדע כולו Sigma החיים המשימה יעד מזהה ספריית פיתוח צוות, במיוחד קווין Gutshall למציאת טכנולוגיה משא ומתן תנאי הרשיון, והת&#39;ר Holemon על התמיכה שלה והשתתפות בדיונים לפתרון בעיות פוריות. כמו כן, אנו מודים לד&quot;ר יופ Gäken של לונדון בקינגס קולג&#39; בחופשיות על שיתוף שלא פורסמו התוצאות והצעות ו Qazi חמיד של RxBiosciences להכנת המנה הגדולה של cDNA וההתמדה שלו מקבל את זה משובטים. ברצוננו להודות נאן לין סקוט באהר מ SAFC לביצוע מערכי cDNA וניתוח נתונים. המשימה הוא סימן מסחרי רשום של Sigma-Aldrich ביוטכנולוגיה LP

<ol>
	<li>Huang, Q., Gumireddy, K., Schrier, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microRNAs+miR-373+and+miR-520c+promote+tumour+invasion+and+metastasis.">The microRNAs miR-373 and miR-520c promote tumour invasion and metastasis.</a> Nat. Cell Biol. 10 (2), 202-210 (2008).</li><li>Lichner, Z., Pall, E., Kerekes, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+miR-290-295+cluster+promotes+pluripotency+maintenance+by+regulating+cell+cycle+phase+distribution+in+mouse+embryonic+stem+cells.">The miR-290-295 cluster promotes pluripotency maintenance by regulating cell cycle phase distribution in mouse embryonic stem cells.</a> Differentiation. 81 (1), 11-24 (2011).</li><li>Subramanyam, D., Lamouille, S., Judson, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+targets+of+miR-302+and+miR-372+promote+reprogramming+of+human+fibroblasts+to+induced+pluripotent+stem+cells.">Multiple targets of miR-302 and miR-372 promote reprogramming of human fibroblasts to induced pluripotent stem cells.</a> Nat. Biotechnol. 29 (5), 443-448 (2001).</li><li>Lim, L. P., Lau, N. C., Garrett-Engele, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+shows+that+some+microRNAs+downregulate+large+numbers+of+target+mRNAs.">Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs.</a> Nature. 433 (7027), 769-773 (2005).</li><li>Huntzinger, E., Izaurralde, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+silencing+by+microRNAs:+contributions+of+translational+repression+and+mRNA+decay.">Gene silencing by microRNAs: contributions of translational repression and mRNA decay.</a> Nat. Rev. Genet. 12 (2), 99-110 (2011).</li><li>Thomas, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Desperately+seeking+microRNA+targets.">Desperately seeking microRNA targets.</a> Nat. Struc. Mol. Biol. 17 (10), 1169-1174 (2010).</li><li>Baek, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+impact+of+microRNAs+on+protein+output.">The impact of microRNAs on protein output.</a> Nature. 455 (7209), 71-71 (2008).</li><li>Guo, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+microRNAs+predominantly+act+to+decrease+target+mRNA+levels.">Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels.</a> Nature. 466 (3708), 835-840 (2010).</li><li>Ma, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumour+invasion+and+metastasis+initiated+my+microRNA-10b+in+breast+cancer.">Tumour invasion and metastasis initiated my microRNA-10b in breast cancer.</a> Nature. 449 (7163), 682-688 (2007).</li><li>Visone, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+miR-221+and+miR-222,+both+overexpressed+in+human+thyroid+papillary+carcinomas,+regulate+p27Kip1+protein+levels+and+cell+cycle.">MicroRNAs miR-221 and miR-222, both overexpressed in human thyroid papillary carcinomas, regulate p27Kip1 protein levels and cell cycle.</a> Endocrine-Related Cancer. 14 (3), 791-798 (2007).</li><li>Lu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA-21+promotes+cell+transformation+by+targeting+the+programmed+cell+death+4+gene.">MicroRNA-21 promotes cell transformation by targeting the programmed cell death 4 gene.</a> Oncogene. 27 (31), 4373-4379 (2008).</li><li>Guo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+noncoding+RNA,+miR-126,+suppresses+the+growth+of+neoplastic+cells+by+targeting+phosphatidylinositol+3-kinase+signaling+and+is+frequently+lost+in+colon+cancers.">The noncoding RNA, miR-126, suppresses the growth of neoplastic cells by targeting phosphatidylinositol 3-kinase signaling and is frequently lost in colon cancers.</a> Genes Chrom. Cancer. 47 (11), 939-946 (2008).</li><li>Yamakuchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miR-34a+repression+of+SIRT1+regulates+apoptosis.">miR-34a repression of SIRT1 regulates apoptosis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (36), 13421-13426 (2008).</li><li>Wickramasinghe, N. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estradiol+downregulates+miR-21+expression+and+increases+miR-21+target+gene+expression+in+MCF-7+breast+cancer+cells.">Estradiol downregulates miR-21 expression and increases miR-21 target gene expression in MCF-7 breast cancer cells.</a> Nucleic Acid Res. 37 (8), 2584-2595 .</li><li>Ciaudo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+dynamic+and+sex-specific+expression+of+microRNAs+during+early+ES+cell+differentiation.">Highly dynamic and sex-specific expression of microRNAs during early ES cell differentiation.</a> PLoS Genetics. 5, e1000620 (2009).</li><li>Vallejo, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+Notch+signaling+by+the+conserved+miR-8/200+microRNA+family+in+development+and+cancer+cells.">Targeting Notch signaling by the conserved miR-8/200 microRNA family in development and cancer cells.</a> EMBO J. 30 (4), 756-769 (2011).</li><li>Jafarifar, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Repression+of+VEGFA+by+CA-rich+element-binding+microRNAs+is+modulated+by+hnRNAP.">Repression of VEGFA by CA-rich element-binding microRNAs is modulated by hnRNAP.</a> L. EMBO J. 30 (7), 1324-1334 (2011).</li><li>Clancy, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mRNA+isoform+diversity+can+obscure+detection+of+miRNA-mediated+control+of+translation.">mRNA isoform diversity can obscure detection of miRNA-mediated control of translation.</a> RNA. 17 (6), 1025-1033 (2011).</li></ol>

המחברים מצהירים יחסים כלכליים עם גורמים מסחריים בעלי עניין בעבודה שהוגש.

מיקרו RNA הם 20-24 RNAs נוקלאוטיד המווסתים ביטוי גנים לאחר תעתיק של התרגום מעכב mRNA, ולעתים קרובות, ערעור היציבות mRNA ממוקד (בדיקה ב [6]). מירנה אחד יכול לווסת כמה מאות mRNAs לשלוט התגובה של התא אותות התפתחותיים וסביבתיים. זיהוי ואימות mRNAs יעד הכרחי בקביעת התפקיד של מירנה ותפקוד במסלולים אלה. עם זאת, זיהוי המטרה היא לא פשוטה, כי אצל בעלי חיים, miRNAs ואתרי היעד שלהם הם לא משלים באופן מלא. &quot;הזרע&quot; באזור, מבסס 2 עד 7 מסוף 5&#39;-של מירנה, הוא בדרך כלל משלים מטרותיו. עם זאת, יש הרבה יוצאים מן הכלל זרע, במורד בסיס ההתאמה יכול לפצות על התאמה מושלמת זרע. מספר אלגוריתמים פותחו לחזות מטרות מירנה על בסיס התאמה זרע ופיצוי במורד הזרם, מבנה היעדעמדת D, שימור הרצף, ופרמטרים נוספים שונים נצפו על מטרות תוקף הניסוי (בדיקה ב [7]). בעוד סיליקו תחזיות נוח ולעשות רבות לזהות מטרות מירנה חוקיים, רובם חזו גנים להיכשל בדיקות אימות ניסיוני, ויעדים בפועל רבים אינם חזה. יתר על כן, מאז אלגוריתמים מבוססים על תכונות היעד שנקבעו קודם לכן, הם אינם מאפשרים גילוי של מטרות החורגות ממה שכבר ידוע. מספר מערכות ניסיוניות שימשו בהצלחה לזהות או לגלות מטרות תפקודיות מירנה בתאים חיים. אלה שיטות ההקרנה גלובליים כוללים microarrays ו-RNA רצף, RNA שיתוף immunoprecipitation (RIP), וסימון איזוטופ יציב עם חומצות אמינו תרבית תאים (SILAC), שיטה proteomic (בדיקה ב [7]). לכל שיטה יש יתרונות וחסרונות. מאז מירנה מיקוד לעתים קרובות מערערת mRNA מוביל לזילות שלו, אובדן oרווח R ברמת mRNA לאחר החדרת מירנה לחקות או מעכב, בהתאמה, יכול לזהות מטרות מירנה. הפסד זה או רווח של mRNA מזוהה בקלות על ידי microarray או רצף עמוק. תוך גילוי שיטות mRNA הם פשוט רגישים יותר מאשר שיטות זיהוי חלבונים, זיהוי ה-mRNA יחמיץ שום מטרות מירנה שאינם מפורקים. דיווחים אחרונים של המעבדה Bartell השוואת יעד תוצאות מירנה מ איתור RNA עם אלה SILAC [8] או פרופיל הריבוזום [9] מצביעים על כך miRNAs יונקים בעיקר לפעול על ידי הפחתת רמות ה-mRNA המטרה. עם זאת, מעבדות רבים אחרים העובדים עם מטרות מירנה בודדים לא זוהה שינוי בחלבון אך לא חל שינוי ברמת ה-mRNA. דיווחים על מה שנראה תקנה translational ללא אובדן mRNA לגילוי כוללים: miR-10b על HOXD10 [10], miR221/222 על p27kip1 [11], miR-21 על Pdcd4 [12], miR-126 על p85β [13] , miR-34 על SIRT1 [14], miR-21 על PTEN [15], miR-302d על Arid4b [16], miR-200C על JAG1 [17], ו miR-299, 297, 567,nd 609 על VEGFA [18]. יתר על כן, קלנסי ואח&#39; [19] לאחרונה דווח כי תקנה translational ידי בואו-7 התגלתה רק כאשר isoforms mRNA בודדים המכילים את האתר בואו-7 היעד התגלו באופן סלקטיבי. זה האחרון מצביע על כך, לפחות בחלק מהמקרים, רגולציה translational ניתן להתעלם בפרופיל מרוכבים - כלומר, כאשר כל isoforms mRNA מזוהים כמו mRNA 1 - כפי שנתקבל עם microarray רבים וניתוחים ברצף. שיתוף immunoprecipitation של מירנה-mRNA באמצעות מתחמי argonaute (בדרך כלל ago2) או חלבון אחר הקשור (RNA immunoprecipitation, או RIP) יהיה לבודד את מטרות מירנה ללא קשר מנגנון ויסות. בנוסף, RIP מזהה אנדוגני, ומן הסתם רלוונטי מבחינה ביולוגית, אינטראקציות. עם זאת, לא ידוע אם כל מירנה-mRNA אינטראקציות הם פונקציונליים, ולקרוע יחמיץ שום מטרות mRNA כי מקשרים רק זמני או מפורקים במהירות. יתר על כן, ספציפיים מירנה-mRNA שותפים יש להסיק bioinformatiקאלי משום שכל מירנה-mRNA זוגות שיתוף זירז יחד. לבסוף, SILAC ישירות מזהה את המוצר הסופי של התקנה מירנה, החלבון עצמו, אבל הוא לא רגיש ועל כן מתגעגע חלבונים נדירים ושינויים לקפל קטנים רמות החלבון. לאור המגבלות הנוכחיות עם מירנה היעד שיטות הזיהוי, הרגשנו assay גלובלית נוספת כדי לזהות מטרות מירנה תפקודית על ידי מנגנון חלופי היה צורך. כדי למלא את הצורך הזה, אנחנו רישיון טכנולוגיה שהומצאה על ידי יופ Gaken ו עזים Mohamedali של לונדון בקינגס קולג&#39;. ההמצאה שלהם הוא חלבון כפול היתוך הבחירה, באופן ספציפי, שילוב kinase-zeocin תימידין, מוסדר על ידי ספריית cDNA של פוטנציאל היעד רצפים מירנה ב 3&#39;UTR שלה. תאים transfected ביציבות עם ולבטא TKzeo-cDNA בונה ניתן לבחור עם zeocin, כפי שמודגם באיור 2. לאחר הבעת עניין מירנה, מטרות של מירנה ניתן לבחור אינטרנטganciclovir ה, כפי שמודגם באיור 3. Ganciclovir הורג תאים להביע תימידין קינאז, כלומר, כל התאים לבטא TKzeo-cDNA חסר מטרה מירנה של עניין. ממוקד cDNA יכול להיות מבודד על ידי הגברה PCR של ה-DNA של תאים ששורדים primers באמצעות ganciclovir כי האגף מוצרים cDNA ו PCR יכול להיות רצף לזהות מטרות. פיתחנו טכנולוגיה במכללת המלך לתוך כלי חדש לזיהוי הגילוי העולמי של מטרות תפקודיות מירנה אדם - יעד המשימה ספריית מזהה. עם הספרייה מזהה מטרה, משתמשים יכולים לבודד את מטרות מירנה על ידי שורה של transfection התרבות יונקים התא ובחירת צעדים סמים. הספרייה היא מקיפה, והוא מכיל 66-79% מכלל הגנים האנושיים. תוצאות ראשוניות מצביעות על כך גם גילה בעבר, כמו גם מטרות חדשות יכול להיות מבודד ספריית יעד המשימה מזהה. אף על פי הפרוטוקול הוא באורך כלשהו,שימוש בספריית מזהה יעד מחייב תקן טכניקות מעבדה מולקולרית - תרבית תאים transfection יונקים,, בחירת התרופה, PCR, וסדר - ולכן, צריך להיות גם במסגרת האמצעים של רוב הביולוגים. אנו מציעים תשומת לב מספקת ישולם עיצוב ניסיוני נכונה, אופטימיזציה של תנאי התרבות, והכי חשוב, לפני בדיקה של כל סוג תא חדש כדי לקבוע רמות התרופה האופטימלי עבור צעדים הבחירה (kill של עקומות) כדי להבטיח הצלחה עם ספריית מזהה מטרה. כמו בכל יעד מירנה שיטות הזיהוי, מומלץ מאוד כי מטרות שזוהו על ידי הקרנת ספריית מזהה מטרה להיות מאומת עם השיטה השנייה, כגון microarray, qRT-PCR, assay הכתב (כלומר, בלוציפראז), או ניתוח המערבי.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגי </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> התחלה מהירה REDTaq רדימיקס </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P0982 </td><td></td></tr><tr><td> Ganciclovir </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G2536 </td><td></td></tr><tr><td> G418 </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G8168 </td><td></td></tr><tr><td> Puromycin </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P9620 </td><td></td></tr><tr><td> Topo ת&quot;א </td><td> Invitrogen </td><td> KNM4500-01 </td><td></td></tr><tr><td> GenElute היונקים הדנ&quot;א הגנומי Miniprep Kit </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G1N10 </td><td></td></tr><tr><td> Nucleofection ספציפי תא kזה </td><td> Lonza </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Nucleofector </td><td> Lonza </td><td> AAD-1001 </td><td></td></tr><tr><td> Zeocin </td><td> Invitrogen </td><td> <a href="http://products.invitrogen.com/ivgn/en/US/adirect/invitrogen?cmd=catProductDetail&amp;productID=R25001">R250-01</a> </td><td></td></tr><tr><td height="1"> היעד מזהה הספרייה </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> MREH01 </td><td></td></tr></tbody></table>

genome-wide screen for mirna targets using the mission target id library

ספריית מזהה יעד נועד לסייע מטרות גילוי וזיהוי של microRNA (מירנה). ספריית מזהה היעד הוא פלסמיד מבוסס, הגנום כולו ספריית cDNA משובטים לתוך הזרם 3&#39;UTR של חלבון מבחר כפול היתוך, תימידין קינאז-zeocin (TKzeo). הסיבוב הראשון של הברירה היא transformants יציבות, ואחריו עם הקדמה של מירנה עניין, ובסופו של דבר, בחירה עבור cDNAs המכילים היעד של מירנה. CDNAs נבחרים מזוהים על ידי רצף (ראה איור 1-3 עבור זרימת עבודה מזהה ספריית היעד לפרטים נוספים). כדי להבטיח כיסוי רחב של transcriptome האנושי, יעד מזהה ספריית cDNAs נוצרו באמצעות תחול oligo-DT באמצעות מאגר של RNA הכל מוכן מרקמות אדם מספר רב של שורות תאים. וכתוצאה מכך מגוון cDNA מ 0.5 עד 4 קילו, עם גודל ממוצע של 1.2 קילו, והיו משובטים לתוך כפול מבחר p3TKzeo פלסמיד (ראה איור 4 על מפת הפלסמיד). הגן מטרות המיוצגות library ניתן למצוא באתר האינטרנט Sigma-Aldrich. תוצאות Illumina רצף (לוח 3), עולה כי הספרייה כולל 16,922 של 21,518 גנים ייחודיים UCSC RefGene (79%), או 14,000 גנים עם 10 או יותר קורא (66%).

Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Screen for miRNA Targets Using the MISSION Target ID Library at JoVE.com

Genome-wide Screen for miRNA Targets Using the MISSION Target ID Library

ספריית מזהה היעד הוא פלסמיד מבוסס, הגנום כולו אוסף של cDNA משובטים לשמש לזיהוי מטרות מירנה. כאן אנו מדגימים את השימוש והיישום.

הגנום כולו מסך עבור מטרות מירנה שימוש יעד המשימה ספריית מזהה

The Target ID Library is designed to assist in discovery and identification of microRNA (miRNA) targets. The Target ID Library is a plasmid-based, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Genome-wide Analysis of Aminoacylation Charging Levels of tRNA Using Microarrays

הגנום כולו ניתוח (טעינה) רמות Aminoacylation של tRNA שימוש microarrays

tRNA aminoacylation, or charging, levels can rapidly change within a cell in response to the environment[1]. Changes in tRNA charging levels in both ...

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

הגנום כולו ניתוח באמצעות שבב זיהוי איזופורם ספציפי מטרות ג&#39;ין

Recruitment of transcriptional and epigenetic factors to their targets is a key step in their regulation. Prominently featured in recruitment are the ...

MISSION LentiPlex Pooled shRNA Library Screening in Mammalian Cells

LentiPlex המשימה משולב הקרנת shRNA ספריית בתאי יונקים

RNA interference (RNAi) is an intrinsic cellular mechanism for the regulation of gene expression. Harnessing the innate power of this system enables us to ...

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

כמותיים אוטומטי תפוקה גבוהה הגנום כולו RNAi המסכים ג elegans</em

RNA interference is a powerful method to understand gene function, especially when conducted at a whole-genome scale and in a quantitative context. In C. ...

A Novel Bayesian Change-point Algorithm for Genome-wide Analysis of Diverse ChIPseq Data Types

אלגוריתם רומן ייס שינוי נקודות לניתוח הגנום רחב, של סוגי נתוני ChIPseq מגוונים

ChIPseq is a widely used technique for investigating protein-DNA interactions. Read density profiles are generated by using next-sequencing of ...

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

מחיקות Gene הגנום ב<em&gt; סטרפטוקוקוס sanguinis</em&gt; על ידי תפוקה הגבוהה PCR

Transposon  mutagenesis and single-gene deletion are two methods applied in genome-wide  gene knockout in bacteria 1,2. Although transposon mutagenesis is ...

Detection of miRNA Targets in High-throughput Using the 3'LIFE Assay

זיהוי של מטרות מירנה בתפוקה גבוהה באמצעות assay 3&#39;LIFE

Luminescent Identification of Functional Elements in 3&#8217;UTRs (3&#8217;LIFE) allows the rapid identification of targets of specific miRNAs within an ...

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC (Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin)

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin

מיפוי הגנום של תרופות-DNA בתאי אינטראקציות עם COSMIC (Crosslinking של מולקולות קטנות לבודד הכרומטין)

The genome is the target of some of the most effective chemotherapeutics, but most of these drugs lack DNA sequence specificity, which leads to ...

Genome-wide Purification of Extrachromosomal Circular DNA from Eukaryotic Cells

טיהור הגנום כולו של DNA המעגל extrachromosomal מתאי איקריוטיים

Extrachromosomal circular DNAs (eccDNAs) are common genetic elements in Saccharomyces cerevisiae and are reported in other eukaryotes as well. EccDNAs ...

Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine

זרימת עבודה מקיפה עבור הביטוי מטא אנליזה ATL E3 אוביקוויטין ליגאז ג'ין משפחת גפן וזיהוי הגנום כולו

Classification and nomenclature of genes in a family can significantly contribute to the description of the diversity of encoded proteins and to the ...