Name: genome-wide screen for mirna targets using the mission target id library
Uploaded: 2012-04-06T12:00:00
Duration: 8 min 40 s
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हम उसे समर्थन और उपयोगी समस्या निवारण चर्चा में भाग लेने के लिए पूरे सिग्मा लाइफ साइंस मिशन लक्ष्य आईडी पुस्तकालय विकास टीम, प्रौद्योगिकी खोज और लाइसेंस शर्तों को बातचीत के लिए विशेष रूप से केविन Gutshall, और हीथ Holemon के धन्यवाद. हम भी स्वतंत्र रूप से यह क्लोन में सीडीएनए का एक बड़ा बैच और उसके हठ की तैयारी के लिए अप्रकाशित परिणाम और सुझाव, और RxBiosciences काजी हामिद साझा करने के लिए किंग्स कॉलेज लंदन के डॉ. Joop Gäken धन्यवाद. हम SAFC से नेन लिन और स्कॉट बह्र सीडीएनए arrays और डेटा विश्लेषण प्रदर्शन करने के लिए स्वीकार करना होगा. मिशन सिग्मा Aldrich जैव प्रौद्योगिकी एल.पी. के एक पंजीकृत ट्रेडमार्क है

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	<li>Huang, Q., Gumireddy, K., Schrier, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microRNAs+miR-373+and+miR-520c+promote+tumour+invasion+and+metastasis.">The microRNAs miR-373 and miR-520c promote tumour invasion and metastasis.</a> Nat. Cell Biol. 10 (2), 202-210 (2008).</li><li>Lichner, Z., Pall, E., Kerekes, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+miR-290-295+cluster+promotes+pluripotency+maintenance+by+regulating+cell+cycle+phase+distribution+in+mouse+embryonic+stem+cells.">The miR-290-295 cluster promotes pluripotency maintenance by regulating cell cycle phase distribution in mouse embryonic stem cells.</a> Differentiation. 81 (1), 11-24 (2011).</li><li>Subramanyam, D., Lamouille, S., Judson, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+targets+of+miR-302+and+miR-372+promote+reprogramming+of+human+fibroblasts+to+induced+pluripotent+stem+cells.">Multiple targets of miR-302 and miR-372 promote reprogramming of human fibroblasts to induced pluripotent stem cells.</a> Nat. Biotechnol. 29 (5), 443-448 (2001).</li><li>Lim, L. P., Lau, N. C., Garrett-Engele, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+shows+that+some+microRNAs+downregulate+large+numbers+of+target+mRNAs.">Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs.</a> Nature. 433 (7027), 769-773 (2005).</li><li>Huntzinger, E., Izaurralde, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+silencing+by+microRNAs:+contributions+of+translational+repression+and+mRNA+decay.">Gene silencing by microRNAs: contributions of translational repression and mRNA decay.</a> Nat. Rev. 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Biol. 17 (10), 1169-1174 (2010).</li><li>Baek, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+impact+of+microRNAs+on+protein+output.">The impact of microRNAs on protein output.</a> Nature. 455 (7209), 71-71 (2008).</li><li>Guo, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+microRNAs+predominantly+act+to+decrease+target+mRNA+levels.">Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels.</a> Nature. 466 (3708), 835-840 (2010).</li><li>Ma, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumour+invasion+and+metastasis+initiated+my+microRNA-10b+in+breast+cancer.">Tumour invasion and metastasis initiated my microRNA-10b in breast cancer.</a> Nature. 449 (7163), 682-688 (2007).</li><li>Visone, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+miR-221+and+miR-222,+both+overexpressed+in+human+thyroid+papillary+carcinomas,+regulate+p27Kip1+protein+levels+and+cell+cycle.">MicroRNAs miR-221 and miR-222, both overexpressed in human thyroid papillary carcinomas, regulate p27Kip1 protein levels and cell cycle.</a> Endocrine-Related Cancer. 14 (3), 791-798 (2007).</li><li>Lu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA-21+promotes+cell+transformation+by+targeting+the+programmed+cell+death+4+gene.">MicroRNA-21 promotes cell transformation by targeting the programmed cell death 4 gene.</a> Oncogene. 27 (31), 4373-4379 (2008).</li><li>Guo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+noncoding+RNA,+miR-126,+suppresses+the+growth+of+neoplastic+cells+by+targeting+phosphatidylinositol+3-kinase+signaling+and+is+frequently+lost+in+colon+cancers.">The noncoding RNA, miR-126, suppresses the growth of neoplastic cells by targeting phosphatidylinositol 3-kinase signaling and is frequently lost in colon cancers.</a> Genes Chrom. Cancer. 47 (11), 939-946 (2008).</li><li>Yamakuchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miR-34a+repression+of+SIRT1+regulates+apoptosis.">miR-34a repression of SIRT1 regulates apoptosis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (36), 13421-13426 (2008).</li><li>Wickramasinghe, N. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estradiol+downregulates+miR-21+expression+and+increases+miR-21+target+gene+expression+in+MCF-7+breast+cancer+cells.">Estradiol downregulates miR-21 expression and increases miR-21 target gene expression in MCF-7 breast cancer cells.</a> Nucleic Acid Res. 37 (8), 2584-2595 .</li><li>Ciaudo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+dynamic+and+sex-specific+expression+of+microRNAs+during+early+ES+cell+differentiation.">Highly dynamic and sex-specific expression of microRNAs during early ES cell differentiation.</a> PLoS Genetics. 5, e1000620 (2009).</li><li>Vallejo, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+Notch+signaling+by+the+conserved+miR-8/200+microRNA+family+in+development+and+cancer+cells.">Targeting Notch signaling by the conserved miR-8/200 microRNA family in development and cancer cells.</a> EMBO J. 30 (4), 756-769 (2011).</li><li>Jafarifar, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Repression+of+VEGFA+by+CA-rich+element-binding+microRNAs+is+modulated+by+hnRNAP.">Repression of VEGFA by CA-rich element-binding microRNAs is modulated by hnRNAP.</a> L. EMBO J. 30 (7), 1324-1334 (2011).</li><li>Clancy, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mRNA+isoform+diversity+can+obscure+detection+of+miRNA-mediated+control+of+translation.">mRNA isoform diversity can obscure detection of miRNA-mediated control of translation.</a> RNA. 17 (6), 1025-1033 (2011).</li></ol>

लेखक वाणिज्यिक संस्थाओं है कि प्रस्तुत काम में रुचि रखते हैं के साथ वित्तीय संबंधों घोषणा.

microRNAs 20-24 nucleotide RNAs कि जीन की अभिव्यक्ति के बाद transcriptionally बाधा mRNA अनुवाद, विनियमित और अक्सर, लक्षित mRNA के [6] समीक्षा को अस्थिर कर रहे हैं. एक एकल miRNA कई सौ mRNAs को विनियमित करने के लिए एक सेल विकास और पर्यावरण के संकेत के लिए प्रतिक्रिया को नियंत्रित कर सकते हैं. पहचान करना और लक्ष्य mRNAs मान्य एक miRNA और इन रास्ते में भूमिका समारोह का निर्धारण करने में आवश्यक है. हालांकि, लक्ष्य पहचान सरल है, क्योंकि पशुओं में, miRNAs और उनके लक्षित साइटों को पूरी तरह से पूरक नहीं कर रहे हैं नहीं है. &quot;बीज&quot; क्षेत्र, के माध्यम से 7-5&#39;miRNA के अंत से 2 कुर्सियां, आमतौर पर अपने लक्ष्य को पूरक है. हालांकि, वहाँ बीज नियम के कई अपवाद हैं, और बहाव के आधार - बाँधना एक अपूर्ण बीज मैच के लिए क्षतिपूर्ति कर सकते हैं. कंप्यूटर एल्गोरिदम के एक संख्या miRNA बीज मिलान और बहाव मुआवजा, लक्ष्य संरचना पर आधारित लक्ष्य की भविष्यवाणी एक विकसित किया गया हैघ स्थिति, अनुक्रम संरक्षण, और विभिन्न अन्य मानकों कि प्रयोगात्मक मान्य लक्ष्यों [7] समीक्षा के लिए मनाया गया है. जबकि सिलिको में भविष्यवाणी सुविधाजनक है और पहचान कई वैध miRNA लक्ष्य करते हैं, सबसे भविष्यवाणी जीन प्रयोगात्मक सत्यापन परीक्षण विफल, और कई वास्तविक लक्ष्य नहीं की भविष्यवाणी कर रहे हैं. इसके अलावा, के बाद से कंप्यूटर एल्गोरिदम पहले से निर्धारित लक्ष्य सुविधाओं पर आधारित हैं, वे लक्ष्य है कि क्या पहले से ही जाना जाता है से विचलित की खोज नहीं की अनुमति नहीं है. प्रायोगिक प्रणाली के एक नंबर सफलतापूर्वक इस्तेमाल किया गया है की पहचान करने या जीवित कोशिकाओं में कार्यात्मक miRNA लक्ष्य की खोज. इन वैश्विक स्क्रीनिंग तरीकों डीएनए और शाही सेना अनुक्रमण, शाही सेना सह immunoprecipitation (आरआईपी), और स्थिर आइसोटोप सेल संस्कृति में एमिनो एसिड के साथ लेबल (SILAC), एक प्रोटिओमिक विधि ([7] समीक्षा) शामिल हैं. प्रत्येक विधि फायदे और नुकसान है. लक्ष्यीकरण miRNA के बाद से अक्सर एक mRNA के destabilizes और उसके क्षरण, नुकसान ओ की ओर जाता हैmRNA के स्तर में शुरू एक miRNA नकल या अवरोध करनेवाला, क्रमशः के बाद आर लाभ, miRNA लक्ष्यों की पहचान कर सकते हैं. इस mRNA की हानि या लाभ माइक्रोएरे या गहरी अनुक्रमण द्वारा आसानी से पता चला है. जबकि mRNA के तरीकों का पता लगाने के रूप में सरल और प्रोटीन का पता लगाने के तरीकों की तुलना में अधिक संवेदनशील हैं, mRNA का पता लगाने के किसी भी miRNA लक्ष्य है कि अपमानित नहीं कर रहे हैं याद आएगी. Bartell प्रयोगशाला से हाल की रिपोर्ट आरएनए का पता लगाने से SILAC से उन लोगों के साथ miRNA लक्ष्य परिणामों की तुलना [8] या ribosome रूपरेखा [9] संकेत मिलता है कि स्तनधारी miRNAs मुख्य रूप से लक्ष्य mRNA स्तर को कम करने से काम करते हैं. हालांकि, कई अन्य व्यक्ति miRNA लक्ष्य के साथ काम कर रहे प्रयोगशालाओं प्रोटीन में परिवर्तन पर mRNA के स्तर में कोई परिवर्तन नहीं पाया है. क्या नहीं detectable mRNA हानि के साथ translational विनियमन होना दिखाई देते हैं की रिपोर्ट में शामिल हैं: मीर-10b HOXD10 पर [10], p27kip1 पर miR221/222 [11], Pdcd4 पर मीर-21 [12], मीर -126 p85β पर [13] SIRT1 पर मीर-34 [14], PTEN [15], मीर 302d Arid4b पर [16], मीर 200C JAG1 पर [17], और मीर 299, 297, 567, एक को मीर-21VEGFA पर एन डी 609 [18] इसके अलावा, Clancy है एट अल [19] हाल ही में खबर दी है कि चलो - 7 translational विनियमन ही पता चला था जब व्यक्ति mRNA के isoforms कि चलो-7 लक्ष्य साइट होते चुनिंदा पाया गया. बाद पता चलता है कि, कुछ मामलों में कम से कम, translational विनियमन एक समग्र प्रोफ़ाइल में अनदेखा किया जा सकता है - कि है, जब सभी mRNA के isoforms एक mRNA के रूप में पाया जाता है - के रूप में कई माइक्रोएरे और अनुक्रम विश्लेषण के साथ प्राप्त की. Argonaute (Ago2 आमतौर पर) या अन्य जुड़े प्रोटीन (आरएनए, immunoprecipitation, या आरआईपी) के माध्यम से miRNA mRNA के परिसरों के सह immunoprecipitation miRNA लक्ष्य विनियमन तंत्र की परवाह किए बिना अलग होगा. इसके अलावा, चीर अंतर्जात, और संभाव्यतः biologically प्रासंगिक पता लगाता है, बातचीत. हालांकि, यह ज्ञात नहीं है कि सभी miRNA mRNA के बातचीत कार्य कर रहे हैं, और चीर किसी भी mRNA का लक्ष्य है कि केवल अस्थायी रूप से, क्षणिक रूप से सहयोगी या तेजी से अपमानित कर रहे हैं याद होगा. इसके अलावा, विशिष्ट miRNA mRNA के भागीदारों bioinformati inferred किया जाना चाहिए हैबड़ी सफाई क्योंकि सभी miRNA mRNA के जोड़े के साथ सह उपजी. अंत में, SILAC सीधे miRNA विनियमन, प्रोटीन ही अंतिम उत्पाद को दिखाता है, लेकिन असंवेदनशील है और इसलिए दुर्लभ प्रोटीन और प्रोटीन के स्तर में छोटे गुना परिवर्तन को याद करते हैं. वर्तमान miRNA लक्ष्य पहचान तरीकों के साथ सीमाओं के प्रकाश में, हमें लगा कि एक अतिरिक्त वैश्विक परख के लिए एक वैकल्पिक तंत्र द्वारा कार्यात्मक miRNA लक्ष्यों की पहचान की जरूरत थी. इस जरूरत को पूरा करने के लिए, हम एक - Joop Gaken और किंग्स कॉलेज लंदन के अजीम Mohamedali द्वारा आविष्कार प्रौद्योगिकी लाइसेंस. उनके आविष्कार एक दोहरी चयन संलयन प्रोटीन है, विशेष रूप से, thymidine kinase - zeocin संलयन, अपने 3&#39;UTR में संभावित miRNA लक्ष्य दृश्यों का एक सीडीएनए लाइब्रेरी द्वारा विनियमित. Stably और व्यक्त करने के साथ TKzeo - सीडीएनए constructs ट्रांसफ़ेक्ट कोशिकाओं zeocin साथ चुना जा सकता है, के रूप में 2 चित्र में सचित्र. ब्याज की एक miRNA व्यक्त करने के बाद, कि miRNA लक्ष्य वाई चुना जा सकता हैवें ganciclovir, के रूप में 3 चित्र में सचित्र. Ganciclovir thymidine kinase, कि, किसी भी कोशिकाओं है TKzeo सीडीएनए व्यक्त ब्याज की miRNA के लिए एक लक्ष्य की कमी व्यक्त की कोशिकाओं को मारता है. लक्षित कि ganciclovir का उपयोग प्राइमरों कि पार्श्व सीडीएनए, पीसीआर और उत्पादों के लिए लक्ष्यों की पहचान अनुक्रम किया जा सकता है बच कोशिकाओं से डीएनए के पीसीआर प्रवर्धन के सीडीएनए अलग किया जा सकता है. मिशन का लक्ष्य आईडी लाइब्रेरी - हम वैश्विक और कार्यात्मक मानव miRNA लक्ष्यों की पहचान की खोज के लिए एक नए उपकरण में कॉलेज के राजा तकनीक विकसित की है. लक्ष्य आईडी पुस्तकालय के साथ, उपयोगकर्ताओं को स्तनधारी सेल संस्कृति अभिकर्मक और दवा चयन चरणों की एक श्रृंखला के द्वारा miRNA लक्ष्य को अलग कर सकते हैं. लाइब्रेरी व्यापक है, और मानव जीन की 66-79% होता है. प्रारंभिक परिणामों से संकेत मिलता है कि दोनों पहले के रूप में के रूप में अच्छी तरह से पता चला नए लक्ष्य मिशन लक्ष्य आईडी लाइब्रेरी से अलग किया जा सकता है. हालांकि कुछ लंबाई के प्रोटोकॉल है,स्तनधारी सेल संस्कृति, अभिकर्मक, दवा चयन, पीसीआर, और अनुक्रमण - लक्ष्य आईडी पुस्तकालय का उपयोग मानक आणविक प्रयोगशाला तकनीकों की आवश्यकता होती है और इसलिए, अच्छी तरह से अधिकांश जीव के मतलब के भीतर होना चाहिए. हमारा सुझाव है कि पर्याप्त ध्यान उचित प्रयोगात्मक डिजाइन करने के लिए भुगतान किया जाएगा, संस्कृति की स्थिति के अनुकूलन, और सबसे महत्वपूर्ण बात, प्रत्येक नया सेल प्रकार चयन कदम (निकम्मा घटता) लक्ष्य आईडी पुस्तकालय के साथ सफलता सुनिश्चित करने के लिए इष्टतम दवा का स्तर निर्धारित पूर्व परीक्षण. सभी miRNA लक्ष्य पहचान तरीकों के साथ के रूप में, यह अत्यधिक की सिफारिश की है कि लक्ष्य आईडी लाइब्रेरी स्क्रीनिंग के ठिकानों की पहचान माइक्रोएरे, qRT-पीसीआर, संवाददाता परख (यानी, luciferase) के, या पश्चिमी विश्लेषण के रूप में एक दूसरी विधि के साथ मान्य किया जा.

<table border="1" ><tbody><tr><td> अभिकर्मक का नाम </td><td> कंपनी </td><td> कुल संख्या </td><td> टिप्पणियाँ </td></tr><tr><td> जम्पस्टार्ट REDTaq Readymix </td><td> सिग्मा Aldrich </td><td> P0982 </td><td></td></tr><tr><td> Ganciclovir </td><td> सिग्मा Aldrich </td><td> G2536 </td><td></td></tr><tr><td> G418 </td><td> सिग्मा Aldrich </td><td> G8168 </td><td></td></tr><tr><td> Puromycin </td><td> सिग्मा Aldrich </td><td> P9620 </td><td></td></tr><tr><td> Topo टीए </td><td> Invitrogen </td><td> KNM4500 - 01 </td><td></td></tr><tr><td> स्तनधारी जीनोमिक डीएनए Miniprep किट GenElute </td><td> सिग्मा Aldrich </td><td> G1N10 </td><td></td></tr><tr><td> में कोशिका विशिष्ट Nucleofection कश्मीरयह </td><td> LONZA </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Nucleofector </td><td> LONZA </td><td> AAD-1001 </td><td></td></tr><tr><td> Zeocin </td><td> Invitrogen </td><td> <a href="http://products.invitrogen.com/ivgn/en/US/adirect/invitrogen?cmd=catProductDetail&amp;productID=R25001">R250-01</a> </td><td></td></tr><tr><td height="1"> लक्ष्य आईडी पुस्तकालय </td><td> सिग्मा Aldrich </td><td> MREH01 </td><td></td></tr></tbody></table>

genome-wide screen for mirna targets using the mission target id library

लक्ष्य आईडी पुस्तकालय के लिए खोज और microRNA की पहचान (miRNA) के लक्ष्य में सहायता करने के लिए डिज़ाइन किया गया है. लक्ष्य आईडी लाइब्रेरी एक प्लाज्मिड आधारित, जीनोम चौड़ा सीडीएनए से दोहरे चयन संलयन प्रोटीन, thymidine kinase - zeocin के (TKzeo) से 3&#39;UTR अनुप्रवाह में क्लोन पुस्तकालय है. चुनाव के पहले दौर स्थिर transformants के लिए है, ब्याज की एक miRNA की शुरुआत के साथ पीछा किया, और अंत में, miRNA लक्ष्य युक्त cDNAs के लिए चयन. चयनित cDNAs अनुक्रमण (चित्रा लक्ष्य आईडी लाइब्रेरी कार्यप्रवाह और जानकारी के लिए 1-3 देखें) की पहचान कर रहे हैं. मानव transcriptome की व्यापक कवरेज सुनिश्चित करने के लिए, लक्ष्य आईडी पुस्तकालय cDNAs oligo-dt भड़काना कई मानव ऊतकों और सेल लाइनों से तैयार कुल शाही सेना के एक पूल का उपयोग कर के माध्यम से उत्पन्न किया गया. सीडीएनए रेंज 0.5 से 4 केबी करने के लिए जिसके परिणामस्वरूप, 1.2 केबी के एक औसत आकार के साथ, और थे p3TKzeo दोहरे चयन प्लाज्मिड में क्लोन (चित्रा 4 के लिए प्लाज्मिड नक्शा देखें). जीन ली में प्रतिनिधित्व लक्ष्यbrary सिग्मा Aldrich वेबपृष्ठ पर पाया जा सकता है. Illumina (तालिका 3) अनुक्रमण, से परिणाम बताते हैं कि पुस्तकालय UCSC RefGene में 21,518 अद्वितीय जीन (79%) 16,922, या 10 या पढ़ता अधिक (66%) के साथ 14,000 जीन शामिल हैं.

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Genome-wide Screen for miRNA Targets Using the MISSION Target ID Library

लक्ष्य आईडी लाइब्रेरी एक प्लाज्मिड आधारित, जीनोम चौड़ा क्लोन miRNA लक्ष्यों की पहचान करने के लिए इस्तेमाल किया सीडीएनए का संग्रह है. यहाँ हम इसके उपयोग और आवेदन प्रदर्शित करता है.

MiRNA मिशन लक्ष्य आईडी पुस्तकालय का उपयोग लक्ष्य के लिए जीनोम चौड़ा स्क्रीन

The Target ID Library is designed to assist in discovery and identification of microRNA (miRNA) targets. The Target ID Library is a plasmid-based, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Genome-wide Analysis of Aminoacylation Charging Levels of tRNA Using Microarrays

जीनोम चौड़ा Aminoacylation tRNA (चार्ज) स्तर प्रोटीन का उपयोग का विश्लेषण

tRNA aminoacylation, or charging, levels can rapidly change within a cell in response to the environment[1]. Changes in tRNA charging levels in both ...

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

जीनोम चौड़ा चिप का उपयोग isoform विशेष जीन लक्ष्य पहचानें विश्लेषण

Recruitment of transcriptional and epigenetic factors to their targets is a key step in their regulation. Prominently featured in recruitment are the ...

MISSION LentiPlex Pooled shRNA Library Screening in Mammalian Cells

मिशन LentiPlex स्तनधारी कोशिकाओं में जमा shRNA पुस्तकालय स्क्रीनिंग

RNA interference (RNAi) is an intrinsic cellular mechanism for the regulation of gene expression. Harnessing the innate power of this system enables us to ...

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

मात्रात्मक और स्वचालित उच्च throughput जीनोम चौड़ा में आरएनएआई स्क्रीन के सी. एलिगेंस</em

RNA interference is a powerful method to understand gene function, especially when conducted at a whole-genome scale and in a quantitative context. In C. ...

A Novel Bayesian Change-point Algorithm for Genome-wide Analysis of Diverse ChIPseq Data Types

विविध ChIPseq डेटा प्रकार के एक उपन्यास Bayesian बदलें बिंदु जीनोम चौड़ा विश्लेषण के लिए एल्गोरिथ्म

ChIPseq is a widely used technique for investigating protein-DNA interactions. Read density profiles are generated by using next-sequencing of ...

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

जीनोम चौड़ा जीन में विलोपन<em&gt; Streptococcus sanguinis</em&gt; उच्च Throughput पीसीआर द्वारा

Transposon  mutagenesis and single-gene deletion are two methods applied in genome-wide  gene knockout in bacteria 1,2. Although transposon mutagenesis is ...

Detection of miRNA Targets in High-throughput Using the 3'LIFE Assay

3&#39;LIFE परख का उपयोग उच्च throughput में miRNA लक्ष्य की जांच

Luminescent Identification of Functional Elements in 3&#8217;UTRs (3&#8217;LIFE) allows the rapid identification of targets of specific miRNAs within an ...

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC (Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin)

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लौकिक के साथ कोशिकाओं में ड्रग-डीएनए सहभागिता के जीनोम चौड़ा मानचित्रण (छोटे अणुओं की crosslinking Chromatin को अलग करने के लिए)

The genome is the target of some of the most effective chemotherapeutics, but most of these drugs lack DNA sequence specificity, which leads to ...

Genome-wide Purification of Extrachromosomal Circular DNA from Eukaryotic Cells

कोशिकाओं से Extrachromosomal परिपत्र डीएनए के जीनोम चौड़ा शोधन

Extrachromosomal circular DNAs (eccDNAs) are common genetic elements in Saccharomyces cerevisiae and are reported in other eukaryotes as well. EccDNAs ...

Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine

जीनोम-वाइड पहचान और अभिव्यक्ति मेटा-विश्लेषण के लिए व्यापक कार्यप्रवाह ATL E3 के Ubiquitin Ligase जीन परिवार में चर्चा

Classification and nomenclature of genes in a family can significantly contribute to the description of the diversity of encoded proteins and to the ...