Name: colorectal cancer cell surface protein profiling using an antibody microarray and fluorescence multiplexing
Uploaded: 2011-09-25T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing at JoVE.com

نشكر العاملين في مختبرات علم الأمراض التشريحية لألفريد الملكي الأمير المستشفيات والعودة إلى الوطن كونكورد لجمع عينات جديدة من اتفاقية حقوق الطفل والغشاء المخاطي في الأمعاء طبيعية. وقد تم تمويل العمل من قبل معهد السرطان نيو ساوث ويلز برنامج المنح بالحركة.

<img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig1.jpg" alt="الشكل 1" /> تدفق العمل الرقم 1. لإعداد تعليق الخلايا الحية من عينة جراحية من اتفاقية حقوق الطفل. 1. عينة سريرية التفكيك وقد تم جمع عينات من كل من مستشفى رويا...

<ol>
	<li>Steinert, R., Buschmann, T., vander Linden, M., Fels, L. M., Lippert, H., Reymond, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+proteomics+in+the+diagnosis+and+outcome+prediction+in+colorectal+cancer.">The role of proteomics in the diagnosis and outcome prediction in colorectal cancer.</a> Technol. Cancer. Res. Treat. 1, 297 (2002).</li><li>Eifel, P., Axelson, J. A., Costa, J., Crowley, J., Curran, W. J., Deshler, A., Fulton, S., Hendricks, C. B., Kemeny, M., Kornblith, A. B., Louis, T. A., Markman, M., Mayer, R., Roter, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=National+Institutes+of+Health+Consensus+Development+Conference+Statement:+adjuvant+therapy+for+breast+cancer.">National Institutes of Health Consensus Development Conference Statement: adjuvant therapy for breast cancer.</a> J. Natl. Canc. Inst. 93, 979 (2001).</li><li>Swerdlow, S. H., Campo, E., Harris, H. L., Jaffe, E. S., Pileri, S. A., Stein, H., Thiele, J., Vardiman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=WHO+classification+of+tumour+of+haematopoietic+and+lymphoid+tissues.">WHO classification of tumour of haematopoietic and lymphoid tissues.</a> IARC WHO Classification of Tumours. 2, (2008).</li><li>Xiao, G. G., Recker, R. R., Deng, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+proteomics+and+cancer+biomarker+discovery.">Recent advances in proteomics and cancer biomarker discovery.</a> Clin. Med. Oncol. , (2008).</li><li>Belov, L., Mulligan, S. P., Barber, N., Woolfson, A., Scott, M., Stoner, K., Chrisp, J. S., Sewell, W. A., Bradstock, K. F., Bandall, L., Pascovici, D. S., Thomas, M., Erber, W., Huang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+human+leukaemias+and+lymphomas+using+extensive+immunophenotypes+from+an+antibody+microarray.">Analysis of human leukaemias and lymphomas using extensive immunophenotypes from an antibody microarray.</a> Br. J. Haematol. 135, 184 (2006).</li><li>Belov, L., Huang, P., Barber, N., Mulligan, S. P., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+repertories+of+surface+antigens+on+leukemias+using+an+antibody+microarray.">Identification of repertories of surface antigens on leukemias using an antibody microarray.</a> Proteomics. 3, 2147 (2003).</li><li>Zhou, J., Belov, L., Huang, P. Y., Shin, J., Solomon, M. J., Chapuis, P. H., Bokey, L., Chan, C., Clarke, C., Clarke, S. J., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface+antigen+profiling+of+colorectal+cancer+using+antibody+microarrays+with+fluorescence+multiplexing.">Surface antigen profiling of colorectal cancer using antibody microarrays with fluorescence multiplexing.</a> J. Immunol. Methods. 355 (1-2), 40-51 (2010).</li><li>Ellmark, P., Belov, L., Huang, P., Lee, C. S., Solomon, M. J., Morgan, D. K., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+detection+of+surface+molecules+on+colorectal+cancers.">Multiplex detection of surface molecules on colorectal cancers.</a> Proteomics. 6, 1791 (2006).</li><li>Pearson, J. P., Allen, A., Hutton, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rheology+of+mucin.">Rheology of mucin.</a> Methods Mol. Biol. 125, 99 (2000).</li><li>Yang, Y. H., Dudoit, S., Luu, P., Lin, D. M., Peng, V., Ngai, J., Speed, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normalization+for+cDNA+microarray+data:+a+robust+composite+method+addressing+single+and+multiple+slide+systematic+variation.">Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation.</a> Nucleic Acids Res. 30, 15 (2002).</li><li>Al Saeed, ., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TMA:+A+free,+open-source+system+for+microarray+data+management+and+analysis.">TMA: A free, open-source system for microarray data management and analysis.</a> BioTechniques. 34, 374-378 (2003).</li></ol>

في هذا الفيديو ، ونظهر كيف يمكن استخدام الأجسام المضادة ميكروأري DotScan بطريقة بسيطة نصف الكمية ، لدراسة ملامح سطح المستضد للسكان خلية من أنسجة لجنة حقوق الطفل. الحصول على تعليق خلية واحدة قابلة للحياة من الأنسجة أمر حاسم لنجاح الت...

The author's email has been corrected in the publication of <a href="http://www.jove.com/video/3322">Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing</a>. There was an error with the author, Jerry Zhou's, email. The author's email has been updated to:
j.zhou@uws.edu.au
from:
jzho7551@mail.usyd.edu.au

Erratum: Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> اسم كاشف أو المعدات </th><th> شركة </th><th> فهرس العدد </th><th> تعليقات </th></tr><tr><td> هانكس &quot;محلول ملحي متوازن </td><td> سيغما الدريخ </td><td> H6136 - 10X1L </td><td> Hepes مخزنة مع 25 ملم (سيغما # H3375) </td></tr><tr><td> Airpure السلامة البيولوجية لمجلس الوزراء من الدرجة الثانية </td><td> يستنغهاوس </td><td> 1687-2340/612 </td><td></td></tr><tr><td> شفرات جراحية </td><td> ليفينغستون </td><td> 090609 </td><td> حزمة من 100 </td></tr><tr><td> RPMI 1640 مع 2 ملي Hepes </td><td> سيغما الدريخ </td><td> R4130 - 10X1L </td><td></td></tr><tr><td> كولاجيناز اكتب 4 </td><td> ورثينجتون </td><td> 4188 </td><td></td></tr><tr><td> ديوكسي ريبونيوكلياز 1 </td><td> سيغما الدريخ </td><td> DN25 - 1G </td><td></td></tr><tr><td> Terumo الحقنة (10 مل) </td><td> Terumo </td><td> SS L +10 </td><td> المربع من 100 </td></tr><tr><td> Filcon تصفية (200 ميكرون) </td><td> العلوم البيولوجية دينار بحريني </td><td> 340615 </td><td></td></tr><tr><td> Filcon تصفية (50 ميكرون) </td><td> Filcon تصفية (50 ميكرون) </td><td> Filcon تصفية (50 ميكرون) Filcon تصفية (50 ميكرون) 340603 </td><td></td></tr><tr><td> الجنين مصل العجل </td><td> Gibco / Invitrogen </td><td> 10099-141 </td><td></td></tr><tr><td> الطرد المركزي R 5810 </td><td> إيبندورف </td><td> 7017 </td><td></td></tr><tr><td> ثنائي ميثيل sulphoxide </td><td> سيغما الدريخ </td><td> D2650 </td><td></td></tr><tr><td> زرقة التريبان </td><td> سيغما الدريخ </td><td> T8154 </td><td></td></tr><tr><td> Hemocymeter Technocolor Neubar </td><td> Hirschmann </td><td> غير متوفرة </td><td></td></tr><tr><td> ضوء المجهر </td><td> نيكون </td><td> نيكون TMS </td><td></td></tr><tr><td> Cyrovial أنابيب </td><td> غرينر الحيوي واحد </td><td> 121278 </td><td></td></tr><tr><td> البرد تجميد contrainer </td><td> Nalgene </td><td> 5100-0001 </td><td></td></tr><tr><td> DotScan الضد ميكروأري طقم </td><td> Medsaic </td><td> غير متوفرة </td><td></td></tr><tr><td> DotScan علبة غسل ميكروأري </td><td> Medsaic </td><td> غير متوفرة </td><td></td></tr><tr><td> KimWipes </td><td> كيمبرلي كلارك </td><td> 4103 </td><td></td></tr><tr><td> الفورمالديهايد بنسبة 37 ٪ </td><td> سيغما الدريخ </td><td> F1635 - 500ML </td><td></td></tr><tr><td> DotReaderTM </td><td> Medsaic </td><td> غير متوفرة </td><td></td></tr><tr><td> ألبومين المصل البقري </td><td> سيغما الدريخ </td><td> A9418 - 10G </td><td></td></tr><tr><td> الحرارة المعطل AB المصل 2 ٪ </td><td> Invitrogen </td><td> 34005100 </td><td></td></tr><tr><td> فيكوإيريترين - مترافق CD3 </td><td> بيكمان كولتر </td><td> ET386 </td><td></td></tr><tr><td> AlexaFluor647 - مترافق EpCAM </td><td> BioLegend </td><td> 324212 </td><td></td></tr><tr><td> الاعصار FLA 9000 </td><td> جنرال إلكتريك للرعاية الصحية </td><td> 28-9558-08 </td><td> 532 نانومتر ليزر ، 580 BP30 الانبعاثات لتصفية شركات القطاع العام. 633 نانومتر ليزر و 670 BP30 الانبعاثات لتصفية Alexa647 </td></tr><tr><td> MultiExperiment عارض v4.4 </td><td> TM4 ميكروأري مجموعة برامج </td><td> فتح -- برمجيات المصدر (المرجع 11) </td><td></td></tr></tbody></table>

colorectal cancer cell surface protein profiling using an antibody microarray and fluorescence multiplexing

The current prognosis and classification of CRC relies on staging systems that integrate histopathologic and clinical findings. However, in the majority of CRC cases, cell dysfunction is the result of numerous mutations that modify protein expression and post-translational modification1.
A number of cell surface antigens, including cluster of differentiation (CD) antigens, have been identified as potential prognostic or metastatic biomarkers in CRC. These antigens make ideal biomarkers as their expression often changes with tumour progression or interactions with other cell types, such as tumour-infiltrating lymphocytes (TILs) and tumour-associated macrophages (TAMs).
The use of immunohistochemistry (IHC) for cancer sub-classification and prognostication is well established for some tumour types2,3. However, no single &#x2018;marker&#x2019; has shown prognostic significance greater than clinico-pathological staging or gained wide acceptance for use in routine pathology reporting of all CRC cases. 
A more recent approach to prognostic stratification of disease phenotypes relies on surface protein profiles using multiple 'markers'. While expression profiling of tumours using proteomic techniques such as iTRAQ is a powerful tool for the discovery of biomarkers4, it is not optimal for routine use in diagnostic laboratories and cannot distinguish different cell types in a mixed population. In addition, large amounts of tumour tissue are required for the profiling of purified plasma membrane glycoproteins by these methods. 
In this video we described a simple method for surface proteome profiling of viable cells from disaggregated CRC samples using a DotScan CRC antibody microarray. The 122-antibody microarray consists of a standard 82-antibody region recognizing a range of lineage-specific leukocyte markers, adhesion molecules, receptors and markers of inflammation and immune response5, together with a satellite region for detection of 40 potentially prognostic markers for CRC. Cells are captured only on antibodies for which they express the corresponding antigen. The cell density per dot, determined by optical scanning, reflects the proportion of cells expressing that antigen, the level of expression of the antigen and affinity of the antibody6. 
For CRC tissue or normal intestinal mucosa, optical scans reflect the immunophenotype of mixed populations of cells. Fluorescence multiplexing can then be used to profile selected sub-populations of cells of interest captured on the array. For example, Alexa 647-anti-epithelial cell adhesion molecule (EpCAM; CD326), is a pan-epithelial differentiation antigen that was used to detect CRC cells and also epithelial cells of normal intestinal mucosa, while Phycoerythrin-anti-CD3, was used to detect infiltrating T-cells7. The DotScan CRC microarray should be the prototype for a diagnostic alternative to the anatomically-based CRC staging system.

Watch this Scientific Journal Video about Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing at JoVE.com

Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing

صفنا إجراء لتفصيل سرطان القولون والمستقيم (CRC) لإنتاج خلايا واحدة قابلة للحياة ، والتي استولت بعد ذلك على الضد ميكروأرس مخصصة الاعتراف المستضدات السطحية (CRC DotScan ميكروأري). ويمكن لمحة عن المجموعات الفرعية من السكان من الخلايا منضمة إلى مضاعفة من قبل ميكروأري مضان باستخدام الاجسام المضادة الموسومة مع الأصباغ الفلورية.

القولون والمستقيم سطح الخلية السرطانية باستخدام بروتين التنميط ميكروأري جسم والمتعدد الإسفار

The current prognosis and classification of CRC relies on staging systems that integrate histopathologic and clinical findings. However, in the majority ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

باستخدام الفحص ميكروأري عموم الفيروسي (Virochip) إلى الشاشة العينات السريرية لمسببات الأمراض الفيروسية

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

Immuno-fluorescence Assay of Leptospiral Surface-exposed Proteins

المناعية مضان الفحص من البروتينات السطحية المعرضة للالبريميات

Bacterial surface proteins are involved in direct contact with host cells and in uptake of nutrients from the environment 1. For this reason, cellular ...

Single-cell Analysis of Bacillus subtilis Biofilms Using Fluorescence Microscopy and Flow Cytometry

Single-cell Analysis of Bacillus subtilis Biofilms Using Fluorescence Microscopy and Flow Cytometry

وحيد الخلية تحليل<emالعصوية الرقيقة> الأغشية الحيوية باستخدام المجهر الإسفار والتدفق الخلوي

Biofilm formation is a general attribute to almost all bacteria 1-6. When bacteria form biofilms, cells are encased in extracellular matrix that is mostly ...

Visualization of Bacterial Toxin Induced Responses Using Live Cell Fluorescence Microscopy

تصور الردود السم البكتيري المستحثة عن طريق لايف مضان المجهري الخليوي

Bacterial toxins bind to cholesterol in membranes, forming pores that allow for leakage of cellular contents and influx of materials from the external ...

A Comparative Approach to Characterize the Landscape of Host-Pathogen Protein-Protein Interactions

A المنهج المقارن لتوصيف المشهد من المضيف الممرض البروتين البروتين التفاعلات

Significant efforts were gathered to generate  large-scale comprehensive protein-protein interaction network maps. This is  instrumental to understand the ...

Antibody Labeling with Fluorescent Dyes Using Magnetic Protein A and Protein G Beads

الأجسام المضادة وصفها مع الأصباغ نيون عن طريق المغناطيسي البروتين والبروتين الخرز G

Antibodies labeled with small molecules like fluorescent dyes, cytotoxic drugs, and radioactive tracers are essential tools in biomedical research, ...

A Protein Microarray Assay for Serological Determination of Antigen-specific Antibody Responses Following Clostridium difficile Infection

A Protein Microarray Assay for Serological Determination of Antigen-specific Antibody Responses Following Clostridium difficile Infection

مقايسة ميكرواري البروتين "تحديد المصلية" محددة مستضد "الضد الردود التالية" المطثيّة العسيرة الإصابة

We provide a detailed overview of a novel high-throughput protein microarray assay for the determination of anti-Clostridium difficile antibody levels in ...

Single-cell Quantitation of mRNA and Surface Protein Expression in Simian Immunodeficiency Virus-infected CD4+ T Cells Isolated from Rhesus macaques

Single-cell Quantitation of mRNA and Surface Protein Expression in Simian Immunodeficiency Virus-infected CD4+ T Cells Isolated from Rhesus macaques

كوانتيتيشن خلية واحدة مرناً و "سطح التعبير البروتين" في خلايا CD4 المصابين "فيروس نقص المناعة القردي"+ "تي الخلايا المعزولة" من macaques ريسوس

Single-cell analysis is an important tool for dissecting heterogeneous populations of cells. The identification and isolation of rare cells can be ...

Characterization of Thymus-dependent and Thymus-independent Immunoglobulin Isotype Responses in Mice Using Enzyme-linked Immunosorbent Assay

وصف الاستجابات ايستب الغلوبولين المناعي تعتمد على الغدة الصعترية، والغدة الصعترية مستقلة في الفئران باستخدام مقايسة الممتز المرتبط بالانزيم

Antibodies, also termed as immunoglobulins (Ig), secreted by differentiated B lymphocytes, plasmablasts/plasma cells, in humoral immunity provide a ...

Using Enhanced Green Fluorescence Protein-expressing Escherichia Coli to Assess Mouse Peritoneal Macrophage Phagocytosis

Using Enhanced Green Fluorescence Protein-expressing Escherichia Coli to Assess Mouse Peritoneal Macrophage Phagocytosis

استخدام تعزيز الفلورية الخضراء البروتين-الإعراب عن الإشريكيّة القولونية لتقييم البلعمه بلعم البريتوني الماوس

This manuscript describes a simple and reproducible method to perform a phagocytosis assay. The first part of this method involves building a ...