Name: colorectal cancer cell surface protein profiling using an antibody microarray and fluorescence multiplexing
Uploaded: 2011-09-25T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing at JoVE.com

אנו מודים לצוות על מעבדות פתולוגיה אנטומית של הנסיך המלכותי אלפרד חולים קונקורד והרפטריאציה לאיסוף דגימות טריים של CRC ו רירית מעיים רגילה. העבודה מומן על ידי מענק מכון הסרטן בניו דרום ויילס תוכנית Translational.

<img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig1.jpg" alt="איור 1" /> 1. תרשים זרימה עבודה להכנת השעיה של תאים חיים ממדגם כירורגית של CRC. 1. מדגם קלינית disaggregation כל הדגימות נאספו הנסיך המלכותי אלפרד החולים (קמפרדאון, N...

<ol>
	<li>Steinert, R., Buschmann, T., vander Linden, M., Fels, L. M., Lippert, H., Reymond, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+proteomics+in+the+diagnosis+and+outcome+prediction+in+colorectal+cancer.">The role of proteomics in the diagnosis and outcome prediction in colorectal cancer.</a> Technol. Cancer. Res. Treat. 1, 297 (2002).</li><li>Eifel, P., Axelson, J. A., Costa, J., Crowley, J., Curran, W. J., Deshler, A., Fulton, S., Hendricks, C. B., Kemeny, M., Kornblith, A. B., Louis, T. A., Markman, M., Mayer, R., Roter, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=National+Institutes+of+Health+Consensus+Development+Conference+Statement:+adjuvant+therapy+for+breast+cancer.">National Institutes of Health Consensus Development Conference Statement: adjuvant therapy for breast cancer.</a> J. Natl. Canc. Inst. 93, 979 (2001).</li><li>Swerdlow, S. H., Campo, E., Harris, H. L., Jaffe, E. S., Pileri, S. A., Stein, H., Thiele, J., Vardiman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=WHO+classification+of+tumour+of+haematopoietic+and+lymphoid+tissues.">WHO classification of tumour of haematopoietic and lymphoid tissues.</a> IARC WHO Classification of Tumours. 2, (2008).</li><li>Xiao, G. G., Recker, R. R., Deng, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+proteomics+and+cancer+biomarker+discovery.">Recent advances in proteomics and cancer biomarker discovery.</a> Clin. Med. Oncol. , (2008).</li><li>Belov, L., Mulligan, S. P., Barber, N., Woolfson, A., Scott, M., Stoner, K., Chrisp, J. S., Sewell, W. A., Bradstock, K. F., Bandall, L., Pascovici, D. S., Thomas, M., Erber, W., Huang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+human+leukaemias+and+lymphomas+using+extensive+immunophenotypes+from+an+antibody+microarray.">Analysis of human leukaemias and lymphomas using extensive immunophenotypes from an antibody microarray.</a> Br. J. Haematol. 135, 184 (2006).</li><li>Belov, L., Huang, P., Barber, N., Mulligan, S. P., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+repertories+of+surface+antigens+on+leukemias+using+an+antibody+microarray.">Identification of repertories of surface antigens on leukemias using an antibody microarray.</a> Proteomics. 3, 2147 (2003).</li><li>Zhou, J., Belov, L., Huang, P. Y., Shin, J., Solomon, M. J., Chapuis, P. H., Bokey, L., Chan, C., Clarke, C., Clarke, S. J., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface+antigen+profiling+of+colorectal+cancer+using+antibody+microarrays+with+fluorescence+multiplexing.">Surface antigen profiling of colorectal cancer using antibody microarrays with fluorescence multiplexing.</a> J. Immunol. Methods. 355 (1-2), 40-51 (2010).</li><li>Ellmark, P., Belov, L., Huang, P., Lee, C. S., Solomon, M. J., Morgan, D. K., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+detection+of+surface+molecules+on+colorectal+cancers.">Multiplex detection of surface molecules on colorectal cancers.</a> Proteomics. 6, 1791 (2006).</li><li>Pearson, J. P., Allen, A., Hutton, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rheology+of+mucin.">Rheology of mucin.</a> Methods Mol. Biol. 125, 99 (2000).</li><li>Yang, Y. H., Dudoit, S., Luu, P., Lin, D. M., Peng, V., Ngai, J., Speed, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Normalization+for+cDNA+microarray+data:+a+robust+composite+method+addressing+single+and+multiple+slide+systematic+variation.">Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation.</a> Nucleic Acids Res. 30, 15 (2002).</li><li>Al Saeed, ., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TMA:+A+free,+open-source+system+for+microarray+data+management+and+analysis.">TMA: A free, open-source system for microarray data management and analysis.</a> BioTechniques. 34, 374-378 (2003).</li></ol>

בסרטון הזה אנחנו מדגימים איך microarray נוגדן DotScan ניתן להשתמש דרך פשוטה וכמותיות, ללמוד אנטיגן פרופילים השטח עבור אוכלוסיות תאים מרקמות CRC. קבלת השעיה בת קיימא תא בודד מרקמת הוא קריטי להצלחה של הניסוי, כי האנרגיה תלויה בתהליכים (למשל, ...

The author's email has been corrected in the publication of <a href="http://www.jove.com/video/3322">Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing</a>. There was an error with the author, Jerry Zhou's, email. The author's email has been updated to:
j.zhou@uws.edu.au
from:
jzho7551@mail.usyd.edu.au

Erratum: Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> שם מגיב או ציוד </th><th> חברה </th><th> מספר קטלוגי </th><th> תגובות </th></tr><tr><td> הנקס &quot;פתרון מאוזן מלח </td><td> סיגמא אולדריץ </td><td> H6136-10X1L </td><td> שנאגרו עם 25 Hepes מ&quot;מ (Sigma # H3375) </td></tr><tr><td> Airpure בטיחות ביולוגית ארון מעמד II </td><td> Westinghouse </td><td> 1687-2340/612 </td><td></td></tr><tr><td> כירורגי להבי </td><td> ליווינגסטון </td><td> 090609 </td><td> חבילת של 100 </td></tr><tr><td> RPMI 1640 עם 2 mM Hepes </td><td> סיגמא אולדריץ </td><td> R4130-10X1L </td><td></td></tr><tr><td> Collagenase סוג 4 </td><td> וורטינגטון </td><td> 4188 </td><td></td></tr><tr><td> Deoxyribonuclease 1 </td><td> סיגמא אולדריץ </td><td> DN25-1G </td><td></td></tr><tr><td> Terumo מזרק (10 מ&quot;ל) </td><td> Terumo </td><td> אס 10 L </td><td> קופסא של 100 </td></tr><tr><td> Filcon מסנן (200 מיקרומטר) </td><td> BD Biosciences </td><td> 340615 </td><td></td></tr><tr><td> Filcon מסנן (50 מיקרומטר) </td><td> Filcon מסנן (50 מיקרומטר) </td><td> Filcon מסנן (50 מיקרומטר) Filcon מסנן (50 מיקרומטר) 340,603 </td><td></td></tr><tr><td> עגל עוברית בסרום </td><td> Gibco / Invitrogen </td><td> 10099-141 </td><td></td></tr><tr><td> צנטריפוגה 5810 R </td><td> Eppendorf </td><td> 7017 </td><td></td></tr><tr><td> דימתיל sulphoxide </td><td> סיגמא אולדריץ </td><td> D2650 </td><td></td></tr><tr><td> Trypan כחול </td><td> סיגמא אולדריץ </td><td> T8154 </td><td></td></tr><tr><td> Hemocymeter Technocolor Neubar </td><td> הירשמן </td><td> לא זמין </td><td></td></tr><tr><td> מיקרוסקופ אור </td><td> ניקון </td><td> Nikon TMS </td><td></td></tr><tr><td> Cyrovial צינורות </td><td> גריינר ביו אחד </td><td> 121278 </td><td></td></tr><tr><td> Cryo contrainer הקפאת </td><td> Nalgene </td><td> 5100-0001 </td><td></td></tr><tr><td> DotScan נוגדן microarray ערכת </td><td> Medsaic </td><td> לא זמין </td><td></td></tr><tr><td> DotScan microarray מגש לשטוף </td><td> Medsaic </td><td> לא זמין </td><td></td></tr><tr><td> KimWipes </td><td> קימברלי קלארק </td><td> 4103 </td><td></td></tr><tr><td> פורמלדהיד 37% </td><td> סיגמא אולדריץ </td><td> F1635-500ml </td><td></td></tr><tr><td> DotReaderTM </td><td> Medsaic </td><td> לא זמין </td><td></td></tr><tr><td> שור בסרום אלבומין </td><td> סיגמא אולדריץ </td><td> A9418-10G </td><td></td></tr><tr><td> חום מומת א.ב. בסרום 2% </td><td> Invitrogen </td><td> 34005100 </td><td></td></tr><tr><td> Phycoerythrin מצומדות-CD3 </td><td> Beckman Coulter </td><td> ET386 </td><td></td></tr><tr><td> AlexaFluor647-מצומדות EpCAM </td><td> BioLegend </td><td> 324212 </td><td></td></tr><tr><td> טייפון FLA 9000 </td><td> GE Healthcare </td><td> 28-9558-08 </td><td> לייזר 532 ננומטר, 580 BP30 פליטת לסנן PE. 633 ננומטר לייזר 670 BP30 פליטת לסנן Alexa647 </td></tr><tr><td> MultiExperiment Viewer v4.4 </td><td> TM4 microarray חבילת תוכנה </td><td> פתח - תוכנת קוד (אסמכתא 11) </td><td></td></tr></tbody></table>

colorectal cancer cell surface protein profiling using an antibody microarray and fluorescence multiplexing

הפרוגנוזה הסיווג הנוכחי של CRC מסתמך על היערכות מערכות המשלבים היסטופתולוגיות ממצאים קליניים. עם זאת, ברוב המקרים CRC, תפקוד לקוי של התא היא תוצאה של מוטציות רבים לשנות ביטוי חלבון ופוסט translational שינוי 1. מספר פני השטח אנטיגנים התא, כולל מקבץ של (CD) אנטיגנים בידול, זוהו סמנים פרוגנוסטיים פוטנציאליים או גרורתי CRC. אנטיגנים אלה הופכים סמנים אידיאלי כביטוי שלהם לעתים קרובות שינויים עם התקדמות הגידול או אינטראקציות עם סוגי תאים אחרים, כגון גידולים הסתננות לימפוציטים (TILs) לבין גידולים הקשורים מקרופאגים (TAMs). השימוש אימונוהיסטוכימיה (IHC) לטיפול בסרטן תת סיווג התחזית מבוססת היטב של כמה סוגי גידולים 2,3. עם זאת, לא &quot;סמן&quot; יחיד הוכיח משמעות פרוגנוסטית יותר מאשר הזמני המרפאה-פתולוגי או צבר הסכמה רחבה לשימוש דיווח הפתולוגיה שגרתי בכל המקרים CRC. גישה האחרונות יותר ריבוד פרוגנוסטיים של המחלה פנוטיפים מסתמך על פני השטח באמצעות חלבון פרופילים מרובים &quot;סמנים&quot;. בעוד פרופיל הביטוי של גידולים תוך שימוש בטכניקות proteomic כגון iTRAQ הוא כלי רב עוצמה על גילוי biomarkers4, זה לא אופטימלי לשימוש שגרתי במעבדות אבחון אינה יכולה להבחין סוגי תאים שונים באוכלוסייה מעורבת. בנוסף, כמויות גדולות של רקמת הגידול נדרשים עבור פרופיל של קרום גליקופרוטאינים מטוהרים פלזמה בשיטות אלה. בסרטון הזה תיארנו שיטה פשוטה אפיון פני השטח של תאים proteome קיימא מן disaggregated דגימות CRC באמצעות microarray CRC DotScan נוגדן. Microarray 122-נוגדן מורכב באזור 82-נוגדן תקן להכיר מגוון של השושלת הסמנים הספציפיים ליקוציט, מולקולות הדבקה, קולטנים סמנים של דלקת התגובה החיסונית 5, יחד עם האזור לווין לגילוי של 40 סמנים פרוגנוסטיים פוטנציאלי עבור CRC . תאים הם כבשו רק על נוגדנים שהם מבטאים את האנטיגן המתאים. צפיפות התאים לכל נקודה, נקבע על ידי סורק אופטי, משקף את חלקם של התאים לבטא כי אנטיגן, רמת הביטוי של אנטיגן ואת הזיקה של הנוגדן 6. עבור רקמת רירית המעי CRC או רגיל, סורק אופטי לשקף את immunophenotype של אוכלוסיות מעורבות של תאים. ריבוב Fluorescence לאחר מכן ניתן להשתמש בפרופיל הנבחר תת אוכלוסיות של תאים בעלי עניין שנתפסו על המערך. לדוגמה, 647-Alexa אנטי אפיתל הידבקות התא מולקולות (EpCAM; CD326), הוא אנטיגן הפאן אפיתל בידול ששימש לזהות תאים CRC גם לתאי האפיתל של רירית המעי נורמלי, בעוד Phycoerythrin אנטי-CD3, שימש כדי לזהות חדירה לתאי T-7. CRC DotScan microarray צריך להיות טיפוס אחר חלופה אבחון למערכת CRC אנטומית מבוססי הזמני.

Watch this Scientific Journal Video about Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing at JoVE.com

Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing

אנו תיאר הליך disaggregation של סרטן המעי (CRC) לייצר תאים בודדים קיימא, אשר נלכדים אז על microarrays נוגדן אישית הכרה אנטיגנים השטח (DotScan microarray CRC). תת אוכלוסיות של תאים חייב microarray ניתן צדודית על ידי ריבוב הקרינה באמצעות נוגדנים חד שבטיים מתוייגים עם צבעי ניאון.

סרטן המעי הגס Cell Surface חלבון פרופיל שימוש microarray ו ריבוב נוגדן פלואורסצנטי

The current prognosis and classification of CRC relies on staging systems that integrate histopathologic and clinical findings. However, in the majority ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

באמצעות assay הפאן ויראלי microarray (Virochip) אל מסך דוגמאות קליניות עבור פתוגנים ויראליים

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

Immuno-fluorescence Assay of Leptospiral Surface-exposed Proteins

חיסונית פלואורסצנציה Assay של משטח חשוף חלבונים Leptospiral

Bacterial surface proteins are involved in direct contact with host cells and in uptake of nutrients from the environment 1. For this reason, cellular ...

Single-cell Analysis of Bacillus subtilis Biofilms Using Fluorescence Microscopy and Flow Cytometry

Single-cell Analysis of Bacillus subtilis Biofilms Using Fluorescence Microscopy and Flow Cytometry

מתא בודד ניתוח בצילוס subtilis Biofilms באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי ו cytometry זרימה

Biofilm formation is a general attribute to almost all bacteria 1-6. When bacteria form biofilms, cells are encased in extracellular matrix that is mostly ...

Visualization of Bacterial Toxin Induced Responses Using Live Cell Fluorescence Microscopy

ויזואליזציה של תגובות מושרות רעלן של חיידקים באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי תא החי

Bacterial toxins bind to cholesterol in membranes, forming pores that allow for leakage of cellular contents and influx of materials from the external ...

A Comparative Approach to Characterize the Landscape of Host-Pathogen Protein-Protein Interactions

גישה השוואתית כדי לאפיין את הנוף של אינטראקציות בין חלבונים מאכסן לפתוגן

Significant efforts were gathered to generate  large-scale comprehensive protein-protein interaction network maps. This is  instrumental to understand the ...

Antibody Labeling with Fluorescent Dyes Using Magnetic Protein A and Protein G Beads

תיוג נוגדן עם צבעי ניאון באמצעות חלבון מגנטי חלבון G חרוזים

Antibodies labeled with small molecules like fluorescent dyes, cytotoxic drugs, and radioactive tracers are essential tools in biomedical research, ...

A Protein Microarray Assay for Serological Determination of Antigen-specific Antibody Responses Following Clostridium difficile Infection

A Protein Microarray Assay for Serological Determination of Antigen-specific Antibody Responses Following Clostridium difficile Infection

שיטת Microarray לקביעת סרולוגית לזיהום Clostridium difficile נוגדן התגובות הבאות אנטיגן ספציפי

We provide a detailed overview of a novel high-throughput protein microarray assay for the determination of anti-Clostridium difficile antibody levels in ...

Single-cell Quantitation of mRNA and Surface Protein Expression in Simian Immunodeficiency Virus-infected CD4+ T Cells Isolated from Rhesus macaques

Single-cell Quantitation of mRNA and Surface Protein Expression in Simian Immunodeficiency Virus-infected CD4+ T Cells Isolated from Rhesus macaques

תא בודד כימות של mRNA וביטוי חלבונים השטח ב- CD4 הנגועים בנגיף+ T תאים מבודדים מן קופי מקוק רזוס

Single-cell analysis is an important tool for dissecting heterogeneous populations of cells. The identification and isolation of rare cells can be ...

Characterization of Thymus-dependent and Thymus-independent Immunoglobulin Isotype Responses in Mice Using Enzyme-linked Immunosorbent Assay

אפיון של אימונוגלובולינים התימוס תלוית ועצמאי התימוס תגובות Isotype בעכברים באמצעות אנזים-מקושרים Immunosorbent Assay

Antibodies, also termed as immunoglobulins (Ig), secreted by differentiated B lymphocytes, plasmablasts/plasma cells, in humoral immunity provide a ...

Using Enhanced Green Fluorescence Protein-expressing Escherichia Coli to Assess Mouse Peritoneal Macrophage Phagocytosis

Using Enhanced Green Fluorescence Protein-expressing Escherichia Coli to Assess Mouse Peritoneal Macrophage Phagocytosis

שימוש משופרת פלורסצנטיות ירוק חלבון-הבעת Escherichia Coli כדי להעריך את העכבר מקרופאג הצפק Phagocytosis

This manuscript describes a simple and reproducible method to perform a phagocytosis assay. The first part of this method involves building a ...