Name: in situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants
Uploaded: 2011-11-23T13:00:00
Duration: 12 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants at JoVE.com

Forskning i laboratoriet af MT er støttet af tilskud fra National Science Foundation (DBI-0820610 og IOS-1022102) og NY Department of Health (NYSTEM-C024308). CM modtaget postdoc-stipendier fra det spanske Ministerium for Undervisning og Videnskab (2007-0937) og instituttet Rafael del Pino, Spanien.

<ol>
	<li>Rensink, W. A., Buell, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+expression+profiling+resources+for+plant+genomics.">Microarray expression profiling resources for plant genomics.</a> Trends. Plant. Sci. 10, 603-609 (2005).</li><li>Li, P., Ponnala, L., Gandotra, N., Wang, L., Si, Y., Tausta, S. L., Kebrom, T. H., Provart, N., Patel, R., Myers, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+developmental+dynamics+of+the+maize+leaf+transcriptome.">The developmental dynamics of the maize leaf transcriptome.</a> Nat. Genet. 42, 1060-1067 (2010).</li><li>Lister, R., O'Malley, R. C., Tonti-Filippini, J., Gregory, B. D., Berry, C. C., Millar, A. H., Ecker, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+integrated+single-base+resolution+maps+of+the+epigenome+in+Arabidopsis.">Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis.</a> Cell. 133, 523-536 (2008).</li><li>Brady, S. M., Orlando, D. A., Lee, J. Y., Wang, J. Y., Koch, J., Dinneny, J. R., Mace, D., Ohler, U., Benfey, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+root+spatiotemporal+map+reveals+dominant+expression+patterns.">A high-resolution root spatiotemporal map reveals dominant expression patterns.</a> Science. 318, 801-806 (2007).</li><li>Brooks, L., Strable, J., Zhang, X., Ohtsu, K., Zhou, R., Sarkar, A., Hargreaves, S., Elshire, R. J., Eudy, D., Pawlowska, T., Ware, D., Janick-Buckner, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+of+shoot+meristem+functional+domains.">Microdissection of shoot meristem functional domains.</a> PLoS. Genet. 5, e1000476-e1000476 (2009).</li><li>Galbraith, D. W., Birnbaum, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+studies+of+cell+type-specific+gene+expression+in+plants.">Global studies of cell type-specific gene expression in plants.</a> Annu. Rev. Plant. Biol. 57, 451-475 (2006).</li><li>Ohtsu, K., Smith, M., Emrich, S., Borsuk, L., Zhou, R., Chen, T., Zhang, X., Timmermans, M., Beck, J., Buckner, B., Janick-Buckner, D., Nettleton, D., Scanlon, M., Schnable, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+gene+expression+analysis+of+the+shoot+apical+meristem+of+maize+(Zea+mays+L.).">Global gene expression analysis of the shoot apical meristem of maize (Zea mays L.).</a> Plant. J. 52, 391-404 (2007).</li><li>Juarez, M. T., Kui, J. S., Thomas, J., Heller, B. A., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=microRNA-mediated+repression+of+rolled+leaf1+specifies+maize+leaf+polarity.">microRNA-mediated repression of rolled leaf1 specifies maize leaf polarity.</a> Nature. 428, 84-88 (2004).</li><li>Kramer, E. M., Irish, V. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolution+of+genetic+mechanisms+controlling+petal+development.">Evolution of genetic mechanisms controlling petal development.</a> Nature. 399, 144-148 (1999).</li><li>Stuurman, J., Jäggi, F., Kuhlemeier, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shoot+meristem+maintenance+is+controlled+by+a+GRAS-gene+mediated+signal+from+differentiating+cells.">Shoot meristem maintenance is controlled by a GRAS-gene mediated signal from differentiating cells.</a> Genes Dev. 16, 2213-2218 (2002).</li><li>Kim, M., McCormick, S., Timmermans, M., Sinha, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+expression+domain+of+PHANTASTICA+determines+leaflet+placement+in+compound+leaves.">The expression domain of PHANTASTICA determines leaflet placement in compound leaves.</a> Nature. 424, 438-443 (2003).</li><li>Kramer, E. M., Holappa, L., Gould, B., Jaramillo, M. A., Setnikov, D., Santiago, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Elaboration+of+B+gene+function+to+include+the+identity+of+novel+floral+organs+in+the+lower+eudicot+Aquilegia.">Elaboration of B gene function to include the identity of novel floral organs in the lower eudicot Aquilegia.</a> Plant Cell. 19, 750-766 (2007).</li><li>Lippman, Z. B., Cohen, O., Alvarez, J. P., Abu-Abied, M., Pekker, I., Paran, I., Eshed, Y., Zamir, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+making+of+a+compound+inflorescence+in+tomato+and+related+nightshades.">The making of a compound inflorescence in tomato and related nightshades.</a> PLoS Biol. 6, e288-e288 (2008).</li><li>Kidner, C., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+as+a+tool+to+study+the+role+of+microRNAs+in+plant+development.">In situ hybridization as a tool to study the role of microRNAs in plant development.</a> Methods. Mol. Biol. 342, 159-179 (2006).</li><li>Jackson, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Double+labeling+of+KNOTTED1+mRNA+and+protein+reveals+multiple+potential+sites+of+protein+trafficking+in+the+shoot.">Double labeling of KNOTTED1 mRNA and protein reveals multiple potential sites of protein trafficking in the shoot.</a> 129, 1423-1429 (2002).</li><li>Jensen, W. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Botanical Histochemistry. , 408-408 (1962).</li><li>Jackson, D., Bowles, D. J., Gurr, S. J., McPherson, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+in+plants.">In situ hybridization in plants.</a> Molecular Plant Pathology: A Practical Approach. , 163-174 (1991).</li><li>Chitwood, D. H., Nogueira, F. T., Howell, M. o. n. t. g. o. m. e. r. y., Carrington, T. A., C, J., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pattern+formation+via+small+RNA+mobility.">Pattern formation via small RNA mobility.</a> Genes. Dev. 23, 549-554 (2009).</li><li>Piette, D., Hendrickx, M., Willems, E., Kemp, C. R., Leyns, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimized+procedure+for+whole-mount+in+situ+hybridization+on+mouse+embryos+and+embryoid+bodies.">An optimized procedure for whole-mount in situ hybridization on mouse embryos and embryoid bodies.</a> Nat. Protoc. 3, 1194-1201 (2008).</li><li>Blilou, I., Xu, J., Wildwater, M., Willemsen, V., Paponov, I., Friml, J., Heidstra, R., Aida, M., Palme, K., Scheres, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+PIN+auxin+efflux+facilitator+network+controls+growth+and+patterning+in+Arabidopsis+roots.">The PIN auxin efflux facilitator network controls growth and patterning in Arabidopsis roots.</a> Nature. 433, 39-44 (2005).</li><li>Jackson, D., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+phyllotaxy+in+maize+by+the+abphyl1+gene.">Control of phyllotaxy in maize by the abphyl1 gene.</a> Development. , 126-315 (1999).</li><li>Chuck, G., Whipple, C., Jackson, D., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+maize+SBP-box+transcription+factor+encoded+by+tasselsheath4+regulates+bract+development+and+the+establishment+of+meristem+boundaries.">The maize SBP-box transcription factor encoded by tasselsheath4 regulates bract development and the establishment of meristem boundaries.</a> Development. 137, 1243-1250 (2010).</li><li>Long, J. A., Barton, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+development+of+apical+embryonic+pattern+in+Arabidopsis.">The development of apical embryonic pattern in Arabidopsis.</a> Development. 125, 3027-3035 (1998).</li><li>Nogueira, F. T., Chitwood, D. H., Madi, S., Ohtsu, K., Schnable, P. S., Scanlon, M. J., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+small+RNA+accumulation+in+the+maize+shoot+apex.">Regulation of small RNA accumulation in the maize shoot apex.</a> PLoS Genet. 5, e1000320-e1000320 (2009).</li></ol>

Ingen interessekonflikter erklæret.

In situ hybridisering metoden skitseret her tillader direkte visualisering af Spatiotemporal udtryk mønster af ethvert gen af interesse med stor cellulære opløsning, høj følsomhed og specificitet. Protokollen tillader ikke en kvantitativ sammenligning af udtryk niveauer mellem gener. Dog kan metoden høje følsomhed og opløsning afslører gradienter af genekspression i et væv 8, 18, ​​hvilket ikke er muligt med de fleste andre metoder til analyse af genekspression. Protokollen indeholder mange skridt, som kan gøre fejlfinding problematisk. De mest kritiske trin i protokollen er fiksering af væv og udvælgelsen og mærkning af sonden. Dårligt infiltreret væv og sonder med lav DIG inkorporering vil give meget svage signaler, som kan være svære at opdage ovenstående baggrund. For hver ny gen af ​​interesse, er det tilrådeligt at prøve et par forskellige sonder stammer fra forskelleje regioner af udskrift. Lejlighedsvis, kan to eller tre sonder henvender sig til forskellige mindre regioner af genet skal kombineres for at opnå en stærk og specifik hybridisering signal. Hertil kommer, at de hybridisering betingelser, såsom temperatur og sammensætningen af ​​hybridisering buffer kan optimeres for hvert gen eller væv til at sænke eller øge hybridisering stringens. Også protease trinnet for behandling er en variabel og kan ændres for at tilpasse protokollen for forskellige plantearter, eller til påvisning af udskrifter med meget lav tæthed. Inddragelse af både positive og negative kontrol sonder vil være nyttigt at identificere problematiske punkter i protokollen. Proceduren er optimeret til paraffinindstøbte plantevæv sektioner, men med mindre ændringer kan også anvendes til hel-mount in situ hybridisering. Selv om meget udbredt i dyreforsøg 19, hele montere in situ hybridisering vil blive limited at plante væv, der nemt kan infiltreret, som embryoner, rødder eller unge meristematic væv 20,21. Protokollen kan også nemt ændres, så samtidig afsløre to forskellige mRNA eller lokalisere afskrifter sammen proteiner 15,22,23. Endelig er det muligt at udvide anvendelsen af ​​denne metode til visualisering af små RNA udtryk mønstre i planter. miRNA udtryk mønstre er blevet bestemt ved hjælp af denne protokol i både majs og Arabidopsis 8,14. For nylig har in vitro transskriberede prober blevet erstattet af kommercielt tilgængelige DIG-mærkede Locked Nucleic Acid (LNA), oligo-prober, der øger signal følsomheden 18, 24.

<table border="1"><tbody><tr><th> Produkt </th><th> Firma </th><th> Katalog nummer </th><th> Bemærkninger </th></tr><tr><td> Cytoseal 60 4 ounce </td><td> Fisher </td><td> 23-244-256 </td><td> Toluen-baseret 8310-4 </td></tr><tr><td> Histoclear </td><td> Fisher </td><td> 50-899-90147 </td><td></td></tr><tr><td> Tissue Sti Paraplast Plus </td><td> Fisher </td><td> 23-021-400 </td><td></td></tr><tr><td> N + nylon membran Hybond-N + </td><td> GE Healthcare </td><td> RPN203B </td><td></td></tr><tr><td> RNase OUT, 40 U / mikroliter </td><td> Invitrogen </td><td> 10777019 </td><td></td></tr><tr><td> RQ1 RNase-Free DNase, 1 U / mikroliter </td><td> Promega </td><td> M6101 </td><td></td></tr><tr><td> DIG-mærkede Kontrol RNA </td><td> Roche </td><td> 11585746910 </td><td></td></tr><tr><td> DIG RNA mærkning mix </td><td> Roche </td><td> 11277073910 </td><td></td></tr><tr><td> SP6 RNA polymerase 1.000 U </td><td> Roche </td><td> 10810274001 </td><td&gt; </td></tr><tr><td> T3 RNA polymerase 1.000 U </td><td> Roche </td><td> 11031163001 </td><td></td></tr><tr><td> T7 RNA polymerase 1.000 U </td><td> Roche </td><td> 10881767001 </td><td></td></tr><tr><td> RNase-A </td><td> Roche </td><td> 109142 </td><td> opløses i glycerol 50% Tris 100mm pH8.0 </td></tr><tr><td> Blokering af Reagens </td><td> Roche </td><td> 1 096 176 </td><td> Varm op til 70 ° C i TBS buffer </td></tr><tr><td> Anti-Digoxygenin-AP, Fab fragmenter fra får 150 U </td><td> Roche </td><td> 1 093 274 </td><td></td></tr><tr><td> NBT / BCIP stamopløsning </td><td> Roche </td><td> 1 681 451 </td><td></td></tr><tr><td> Mini Quick Spin RNA kolonner </td><td> Roche </td><td> 11814427001 </td><td></td></tr><tr><td> tRNA fra E. coli </td><td> Roche </td><td> 109541 </td><td></td></tr><tr><td> Triton ® X-100 </td><td> Sigma </td><td> T8787 </td><td></td></tr><tr><td> Tween-20</td><td> Sigma </td><td> P9416 </td><td></td></tr><tr><td> Deioniseret formamid </td><td> Sigma </td><td> F9037 </td><td></td></tr><tr><td> Protease fra Streptomyces griseus Type XIV </td><td> Sigma </td><td> P5147 </td><td> Fortynd i milliQ vand og præ-fordøje 4 timer ved 37 ° C </td></tr><tr><td> Triethanolamin </td><td> Sigma </td><td> 90279 </td><td> Fortyndes i vand, bringe pH8.0 med HCl </td></tr><tr><td> Eddikesyreanhydrid </td><td> Sigma </td><td> A6404 </td><td></td></tr><tr><td> Dextransulfat natriumsalt fra Leuconostoc spp. </td><td> Sigma </td><td> D8906-5G </td><td> Dextransulfat skal opvarmes til 80 ° C for at opløse. </td></tr><tr><td> Denhardt løsning 50x Concentrate </td><td> Sigma </td><td> D2532 </td><td></td></tr><tr><td> Albumin fra kvæg serum - ≥ 98% </td><td> Sigma </td><td> A7906 </td><td></td></tr><tr><td> Eosin Y dinatriumsalt </td><td> Sigma </td><td> E4382 </td><td> Opløses i 96-100% ethanol, indtil mættet </td></tr><tr><td> Paraformaldehyd </td><td> Sigma </td><td> P6148 </td><td></td></tr><tr><td> Ethanol absolut 200 bevis </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Phenol / chloroform </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Base forme </td><td> Elektronisk Microsocpy Videnskab </td><td> 62352-15 </td><td></td></tr><tr><td> Indlejring ringe </td><td> Fisher </td><td> 22-038-197 </td><td></td></tr><tr><td> 20ml engangs scintillationsglas, med hætte </td><td> VWR </td><td> 66020-326 </td><td></td></tr><tr><td> Probe-on-plus dias </td><td> Fisher </td><td> 22-230-900 </td><td></td></tr><tr><td> Micro dækglasset 24x50 mm </td><td> VWR </td><td> 48404-452 </td><td></td></tr><tr><td> Whatman papir 3mm </td><td> VWR </td><td> 89022-360 </td><td></td></tr><tr><td> Tre glas retter og en staiminDre stål slide rack </td><td> Elektronisk Microsocpy Videnskab </td><td> 71420-25 </td><td> To glas hvælvede er nødvendige for histoclear behandling og den sidste er anvendt til eddikesyreanhydrid behandling </td></tr><tr><td> 18 rene plastbeholdere </td><td> Elektronisk Microsocpy Videnskab </td><td> 71402 </td><td></td></tr><tr><td> 2 eller 3 store flade plastkasser med forsegles låg </td><td></td><td></td><td> nødvendige for hybridisering og antistof trin </td></tr><tr><td> Fin børster </td><td></td><td></td><td> Hjælp aflevering voks bånd </td></tr><tr><td> Mikrotom </td><td></td><td></td><td> Leica </td></tr><tr><td> Selvrensende tørre vakuumsystem </td><td> Welch </td><td> 2025 </td><td></td></tr><tr><td> Slide varmere </td><td> Fisher </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Varmeblok </td><td></td><td></td><td> brug ved 60 ° C og 85 ° C</td></tr><tr><td> Inkubator ved 58-60 ° C </td><td> Fisher </td><td></td><td> For trin med smeltet Paraplast </td></tr><tr><td> Ovne eller vandbade til 55 ° C og 37 ° C </td><td> Fisher </td><td></td><td> Har brug for to på grund af den hurtigt skift mellem temperaturer </td></tr><tr><td> Centrifuge (4 ° C - 20 ° C) </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Stinkskab </td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

in situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants

Med fremskridt inden for genomforskning af det seneste årti, har Plantebiologi set talrige undersøgelser præsentere store kvantitative analyser af genekspression. Microarray og næste generation sekventering metoder bliver brugt til at undersøge udviklingsmæssige, fysiologiske og stress respons processer, dissekere epigenetisk og små RNA veje, og bygge store gen-regulatoriske netværk 1-3. Mens disse teknikker lette den samtidige analyse af store gen sæt, de typisk give en meget begrænset Spatiotemporal opløsning af genekspression ændringer. Denne begrænsning kan delvist løses ved hjælp af enten profilering metode sammen med lasermicrodissection eller fluorescens-aktiveret celle sortering 4-7. Men for fuldt ud at forstå den biologiske rolle af et gen, viden om dens Spatiotemporal mønster af udtryk på et cellulært opløsning er afgørende. Især, når man undersøger udvikling eller til effekterne af miljøbetinget stiMuli og mutanter kan den detaljerede analyse af et gen er udtryk mønster bliver afgørende. For eksempel kan subtile kvantitative forskelle i udtrykket niveauer af vigtige regulerende gener fører til dramatiske fænotyper, når der er forbundet med tab eller gevinst på udtryk i bestemte celletyper. Flere metoder anvendes rutinemæssigt til den detaljerede gennemgang af genekspression mønstre. Den ene er gennem analyser af transgene reporter linjer. En sådan analyse kan imidlertid blive tidskrævende, når man analyserer flere gener eller arbejder i planter genstridige til transformation. Desuden er en uafhængig validering, til at sikre, at transgenet udtryk mønster efterligner, at af de endogene genet typisk kræves. Immunhistokemisk protein lokalisering eller mRNA in situ hybridisering nuværende relativt hurtigt alternativer til direkte visualisering af genekspression i celler og væv. Sidstnævnte har den klare fordel, at det kan være let used på ethvert gen af interesse. In-situ hybridisering tillader detektering af target mRNA i celler ved hybridisering med mærkede anti-sense RNA sonde opnås ved in vitro-transskription af genet af interesse. Her har vi skitsere en protokol for in situ lokalisering af genekspression i planter, der er yderst følsom og specifik. Det er optimeret til brug med paraformaldehyd, paraffinindstøbte vævssnit, som giver fremragende bevarelse af histologi, og DIG-mærkede prober, der er visualiseret af immuno-afsløring og alkaliske fosfatase kolorimetriske reaktion. Denne protokol er blevet anvendt med succes på en række væv fra en bred vifte af plantearter, og kan bruges til at analysere udtryk for mRNA såvel som små RNA 8-14.

Watch this Scientific Journal Video about In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants at JoVE.com

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

Den<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering protokol, der er beskrevet her, giver mulighed for en direkte lokalisering af mRNA og små RNA udtryk på celleniveau med høj følsomhed og specificitet. Proceduren er optimeret til paraffinindstøbte plantevæv afsnit, finder anvendelse på en bred vifte af planter og væv, og kan afsluttes inden for ti dage.

In situ hybridisering til nøjagtig lokalisering af Afskrifter i Plants

With the advances in genomics research of the past decade, plant biology has seen numerous studies presenting large-scale quantitative analyses of gene ...

Research

JoVE Journal

Biology

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioaktivt In situ Hybridisering til påvisning af Forskellige genekspressionsmønstre i Tissue

Knowing the timing, level, cellular localization, and cell type that a gene is expressed in contributes to our understanding of the function of the gene. ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

Påvisning af viralt RNA ved fluorescens<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering (FISH)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

Analyse af enkeltcelle-gentransskription ved RNA Fluorescent<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Kromosom Replikerer Timing Kombineret med Fluorescent<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering

Mammalian DNA replication initiates at multiple sites along chromosomes at different times during S phase, following a temporal replication program. The ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Hele Mount RNA Fluorescent<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering af<em&gt; Drosophila</em&gt; Embryoner

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualisering og analyse af mRNA molekyler under anvendelse Fluorescens<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering i<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering for formalin Faste nyrevæv

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Enkle metode til fluorescens DNA<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering til mast kromosomer

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...