Name: in situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants
Uploaded: 2011-11-23T13:00:00
Duration: 12 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants at JoVE.com

מחקר במעבדה של MT הוא נתמך על ידי מענקי הקרן הלאומית למדע (DBI-0820610 ו IOS-1022102) ואת מחלקת ניו יורק הבריאות (NYSTEM-C024308). סי קיבלו מלגות דוקטורט ממשרד ספרדית החינוך והמדע (2007-0937) ואת רפאל קרן דל פינו, ספרד.

<ol>
	<li>Rensink, W. A., Buell, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+expression+profiling+resources+for+plant+genomics.">Microarray expression profiling resources for plant genomics.</a> Trends. Plant. Sci. 10, 603-609 (2005).</li><li>Li, P., Ponnala, L., Gandotra, N., Wang, L., Si, Y., Tausta, S. L., Kebrom, T. H., Provart, N., Patel, R., Myers, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+developmental+dynamics+of+the+maize+leaf+transcriptome.">The developmental dynamics of the maize leaf transcriptome.</a> Nat. Genet. 42, 1060-1067 (2010).</li><li>Lister, R., O'Malley, R. C., Tonti-Filippini, J., Gregory, B. D., Berry, C. C., Millar, A. H., Ecker, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+integrated+single-base+resolution+maps+of+the+epigenome+in+Arabidopsis.">Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis.</a> Cell. 133, 523-536 (2008).</li><li>Brady, S. M., Orlando, D. A., Lee, J. Y., Wang, J. Y., Koch, J., Dinneny, J. R., Mace, D., Ohler, U., Benfey, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+root+spatiotemporal+map+reveals+dominant+expression+patterns.">A high-resolution root spatiotemporal map reveals dominant expression patterns.</a> Science. 318, 801-806 (2007).</li><li>Brooks, L., Strable, J., Zhang, X., Ohtsu, K., Zhou, R., Sarkar, A., Hargreaves, S., Elshire, R. J., Eudy, D., Pawlowska, T., Ware, D., Janick-Buckner, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+of+shoot+meristem+functional+domains.">Microdissection of shoot meristem functional domains.</a> PLoS. Genet. 5, e1000476-e1000476 (2009).</li><li>Galbraith, D. W., Birnbaum, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+studies+of+cell+type-specific+gene+expression+in+plants.">Global studies of cell type-specific gene expression in plants.</a> Annu. Rev. Plant. Biol. 57, 451-475 (2006).</li><li>Ohtsu, K., Smith, M., Emrich, S., Borsuk, L., Zhou, R., Chen, T., Zhang, X., Timmermans, M., Beck, J., Buckner, B., Janick-Buckner, D., Nettleton, D., Scanlon, M., Schnable, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+gene+expression+analysis+of+the+shoot+apical+meristem+of+maize+(Zea+mays+L.).">Global gene expression analysis of the shoot apical meristem of maize (Zea mays L.).</a> Plant. J. 52, 391-404 (2007).</li><li>Juarez, M. T., Kui, J. S., Thomas, J., Heller, B. A., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=microRNA-mediated+repression+of+rolled+leaf1+specifies+maize+leaf+polarity.">microRNA-mediated repression of rolled leaf1 specifies maize leaf polarity.</a> Nature. 428, 84-88 (2004).</li><li>Kramer, E. M., Irish, V. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolution+of+genetic+mechanisms+controlling+petal+development.">Evolution of genetic mechanisms controlling petal development.</a> Nature. 399, 144-148 (1999).</li><li>Stuurman, J., Jäggi, F., Kuhlemeier, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shoot+meristem+maintenance+is+controlled+by+a+GRAS-gene+mediated+signal+from+differentiating+cells.">Shoot meristem maintenance is controlled by a GRAS-gene mediated signal from differentiating cells.</a> Genes Dev. 16, 2213-2218 (2002).</li><li>Kim, M., McCormick, S., Timmermans, M., Sinha, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+expression+domain+of+PHANTASTICA+determines+leaflet+placement+in+compound+leaves.">The expression domain of PHANTASTICA determines leaflet placement in compound leaves.</a> Nature. 424, 438-443 (2003).</li><li>Kramer, E. M., Holappa, L., Gould, B., Jaramillo, M. A., Setnikov, D., Santiago, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Elaboration+of+B+gene+function+to+include+the+identity+of+novel+floral+organs+in+the+lower+eudicot+Aquilegia.">Elaboration of B gene function to include the identity of novel floral organs in the lower eudicot Aquilegia.</a> Plant Cell. 19, 750-766 (2007).</li><li>Lippman, Z. B., Cohen, O., Alvarez, J. P., Abu-Abied, M., Pekker, I., Paran, I., Eshed, Y., Zamir, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+making+of+a+compound+inflorescence+in+tomato+and+related+nightshades.">The making of a compound inflorescence in tomato and related nightshades.</a> PLoS Biol. 6, e288-e288 (2008).</li><li>Kidner, C., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+as+a+tool+to+study+the+role+of+microRNAs+in+plant+development.">In situ hybridization as a tool to study the role of microRNAs in plant development.</a> Methods. Mol. Biol. 342, 159-179 (2006).</li><li>Jackson, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Double+labeling+of+KNOTTED1+mRNA+and+protein+reveals+multiple+potential+sites+of+protein+trafficking+in+the+shoot.">Double labeling of KNOTTED1 mRNA and protein reveals multiple potential sites of protein trafficking in the shoot.</a> 129, 1423-1429 (2002).</li><li>Jensen, W. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Botanical Histochemistry. , 408-408 (1962).</li><li>Jackson, D., Bowles, D. J., Gurr, S. J., McPherson, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+in+plants.">In situ hybridization in plants.</a> Molecular Plant Pathology: A Practical Approach. , 163-174 (1991).</li><li>Chitwood, D. H., Nogueira, F. T., Howell, M. o. n. t. g. o. m. e. r. y., Carrington, T. A., C, J., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pattern+formation+via+small+RNA+mobility.">Pattern formation via small RNA mobility.</a> Genes. Dev. 23, 549-554 (2009).</li><li>Piette, D., Hendrickx, M., Willems, E., Kemp, C. R., Leyns, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimized+procedure+for+whole-mount+in+situ+hybridization+on+mouse+embryos+and+embryoid+bodies.">An optimized procedure for whole-mount in situ hybridization on mouse embryos and embryoid bodies.</a> Nat. Protoc. 3, 1194-1201 (2008).</li><li>Blilou, I., Xu, J., Wildwater, M., Willemsen, V., Paponov, I., Friml, J., Heidstra, R., Aida, M., Palme, K., Scheres, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+PIN+auxin+efflux+facilitator+network+controls+growth+and+patterning+in+Arabidopsis+roots.">The PIN auxin efflux facilitator network controls growth and patterning in Arabidopsis roots.</a> Nature. 433, 39-44 (2005).</li><li>Jackson, D., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+phyllotaxy+in+maize+by+the+abphyl1+gene.">Control of phyllotaxy in maize by the abphyl1 gene.</a> Development. , 126-315 (1999).</li><li>Chuck, G., Whipple, C., Jackson, D., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+maize+SBP-box+transcription+factor+encoded+by+tasselsheath4+regulates+bract+development+and+the+establishment+of+meristem+boundaries.">The maize SBP-box transcription factor encoded by tasselsheath4 regulates bract development and the establishment of meristem boundaries.</a> Development. 137, 1243-1250 (2010).</li><li>Long, J. A., Barton, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+development+of+apical+embryonic+pattern+in+Arabidopsis.">The development of apical embryonic pattern in Arabidopsis.</a> Development. 125, 3027-3035 (1998).</li><li>Nogueira, F. T., Chitwood, D. H., Madi, S., Ohtsu, K., Schnable, P. S., Scanlon, M. J., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+small+RNA+accumulation+in+the+maize+shoot+apex.">Regulation of small RNA accumulation in the maize shoot apex.</a> PLoS Genet. 5, e1000320-e1000320 (2009).</li></ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

בשיטת הכלאה באתרו המפורטים כאן מאפשר הדמיה ישירה של דפוס הביטוי של הגן spatiotemporal כל עניין עם רזולוציה סלולרית גדולה, רגישות גבוהה וספציפיות. הפרוטוקול אינו מאפשר השוואה כמותית של רמות ביטוי בין הגנים. עם זאת, רגישות גבוהה של שיטה ופתרון יכול לחשוף הדרגתיים של ביטוי גנים בתוך הרקמה 8, 18, ​​דבר שאינו אפשרי עם רוב שיטות אחרות של ניתוח ביטוי גנים. פרוטוקול זה כולל שלבים רבים, מה שעלול להפוך בעיות הירי בעייתי. השלבים הקריטיים ביותר של פרוטוקול הם קיבוע של הרקמה ואת הבחירה וסימון של החללית. רקמות הסתננו גרוע בדיקות עם שילוב DIG נמוך תניב אותות חלשים מאוד שעשוי להיות קשה לזהות מעל הרקע. עבור כל גן חדש של עניין, מומלץ לנסות כמה בדיקות שונות הנגזרות diffeשכר הדירה באזורים של תמליל. מדי פעם, פעמיים או שלוש בדיקות מיקוד לאזורים קטנים שונות של הגן ייתכן שיהיה צורך בשילוב לקבל איתות חזק הכלאה ספציפיים. בנוסף, התנאים הכלאה, כגון הטמפרטורה והרכב למאגר הכלאה, יכול להיות מותאם עבור כל גן או רקמות להקטין או להגדיל את חומרא הכלאה. כמו כן, הצעד טיפול פרוטאז הוא משתנה ניתן לשנות על מנת להתאים את פרוטוקול מיני צמחים שונים או לצורך זיהוי של תמלילי עם שפע נמוך מאוד. הכללת שתי בדיקות בקרה חיוביים ושליליים יהיה מועיל בזיהוי הנקודות הבעייתיות של הפרוטוקול. הנוהל הוא אופטימיזציה עבור פרפין מוטבע סעיפים רקמות הצמח אך עם שינויים קלים ניתן להשתמש גם הכלאה באתרו על כל הר. למרות שימוש נרחב הכלאה באתרו במחקר בבעלי חיים 19, הר כולו יהיה אניimited לרקמות צמח יכול להיות שחדר בקלות, כמו עוברים, שורשים או רקמות meristematic צעירים 20,21. הפרוטוקול ניתן גם לשנות בקלות לזהות בו זמנית two mRNAs ברורים או בתרגום תמלילי לצד חלבונים 15,22,23. לבסוף, ניתן להרחיב את היישום של שיטה זו על ויזואליזציה של RNA קטנים דפוסי ביטוי בצמחים. דפוסי הביטוי מירנה נקבעו באמצעות פרוטוקול תירס וגם ארבידופסיס 8,14. לאחרונה, בשנת בדיקות במבחנה עיבד הוחלפו זמינים מסחרית DIG שכותרתו חומצות גרעין נעול (LNA) בדיקות אוליגו כי האות להגביר את הרגישות 18, 24.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> מוצר </th><th> חברה </th><th> מספר קטלוגי </th><th> הערות </th></tr><tr><td> Cytoseal 60 4oz </td><td> דיג </td><td> 23-244-256 </td><td> טולואן מבוססי 8310-4 </td></tr><tr><td> Histoclear </td><td> דיג </td><td> 50-899-90147 </td><td></td></tr><tr><td> נתיב רקמות Paraplast פלוס </td><td> דיג </td><td> 23-021-400 </td><td></td></tr><tr><td> N + ניילון קרום Hybond-N + </td><td> GE Healthcare </td><td> RPN203B </td><td></td></tr><tr><td> RNase החוצה; 40 U / μL </td><td> Invitrogen </td><td> 10777019 </td><td></td></tr><tr><td> RQ1 RNase ללא DNase: 1 U / μl </td><td> Promega </td><td> M6101 </td><td></td></tr><tr><td> DIG שכותרתו בקרה RNA </td><td> רוש </td><td> 11585746910 </td><td></td></tr><tr><td> DIG-RNA לערבב תיוג </td><td> רוש </td><td> 11277073910 </td><td></td></tr><tr><td> SP6 RNA פולימראז 1000 U </td><td> רוש </td><td> 10810274001 </td><tד&gt; </td></tr><tr><td> T3 רנ&quot;א פולימרז 1000 U </td><td> רוש </td><td> 11031163001 </td><td></td></tr><tr><td> T7-RNA פולימראז 1000 U </td><td> רוש </td><td> 10881767001 </td><td></td></tr><tr><td> RNase-A </td><td> רוש </td><td> 109142 </td><td> להמיס pH8.0 50% גליצרול טריס 100mm </td></tr><tr><td> חסימת מגיב </td><td> רוש </td><td> 1 096 176 </td><td> חום עד 70 מעלות צלזיוס כפות חוצץ </td></tr><tr><td> Anti-Digoxygenin-AP, שברי Fab מן הצאן 150 U </td><td> רוש </td><td> 1 093 274 </td><td></td></tr><tr><td> NBT / BCIP מניות פתרון </td><td> רוש </td><td> 1 681 451 </td><td></td></tr><tr><td> מיני מהירים ספין RNA עמודות </td><td> רוש </td><td> 11814427001 </td><td></td></tr><tr><td> tRNA של E. coli </td><td> רוש </td><td> 109541 </td><td></td></tr><tr><td> טריטון ® X-100 </td><td> סיגמא </td><td> T8787 </td><td></td></tr><tr><td> Tween-20</td><td> סיגמא </td><td> P9416 </td><td></td></tr><tr><td> Deionized לפוראמיד </td><td> סיגמא </td><td> F9037 </td><td></td></tr><tr><td> פרוטאז מ Streptomyces griseus סוג XIV </td><td> סיגמא </td><td> P5147 </td><td> מדולל ב milliQ מים מראש לעכל 4 שעות ב 37 ° C </td></tr><tr><td> Triethanolamine </td><td> סיגמא </td><td> 90279 </td><td> מדולל במים, מביאים pH8.0 עם HCl </td></tr><tr><td> אצטית אנהידריד </td><td> סיגמא </td><td> A6404 </td><td></td></tr><tr><td> נתרן סולפט dextran מלח Leuconostoc spp. </td><td> סיגמא </td><td> D8906-5G </td><td> סולפט dextran צריך להיות מחומם ל 80 מעלות צלזיוס לפרק. </td></tr><tr><td> 50x פתרון Denhardt של תרכיז </td><td> סיגמא </td><td> D2532 </td><td></td></tr><tr><td> אלבומין בסרום שור מ - ≥ 98% </td><td> סיגמא </td><td> A7906 </td><td></td></tr><tr><td> Eosin Y disodium מלח </td><td> סיגמא </td><td> E4382 </td><td> ממיסים באתנול 96-100% עד רווי </td></tr><tr><td> Paraformaldehyde </td><td> סיגמא </td><td> P6148 </td><td></td></tr><tr><td> אתנול 200 הוכחה מוחלטת </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> פנול / כלורופורם </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> מאגר תבניות </td><td> אלקטרונית Microsocpy המדע </td><td> 62352-15 </td><td></td></tr><tr><td> הטבעת טבעות </td><td> דיג </td><td> 22-038-197 </td><td></td></tr><tr><td> 20ml scintillation צלוחיות חד פעמיות, עם כובעים </td><td> VWR </td><td> 66020-326 </td><td></td></tr><tr><td> בדיקה ב-Plus שקופיות </td><td> דיג </td><td> 22-230-900 </td><td></td></tr><tr><td> מיקרו המשקפיים לכסות 24x50 מ&quot;מ </td><td> VWR </td><td> 48404-452 </td><td></td></tr><tr><td> Whatman נייר 3mm </td><td> VWR </td><td> 89022-360 </td><td></td></tr><tr><td> שלוש צלחות זכוכית ואחד staiפלדה nless שקופיות המדף </td><td> אלקטרונית Microsocpy המדע </td><td> 71420-25 </td><td> שתי כוס והגשתי הדרושים לטיפול histoclear ואת האחרון משמש לטיפול אנהידריד אצטית </td></tr><tr><td> 18 מיכלי פלסטיק נקי </td><td> אלקטרונית Microsocpy המדע </td><td> 71402 </td><td></td></tr><tr><td> 2 או 3 קופסאות פלסטיק גדולות שטוחות עם מכסים סגר </td><td></td><td></td><td> הצעדים הנדרשים הכלאה ו נוגדן </td></tr><tr><td> פיין מברשות </td><td></td><td></td><td> עזרה מסירת סרטים שעווה </td></tr><tr><td> Microtome </td><td></td><td></td><td> לייקה </td></tr><tr><td> ניקוי עצמי ואקום יבש מערכת </td><td> וולש </td><td> 2025 </td><td></td></tr><tr><td> Slide חם </td><td> דיג </td><td></td><td></td></tr><tr><td> חימום לחסום </td><td></td><td></td><td> הצורך ב 60 ° C ו -85 ° C</td></tr><tr><td> החממה ב 58-60 מעלות צלזיוס </td><td> דיג </td><td></td><td> לקבלת שלבים עם Paraplast מותך </td></tr><tr><td> תנורים או אמבטיות מים במשך 55 ° C ל 37 ° C </td><td> דיג </td><td></td><td> צריך שני עקב שינוי מהיר בין טמפרטורות </td></tr><tr><td> צנטריפוגה (4 ° C - 20 ° C) </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> פומה ברדס </td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

in situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants

עם ההתקדמות במחקר הגנום של העשור האחרון, ביולוגיה צמח ראה מחקרים רבים מציגים בקנה מידה גדול ניתוחים כמותיים של ביטוי גנים. Microarray וליד רצף גישות דור נמצאים בשימוש כדי לחקור תהליכים התפתחותיים בתגובה, פיזיולוגיים מתח, לנתח epigenetic קטנים מסלולים RNA, ולבנות רשתות גנים רגולטוריים גדולים 1-3. טכניקות אלה להקל על ניתוח סימולטני של קבוצות גנים גדולים, הם בדרך כלל מספקים רזולוציה spatiotemporal מצומצם מאוד של שינויים בביטוי הגנים. מגבלה זו ניתן להתגבר חלקית על ידי או באמצעות פרופיל השיטה בשיתוף עם lasermicrodissection או הקרינה המופעל תא מיון 4-7. עם זאת, כדי להבין את התפקיד הביולוגי של גן, הידע של דפוס spatiotemporal הביטוי שלה ברזולוציה הסלולר הוא חיוני. במיוחד, כאשר לומדים פיתוח או את ההשפעות של STI הסביבהמולי ו מוטנטים ניתוח מפורט של דפוס הביטוי של גנים יכול להיות חיוני. למשל, הבדלים כמותיים עדין ברמות הביטוי של גנים רגולטוריים מפתח יכול להוביל פנוטיפים דרמטי כאשר הקשורים לאובדן או רווח הביטוי סוגי תאים ספציפיים. מספר שיטות משמשות דרך שגרה לבחינה מפורטת של דפוסי ביטוי גנים. האחד הוא באמצעות ניתוח של קווי כתב מהונדס. ניתוח כזה יכול, לעומת זאת, להפוך זמן רב בעת ניתוח גנים מרובים או עובדים במפעלים הסרבן לשינוי. יתר על כן, אימות עצמאי כדי להבטיח את דפוס הביטוי transgene מחקה כי הגן אנדוגני הוא נדרש בדרך כלל. לוקליזציה חלבון ה-mRNA immunohistochemical או הכלאה באתרו להציג חלופות מהיר יחסית עבור להדמיה ישירה של ביטוי גנים בתוך תאים ורקמות. האחרון יש יתרון מובהק שזה יכול להיות בקלות used הגן על כל העניין. הכלאה In situ מאפשר זיהוי של mRNAs היעד בתאים על ידי הכלאה עם תחושת אנטי RNA שכותרתו בדיקה מתקבל על ידי ב שעתוק במבחנה של הגן של עניין. כאן מתאר פרוטוקול עבור בלוקליזציה באתרו של ביטוי גנים בצמחים כי הוא מאוד רגישות ספציפית. הוא מותאם לשימוש עם paraformaldehyde קבוע, פרפין, משובצים קטעים, אשר נותן שימור מעולה של היסטולוגיה, ולאחר בדיקות DIG שכותרתו כי הם דמיינו ידי איתור-חיסונית ובסיסי-phosphatase התגובה colorimetric. פרוטוקול זה יושם בהצלחה במספר רקמות ממגוון רחב של מיני צמחים, וניתן להשתמש בו כדי לנתח את הביטוי של mRNAs כמו גם RNA קטנים 8-14.

Watch this Scientific Journal Video about In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants at JoVE.com

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

<em&gt; באתרו</em&gt; פרוטוקול הכלאה המתואר כאן מאפשר לוקליזציה ישירה של mRNA וקטנים ביטוי RNA ברמה התאית עם רגישות וספציפיות גבוהה. הנוהל הוא אופטימיזציה עבור פרפין מוטבע סעיפים רקמות הצמח, הוא ישים למגוון רחב של צמחים ובעלי רקמות, יכולה להסתיים בתוך עשרה ימים.

ב הכלאה באתרו עבור לוקליזציה המדויק של תמלילי בצמחים

With the advances in genomics research of the past decade, plant biology has seen numerous studies presenting large-scale quantitative analyses of gene ...

Research

JoVE Journal

Biology

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

הר שלם כפול באתרו הכלאה של עוברים צ&#39;יק מוקדם

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

פלואורסצנציה באתרו הכלאה (FISH) פרוטוקול של זרע אדם

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

רדיואקטיבי באתרו הכלאה לזיהוי תבניות ביטוי מגוונות גנים רקמות

Knowing the timing, level, cellular localization, and cell type that a gene is expressed in contributes to our understanding of the function of the gene. ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

זיהוי של רנ&quot;א נגיפי על ידי הקרינה<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה (דגים)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

ניתוח של שעתוק גנים מהתא הבודד על ידי RNA פלורסנט<em&gt; באתר</em&gt; הכלאה (דגים)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

עיתוי מעתיק כרומוזום בשילוב עם פלורסנט<em&gt; באתר</em&gt; הכלאה

Mammalian DNA replication initiates at multiple sites along chromosomes at different times during S phase, following a temporal replication program. The ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

הר כולו RNA פלורסנט<em&gt; באתר</em&gt; הכלאה של<em&gt; דרוזופילה</em&gt; עוברים

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

הדמיה וניתוח של מולקולות ה-mRNA באמצעות הקרינה<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה ב<em&gt; Cerevisiae Saccharomyces</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה לרקמות כליה פורמלין קבועה

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

שיטה פשוטה DNA הקרינה<em&gt; באתר</em&gt; הכלאה לכרומוזומים &quot;סתמת

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...