Name: in situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants
Uploaded: 2011-11-23T13:00:00
Duration: 12 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants at JoVE.com

Forskning i laboratoriet av MT er støttet med tilskudd fra National Science Foundation (DBI-0820610 og IOS-1022102) og NY Department of Health (NYSTEM-C024308). CM fått postdoktorstipend fra det spanske departementet for lærerutdanning og naturvitenskap (2007-0937) og Stiftelsen Rafael del Pino, Spania.

<ol>
	<li>Rensink, W. A., Buell, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+expression+profiling+resources+for+plant+genomics.">Microarray expression profiling resources for plant genomics.</a> Trends. Plant. Sci. 10, 603-609 (2005).</li><li>Li, P., Ponnala, L., Gandotra, N., Wang, L., Si, Y., Tausta, S. L., Kebrom, T. H., Provart, N., Patel, R., Myers, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+developmental+dynamics+of+the+maize+leaf+transcriptome.">The developmental dynamics of the maize leaf transcriptome.</a> Nat. Genet. 42, 1060-1067 (2010).</li><li>Lister, R., O'Malley, R. C., Tonti-Filippini, J., Gregory, B. D., Berry, C. C., Millar, A. H., Ecker, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+integrated+single-base+resolution+maps+of+the+epigenome+in+Arabidopsis.">Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis.</a> Cell. 133, 523-536 (2008).</li><li>Brady, S. M., Orlando, D. A., Lee, J. Y., Wang, J. Y., Koch, J., Dinneny, J. R., Mace, D., Ohler, U., Benfey, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+root+spatiotemporal+map+reveals+dominant+expression+patterns.">A high-resolution root spatiotemporal map reveals dominant expression patterns.</a> Science. 318, 801-806 (2007).</li><li>Brooks, L., Strable, J., Zhang, X., Ohtsu, K., Zhou, R., Sarkar, A., Hargreaves, S., Elshire, R. J., Eudy, D., Pawlowska, T., Ware, D., Janick-Buckner, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+of+shoot+meristem+functional+domains.">Microdissection of shoot meristem functional domains.</a> PLoS. Genet. 5, e1000476-e1000476 (2009).</li><li>Galbraith, D. W., Birnbaum, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+studies+of+cell+type-specific+gene+expression+in+plants.">Global studies of cell type-specific gene expression in plants.</a> Annu. Rev. Plant. Biol. 57, 451-475 (2006).</li><li>Ohtsu, K., Smith, M., Emrich, S., Borsuk, L., Zhou, R., Chen, T., Zhang, X., Timmermans, M., Beck, J., Buckner, B., Janick-Buckner, D., Nettleton, D., Scanlon, M., Schnable, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+gene+expression+analysis+of+the+shoot+apical+meristem+of+maize+(Zea+mays+L.).">Global gene expression analysis of the shoot apical meristem of maize (Zea mays L.).</a> Plant. J. 52, 391-404 (2007).</li><li>Juarez, M. T., Kui, J. S., Thomas, J., Heller, B. A., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=microRNA-mediated+repression+of+rolled+leaf1+specifies+maize+leaf+polarity.">microRNA-mediated repression of rolled leaf1 specifies maize leaf polarity.</a> Nature. 428, 84-88 (2004).</li><li>Kramer, E. M., Irish, V. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolution+of+genetic+mechanisms+controlling+petal+development.">Evolution of genetic mechanisms controlling petal development.</a> Nature. 399, 144-148 (1999).</li><li>Stuurman, J., Jäggi, F., Kuhlemeier, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shoot+meristem+maintenance+is+controlled+by+a+GRAS-gene+mediated+signal+from+differentiating+cells.">Shoot meristem maintenance is controlled by a GRAS-gene mediated signal from differentiating cells.</a> Genes Dev. 16, 2213-2218 (2002).</li><li>Kim, M., McCormick, S., Timmermans, M., Sinha, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+expression+domain+of+PHANTASTICA+determines+leaflet+placement+in+compound+leaves.">The expression domain of PHANTASTICA determines leaflet placement in compound leaves.</a> Nature. 424, 438-443 (2003).</li><li>Kramer, E. M., Holappa, L., Gould, B., Jaramillo, M. A., Setnikov, D., Santiago, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Elaboration+of+B+gene+function+to+include+the+identity+of+novel+floral+organs+in+the+lower+eudicot+Aquilegia.">Elaboration of B gene function to include the identity of novel floral organs in the lower eudicot Aquilegia.</a> Plant Cell. 19, 750-766 (2007).</li><li>Lippman, Z. B., Cohen, O., Alvarez, J. P., Abu-Abied, M., Pekker, I., Paran, I., Eshed, Y., Zamir, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+making+of+a+compound+inflorescence+in+tomato+and+related+nightshades.">The making of a compound inflorescence in tomato and related nightshades.</a> PLoS Biol. 6, e288-e288 (2008).</li><li>Kidner, C., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+as+a+tool+to+study+the+role+of+microRNAs+in+plant+development.">In situ hybridization as a tool to study the role of microRNAs in plant development.</a> Methods. Mol. Biol. 342, 159-179 (2006).</li><li>Jackson, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Double+labeling+of+KNOTTED1+mRNA+and+protein+reveals+multiple+potential+sites+of+protein+trafficking+in+the+shoot.">Double labeling of KNOTTED1 mRNA and protein reveals multiple potential sites of protein trafficking in the shoot.</a> 129, 1423-1429 (2002).</li><li>Jensen, W. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Botanical Histochemistry. , 408-408 (1962).</li><li>Jackson, D., Bowles, D. J., Gurr, S. J., McPherson, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+in+plants.">In situ hybridization in plants.</a> Molecular Plant Pathology: A Practical Approach. , 163-174 (1991).</li><li>Chitwood, D. H., Nogueira, F. T., Howell, M. o. n. t. g. o. m. e. r. y., Carrington, T. A., C, J., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pattern+formation+via+small+RNA+mobility.">Pattern formation via small RNA mobility.</a> Genes. Dev. 23, 549-554 (2009).</li><li>Piette, D., Hendrickx, M., Willems, E., Kemp, C. R., Leyns, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimized+procedure+for+whole-mount+in+situ+hybridization+on+mouse+embryos+and+embryoid+bodies.">An optimized procedure for whole-mount in situ hybridization on mouse embryos and embryoid bodies.</a> Nat. Protoc. 3, 1194-1201 (2008).</li><li>Blilou, I., Xu, J., Wildwater, M., Willemsen, V., Paponov, I., Friml, J., Heidstra, R., Aida, M., Palme, K., Scheres, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+PIN+auxin+efflux+facilitator+network+controls+growth+and+patterning+in+Arabidopsis+roots.">The PIN auxin efflux facilitator network controls growth and patterning in Arabidopsis roots.</a> Nature. 433, 39-44 (2005).</li><li>Jackson, D., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+phyllotaxy+in+maize+by+the+abphyl1+gene.">Control of phyllotaxy in maize by the abphyl1 gene.</a> Development. , 126-315 (1999).</li><li>Chuck, G., Whipple, C., Jackson, D., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+maize+SBP-box+transcription+factor+encoded+by+tasselsheath4+regulates+bract+development+and+the+establishment+of+meristem+boundaries.">The maize SBP-box transcription factor encoded by tasselsheath4 regulates bract development and the establishment of meristem boundaries.</a> Development. 137, 1243-1250 (2010).</li><li>Long, J. A., Barton, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+development+of+apical+embryonic+pattern+in+Arabidopsis.">The development of apical embryonic pattern in Arabidopsis.</a> Development. 125, 3027-3035 (1998).</li><li>Nogueira, F. T., Chitwood, D. H., Madi, S., Ohtsu, K., Schnable, P. S., Scanlon, M. J., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+small+RNA+accumulation+in+the+maize+shoot+apex.">Regulation of small RNA accumulation in the maize shoot apex.</a> PLoS Genet. 5, e1000320-e1000320 (2009).</li></ol>

Ingen interessekonflikter erklært.

Den in situ hybridisering metode skissert her tillater direkte visualisering av tid og rom uttrykk mønster av noen genet av interesse med stor cellular oppløsning, høy sensitivitet og spesifisitet. Protokollen tillater ikke en kvantitativ sammenligning av uttrykket nivåer mellom gener. Imidlertid kan metoden er høy følsomhet og oppløsning avslører gradienter av genuttrykk i en vev 8, 18, ​​som ikke er mulig med de fleste andre metoder for analyse av genuttrykk. Protokollen inneholder mange trinn, noe som kan gjøre feilsøking problematisk. Den mest kritiske trinn i protokollen er fiksering av vev og utvalget og merking av sonden. Dårlig infiltrert vev og prober med lav DIG innlemmelse vil gi svært svake signaler som kan være vanskelig å oppdage ovennevnte bakgrunn. For hvert nytt gen av interesse, er det tilrådelig å prøve noen forskjellige prober avledet fra diffeleie regioner av karakterutskriften. Noen ganger kan to eller tre sonder targeting forskjellige mindre regioner av genet må kombineres for å oppnå en sterk og spesifikk hybridisering signal. I tillegg hybridisering forhold, slik som temperatur og sammensetning av hybridisering buffer, kan optimaliseres for hvert gen eller vev for å senke eller øke hybridisering stringens. Også protease behandlingen trinnet er en variabel og kan endres for å tilpasse protokollen for forskjellige plantearter eller for påvisning av utskrifter med svært lav overflod. Inkludering av både positiv og negativ kontroll prober vil være nyttig for å identifisere problematiske punkter i protokollen. Prosedyren er optimalisert for parafin-embedded plantevevet seksjoner, men med små modifikasjoner kan også brukes for hel-mount in situ hybridisering. Selv om mye brukt i dyreforsøk 19, hele monter in situ hybridisering vil være limited å plante vev som lett kan infiltrert, som embryo, røtter eller unge meristematic vev 20,21. Protokollen kan også enkelt endres til å samtidig oppdage to distinkte mRNA eller lokalisere avskrift sammen proteiner 15,22,23. Endelig er det mulig å utvide anvendelsen av denne metoden til visualisering av små RNA uttrykk mønstre i planter. miRNA uttrykk mønstre har blitt bestemt å bruke denne protokollen i både mais og Arabidopsis 8,14. Mer nylig har in vitro transkriberte prober blitt erstattet av kommersielt tilgjengelige DIG-merket låst nukleinsyre (LNA) oligo prober som øker signal sensitivitet 18, 24.

<table border="1"><tbody><tr><th> Produkt </th><th> Firma </th><th> Katalognummer </th><th> Merknader </th></tr><tr><td> Cytoseal 60 4oz </td><td> Fisher </td><td> 23-244-256 </td><td> Toluen-baserte 8310-4 </td></tr><tr><td> Histoclear </td><td> Fisher </td><td> 50-899-90147 </td><td></td></tr><tr><td> Tissue Sti Paraplast Plus </td><td> Fisher </td><td> 23-021-400 </td><td></td></tr><tr><td> N + nylon membran Hybond-N + </td><td> GE Healthcare </td><td> RPN203B </td><td></td></tr><tr><td> RNase OUT; 40 U / mL </td><td> Invitrogen </td><td> 10777019 </td><td></td></tr><tr><td> RQ1 RNase-Free DNase, 1 U / mikroliter </td><td> Promega </td><td> M6101 </td><td></td></tr><tr><td> DIG-merket Kontroll RNA </td><td> Roche </td><td> 11585746910 </td><td></td></tr><tr><td> DIG RNA merking mix </td><td> Roche </td><td> 11277073910 </td><td></td></tr><tr><td> SP6 RNA polymerase 1000 U </td><td> Roche </td><td> 10810274001 </td><td&gt; </td></tr><tr><td> T3 RNA polymerase 1000 U </td><td> Roche </td><td> 11031163001 </td><td></td></tr><tr><td> T7 RNA polymerase 1000 U </td><td> Roche </td><td> 10881767001 </td><td></td></tr><tr><td> RNase-A </td><td> Roche </td><td> 109142 </td><td> oppløses i glyserol 50% Tris 100mm pH8.0 </td></tr><tr><td> Blokkering Reagens </td><td> Roche </td><td> 1 096 176 </td><td> Varm opp til 70 ° C i TBS buffer </td></tr><tr><td> Anti-Digoxygenin-AP, Fab fragmenter fra sau 150 U </td><td> Roche </td><td> 1 093 274 </td><td></td></tr><tr><td> NBT / BCIP stamløsningen </td><td> Roche </td><td> 1 681 451 </td><td></td></tr><tr><td> mini Rask Spin RNA kolonner </td><td> Roche </td><td> 11814427001 </td><td></td></tr><tr><td> tRNA fra E. coli </td><td> Roche </td><td> 109541 </td><td></td></tr><tr><td> Triton ® X-100 </td><td> Sigma </td><td> T8787 </td><td></td></tr><tr><td> Tween-20</td><td> Sigma </td><td> P9416 </td><td></td></tr><tr><td> Avionisert formamide </td><td> Sigma </td><td> F9037 </td><td></td></tr><tr><td> Protease fra Streptomyces griseus Type XIV </td><td> Sigma </td><td> P5147 </td><td> Fortynnes i milliQ vann og pre-digest 4 timer ved 37 ° C </td></tr><tr><td> Triethanolamine </td><td> Sigma </td><td> 90279 </td><td> Fortynnes i vann, bringe pH8.0 med HCl </td></tr><tr><td> Eddiksyre </td><td> Sigma </td><td> A6404 </td><td></td></tr><tr><td> Dekstransulfat natrium salt fra Leuconostoc spp.. </td><td> Sigma </td><td> D8906-5G </td><td> Dekstransulfat skal varmes til 80 ° C for å oppløse. </td></tr><tr><td> Denhardt løsning 50x Concentrate </td><td> Sigma </td><td> D2532 </td><td></td></tr><tr><td> Albumin fra storfe serum - ≥ 98% </td><td> Sigma </td><td> A7906 </td><td></td></tr><tr><td> Eosin Y disodium salt </td><td> Sigma </td><td> E4382 </td><td> Løs opp i 96-100% etanol til mettet </td></tr><tr><td> Paraformaldehyde </td><td> Sigma </td><td> P6148 </td><td></td></tr><tr><td> Etanol absolutt 200 proof </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Fenol / kloroform </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Base molds </td><td> Electronic Microsocpy Science </td><td> 62352-15 </td><td></td></tr><tr><td> Embedding ringer </td><td> Fisher </td><td> 22-038-197 </td><td></td></tr><tr><td> 20ml disponibel scintillation ampuller, med caps </td><td> VWR </td><td> 66020-326 </td><td></td></tr><tr><td> Probe-on-plus lysbilder </td><td> Fisher </td><td> 22-230-900 </td><td></td></tr><tr><td> Micro dekke briller 24x50 mm </td><td> VWR </td><td> 48404-452 </td><td></td></tr><tr><td> Whatman papir 3mm </td><td> VWR </td><td> 89022-360 </td><td></td></tr><tr><td> Tre glass retter og en Stainless stål skyv stativ </td><td> Electronic Microsocpy Science </td><td> 71420-25 </td><td> To glass dished er nødvendige for histoclear behandling og den siste er brukt til eddiksyre behandling </td></tr><tr><td> 18 rene plastbeholdere </td><td> Electronic Microsocpy Science </td><td> 71402 </td><td></td></tr><tr><td> 2 eller 3 store flate plastkasser med sealable lokk </td><td></td><td></td><td> nødvendig for hybridisering og antistoff trinn </td></tr><tr><td> Fin børster </td><td></td><td></td><td> Hjelp overlate voks bånd </td></tr><tr><td> Mikrotom </td><td></td><td></td><td> Leica </td></tr><tr><td> Selvrensende tørr vakuum system </td><td> Welch </td><td> 2025 </td><td></td></tr><tr><td> Slide varmere </td><td> Fisher </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Oppvarming blokk </td><td></td><td></td><td> nødvendig ved 60 ° C og 85 ° C</td></tr><tr><td> Inkubator ved 58-60 ° C </td><td> Fisher </td><td></td><td> For trinn med smeltet Paraplast </td></tr><tr><td> Ovner eller vannbad til 55 ° C og 37 ° C </td><td> Fisher </td><td></td><td> Trenger to på grunn av den raske endringen mellom temperaturer </td></tr><tr><td> Sentrifuge (4 ° C - 20 ° C) </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Avtrekksskap </td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

in situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants

Med fremskritt i genomforskning av det siste tiåret, har plantebiologi sett tallrike studier presentere store kvantitative analyser av genuttrykk. Microarray og neste generasjons sekvensering tilnærminger blir brukt til å undersøke utviklingsmessige, fysiologiske og stressrespons prosesser, dissekere epigenetic og små RNA stier og bygge store genet regulatoriske nettverk 1-3. Mens disse teknikkene lette samtidig analyse av store gen-sett, de vanligvis gir en svært begrenset i tid og rom oppløsning av genuttrykk endringer. Denne begrensningen kan delvis løses ved hjelp av enten profilering metode i forbindelse med lasermicrodissection eller fluorescens-aktivert celle sortering 4-7. Men for å forstå de biologiske rollen av et gen, er kunnskap av sin tid og rom mønster av uttrykket på en mobil løsning avgjørende. Spesielt når studere utvikling eller effekten av miljømessige STImuli og mutanter kan detaljert analyse av et gen uttrykk mønster blir avgjørende. For eksempel kan subtile kvantitative forskjeller i uttrykket nivåene av viktige regulatoriske gener fører til dramatiske fenotyper når forbundet med tap eller gevinst på uttrykk i spesifikke celletyper. Flere metoder blir rutinemessig brukt for detaljert undersøkelse av genuttrykk mønstre. Den ene er gjennom analyse av transgene reporter linjer. Slike analyser kan imidlertid bli tidkrevende å analysere flere gener eller arbeider i planter gjenstridige til transformasjon. Dessuten er en uavhengig validering for å sikre at transgenet uttrykket mønsteret etterligner at av de endogene gen vanligvis nødvendig. Immunhistokjemisk protein lokalisering eller mRNA in situ hybridisering presentere relativt raske alternativer for direkte visualisering av genuttrykk i celler og vev. Sistnevnte har den klare fordelen at det kan være lett used på noen genet av interesse. In situ hybridisering muliggjør påvisning av target mRNAs i celler ved hybridisering med en merket anti-sense RNA probe innhentet av in vitro transkripsjon av genet av interesse. Her vil vi skissere en protokoll for in situ lokalisering av genuttrykk i planter som er svært følsomhet og spesifikke. Det er optimalisert for bruk med Paraformaldehyde fast, parafin-embedded seksjoner, som gir utmerket bevaring av histologi, og DIG-merket sonder som er visualisert ved immuno-deteksjon og alkalisk-fosfatase kolorimetriske reaksjon. Denne protokollen har blitt brukt til en rekke vev fra et bredt spekter av plantearter, og kan brukes til å analysere uttrykk av mRNA så vel som små RNAS 8-14.

Watch this Scientific Journal Video about In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants at JoVE.com

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

Det<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering protokoll beskrevet her, gjør at en direkte lokalisering av mRNA og små RNA uttrykk på cellenivå med høy sensitivitet og spesifisitet. Prosedyren er optimalisert for parafin-embedded plantevevet seksjoner, gjelder for et bredt spekter av planter og vev, og kan være ferdig innen ti dager.

In Situ Hybridisering for presis lokalisering av Avskrifter i Plants

With the advances in genomics research of the past decade, plant biology has seen numerous studies presenting large-scale quantitative analyses of gene ...

Research

JoVE Journal

Biology

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioaktivt In situ Hybridisering for å oppdage Diverse Gene Expression Mønstre i Tissue

Knowing the timing, level, cellular localization, and cell type that a gene is expressed in contributes to our understanding of the function of the gene. ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

Påvisning av virale RNA ved fluorescens<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering (FISH)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

Analyse av encellede gentranskripsjon av RNA Fluorescent<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Kromosom Replikere Timing Kombinert med fluoriserende<em&gt; I situ</em&gt; Hybridisering

Mammalian DNA replication initiates at multiple sites along chromosomes at different times during S phase, following a temporal replication program. The ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Hele Mount RNA Fluorescent<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering av<em&gt; Drosophila</em&gt; Embryoer

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualisering og analyse av mRNA molekyler med fluorescens<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering i<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MikroRNA<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering for formalinfiksert Nyre Vev

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Enkel metode for fluorescens DNA<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering til knust Kromosomer

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...