Name: in situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants
Uploaded: 2011-11-23T13:00:00
Duration: 12 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants at JoVE.com

Forskning i laboratorium MT stöds av anslag från National Science Foundation (DBI-0.820.610 och IOS-1.022.102) och New York Department of Health (NYSTEM-C024308). CM fick postdoktorala stipendier från det spanska ministeriet för utbildning och vetenskap (2007-0937) och stiftelsen Rafael del Pino, Spanien.

<ol>
	<li>Rensink, W. A., Buell, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+expression+profiling+resources+for+plant+genomics.">Microarray expression profiling resources for plant genomics.</a> Trends. Plant. Sci. 10, 603-609 (2005).</li><li>Li, P., Ponnala, L., Gandotra, N., Wang, L., Si, Y., Tausta, S. L., Kebrom, T. H., Provart, N., Patel, R., Myers, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+developmental+dynamics+of+the+maize+leaf+transcriptome.">The developmental dynamics of the maize leaf transcriptome.</a> Nat. Genet. 42, 1060-1067 (2010).</li><li>Lister, R., O'Malley, R. C., Tonti-Filippini, J., Gregory, B. D., Berry, C. C., Millar, A. H., Ecker, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+integrated+single-base+resolution+maps+of+the+epigenome+in+Arabidopsis.">Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis.</a> Cell. 133, 523-536 (2008).</li><li>Brady, S. M., Orlando, D. A., Lee, J. Y., Wang, J. Y., Koch, J., Dinneny, J. R., Mace, D., Ohler, U., Benfey, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+root+spatiotemporal+map+reveals+dominant+expression+patterns.">A high-resolution root spatiotemporal map reveals dominant expression patterns.</a> Science. 318, 801-806 (2007).</li><li>Brooks, L., Strable, J., Zhang, X., Ohtsu, K., Zhou, R., Sarkar, A., Hargreaves, S., Elshire, R. J., Eudy, D., Pawlowska, T., Ware, D., Janick-Buckner, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+of+shoot+meristem+functional+domains.">Microdissection of shoot meristem functional domains.</a> PLoS. Genet. 5, e1000476-e1000476 (2009).</li><li>Galbraith, D. W., Birnbaum, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+studies+of+cell+type-specific+gene+expression+in+plants.">Global studies of cell type-specific gene expression in plants.</a> Annu. Rev. Plant. Biol. 57, 451-475 (2006).</li><li>Ohtsu, K., Smith, M., Emrich, S., Borsuk, L., Zhou, R., Chen, T., Zhang, X., Timmermans, M., Beck, J., Buckner, B., Janick-Buckner, D., Nettleton, D., Scanlon, M., Schnable, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+gene+expression+analysis+of+the+shoot+apical+meristem+of+maize+(Zea+mays+L.).">Global gene expression analysis of the shoot apical meristem of maize (Zea mays L.).</a> Plant. J. 52, 391-404 (2007).</li><li>Juarez, M. T., Kui, J. S., Thomas, J., Heller, B. A., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=microRNA-mediated+repression+of+rolled+leaf1+specifies+maize+leaf+polarity.">microRNA-mediated repression of rolled leaf1 specifies maize leaf polarity.</a> Nature. 428, 84-88 (2004).</li><li>Kramer, E. M., Irish, V. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolution+of+genetic+mechanisms+controlling+petal+development.">Evolution of genetic mechanisms controlling petal development.</a> Nature. 399, 144-148 (1999).</li><li>Stuurman, J., Jäggi, F., Kuhlemeier, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shoot+meristem+maintenance+is+controlled+by+a+GRAS-gene+mediated+signal+from+differentiating+cells.">Shoot meristem maintenance is controlled by a GRAS-gene mediated signal from differentiating cells.</a> Genes Dev. 16, 2213-2218 (2002).</li><li>Kim, M., McCormick, S., Timmermans, M., Sinha, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+expression+domain+of+PHANTASTICA+determines+leaflet+placement+in+compound+leaves.">The expression domain of PHANTASTICA determines leaflet placement in compound leaves.</a> Nature. 424, 438-443 (2003).</li><li>Kramer, E. M., Holappa, L., Gould, B., Jaramillo, M. A., Setnikov, D., Santiago, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Elaboration+of+B+gene+function+to+include+the+identity+of+novel+floral+organs+in+the+lower+eudicot+Aquilegia.">Elaboration of B gene function to include the identity of novel floral organs in the lower eudicot Aquilegia.</a> Plant Cell. 19, 750-766 (2007).</li><li>Lippman, Z. B., Cohen, O., Alvarez, J. P., Abu-Abied, M., Pekker, I., Paran, I., Eshed, Y., Zamir, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+making+of+a+compound+inflorescence+in+tomato+and+related+nightshades.">The making of a compound inflorescence in tomato and related nightshades.</a> PLoS Biol. 6, e288-e288 (2008).</li><li>Kidner, C., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+as+a+tool+to+study+the+role+of+microRNAs+in+plant+development.">In situ hybridization as a tool to study the role of microRNAs in plant development.</a> Methods. Mol. Biol. 342, 159-179 (2006).</li><li>Jackson, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Double+labeling+of+KNOTTED1+mRNA+and+protein+reveals+multiple+potential+sites+of+protein+trafficking+in+the+shoot.">Double labeling of KNOTTED1 mRNA and protein reveals multiple potential sites of protein trafficking in the shoot.</a> 129, 1423-1429 (2002).</li><li>Jensen, W. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Botanical Histochemistry. , 408-408 (1962).</li><li>Jackson, D., Bowles, D. J., Gurr, S. J., McPherson, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+in+plants.">In situ hybridization in plants.</a> Molecular Plant Pathology: A Practical Approach. , 163-174 (1991).</li><li>Chitwood, D. H., Nogueira, F. T., Howell, M. o. n. t. g. o. m. e. r. y., Carrington, T. A., C, J., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pattern+formation+via+small+RNA+mobility.">Pattern formation via small RNA mobility.</a> Genes. Dev. 23, 549-554 (2009).</li><li>Piette, D., Hendrickx, M., Willems, E., Kemp, C. R., Leyns, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimized+procedure+for+whole-mount+in+situ+hybridization+on+mouse+embryos+and+embryoid+bodies.">An optimized procedure for whole-mount in situ hybridization on mouse embryos and embryoid bodies.</a> Nat. Protoc. 3, 1194-1201 (2008).</li><li>Blilou, I., Xu, J., Wildwater, M., Willemsen, V., Paponov, I., Friml, J., Heidstra, R., Aida, M., Palme, K., Scheres, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+PIN+auxin+efflux+facilitator+network+controls+growth+and+patterning+in+Arabidopsis+roots.">The PIN auxin efflux facilitator network controls growth and patterning in Arabidopsis roots.</a> Nature. 433, 39-44 (2005).</li><li>Jackson, D., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+phyllotaxy+in+maize+by+the+abphyl1+gene.">Control of phyllotaxy in maize by the abphyl1 gene.</a> Development. , 126-315 (1999).</li><li>Chuck, G., Whipple, C., Jackson, D., Hake, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+maize+SBP-box+transcription+factor+encoded+by+tasselsheath4+regulates+bract+development+and+the+establishment+of+meristem+boundaries.">The maize SBP-box transcription factor encoded by tasselsheath4 regulates bract development and the establishment of meristem boundaries.</a> Development. 137, 1243-1250 (2010).</li><li>Long, J. A., Barton, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+development+of+apical+embryonic+pattern+in+Arabidopsis.">The development of apical embryonic pattern in Arabidopsis.</a> Development. 125, 3027-3035 (1998).</li><li>Nogueira, F. T., Chitwood, D. H., Madi, S., Ohtsu, K., Schnable, P. S., Scanlon, M. J., Timmermans, M. C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+small+RNA+accumulation+in+the+maize+shoot+apex.">Regulation of small RNA accumulation in the maize shoot apex.</a> PLoS Genet. 5, e1000320-e1000320 (2009).</li></ol>

Inga intressekonflikter deklareras.

In situ hybridisering metod som beskrivs här låter direkt visualisering av Spatiotemporal uttryck mönster av varje gen av intresse med stor cell upplösning, hög känslighet och specificitet. Protokollet tillåter inte en kvantitativ jämförelse av uttryck nivåer mellan gener. Däremot kan metodens hög känslighet och upplösning avslöja gradienter av genuttryck i en vävnad 8, 18, ​​vilket inte är möjligt med de flesta andra metoder för analys av genuttryck. Protokollet innehåller många steg, vilket kan göra felsökning problematiskt. Den mest kritiska stegen i protokollet är upptagningen av vävnad och urval och märkning av sonden. Dåligt infiltrerat vävnader och sonder med låga DIG bolagsordning kommer att ge mycket svaga signaler som kan vara svåra att upptäcka ovanstående bakgrund. För varje ny gen, är det lämpligt att prova några olika sonder från diffehyra delar av utskriften. Ibland kan två eller tre sonder inriktade på olika mindre regioner av genen behöver kombineras för att få en stark och specifik hybridisering signal. Dessutom, de hybridisering villkor, såsom temperatur och sammansättning hybridisering bufferten kan optimeras för varje gen eller vävnad för att sänka eller öka hybridisering stringens. Även proteas behandling steget är en variabel och kan ändras för att anpassa protokollet för olika växtarter eller för detektering av avskrifter med mycket begränsad omfattning. Införandet av både positiva och negativa kontrollen sonder kan vara till hjälp för att identifiera problematiska punkter i protokollet. Förfarandet är optimerad för paraffininbäddade sektioner växtvävnad men med mindre ändringar kan användas även för hel-montera in situ hybridisering. Även ofta används i djurförsök 19, hela montera in situ hybridisering kommer att limited att plantera vävnader som enkelt kan infiltreras, såsom embryon, rötter eller unga meristematic vävnader 20,21. Protokollet kan även enkelt ändras för att simultant detektera två olika mRNA eller lokalisera avskrifter tillsammans proteiner 15,22,23. Slutligen är det möjligt att utsträcka tillämpningen av denna metod för visualisering av små RNA-uttryck mönster i växter. miRNA uttryck mönster har bestämts med hjälp av detta protokoll i både majs och Arabidopsis 8,14. På senare tid har in vitro transkriberade sonder ersatts av kommersiellt tillgängliga DIG-märkt låst nukleinsyra (LNA) oligo sonder som ökar signal känsligheten 18, 24.

<table border="1"><tbody><tr><th> Produkt </th><th> Företag </th><th> Katalognummer </th><th> Anmärkningar </th></tr><tr><td> Cytoseal 60 4oz </td><td> Fisher </td><td> 23-244-256 </td><td> Toluenbaserade 8310-4 </td></tr><tr><td> Histoclear </td><td> Fisher </td><td> 50-899-90147 </td><td></td></tr><tr><td> Tissue Sökväg Paraplast Plus </td><td> Fisher </td><td> 23-021-400 </td><td></td></tr><tr><td> N + nylon membran Hybond-N + </td><td> GE Healthcare </td><td> RPN203B </td><td></td></tr><tr><td> RNas ut, 40 U / mikroliter </td><td> Invitrogen </td><td> 10777019 </td><td></td></tr><tr><td> RQ1 RNas-Free DNas, 1 U / l </td><td> Promega </td><td> M6101 </td><td></td></tr><tr><td> DIG-märkt Kontroll RNA </td><td> Roche </td><td> 11585746910 </td><td></td></tr><tr><td> DIG RNA märkning mix </td><td> Roche </td><td> 11277073910 </td><td></td></tr><tr><td> SP6 RNA-polymeras 1000 U </td><td> Roche </td><td> 10810274001 </td><tD&gt; </td></tr><tr><td> T3 RNA-polymeras 1000 U </td><td> Roche </td><td> 11031163001 </td><td></td></tr><tr><td> T7 RNA-polymeras 1000 U </td><td> Roche </td><td> 10881767001 </td><td></td></tr><tr><td> RNas-A </td><td> Roche </td><td> 109.142 </td><td> löses i glycerol 50% Tris 100mm pH8.0 </td></tr><tr><td> Blocking Reagent </td><td> Roche </td><td> 1 096 176 </td><td> Värm upp till 70 ° C i TBS buffert </td></tr><tr><td> Anti-Digoxygenin-AP, Fab-fragment från får 150 U </td><td> Roche </td><td> 1 093 274 </td><td></td></tr><tr><td> NBT / BCIP stamlösning </td><td> Roche </td><td> 1 681 451 </td><td></td></tr><tr><td> Mini Quick Spin RNA kolumner </td><td> Roche </td><td> 11814427001 </td><td></td></tr><tr><td> tRNA från E. coli </td><td> Roche </td><td> 109.541 </td><td></td></tr><tr><td> Triton ® X-100 </td><td> Sigma </td><td> T8787 </td><td></td></tr><tr><td> Tween-20</td><td> Sigma </td><td> P9416 </td><td></td></tr><tr><td> Avjoniserat formamid </td><td> Sigma </td><td> F9037 </td><td></td></tr><tr><td> Proteas från Streptomyces griseus Typ XIV </td><td> Sigma </td><td> P5147 </td><td> Späd i milliQ vatten och pre-digest 4 timmar vid 37 ° C </td></tr><tr><td> Trietanolamin </td><td> Sigma </td><td> 90.279 </td><td> Späd med vatten, ta med till pH8.0 med HCl </td></tr><tr><td> Ättiksyraanhydrid </td><td> Sigma </td><td> A6404 </td><td></td></tr><tr><td> Dextransulfat natriumsalt från Leuconostoc SPP. </td><td> Sigma </td><td> D8906-5G </td><td> Dextransulfat ska värmas till 80 ° C för att lösa upp. </td></tr><tr><td> Denhardt lösning 50x Concentrate </td><td> Sigma </td><td> D2532 </td><td></td></tr><tr><td> Albumin från bovint serum - ≥ 98% </td><td> Sigma </td><td> A7906 </td><td></td></tr><tr><td> Eosin Y dinatriumsalt </td><td> Sigma </td><td> E4382 </td><td> Lös upp i 96-100% etanol tills mättad </td></tr><tr><td> Paraformaldehyd </td><td> Sigma </td><td> P6148 </td><td></td></tr><tr><td> Etanol absolut 200 bevis </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Fenol / kloroform </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Base formar </td><td> Elektronisk Microsocpy Science </td><td> 62.352-15 </td><td></td></tr><tr><td> Bädda ringar </td><td> Fisher </td><td> 22-038-197 </td><td></td></tr><tr><td> 20ml disponibel skintillationsflaskor, med lock </td><td> VWR </td><td> 66020-326 </td><td></td></tr><tr><td> Probe-on-plus bilder </td><td> Fisher </td><td> 22-230-900 </td><td></td></tr><tr><td> Micro täckglas 24x50 mm </td><td> VWR </td><td> 48404-452 </td><td></td></tr><tr><td> Whatman papper 3mm </td><td> VWR </td><td> 89022-360 </td><td></td></tr><tr><td> Tre glas rätter och en stainless stål bild rack </td><td> Elektronisk Microsocpy Science </td><td> 71.420-25 </td><td> Två glas kupade är nödvändiga för histoclear behandling och den sista används för ättiksyraanhydrid behandling </td></tr><tr><td> 18 rena plastbehållare </td><td> Elektronisk Microsocpy Science </td><td> 71.402 </td><td></td></tr><tr><td> 2 eller 3 stora platta plastlådor med förslutningsbara lock </td><td></td><td></td><td> krävs för hybridisering och antikroppar steg </td></tr><tr><td> Fina borstar </td><td></td><td></td><td> Hjälp lämna vax band </td></tr><tr><td> Mikrotom </td><td></td><td></td><td> Leica </td></tr><tr><td> Självrengörande torrt vakuumsystem </td><td> Welch </td><td> 2025 </td><td></td></tr><tr><td> Skjut varmare </td><td> Fisher </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Värmeblock </td><td></td><td></td><td> behövs vid 60 ° C och 85 ° C</td></tr><tr><td> Inkubator vid 58-60 ° C </td><td> Fisher </td><td></td><td> För steg med smält Paraplast </td></tr><tr><td> Ugnar eller vattenbad för 55 ° C och 37 ° C </td><td> Fisher </td><td></td><td> Behöver två på grund av den snabba förändringen mellan temperaturer </td></tr><tr><td> Centrifug (4 ° C - 20 ° C) </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Dragskåp </td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

in situ hybridization for the precise localization of transcripts in plants

Med framstegen inom genforskningen det senaste decenniet, har växtbiologi sett ett stort antal studier presentera storskaliga kvantitativa analyser av genuttryck. Microarray och nästa generations förhållningssätt sekvensering som används för att undersöka utvecklingsmässigt, fysiologiskt och stress processer, dissekera epigenetiska och små RNA spridningsvägar och bygga stora gen regleringsnät 1-3. Samtidigt som dessa tekniker underlätta samtidig analys av stora gen-apparater, ger de oftast en mycket begränsad Spatiotemporal upplösning av förändringar genuttryck. Denna begränsning kan delvis övervinnas med hjälp av antingen profilering metod i samband med lasermicrodissection eller fluorescens-aktiverad cell sortering 4-7. Men att till fullo förstå den biologiska rollen av en gen, är kunskap om dess Spatiotemporal mönster av uttryck på cellulär upplösning viktigt. Särskilt när man studerar utvecklingen eller effekterna av miljö-stiMuli och mutanter kan en detaljerad analys av en gen uttryck mönstret blivit avgörande. Till exempel kan subtila kvantitativa skillnader i uttrycket nivåer av centrala gener leda till dramatiska fenotyper då i samband med förlust eller vinst uttryck i specifika celltyper. Flera metoder används rutinmässigt för att en detaljerad granskning av mönster genuttryck. Det ena är genom analys av transgena reporter linjer. En sådan analys kan dock bli tidskrävande vid analys av flera gener eller arbetar i fabriker motsträviga till omvandling. Dessutom är en oberoende validering för att säkerställa att transgenen uttrycket mönstret efterliknar den i endogena genen normalt krävs. Immunhistokemiska protein lokalisering eller mRNA in situ hybridisering närvarande relativt snabbt alternativ för direkt visualisering av genuttryck i celler och vävnader. Den senare har den klara fördelen att den lätt kan used på någon gen av intresse. In situ hybridisering tillåter detektion av mål mRNA i celler genom hybridisering med en märkt anti-sense RNA sond erhålls genom in vitro transkription av genen av intresse. Här redogör vi för ett protokoll för in situ lokalisering av genuttryck i växter som är mycket känslig och specifik. Den är optimerad för användning med paraformaldehyd fast, paraffininbäddade snitt, som ger utmärkt bevarandet av histologi och gräva-märkta prober som är synliga genom immuno-detektion och alkaliska fosfataser kolorimetrisk reaktion. Detta protokoll har framgångsrikt tillämpats på ett antal vävnader från ett brett spektrum av växtarter och kan användas för att analysera uttrycket av mRNA samt små RNA 8-14.

Watch this Scientific Journal Video about In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants at JoVE.com

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

Den<em&gt; På plats</em&gt; Hybridisering protokoll beskrivs här låter en direkt lokalisering av mRNA och små RNA-uttryck på cellnivå med hög känslighet och specificitet. Förfarandet är optimerad för paraffininbäddade sektioner växtvävnad, är tillämplig på ett brett utbud av växter och vävnader, och kan avslutas inom tio dagar.

In Situ Hybridisering för exakt lokalisering av transkript hos växter

With the advances in genomics research of the past decade, plant biology has seen numerous studies presenting large-scale quantitative analyses of gene ...

Research

JoVE Journal

Biology

In Situ Hybridization for the Precise Localization of Transcripts in Plants

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

Dubbel Hela Montera in situ hybridisering för tidig kycklingembryon

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

Fluorescens På plats Hybridisering (FISH) Protokoll i mänskliga spermier

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioaktivt In situ Hybridisering för Upptäcka Diverse Mönster genuttryck i Tissue

Knowing the timing, level, cellular localization, and cell type that a gene is expressed in contributes to our understanding of the function of the gene. ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

Detektering av viralt RNA genom Fluorescens<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering (FISH)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

Analys av encelliga gentranskription av RNA-lysrör<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Kromosom Replikera Timing kombination med fluorescerande<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering

Mammalian DNA replication initiates at multiple sites along chromosomes at different times during S phase, following a temporal replication program. The ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Hel Mount RNA Lysrör<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering av<em&gt; Drosophila</em&gt; Embryon

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualisering och analys av mRNA-molekyler användning av fluorescens<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering i<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

MikroRNA<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering för formalinfixerad njurvävnad

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Enkel metod för fluorescens-DNA<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering till kläm Kromosomer

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...