Name: following cell-fate in e. coli after infection by phage lambda
Uploaded: 2011-10-14T13:00:00
Duration: 6 min 10 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Following Cell-fate in E. coli After Infection by Phage Lambda at JoVE.com

Damos las gracias a Michael y Jean Feiss Sippy para la orientación en la creación de fagos y purificación. Damos las gracias a Michael Elowitz para proporcionar el software de reconocimiento celular, Schnitzcell. El trabajo en el laboratorio de Golding es apoyado por becas de los Institutos Nacionales de Salud (R01GM082837), la National Science Foundation (082.265, PFC: Centro para la Física de las células vivas), la Fundación Welch (Grant Q-1759) y Ciencia Human Frontier Programa (PRG 70/2008).

<ol>
	<li>Oppenheim, A. B., Kobiler, O., Stavans, J., Court, D. L., Adhya, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Switches+in+bacteriophage+lambda+development.">Switches in bacteriophage lambda development.</a> Annu. Rev. Genet. 39, 409-429 (2005).</li><li>Ptashne, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> A genetic switch : phage lambda revisited. , (2004).</li><li>Hendrix, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Lambda II. , (1983).</li><li>Hershey, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Bacteriophage lambda. , (1971).</li><li>Zeng, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Decision+making+at+a+subcellular+level+determines+the+outcome+of+bacteriophage+infection.">Decision making at a subcellular level determines the outcome of bacteriophage infection.</a> Cell. 141, 682-691 (2010).</li><li>Edgar, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteriophage+infection+is+targeted+to+cellular+poles.">Bacteriophage infection is targeted to cellular poles.</a> Mol. Microbiol. , (2008).</li><li>Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Current protocols in molecular biology. , (1994).</li><li>Sambrook, J., Russell, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Molecular cloning : a laboratory manual. , (2001).</li><li>Fasman, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Practical handbook of biochemistry and molecular biology. , (1989).</li><li>Kaiser, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+internal+structure+of+bacteriophage+lambda.">On the internal structure of bacteriophage lambda.</a> J. Gen. Physiol. 49, 171-178 (1966).</li><li>Kobiler, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+kinetic+analysis+of+the+bacteriophage+lambda+genetic+network.">Quantitative kinetic analysis of the bacteriophage lambda genetic network.</a> Proc Natl Acad Sci. 102, 4470-4475 (2005).</li><li>Shaner, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+monomeric+red,+orange+and+yellow+fluorescent+proteins+derived+from+Discosoma+sp.+red+fluorescent+protein.">Improved monomeric red, orange and yellow fluorescent proteins derived from Discosoma sp. red fluorescent protein.</a> Nat. Biotechnol. 22, 1567-1572 (2004).</li><li>Zeng, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Personal communication with M. Feiss. , .</li><li>Schwartz, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+adsorption+of+coliphage+lambda+to+its+host:+effect+of+variations+in+the+surface+density+of+receptor+and+in+phage-receptor+affinity.">The adsorption of coliphage lambda to its host: effect of variations in the surface density of receptor and in phage-receptor affinity.</a> J. Mol. Biol. 103, 521-536 (1976).</li></ol>

No hay conflictos de interés declarado.

Cepas bacterianas, fagos y plásmidos: La cepa LE392 es supF. Fue elegida para suprimir la mutación SAM7 en el genoma del fago (véase la Tabla 1 para detalles). Por lo tanto, lisógenos inducidos finalmente lisis y libera partículas de fagos, como células infectadas que han optado por la vía lítica. Células lisogénicas se cultivan a 30 ° C debido a la presencia de la temperatura cI sensible alelo 857 en el genoma del fago. Después de la inducción de calor, GPD-EYFP y de tipo salvaje grupo D se co-expresan a partir del genoma de λ LZ1 y la pPlate plásmido * D respectivamente. Como resultado, la cápside de la recién creada LZ2 fago λ contiene una mezcla de GPD-EYFP y proteínas GPD. Este fago mosaico es estructuralmente estable y fluorescente suficientemente para permitir la detección de fagos individuales 5. pP RE - mCherry es un plásmido utilizado para detectar elección de la pathwa lisogénicoy. El RE promotor P se activa por CII durante el establecimiento de la lisogenia 1,11. pP RE - mCherry 5 se deriva de pE-gfp 11 mediante la sustitución de las buenas prácticas agrarias con mCherry 12. Para más detalles vea nuestro trabajo anterior 5. Parámetros de Crecimiento Estado: Durante la inducción lisógeno (Sección 1), agitación suave a 180 rpm da un rendimiento bueno virus 13. El uso de la glucosa en el medio de crecimiento debe ser evitado como metabolismo de la glucosa genera productos metabólicos ácidos, y partículas maduras lambda son inestables a pH ácido 13. La adición de MgSO 4 está dirigido a la estabilización de la cápside del fago 3. Para los fagos portadores de tipo salvaje cI (en lugar de cI 857), el lisógeno puede ser inducida mediante el C daña el ADN Mitomicina agente 3. En el paso 1.3, la incubación a 37 ° C no debe ser superior a 90 minutos. Es USEF<html> ul para comprobar la densidad celular por OD 600 cada 30 min. Por un lisado buena, OD 600 cae a alrededor de 0,2 o menos, y el restante OD 600 es un resultado de los restos celulares. Incubando durante demasiado tiempo puede resultar en un rendimiento inferior fago desde el fago recién creada puede comenzar a inyectar su ADN en los restos celulares. Para obtener una banda de fago visible (por lo menos 1 x 10 11 partículas de fago) en los pasos 2,11 y 2,13, crecer al menos 500 ml de cultivo en el paso 1,2. La adición de 0,2% de maltosa en el medio de crecimiento en los Pasos 5,1 y 5,2 está dirigido a inducir la expresión de cordero, el receptor para el fago lambda adsorción 3,14. La dilución de 1000 veces en lugar de 100 veces en el paso 5.2 está dirigida a reducir el nivel de fondo de la mCherry RE reportero plásmido pP - mCherry. En el paso 5,5 para la inyección de ADN de fago de activación, 35 ° C se elige para evitar la inducción del alelo cI857 sensible a la temperatura. Fago Purificación: jove_content &quot;&gt; Las etapas de purificación de fagos (Pasos 2,1 a través de 2,11) se puede reemplazar con otros protocolos de purificación 5, pero el final a través de ultracentrifugación en gradiente de equilibrio de CsCl (Pasos 2,12 y 2,13) ​​es inevitable. Rotores basculantes son necesarios en los pasos 2,10 y 2,12 a asegurar afilados bandas de fagos visibles. Obtención de un stock de fago puro puede tardar hasta una semana, por lo que es necesario comprobar el título del fago en el camino para asegurarse de que nada va mal durante los pasos intermedios. Fago Manipulación: Durante todos los procedimientos de purificación en la Sección 2, que es crítico para manejar fago lisado suavemente para evitar la cizalladura colas de fago a partir de cabezas de fagos. Durante la infección de células en la Sección 5 (por ejemplo, a través de los pasos 5,5 5,7), también es crítica para evitar el cizallamiento de las partículas de fagos de la célula infectada. Tenga en cuenta que si el fago se cizalla de la célula infectada después de inyectar su ADN, el resultado es un &quot;oscuro&quot; infección, es decir, en lafection resultado se observó en el experimento pero el fago infecta no. Para minimizar tales problemas, se usa una punta de pipeta de ancho cuando el manejo de los fagos o de la mezcla fago / células. DAPI Pruebas: La tinción de los stock de fago con DAPI (Sección 4) es un método rápido y eficiente para comprobar la pureza de la población de fagos. También se puede utilizar para comprobar la posible degradación de un stock de fago existente en el tiempo. Para una acción pura, la co-localización de las señales de YFP y DAPI bajo el microscopio de fluorescencia debe ser cercana a 100%. Nos típicamente observar que menos del 1% de los puntos YFP no contienen DAPI (representando cápsidas sin el genoma viral), lo que indica que estas partículas no con éxito empaquetar el ADN viral o había inyectado ya su ADN en otro lugar. Menos del 1% de los puntos DAPI no contienen YFP (correspondiente a los fagos no fluorescentes). Si este no es el caso, a través de los pasos 2,12 2,14 necesidad a repetirse en OrDer para purificar de nuevo. Con respecto a los parámetros de imagen, la configuración de microscopio en el Paso 4,3 no es tan crítica como en la Sección 5 porque no a largo plazo de células vivas de imágenes se requiere aquí. Sin embargo, mantener la configuración de microscopía mismos como en la sección 5 es útil si se quiere calibrar la intensidad de fluorescencia de una partícula de fago único. Si la losa de PBS-agarosa no está muy limpio, o demasiado DAPI colorante se utiliza, algunos puntos correspondientes a DAPI ADN del fago puede estar rodeado de un &quot;halo&quot;. Si tinte DAPI se usa demasiado poco, la señal del canal de DAPI puede ser muy débil. Microscopio Sistema: Para la formación de imágenes en la sección 6, se utiliza un microscopio de epifluorescencia invertida comercial (Eclipse TE2000-E, Nikon) con un objetivo de 100x (Plan Fluo, apertura numérica 1,40, aceite de inmersión) y conjuntos de filtros estándar (Nikon). La fuente de luz fluorescente es una lámpara de arco con control de intensidad de luz. Las siguientes funciones están controladas por ordenador: x, y y z poción, campo claro y fluorescencia persianas y selección de filtro de fluorescencia. Una función de enfoque automático se requiere. De lo contrario, el enfoque puede fácilmente desviarse durante la película de lapso de tiempo (normalmente de 4 horas de duración). La capacidad de adquirir múltiples posiciones (x, y) en cada punto de tiempo es útil, ya que permite a los acontecimientos múltiples de infección en paralelo. Por lo general adquieren 8 posiciones de escena en cada película, después de un máximo de 100 eventos de infección. La cámara que utilizamos es una solución enfriada CCD con 512x512 píxeles de la cámara de 16x16 micras con un rango dinámico de 16 bits (Cascade512, Fotometría). La adquisición se realizó utilizando el software Metamorph (Molecular Devices). El microscopio debe ser colocado en una habitación con temperatura controlada, como alternativa, la platina del microscopio debe ser rodeado por una cámara de temperatura controlada. Adquisición de imágenes: En vivo imágenes de células, es fundamental para evitar la exposición innecesaria de la muestra, lo que podría conducir a la decoloración y phototoxicity. Por lo tanto, es mejor para caracterizar primero el sistema para encontrar una exposición óptima de la luz que permite la detección de fluorescencia, mientras que no conduce a un crecimiento celular excesivo blanqueamiento o inhibición. Para obtener una imagen de fluorescencia bueno, jugar con la intensidad de la luz excitante, tiempo de exposición y ganancia de la cámara. En los pasos 6.2-6.3, el intervalo de 10 min marco se elige con el fin de minimizar la exposición de la luz. En cada trama, sólo un único foco en-imagen que se necesita en contraste de fase (para el reconocimiento de células) y los canales fluorescentes (para determinar el destino de células). En el primer punto de tiempo, sin embargo, múltiples posición z imágenes a través del canal de YFP son necesarios para capturar todos los fagos que infectan en la superficie celular. El tiempo de exposición YFP en el marco inicial también puede necesitar ser mayor que el utilizado para la película de lapso de tiempo en los marcos de tiempo posteriores. Análisis de imagen: Muy cuidadosamente contar partículas de fago alrededor de la superficie de la célula en el paso 7,1. Comose señaló anteriormente, tomamos una serie de z-pilas a través del canal YFP en el Paso 6.2. Sin embargo, esto puede hacer que algunas partículas de fago fluorescentes fuera de foco, que pone a prueba el recuento. La longitud de la célula en el período de tiempo inicial se mide utilizando el software Metamorph. La longitud de la célula también se puede medir por ImageJ o otras herramientas de software. Adicionalmente, un hogar automatizado construido programa Matlab puede ser muy útil en la obtención de información tales como el cambio de fluorescencia con el tiempo a lo largo de los linajes celulares.

<table border="1"><tbody><tr><td> Nombre del reactivo </td><td> Empresa </td><td> Número de catálogo </td></tr><tr><td> Cloroformo </td><td> Fisher Scientific </td><td> C298-500 </td></tr><tr><td> NaCl </td><td> Fisher Scientific </td><td> S271-3 </td></tr><tr><td> DNasa I </td><td> Sigma </td><td> D4527-10KU </td></tr><tr><td> RNasa </td><td> Sigma </td><td> R4642-10MG </td></tr><tr><td> PEG8000 </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP233-1 </td></tr><tr><td> Tampón SM </td><td> Teknova </td><td> S0249 </td></tr><tr><td> NZYM </td><td> Teknova </td><td> N2062 </td></tr><tr><td> CsCl </td><td> Sigma </td><td> C3011-250G </td></tr><tr><td> Jeringa </td><td> Becton Dickinson </td><td> 309585 </td></tr><tr><td> Aguja </td><td> Becton Dickinson </td><td> 305176 </td></tr><tr><td> Diálisis casete </td><td> Thermo Scientific </td><td> 66333 </td></tr><tr><td> Portaobjetos del microscopio </td><td> Corning </td><td> 2947-75x50 </td></tr><tr><td> Agarosa </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP160-100 </td></tr><tr><td> SW40Ti ultra-transparente tubo </td><td> Beckman Coulter </td><td> 344060 </td></tr><tr><td> SW60Ti ultra-transparente tubo </td><td> Beckman Coulter </td><td> 344062 </td></tr><tr><td> SW40Ti rotor </td><td> Beckman Coulter </td><td> 331302 </td></tr><tr><td> SW60Ti rotor </td><td> Beckman Coulter </td><td> 335649 </td></tr><tr><td> Refractómetro </td><td> Fisher Scientific </td><td> 13-947 </td></tr><tr><td> Microscopio de epifluorescencia </td><td> Nikon </td><td> Eclipse TE2000-E </td></tr></tbody></table> Tabla 2. Reactivos y equipo.

following cell-fate in e. coli after infection by phage lambda

El sistema comprende bacteriófago (fago) lambda y la bacteria E. coli ha servido durante mucho tiempo como un paradigma para el 1,2 determinación de la celda de destino. Después de la infección simultánea de la célula por un número de fagos, una de las dos vías se elige: lítico (virulento) o lisogénico (inactivo) 3,4. Recientemente hemos desarrollado un método para fluorescentemente etiquetado fagos individuales, y fueron capaces de examinar la decisión después de la infección en tiempo real bajo el microscopio, en el nivel de fagos individuales y las células 5. A continuación, se describe el procedimiento completo para realizar los experimentos de infección descritos en nuestro anterior trabajo 5. Esto incluye la creación de fagos fluorescentes, infección de las células, formación de imágenes en el microscopio y el análisis de datos. El fago fluorescente es un &quot;híbrido&quot;, co-expresan versiones de tipo salvaje y YFP fusión de la proteína de la cápside GPD. Un lisado de fago en bruto se obtuvo por primera vez mediante la inducción de un lisógeno de la (GPD-EYFP Enhbrado Yellow Fluorescent Protein) de fagos, que alberga un plásmido que expresa salvaje grupo D tipo. Una serie de pasos de purificación se realiza a continuación, seguido por DAPI-etiquetado y la formación de imágenes en el microscopio. Esto se hace con el fin de verificar la uniformidad, la eficacia de empaquetamiento del ADN, la señal de fluorescencia y la estabilidad estructural del stock de fago. La adsorción inicial de fagos a las bacterias se realizaron en hielo, a continuación, seguido por una breve incubación a 35 ° C para provocar la inyección de ADN viral 6. El fago / mezcla de bacterias se mueve entonces a la superficie de una losa delgada de agar nutriente, cubierto con un cubreobjetos y fotografiado bajo un microscopio de epifluorescencia. El proceso de post-infección se siguió durante 4 horas, a intervalos de 10 min. Múltiples posiciones de fase se realiza un seguimiento de tal manera que ~ 100 infecciones de células se puede rastrear en un solo experimento. En cada punto de posición y el tiempo, las imágenes se adquieren en el contraste de fase y canales fluorescentes rojas y verdes. La imagen de contraste de fase se utiliza posteriormente para la automatización cell reconocimiento, mientras que los canales fluorescentes se utilizan para caracterizar la infección por resultado: la producción de nuevos fagos fluorescente (verde) seguido por la lisis celular, o la expresión de los factores de lisogenia (rojo) seguido por el crecimiento celular y la división se reanuda. Los adquiridos time-lapse películas se procesan utilizando una combinación de métodos manuales y automatizados. Resultados Los datos de análisis en la identificación de los parámetros de infección para cada evento infección (por ejemplo, número y posiciones de infectar a los fagos), así como resultado la infección (lisis / lisogenia). Los parámetros adicionales se puede extraer si se desea.

Watch this Scientific Journal Video about Following Cell-fate in E. coli After Infection by Phage Lambda at JoVE.com

Following Cell-fate in E. coli After Infection by Phage Lambda

Este artículo describe el procedimiento para la preparación de una versión marcado fluorescentemente de bacteriófago lambda, la infección de<em&gt; E. coli</em&gt; Bacterias, tras el resultado infección bajo el microscopio, y el análisis de los resultados de la infección.

A raíz de la celda de destino en<em&gt; E. coli</em&gt; Después de la infección por fagos Lambda

The system comprising bacteriophage (phage) lambda and the bacterium E. coli has long served as a paradigm for cell-fate determination1,2. Following the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Following Cell-fate in E. coli After Infection by Phage Lambda

Monitoring Immune Cells Trafficking Fluorescent Prion Rods Hours after Intraperitoneal Infection

Monitoreo células inmunes Tráfico Varillas fluorescente priones horas de la infección intraperitoneal

Presence of an abnormal form a host-encoded prion protein (PrPC) that is protease resistant, pathologic and infectious characterizes prion diseases such ...

Investigación

Inmunología e Infección

Use of Artificial Sputum Medium to Test Antibiotic Efficacy Against Pseudomonas aeruginosa in Conditions More Relevant to the Cystic Fibrosis Lung

Use of Artificial Sputum Medium to Test Antibiotic Efficacy Against Pseudomonas aeruginosa in Conditions More Relevant to the Cystic Fibrosis Lung

Uso de un medio artificial de esputo para probar la eficacia de antibióticos contra la<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em&gt; En condiciones más pertinentes a la fibrosis quística pulmonar

There  is growing concern about the relevance of in vitro antimicrobial  susceptibility tests when applied to isolates of P. aeruginosa from  cystic ...

Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

Extracción de proteínas totales y 2-D Métodos gel de electroforesis para<em&gt; Burkholderia</em&gt; Especies

The investigation of  the intracellular protein levels of bacterial species is of importance to  understanding the pathogenic mechanisms of diseases ...

Scalable High Throughput Selection From  Phage-displayed Synthetic Antibody Libraries

Escalable de alto rendimiento seleccion de bibliotecas de anticuerpos sintéticos fagos

The demand for antibodies that fulfill the needs of both basic and clinical research applications is high and will dramatically increase in the future. ...

Non-Invasive Model of Neuropathogenic Escherichia coli Infection in the Neonatal Rat

Non-Invasive Model of Neuropathogenic Escherichia coli Infection in the Neonatal Rat

Modelo no invasiva de neuropatogénico<em&gt; Escherichia coli</em&gt; La infección en Neonatología Rata

Investigation of the interactions between animal host and bacterial pathogen is only meaningful if the infection model employed replicates the principal ...

Phage Phenomics: Physiological Approaches to Characterize Novel Viral Proteins

Fenómica fagos: enfoques fisiológicos para caracterizar Novela Virales Proteínas

Current investigations into phage-host interactions are dependent on extrapolating knowledge from (meta)genomes. Interestingly, 60 - 95% of all phage ...

Transformation of Probiotic Yeast and Their Recovery from Gastrointestinal Immune Tissues Following Oral Gavage in Mice

Transformación de la levadura probiótica y su recuperación de tejidos gastrointestinales inmune después de alimentación forzada oral en ratones

Development of recombinant oral therapy would allow for more direct targeting of the mucosal immune system and improve the ability to combat ...

Foodborne Pathogen Screening Using Magneto-fluorescent Nanosensor: Rapid Detection of E. Coli O157:H7

Foodborne Pathogen Screening Using Magneto-fluorescent Nanosensor: Rapid Detection of E. Coli O157:H7

Patógenos de transmisión alimentaria proyección utilizando Magneto-fluorescente Nanosensor: Detección rápida de e. Coli O157: H7

Enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 has been linked to both waterborne and foodborne illnesses, and remains a threat despite the food- and ...

Detection of Enterohemorrhagic Escherichia Coli Colonization in Murine Host by Non-invasive In Vivo Bioluminescence System

Detection of Enterohemorrhagic Escherichia Coli Colonization in Murine Host by Non-invasive In Vivo Bioluminescence System

Detección de la colonización de Escherichia Coli enterohemorrágica en anfitrión murino no invasiva In Vivo el sistema de bioluminiscencia

Enterohemorrhagic E. coli (EHEC) O157:H7, which is a foodborne pathogen that causesdiarrhea, hemorrhagic colitis (HS), and hemolytic uremic syndrome ...

Creation of a Dense Transposon Insertion Library Using Bacterial Conjugation in Enterobacterial Strains Such As Escherichia Coli or Shigella flexneri

Creation of a Dense Transposon Insertion Library Using Bacterial Conjugation in Enterobacterial Strains Such As Escherichia Coli or Shigella flexneri

Creación de un denso Transposon inserción biblioteca usando Conjugación bacteriana en cepas enterobacterianas tales como Escherichia Coli o Shigella flexneri

Transposon mutagenesis is a method that allows gene disruption via the random genomic insertion of a piece of DNA called a transposon. The protocol below ...