Name: quantitative comparison of cis-regulatory element (cre) activities in transgenic drosophila melanogaster
Uploaded: 2011-12-19T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster at JoVE.com

نشكر : نيكولا Gompel وبنيامين برودوم لمساهماتها في تطوير هذا البروتوكول ؛ ميليسا ويليامز ، وأربعة للحصول على تعليقات المراجعين المجهولين على المخطوطة ، وكلية الدراسات العليا في جامعة دايتون للزمالات الأبحاث لحرب ، وعلم الأحياء في جامعة دايتون القسم ومعهد البحوث (UDRI) لدعم البحوث لTMW. وأيد هذا العمل من قبل أمريكا 11BGIA7280000 القلب المنح لجمعية TMW.

نظرة عامة : هذا الفيديو يوضح بروتوكول قادرة على قياس الكمي لأنشطة تنظيمية لرابطة الدول المستقلة الجين التنظيم متواليات (CRE) عنصر في melanogaster (دال) ذبابة الفاكهة. ويمكن استخدام هذا البروتوكول للمقارنة بين الأنشطة التنظيمية التي ت...

<ol>
	<li>Davidson, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Regulatory+Genome.">The Regulatory Genome.</a> Gene Regulatory Networks in Development and Evolution. , (2006).</li><li>Wray, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolutionary+significance+of+cis-regulatory+mutations.">The evolutionary significance of cis-regulatory mutations.</a> Nat. Rev. Genet. 8, 206-216 (2007).</li><li>Stern, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+developmental+biology+and+the+problem+of+variation.">Evolutionary developmental biology and the problem of variation.</a> Evolution. 54, 1079-1091 (2000).</li><li>Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evo-devo+and+an+expanding+evolutionary+synthesis:+a+genetic+theory+of+morphological+evolution.">Evo-devo and an expanding evolutionary synthesis: a genetic theory of morphological evolution.</a> Cell. 134, 25-36 (2008).</li><li>Sethupathy, P., Collins, F. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+target+site+polymorphisms+and+human+disease.">MicroRNA target site polymorphisms and human disease.</a> Trends Genet. 24, 489-497 (2008).</li><li>Visel, A., Rubin, E. M., Pennacchio, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+views+of+distant-acting+enhancers.">Genomic views of distant-acting enhancers.</a> Nature. 461, 199-205 (2009).</li><li>Spradling, A. C., Rubin, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transposition+of+cloned+P+elements+into+Drosophila+germ+line+chromosomes.">Transposition of cloned P elements into Drosophila germ line chromosomes.</a> Science. 218, 341-347 (1982).</li><li>Bischof, J., Maeda, R. K., Hediger, M., Karch, F., Basler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimized+transgenesis+system+for+Drosophila+using+germ-line-specific+phiC31+integrases.">An optimized transgenesis system for Drosophila using germ-line-specific phiC31 integrases.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104, 3312-3317 (2007).</li><li>Groth, A. C., Fish, M., Nusse, R., Calos, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Construction+of+transgenic+Drosophila+by+using+the+site-specific+integrase+from+phage+phiC31.">Construction of transgenic Drosophila by using the site-specific integrase from phage phiC31.</a> Genetics. 166, 1775-1782 (2004).</li><li>Venken, K. J., He, Y., Hoskins, R. A., Bellen, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=P[acman]:+a+BAC+transgenic+platform+for+targeted+insertion+of+large+DNA+fragments+in+in+D.+melanogaster.">P[acman]: a BAC transgenic platform for targeted insertion of large DNA fragments in in D. melanogaster.</a> Science. 314, 1747-1751 (2006).</li><li>Markstein, M., Pitsouli, C., Villalta, C., Celniker, S. E., Perrimon, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Exploiting position effects and the gypsy retrovirus insulator to engineer precisely expressed transgenes. , (2008).</li><li>Rebeiz, M., Pool, J. E., Kassner, V. A., Aquadro, C. F., Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stepwise+modification+of+a+modular+enhancer+underlies+adaptation+in+a+Drosophila+population.">Stepwise modification of a modular enhancer underlies adaptation in a Drosophila population.</a> Science. 326, 1663-1667 (2009).</li><li>Williams, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+regulation+and+evolution+of+a+genetic+switch+controlling+sexually+dimorphic+traits+in+Drosophila.">The regulation and evolution of a genetic switch controlling sexually dimorphic traits in Drosophila.</a> Cell. 134, 610-623 (2008).</li><li>Shirangi, T. R., Dufour, H. D., Williams, T. M., Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+evolution+of+sex+pheromone-producing+enzyme+expression+in+Drosophila.">Rapid evolution of sex pheromone-producing enzyme expression in Drosophila.</a> PLoS biology. 7, e1000168-e1000168 (2009).</li><li>Barolo, S., Carver, L. A., Posakony, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GFP+and+beta-galactosidase+transformation+vectors+for+promoter/enhancer+analysis+in+Drosophila.">GFP and beta-galactosidase transformation vectors for promoter/enhancer analysis in Drosophila.</a> BioTechniques. 29, 726-732 (2000).</li><li>Fish, M. P., Groth, A. C., Calos, M. P., Nusse, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Creating transgenic Drosophila by microinjecting the site-specific phiC31 integrase mRNA and a transgene-containing donor plasmid. , (2007).</li><li>Ashburner, M., Golic, K. G., Hawley, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Drosophila: A laboratory handbook. , (2005).</li><li>Abramoff, M. D., Magelhaes, P. S., Ram, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image+Processing+with+ImageJ.">Image Processing with ImageJ.</a> Biophotonics International. 11, 36-42 (2004).</li><li>Musunuru, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+noncoding+variant+to+phenotype+via+SORT1+at+the+1p13+cholesterol+locus.">From noncoding variant to phenotype via SORT1 at the 1p13 cholesterol locus.</a> Nature. 466, 714-721 (2010).</li></ol>

رابطة الدول المستقلة عناصر التنظيم ترميز البرنامج الجيني الذي يحدد أنماط التعبير الجيني ، وبالتالي في عملية التنمية 1 ، ومواقع بارزة لكل من الطفرات الكامنة وراء تطور المورفولوجية 2-4 والتباين المظهري لصفات الإنسان 5،6،19. على الرغم من هذه الأهمي?...

quantitative comparison of cis-regulatory element (cre) activities in transgenic drosophila melanogaster

يتم تحديد أنماط التعبير الجيني من قبل رابطة الدول المستقلة التنظيم متواليات (CRE) عنصر ، والتي تسمى أيضا القدرة على رابطة الدول المستقلة أو وحدات تنظيمية. إن لجنة المساواة العرقية نموذجية تمتلك ترتيب المواقع ملزمة لعدة بروتينات عامل النسخ التي تمنح منطق تنظيمية تحدد متى وأين ، وعلى أي مستوى يتم التعبير عن هذا الجين للوائح (ق). مجموعة كاملة من CREs داخل الجينوم الحيواني بترميز البرنامج الحي للتنمية 1 ، والتجريبية ، وكذلك الدراسات النظرية تشير إلى أن طفرات في CREs لعبت دورا بارزا في تطور المورفولوجية 2-4. علاوة على ذلك ، الجينوم البشري واسعة جمعية دراسات تشير إلى أن الاختلاف الجيني في CREs يسهم بشكل كبير في الاختلاف المظهري 5،6. وبالتالي ، فهم المنطق التنظيمي ، وكيف تؤثر الطفرات هذا المنطق هو الهدف الرئيسي لعلم الوراثة. الجينات المحورة مراسل توفير وسيلة قوية لدراسة في FUNC فيفونشوئها من CREs. هنا يقترن تسلسل CRE معروفة أو يشتبه في المروج غيروي وتسلسل الجين الترميز لترميز مراسل منتج البروتين يمكن ملاحظتها بسهولة. عندما يتم إدراج التحوير الصحفي إلى كائن المضيف ، ونشاط لجنة المساواة العرقية لتصبح مرئية في شكل البروتين مراسل المشفرة. وقد استخدمت ف العنصر transgenesis توسط في ذبابة الفاكهة ذبابة الفاكهة الأنواع (دال) melanogaster 7 على مدى عقود لإدخال الجينات المحورة المراسل في هذا الحي النموذجي ، على الرغم من أن التنسيب الجينومية من الجينات المحورة عشوائي. وبالتالي ، يتأثر بقوة مراسل نشاط الجينات من لونين الجينات المحلية والبيئة ، والحد من المقارنات لجنة المساواة العرقية النوعي الحاضر. في السنوات الأخيرة ، تم تعديل نظام التكامل phiC31 استنادا لاستخدامها في melanogaster دال لادخال الجينات المحورة في مواقع محددة الجينوم الهبوط 8-10. جعلت هذه القدرة على القياس الكمي للجينات ، وذات الصلة هنا ، لجنة المساواة العرقية النشاط 11-13 الحديدasible. ويمكن إنتاج ذباب الفاكهة المعدلة وراثيا يمكن الاستعانة بمصادر خارجية ، بما في ذلك على أساس التكامل phiC31 ، مما يلغي الحاجة لشراء معدات باهظة الثمن و / أو لديها الكفاءة في البروتوكولات المتخصصة حقن التحوير. هنا ، نقدم بروتوكول عام لتقييم كمي لنشاط لجنة المساواة العرقية ، وتبين كيف يمكن استخدام هذه الطريقة لقياس الآثار المترتبة على الطفرة أدخلت على نشاط لجنة المساواة العرقية ومقارنة أنشطة CREs orthologous. على الرغم من أن الأمثلة المذكورة هي لجنة المساواة العرقية نشط خلال التحول ذبابة الفاكهة ، يمكن تطبيق النهج المتبع في مراحل النمو الأخرى ، وأنواع ذبابة الفاكهة ، أو الكائنات النموذج. في نهاية المطاف ، يجب استخدام أكثر انتشارا لهذا النهج إلى CREs دراسة مسبقة لفهم منطق التنظيمية والمنطق كيف يمكن أن تختلف وتتطور.

Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster at JoVE.com

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

يمكن الاختلاف المظهري لصفات نتيجة طفرات في رابطة الدول المستقلة التنظيم متواليات (CRE) العناصر التي تحكم أنماط التعبير الجيني. ويمكن اشتقاق طرق لاستخدامها في melanogaster ذبابة الفاكهة مقارنة كميا مستويات الأنماط المكانية والزمانية في التعبير الجيني بوساطة لجنة المساواة العرقية المتغيرات تعديل أو طبيعيا.

الكمية مقارنة رابطة الدول المستقلة التنظيم العنصر (لجنة المساواة العرقية) في الأنشطة المعدلة وراثيا ذبابة الفاكهة السوداء البطن</em

Gene expression patterns are specified by cis-regulatory element (CRE) sequences, which are also called enhancers or cis-regulatory modules. A typical CRE ...

Research

JoVE Journal

Biology

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element (CRE) Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Dissection of Larval CNS in Drosophila Melanogaster

تشريح الجهاز العصبي المركزي اليرقات في Melanogaster ذبابة الفاكهة

The central nervous system (CNS) of Drosophila larvae is complex and poorly understood.  One way to investigate the CNS is to use immunohistochemistry to ...

High-Resolution Video Tracking of Locomotion in Adult Drosophila Melanogaster

عالية الدقة تعقب الفيديو للتنقل في الكبار ذبابة الفاكهة السوداء البطن

Flies provide an important model for studying complex behavior due to the plethora of genetic tools available to researchers in this field.  Studying ...

Monitoring Heart Function in Larval Drosophila melanogaster for Physiological Studies

Monitoring Heart Function in Larval Drosophila melanogaster for Physiological Studies

رصد وظيفة القلب في اليرقات ذبابة الفاكهة السوداء البطن للدراسات فسيولوجية

We present various methods to record cardiac function in the larval Drosophila. The approaches allow heart rate to be measured in unrestrained  and  ...

Live Imaging Of Drosophila melanogaster Embryonic Hemocyte Migrations

Live Imaging Of Drosophila melanogaster Embryonic Hemocyte Migrations

يعيش تصوير ذبابة الفاكهة السوداء البطن هجرات كرية دموية الجنينية

Many studies address cell migration using in vitro methods, whereas the physiologically relevant environment is that of the organism itself. Here we ...

Dissection of Oenocytes from Adult Drosophila melanogaster

Dissection of Oenocytes from Adult Drosophila melanogaster

تشريح Oenocytes من الكبار ذبابة الفاكهة السوداء البطن</em

In Drosophila melanogaster, as in other insects, a waxy layer on the outer surface of the cuticle, composed primarily of hydrocarbon compounds, provides ...

Isolation of Drosophila melanogaster Testes

Isolation of Drosophila melanogaster Testes

عزلة ذبابة الفاكهة السوداء البطن الخصيات

The testes of Drosophila melanogaster provide an important model for the study of stem cell maintenance and differentiation, meiosis, and soma-germline ...

Measurement of Lifespan in Drosophila melanogaster

Measurement of Lifespan in Drosophila melanogaster

قياس عمر في<em&gt; ذبابة الفاكهة الدروسوفيلا</em

Aging is a phenomenon that results in steady physiological deterioration in nearly all organisms in which it has been examined, leading to reduced ...

Imaging Through the Pupal Case of Drosophila melanogaster

Imaging Through the Pupal Case of Drosophila melanogaster

التصوير من خلال حالة العذراء من<em&gt; ذبابة الفاكهة السوداء البطن</em

The longstanding use of Drosophila as a model for cell and developmental biology has yielded an array of tools. Together, these techniques have enabled ...

Enhanced Northern Blot Detection of Small RNA Species in Drosophila Melanogaster

Enhanced Northern Blot Detection of Small RNA Species in Drosophila Melanogaster

تعزيز الشمالية كشف طخة الأنواع RNA الصغيرة في<em&gt; الدروسوفيلاميلانوجاستر</em

The last decades have witnessed the explosion of scientific interest around gene expression control mechanisms at the RNA level. This branch of molecular ...

Maintenance of a Drosophila melanogaster Population Cage

Maintenance of a Drosophila melanogaster Population Cage

صيانة<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; عدد السكان قفص

Large quantities of DNA, RNA, proteins and other cellular components are often required for biochemistry and molecular biology experiments. The short life ...