Name: quantitative comparison of cis-regulatory element (cre) activities in transgenic drosophila melanogaster
Uploaded: 2011-12-19T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster at JoVE.com

Ringraziamo: Nicolas Gompel e Benjamin Prud&#39;homme per il loro contributo allo sviluppo di questo protocollo, Melissa Williams e quattro revisori anonimi per i commenti sul manoscritto, l&#39;Università di Dayton Scuola di specializzazione per borse di ricerca in WAR, e la University of Dayton Biologia Dipartimento e Research Institute (UDRI) per sostenere la ricerca per TMW. Questo lavoro è stato sostenuto dalla American Heart Association Concessione 11BGIA7280000 a TMW.

Panoramica: Questo video dimostra un protocollo in grado di misurare quantitativamente le attività gene regolatore per cis-regolamentazione elemento (CRE) sequenze in Drosophila (D.) melanogaster. Questo protocollo può essere utilizzato per confrontare l&#39;attività di regolamentazione posseduto da: wild-type e mutanti forme CRE, in natura alleli CRE trovato all&#39;interno di una specie, o CRES ortologhi tra le specie a divergere. 1. Site-specific integr...

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cis-normativo elementi di codificare il programma genomico che specifica gli schemi di espressione genica e quindi il processo di sviluppo 1, e sono luoghi importanti per entrambe le mutazioni alla base dell&#39;evoluzione morfologica 2-4 e variazione fenotipica di tratti umani 5,6,19. A dispetto di questa importanza, la logica di regolamentazione per CRES sono ancora limitate. Una ragione importante per comprendere questo deficit è stata la mancanza di metodi adeguati per conf...

quantitative comparison of cis-regulatory element (cre) activities in transgenic drosophila melanogaster

Schemi di espressione genica sono specificati dal cis-regolamentazione elemento (CRE) sequenze, che sono anche chiamati esaltatori o cis-regolamentazione moduli. Un tipico CRE possiede un accordo di siti di legame per il fattore di trascrizione diverse proteine ​​che conferiscono una logica regolamentare specificando quando, dove ea quale livello del gene regolamentati (s) è espresso. Il set completo di CRES all&#39;interno di un programma di codifica del genoma animale dell&#39;organismo per lo sviluppo 1, ed empirica come pure studi teorici indicano che mutazioni a Cres svolto un ruolo preminente nella evoluzione morfologica 2-4. Inoltre, gli studi del genoma umano gamma di associazione indicano che la variazione genetica a Cres contribuire in modo sostanziale alla variazione fenotipica 5,6. Così, la comprensione logica regolamentare e di come le mutazioni influenzano tale logica è un obiettivo centrale della genetica. Transgeni reporter di fornire un metodo efficace per studiare in vivo la funzionezione di Cres. Ecco una sequenza di note o sospette CRE è accoppiato ad promotore eterologo e sequenze che codificano per un gene reporter codifica per una proteina prodotta facilmente osservabili. Quando un giornalista transgene si inserisce in un organismo ospite, l&#39;attività del CRE diventa visibile sotto forma della proteina codificata giornalista. P-elemento transgenesi mediata nella specie di moscerino della frutta Drosophila (D.) melanogaster 7 è stato utilizzato per decenni per introdurre transgeni giornalista in questo organismo modello, anche se la collocazione genomica dei transgeni è casuale. Quindi, l&#39;attività del gene reporter è fortemente influenzato dalla cromatina locale e l&#39;ambiente gene, limitando confronti CRE di essere qualitativa. Negli ultimi anni, il sistema di integrazione basato phiC31 è stato adattato per l&#39;uso in D. melanogaster per inserire transgeni in specifici siti del genoma di atterraggio 10/08. Questa capacità ha reso la misurazione quantitativa del gene e, qui interessa, l&#39;attività CRE 11-13 feasible. La produzione di moscerini della frutta transgenica possono essere esternalizzate, tra cui phiC31 a base di integrazione, eliminando la necessità di acquistare costose attrezzature e / o competenza specialistica a protocolli di iniezione transgene. Qui vi presentiamo un protocollo generale per valutare quantitativamente un CRE l&#39;attività, e mostrare come questo approccio può essere utilizzato per misurare gli effetti di una mutazione introdotta l&#39;attività di un CRE e confrontare le attività del CRES ortologhi. Anche se gli esempi riportati sono per un attivo CRE durante metamorfosi moscerino della frutta, l&#39;approccio può essere applicato ad altre fasi di sviluppo, specie di moscerino della frutta, o di organismi modello. In definitiva, un uso più diffuso di questo approccio a Cres studio dovrebbe avanzare la comprensione della logica normativa e come logica può variare ed evolvere.

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Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Variazione fenotipica per i tratti può derivare da mutazioni in cis-regolamentazione elemento (CRE) sequenze che i modelli di espressione genica di controllo. Metodi derivati ​​per l&#39;utilizzo in Drosophila melanogaster possono confrontare quantitativamente i livelli di modelli spaziali e temporali di espressione genica mediata da modificato o naturale varianti CRE.

Confronto quantitativo di Cis-Regulatory Element (CRE) Attività in transgenici Drosophila melanogaster</em

Gene expression patterns are specified by cis-regulatory element (CRE) sequences, which are also called enhancers or cis-regulatory modules. A typical CRE ...

Research

JoVE Journal

Biology

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element (CRE) Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

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