Name: quantitative comparison of cis-regulatory element (cre) activities in transgenic drosophila melanogaster
Uploaded: 2011-12-19T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster at JoVE.com

Biz teşekkür ederiz: Nicolas Gompel ve bu protokolün gelişmesine katkılarından dolayı Benjamin Prud&#39;homme; Melissa Williams ve el yazması üzerinde yorum yapmak için dört anonim değerlendirenler; SAVAŞ için araştırma bursları için Dayton Enstitüsü Üniversitesi ve Dayton Üniversitesi Biyoloji Bölümü ve Araştırma Enstitüsü (UDRI) TMW için araştırma desteği. Bu çalışma TMW, Amerikan Kalp Birliği Hibe 11BGIA7280000 tarafından desteklenmiştir.

Bakış: Bu video Drosophila (D.) melanogaster cis-düzenleyici element (CRE) dizileri için gen düzenleyici faaliyetlerin nicel ölçme yeteneğine sahip bir protokol göstermektedir. Bu protokol, sahip olduğu düzenleyici faaliyetlerini karşılaştırmak için kullanılabilir: yabani tip ve mutant CRE formları, doğal olarak meydana gelen türler arasında uzaklaştığı bir tür, ya da orthologous Cres içinde bulunan CRE allel. 1. Drosophila mela...

<ol>
	<li>Davidson, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Regulatory+Genome.">The Regulatory Genome.</a> Gene Regulatory Networks in Development and Evolution. , (2006).</li><li>Wray, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolutionary+significance+of+cis-regulatory+mutations.">The evolutionary significance of cis-regulatory mutations.</a> Nat. Rev. Genet. 8, 206-216 (2007).</li><li>Stern, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+developmental+biology+and+the+problem+of+variation.">Evolutionary developmental biology and the problem of variation.</a> Evolution. 54, 1079-1091 (2000).</li><li>Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evo-devo+and+an+expanding+evolutionary+synthesis:+a+genetic+theory+of+morphological+evolution.">Evo-devo and an expanding evolutionary synthesis: a genetic theory of morphological evolution.</a> Cell. 134, 25-36 (2008).</li><li>Sethupathy, P., Collins, F. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+target+site+polymorphisms+and+human+disease.">MicroRNA target site polymorphisms and human disease.</a> Trends Genet. 24, 489-497 (2008).</li><li>Visel, A., Rubin, E. M., Pennacchio, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+views+of+distant-acting+enhancers.">Genomic views of distant-acting enhancers.</a> Nature. 461, 199-205 (2009).</li><li>Spradling, A. C., Rubin, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transposition+of+cloned+P+elements+into+Drosophila+germ+line+chromosomes.">Transposition of cloned P elements into Drosophila germ line chromosomes.</a> Science. 218, 341-347 (1982).</li><li>Bischof, J., Maeda, R. K., Hediger, M., Karch, F., Basler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimized+transgenesis+system+for+Drosophila+using+germ-line-specific+phiC31+integrases.">An optimized transgenesis system for Drosophila using germ-line-specific phiC31 integrases.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104, 3312-3317 (2007).</li><li>Groth, A. C., Fish, M., Nusse, R., Calos, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Construction+of+transgenic+Drosophila+by+using+the+site-specific+integrase+from+phage+phiC31.">Construction of transgenic Drosophila by using the site-specific integrase from phage phiC31.</a> Genetics. 166, 1775-1782 (2004).</li><li>Venken, K. J., He, Y., Hoskins, R. A., Bellen, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=P[acman]:+a+BAC+transgenic+platform+for+targeted+insertion+of+large+DNA+fragments+in+in+D.+melanogaster.">P[acman]: a BAC transgenic platform for targeted insertion of large DNA fragments in in D. melanogaster.</a> Science. 314, 1747-1751 (2006).</li><li>Markstein, M., Pitsouli, C., Villalta, C., Celniker, S. E., Perrimon, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Exploiting position effects and the gypsy retrovirus insulator to engineer precisely expressed transgenes. , (2008).</li><li>Rebeiz, M., Pool, J. E., Kassner, V. A., Aquadro, C. F., Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stepwise+modification+of+a+modular+enhancer+underlies+adaptation+in+a+Drosophila+population.">Stepwise modification of a modular enhancer underlies adaptation in a Drosophila population.</a> Science. 326, 1663-1667 (2009).</li><li>Williams, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+regulation+and+evolution+of+a+genetic+switch+controlling+sexually+dimorphic+traits+in+Drosophila.">The regulation and evolution of a genetic switch controlling sexually dimorphic traits in Drosophila.</a> Cell. 134, 610-623 (2008).</li><li>Shirangi, T. R., Dufour, H. D., Williams, T. M., Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+evolution+of+sex+pheromone-producing+enzyme+expression+in+Drosophila.">Rapid evolution of sex pheromone-producing enzyme expression in Drosophila.</a> PLoS biology. 7, e1000168-e1000168 (2009).</li><li>Barolo, S., Carver, L. A., Posakony, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GFP+and+beta-galactosidase+transformation+vectors+for+promoter/enhancer+analysis+in+Drosophila.">GFP and beta-galactosidase transformation vectors for promoter/enhancer analysis in Drosophila.</a> BioTechniques. 29, 726-732 (2000).</li><li>Fish, M. P., Groth, A. C., Calos, M. P., Nusse, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Creating transgenic Drosophila by microinjecting the site-specific phiC31 integrase mRNA and a transgene-containing donor plasmid. , (2007).</li><li>Ashburner, M., Golic, K. G., Hawley, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Drosophila: A laboratory handbook. , (2005).</li><li>Abramoff, M. D., Magelhaes, P. S., Ram, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image+Processing+with+ImageJ.">Image Processing with ImageJ.</a> Biophotonics International. 11, 36-42 (2004).</li><li>Musunuru, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+noncoding+variant+to+phenotype+via+SORT1+at+the+1p13+cholesterol+locus.">From noncoding variant to phenotype via SORT1 at the 1p13 cholesterol locus.</a> Nature. 466, 714-721 (2010).</li></ol>

cis-düzenleyici unsurlar, gen ekspresyonu ve böylece 1 geliştirme süreci belirten genomik programı kodlamak ve morfolojik evrim 2-4 insan özellikleri için 5,6,19 ve fenotipik varyasyon altında yatan iki mutasyonlar için önde gelen yerlerdir. Bu önem rağmen, Cres için düzenleyici bir mantık yeterince anlaşılamamıştır. Bu anlayış açığının önde gelen nedeni, kantitatif Cres fonksiyonel dizileri karşılaştırmak için uygun yöntemler eksikliği olmuşt...

quantitative comparison of cis-regulatory element (cre) activities in transgenic drosophila melanogaster

Gen ekspresyonu arttırıcılar veya cis-düzenleyici modülleri de denir cis-düzenleyici element (CRE) dizileri, tarafından belirlenir. Tipik bir CRE için bağlayıcı siteleri nerede ve ne düzeyde düzenlenmiş gen (ler) ifade edildiği zaman, belirten bir düzenleme mantığı ile görevlendirebilir birkaç transkripsiyon faktörü proteinleri bir düzenleme sahiptir. Tam bir hayvan genom içinde Cres organizmanın gelişimi 1, ve ampirik için program, teorik çalışmaların yanı sıra Cres mutasyonlar morfolojik evrim 2-4 önemli bir rol oynadığını göstermektedir kodlar . Ayrıca, insan genomunun geniş dernek çalışmaları Cres bu genetik varyasyon fenotipik varyasyon 5,6 önemli ölçüde katkıda göstermektedir. Böylece, düzenleyici mantığını anlamak ve nasıl mutasyonların böyle bir mantık etkileyen genetik merkezi bir hedeftir. Muhabir transgenlerin in vivo işlev çalışmak için güçlü bir yöntem sağlarCres TION. Burada bilinen ya da şüphelenilen bir CRE dizisi heterolog organizatörü ve kodlama kolayca gözlemlenebilir bir protein ürünü bir muhabir gen için kodlama dizileri birleştirilmiştir. Bir muhabir transgen bir konak organizma içine takıldığında, CRE faaliyet kodlanmış muhabiri protein formunda görünür hale gelir. Meyve sineği türleri Drosophila (D.) melanogaster 7 P-eleman aracılı transgenesis transgenlerin genomik yerleştirme rastgele olmasına rağmen, onlarca yıldır bu model organizma içine muhabiri transgenlerin tanıtmak için kullanılır olmuştur. Bu nedenle, muhabir gen aktivitesi güçlü olmayı niteliksel CRE karşılaştırmalar sınırlayan yerel Kromatin ve gen çevre tarafından etkilenir. Son yıllarda, phiC31 tabanlı entegrasyon sistemi, belirli bir genomu iniş siteleri 8-10 transgenlerin eklemek için D. melanogaster kullanım için adapte edilmiştir. Bu yetenek CRE faaliyet 11-13 fe gen kantitatif ölçümü yapılmış ve, ilgili, buradaasible. Transgenik meyve sinekleri üretim ihtiyacını ortadan kaldırarak, pahalı donanımları ve / satın almak veya uzman transgen enjeksiyon protokolleri yeterlilik, phiC31 tabanlı entegrasyon dahil, dış kaynaklı olabilir. Burada, genel bir protokol kantitatif bir CRE faaliyet değerlendirmek ve bu yaklaşım, bir CRE faaliyet tanıtıldı mutasyon etkilerini ölçmek ve orthologous Cres faaliyetlerini karşılaştırmak için nasıl kullanılabileceğini göstermek için sunuyoruz. CRE aktif meyve sineği metamorfoz sırasında verilen örnekler olmasına rağmen, bu yaklaşım diğer gelişim evreleri, meyve sineği türleri, ya da model organizmalar uygulanabilir. Sonuçta, çalışma Cres bu yaklaşımı daha yaygın kullanımı, düzenleyici mantık bir anlayış geliştirmek ve nasıl mantık değişebilir ve gelişebilir.

Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster at JoVE.com

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Özellikler için Fenotipik varyasyon cis-düzenleyici element (CRE) dizileri kontrol eden gen ekspresyonu mutasyonlar sonucu. Drosophila melanogaster kullanmak için türetilmiş yöntemler kantitatif değişiklikte ya da doğal olarak meydana gelen CRE türevleri aracılı gen ekspresyonu mekansal ve zamansal kalıplarının seviyelerini karşılaştırmak.

Uygulamalarda Kantitatif Karşılaştırılması Cis</emTransgenik>-Regulatory Element (CRE) Etkinlikler Drosophila melanogaster</em

Gene expression patterns are specified by cis-regulatory element (CRE) sequences, which are also called enhancers or cis-regulatory modules. A typical CRE ...

Research

JoVE Journal

Biology

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element (CRE) Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Dissection of Larval CNS in Drosophila Melanogaster

Drosophila melanogaster Larvaların MSS diseksiyonu

The central nervous system (CNS) of Drosophila larvae is complex and poorly understood.  One way to investigate the CNS is to use immunohistochemistry to ...

High-Resolution Video Tracking of Locomotion in Adult Drosophila Melanogaster

Yetişkin Drosophila melanogaster Locomotion Yüksek Çözünürlüklü Video Takip

Flies provide an important model for studying complex behavior due to the plethora of genetic tools available to researchers in this field.  Studying ...

Monitoring Heart Function in Larval Drosophila melanogaster for Physiological Studies

Monitoring Heart Function in Larval Drosophila melanogaster for Physiological Studies

Larvaların olarak izlenmesi Kalp Fonksiyonu Drosophila melanogaster Fizyolojik Çalışmaları

We present various methods to record cardiac function in the larval Drosophila. The approaches allow heart rate to be measured in unrestrained  and  ...

Live Imaging Of Drosophila melanogaster Embryonic Hemocyte Migrations

Live Imaging Of Drosophila melanogaster Embryonic Hemocyte Migrations

Uygulamalarda Canlı Görüntüleme Drosophila melanogaster Embriyonik Hemocyte Göçler

Many studies address cell migration using in vitro methods, whereas the physiologically relevant environment is that of the organism itself. Here we ...

Dissection of Oenocytes from Adult Drosophila melanogaster

Dissection of Oenocytes from Adult Drosophila melanogaster

Yetişkin gelen Oenocytes diseksiyonu Drosophila melanogaster</em

In Drosophila melanogaster, as in other insects, a waxy layer on the outer surface of the cuticle, composed primarily of hydrocarbon compounds, provides ...

Isolation of Drosophila melanogaster Testes

Isolation of Drosophila melanogaster Testes

İzolasyonu Drosophila melanogaster Testisler

The testes of Drosophila melanogaster provide an important model for the study of stem cell maintenance and differentiation, meiosis, and soma-germline ...

Measurement of Lifespan in Drosophila melanogaster

Measurement of Lifespan in Drosophila melanogaster

In ömrü ölçümü<em&gt; Drosophila melanogaster</em

Aging is a phenomenon that results in steady physiological deterioration in nearly all organisms in which it has been examined, leading to reduced ...

Imaging Through the Pupal Case of Drosophila melanogaster

Imaging Through the Pupal Case of Drosophila melanogaster

Ve Pupa Durumunda sayesinde görüntüleme<em&gt; Drosophila melanogaster</em

The longstanding use of Drosophila as a model for cell and developmental biology has yielded an array of tools. Together, these techniques have enabled ...

Enhanced Northern Blot Detection of Small RNA Species in Drosophila Melanogaster

Enhanced Northern Blot Detection of Small RNA Species in Drosophila Melanogaster

Küçük RNA Türlerin Northern Blot Algılama geliştirilmiş<em&gt; Drosophila melanogaster</em

The last decades have witnessed the explosion of scientific interest around gene expression control mechanisms at the RNA level. This branch of molecular ...

Maintenance of a Drosophila melanogaster Population Cage

Maintenance of a Drosophila melanogaster Population Cage

Bir bakımı<em&gt; Drosophila melanogaster</em&gt; Nüfus Kafes

Large quantities of DNA, RNA, proteins and other cellular components are often required for biochemistry and molecular biology experiments. The short life ...

Uygulamalarda Kantitatif Karşılaştırılması Cis-Regulatory Element (CRE) Etkinlikler Drosophila melanogaster