Name: how to measure cortical folding from mr images: a step-by-step tutorial to compute local gyrification index
Uploaded: 2012-01-02T13:00:00
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Questa ricerca è stata sostenuta dal Centro Nazionale di Competenza nella Ricerca (PRN) &quot;SYNAPSY - Le Basi sinaptiche delle malattie mentali&quot;, finanziato dal Fondo nazionale svizzero (n ° 51AU40_125759). Evoluzione dell&#39;indice Gyrification locale è stata sostenuta da sovvenzioni del Fondo nazionale svizzero di ricerche il Dr. Schaer Marie (323500-111165) e al Dott. Stephan Eliez (3.200-063.135,00 / 1, 3.232-063.134,00 / 1, PP0033-102864 e 32473B -121.996) e dal Center for Biomedical Imaging (CIBM) ​​di Ginevra-Losanna Università e il Politecnico di Losanna, così come le fondamenta Leenaards e Louis-Jeantet. Il supporto per lo sviluppo di software FreeSurfer è stato fornito in parte dal National Center for Research Resources (P41-RR14075, e la NCRR BIRN morfometrica Progetto BIRN002, U24 RR021382), l&#39;Istituto Nazionale per la Biomedical Imaging e Bioingegneria (R01 EB001550, R01EB006758), l&#39;Istituto Nazionale di disordini neurologici e colpo (R01 NS052585-01) così come la Malattia Mentale e Neuroscienze Discovery (MIND) Institute, e fa parte di Alleanza nazionale per l&#39;informatica Medical Image (NAMIC), finanziato dal National Institutes of Health attraverso l&#39;NIH Roadmap for Medical Research, Grant U54 EB005149. Ulteriore supporto è stato fornito dal Progetto autismo e dislessia finanziato dalla Ellison Medical Foundation.

1. Ricostruire le superfici 3D corticale Questa prima parte del protocollo utilizza l&#39;oleodotto standard di FreeSurfer come descritto nel wiki ( <a href="http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki">http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki</a> ). Si noti che i comandi disponibili a questo link descrivere un modo per raggiungere le ricostruzioni superficie corticale, ma i comandi equivalenti, può anche essere usato. <ol class="lalpha"><li> Importare le materie prime MRI DICOM in ...

<ol>
	<li>Schaer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+surface-based+approach+to+quantify+local+cortical+gyrification.">A surface-based approach to quantify local cortical gyrification.</a> IEEE. Trans. Med. Imaging. 27, 161-170 (2008).</li><li>Mangin, J. F., Jouvent, E., Cachia, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-vivo+measurement+of+cortical+morphology:+means+and+meanings.">In-vivo measurement of cortical morphology: means and meanings.</a> Curr. Opin. Neurol. 23, 359-367 (2010).</li><li>Mangin, J. 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Neurosci. 28, 3586-3594 (2008).</li></ol>

Il protocollo sopra descrive come misurare Indice locali Gyrification sulla base cerebrale RM pesata in T1 e condurre comparazioni gruppo statistico. Il nostro metodo è stato specificamente progettato per localizzare i disagi nelle prime fasi del processo di espansione corticale e come tale è di particolare interesse in molte condizioni dello sviluppo neurologico o psichiatrico. Esempi di confronto di gruppo in campioni clinici possono essere trovati in pubblicazioni da 1,12 il nostro gruppo o da altri <sup...

Materiale: una workstation Unix o Mac con un processore di 2 GHz o più veloce e un minimo di 4GB di RAM, con FreeSurfer installato ( <a href="http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki">http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki</a> , preferibilmente l&#39;ultima versione, ma di età non superiore alla versione 4.0.3). Al fine di calcolare l&#39;indice locale Gyrification, MATLAB è anche richiesto ( <a href="http://www.mathworks.ch/">http://www.mathworks.com/</a> ) insieme alla Image Processing Toolbox. Dati: un campione di buona qualità (alta risoluzione, alto contrasto) risonanza magnetica cerebrale T1 pesate dataset. Il tuo gruppo di soggetti deve essere preferibilmente abbinati per sesso ed età. Data la normale variabilità inter-individuale nella morfologia cerebrale, il numero di soggetti in ciascun gruppo dovrebbe essere sufficiente per identificare una differenza esistente gruppo (il più - il migliore). Un ragionevole dimensione minima del campione sarebbe di circa 20 soggettiper gruppo (anche se probabilmente si può andare per meno se l&#39;intensità dei cambiamenti è grande e se i gruppi sono strettamente abbinati per sesso ed età). <table border="1"><tbody><tr><td> Nome del materiale </td><td> Azienda </td><td> Numero di catalogo </td><td> Commenti </td></tr><tr><td> FreeSurfer </td><td> Martinos Center for Biomedical Imaging, MGH </td><td></td><td> Versione più recente 4.0.3 </td></tr><tr><td> Matlab </td><td> Mathworks </td><td></td><td> Image Processing Toolbox </td></tr></tbody></table>

how to measure cortical folding from mr images: a step-by-step tutorial to compute local gyrification index

Pieghevole corticale (gyrification) è determinata durante i primi mesi di vita, in modo che gli eventi avversi che si verificano in questo periodo lasciano tracce che saranno identificabili a qualsiasi età. Come recentemente recensito da Mangin e colleghi 2, esistono diversi metodi per quantificare le diverse caratteristiche del gyrification. Per esempio, morfometria sulcal può essere utilizzato per misurare descrittori di forma come la lunghezza di profondità, o indici di inter-emisferica asimmetria 3. Queste proprietà geometriche hanno il vantaggio di essere facile da interpretare. Tuttavia, morfometria sulcal si basa solidamente alla individuazione precisa di una data serie di solchi e quindi fornisce una descrizione frammentaria di gyrification. Una quantificazione più capillare di gyrification può essere realizzato con misure di curvatura-based, dove levigate assoluto curvatura media è di solito calcolato in migliaia di punti sulla superficie corticale 4. La curvatura non è tuttavia straightforward per comprendere, in quanto non è ancora chiaro se esiste un rapporto diretto tra il curvedness e biologicamente significativi correlati come il volume o della superficie corticale. Per affrontare le diverse questioni sollevate dalla misura della piegatura corticale, abbiamo già sviluppato un algoritmo per quantificare gyrification locale con una risoluzione spaziale e squisita di semplice interpretazione. Il nostro metodo si ispira dell&#39;Indice Gyrification 5, un metodo originariamente utilizzato nella neuroanatomia comparata di valutare le differenze tra le specie corticali pieghevole. Nella nostra implementazione, che abbiamo l nome LOCALE Indice Gyrification (l GI 1), si misura la quantità di corteccia sepolta tra le pieghe sulcal rispetto alla quantità di corteccia visibile nelle regioni circolari di interesse. Dato che la corteccia si sviluppa principalmente attraverso l&#39;espansione radiale 6, il nostro metodo è stato specificamente progettato per identificare i difetti precoci dello sviluppo corticale. In thè l&#39;articolo, abbiamo dettaglio il calcolo dell&#39;Indice Gyrification locale, che ora è distribuita gratuitamente come parte del Software FreeSurfer ( <a href="http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/">http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/</a> , Martinos Center for Biomedical Imaging, Massachusetts General Hospital) . FreeSurfer fornisce una serie di strumenti automatizzati ricostruzione della superficie corticale del cervello da dati di risonanza magnetica strutturale. La superficie corticale estratto nello spazio nativo delle immagini con precisione millimetrica è poi ulteriormente utilizzato per la creazione di una superficie esterna, che servirà come base per il calcolo l GI. Una regione circolare di interesse è poi delineato sulla superficie esterna, e la sua regione corrispondente di interesse sulla superficie corticale viene identificato mediante un algoritmo di corrispondenza, come descritto nel nostro studio di validazione 1. Questo processo viene iterato più volte con gran parte si sovrappongono regioni di interesse, con conseguente mappe corticali di gyrification perr successive comparazioni statistiche (Fig. 1). Da segnalare, un&#39;altra misura di gyrification locale di ispirazione simile è stato proposto dal Toro e colleghi 7, dove viene calcolato l&#39;indice di ripiegamento in ogni punto come il rapporto tra l&#39;area corticale contenuta in una sfera divisa per l&#39;area di un disco con lo stesso raggio. Le due implementazioni differiscono che quella di Toro et al. è basato su distanze euclidea e ritiene pertanto patch discontinua della zona corticale, mentre il nostro utilizza un algoritmo rigoroso geodetica e includono solo la patch continuo di apertura dell&#39;area corticale alla superficie del cervello in una regione circolare di interesse.

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How to Measure Cortical Folding from MR Images: a Step-by-Step Tutorial to Compute Local Gyrification Index

Gyrification di misura (pieghevole corticale) a qualunque età rappresenta una finestra nello sviluppo cerebrale precoce. Quindi, abbiamo già sviluppato un algoritmo per misurare gyrification locale a migliaia di punti sopra l&#39;emisfero<sup&gt; 1</sup&gt;. In questo lavoro, abbiamo dettaglio il calcolo di questo indice gyrification locale.

Come misurare Folding corticale dalle immagini MR: uno step-by-step tutorial per calcolare indice locale Gyrification

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