Name: quantitative and automated high-throughput genome-wide rnai screens in c. elegans
Uploaded: 2012-02-27T12:00:00
Duration: 10 min 58 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans at JoVE.com

Biz onların katkıları D. Braendle, CL Kurz ve F. Montanana-Sanchis teşekkür ederim. Bu proje ANR ve Conseil Bölgesel PACA ve İNSERM ve CNRS gelen kurumsal finansman hibe ile desteklenmiştir.

<ol>
	<li>Timmons, L., Fire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Specific+interference+by+ingested+dsRNA.">Specific interference by ingested dsRNA.</a> Nature. 395, 854-854 (1998).</li><li>Kamath, R. S., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+RNAi+screening+in+Caenorhabditis+elegans.">Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans.</a> Methods. 30, 313-321 (2003).</li><li>Rual, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+improving+Caenorhabditis+elegans+phenome+mapping+with+an+ORFeome-based+RNAi+library.">Toward improving Caenorhabditis elegans phenome mapping with an ORFeome-based RNAi library.</a> Genome Res. 14, 2162-2168 (2004).</li><li>Lee, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+systematic+RNAi+screen+identifies+a+critical+role+for+mitochondria+in+C.+elegans+longevity.">A systematic RNAi screen identifies a critical role for mitochondria in C. elegans longevity.</a> Nat. Genet. 33, 40-48 (2003).</li><li>Hamilton, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+systematic+RNAi+screen+for+longevity+genes+in+C.+elegans.">A systematic RNAi screen for longevity genes in C. elegans.</a> Genes Dev. 19, 1544-1555 (2005).</li><li>Frand, A. R., Russel, S., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+genomic+analysis+of+C.+elegans+molting.">Functional genomic analysis of C. elegans molting.</a> PLoS Biol. 3, e312-e312 (2005).</li><li>Parry, D. H., Xu, J., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+whole-genome+RNAi+Screen+for+C.+elegans+miRNA+pathway+genes.">A whole-genome RNAi Screen for C. elegans miRNA pathway genes.</a> Curr. Biol. 17, 2013-2022 (2007).</li><li>O'Rourke, E. J., Conery, A. L., Moy, T. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-animal+high-throughput+screens:+the+C+elegans+model.">Whole-animal high-throughput screens: the C elegans model.</a> Methods Mol. Biol. 486, 57-75 (2009).</li><li>Pujol, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+innate+immune+responses+to+infection+and+wounding+in+the+C.+elegans+epidermis.">Distinct innate immune responses to infection and wounding in the C. elegans epidermis.</a> Curr. Biol. 18, 481-489 (2008).</li><li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+C.+elegans.">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , 1551-8507 (2006).</li><li>Powell, J. R., Ausubel, F. M., Ewbank, J., Vivier, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Models+of+Caenorhabditis+elegans+Infection+by+Bacterial+and+Fungal+Pathogens.">Models of Caenorhabditis elegans Infection by Bacterial and Fungal Pathogens.</a> Methods Mol Biol. 415, 403-427 (2008).</li><li>Cardoso, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=XNP-1/ATR-X+acts+with+RB,+HP1+and+the+NuRD+complex+during+larval+development+in+C.+elegans.">XNP-1/ATR-X acts with RB, HP1 and the NuRD complex during larval development in C. elegans.</a> Dev. Biol. 278, 49-59 (2005).</li><li>Pujol, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anti-fungal+innate+immunity+in+C.+elegans+is+enhanced+by+evolutionary+diversification+of+antimicrobial+peptides.">Anti-fungal innate immunity in C. elegans is enhanced by evolutionary diversification of antimicrobial peptides.</a> PLoS Pathog. 4, e1000105-e1000105 (2008).</li><li>Simmer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-Wide+RNAi+of+C.+elegans+Using+the+Hypersensitive+rrf-3+Strain+Reveals+Novel+Gene+Functions.">Genome-Wide RNAi of C. elegans Using the Hypersensitive rrf-3 Strain Reveals Novel Gene Functions.</a> PLoS Biol. 1, e12-e12 (2003).</li><li>Couillault, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TLR-independent+control+of+innate+immunity+in+Caenorhabditis+elegans+by+the+TIR+domain+adaptor+protein+TIR-1,+an+ortholog+of+human+SARM.">TLR-independent control of innate immunity in Caenorhabditis elegans by the TIR domain adaptor protein TIR-1, an ortholog of human SARM.</a> Nat Immunol. 5, 488-494 (2004).</li><li>Morton, E., Lamitina, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+suite+of+MATLAB-based+computational+tools+for+automated+analysis+of+COPAS+Biosort+data.">A suite of MATLAB-based computational tools for automated analysis of COPAS Biosort data.</a> Biotechniques. 48, xxv-xxx (2010).</li><li>Rohlfing, A. K., Miteva, Y., Hannenhalli, S., Lamitina, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+and+physiological+activation+of+osmosensitive+gene+expression+mimics+transcriptional+signatures+of+pathogen+infection+in+C.+elegans.">Genetic and physiological activation of osmosensitive gene expression mimics transcriptional signatures of pathogen infection in C. elegans.</a> PLoS One. 5, e9010-e9010 (2010).</li><li>Lee, K. Z., Kniazeva, M., Han, M., Pujol, N., Ewbank, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fatty+acid+synthase+fasn-1+acts+upstream+of+WNK+and+Ste20&#47;GCK-VI+kinases+to+modulate+antimicrobial+peptide+expression+in+C.+elegans+epidermis.">The fatty acid synthase fasn-1 acts upstream of WNK and Ste20&#47;GCK-VI kinases to modulate antimicrobial peptide expression in C. elegans epidermis.</a> Virulence. 1, 113-122 (2010).</li><li>Duverger, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+semi-automated+high-throughput+approach+to+the+generation+of+transposon+insertion+mutants+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">A semi-automated high-throughput approach to the generation of transposon insertion mutants in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Nucleic Acids Res. 35, e11-e11 (2007).</li><li>Pierce-Shimomura, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+analysis+of+crawling+and+swimming+locomotory+patterns+in+C.+elegans.">Genetic analysis of crawling and swimming locomotory patterns in C. elegans.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 20982-20987 (2008).</li><li>Ruzanov, P., Riddle, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deep+SAGE+analysis+of+the+Caenorhabditis+elegans+transcriptome.">Deep SAGE analysis of the Caenorhabditis elegans transcriptome.</a> Nucleic Acids Res. 38, 3252-3262 (2010).</li><li>Kurz, C. L., Ewbank, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Infection+in+a+dish:+high-throughput+analyses+of+bacterial+pathogenesis.">Infection in a dish: high-throughput analyses of bacterial pathogenesis.</a> Curr. Opin. Microbiol. 10, 10-16 (2007).</li><li>Okoli, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+antifungal+compounds+active+against+Candida+albicans+using+an+improved+high-throughput+Caenorhabditis+elegans+assay.">Identification of antifungal compounds active against Candida albicans using an improved high-throughput Caenorhabditis elegans assay.</a> PLoS One. 4, e7025-e7025 (2009).</li><li>Moy, T. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+novel+antimicrobials+using+a+live-animal+infection+model.">Identification of novel antimicrobials using a live-animal infection model.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, 10414-10419 (2006).</li><li>Ballestriero, F., Thomas, T., Burke, C., Egan, S., Kjelleberg, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+compounds+with+bioactivity+against+the+nematode+Caenorhabditis+elegans+by+a+screen+based+on+the+functional+genomics+of+the+marine+bacterium+Pseudoalteromonas+tunicata+D2.">Identification of compounds with bioactivity against the nematode Caenorhabditis elegans by a screen based on the functional genomics of the marine bacterium Pseudoalteromonas tunicata D2.</a> Appl. Environ. Microbiol. 76, 5710-5717 (2010).</li></ol>

Ewbank laboratuar Birliği Biometrica ve Modül-Bio ile işbirliği yapmaktadır.

<p class="jove_content"&gt; Geçerli protokol, büyük ölçekli RNAi tarama sağlar<em&gt; C. elegans</em&gt; Bir floresan raportör gen ekspresyon düzeyi gibi bir okuma-out kullanarak katı ortamlar üzerine. Bu, etkin, güvenilir ve tekrarlanabilir bir şekilde, örnekler çok sayıda, kolay ve hızlı kullanım sağlayan, yüksek verimli testler kolaylaştırmak için otomatik araçlar ile optimize edilmiştir. Diğer yöntemler otomatik sıvı numune alma üzerinde bu kadar yoğun güvenmeyin ki tarif edilmiştir<sup&gt; 8</sup&gt;.</p&gt;<p class="jove_content"&gt; Protokolü tek anahtarı örgütsel yönü şirket ModulBio ile işbirliği içinde RNAi ekran prosedüre ticari MBioLIMS yazılım uyarlayarak örnek izleme sağlam bir yöntem gelişme olmuştur. Prosedürünün her aşamasında, plakalar artık LIMS içinde üretilen barkodlar ile tanımlanır. LIMS ayrıca her plaka her iyi klonlar kimliğini kaydeder gibi, kuyudan olası gen gidiyor basittir. Ve bunun da ötesinde, toplum veritabanı WormBase için LIMS bağlantılar, herhangi bir gen hakkında moleküler ve fonksiyonel verilere doğrudan erişim sağlar. LIMS ayrıca analiz plaka hatta kromozom ve tüm-genom düzeyinde yapılacak kolaylaştırır. Bu analizler için, veriler gibi COPAmulti daha önce açıklandığı gibi araçlar ile tamamen uyumlu bir şekilde saklanır<sup&gt; 16</sup&gt;.</p&gt;<p class="jove_content"&gt; Yöntemi kritik bir deney noktası solucanların sayısına göre gıda maddesi miktarının ayarlanmasıdır. Birçok testlerde, bu solucanlar deney sonunda açlıktan ölmeyeceği esastır ama başında çok fazla yiyecek için değil de önemlidir. Biz gıda yüksek yoğunluklu p taşıyan solucanlar kullanarak protokolde floresans indüksiyon azaldığı gözlenmiştir var<em&gt; Nlp-29</em&gt; :: GFP muhabiri. Solucanlar (BS, yayınlanmamış sonuçlar) çok fazla bakteri kültürlenmiştir Bu bir azalma enfeksiyon verimliliği yansıtıyor olabilir. Bu dsRNA optimum düzeyde üretilen olup olmadığını belirler yana Aynı zamanda, RNAi bakteri kültürü koşulları da önemlidir. Büyük ölçekli RNAi için bazı protokoller sıvı kültürlerde tohumlama öncesinde agar plakalar üzerine RNAi klonlarının kültürü gerektirir<sup&gt; 8</sup&gt;. Biz bu adımı atlayarak sağlam gen suskunluğu aldı. Biz homojen sonuçları sağlamak için her kültürün aşırı büyüyen tercih etti. Aslında anlatılan protokolde paralel olarak 2 veya 3 ekranları yürütmek için yeterli bir malzeme sağlar. En sağlam sonuçlar elde faiz, biz de ekranları yürütülmesi, ancak iyilik solucanlar, RNAi bakteri ve mantar sporları bağımsız kültürleri kullanarak çoğaltmak.</p&gt;<p class="jove_content"&gt; Başka kritik adım çok nemli ne de çok kuru ne olduğunu orta kullanarak ilişkilidir. Plakalar yeterince kuru değilse, RNAi bakteri düzgün kurumaz ve solucanlar deney sırasında yüzmek olacak. Bu sorunlara neden olabilir. Örneğin, solucanlar verimli bulaşmış değildir<em&gt; D. coniospora</em&gt; Sıvı (C. Couillault, yayınlanmamış sonuçlar). Diğer taraftan, kuru plakalar, kültür ortamı artar osmolarite. Bu solucan fizyolojisi üzerinde doğrudan etkiye sahiptir<sup&gt; 17</sup&gt; Gibi bazı antimikrobiyal peptit genlerin indüksiyon, dahil olmak üzere<em&gt; Nlp 29</em&gt;<sup&gt; 18</sup&gt;. Solucanlar ve sporlar boşaltmak için kullanılan ses etkili ve hızlı kurumaya izin vermek önemlidir. Sıvı fazla 10 uL taze plakalara ilave edilir ise, kuyu kurutmak için birçok saat alabilir. Bu plakalara solucanlar eklemek için robotik cerrahi yöntemler kullanmak zor olduğu anlamına gelebilir. Örneğin, her bir solucan sıvı yaklaşık 1 uL in Biosort ile dağıtılır. Bu da bize tortuları çözüm solucanlar eğilimi aşmak için verir gibi şu anda elle solucanlar dağıtmak.</p&gt;<p class="jove_content"&gt; Biz daha önce bir 96-plaka 36 dakika içinde analiz izin olduğunu Biosort bir ayarlama rapor<sup&gt; 19</sup&gt;. Makinenin üreticisi UBI şimdi daha analizi zamanda azaltmak için Biosort bir modifikasyonu sunmaktadır. &quot;FastReFlex&quot; ile, örnekleri doğrudan kabarcık-tuzak filtre atlayarak, analiz için akış hücresi üzerinden yönlendirilir. Veri toplama için süresinde önemli bir azalma ile sonuçlanır; bir bütün plakası günlük tedavi edilmesi için 20 plakaları yaklaşık 22 dakika içinde izin analiz edilebilir. Plakalar dondurulabilir olmasaydı Bununla birlikte, birinci ve sonuncu olanlar arasında bir 8 saat arayla olacaktı. Sadece 18 saat süren enfeksiyonu ile deney nispeten kısa süreli, göz önüne alındığında, bu plakaları arasında kabul edilemez bir değişken tanıtmak olacaktır. Dondurma plakalar Bu sorunu gidermek analizden önce yapar, ancak, 2 kişi rahatlıkla 50 plaka bir hafta kadar işleyebilir geçerli protokol ve standart sıvı işleme robotlar gibi aynı zamanda yüksek verimlilik analizi bağlamında gerekli değil sadece. Şu anda, rutin ekran 30 plaka bir hafta, bir bütün-genom ekran veriyorden az 2 ay sonra yapılacak.</p&gt;<p class="jove_content"Bu protokolün&gt; Bir ilginç özelliği de sıvı kültürü yapılamayan deneyler sağlayan, katı agar kullandığı bir gerçektir. Solucan fizyolojisi kültür koşullarına bağlı olarak değişkenlik<sup&gt; 20,21</sup&gt;, Katı ortam üzerinde deneyler ayrıca olağan sıvı tabanlı ekranlar tamamlayabilir gerçekleştirmek için güçlü olmak. Belirli bir fenotip (örn. hareketi) için analiz 96-kuyucuklu bir katı orta plaka ile doğrudan gerçekleştirilebilir. Geçerli ekran için, ancak, Biosort gibi katı orta plakalardan örnek olamaz, solucanlar ilk dondurmadan önce sıvı aktarılır. Diğer taraftan, Copas Biosort birçok farklı fenotip ölçümü ile uyumlu bir çok parametreli sayısal analizi izin verir. Bu herhangi bir ekran için değil, tüm ölçülen parametreler birincil okuma-out olacağı muhtemeldir. Bununla birlikte, bu ölçümler çeşitli nedenlerden için yararlı olabilir. Bunlar tek bir tahlil doğru ran olup olmadığını belirlemek için olanak sağlar. Örneğin, her birinde iyi solucan sayısı ve büyüklüğü kontrol edebilirsiniz. Bir RNAi klon büyüme veya üreme engellemelisiniz Sadece nerede var beklenen değerlerden bir sapma olmalıdır. Den az 20 solucanların veya / ve% 30 daha küçük hayvanlara (TOF) ile Wells, bir standardına görelerinin büyümesi üzerindeki etkisi ile kontrol (<em&gt; Örneğin gfp (RNAi</em&gt;)) Daha sonraki analizlerde dışında bırakılabilir. Onların gelişimi ileri düzeydedir sonra bu klonların fonksiyonu solucanlar RNAi bakterilere maruz kalan neyin alternatif bir protokol kullanılarak ele alınabilir<sup&gt; 15</sup&gt;. Farklı parametreler de sadece yeşil floresan ama kırmızı değil etkileyecek olanlar isabetleri sınırlayıcı, örneğin aday gen (hit) seçimi, rafine etmek için kullanılabilir. Hit seçmek için seçilen hassas bir yöntem ekranın türüne ve tam olarak okuma-out bağlıdır. Bir sayısal genom ekranı üretilen verinin karmaşıklığı göz önüne alındığında, bir istatistikçi ile birlikte gerekli olabilir.</p&gt;<p class="jove_content"&gt; Biz tarif protokol kolayca testlerin diğer türleri adapte edilebilir. Örneğin, enfeksiyon adımında<em&gt; D. coniospora</em&gt; Katı ortam üzerine enfekte etme yeteneğine sahip herhangi bir diğer patojen tarafından değiştirilebilir. Biz sıvı kültüründe Serratia enfeksiyon için önemli virülans faktörleri birçok katı ortamda (E. Pradel, kişisel iletişim) üzerinde enfeksiyon sırasında bir rolü olmadığını fark ettiğiniz gibi bu potansiyel olarak yararlıdır. Protokol aynı zamanda kimyasal bileşiklerin testleri ile tam uyumlu<sup&gt; 22-24</sup&gt; Veya bakteri, farklı kitaplıklarını kullanma biyoaktivitesi olan bileşikler teşhis<sup&gt; 25</sup&gt;, Bu yüzden genel bir yardımcı bulmalısınız<em&gt; C. elegans</em&gt; Araştırma topluluğu.</p

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> BactoAgar </td><td> BD Diagnostic Systems </td><td> 214010 </td><td></td></tr><tr><td> Ampisilin </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A9518 </td><td></td></tr><tr><td> BactoPeptone </td><td> BD Diagnostic Systems </td><td> 211677 </td><td></td></tr><tr><td> CaCI2 </td><td> Herhangi bir tedarikçi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> AeraSeal yapışkan film </td><td> Dutscher </td><td> 760214 </td><td></td></tr><tr><td> İzopropil β-D-Thiogalactopyranoside (IPTG) </td><td> Thermo Scientific </td><td> AB-0481 </td><td></td></tr><tr><td> K 2 HPO 4 </td><td> Herhangi bir tedarikçi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> KH 2 PO 4 </td><td> Herhangi bir tedarikçi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> MgSO 4 </td><td> Herhangi bir tedarikçi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> NaCl </td><td> Herhangi bir tedarikçi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Na 2 HPO 4 </td><td> Herhangi bir tedarikçi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> NaOH </td><td> Herhangi bir tedarikçi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 96 derin kuyu plaka </td><td> Thermo Scientific </td><td> AB-0932 </td><td></td></tr><tr><td> 96 sıra düz plaka </td><td> FALCON </td><td> 353072 </td><td></td></tr><tr><td> 96 yuvarlak plakanın </td><td> FALCON </td><td> 353077 </td><td></td></tr><tr><td> Tetrasiklin </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T8032 </td><td></td></tr><tr><td> Triton X-100 </td><td> Herhangi bir tedarikçi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecan robot </td><td> Tecan </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Liquidator96 TM </td><td> Rainin </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Copas Biosort </td><td> Birlik Biometrica </td><td></td><td></td></tr><tr><td> LIMS </td><td> Modul-Bio </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

quantitative and automated high-throughput genome-wide rnai screens in c. elegans

RNA etkileşimi bir bütün-genom ölçekte ve kantitatif bir bağlamda yürütülen, özellikle gen fonksiyonlarını anlamak için güçlü bir yöntemdir. C. elegans, gen fonksiyonu belirli bir gen 1 tekabül eden bir dsRNA ifade bakterilerle solucan besleyerek basit ve etkin nakavt olabilir. RNAi klonların kütüphaneleri oluşturulması C. çoğunu kapsayan iken elegans genom 2,3 gerçek fonksiyonel genomik çalışmalar (örneğin 4-7) bakın yolunu açtı, en köklü zahmetli yöntemler vardır. Moy ve arkadaşları genom ekranlar 8 kolaylaştırmak yarı otomatik protokolleri geliştirmiştir. Yaklaşımı mikroskopik görüntüleme ve görüntü analizine dayanmaktadır. Burada alternatif bir bakteriyel RNAi klonlar, Copas Biosort (Union Biometrica (UBI)) kullanılarak kantitatif analiz robotlu taşıma dayalı yüksek verimlilik genom ekran için protokol, ve bir tarifentegre yazılım: MBioLIMS (Modül-Bio Laboratuar Bilgi Yönetim Sistemi) veri yönetimi ve örnek izleme için yüksek verim sağlayan bir teknoloji. Metodu ekranları katı orta plaka üzerinde gerçekleştirilen izin verir. Bu, C. kişilere hitap etmeni-konak ilişkilerinin gibi bazı çalışmalar için özellikle önemlidir elegans, belirli mikroplar verimli sıvı kültüründe solucanlar enfekte etmez yana. Bu yöntem, C ile anti-fungal doğuştan gelen bağışıklık genlerin önemi ölçmek için nasıl kullanılabileceğini göstermektedir elegans. Bu durumda, bir yaklaşım içinde yapısal olarak ifade edilir antimikrobiyal peptit geni nlp 29 promoter ve kırmızı bir flüoresan raportör kontrolü altında GFP ile bir enfeksiyona epidermal-indüklenebilen flüoresan raportör genini taşıyan bir transjenik suşunun kullanımına dayanır epidermis. İkincisi epidermisin işlevsel bütünlüğü için bir iç kontrol sağlarve nonspesifik transgen 9 susturmak. Kontrolü solucanlar mantar tarafından enfekte olduğunda, onlar yeşil floresan. RNAi enfeksiyon sonrası azalan floresans nlp 29 ifade sonuçlar için gerekli olan bir gen tarafından aşağı vurma. Şu anda, bu protokol daha 3000 RNAi klonlar az 2 ay içinde toplam genomunu eleme olasılığını açılması, haftada test edildi ve analiz edilmesini sağlar.

Watch this Scientific Journal Video about Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans at JoVE.com

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

Biz kullanarak bir protokol tarif<em&gt; C. elegans</emBu floresans, büyüklüğü ve nüfusu bireysel solucanlar donukluk gibi birden fazla parametrelerin otomatik ölçüm sağlar&gt; ve RNAi besleme kütüphaneler. Biz anti-mantar doğal bağışıklığın rol genleri tanımlamak için ekranın bir örnek vermek<em&gt; C. elegans</em&gt;.

Nicel ve Otomatik Yüksek throughput Genom çapında RNAi Ekranlar C. elegans</em

RNA interference is a powerful method to understand gene function, especially when conducted at a whole-genome scale and in a quantitative context. In C. ...

Research

JoVE Journal

Biology

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

Development of automated imaging and analysis for zebrafish chemical screens.

Zebrafish kimyasal ekranlar için otomatik görüntüleme ve analiz geliştirilmesi.

We demonstrate the application of image-based high-content screening (HCS) methodology to identify small molecules that can modulate the FGF/RAS/MAPK ...

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

Izoform özel Gen Hedefler Belirlemek için ChIP kullanarak genom analizi

Recruitment of transcriptional and epigenetic factors to their targets is a key step in their regulation. Prominently featured in recruitment are the ...

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

Floresan ile yüksek verim Tarama ve Biyoalgılayıcı C. elegans Suşlarının

High-throughput screening (HTS) is a powerful approach for identifying chemical modulators of biological processes.  However, many compounds identified in ...

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

Içinde Postembryonic Fenotiplerin Belirleme RNAi Tarama C. elegans</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

Otomatik kullanarak Kromozomlar Yüksek throughput Fiziksel Haritalama<em&gt; In situ</em&gt; Hibridizasyon

Projects to obtain whole-genome sequences for 10,000 vertebrate species1 and for 5,000 insect and related arthropod species2 are expected to take place ...

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

Genom çapında Gen Delesyonlar içinde<em&gt; Streptococcus sanguinis</em&gt; Yüksek Verimli PCR ile

Transposon  mutagenesis and single-gene deletion are two methods applied in genome-wide  gene knockout in bacteria 1,2. Although transposon mutagenesis is ...

C. elegans Chemotaxis Assay

C. elegans Chemotaxis Assay

C. elegans Kemotaksis Deneyi

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates.  Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis ...

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

Fat Kütle Biyokimyasal ve Yüksek Verimli Mikroskobik Değerlendirme<em&gt; Caenorhabditis Elegans</em

The nematode C. elegans has emerged as an important  model for the study of conserved genetic pathways regulating fat metabolism as  it relates to human ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Post-transkripsiyonel ayarlı genlerin kimyasal Modülatörler için yüksek verimli tarama

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC (Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin)

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin

COSMIC ile Hücrelerde İlaç-DNA Etkileşimlerinin genom Haritalama (Küçük moleküllerinin çapraz bağlanmasını Kromatin yalıtmak için)

The genome is the target of some of the most effective chemotherapeutics, but most of these drugs lack DNA sequence specificity, which leads to ...