Name: modified yeast-two-hybrid system to identify proteins interacting with the growth factor progranulin
Uploaded: 2012-01-17T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Modified Yeast-Two-Hybrid System to Identify Proteins Interacting with the Growth Factor Progranulin at JoVE.com

وقد تم تمويل هذا العمل عن طريق منح البحوث K01AR053210 المعاهد الوطنية للصحة ، R01AR061484 ومنحة من مؤسسة الصدفية الوطنية.

1. معلومات أساسية الخميرة نظام هجين اثنين هي تقنية قوية الجينية المستخدمة لاكتشاف بروتين تفاعلات البروتين 16 و 17. عدة أنواع من النظم المختلطة - 2 ، مثل به lexa الأنظمة المستندة ، ونظام التوظيف الاستغاثة ، والبكتيريا أو الخلايا ال...

<ol>
	<li>He, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+is+a+mediator+of+the+wound+response.">Progranulin is a mediator of the wound response.</a> Nat. Med. 9, 225-229 (2003).</li><li>Kessenbrock, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteinase+3+and+neutrophil+elastase+enhance+inflammation+in+mice+by+inactivating+antiinflammatory+progranulin.">Proteinase 3 and neutrophil elastase enhance inflammation in mice by inactivating antiinflammatory progranulin.</a> J. Clin. Invest. 118, 2438-2447 (2008).</li><li>Zhu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conversion+of+proepithelin+to+epithelins:+roles+of+SLPI+and+elastase+in+host+defense+and+wound+repair.">Conversion of proepithelin to epithelins: roles of SLPI and elastase in host defense and wound repair.</a> Cell. 111, 867-878 (2002).</li><li>Yin, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exaggerated+inflammation,+impaired+host+defense,+and+neuropathology+in+progranulin-deficient+mice.">Exaggerated inflammation, impaired host defense, and neuropathology in progranulin-deficient mice.</a> J. Exp. Med. 207, 117-128 (2010).</li><li>Van Damme, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+functions+as+a+neurotrophic+factor+to+regulate+neurite+outgrowth+and+enhance+neuronal+survival.">Progranulin functions as a neurotrophic factor to regulate neurite outgrowth and enhance neuronal survival.</a> J. Cell. Biol. 181, 37-41 (2008).</li><li>Baker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+progranulin+cause+tau-negative+frontotemporal+dementia+linked+to+chromosome+17.">Mutations in progranulin cause tau-negative frontotemporal dementia linked to chromosome 17.</a> Nature. 442, 916-919 (2006).</li><li>Cruts, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Null+mutations+in+progranulin+cause+ubiquitin-positive+frontotemporal+dementia+linked+to+chromosome+17q21.">Null mutations in progranulin cause ubiquitin-positive frontotemporal dementia linked to chromosome 17q21.</a> Nature. 442, 920-924 (2006).</li><li>Guo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Granulin-epithelin+precursor+binds+directly+to+ADAMTS-7+and+ADAMTS-12+and+inhibits+their+degradation+of+cartilage+oligomeric+matrix+protein.">Granulin-epithelin precursor binds directly to ADAMTS-7 and ADAMTS-12 and inhibits their degradation of cartilage oligomeric matrix protein.</a> Arthritis Rheum. 62, 2023-2036 (2010).</li><li>Feng, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Granulin+epithelin+precursor:+a+bone+morphogenic+protein+2-inducible+growth+factor+that+activates+Erk1/2+signaling+and+JunB+transcription+factor+in+chondrogenesis.">Granulin epithelin precursor: a bone morphogenic protein 2-inducible growth factor that activates Erk1/2 signaling and JunB transcription factor in chondrogenesis.</a> FASEB. J. 24, 1879-1892 (2010).</li><li>Xu, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cartilage+oligomeric+matrix+protein+associates+with+granulin-epithelin+precursor+(GEP)+and+potentiates+GEP-stimulated+chondrocyte+proliferation.">Cartilage oligomeric matrix protein associates with granulin-epithelin precursor (GEP) and potentiates GEP-stimulated chondrocyte proliferation.</a> J. Biol. Chem. 282, 11347-11355 (2007).</li><li>Liu, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+ADAMTS-7+and+ADAMTS-12+in+the+pathogenesis+of+arthritis.">The role of ADAMTS-7 and ADAMTS-12 in the pathogenesis of arthritis.</a> Nat. Clin. Pract. Rheumatol. 5, 38-45 (2009).</li><li>Liu, C., Dib-Hajj, S. D., Waxman, S. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Waxman,+S.G.+Fibroblast+growth+factor+homologous+factor+1B+binds+to+the+C+terminus+of+the+tetrodotoxin-resistant+sodium+channel+rNav1.9a+(NaN).">Waxman, S.G. Fibroblast growth factor homologous factor 1B binds to the C terminus of the tetrodotoxin-resistant sodium channel rNav1.9a (NaN).</a> J. Biol. Chem. 276, 18925-18933 (2001).</li><li>Liu, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ADAMTS-7:+a+metalloproteinase+that+directly+binds+to+and+degrades+cartilage+oligomeric+matrix+protein.">ADAMTS-7: a metalloproteinase that directly binds to and degrades cartilage oligomeric matrix protein.</a> FASEB. J. 20, 988-990 (2006).</li><li>Tang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Growth+Factor+Progranulin+Binds+to+TNF+Receptors+and+Is+Therapeutic+Against+Inflammatory+Arthritis+in+Mice.">The Growth Factor Progranulin Binds to TNF Receptors and Is Therapeutic Against Inflammatory Arthritis in Mice.</a> Science. 332, 478-484 (2011).</li><li>Wu, H., Siegel, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+Resolves+Inflammation.">Progranulin Resolves Inflammation.</a> Science. 332, 427-428 (2011).</li><li>Hollenberg, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+new+family+of+tissue-specific+basic+helix-loop-helix+proteins+with+a+two-hybrid+system.">Identification of a new family of tissue-specific basic helix-loop-helix proteins with a two-hybrid system.</a> Mol. Cell. Biol. 15, 3813-3822 (1995).</li><li>Vojtek, A. B., Hollenberg, S. M., Cooper, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+Ras+interacts+directly+with+the+serine/threonine+kinase+Raf.">Mammalian Ras interacts directly with the serine/threonine kinase Raf.</a> Cell. 74, 205-214 (1993).</li></ol>

وقد ثبت الخميرة ثنائي هجين الفرز لتكون أداة فعالة في تحديد التفاعل البروتين 16 و 17. بالمقارنة مع الطرق الأخرى لتحديد البروتين الملزمة الشركاء ، مثل رقائق شارك في تنقية البروتين والبيوكيميائية ، والخميرة ثنائي النظام الهجين هو نهج الحساسة الجينية التي يمكن استخ...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم الكاشف </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td></tr><tr><td> بروكويست نظام هجين اثنين </td><td> Invitrogen </td><td> 10835 </td></tr><tr><td> YPD نمو متوسطة </td><td> Clontech </td><td> 630409 </td></tr><tr><td> YPD آجار متوسطة </td><td> Clontech </td><td> 630410 </td></tr><tr><td> الحد الأدنى من قاعدة SD آغار </td><td> Clontech </td><td> 630412 </td></tr><tr><td> اللو - DO الملحق </td><td> Clontech </td><td> 630414 </td></tr><tr><td> -Leu/-Trp DO الملحق </td><td> Clontech </td><td> 630417 </td></tr><tr><td> -His/-Leu/-Trp/-Ura DO الملحق </td><td> Clontech </td><td> 630425 </td></tr><tr><td> 3 - 1 - الأمينية ،2،4 - Triazole (3AT) </td><td> سيغما الدريخ </td><td> A8056 </td></tr><tr><td> مرق لوريا (LB) </td><td> سيغما الدريخ </td><td> L3022 </td></tr><tr><td> X - غال </td><td> Invitrogen </td><td> 15520-034 </td></tr><tr><td> Sonicated الحمض النووي الحيوانات المنوية سالمون </td><td> Stratagene </td><td> 201190 </td></tr><tr><td> أمبيسيلين </td><td> AMRESCO </td><td> 0339 </td></tr><tr><td> الكاناميسين سلفات </td><td> Invitrogen </td><td> 11815-024 </td></tr><tr><td> الكفاءة Subcloning ™ ™ DH5α خلايا المختصة </td><td> Invitrogen </td><td> 18265-017 </td></tr><tr><td> Trizma ® قاعدة </td><td> سيغما الدريخ </td><td> T6066 </td></tr><tr><td> خلات الليثيوم </td><td> سيغما الدريخ </td><td> L4158 </td></tr><tr><td> Ethylenediaminetetraacetic حمض </td><td> سيغما الدريخ </td><td> ED </td></tr><tr><td> النيتروسليلوز الغشائية </td><td> بيو راد </td><td> 162-0115 </td></tr><tr><td> 10 سم ، وطبق بتري </td><td> ITI العلمية </td><td> CT - 903 </td></tr><tr><td> حاضنة (30 درجة مئوية) </td><td> ATR (Ecotron) </td><td></td></tr></table>

modified yeast-two-hybrid system to identify proteins interacting with the growth factor progranulin

Progranulin (PGRN) ، المعروف أيضا باسم السلائف epithelin granulin (تقرير الآفاق الاقتصادية العالمية) ، هو 593 - الأحماض الأمينية autocrine عامل النمو. ومن المعروف PGRN أن تلعب دورا حاسما في مجموعة متنوعة من العمليات الفسيولوجية والأمراض ، بما في ذلك مرحلة التطور الجنيني المبكر ، والتئام الجروح 1 ، والتهاب 2 ، 3 ، 4 والدفاع المضيف. وظائف PGRN أيضا كعامل عصبية 5 ، والطفرات في الجينات PGRN مما أدى إلى فقدان جزئي للقضية PGRN الخرف الجبهي بروتين 6 ، 7. وقد أدت الدراسات التي أجريناها مؤخرا إلى عزل PGRN كهيئة تنظيمية مهمة للتنمية وتدهور الغضروف 11/08. على الرغم من PGRN ، اكتشفت منذ ما يقرب من عقدين من الزمن ، ويلعب دورا حاسما في العديد من الظروف الفسيولوجية والمرضية ، والجهود المبذولة لاستغلال تصرفات PGRN وفهم الآليات التي تشارك تعرقلت بشكل كبير من خلال عدم قدرتنا على تحديد مستقبله ملزمة (ق). لمعالجة هذه المشكلة ، قمنا بتطوير مودىالنهج القائم fied الخميرة اثنين الهجين (MY2H) على الأكثر استخداما GAL4 نظام 2 - الهجينة القائمة. بالمقارنة مع شاشة تقليدية ثنائية مختلطة الخميرة ، MY2H تقصير كبير في عملية الشاشة ويقلل من عدد الحيوانات المستنسخة إيجابية كاذبة. بالإضافة إلى ذلك ، هذا النهج هو استنساخه وموثوق بها ، ونحن قد استخدمت هذا النظام بنجاح في عزل البروتينات الملزمة الطعم المختلفة ، بما في ذلك قناة أيون 12 ، المصفوفة خارج الخلية البروتين 10 و 13 و 14 عامل النمو. في هذه الورقة ، ونحن تصف هذا الإجراء MY2H التجريبي في التفاصيل باستخدام PGRN كمثال والتي أدت إلى تحديد TNFR2 كما مستقبلات first PGRN المرتبطة معروفة 14 و 15.

Watch this Scientific Journal Video about Modified Yeast-Two-Hybrid System to Identify Proteins Interacting with the Growth Factor Progranulin at JoVE.com

Modified Yeast-Two-Hybrid System to Identify Proteins Interacting with the Growth Factor Progranulin

عدلت أننا الخميرة تقليدية ثنائية مختلطة الفرز ، وأداة فعالة في تحديد الجينية التفاعل البروتين. هذا التعديل تقصير ملحوظ في العملية ، ويقلل من عبء العمل ، والأهم من ذلك ، ويقلل من عدد من ايجابيات كاذبة. بالإضافة إلى ذلك ، هذا النهج هو استنساخه وموثوق بها.

تعديل الخميرة اثنين والهجين نظام لتحديد البروتينات التفاعل مع عامل النمو Progranulin

Progranulin (PGRN), also known as granulin epithelin precursor (GEP), is a 593-amino-acid autocrine growth factor. PGRN is known to play a critical role ...

Research

JoVE Journal

Biology

Growth Factor-Coated Bead Placement on Dorsal Forebrain Explants

عامل النمو المغلفه الموضع الخرزة على Explants الدماغ المقدم الظهرية

Placing Growth Factor-Coated Beads on Early Stage Chicken Embryos

وضع عامل النمو المغلفه الخرز على أجنة الدجاج المرحلة المبكرة

The neural tube expresses many proteins in specific spatiotemporal patterns during development.   These proteins have been shown to be critical for cell ...

Preparing T Cell Growth Factor from Rat Splenocytes

إعداد عامل نمو الخلايا T من Splenocytes الجرذ

Maintenance of antigen-specific T cell lines or clones in culture requires rounds of antigen-induced activation separated by phases of cell expansion 1,2. ...

Proteomics to Identify Proteins Interacting with P2X2 Ligand-Gated Cation Channels

البروتيوميات من التعرف على البروتينات التفاعل مع P2X2 قنوات الكاتيون يجند بوابات

Ligand-gated ion channels underlie synaptic communication in the nervous system1. In mammals there are three families of ligand-gated channels: the cys ...

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid (MYTH) System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid MYTH System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

انقسام اليوبيكويتين الخميرة يستند الغشاء الهجين ثنائي (الأسطورة) النظام : أداة قوية لتحديد البروتين البروتين التفاعلات

The fundamental biological and clinical importance of integral membrane proteins prompted the development of a yeast-based system for the high-throughput ...

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

PAR كليب -- وسيلة لتحديد نطاق Transcriptome مواقع الربط من البروتينات الحمض النووي الريبي تجليد

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

[رني الفرز لتحديد الظواهر تال للمرحلة الجنينية في C. ايليجانس</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

Reverse Yeast Two-hybrid System to Identify Mammalian Nuclear Receptor Residues that Interact with Ligands and/or Antagonists

عكس الخميرة نظام هجين اثنين من التعرف على الثدييات مستقبلات النووية التي تتفاعل مع بقايا تقوم الليجندات و / أو الخصوم

As a critical regulator of drug metabolism and inflammation, Pregnane X Receptor (PXR), plays an important role in disease pathophysiology linking ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

التقاط الطيف الكتلي - أداة قوية لتحديد رواية ج-دي-GMP المستجيب البروتينات

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1&#945; Promoter Using Gibson Assembly

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1ÃƒÅ½Ã‚Â± Promoter Using Gibson Assembly

جيل من البلازميد ناقلات معربا عن بروتينات الموسومة FLAG تحت تنظيم الاستطالة الإنسان عامل-1α المروج عن طريق الجمعية جيبسون

Gibson assembly (GA) cloning offers a rapid, reliable, and flexible alternative to conventional DNA cloning methods. We used GA to create customized ...