Name: modified yeast-two-hybrid system to identify proteins interacting with the growth factor progranulin
Uploaded: 2012-01-17T13:00:00
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この作品は、NIHの研究助成K01AR053210、R01AR061484と国立乾癬財団からの助成金によって賄われていた。

1。背景情報酵母ツーハイブリッドシステムは、タンパク質-タンパク質相互作用16、17を発見するのに使用される強力な遺伝学的手法です。などのLexA -ベースのシステム、SOSの募集システム、および細菌または哺乳類細胞ベースの2 - ハイブリッドとして2 - ハイブリッドシステム、、いくつかの種類が市販されている、この論文では特に、最も一般的に使用されるGAL...

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	<li>He, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+is+a+mediator+of+the+wound+response.">Progranulin is a mediator of the wound response.</a> Nat. Med. 9, 225-229 (2003).</li><li>Kessenbrock, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteinase+3+and+neutrophil+elastase+enhance+inflammation+in+mice+by+inactivating+antiinflammatory+progranulin.">Proteinase 3 and neutrophil elastase enhance inflammation in mice by inactivating antiinflammatory progranulin.</a> J. Clin. Invest. 118, 2438-2447 (2008).</li><li>Zhu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conversion+of+proepithelin+to+epithelins:+roles+of+SLPI+and+elastase+in+host+defense+and+wound+repair.">Conversion of proepithelin to epithelins: roles of SLPI and elastase in host defense and wound repair.</a> Cell. 111, 867-878 (2002).</li><li>Yin, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exaggerated+inflammation,+impaired+host+defense,+and+neuropathology+in+progranulin-deficient+mice.">Exaggerated inflammation, impaired host defense, and neuropathology in progranulin-deficient mice.</a> J. Exp. Med. 207, 117-128 (2010).</li><li>Van Damme, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+functions+as+a+neurotrophic+factor+to+regulate+neurite+outgrowth+and+enhance+neuronal+survival.">Progranulin functions as a neurotrophic factor to regulate neurite outgrowth and enhance neuronal survival.</a> J. Cell. Biol. 181, 37-41 (2008).</li><li>Baker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+progranulin+cause+tau-negative+frontotemporal+dementia+linked+to+chromosome+17.">Mutations in progranulin cause tau-negative frontotemporal dementia linked to chromosome 17.</a> Nature. 442, 916-919 (2006).</li><li>Cruts, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Null+mutations+in+progranulin+cause+ubiquitin-positive+frontotemporal+dementia+linked+to+chromosome+17q21.">Null mutations in progranulin cause ubiquitin-positive frontotemporal dementia linked to chromosome 17q21.</a> Nature. 442, 920-924 (2006).</li><li>Guo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Granulin-epithelin+precursor+binds+directly+to+ADAMTS-7+and+ADAMTS-12+and+inhibits+their+degradation+of+cartilage+oligomeric+matrix+protein.">Granulin-epithelin precursor binds directly to ADAMTS-7 and ADAMTS-12 and inhibits their degradation of cartilage oligomeric matrix protein.</a> Arthritis Rheum. 62, 2023-2036 (2010).</li><li>Feng, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Granulin+epithelin+precursor:+a+bone+morphogenic+protein+2-inducible+growth+factor+that+activates+Erk1/2+signaling+and+JunB+transcription+factor+in+chondrogenesis.">Granulin epithelin precursor: a bone morphogenic protein 2-inducible growth factor that activates Erk1/2 signaling and JunB transcription factor in chondrogenesis.</a> FASEB. J. 24, 1879-1892 (2010).</li><li>Xu, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cartilage+oligomeric+matrix+protein+associates+with+granulin-epithelin+precursor+(GEP)+and+potentiates+GEP-stimulated+chondrocyte+proliferation.">Cartilage oligomeric matrix protein associates with granulin-epithelin precursor (GEP) and potentiates GEP-stimulated chondrocyte proliferation.</a> J. Biol. Chem. 282, 11347-11355 (2007).</li><li>Liu, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+ADAMTS-7+and+ADAMTS-12+in+the+pathogenesis+of+arthritis.">The role of ADAMTS-7 and ADAMTS-12 in the pathogenesis of arthritis.</a> Nat. Clin. Pract. Rheumatol. 5, 38-45 (2009).</li><li>Liu, C., Dib-Hajj, S. D., Waxman, S. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Waxman,+S.G.+Fibroblast+growth+factor+homologous+factor+1B+binds+to+the+C+terminus+of+the+tetrodotoxin-resistant+sodium+channel+rNav1.9a+(NaN).">Waxman, S.G. Fibroblast growth factor homologous factor 1B binds to the C terminus of the tetrodotoxin-resistant sodium channel rNav1.9a (NaN).</a> J. Biol. Chem. 276, 18925-18933 (2001).</li><li>Liu, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ADAMTS-7:+a+metalloproteinase+that+directly+binds+to+and+degrades+cartilage+oligomeric+matrix+protein.">ADAMTS-7: a metalloproteinase that directly binds to and degrades cartilage oligomeric matrix protein.</a> FASEB. J. 20, 988-990 (2006).</li><li>Tang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Growth+Factor+Progranulin+Binds+to+TNF+Receptors+and+Is+Therapeutic+Against+Inflammatory+Arthritis+in+Mice.">The Growth Factor Progranulin Binds to TNF Receptors and Is Therapeutic Against Inflammatory Arthritis in Mice.</a> Science. 332, 478-484 (2011).</li><li>Wu, H., Siegel, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+Resolves+Inflammation.">Progranulin Resolves Inflammation.</a> Science. 332, 427-428 (2011).</li><li>Hollenberg, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+new+family+of+tissue-specific+basic+helix-loop-helix+proteins+with+a+two-hybrid+system.">Identification of a new family of tissue-specific basic helix-loop-helix proteins with a two-hybrid system.</a> Mol. Cell. Biol. 15, 3813-3822 (1995).</li><li>Vojtek, A. B., Hollenberg, S. M., Cooper, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+Ras+interacts+directly+with+the+serine/threonine+kinase+Raf.">Mammalian Ras interacts directly with the serine/threonine kinase Raf.</a> Cell. 74, 205-214 (1993).</li></ol>

酵母ツーハイブリッドスクリーニングは、タンパク質の相互作用16、17を同定する際に有効なツールであることが証明されている。このような生化学的共精製とプロテインチップなどの蛋白質 - 結合パートナーを同定するための他のアプローチと比較して、酵母ツーハイブリッドシステムは、比較的単純な実験でコード配列の非常に高い数字をスクリーニングに用いることが?...

<table border="1"><tbody><tr><td> 試薬の名前 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td></tr><tr><td> ProQuestのツーハイブリッドシステム</td><td>インビトロジェン</td><td> 10835 </td></tr><tr><td> YPD培養液</td><td>クロンテック</td><td> 630409 </td></tr><tr><td> YPD寒天培地</td><td>クロンテック</td><td> 630410 </td></tr><tr><td>最小限のSD寒天ベース</td><td>クロンテック</td><td> 630412 </td></tr><tr><td> - Leuのは、サプリメントのDO </td><td>クロンテック</td><td> 630414 </td></tr><tr><td> -Leu/-Trp DOの補足</td><td>クロンテック</td><td> 630417 </td></tr><tr><td> -His/-Leu/-Trp/-Ura DOの補足</td><td>クロンテック</td><td> 630425 </td></tr><tr><td> 3 - アミノ-1,2,4 - トリアゾール（3AT） </td><td>シグマアルドリッチ</td><td> A8056 </td></tr><tr><td>ルリア培地（LB） </td><td>シグマアルドリッチ</td><td> L3022 </td></tr><tr><td> X - Galを</td><td>インビトロジェン</td><td> 15520-034 </td></tr><tr><td>超音波処理サケ精子DNA </td><td>ストラタジーン</td><td> 201190 </td></tr><tr><td>アンピシリン</td><td> AMRESCO </td><td> 0339 </td></tr><tr><td>硫酸カナマイシン</td><td>インビトロジェン</td><td> 11815-024 </td></tr><tr><td>サブクローニングの効率™DH5α™コンピテントセル</td><td>インビトロジェン</td><td> 18265-017 </td></tr><tr><td> Trizma ®ベース</td><td>シグマアルドリッチ</td><td> T6066 </td></tr><tr><td>リチウム酢酸</td><td>シグマアルドリッチ</td><td> L4158 </td></tr><tr><td>エチレンジアミン四酢酸</td><td>シグマアルドリッチ</td><td> ED </td></tr><tr><td>ニトロセルロース膜</td><td> Bio - Rad社</td><td> 162-0115 </td></tr><tr><td> 10cmのペトリ皿</td><td> ITIサイエンティフィック</td><td> CT - 903 </td></tr><tr><td>インキュベーター（30℃） </td><td> ATR（Ecotron） </td><td></td></tr></table>

modified yeast-two-hybrid system to identify proteins interacting with the growth factor progranulin

またgranulin epithelin前駆体（GEP）として知られているProgranulin（PGRN）は、、593アミノ酸のオートクリン増殖因子です。 PGRNは、初期胚発生、創傷治癒1、炎症2、3、および宿主防御4を含む生理と病気のプロセス、さまざまな重要な役割を果たすことが知られている。神経栄養因子5、PGRNタンパク質の原因と前頭側頭型認知症6、7の部分的な損失をもたらすPGRN遺伝子の変異としてPGRNも機能します。私たちの最近の研究では、軟骨の開発と劣化8月11日の重要な調節因子としてPGRNの分離につながっている。 PGRNは、ほぼ二十年前に発見されたものの、、複数の生理学的および病理学的条件にPGRNのアクションを活用し、関与するメカニズムを理解する努力を大幅に結合受容体（複数可）を識別するために、私たちの無力によって妨げられているが決定的な役割を果たしている。この問題に対処するために、我々は修正を開発fied酵母ツーハイブリッド（MY2H）が最も一般的に使用されるGAL4ベースの2 - ハイブリッドシステムに基づくアプローチ。従来の酵母ツーハイブリッドスクリーンと比較して、MY2Hは劇的に画面のプロセスを短縮し、偽陽性クローンの数を減らすことができます。さらに、このアプローチは、再現性と信頼性であり、そして我々が正常にイオンチャネル12、細胞外マトリックスタンパク質10、13、および成長因子14を含む様々なベイトの結合タンパク質を、単離することにこのシステムを採用している。本稿では、最初に知られてPGRN関連受容体14,15としてTNFR2の同定につながった例として、PGRNを用いて詳細にこのMY2H実験手順を説明します。

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Modified Yeast-Two-Hybrid System to Identify Proteins Interacting with the Growth Factor Progranulin

我々は、従来の酵母ツーハイブリッドスクリーニング、タンパク質相互作用の同定に効果的な遺伝的なツールを変更しました。この変更は著しく、プロセスを短縮する作業負荷を軽減、そして最も重要なのは、偽陽性の数を減らします。さらに、このアプローチは、再現性と信頼性です。

成長因子Progranulinと相互作用するタンパク質を識別するように変更酵母ツーハイブリッドシステム

Progranulin (PGRN), also known as granulin epithelin precursor (GEP), is a 593-amino-acid autocrine growth factor. PGRN is known to play a critical role ...

Research

JoVE Journal

Biology

Growth Factor-Coated Bead Placement on Dorsal Forebrain Explants

背側前脳の外植片上に成長因子-コーティングビーズの配置

Placing Growth Factor-Coated Beads on Early Stage Chicken Embryos

アーリーステージのニワトリ胚に成長因子コートビーズの配置

The neural tube expresses many proteins in specific spatiotemporal patterns during development.   These proteins have been shown to be critical for cell ...

Preparing T Cell Growth Factor from Rat Splenocytes

ラットの脾細胞からT細胞増殖因子の準備

Maintenance of antigen-specific T cell lines or clones in culture requires rounds of antigen-induced activation separated by phases of cell expansion 1,2. ...

Proteomics to Identify Proteins Interacting with P2X2 Ligand-Gated Cation Channels

P2X2リガンド依存性陽イオンチャネルと相互作用するタンパク質を特定するためのプロテオミクス

Ligand-gated ion channels underlie synaptic communication in the nervous system1. In mammals there are three families of ligand-gated channels: the cys ...

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid (MYTH) System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid MYTH System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

スプリットユビキチンによる膜酵母ツーハイブリッド（神話）システム：タンパク質間相互作用を識別するための強力なツール

The fundamental biological and clinical importance of integral membrane proteins prompted the development of a yeast-based system for the high-throughput ...

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

PAR -クリップ - RNA結合タンパク質のトランスクリプトーム全体の結合部位を同定する方法

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

の後胚表現型を識別するためのRNAiスクリーニング C.エレガンス</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

Reverse Yeast Two-hybrid System to Identify Mammalian Nuclear Receptor Residues that Interact with Ligands and/or Antagonists

相互作用するリガンドおよび/またはアンタゴニストと、哺乳動物核内受容体残基を同定するために逆酵母ツーハイブリッドシステム

As a critical regulator of drug metabolism and inflammation, Pregnane X Receptor (PXR), plays an important role in disease pathophysiology linking ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

捕獲化合物質量分析 - 小説のc-ジ-GMPエフェクタータンパク質を同定するための強力なツール

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1&#945; Promoter Using Gibson Assembly

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1ÃƒÅ½Ã‚Â± Promoter Using Gibson Assembly

ギブソンアセンブリを使用して、ヒト伸長因子1αプロモーターの制御下でFLAGタグ化タンパク質を発現するプラスミドベクターの作製

Gibson assembly (GA) cloning offers a rapid, reliable, and flexible alternative to conventional DNA cloning methods. We used GA to create customized ...