Name: modified yeast-two-hybrid system to identify proteins interacting with the growth factor progranulin
Uploaded: 2012-01-17T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Modified Yeast-Two-Hybrid System to Identify Proteins Interacting with the Growth Factor Progranulin at JoVE.com

Bu çalışma NIH araştırma hibeleri K01AR053210, R01AR061484 ve Ulusal Sedef hastalığı Vakfı hibe tarafından finanse edildi.

1. Arka plan bilgileri Maya iki hibrid sistemi, protein-protein etkileşimleri 16, 17 keşfetmek için kullanılan güçlü bir genetik tekniği . 2-hibrit sistemler, Lexa tabanlı sistemler, Sos İşe Alım Sistemi ve bakteri ya da memeli hücre tabanlı 2-hibritlerin gibi birkaç çeşit ticari, bu yazıda özellikle en yaygın olarak kullanılan GAL4 esaslı değişiklikler üzerinde duruluyor maya 2-hibrid sistemi. Kısaca, yöntemi, DNA-bağlayıcı ve transkripsiyonel aktivasy...

<ol>
	<li>He, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+is+a+mediator+of+the+wound+response.">Progranulin is a mediator of the wound response.</a> Nat. Med. 9, 225-229 (2003).</li><li>Kessenbrock, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteinase+3+and+neutrophil+elastase+enhance+inflammation+in+mice+by+inactivating+antiinflammatory+progranulin.">Proteinase 3 and neutrophil elastase enhance inflammation in mice by inactivating antiinflammatory progranulin.</a> J. Clin. Invest. 118, 2438-2447 (2008).</li><li>Zhu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conversion+of+proepithelin+to+epithelins:+roles+of+SLPI+and+elastase+in+host+defense+and+wound+repair.">Conversion of proepithelin to epithelins: roles of SLPI and elastase in host defense and wound repair.</a> Cell. 111, 867-878 (2002).</li><li>Yin, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exaggerated+inflammation,+impaired+host+defense,+and+neuropathology+in+progranulin-deficient+mice.">Exaggerated inflammation, impaired host defense, and neuropathology in progranulin-deficient mice.</a> J. Exp. Med. 207, 117-128 (2010).</li><li>Van Damme, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+functions+as+a+neurotrophic+factor+to+regulate+neurite+outgrowth+and+enhance+neuronal+survival.">Progranulin functions as a neurotrophic factor to regulate neurite outgrowth and enhance neuronal survival.</a> J. Cell. Biol. 181, 37-41 (2008).</li><li>Baker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+progranulin+cause+tau-negative+frontotemporal+dementia+linked+to+chromosome+17.">Mutations in progranulin cause tau-negative frontotemporal dementia linked to chromosome 17.</a> Nature. 442, 916-919 (2006).</li><li>Cruts, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Null+mutations+in+progranulin+cause+ubiquitin-positive+frontotemporal+dementia+linked+to+chromosome+17q21.">Null mutations in progranulin cause ubiquitin-positive frontotemporal dementia linked to chromosome 17q21.</a> Nature. 442, 920-924 (2006).</li><li>Guo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Granulin-epithelin+precursor+binds+directly+to+ADAMTS-7+and+ADAMTS-12+and+inhibits+their+degradation+of+cartilage+oligomeric+matrix+protein.">Granulin-epithelin precursor binds directly to ADAMTS-7 and ADAMTS-12 and inhibits their degradation of cartilage oligomeric matrix protein.</a> Arthritis Rheum. 62, 2023-2036 (2010).</li><li>Feng, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Granulin+epithelin+precursor:+a+bone+morphogenic+protein+2-inducible+growth+factor+that+activates+Erk1/2+signaling+and+JunB+transcription+factor+in+chondrogenesis.">Granulin epithelin precursor: a bone morphogenic protein 2-inducible growth factor that activates Erk1/2 signaling and JunB transcription factor in chondrogenesis.</a> FASEB. J. 24, 1879-1892 (2010).</li><li>Xu, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cartilage+oligomeric+matrix+protein+associates+with+granulin-epithelin+precursor+(GEP)+and+potentiates+GEP-stimulated+chondrocyte+proliferation.">Cartilage oligomeric matrix protein associates with granulin-epithelin precursor (GEP) and potentiates GEP-stimulated chondrocyte proliferation.</a> J. Biol. Chem. 282, 11347-11355 (2007).</li><li>Liu, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+ADAMTS-7+and+ADAMTS-12+in+the+pathogenesis+of+arthritis.">The role of ADAMTS-7 and ADAMTS-12 in the pathogenesis of arthritis.</a> Nat. Clin. Pract. Rheumatol. 5, 38-45 (2009).</li><li>Liu, C., Dib-Hajj, S. D., Waxman, S. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Waxman,+S.G.+Fibroblast+growth+factor+homologous+factor+1B+binds+to+the+C+terminus+of+the+tetrodotoxin-resistant+sodium+channel+rNav1.9a+(NaN).">Waxman, S.G. Fibroblast growth factor homologous factor 1B binds to the C terminus of the tetrodotoxin-resistant sodium channel rNav1.9a (NaN).</a> J. Biol. Chem. 276, 18925-18933 (2001).</li><li>Liu, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ADAMTS-7:+a+metalloproteinase+that+directly+binds+to+and+degrades+cartilage+oligomeric+matrix+protein.">ADAMTS-7: a metalloproteinase that directly binds to and degrades cartilage oligomeric matrix protein.</a> FASEB. J. 20, 988-990 (2006).</li><li>Tang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Growth+Factor+Progranulin+Binds+to+TNF+Receptors+and+Is+Therapeutic+Against+Inflammatory+Arthritis+in+Mice.">The Growth Factor Progranulin Binds to TNF Receptors and Is Therapeutic Against Inflammatory Arthritis in Mice.</a> Science. 332, 478-484 (2011).</li><li>Wu, H., Siegel, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progranulin+Resolves+Inflammation.">Progranulin Resolves Inflammation.</a> Science. 332, 427-428 (2011).</li><li>Hollenberg, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+new+family+of+tissue-specific+basic+helix-loop-helix+proteins+with+a+two-hybrid+system.">Identification of a new family of tissue-specific basic helix-loop-helix proteins with a two-hybrid system.</a> Mol. Cell. Biol. 15, 3813-3822 (1995).</li><li>Vojtek, A. B., Hollenberg, S. M., Cooper, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+Ras+interacts+directly+with+the+serine/threonine+kinase+Raf.">Mammalian Ras interacts directly with the serine/threonine kinase Raf.</a> Cell. 74, 205-214 (1993).</li></ol>

Maya iki hibrit taraması, protein etkileşimleri 16, 17 belirlenmesinde etkili bir araç olduğu kanıtlanmıştır . ; Biyokimyasal ortak arıtma ve protein cips, maya iki hibrid sistemi, nispeten basit bir deney dizileri kodlama çok yüksek sayıda tarama için kullanılan hassas bir genetik yaklaşım olarak protein bağlayıcı ortakları belirlemek için diğer yaklaşımlar ile karşılaştırıldığında Buna ek olarak, in vivo etkileşim içinde algılar ve karmaşık protein saflaştırılması ge...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktifi Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td></tr><tr><td> ProQuest iki hibrid sistem </td><td> Invitrogen </td><td> 10835 </td></tr><tr><td> YPD Büyüme Orta </td><td> Clontech </td><td> 630409 </td></tr><tr><td> YPD Agar Orta </td><td> Clontech </td><td> 630410 </td></tr><tr><td> SS Agar Base Minimal </td><td> Clontech </td><td> 630412 </td></tr><tr><td> -Leu Ek DO </td><td> Clontech </td><td> 630414 </td></tr><tr><td> -Leu/-Trp Ek DO </td><td> Clontech </td><td> 630417 </td></tr><tr><td> -His/-Leu/-Trp/-Ura Ek DO </td><td> Clontech </td><td> 630425 </td></tr><tr><td> 3-Amino-1 ,2,4-Triazole (3AT) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A8056 </td></tr><tr><td> Luria suyu (LB) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> L3022 </td></tr><tr><td> X-Gal </td><td> Invitrogen </td><td> 15520-034 </td></tr><tr><td> Sonicated Somon Sperm DNA </td><td> Stratagene </td><td> 201190 </td></tr><tr><td> Ampisilin </td><td> AMRESCO </td><td> 0339 </td></tr><tr><td> Kanamisin Sülfat </td><td> Invitrogen </td><td> 11815-024 </td></tr><tr><td> Subcloning Verimlilik ™ DH5α ™ Yetkili Hücreleri </td><td> Invitrogen </td><td> 18265-017 </td></tr><tr><td> Trizma ® tabanı </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T6066 </td></tr><tr><td> Lityum asetat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> L4158 </td></tr><tr><td> Ethylenediaminetetraacetic asit </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> ED </td></tr><tr><td> Selülozik Membran </td><td> Bio-Rad </td><td> 162-0115 </td></tr><tr><td> 10 cm&#39;lik petri </td><td> ITI Bilimsel </td><td> CT-903 </td></tr><tr><td> İnkübatör (30 ° C) </td><td> ATR (Ecotron) </td><td></td></tr></table>

modified yeast-two-hybrid system to identify proteins interacting with the growth factor progranulin

Granulin epithelin habercisi (GEP) olarak da bilinen Progranulin (PGRN), 593 amino asit otokrin büyüme faktörü. PGRN dahil olmak üzere, çok çeşitli fizyolojik ve hastalık süreçleri erken embriyogenez, yara iyileşmesi 1, inflamasyon 2, 3, ve 4 konak savunmasında kritik bir rol oynadığı bilinmektedir. Nörotrofik faktör 5 ve kısmi PGRN protein neden frontotemporal demans 6, 7 kaybı ile sonuçlanan PGRN gen mutasyonları gibi PGRN fonksiyonlar. Son çalışmalar, kıkırdak gelişimi ve bozulması 8-11 için önemli bir düzenleyici olarak PGRN izolasyonu yol açmıştır . PGRN, yaklaşık iki yıl önce keşfetti rağmen, birden fazla fizyolojik ve patolojik koşullar PGRN eylemleri istismar ve ilgili mekanizmaları anlamak için çabalarını önemli ölçüde bağlayıcı reseptör (ler) tespit edilememesi nedeniyle engellense de önemli roller oynamaktadır. Bu sorunu gidermek için modifiye geliştirdiğı maya iki hibrid (MY2H) en sık kullanılan GAL4 tabanlı 2-hibrid sistem tabanlı bir yaklaşım. Konvansiyonel maya iki hibrit ekran ile karşılaştırıldığında, MY2H ekran sürecini önemli ölçüde kısaltan ve yanlış pozitif klonların sayısını azaltır. Buna ek olarak, bu yaklaşım, güvenilir ve tekrarlanabilir ve bu sistemin başarıyla iyon kanal 12, ekstrasellüler matriks protein 10, 13, ve 14 büyüme faktörü de dahil olmak üzere çeşitli yemler bağlayıcı proteinlerin izole istihdam. Bu çalışmada, bu MY2H deneysel işlemin bilinen ilk PGRN-ilişkili reseptör 14, 15 olarak TNFR2 tanımlanmasına yol açan bir örnek olarak PGRN kullanarak ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.

Watch this Scientific Journal Video about Modified Yeast-Two-Hybrid System to Identify Proteins Interacting with the Growth Factor Progranulin at JoVE.com

Modified Yeast-Two-Hybrid System to Identify Proteins Interacting with the Growth Factor Progranulin

Biz geleneksel maya iki-hibrit taraması, protein etkileşimleri tanımlayan genetik etkili bir aracı olarak var. Bu değişiklik, sürecin belirgin kısaltır, iş yükünü azaltır ve en önemlisi, yanlış pozitiflerin sayısını azaltır. Buna ek olarak, bu yaklaşım, güvenilir ve tekrarlanabilir.

Büyüme Faktörü Progranulin ile etkileşimde Proteinler tanımlamak Modifiye Maya-İki Hybrid Sistemi

Progranulin (PGRN), also known as granulin epithelin precursor (GEP), is a 593-amino-acid autocrine growth factor. PGRN is known to play a critical role ...

Research

JoVE Journal

Biology

Growth Factor-Coated Bead Placement on Dorsal Forebrain Explants

Dorsal önbeyin eksplantlar Büyüme Faktörü-Kaplı Boncuk Yerleştirme

Placing Growth Factor-Coated Beads on Early Stage Chicken Embryos

Erken Evre Tavuk Embriyolar Büyüme Faktörü-Kaplı Boncuk yerleştirme

The neural tube expresses many proteins in specific spatiotemporal patterns during development.   These proteins have been shown to be critical for cell ...

Preparing T Cell Growth Factor from Rat Splenocytes

Rat splenositlerin T Hücre Büyüme Faktörü hazırlanması

Maintenance of antigen-specific T cell lines or clones in culture requires rounds of antigen-induced activation separated by phases of cell expansion 1,2. ...

Proteomics to Identify Proteins Interacting with P2X2 Ligand-Gated Cation Channels

P2X2 Ligandla Gated Katyon Kanalları ile etkileşimde Proteinler tanımlamak için Proteomik

Ligand-gated ion channels underlie synaptic communication in the nervous system1. In mammals there are three families of ligand-gated channels: the cys ...

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid (MYTH) System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid MYTH System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

Split-Ubiquitin Dayalı Membran Maya İki Hybrid (MİT) Sistemi: protein-protein etkileşimleri belirlenmesi için güçlü bir araç

The fundamental biological and clinical importance of integral membrane proteins prompted the development of a yeast-based system for the high-throughput ...

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

PAR-Klip - RNA Cilt Proteinler Transcriptome geniş Cilt Siteleri Belirlemek Amacıyla Bir Yöntem

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

Içinde Postembryonic Fenotiplerin Belirleme RNAi Tarama C. elegans</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

Reverse Yeast Two-hybrid System to Identify Mammalian Nuclear Receptor Residues that Interact with Ligands and/or Antagonists

Memeli Nükleer Reseptör kalıntıları tespit Maya İki melez Sistemi ters olduğunu Ligandlannın ve / veya antagonistleri ile Etkileşim

As a critical regulator of drug metabolism and inflammation, Pregnane X Receptor (PXR), plays an important role in disease pathophysiology linking ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

Yakalama Bileşik Kütle Spektrometre - Roman c-di-GMP Efektör Proteinler tanımlamak için güçlü bir araç

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1&#945; Promoter Using Gibson Assembly

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1ÃƒÅ½Ã‚Â± Promoter Using Gibson Assembly

Plazmid vektörler oluşturulması Gibson tertibatı kullanılarak insan uzama faktör-1α bir promotörün regülasyonu altında FLAG-etiketli Proteinlerinin İfade

Gibson assembly (GA) cloning offers a rapid, reliable, and flexible alternative to conventional DNA cloning methods. We used GA to create customized ...