Name: mapping molecular diffusion in the plasma membrane by multiple-target tracing (mtt)
Uploaded: 2012-05-27T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing MTT at JoVE.com

ونحن نشكر أعضاء فريق العمل لدينا، Blache MC خاصة لتقديم المساعدة التقنية، وكذلك M Irla Imhof وباء، ولما قدموه من دعم ومناقشات مثمرة. استنساخ الأرقام لالانكماش والحبس مجاملة من طرق الطبيعة. هذا المشروع يتم بدعم من المنح المقدمة من المؤسسات CNRS، INSERM وجامعة مرسيليا، ومنح محددة من منطقة بروفانس ألب كوت--d&#39;Azur، المعهد الوطني للسرطان دو، الوكالة الوطنية دي لا بحوث (ANR-PCVI-08- 0034-02، ANR بلان 2010 1214 01) ومؤسسة بور لا بحوث ميديكال (إيكيب labélisée FRM-2009). ويدعم VR من قبل زمالة من السرطان الوطني الفرنسي جنيه كونتر.

في هذا الفيديو، نقدم كامل تتبع جسيم واحد تجربة، وذلك باستخدام الكم النقاط التي تستهدف مستقبلات غشاء محدد. والهدف الرئيسي من هذه التجربة تتمثل في أنواع مختلفة من السلوكيات التي تميز الانتشار الجزيئي تقاس داخل الغشاء البلازمي للخلايا الحية. في الواقع، يمكن للحركات ال...

<ol>
	<li>Serge, A., Bertaux, N., Rigneault, H., Marguet, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+multiple-target+tracing+to+probe+spatiotemporal+cartography+of+cell+membranes.">Dynamic multiple-target tracing to probe spatiotemporal cartography of cell membranes.</a> Nat. Methods. 5, 687-694 (2008).</li><li>Schmidt, T., Schutz, G. J., Baumgartner, W., Gruber, H. J., Schindler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+of+single+molecule+diffusion.">Imaging of single molecule diffusion.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 93, 2926-2929 (1996).</li><li>Lommerse, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+the+H-ras+membrane-anchor+reveals+domains+in+the+cytoplasmic+leaflet+of+the+cell+membrane.">Single-molecule imaging of the H-ras membrane-anchor reveals domains in the cytoplasmic leaflet of the cell membrane.</a> Biophys. J. 86, 609-616 (2004).</li><li>Marguet, D., Lenne, P. F., Rigneault, H., He, H. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+in+the+plasma+membrane:+how+to+combine+fluidity+and+order.">Dynamics in the plasma membrane: how to combine fluidity and order.</a> EMBO. J. 25, 3446-3457 (2006).</li><li>Saxton, M. J., Jacobson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-particle+tracking:+applications+to+membrane+dynamics.">Single-particle tracking: applications to membrane dynamics.</a> Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 26, 373-399 (1997).</li><li>Dahan, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diffusion+dynamics+of+glycine+receptors+revealed+by+single-quantum+dot+tracking.">Diffusion dynamics of glycine receptors revealed by single-quantum dot tracking.</a> Science. 302, 442-445 (2003).</li><li>Harms, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+l-type+Ca(2+)+channels+in+live+cells.">Single-molecule imaging of l-type Ca(2+) channels in live cells.</a> Biophys. J. 81, 2639-2646 (2001).</li><li>Iino, R., Koyama, I., Kusumi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+molecule+imaging+of+green+fluorescent+proteins+in+living+cells:+E-cadherin+forms+oligomers+on+the+free+cell+surface.">Single molecule imaging of green fluorescent proteins in living cells: E-cadherin forms oligomers on the free cell surface.</a> Biophys. J. 80, 2667-2677 (2001).</li><li>Sako, Y., Minoghchi, S., Yanagida, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+EGFR+signalling+on+the+surface+of+living+cells.">Single-molecule imaging of EGFR signalling on the surface of living cells.</a> Nat. Cell Biol. 2, 168-172 (2000).</li><li>Schutz, G. J., Kada, G., Pastushenko, V. P., Schindler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Properties+of+lipid+microdomains+in+a+muscle+cell+membrane+visualized+by+single+molecule+microscopy.">Properties of lipid microdomains in a muscle cell membrane visualized by single molecule microscopy.</a> Embo. J. 19, 892-901 (2000).</li><li>Seisenberger, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+single-molecule+imaging+of+the+infection+pathway+of+an+adeno-associated+virus.">Real-time single-molecule imaging of the infection pathway of an adeno-associated virus.</a> Science. 294, 1929-1932 (2001).</li><li>Jacobson, K., Sheets, E. D., Simson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revisiting+the+fluid+mosaic+model+of+membranes.">Revisiting the fluid mosaic model of membranes.</a> Science. 268, 1441-1442 (1995).</li><li>Saffman, P. G., Delbruck, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brownian+motion+in+biological+membranes.">Brownian motion in biological membranes.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 72, 3111-3113 (1975).</li><li>Singer, S. J., Nicolson, G. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fluid+mosaic+model+of+the+structure+of+cell+membranes.">The fluid mosaic model of the structure of cell membranes.</a> Science. 175, 720-731 (1972).</li><li>Papoulis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Probability, Random Variables and Stochastic Process 277. , (2001).</li><li>Van Trees, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Detection, Estimation, and Modulation Theory, Wiley Inter-Science. , (1968).</li><li>Moerner, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+mountains+yield+nanoscale+cell+images.">Single-molecule mountains yield nanoscale cell images.</a> Nat. Methods. 3, 781-782 (2006).</li><li>Rust, M. J., Bates, M., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sub-diffraction-limit+imaging+by+stochastic+optical+reconstruction+microscopy+(STORM).">Sub-diffraction-limit imaging by stochastic optical reconstruction microscopy (STORM).</a> Nat. Methods. 3, 793-795 (2006).</li><li>Betzig, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+intracellular+fluorescent+proteins+at+nanometer+resolution.">Imaging intracellular fluorescent proteins at nanometer resolution.</a> Science. 313, 1642-1645 (2006).</li><li>Manley, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-density+mapping+of+single-molecule+trajectories+with+photoactivated+localization+microscopy.">High-density mapping of single-molecule trajectories with photoactivated localization microscopy.</a> Nat. Methods. 5, 155-157 (2008).</li><li>Andrew, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+digestion+of+monoclonal+antibodies.">Enzymatic digestion of monoclonal antibodies.</a> Methods Mol. Med. 40, 325-331 (2000).</li><li>Hell, S. W., Wichmann, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breaking+the+diffraction+resolution+limit+by+stimulated+emission:+stimulated-emission-depletion+fluorescence+microscopy.">Breaking the diffraction resolution limit by stimulated emission: stimulated-emission-depletion fluorescence microscopy.</a> Opt. Lett. 19, 780-782 (1994).</li><li>Klar, T. A., Hell, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subdiffraction+resolution+in+far-field+fluorescence+microscopy.">Subdiffraction resolution in far-field fluorescence microscopy.</a> Opt. Lett. 24, 954-956 (1999).</li><li>Meilhac, N., Guyader, L. L. e., Salome, L., Destainville, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+confinement+and+jumps+in+single-molecule+membrane+trajectories.">Detection of confinement and jumps in single-molecule membrane trajectories.</a> Phys. Rev. E. Stat. Nonlin. Soft. Matter Phys. 73, 011915 (2006).</li><li>Saxton, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-particle+tracking:+effects+of+corrals.">Single-particle tracking: effects of corrals.</a> Biophys. J. 69, 389-398 (1995).</li><li>Serge, A., Fourgeaud, L., Hemar, A., Choquet, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Receptor+activation+and+homer+differentially+control+the+lateral+mobility+of+metabotropic+glutamate+receptor+5+in+the+neuronal+membrane.">Receptor activation and homer differentially control the lateral mobility of metabotropic glutamate receptor 5 in the neuronal membrane.</a> J. Neurosci. 22, 3910-3920 (2002).</li><li>Simson, R., Sheets, E. D., Jacobson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+temporary+lateral+confinement+of+membrane+proteins+using+single-particle+tracking+analysis.">Detection of temporary lateral confinement of membrane proteins using single-particle tracking analysis.</a> Biophys. J. 69, 989-993 (1995).</li><li>Jacobson, K., Dietrich, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Looking+at+lipid+rafts.">Looking at lipid rafts.</a> Trends Cell Biol. 9, 87-91 (1999).</li><li>Kusumi, A., Sako, Y., Yamamoto, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Confined+lateral+diffusion+of+membrane+receptors+as+studied+by+single+particle+tracking+(nanovid+microscopy).+Effects+of+calcium-induced+differentiation+in+cultured+epithelial+cells.">Confined lateral diffusion of membrane receptors as studied by single particle tracking (nanovid microscopy). Effects of calcium-induced differentiation in cultured epithelial cells.</a> Biophys. J. 65, 2021-2040 (1993).</li><li>Livneh, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+deletions+in+the+cytoplasmic+kinase+domain+of+the+epidermal+growth+factor+receptor+do+not+affect+its+laternal+mobility.">Large deletions in the cytoplasmic kinase domain of the epidermal growth factor receptor do not affect its laternal mobility.</a> J. Cell Biol. 103, 327-331 (1986).</li><li>Medintz, I. L., Uyeda, H. T., Goldman, E. R., Mattoussi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantum+dot+bioconjugates+for+imaging,+labelling+and.">Quantum dot bioconjugates for imaging, labelling and.</a> 4, 435-446 (2005).</li><li>Wu, X., Bruchez, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Labeling+cellular+targets+with+semiconductor+quantum+dot+conjugates.">Labeling cellular targets with semiconductor quantum dot conjugates.</a> Methods Cell Biol. 75, 171-183 (2004).</li><li>Mohammadi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aggregation-induced+activation+of+the+epidermal+growth+factor+receptor+protein+tyrosine+kinase.">Aggregation-induced activation of the epidermal growth factor receptor protein tyrosine kinase.</a> Biochemistry. 32, 8742-8748 (1993).</li><li>Howarth, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monovalent,+reduced-size+quantum+dots+for+imaging+receptors+on+living+cells.">Monovalent, reduced-size quantum dots for imaging receptors on living cells.</a> Nat. Methods. 5, 397-399 (2008).</li><li>Bertaux, N., Marguet, D., Rigneault, H., Serg&#233;, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-target+tracing+(MTT)+algorithm+probes+molecular+dynamics+at+cell+surface.">Multiple-target tracing (MTT) algorithm probes molecular dynamics at cell surface.</a> Protocol Exchange. , (1038).</li><li>Groc, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface+trafficking+of+neurotransmitter+receptor:+comparison+between+single-molecule/quantum+dot+strategies.">Surface trafficking of neurotransmitter receptor: comparison between single-molecule/quantum dot strategies.</a> The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience. 27, 12433-12437 (2007).</li><li>Cui, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One+at+a+time,+live+tracking+of+NGF+axonal+transport+using+quantum+dots.">One at a time, live tracking of NGF axonal transport using quantum dots.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 13666-13671 (2007).</li><li>He, H. T., Marguet, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detecting+nanodomains+in+living+cell+membrane+by+fluorescence+correlation+spectroscopy.">Detecting nanodomains in living cell membrane by fluorescence correlation spectroscopy.</a> Annu. Rev. Phys. Chem. 62, 417-436 (2011).</li><li>Cebecauer, M., Spitaler, M., Serge, A., Magee, A. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signalling+complexes+and+clusters:+functional+advantages+and+methodological+hurdles.">Signalling complexes and clusters: functional advantages and methodological hurdles.</a> J. Cell. Sci. 123, 309-320 (2010).</li><li>Kao, H. P., Verkman, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+of+single+fluorescent+particles+in+three+dimensions:+use+of+cylindrical+optics+to+encode+particle+position.">Tracking of single fluorescent particles in three dimensions: use of cylindrical optics to encode particle position.</a> Biophys. J. 67, 1291-1300 (1994).</li></ol>

في واحدة تتبع الجسيمات، بجانب الجوانب الخلية والمجهري، وتحليل يمثل جزءا كبيرا من العمل. هذا ويتناول الخوارزمية المستخدمة لتنفيذ المهام الرئيسية الثلاث: كشف وتقدير وإعادة قمم فوق كل إطار. لكن الجانب يترتب على ذلك من هذا العمل تكمن في وضع الخوارزمية نفسها، والتي قد تح...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> الكاشف </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td><td> كمية </td></tr><tr><td> كوس-7 خط الخلية </td><td> ATCC </td><td> CRL-1651 </td><td> 5000 خلايا / جيد </td></tr><tr><td> HBSS دون كا 2 + </td><td> GIBCO </td><td> 14175 </td><td> 1 مل </td></tr><tr><td> 0.05٪ التربسين EDTA </td><td> GIBCO </td><td> 25300 </td><td> 1 مل </td></tr><tr><td> 8-جيدا مختبر تيك </td><td> نونك </td><td> 155441 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> QDot-605 streptavidin </td><td> إينفيتروجن </td><td> Q10101MP </td><td> 20 ملي مول </td></tr><tr><td colspan="4"> المعقدة البيروكسيديز فاب (لتخليق فاب، أنظر المرجع 21) </td></tr><tr><td> القوات المسلحة البوروندية من 108 خريطة موقع </td><td> ATCC </td><td> HB-9764 </td><td> 200 ميكروغرام </td></tr><tr><td> NHS-بيوتين<html></td><td> الحرارية العلمية </td><td> 21435 </td><td> 18.5 ميكروغرام </td></tr><tr><td colspan="4"> إكمال المتوسطة </td></tr><tr><td> DMEM </td><td> GIBCO </td><td> 41965 </td><td> 500 مل </td></tr><tr><td> الأبقار مصل الجنين </td><td> SIGMA </td><td> F7524 </td><td> 50 مل </td></tr><tr><td> L-الجلوتامين </td><td> GIBCO </td><td> 25030 </td><td> 5 مل </td></tr><tr><td> HEPES </td><td> GIBCO </td><td> 15630 </td><td> 5 مل </td></tr><tr><td> الصوديوم البيروفات </td><td> GIBCO </td><td> 11360 </td><td> 5 مل </td></tr><tr><td colspan="4"> التصوير المتوسطة </td></tr><tr><td> HBSS مع كا 2 + </td><td> GIBCO </td><td> 14025 </td><td> 25 مل </td></tr><tr><td> HEPES </td><td> GIBCO </td><td> 15630 </td><td> 250 ميكرولتر </td></tr></tbody></table>1 &quot;&gt; <tbody><tr><td> معدات </td><td> شركة </td><td> مرجع </td></tr><tr><td> المقلوب المجهر </td><td> نيكون </td><td> كسوف TE2000U </td></tr><tr><td> مصباح فلوري </td><td> نيكون </td><td> Intensilight C-HGFIE </td></tr><tr><td> 1.3 NA 100X هدف </td><td> نيكون </td><td> تخطط شركة فلور 1.30 </td></tr><tr><td> 1.49 هدف NA 100X </td><td> نيكون </td><td> APO TIRF 1.49 </td></tr><tr><td> كاميرا </td><td> روبر العلمية </td><td> تتالي 512 B </td></tr><tr><td> Thermostated مربع </td><td> حياة التصوير خدمات </td><td> مربع </td></tr></tbody></table> ملحق: سيناريو سبيل المثال من تحليل تكميلي MTT وظيفة MTT_example (FILE_NAME) أمثلة٪٪٪ الأساسية التي تبين كيفية استرداد نتائج الإخراج MTT ٪٪٪ لرسم كل تراكه وبناء الرسم البياني ٪٪٪ من كثافة مضان إذا nargin &lt;1٪ لا FILE_NAME المقدمة؟ الملفات = دير (&#39;* STK.&#39;)؛ إذا isempty (ملفات)، DISP (&#39;لا توجد بيانات في المسار الحالي&#39;)، والعودة، نهاية . FILE_NAME = الملفات (1) الاسم؛ الافتراضية٪: أولا ملف STK DISP ([&#39;باستخدام&#39; FILE_NAME &#39;افتراضيا&#39;]) نهاية file_param = [FILE_NAME &quot;_tab_param.dat &#39;]؛ إخراج الملف٪ بيانات٪ الحمولة استخدام القرص المضغوط (&#39;output23&#39;)٪ أو (&#39;output22&#39;)، وفقا لإصدار تنويه٪: الإصدار 2.2 يولد سوى 7 معلمات، أضيف٪ معلمة إضافية، والضوضاء، في الإصدار 2.3 ٪ لقراءة جميع المعلمات في آن واحد، في جدول واحد tab_param٪ = fread_all_param (file_param)؛ تا٪b_i = tab_param (2:08: نهاية، :)؛ tab_j = ... ٪ لقراءة جميع المعلمات (باستثناء frame_number) في جداول منفصلة ٪ [tab_i، tab_j، tab_alpha، tab_radius، tab_offset، tab_blk، tab_noise] = fread_all_data_spt (file_param)؛ tab_i = fread_data_spt (file_param، 3)؛ مؤشر٪ هي 3 لأن يتم تجاهل رقم التتبع ورقم الإطار، وغير مفيدة،! tab_j = fread_data_spt (file_param، 4)؛ tab_alpha = fread_data_spt (file_param، 5)؛ tab_blk = fread_data_spt (file_param، 8)؛ ٪٪ خلال حلقة آثار N_traces = حجم (tab_i، 1)؛ الجداول٪ من خطوط N_traces بواسطة colums N_frames لitrc = 1: N_traces No_blk_index = tab_blk (itrc، :)&gt; 0؛٪ خطوات امض غير فقط مؤامرة (tab_i (itrc، No_blk_index)، tab_j (itrc، No_blk_index)) &amp; ملاحظة:س؛ xlabel (&#39;ط (بكسل)&#39;)، ylabel (&#39;ي (بكسل)&#39;) لقب ([num2str &#39;تتبع #&#39; (itrc)]) DISP (&#39;الرجاء ضرب أي مفتاح لتتبع المقبل)، وقفة نهاية رسم بياني٪ Fluo N_datapoints = SUM (tab_blk (:)&gt; 0)؛٪ خطوات غير وامض فقط تاريخ (tab_alpha (tab_blk&gt; 0)، 2 * الجذر التربيعي (N_datapoints))٪ باستخدام 2sqrt (N) صناديق xlabel (&#39;كثافة (الاتحاد الافريقي)&#39;)، ylabel (&#39;ظهور&#39;) عنوان (&#39;رسم بياني لكثافة الجسيمات مضان&#39;)

mapping molecular diffusion in the plasma membrane by multiple-target tracing (mtt)

هدفنا هو الحصول على وصف شامل لعمليات الجزيئية التي تحدث في الأغشية الخلوية في الوظائف البيولوجية المختلفة. ونحن نهدف إلى تحديد خصائص منظمة معقدة وديناميكية من غشاء البلازما في مستوى واحد جزيء، من خلال تطوير أدوات تحليلية واحدة مخصصة لتتبع الجسيمات (SPT) في كثافة عالية: الهدف متعددة للبحث عن المفقودين (MTT) 1. واحدة جزيء videomicroscopy، وتقدم ميلي ثانية واحدة وقرار النانومترية 1-11، يسمح لتمثيل مفصل لمنظمة غشاء 12-14 بدقة عن طريق تعيين واصفات مثل مستقبلات الخلايا التوطين، والحبس، والتنقل أو التفاعلات. نحن النظر SPT، على حد سواء بالتجربة وحسابيا. وشملت الجوانب التجريبية تحسين الإعداد ووسم الخلية، مع التركيز بشكل خاص على الوصول إلى كثافة العلامات أعلى مستوى ممكن، من أجل توفير لقطة الحيوية للديناميات الجزيئية 1ق يحدث داخل غشاء. المعنية بقضايا حسابي كل خطوة تستخدم لإعادة بناء مسارات: قمم الكشف، وتقدير وإعادة الاتصال، التي تناولتها وسائل محددة من تحليل الصور 15،16. تنفيذ الانكماش بعد اكتشاف يسمح قمم انقاذ مخبأة في البداية من قبل القمم، أقوى المجاورة. من المذكرة، وتحسين الكشف يؤثر تأثيرا مباشرا لإعادة الاتصال، عن طريق تقليل الفجوات في المسارات. وقد تم تقييم العروض باستخدام مونتي كارلو محاكاة لكثافة العلامات المختلفة والقيم الضجيج، والتي تمثل عادة القيود الرئيسيتين لقياسات موازية في القرار المكانية العالية. يمكن للدقة النانومترية 17 التي تم الحصول عليها عن الجزيئات واحدة، وذلك باستخدام إما المتعاقبة على / قبالة البصريات photoswitching أو غير الخطية، وتقديم الملاحظات شاملة. هذا هو أساس أساليب nanoscopy 17 مثل STORM 18، 19،20 النخيل، RESOLFT 21 أو STED 22،23، مبادرة الخوذ البيضاءقد الفصل غالبا ما تتطلب عينات التصوير الثابت. المهمة المركزية هي الكشف وتقدير من الحيود محدودة القمم الصادرة عن جزيئات واحدة. وبالتالي، توفير افتراضات كافية مثل التعامل مع دقة ثابت الموضعية بدلا من الحركة البراونية، هي مناسبة بشكل مباشر MTT لتحاليل نانوية. وعلاوة على ذلك، يمكن أن تستخدم أساسا MTT بأي مقياس: ليس فقط لجزيئات، ولكن أيضا لخلايا أو الحيوانات، وعلى سبيل المثال. وبالتالي، MTT هو خوارزمية تتبع القوية التي تجد تطبيقات في موازين الجزيئي والخلوي.

Watch this Scientific Journal Video about Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing MTT at JoVE.com

Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing MTT

متعددة للبحث عن المفقودين الهدف هو خوارزمية محلية الصنع وضعت لتتبع الجزيئات بشكل فردي وصفت داخل الغشاء البلازمي للخلايا الحية. كشف بكفاءة، وتقدير وتعقب جزيئات مع مرور الوقت في كثافة عالية توفر سهل الاستعمال، وأداة شاملة للتحقيق في ديناميات غشاء النانو.

رسم خرائط الانتشار الجزيئي في غشاء البلازما من قبل متعددة الهدف، للبحث عن المفقودين (MTT)

Our goal is to obtain a comprehensive description of molecular processes occurring at cellular membranes in different biological functions. We aim at ...

Research

JoVE Journal

Biology

Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing (MTT)

Measuring Near Plasma Membrane and Global Intracellular Calcium Dynamics in Astrocytes

قياس الأدنى غشاء البلازما والعالمية حيوية الكالسيوم بين الخلايا في الخلايا النجمية

The brain contains glial cells.  Astrocytes, a type of glial cell, have long been known to provide a passive supportive role to neurons. However, ...

Measuring Plasma Membrane Protein Endocytic Rates by Reversible Biotinylation

قياس معدلات بلازما بروتين الغشاء التقامي بواسطة Biotinylation عكسية

Plasma membrane proteins are a large, diverse group of proteins comprised of receptors, ion channels, transporters and pumps.  Activity of these proteins ...

Quantitative Measurement of GLUT4 Translocation to the Plasma Membrane by Flow Cytometry

قياس الكمي GLUT4 إزفاء إلى غشاء البلازما التي التدفق الخلوي

Glucose is the main source of energy for the body, requiring constant regulation of its blood concentration. Insulin release by the pancreas induces ...

Crystallization of Membrane Proteins in Lipidic Mesophases

بلورة البروتينات في الغشاء Mesophases Lipidic

Membrane proteins perform critical functions in living cells related to signal transduction, transport and energy transformations, and, as such, are ...

Real-time Analyses of Retinol Transport by the Membrane Receptor of Plasma Retinol Binding Protein

في الوقت الحقيقي تحليلات النقل الريتينول بواسطة مستقبلات البروتين غشاء البلازما الريتينول ملزم

Vitamin A is essential for vision and the growth/differentiation of almost all human organs.  Plasma retinol binding protein (RBP) is the principle and ...

Easy Measurement of Diffusion Coefficients of EGFP-tagged Plasma Membrane Proteins Using k-Space Image Correlation Spectroscopy

من السهل قياس إنتشار معاملات EGFP الموسومة البروتينات عن طريق غشاء البلازما ك الفضاء صورة الارتباط الطيفي

Lateral diffusion and compartmentalization of plasma membrane proteins are tightly regulated in cells and thus, studying these processes will reveal new ...

Imaging Plasma Membrane Deformations With pTIRFM

التصوير البلازما غشاء التشويهات مع pTIRFM

To gain novel insights into the dynamics of exocytosis, our group focuses on the changes in lipid bilayer shape that must be precisely regulated during ...

Simultaneous Measurement of Mitochondrial Calcium and Mitochondrial Membrane Potential in Live Cells by Fluorescent Microscopy

قياس وقت واحد من الميتوكوندريا الكالسيوم والميتوكوندريا غشاء المحتملة في الخلايا الحية التي كتبها نيون الميكروسكوب

Apart from their essential role in generating ATP, mitochondria also act as local calcium (Ca2+) buffers to tightly regulate intracellular Ca2+ ...

Determination of Plasma Membrane Partitioning for Peripherally-associated Proteins

تحديد التقسيم غشاء البلازما للبروتينات المرتبطة محيطيا

This method provides a fast approach for the determination of plasma membrane partitioning of any fluorescently-tagged peripherally-associated protein ...

Characterization of MLKL-mediated Plasma Membrane Rupture in Necroptosis

توصيف لتمزق الأغشية البلازمية ملكل بوساطة في نيكروبتوسيس

Necroptosis is a programmed cell death pathway triggered by activation of receptor interacting protein kinase 3 (RIPK3), which phosphorylates and ...