Name: mapping molecular diffusion in the plasma membrane by multiple-target tracing (mtt)
Uploaded: 2012-05-27T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing MTT at JoVE.com

Мы благодарим членов нашей команды, в частности, MC Блаш для оказания технической помощи, а также M Irla и B Imhof, за их поддержку и плодотворные обсуждения. Данные по дефляции и удержания воспроизводится любезность природы методы. Проект осуществляется при поддержке институциональных грантов из CNRS, INSERM и Марсель университета, а также конкретных грантов из региона Прованс-Альпы-Кот-d&#39;Azur, Национальный институт рака дю, Agence Nationale-де-ла Recherche (ANR-08-PCVI- 0034-02, 2010 ANR Блан 1214 01) и Фонд застывания La Recherche Medicale (Equipe labélisée FRM-2009). ВР поддерживает общение с Ligue Nationale Рак Contre ле.

В этом видео мы представляем полный одном эксперименте отслеживания частиц, с помощью квантовых точек, ориентированных на конкретные рецепторы мембраны. Основная цель этого эксперимента заключается в дискриминационной различных типов молекулярных поведения диффузии измеряли в пла?...

<ol>
	<li>Serge, A., Bertaux, N., Rigneault, H., Marguet, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+multiple-target+tracing+to+probe+spatiotemporal+cartography+of+cell+membranes.">Dynamic multiple-target tracing to probe spatiotemporal cartography of cell membranes.</a> Nat. Methods. 5, 687-694 (2008).</li><li>Schmidt, T., Schutz, G. J., Baumgartner, W., Gruber, H. J., Schindler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+of+single+molecule+diffusion.">Imaging of single molecule diffusion.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 93, 2926-2929 (1996).</li><li>Lommerse, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+the+H-ras+membrane-anchor+reveals+domains+in+the+cytoplasmic+leaflet+of+the+cell+membrane.">Single-molecule imaging of the H-ras membrane-anchor reveals domains in the cytoplasmic leaflet of the cell membrane.</a> Biophys. J. 86, 609-616 (2004).</li><li>Marguet, D., Lenne, P. F., Rigneault, H., He, H. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+in+the+plasma+membrane:+how+to+combine+fluidity+and+order.">Dynamics in the plasma membrane: how to combine fluidity and order.</a> EMBO. J. 25, 3446-3457 (2006).</li><li>Saxton, M. J., Jacobson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-particle+tracking:+applications+to+membrane+dynamics.">Single-particle tracking: applications to membrane dynamics.</a> Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 26, 373-399 (1997).</li><li>Dahan, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diffusion+dynamics+of+glycine+receptors+revealed+by+single-quantum+dot+tracking.">Diffusion dynamics of glycine receptors revealed by single-quantum dot tracking.</a> Science. 302, 442-445 (2003).</li><li>Harms, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+l-type+Ca(2+)+channels+in+live+cells.">Single-molecule imaging of l-type Ca(2+) channels in live cells.</a> Biophys. J. 81, 2639-2646 (2001).</li><li>Iino, R., Koyama, I., Kusumi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+molecule+imaging+of+green+fluorescent+proteins+in+living+cells:+E-cadherin+forms+oligomers+on+the+free+cell+surface.">Single molecule imaging of green fluorescent proteins in living cells: E-cadherin forms oligomers on the free cell surface.</a> Biophys. J. 80, 2667-2677 (2001).</li><li>Sako, Y., Minoghchi, S., Yanagida, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+EGFR+signalling+on+the+surface+of+living+cells.">Single-molecule imaging of EGFR signalling on the surface of living cells.</a> Nat. Cell Biol. 2, 168-172 (2000).</li><li>Schutz, G. J., Kada, G., Pastushenko, V. P., Schindler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Properties+of+lipid+microdomains+in+a+muscle+cell+membrane+visualized+by+single+molecule+microscopy.">Properties of lipid microdomains in a muscle cell membrane visualized by single molecule microscopy.</a> Embo. J. 19, 892-901 (2000).</li><li>Seisenberger, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+single-molecule+imaging+of+the+infection+pathway+of+an+adeno-associated+virus.">Real-time single-molecule imaging of the infection pathway of an adeno-associated virus.</a> Science. 294, 1929-1932 (2001).</li><li>Jacobson, K., Sheets, E. D., Simson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revisiting+the+fluid+mosaic+model+of+membranes.">Revisiting the fluid mosaic model of membranes.</a> Science. 268, 1441-1442 (1995).</li><li>Saffman, P. G., Delbruck, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brownian+motion+in+biological+membranes.">Brownian motion in biological membranes.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 72, 3111-3113 (1975).</li><li>Singer, S. J., Nicolson, G. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fluid+mosaic+model+of+the+structure+of+cell+membranes.">The fluid mosaic model of the structure of cell membranes.</a> Science. 175, 720-731 (1972).</li><li>Papoulis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Probability, Random Variables and Stochastic Process 277. , (2001).</li><li>Van Trees, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Detection, Estimation, and Modulation Theory, Wiley Inter-Science. , (1968).</li><li>Moerner, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+mountains+yield+nanoscale+cell+images.">Single-molecule mountains yield nanoscale cell images.</a> Nat. Methods. 3, 781-782 (2006).</li><li>Rust, M. J., Bates, M., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sub-diffraction-limit+imaging+by+stochastic+optical+reconstruction+microscopy+(STORM).">Sub-diffraction-limit imaging by stochastic optical reconstruction microscopy (STORM).</a> Nat. Methods. 3, 793-795 (2006).</li><li>Betzig, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+intracellular+fluorescent+proteins+at+nanometer+resolution.">Imaging intracellular fluorescent proteins at nanometer resolution.</a> Science. 313, 1642-1645 (2006).</li><li>Manley, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-density+mapping+of+single-molecule+trajectories+with+photoactivated+localization+microscopy.">High-density mapping of single-molecule trajectories with photoactivated localization microscopy.</a> Nat. Methods. 5, 155-157 (2008).</li><li>Andrew, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+digestion+of+monoclonal+antibodies.">Enzymatic digestion of monoclonal antibodies.</a> Methods Mol. Med. 40, 325-331 (2000).</li><li>Hell, S. W., Wichmann, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breaking+the+diffraction+resolution+limit+by+stimulated+emission:+stimulated-emission-depletion+fluorescence+microscopy.">Breaking the diffraction resolution limit by stimulated emission: stimulated-emission-depletion fluorescence microscopy.</a> Opt. Lett. 19, 780-782 (1994).</li><li>Klar, T. A., Hell, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subdiffraction+resolution+in+far-field+fluorescence+microscopy.">Subdiffraction resolution in far-field fluorescence microscopy.</a> Opt. Lett. 24, 954-956 (1999).</li><li>Meilhac, N., Guyader, L. L. e., Salome, L., Destainville, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+confinement+and+jumps+in+single-molecule+membrane+trajectories.">Detection of confinement and jumps in single-molecule membrane trajectories.</a> Phys. Rev. E. Stat. Nonlin. Soft. Matter Phys. 73, 011915 (2006).</li><li>Saxton, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-particle+tracking:+effects+of+corrals.">Single-particle tracking: effects of corrals.</a> Biophys. J. 69, 389-398 (1995).</li><li>Serge, A., Fourgeaud, L., Hemar, A., Choquet, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Receptor+activation+and+homer+differentially+control+the+lateral+mobility+of+metabotropic+glutamate+receptor+5+in+the+neuronal+membrane.">Receptor activation and homer differentially control the lateral mobility of metabotropic glutamate receptor 5 in the neuronal membrane.</a> J. Neurosci. 22, 3910-3920 (2002).</li><li>Simson, R., Sheets, E. D., Jacobson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+temporary+lateral+confinement+of+membrane+proteins+using+single-particle+tracking+analysis.">Detection of temporary lateral confinement of membrane proteins using single-particle tracking analysis.</a> Biophys. J. 69, 989-993 (1995).</li><li>Jacobson, K., Dietrich, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Looking+at+lipid+rafts.">Looking at lipid rafts.</a> Trends Cell Biol. 9, 87-91 (1999).</li><li>Kusumi, A., Sako, Y., Yamamoto, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Confined+lateral+diffusion+of+membrane+receptors+as+studied+by+single+particle+tracking+(nanovid+microscopy).+Effects+of+calcium-induced+differentiation+in+cultured+epithelial+cells.">Confined lateral diffusion of membrane receptors as studied by single particle tracking (nanovid microscopy). Effects of calcium-induced differentiation in cultured epithelial cells.</a> Biophys. J. 65, 2021-2040 (1993).</li><li>Livneh, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+deletions+in+the+cytoplasmic+kinase+domain+of+the+epidermal+growth+factor+receptor+do+not+affect+its+laternal+mobility.">Large deletions in the cytoplasmic kinase domain of the epidermal growth factor receptor do not affect its laternal mobility.</a> J. Cell Biol. 103, 327-331 (1986).</li><li>Medintz, I. L., Uyeda, H. T., Goldman, E. R., Mattoussi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantum+dot+bioconjugates+for+imaging,+labelling+and.">Quantum dot bioconjugates for imaging, labelling and.</a> 4, 435-446 (2005).</li><li>Wu, X., Bruchez, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Labeling+cellular+targets+with+semiconductor+quantum+dot+conjugates.">Labeling cellular targets with semiconductor quantum dot conjugates.</a> Methods Cell Biol. 75, 171-183 (2004).</li><li>Mohammadi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aggregation-induced+activation+of+the+epidermal+growth+factor+receptor+protein+tyrosine+kinase.">Aggregation-induced activation of the epidermal growth factor receptor protein tyrosine kinase.</a> Biochemistry. 32, 8742-8748 (1993).</li><li>Howarth, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monovalent,+reduced-size+quantum+dots+for+imaging+receptors+on+living+cells.">Monovalent, reduced-size quantum dots for imaging receptors on living cells.</a> Nat. Methods. 5, 397-399 (2008).</li><li>Bertaux, N., Marguet, D., Rigneault, H., Serg&#233;, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-target+tracing+(MTT)+algorithm+probes+molecular+dynamics+at+cell+surface.">Multiple-target tracing (MTT) algorithm probes molecular dynamics at cell surface.</a> Protocol Exchange. , (1038).</li><li>Groc, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surface+trafficking+of+neurotransmitter+receptor:+comparison+between+single-molecule/quantum+dot+strategies.">Surface trafficking of neurotransmitter receptor: comparison between single-molecule/quantum dot strategies.</a> The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience. 27, 12433-12437 (2007).</li><li>Cui, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One+at+a+time,+live+tracking+of+NGF+axonal+transport+using+quantum+dots.">One at a time, live tracking of NGF axonal transport using quantum dots.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 13666-13671 (2007).</li><li>He, H. T., Marguet, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detecting+nanodomains+in+living+cell+membrane+by+fluorescence+correlation+spectroscopy.">Detecting nanodomains in living cell membrane by fluorescence correlation spectroscopy.</a> Annu. Rev. Phys. Chem. 62, 417-436 (2011).</li><li>Cebecauer, M., Spitaler, M., Serge, A., Magee, A. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signalling+complexes+and+clusters:+functional+advantages+and+methodological+hurdles.">Signalling complexes and clusters: functional advantages and methodological hurdles.</a> J. Cell. Sci. 123, 309-320 (2010).</li><li>Kao, H. P., Verkman, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+of+single+fluorescent+particles+in+three+dimensions:+use+of+cylindrical+optics+to+encode+particle+position.">Tracking of single fluorescent particles in three dimensions: use of cylindrical optics to encode particle position.</a> Biophys. J. 67, 1291-1300 (1994).</li></ol>

В одночастичной слежения, рядом с клеткой и микроскопии аспекты, анализ представляет собой значительную часть работы. Это решает алгоритм, используемый для выполнения трех основных задач: выявление, оценка и снова пики над каждым кадром. Но последующее аспектом этой работы заключаетс?...

<table border="1"><tbody><tr><td> Реагент </td><td> Компания </td><td> Номер по каталогу </td><td> Количество </td></tr><tr><td> Потому-7 клеточной линии </td><td> ATCC </td><td> CRL-1651 </td><td> 5000 клеток / лунку </td></tr><tr><td> HBSS без Са 2 + </td><td> GIBCO </td><td> 14175 </td><td> 1 мл </td></tr><tr><td> 0,05% Трипсин EDTA </td><td> GIBCO </td><td> 25300 </td><td> 1 мл </td></tr><tr><td> 8-а Лаборатория-тек </td><td> Nunc </td><td> 155441 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> QDot-605 стрептавидин </td><td> Invitrogen </td><td> Q10101MP </td><td> 20 мМ </td></tr><tr><td colspan="4"> Биотинилированные Fab (для синтеза Fab, см. ссылку 21) </td></tr><tr><td> Fab от МКА 108 </td><td> ATCC </td><td> HB-9764 </td><td> 200 мкг </td></tr><tr><td> NHS-биотин<html></td><td> Thermo Scientific </td><td> 21435 </td><td> 18,5 мкг </td></tr><tr><td colspan="4"> Заполните средних </td></tr><tr><td> DMEM </td><td> GIBCO </td><td> 41965 </td><td> 500 мл </td></tr><tr><td> Эмбриональной телячьей сыворотки </td><td> SIGMA </td><td> F7524 </td><td> 50 мл </td></tr><tr><td> L-Глютамин </td><td> GIBCO </td><td> 25030 </td><td> 5 мл </td></tr><tr><td> HEPES </td><td> GIBCO </td><td> 15630 </td><td> 5 мл </td></tr><tr><td> Пируват натрия </td><td> GIBCO </td><td> 11360 </td><td> 5 мл </td></tr><tr><td colspan="4"> Изображений среднего </td></tr><tr><td> HBSS с Са 2 + </td><td> GIBCO </td><td> 14025 </td><td> 25 мл </td></tr><tr><td> HEPES </td><td> GIBCO </td><td> 15630 </td><td> 250 мкл </td></tr></tbody></table>1 &quot;&gt; <tbody><tr><td> Оборудование </td><td> Компания </td><td> Ссылка </td></tr><tr><td> Инвертационный микроскоп </td><td> Nikon </td><td> Затмение TE2000U </td></tr><tr><td> Флуоресцентная лампа </td><td> Nikon </td><td> Intensilight C-HGFIE </td></tr><tr><td> 1,3 Н.А. 100x цель </td><td> Nikon </td><td> Plan Fluor 1,30 </td></tr><tr><td> 1,49 NA 100x цель </td><td> Nikon </td><td> APO TIRF 1,49 </td></tr><tr><td> Камера </td><td> Ропер Научная </td><td> Каскад 512 Б </td></tr><tr><td> Термостатируемое окне </td><td> Жизнь изображений услуги </td><td> Box </td></tr></tbody></table> Приложение: пример сценария МТТ дополнительном анализе Функция MTT_example (file_name) %%% Основные примеры, показывающие, как восстановить МТТ вывода результатов %%% Построить каждый тракэлектронной и построить гистограмму %%% По интенсивности флуоресценции если Наргин &lt;1% file_name не предоставляется? Файлы = каталог (&#39;* STK.&#39;); если IsEmpty (файлы), DISP («нет данных в текущей директории), возвращение, на конец . file_name = файлы (1) имя,% по умолчанию: первый файл STK DISP ([&#39;использование&#39; file_name &#39;по умолчанию&#39;]) конец file_param = [имя_файла &#39;_tab_param.dat&#39;];% выходной файл Данных%% нагрузки компакт-диск («output23 &#39;)% и (&#39; output22), в зависимости от используемой версии % Предупреждение: версия 2.2 генерирует только 7 параметров, % Дополнительный параметр, шум, была добавлена ​​в версии 2.3 % Чтобы прочитать всем параметрам сразу, в одной таблице % = Tab_param fread_all_param (file_param); % Таb_i = tab_param (2:8: в конце :); tab_j = ... % Чтобы прочитать все параметры (кроме frame_number) в отдельные таблицы % [Tab_i, tab_j, tab_alpha, tab_radius, tab_offset, tab_blk, tab_noise] = fread_all_data_spt (file_param); tab_i = fread_data_spt (file_param, 3);% индекса 3, так как количество следов и номер кадра, не информативны, удаляются! tab_j = fread_data_spt (file_param, 4); tab_alpha = fread_data_spt (file_param, 5); tab_blk = fread_data_spt (file_param, 8); %% Цикл по следы N_traces = размер (tab_i, 1); % Таблицы N_traces линий N_frames колонн для itrc = 1: N_traces No_blk_index = tab_blk (itrc, :)&gt; 0,%, не мигают шаги только участка (tab_i (itrc, No_blk_index), tab_j (itrc, No_blk_index)) NB &amp;П., xlabel (&#39;я (пикселей)), ylabel (&#39; J (пиксель)) название ([num2str &quot;след # &#39;(itrc)]) DISP (&#39;Пожалуйста, ударить любую клавишу на следующий след &quot;), пауза конец %% Fluo гистограмма N_datapoints = сумма (tab_blk (:)&gt; 0);% не мигает шаги только история (tab_alpha (tab_blk&gt; 0), 2 * SQRT (N_datapoints))% с помощью 2sqrt (N) бункеров xlabel («интенсивность (АС)), ylabel (« случай ») название («Гистограмма частиц интенсивность флуоресценции)

mapping molecular diffusion in the plasma membrane by multiple-target tracing (mtt)

Нашей целью является получить подробное описание молекулярных процессов, происходящих в клеточных мембранах в различных биологических функций. Мы стремимся характеризующие сложную организацию и динамику плазматической мембраны в одной молекуле уровне, путем разработки аналитических средств, предназначенных для Одночастичные Tracking (SPT) при высокой плотности: Несколько-Target Tracing (МТТ) 1. Одиночных молекул видеомикроскопии, предлагая миллисекунды и разрешение нанометрового 1-11, позволяет детальное представление мембраны организации 12-14, точно отображение дескрипторов, таких как клеточные рецепторы локализация, подвижность, родов или взаимодействий. Мы вновь SPT, как экспериментально, так и алгоритмически. Экспериментальные аспекты включены оптимизации установки и мечения клеток, с особым акцентом на достижение максимально возможной плотности маркировки, с тем чтобы обеспечить динамический снимок молекулярной динамикии все происходит внутри мембраны. Алгоритмические вопросы, касающиеся каждого шага для восстановления траектории: пики обнаружения, оценки и воссоединения, рассмотрены конкретные инструменты анализа изображений 15,16. Реализация дефляции после обнаружения позволяет спасать пики изначально скрыты от соседних, более сильные пики. Следует отметить, что улучшение обнаружения непосредственно влияет на повторное, на сокращение разрыва в траектории. Выступления были оценены с использованием метода Монте-Карло для маркировки различной плотности и шум значения, которые обычно представляют собой два основных ограничения на параллельных измерений при высокой пространственно-временной разрешение. Нанометрового точность 17 получены отдельные молекулы, используя либо последовательного включения / выключения photoswitching и нелинейной оптике, могут обеспечить исчерпывающую наблюдений. Это является основой наноскопия 17 таких методов, как STORM 18 PALM 19,20, 21 или RESOLFT Стед 22,23, бееч. часто требуют фиксированных изображений образцов. Главной задачей является выявление и оценка дифракционного пика, исходящих из одной молекулы. Таким образом, обеспечение надлежащего предположения, такие как обработка постоянная точность позиционирования, а броуновское движение, МТТ прямо подходит для наноскопических анализа. Кроме того, МТТ может принципиально быть использован на любом уровне: не только для молекул, но и для клеток или животных, например. Таким образом, МТТ является мощным алгоритм слежения, что находит применение в молекулярной и клеточной масштабах.

Watch this Scientific Journal Video about Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing MTT at JoVE.com

Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing MTT

Несколько-Target Трассировка домашнее алгоритм, разработанный для отслеживания индивидуально меченых молекул в мембране живой клетки. Эффективное обнаружение, оценку и отслеживание молекул с течением времени при высокой плотности обеспечивает удобный, комплексный инструмент для исследования наноразмерных динамика мембраны.

Отображение молекулярной диффузии в плазме мембраны Несколько-Target трассировки (MTT)

Our goal is to obtain a comprehensive description of molecular processes occurring at cellular membranes in different biological functions. We aim at ...

Research

JoVE Journal

Biology

Mapping Molecular Diffusion in the Plasma Membrane by Multiple-Target Tracing (MTT)

Measuring Near Plasma Membrane and Global Intracellular Calcium Dynamics in Astrocytes

Измерение Ближнего плазматической мембраны и глобальной динамики внутриклеточного кальция в астроциты

The brain contains glial cells.  Astrocytes, a type of glial cell, have long been known to provide a passive supportive role to neurons. However, ...

Measuring Plasma Membrane Protein Endocytic Rates by Reversible Biotinylation

Измерение плазматической мембраны Белки Endocytic Цены на Реверсивные биотинилирование

Plasma membrane proteins are a large, diverse group of proteins comprised of receptors, ion channels, transporters and pumps.  Activity of these proteins ...

Quantitative Measurement of GLUT4 Translocation to the Plasma Membrane by Flow Cytometry

Количественное измерение GLUT4 транслокации к плазматической мембраны с помощью проточной цитометрии

Glucose is the main source of energy for the body, requiring constant regulation of its blood concentration. Insulin release by the pancreas induces ...

Crystallization of Membrane Proteins in Lipidic Mesophases

Кристаллизация Мембранные белки в липидных Мезофазы

Membrane proteins perform critical functions in living cells related to signal transduction, transport and energy transformations, and, as such, are ...

Real-time Analyses of Retinol Transport by the Membrane Receptor of Plasma Retinol Binding Protein

В режиме реального времени Анализы транспорта ретинола на мембранный рецептор плазменных Retinol Binding Protein

Vitamin A is essential for vision and the growth/differentiation of almost all human organs.  Plasma retinol binding protein (RBP) is the principle and ...

Easy Measurement of Diffusion Coefficients of EGFP-tagged Plasma Membrane Proteins Using k-Space Image Correlation Spectroscopy

Легко Измерение коэффициентов диффузии в EGFP-меченых белков плазматической мембраны Использование К-пространство изображения корреляционной спектроскопии

Lateral diffusion and compartmentalization of plasma membrane proteins are tightly regulated in cells and thus, studying these processes will reveal new ...

Imaging Plasma Membrane Deformations With pTIRFM

Изображений с плазменным Мембрана Деформации С pTIRFM

To gain novel insights into the dynamics of exocytosis, our group focuses on the changes in lipid bilayer shape that must be precisely regulated during ...

Simultaneous Measurement of Mitochondrial Calcium and Mitochondrial Membrane Potential in Live Cells by Fluorescent Microscopy

Одновременное измерение митохондриальной кальция и митохондриальной мембраны Потенциал в живых клетках с помощью флуоресцентной микроскопии

Apart from their essential role in generating ATP, mitochondria also act as local calcium (Ca2+) buffers to tightly regulate intracellular Ca2+ ...

Determination of Plasma Membrane Partitioning for Peripherally-associated Proteins

Определение плазматической мембраны секционирования для периферически связанных белков

This method provides a fast approach for the determination of plasma membrane partitioning of any fluorescently-tagged peripherally-associated protein ...

Characterization of MLKL-mediated Plasma Membrane Rupture in Necroptosis

Характеристика MLKL-опосредованной плазматической мембраны разрыв в Necroptosis

Necroptosis is a programmed cell death pathway triggered by activation of receptor interacting protein kinase 3 (RIPK3), which phosphorylates and ...