Name: amide hydrogen/deuterium exchange &amp; maldi-tof mass spectrometry analysis of pak2 activation
Uploaded: 2011-11-26T14:00:00
Duration: 7 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Amide Hydrogen/Deuterium Exchange & MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation at JoVE.com

ويدعم هذا العمل في جزء من المعاهد الوطنية للصحة منح GM - 26738 (لجات).

1. Pak2 التنشيط <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة المناسبة قبل اختبار كمية caspase 3-20 ميكرولتر من Pak2 ملغ / مل في 12 ألف والعازلة (50 ملي ملي تريس DTT - حمض الهيدروكلوريك وكلوريد الصوديوم 150 ملم ، و 2 في درجة الحموضة 7.5) في احتضان لمدة 30 دقيقة 34 درجة مئوية ليلتصق تماما وPak2 تنشيط. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحليل المنتجات التي تشطر SDS - PAGE (10 ٪) ، وتلطيخ Coommassie زرقاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة إلى تفعيل Pak2 المشقوق العازلة ب (50 ملي تريس ، حمض الهيدروكلوريك وكلوريد الصوديوم 150 ملم ، 15 ملم MgCl 2 و 10 ملي ATP) عند pH 7.5 ، في 20 ميكروليتر إلى التركيز النهائي للPak2 ملغ / مل 10 و 34 في احتضان درجة مئوية لمدة 30 دقيقة لتنشيط تماما Pak2 بواسطة autophosphorylation في 8 مواقع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تأكيد الانقسام الكامل Pak2 من جراء الهجرة من شظايا p34 P27 وعلى النحو الذي يحدده SDS - PAGE 10. يتم التحقق من الشروط المناسبة autophosphorylation عبر تصوير الإشعاع الذاتي في تجربة منفصلة باستخدام (32 ف) للاعبي التنس المحترفين أو قياس الطيف الكتلي لكشف phosphopeptides. </li></ol> 2. تحديدمن البيبسين - إستفتاء Pak2 شظايا <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 1 مل من حمض Trifluroacetic 0.1 ٪ (TFA) في درجة الحموضة 2.5 لغسل حبات agarose مرتين قبل استخدامها. ثم الطرد المركزي العينات لمدة 15 ثانية في 2000 لإزالة XG الخرز. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة Pak2 (20 ميكروغرام في 2 ميكرولتر من كلوريد الصوديوم 150 مم ، 50 ملي ملي تريس DTT - 2 في حمض الهيدروكلوريك ودرجة الحموضة 7.5) إلى 100 ميكرولتر من TFA 0.1 ٪ ، واحتضان العينة لمدة 5 دقائق مع 30 ميكرولتر من الخرز agarose البيبسين ، مترافق . </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يوازن عكس العمود هبلك المرحلة C18 مع النظام الأساسي للمذيب TFA 0.1 ٪ عند pH 2.5. الخلاصة هي eluted البيبسين (50 ميكرولتر) باستخدام خطي 100 دقيقة من الانحدار 0-80 ٪ أسيتونتريل تحتوي TFA 0.1 ٪ في معدل التدفق من 0.2 مل / دقيقة. يتم جمع الكسور كل دقيقة 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تجفيف الكسور HPLC مع بطالة السرعة (3 ح) و resuspend العينات في حل أسيتونتريل (5 ميكرولتر) وTFA 0.1 ٪ (5 ميكرولتر) عند pH 2.5. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في البداية ، يتم فحص كل جزء لالببتيدات باستخدام - TOF MALDI PerSeptive النظم البيولوجية STR DE فويجر (PE بيosystems ، فوستر سيتي ، كاليفورنيا ، الولايات المتحدة). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التي يتعرض لها الكسور التي تحتوي على 16 الببتيدات لمطياف الكتلة جنبا إلى جنب باستخدام مطياف الكتلة Q - TOF وXL QSTAR oMALDI MS / MS لتحديد الأجزاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم التحقق من تسلسل من كل من أيونات الببتيد المنتجات التي تم إنشاؤها بواسطة مطياف الكتلة جنبا إلى جنب مع نسب م / ض النظرية القائمة على التسلسل الرئيسي للPak2 باستخدام بروتين موقع المنقب ( <a href="http://prospector.ucsf.edu/">http://prospector.ucsf.edu/</a> ) 11. </li></ol> 3. قياس صرف H / D الأميد <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يعقد كل الحلول والكواشف اللازمة لH / D الصرف عند 25 درجة مئوية في حمام مائي. يذوب في الماء ATP ، ويتم تعديل الرقم الهيدروجيني إلى 7.0 قبل الاستخدام. الإضافية 4mM ATP في المنطقة العازلة D O 2 هو لمنع فصلها عن ATP Pak2 بعد التخفيف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بدء H / D تبادل باضافة 18 ميكرولتر من مخزنة O 2 D (50 درجة الحموضة 6.98 ملي اجتماعات الأطراف ، 125 ملي مول كلوريد الصوديوم) إلى 2 ميكروليتر (20 ميكروغرام) من Pak2 في العازلة التي تحتوي على كلوريد الصوديوم 150 ملم ، 50 ملم DTT ملي تريس ، حمض الهيدروكلوريك (7.5 درجة الحموضة) و 2 ، مما أدى إلى مستوى Pak2 من 10 ملغ / مل ، ودرجة الحموضة من 7.0 في 0 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان العينات في ثلاث نسخ في تبادل H / D ل0.5 ، 0 ، 1 ، 3 ، 5 و 10 دقيقة ، أو 24 ساعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إخماد عملية التبادل H / D بإضافة 180 ميكروليتر من الجليد الباردة TFA 0.1 ٪ عند pH 2.2 ، مما يجعل الرقم الهيدروجيني إلى 2.5 في الحجم النهائي من 200 ميكروليتر. للعينات التي تحتوي على ATP ، 180 ميكروليتر من الجليد الباردة TFA 0.11 ٪ عند pH 2.2 يستخدم للحفاظ على درجة الحموضة عند 2.5 في حالة مروي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة قسامة (100 ميكرولتر) لكل عينة من مروي إلى 30 ميكرولتر من الخرز تنشيط agarose البيبسين ، مترافق. ولا يسمح للهضم الببسين والمضي قدما على الجليد لمدة خمس دقائق وvortexed العينات كل 30 ثانية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إنهاء عملية الهضم بواسطة الطرد المركزي للعينة لمدة 15 ثانية في 5000 XG عند 4 درجة مئوية لإزالة البيبسين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تجميد بسرعة في عينات السائل N 2 وتخزينها في -80 درجة مئوية لمدة لا تزيد عن 2قبل MALDI - TOF تحليل أيام. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مصفوفة لMALDI هو 5 ملغ / مل من α - cyano - 4 - hydroxycinnamic حمض (CHCA) الذائب في محلول (01:01:01) من الإيثانول ، وأسيتونتريل TFA 0.1 ٪ عند pH 2.5 والذي عقد في 0 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحسن جزئيا كل عينة بسرعة ومزيج 1 ميكرولتر من كل عينة مع 1 ميكرولتر من المصفوفة والبقعة على 4 درجات مئوية لوحة الهدف MALDI. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تطبيق فراغ معتدلة الى لوحة لتجفيف بقع في 30 ثانية قبل MALDI - TOF التحليل. الوقت بين ذوبان العينة واسترجاع الطيف حوالي 3 دقائق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اكتساب - TOF MALDI أطياف الشامل مع النظم البيولوجية STR PerSeptive DE فوياجر. الحصول على البيانات بمعدل أخذ العينات 2 غيغاهيرتز في قنوات البيانات 100000 ، مع الجهد 20000 - V المتسارع ، والجهد الشبكة 65 ٪ باستخدام تأخر استخراج مع تأخير النبض 180 نانوثانية. وبلغ متوسط ​​مائة بمسح في 2 دقيقة. لا يقتصر هذا الصك MALDI - TOF إلى أي علامة تجارية أو أي برنامج معين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام الكمبيوتر البيانات إكسبلورر 4.0 برنامج لcalculتناولوا معالجة بالديوتريوم كل جزء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتساب الصرف مرة أخرى على أساس نسبة من العدد الفعلي دوتيرون أدرجت في 24 ساعة من H / D تبادل مقسوما على جميع المواقع المحتملة للتبديل ، والتي هي العمود الفقري الأميدات باستثناء أميد N - محطة (الشكل 1). </li></ol> 4. ممثل النتائج : يتم التحقق من الانقسام وcaspase autophosphorylation بواسطة تلطيخ Commassie SDS - PAGE. Pak2 الخاملة هي فرقة واحدة من 58 كيلو دالتون. Caspase تشطر من Pak2 كاملة ، وينتج اثنين الشظايا ، p34 P27 والتي تهاجر بشكل منفصل. هجرة يبين P27 وp34 autophosphorylated تداخل على هلام بسبب الهجرة من المتخلفين جزء فسفرته P27 بالكامل (الشكل 2). وتنفذ H / D تبادل التجارب خارج عدة مرات بين 0 و 10 دقيقة (الشكل 3). كمثال على ذلك ، فإن دوام التأسيس الديوتيريوم في م / ZPوتتألف من eak 1697.85 Pak2 نشط من النظائر قمم متعددة كما هو مبين في التحول من المغلف الشامل مع مرور الوقت. <img alt="الشكل 1" src="/files/ftp_upload/3602/3602fig1.jpg" /> الشكل 1. المعادلات لحساب معالجة بالديوتريوم. <img alt="الشكل 2" src="/files/ftp_upload/3602/3602fig2.jpg" /> الشكل 2. Autophosphorylation والانقسام caspase من Pak2. وقد تم تحليل كاسباس المشقوق Pak2 (حارة اليسار) ، Pak2 نشط سليمة (وسط حارة) وكاسباس المشقوق Pak2 autophosphorylated (حارة اليمين) بواسطة SDS - PAGE وCoommassie تلطيخ زرقاء. مقتبس من هسو ، وآخرون YH 2. <img alt="الشكل 3" src="/files/ftp_upload/3602/3602fig3.jpg" /> الشكل 3. الطيف كتلة من دورة الوقت التأسيس لالديوتيريوم Pak2 الخاملة. تعرض Pak2 الخاملة إلى H / D exchaنجى ل00-10 دقيقة وتحليلها بواسطة MALDI - TOF. ويرد مثال على توزيع النظائر الموسع - TOF MALDI ذروة م / ض 1697.85 خلال وقت H / D الصرف. الخط الأحمر المنقط يشير متوسط ​​المغلف الشامل والتحول من المغلف الشامل يبين معالجة بالديوتريوم من الببتيد.

<ol>
	<li>Anand, G. S., Hughes, C. A., Jones, J. M., Taylor, S. S., Komives, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amide+H/2H+exchange+reveals+communication+between+the+cAMP+and+catalytic+subunit-binding+sites+in+the+R(I)alpha+subunit+of+protein+kinase.">Amide H/2H exchange reveals communication between the cAMP and catalytic subunit-binding sites in the R(I)alpha subunit of protein kinase.</a> A. J. Mol. Biol. 323, 377-386 (2002).</li><li>Hsu, Y. H., Johnson, D. A., Traugh, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+conformational+changes+during+activation+of+protein+kinase+Pak2+by+amide+hydrogen/deuterium+exchange.">Analysis of conformational changes during activation of protein kinase Pak2 by amide hydrogen/deuterium exchange.</a> J. Biol. Chem. 283, 36397-36405 (2008).</li><li>Englander, S. W., Kallenbach, N. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrogen+exchange+and+structural+dynamics+of+proteins+and+nucleic+acids.">Hydrogen exchange and structural dynamics of proteins and nucleic acids.</a> Q. Rev. Biophys. 16, 521-655 (1983).</li><li>Katta, V., Chait, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+changes+in+proteins+probed+by+hydrogen-exchange+electrospray-ionization+mass+spectrometry.">Conformational changes in proteins probed by hydrogen-exchange electrospray-ionization mass spectrometry.</a> Rapid Commun. Mass. Spectrom. 5, 214-217 (1991).</li><li>Dennis, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Localizing+the+membrane+binding+region+of+Group+VIA+Ca2+-independent+phospholipase+A2+using+peptide+amide+hydrogen/deuterium+exchange+mass+spectrometry.">Localizing the membrane binding region of Group VIA Ca2+-independent phospholipase A2 using peptide amide hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry.</a> J. Biol. Chem. 284, 23652-23661 (2009).</li><li>Hsu, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calcium+binding+rigidifies+the+C2+domain+and+the+intradomain+interaction+of+GIVA+phospholipase+A2+as+revealed+by+hydrogen/deuterium+exchange+mass+spectrometry.">Calcium binding rigidifies the C2 domain and the intradomain interaction of GIVA phospholipase A2 as revealed by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry.</a> J. Biol. Chem. 283, 9820-9827 (2008).</li><li>Lee, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activation+of+hPAK65+by+caspase+cleavage+induces+some+of+the+morphological+and+biochemical+changes+of+apoptosis.">Activation of hPAK65 by caspase cleavage induces some of the morphological and biochemical changes of apoptosis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 94, 13642-13647 (1997).</li><li>Rudel, T., Bokoch, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Membrane+and+morphological+changes+in+apoptotic+cells+regulated+by+caspase-mediated+activation+of+PAK2.">Membrane and morphological changes in apoptotic cells regulated by caspase-mediated activation of PAK2.</a> Science. 276, 1571-1574 (1997).</li><li>Roig, J., Traugh, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytostatic+p21+G+protein-activated+protein+kinase+gamma-PAK.">Cytostatic p21 G protein-activated protein kinase gamma-PAK.</a> Vitam. Horm. 62, 167-198 (2001).</li><li>Walter, B. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cleavage+and+activation+of+p21-activated+protein+kinase+gamma-PAK+by+CPP32+(caspase+3).+Effects+of+autophosphorylation+on+activity.">Cleavage and activation of p21-activated protein kinase gamma-PAK by CPP32 (caspase 3). Effects of autophosphorylation on activity.</a> J. Biol. Chem. 273, 28733-28739 (1998).</li><li>Clauser, K. R., Baker, P., Burlingame, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+accurate+mass+measurement+(+/-+10+ppm)+in+protein+identification+strategies+employing+MS+or+MS/MS+and+database+searching.">Role of accurate mass measurement (+/- 10 ppm) in protein identification strategies employing MS or MS/MS and database searching.</a> Anal. Chem. 71, 2871-2882 (1999).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

التعرف على أجزاء البيبسين - إستفتاء هو خطوة حاسمة لتبادل التجربة H / D. ويمكن تحديد صحيح لالببتيد تؤدي إلى استنتاج خاطئ. هو eluted Pak2 البيبسين هضم من خلال عمود المرحلة HPLC عكس C18 للحصول على خلفية نظيفة. في تجاربنا ، تم جمع ما مجموعه 40 وتعرض لكسور MALDI - TOF. ويمكن تحديد الببتيد متعددة في كل من الكسور. تعرضت الببتيدات إلى جنب الطيف الكتلي (Q - TOF MS / MS وoMALDI MS / MS) لتحديد تسلسل الخاصة بهم. ينبغي للأطياف MS / MS من الببتيد والأيونات المنتج لا يقل عن ثلاثة لتأكيد هوية من الببتيد. بيانات الكمبيوتر 4.0 مستكشف البرنامج (النظم البيولوجية التطبيقية) بتنفيذ تصحيح الأساس الأولي وترشيح الضوضاء. ويجب معايرة كل الطيف استنادا الى اثنين من قمم متتالية. نحن لدينا من قبل طيف ومعايرة الكتلة النظري للundeuterated م / ض والتي هي 923.45 1697.84. Tيستطيع دقة الشامل بعد معايرة تصل الى 10 جزءا في المليون. عند معالجة بالديوتريوم ، قد أحادي النظائر التحول إلى أعلى الشامل. حققت زيادات خطوة وحدوية لهذه النسب م / ض الجماهير تعزيز المرتبطة معالجة بالديوتريوم. فإن شدة ذروة المغلف الشامل لا تؤثر على مستوى معالجة بالديوتريوم. ومع ذلك ، فإن شدة ذروة الذرى النظائر في ظرف معين كتلة حرجة لحساب كتلة المتوسط. الخطوة الأولى من حساب دوتيرون أدرجت هو طرح كتلة الببتيد من العينة غير deuterated من العينة deuterated. وهناك ثلاثة عوامل أخرى ، في تخفيف D O 2 ، deuterons المتبقية في السلاسل الجانبية وتبادل الظهر ، الحاجة إلى مزيد من النظر في حساب (الشكل 1). التخفيف D O 2 هو عامل إضعاف D 2 O بعد خلط العينة وD O 2 العازلة للشروع في تبادل H / D. ودوتيرون المتبقية (4.5 ٪) في سلاسل جانب البيبسين هضمالببتيدات إد يجب أن يكون مطروح. الجزء الخلفي لتبادل هو خسارة حتمية لمعالجة بالديوتريوم في جميع الببتيدات deuterated وهضم الببسين في كتلة عملية القياس. ومعظم المذيبات الببتيد الوصول (م / ض = 1105.60) بعد ساعة من H - 24 / D تبادل يمثل معالجة بالديوتريوم المنطقة بالكامل. عدد دوتيرون أدرجت لكل من الببتيدات هو الفرق بين النقطه الوسطى من الببتيدات Pak2 deuterated الهضمية وغير deuterated. تم اختيار معظم الببتيد deuterated جدا م / ض 1105 لتمثيل معالجة بالديوتريوم كامل عندما كان في Pak2 24 ساعة من H / D الصرف. تم احتساب نسبة صرف عودة من العدد الفعلي دوتيرون أدرجت في 24 ساعة من H / D تبادل مقسوما على جميع المواقع المحتملة للصرف في الببتيد م / ض 1105.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"></table><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم الكاشف </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td><td> تعليق (اختياري) </td></tr><tr><td> D 2 O </td><td> الدريتش </td><td> 7789-20-0 </td><td></td></tr><tr><td> α - cyano - 4 - hydroxycinnamic حمض </td><td> سيغما </td><td> 28166-41-8 </td><td></td></tr><tr><td> MALDI - TOF </td><td> PE النظم البيولوجية </td><td> يسترسل DE STR </td><td></td></tr><tr><td> Q - TOF مطياف الكتلة </td><td> Q - TOF ألتيما ، العالمي </td><td></td><td></td></tr><tr><td> QSTAR XL oMALDI MS / MS </td><td> تطبيق النظم البيولوجية </td><td></td><td></td></tr><tr><td> بيانات الكمبيوتر إكسبلورر 4.0 البرنامج </td><td> تطبيق النظم البيولوجية </td><td></td><td></td></tص&gt; </tbody></table>

amide hydrogen/deuterium exchange &amp; maldi-tof mass spectrometry analysis of pak2 activation

وقد أميد الهيدروجين / تبادل الديوتيريوم (H / تبادل D) مقرونا المستخدمة على نطاق واسع الطيف الكتلي لتحليل واجهة من البروتين البروتين التفاعلات والتغيرات متعلق بتكوين البروتين ، وديناميات البروتين وتفاعلات البروتين يجند. وقد استخدمت H / D على تبادل المناصب أميد العمود الفقري لقياس معدلات معالجة بالديوتريوم من المناطق الصغيرة في بروتين بواسطة الطيف الكتلي 1،2،3. حل هذا الأسلوب يعتمد على الهضم من البروتين البيبسين deuterated الفائدة في الببتيدات التي تتراوح عادة 3-20 المخلفات. على الرغم من أن القرار من H / D تبادل يقاس الطيف الكتلي هو أقل من واحد بقايا القرار تقاس Heteronuclear الكم طريقة واحدة (HSQC) تماسك الرنين المغناطيسي ، وقياس الطيف الكتلي في H / D الصرف ليس مقيدا حجم 4 البروتين. ويتم H / D الصرف في محلول مائي التي تحافظ على التشكل من البروتين. نحن نقدم طريقة التي UTILizes في MALDI - TOF للكشف 2 ، بدلا من نظام MS - HPLC / ESI (التأين electrospray) 5،6. و- TOF MALDI توفر بيانات دقيقة عن كثافة الشامل للالببتيدات من البروتين المهضوم ، في هذه الحالة بروتين كيناز Pak2 (وتسمى أيضا γ باك). ويتم التحلل البروتيني من باك 2 من أصل في هضم الببسين حاليا. هذه الطريقة البديلة ، وعندما يقوم المستخدم ليس الوصول إلى عمود HPLC والبيبسين متصلة مطياف الكتلة ، أو عندما يكون العمود البيبسين على HPLC لا ينتج مخطط الهضم الأمثل ، وعلى سبيل المثال ، بشدة ثاني كبريتيد العبودي يفرز فسفوليباز A 2 (الجيش الشعبي 2). باستخدام هذا الأسلوب ، ونحن بنجاح رصد التغيرات في مستوى معالجة بالديوتريوم خلال تفعيل Pak2 التي تشطر 3 caspase وautophosphorylation 7،8،9.

Watch this Scientific Journal Video about Amide Hydrogen/Deuterium Exchange & MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation at JoVE.com

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange & MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

وقد استخدمت بنجاح MALDI - TOF الطيف الكتلي لرصد الهيدروجين أميد / الديوتيريوم الصرف في بروتين كيناز Pak2 التنشيط.

أميد الهيدروجينية / الديتريوم الطيف الكتلي تبادل و- TOF MALDI تحليل Pak2 التنشيط

Amide hydrogen/deuterium exchange (H/D exchange) coupled with mass spectrometry has been widely used to analyze the interface of protein-protein ...

Research

JoVE Journal

Biology

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange &amp; MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

MALDI تحضير العينة : الترا أسلوب طبقة رقيقة

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

Analyzing Large Protein Complexes by Structural Mass Spectrometry

تحليل البروتين المجمعات الكبيرة التي الطيف الكتلي الإنشائية

Living cells control and regulate their biological processes through the coordinated action of a large number of proteins that assemble themselves into an ...

T-wave Ion Mobility-mass Spectrometry: Basic Experimental Procedures for Protein Complex Analysis

تي موجة ايون التنقل الكتلة الطيفي : الإجراءات التجريبية الأساسية لتحليل البروتين مجمع

Ion mobility (IM) is a method that measures the time taken for an ion to travel through a pressurized cell under the influence of a weak electric field. ...

Direct Analysis of Single Cells by Mass Spectrometry at Atmospheric Pressure

التحليل المباشر للخلايا واحدة بواسطة الطيف الكتلي في الضغط الجوي

Analysis of biochemicals in single cells is important for understanding cell metabolism, cell cycle, adaptation, disease states, etc. Even the same cell ...

Profiling Thiol Redox Proteome Using Isotope Tagging Mass Spectrometry

التنميط بروتيوم الأكسدة والاختزال ثيول استخدام الطيف النظائر كتلة توصيف

Pseudomonas syringae pv. tomato strain DC3000 not only causes bacterial speck disease in Solanum lycopersicum but also on Brassica species, as well as on ...

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment (Kartchner Caverns, AZ, USA)

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment Kartchner Caverns, AZ, USA

استخدام MALDI-TOF الطيف الكتلي وقاعدة بيانات مخصصة لتوصيف البكتيريا الأصلية إلى فريد كهف البيئة (Kartchner الكهوف، AZ، ​​الولايات المتحدة الأمريكية)

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, ...

Selected Reaction Monitoring Mass Spectrometry for Absolute Protein Quantification

رد الفعل المحدد رصد الطيف الكتلي لالمطلق البروتين الكمي

Absolute quantification of target proteins within complex biological samples is critical to a wide range of research and clinical applications. This ...

Enrichment of Extracellular Matrix Proteins from Tissues and Digestion into Peptides for Mass Spectrometry Analysis

إثراء خارج الخلية مصفوفة البروتينات من الأنسجة والهضم في الببتيدات لتحليل الطيف الكتلي

The extracellular matrix (ECM) is a complex meshwork of cross-linked proteins that provides biophysical and biochemical cues that are major regulators of ...

Applications of the Single-probe: Mass Spectrometry Imaging and Single Cell Analysis under Ambient Conditions

تطبيقات أحادية التحقيق: وسائل التصوير الطيفي والتحليل خلية واحدة في ظل الظروف المحيطة

Mass spectrometry imaging (MSI) and in-situ single cell mass spectrometry (SCMS) analysis under ambient conditions are two emerging fields with great ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

سير العمل كاملا لتحليل هيستون التعديلات بعد متعدية عن طريق أسفل إلى أعلى الطيف الكتلي: من هيستون استخراج لتحليل البيانات

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...