Name: production of tissue microarrays, immunohistochemistry staining and digitalization within the human protein atlas
Uploaded: 2012-05-31T13:00:00
Duration: 9 min 8 s
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この作品は、クヌートとアリスウォレンバーグ財団からの補助金によって支えられている。ウプサラ、ストックホルム、インドの人間のタンパク質アトラスセンターの全体のスタッフは、ヒトタンパ​​ク質アトラスを生成するための努力のために承認されています。著者らは、撮影時に特にTMA制作の支援のための写真やエレーヌKarlbergの支援についてはフランクHammarとソフィー·グスタフソンに感謝したいと思います。

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	<li>Battifora, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+multitumor+(sausage)+tissue+block:+novel+method+for+immunohistochemical+antibody+testing.">The multitumor (sausage) tissue block: novel method for immunohistochemical antibody testing.</a> Lab Invest. 55, 244-244 (1986).</li><li>Kononen, J., Bubendorf, L., Kallioniemi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+microarrays+for+high-throughput+molecular+profiling+of+tumor+specimens.">Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens.</a> Nat. 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C., Stromberg, S., Backvall, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+protein+expression+in+cell+microarrays:+a+tool+for+antibody-based+proteomics.">Analysis of protein expression in cell microarrays: a tool for antibody-based proteomics.</a> J. Histochem. Cytochem. 54, 1413-14 (2006).</li><li>Stromberg, S., Bjorklund, M. G., Asplund, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-throughput+strategy+for+protein+profiling+in+cell+microarrays+using+automated+image+analysis.">A high-throughput strategy for protein profiling in cell microarrays using automated image analysis.</a> Proteomics. 7, 2142 (2007).</li><li>Jogi, A., Brennan, D. J., Ryden, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nuclear+expression+of+the+RNA-binding+protein+RBM3+is+associated+with+an+improved+clinical+outcome+in+breast+cancer.">Nuclear expression of the RNA-binding protein RBM3 is associated with an improved clinical outcome in breast cancer.</a> Mod. Pathol. 22, 1564 (2009).</li><li>Magnusson, K., De Wit, M., Brennan, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SATB2+in+combination+with+cytokeratin+20+identifies+over+95%+of+all+colorectal+carcinomas.">SATB2 in combination with cytokeratin 20 identifies over 95% of all colorectal carcinomas.</a> Am. J. Surg. Pathol. 35, 937 (2011).</li><li>Nocito, A., Kononen, J., Kallioniemi, O. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+microarrays+(TMAs)+for+high-throughput+molecular+pathology+research.">Tissue microarrays (TMAs) for high-throughput molecular pathology research.</a> Int. J. Cancer. 94, 1 (2001).</li><li>Rimm, D. L., Camp, R. L., Charette, L. 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Histochem. , (2010).</li><li>UniProt. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Nucleic acids research. 39, D214 (2011).</li><li>Uhlen, M., Oksvold, P., Fagerberg, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Towards+a+knowledge-based+Human+Protein+Atlas.">Towards a knowledge-based Human Protein Atlas.</a> Nature Biotechnol. 28, 1248 (2010).</li><li>Leong, A. S., Leong, T. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standardization+in+immunohistology.">Standardization in immunohistology.</a> Method Mol. Cell Biol. 724, 37 (2011).</li></ol>

我々は、開示することは何もありません。

免疫組織化学は、はるかにTMASための最も一般的に使用されるアプリケーションです。大規模な患者のコホートから組織サンプルに基づいて、IHCとTMASの組み合わせは、いくつかの異なる設定で使用することができ、組織7 8および細胞9 10におけるタンパク質発現パターンの例：ハイスループットスクリーニング、バイオマーカー探索の研究11 12とより基本的な腫瘍の生物学異なる表現型/遺伝子型、分化段階、進行や転移13を含む研究では、。 TMASを使用する利点の1つは大規模コホートからその材料が貴重な生物学的材料を節約し、より再現性の実験を確実に両方、一度に分析することができます。また、TMA技術の使用は、試薬コストや研究室の処理時間を節約できます。 TMAのみが組織の限られた量が含まれているため、組織の不均一性が問題です。組織と対処すべき問題の種類に応じて、いくつかのサンプルが同じspecimeから必要になることがありますN。それは全体の組織切片を13 14の表現で高精度をもたらすことが示されているように腫瘍組織については、各標本二から四までのコアの使用をお勧めします。組織の組成に応じてパンチ（0.6ミリメートルから2ミリメートルまでの範囲）の直径を調整することができます。組織は、いくつかの異なる種類の細胞、構造および細胞外マトリックスの両方の複雑で構成されています。脂肪の可変量を含む、それぞれ異なる組織型の組成物は、血管、結合組織、軟骨などは、独立したコアをパンチングして収集するために必要な圧力に影響を与えます。それが意図した実験のために定義されている組織とTMAを生成する前に、任意の値ではありません材料にすべての手順を練習するに重要である。 1 TMAブロック内の異なる組織の様々なセクショニング時にブロックの構成は、高品質のセクションを取得する能力に影響を与える可能性がある。 CErtain組織、例えば皮膚、骨髄、脂肪、脳、乳房、セクションでは、水浴中で伸ばす方法差押質感の違いの影響を受けることにより困難にTMAブロックの切片とどのように異なる硬度レンダリングは、ブレード等により切断されしたがって、1 TMAは、該当するに似た機能などの脂質の豊富な組織を持つグループ組織することを推奨します。癌組織の大半はこの意味で同質であり、これは癌のTMASの切片が容易になります。組織の異種タイプのTMAを取り扱う際にはマイクロアレイコアを安定させるための代替的切断法を採用することができる。粘着テープの使用は、断面のTMAのコアと秋アウトの損失を避けるために役立ちます。テープ断面のコアの厚さに影響を与え、その後も、IHC染色15の結果できるので、粘着テープの使用は、慎重に使用すべきである。 9x8の人間のタンパク質アトラスのセットアップTMAテンプレート（マーカーを除く）コアのAReが使用されます。それは、セクションの最大数を取得し、ブロック全体で表されるすべての組織を維持するために重要である。試薬とスキャン時間を節約するために、2つのセクションは、9x8の最大のテンプレートを可能にする1スライドガラス上に配置されています。 タンパク質については、ユニバーサルタンパク質リソース16の主要なリポジトリでは、唯一の約66％がタンパク質レベルでの証拠を持っているのは約20.300件のヒトタンパク質のエントリが含まれています。また、タンパク質レベルでの存在の証拠があるのための遺伝子の大半は、希少またはタンパク質の機能と発現の分布に関する情報があります。今後の重要な課題は、分布パターンとヒト組織の様々なタイプのこれらの未知のタンパク質の相対量を分析することです。そのようなUNIPROT、ENSEMBL、PubMedから出版されたデータなどのデータベースからの情報は、免疫組織化学的染色パターンに対する抗体を使用している場合を確立するためのガイドとして使用することができます病棟未知のタンパク質は、目的の標的タンパク質の実際のタンパク質プロファイルを表しています。さらに、いくつかの他の検証戦略は、タンパク質配列、ウェスタンブロット、免疫蛍光法、免疫沈降やプルダウン実験の例では抗体の機能のために、抗体の機能を確保するために必要とされている。おそらく、抗体の機能を検証するための最も重要なツールでは、ペアの抗体を使用すること、すなわち2つの異なる抗体は、アッセイに固有の結果17を比較するために、同じ標的タンパク質上の別個の、重複しないエピトープに対して提起した。 コンパイルされた情報に基づいて、抗体はIHCの標準と人間のタンパク質アトラスプロジェクトの35.000抗体を介してテストおよび検証の経験に基づいてテストされ、滴定されています。タンパク質プロファイルを持つすべての遺伝子の20％以上の場合は、ペア抗体（同じタンパク質上の非重複エピトープに向かって2つ以上の抗体）からのデータは、最高の推定値を決定するために使用されています対応するタンパク質の発現パターンのメイト。ペアの抗体は、特定の免疫組織化学ベースのタンパク質発現パターンを検証するための究極の戦略を提供しています。基本的なスクリーニングに含まれている別の組織の多くは、交差反応のリスクを増加させるので、この戦略は、貴重なものです。それは特定の組織は、一般的にバックグラウンド染色例、マクロファージ、平滑筋、肝臓、腎臓及び肝細胞の遠位尿細管を表示する傾向があることにも留意すべきである。偽陰性または不適切なポジティブIHC染色パターンになることがアーカイブ材料から採取した組織のために時間をかけて組織の処理技術のバリエーションを含んで考慮すべきその他の問題。この現象は、大規模なセクション分析で検出されました。正および負の両方のコントロールが不可欠であり、可能な限り使用する必要があります。対応するTRの機能解析、強制発現細胞株および特定のノックダウンを含む、より深い研究のためのanscripts（siRNA技術）は、コントロールを作成するために使用することができます。ホルマリン固定、架橋などの様々な化学修飾、抗原18をマスキングシッフ塩基の加水分解を誘導するため、IHCで最適な結果を得るためには、それが抗原検索システムをテストし、使用することが重要です。 結論として、TMA技術およびIHCを採用した抗体ベースのプロテオミクスでは、大規模なタンパク質の発現データを生成するための強力な戦略です。人間のタンパク質アトラスプロジェクトは、ヒト正常組織および癌におけるヒトタンパ​​ク質発現のマップを作成するように設定されている。このプロジェクトの目的は、2015年までに包括的なヒトタンパ​​ク質アトラスの最初の草案を提示することである。正常な臓器や組織中のタンパク質プロファイルを提供することに加えて、この努力は、臨床バイオマーカー探索の努力を含む生物医学研究プロジェクトの出発点を提供します。究極の目標は、ヒトゲノム配列の上に次の情報レイヤーを追加することですwiを様々な疾患状態の根底にある生物学をより深く理解するために重要である、および新規診断·治療ツールを開発するための基礎を提供するでしょう。

<table border="1"><tbody><tr><td> 試薬の名前 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td></tr><tr><td>洗浄バッファーを</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> TA-999-TT </td></tr><tr><td>バッファpH6でのクエン酸</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> TA-250-Pm1X </td></tr><tr><td>抗体希釈液</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> TA-125-UD </td></tr><tr><td> UltraVision LP HRPポリマー</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> TL-125-HL </td></tr><tr><td> DAB基質を加えたシステム</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> TA-125-HDX </td></tr><tr><td>ウルトラVブロック</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> TA-125-UB </td></tr><tr><td>一次抗体エンハンサー</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> TL-125-PB </td></tr><tr><td>メイヤーズヘマトキシリン</td><td> HistolAB </td><td> 01820 </td></tr><tr><td> PERTEX </td><td> Histolab </td><td> 00871.0500 </td></tr><tr><td colspan="3"></td></tr><tr><td> 機器の名前 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td></tr><tr><td>マニュアル組織マイクロアレイヤー</td><td> Estigen、ビーチャーインストゥルメント</td><td> MTA-1 </td></tr><tr><td>滝ミクロトーム</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td>マイクロモルHM 355S </td></tr><tr><td>自動化されたイメージスキャナ</td><td>アペリオ·テクノロジーズ</td><td> XT </td></tr><tr><td>自動化されたスライドの染色システム</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> Autostainer 480S-2D </td></tr><tr><td> deparafinizationと脱水のために自動化されたスライドの染色システム</td><td>ライカバイオシステムズ</td><td> Autostainer XL </td></tr><tr><td>自動化されたガラスcoverslipper </td><td>ライカビオスystems </td><td> CV5030 </td></tr><tr><td> Decloaking室</td><td>バイオケア·医療</td><td> DC2008INTEL </td></tr></tbody></table>

production of tissue microarrays, immunohistochemistry staining and digitalization within the human protein atlas

組織マイクロアレイ（TMA）技術は、複数の組織や細胞のハイスループット分析のための手段を提供します。技術は、グローバルな正常ヒト組織におけるタンパク質発現パターンの解析、癌および細胞株、ヒトのタンパク質アトラスプロジェクト内で使用されます。ここでは、単一の受信TMAブロックに微視的に選択された代表的な組織から取得した1 mmのコアのアセンブリを、紹介します。 TMAブロックの数とコアのサイズは約40 2ミリメートルのコアから0.6ミリメートルのコアを最大数百個に変化させることができる。 TMA技術を使用する利点は、そのデータの大量を急速に実験的な変動を避けるために、単一の免疫染色プロトコルを使用して得ることができる。重要なのは、希少な組織の限られた量が大きな患者コホート1の分析のために可能にする、必要とされる。約250の連続した​​切片（4μmの厚さ）TMAブロックからカットし、免疫組織化学的stainiに使用することができます250種類の抗体に特定のタンパク質の発現パターンを決定するためにNG。人間のタンパク質アトラスプロジェクトでは、抗体は、すべてのヒトタンパ​​ク質に向かって生成され、ヒトの癌の20の最も一般的な形式を表す216別の患者から、144の個人および癌組織の両方から正常なヒトの組織で対応するタンパク質のプロファイルを取得するために使用されています。免疫組織化学的にスライドガラス上に染色されたTMAのセクションは、病理医は免疫組織化学の結果を解釈し、注釈を付けることができ、そこから高解像度の画像を作成するためにスキャンされます。一緒に対応する病理学ベースの注釈データを持つイメージは、人間のタンパク質アトラスポータル（を通じて研究コミュニティのための公に利用できるようになります<a href="http://www.proteinatlas.org" target="_blank">www.proteinatlas.org</a> ）（ 図1）3。ヒトタンパ​​ク質アトラスは、人体内のタンパク質の分布と相対量を示す地図を提供しています。現在のバージョンシオンは、ヒトのゲノムによってコードされるすべてのタンパク質以上の61パーセントに相当する12.238ユ​​ニークな蛋白質のタンパク質発現データと1,100万件以上のイメージが含まれています。

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Production of Tissue Microarrays, Immunohistochemistry Staining and Digitalization Within the Human Protein Atlas

組織マイクロアレイは、組織の多数からの同時情報を得るために効率的な方法が可能になります。組織の代表的な部品は、単一のパラフィンブロックに組み立てられます。ブロックからのセクションは、タンパク質の発現パターンの免疫組織化学および分析のために使用されます。デジタルスキャンは、データの分布に対応する画像を生成する。

ヒトタンパ​​ク質アトラス内の組織マイクロアレイ、免疫組織化学染色とデジタル化の生産

The  tissue microarray (TMA) technology provides the means for high-throughput  analysis of multiple tissues and cells. The technique is used within the ...

Research

JoVE Journal

Biology

Actin Co-Sedimentation Assay; for the Analysis of Protein Binding to F-Actin

アクチン共沈降アッセイ、F -アクチンへの結合タンパク質の解析のための

The actin cytoskeleton within the cell is a network of actin filaments that allows the movement of cells and cellular processes, and that generates ...

Staining of Proteins in Gels with Coomassie G-250 without Organic Solvent and Acetic Acid

クーマシー有機溶媒および酢酸のないG - 250でゲル中のタンパク質の染色

In classical protein staining protocols using Coomassie Brilliant Blue (CBB), solutions with high contents of toxic and flammable organic solvents ...

Quantitation of &gamma;H2AX Foci in Tissue Samples

Quantitation of ÃƒÅ½Ã‚Â³H2AX Foci in Tissue Samples

組織サンプルのγH2AX病巣の定量

DNA double-strand breaks (DSBs) are particularly lethal and genotoxic lesions, that can arise either by endogenous (physiological or pathological) ...

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays (MEArrays)

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays MEArrays

微小環境マイクロアレイの作製と利用（MEArrays）

The interactions between cells and their surrounding microenvironment have functional consequences for cellular behaviour. On the single cell level, ...

The MultiBac Protein Complex Production Platform at the EMBL

EMBLでMultiBacタンパク質複合体生産プラットフォーム

Proteomics  research revealed the impressive complexity of eukaryotic proteomes in  unprecedented detail. It is now a commonly accepted notion that ...

Probing High-density Functional Protein Microarrays to Detect Protein-protein Interactions

タンパク質 - タンパク質相互作用を検出するために、高密度機能タンパク質マイクロアレイのプロービング

High-density functional protein microarrays containing ~4,200 recombinant yeast proteins are examined for kinase protein-protein interactions using an ...

Green Fluorescent Protein-based Expression Screening of Membrane Proteins in Escherichia coli

Green Fluorescent Protein-based Expression Screening of Membrane Proteins in Escherichia coli

膜タンパク質の緑色蛍光タンパク質ベースの発現スクリーニングで<em&gt;エシェリヒア·コリ</em

The production of recombinant membrane proteins for structural and functional studies remains technically challenging due to low levels of expression and ...

Visualization of 3D White Adipose Tissue Structure Using Whole-mount Staining

全取り付ける染色を用いた 3 D 白色脂肪組織構造の可視化

Adipose tissue is an important metabolic organ with high plasticity and is responsive to environmental stimuli and nutrient status. As such, various ...

The CryoAPEX Method for Electron Microscopy Analysis of Membrane Protein Localization Within Ultrastructurally-Preserved Cells

超構造保存細胞における膜蛋白質局在化の電子顕微鏡分析のためのクライオAPEX法

Key cellular events like signal transduction and membrane trafficking rely on proper protein location within cellular compartments. Understanding precise ...

Y-27632 Enriches the Yield of Human Melanocytes from Adult Skin Tissues

Y-27632 成人皮膚組織からのヒトメラノサイトの収穫量を豊かにする

The isolation and culture of primary melanocytes from skin tissues is very important for biological research and has been widely used for clinical ...

ヒトタンパ​​ク質アトラス内の組織マイクロアレイ、免疫組織化学染色とデジタル化の生産

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