Name: site-specific bacterial chromosome engineering: &#934;c31 integrase mediated cassette exchange (imce)
Uploaded: 2012-03-16T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Site-specific Bacterial Chromosome Engineering: ÃŽÂ¦C31 Integrase Mediated Cassette Exchange IMCE at JoVE.com

친절 integrase의 클론을 제공하는 마가렛 CM 스미스에게 부터 지원 자금 : 게놈 캐나다 / 게놈 프레리 NSERC 발견과 전략적 사업 보조금

1. 문화 생산 <ol><li> 타이 10 (5g / L tryptone, 3g / L 효모 추출물, 0.44 g / L 칼슘 염화물 탈수) 및 LB 11 (10g / L tryptone, 5g / L 효모 추출물, 5 G / : 무균 액체 매체를 준비합니다 나트륨 염화물, 산도 7). </li><li> SmUW227 : 50 μg / ML의 spectinomycin와 타이의 미디어 (S. meliloti 천자 - 변형 : 건설 다른 곳에서 설명한 것이다는 요청시 사용 가능한 건축 세부 변형) () 5에 ML 단일 콜로니 접종. E.</...

<ol>
	<li>Itaya, M., Tsuge, K., Koizumi, M., Fujita, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+two+genomes+in+one+cell:+Stable+cloning+of+the+Synechocystis+PCC6803+genome+in+the+Bacillus+subtilis+168+genome.">Combining two genomes in one cell: Stable cloning of the Synechocystis PCC6803 genome in the Bacillus subtilis 168 genome.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 15971-15976 (2005).</li><li>Kushtoss, S., Rao, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+Integration+Function+of+the+Streptomycete+Bacteriophage+FC31.">Analysis of the Integration Function of the Streptomycete Bacteriophage FC31.</a> J. Mol. Biol. 222, 897-908 (1991).</li><li>Brown, W. R., Lee, N. C., Xu, Z., Smith, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serine+recombinases+as+tools+for+genome+engineering.">Serine recombinases as tools for genome engineering.</a> Methods. 53, 372-379 (2011).</li><li>Groth, A. C., Olivares, E. C., Thyagarajan, B., Calos, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+phage+integrase+directs+efficient+site-specific+integration+in+human+cells.">A phage integrase directs efficient site-specific integration in human cells.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 5995-6000 (2000).</li><li>Rowley, P. A., Smith, M. C., Younger, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+motif+in+the+C-terminal+domain+of+FC31+integrase+controls+the+directionality+of+recombination.">A motif in the C-terminal domain of FC31 integrase controls the directionality of recombination.</a> Nuc. Acid. Res. 36, 3879-3891 (2008).</li><li>Campbell, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+monomeric+red+fluorescent+protein.">A monomeric red fluorescent protein.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 7877-7882 (2002).</li><li>Schafer, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+mobilizable+multi-purpose+cloning+vectors+derived+from+the+Escherichia+coli+plasmids+pK18+and+pK19:+selection+of+defined+deletions+in+the+chromosome+of+Corynebacterium+glutumicum.">Small mobilizable multi-purpose cloning vectors derived from the Escherichia coli plasmids pK18 and pK19: selection of defined deletions in the chromosome of Corynebacterium glutumicum.</a> Gene. 145, 69-73 (1994).</li><li>Thorpe, H. M., Smith, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+site-specific+integration+of+bacteriophage+DNA+catalyzed+by+a+recombinase+of+the+resolvase&#47;invertase+family.">In vitro site-specific integration of bacteriophage DNA catalyzed by a recombinase of the resolvase&#47;invertase family.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. 95, 5505-5510 (1998).</li><li>Jones, J. D., Gutterson, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+efficient+mobilizable+cosmid+vector,+pRK7813,+and+its+use+in+a+rapid+method+for+marker+exchange+in+Pseudomonas+fluorescens+strain+HV37a.">An efficient mobilizable cosmid vector, pRK7813, and its use in a rapid method for marker exchange in Pseudomonas fluorescens strain HV37a.</a> Gene. 61, 299-306 (1987).</li><li>Beringer, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=R+Factor+transfer+in+Rhizobium+leguminosarum.">R Factor transfer in Rhizobium leguminosarum.</a> J. Gen. Microbiol. 84, 188-198 (1974).</li><li>Lennox, E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transduction+of+linked+genetic+characters+of+the+host+by+bacteriophage+P1.">Transduction of linked genetic characters of the host by bacteriophage P1.</a> Virology. 1, 190-206 (1955).</li><li>Hanahan, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+transformation+of+Escherichia+coli+with+plasmids.">Studies on transformation of Escherichia coli with plasmids.</a> J. Mol. Biol. 166, 557-580 (1983).</li><li>Charles, T. C., Finan, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+map+of+Rhizobium+meliloti+megaplasmid+pRmeSU47b.">Genetic map of Rhizobium meliloti megaplasmid pRmeSU47b.</a> J. Bacteriol. 172, 2469-2476 (1990).</li><li>Leigh, J. A., Signer, E. R., Walker, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exopolysaccharide-deficient+mutants+of+Rhizobium+meliloti+that+form+ineffective+nodules.">Exopolysaccharide-deficient mutants of Rhizobium meliloti that form ineffective nodules.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82, 6231-6235 (1985).</li><li>Heil, J. R., Nordeste, R. F., Charles, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fluorescence+theatre:+a+cost-effective+device+using+theatre+gels+for+fluorescent+protein+and+dye+screening.">The fluorescence theatre: a cost-effective device using theatre gels for fluorescent protein and dye screening.</a> Can. J. Microbiol. 57, 339-342 (2011).</li><li>Datsenko, K. A., Wanner, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One-step+inactivation+of+chromosomal+genes+in+Escherichia+coli+K-12+using+PCR+products.">One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K-12 using PCR products.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 6640-6645 (2000).</li><li>Lesic, B., Rahme, L. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+the+lambda+Red+recombinase+system+to+rapidly+generate+mutants+in+Pseudomonas+aeruginosa.">Use of the lambda Red recombinase system to rapidly generate mutants in Pseudomonas aeruginosa.</a> BMC Mol. Biol.. 9, 20-20 (2008).</li><li>Choi, K. -. H., Schweizer, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mini-Tn7+insertion+in+bacteria+with+single+attTn7+sites:+example+Pseudomonas+aeruginosa.">mini-Tn7 insertion in bacteria with single attTn7 sites: example Pseudomonas aeruginosa.</a> Nat. Protocols. 1, 153-161 (2006).</li><li>Thomason, L. C., Calendar, R., Ow, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+insertion+and+replacement+in+Schizosaccharomyces+pombe+mediated+by+the+Streptomyces+bacteriophage+FC31+site-specific+recombination+system.">Gene insertion and replacement in Schizosaccharomyces pombe mediated by the Streptomyces bacteriophage FC31 site-specific recombination system.</a> Molecular Genetics and Genomics. 265, 1031-1038 (2001).</li><li>Katzen, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gateway+recombinational+cloning:+a+biological+operating+system.">Gateway recombinational cloning: a biological operating system.</a> Expert Opin. Drug Discovery. , 571-586 (2007).</li><li>Charles, T. C., Doty, S. L., Nester, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Construction+of+Agrobacterium+strains+by+electroporation+of+genomic+DNA+and+its+utility+in+analysis+of+chromosomal+virulence+mutations.">Construction of Agrobacterium strains by electroporation of genomic DNA and its utility in analysis of chromosomal virulence mutations.</a> Appl. Environ. Microbiol. 60, 4192-4194 (1994).</li></ol>

IMCE 기술은 이전에 설계 변형율의 LP-현장으로 단일 attB 어귀의 DNA 카세트의 효율적인 통합을 허용합니다. 원하는 구조가 기증자 카세트를 만드는 RFP 자리에 복제되면 기술은 매우 강력하고, 이후 DNA를 정제 및 변환을 필요로하지 않습니다. 그것은 항생제 저항이 횡단 integrants 및 기타 아니라 요소의 생성에 의한 특정 말하면, 적절한 성장 컨트롤이 포함되어있는 것이 중요합니다. ...

<table border="1"><tbody><tr><td> 시약의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 댓글 </td></tr><tr><td> 스트렙토 마이신 </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> STP101 </td><td></td></tr><tr><td> Spectinomycin </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> <a href="https://ssl34.alentus.com/bioshopcanada/detail.asp?Pin=SPE201">SPE201</a> </td><td></td></tr><tr><td> Gentamicin </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> GTA202 </td><td></td></tr><tr><td> Choramphenicol </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> CLR201 </td><td></td></tr><tr><td> 테트라 싸이클린 </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> TET701 </td><td></td></tr><tr><td> Kanamycin </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> KAN201 </td><td></td></tr><tr><td> 세균 학년 한천 </td><td&gt; Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> AGR001 </td><td></td></tr><tr><td> Tryptone </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> TRP402 </td><td></td></tr><tr><td> 효모 엑기스 </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> YEX401 </td><td></td></tr><tr><td> 나트륨 염화물 </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> SOD001 </td><td></td></tr><tr><td> 염화칼슘 </td><td> Bioshop 캐나다 주식 회사 </td><td> CCL444 </td><td></td></tr><tr><td> X-gluc </td><td> 골드 바이오 주식 회사 </td><td> G1281C1 </td><td></td></tr><tr><td> E. 대장균 MT616 변형 </td><td> 요청시 사용 가능 </td><td></td><td> 또한 저희 실험실 밖에서 사용되는 </td></tr><tr><td> E. 대장균 pJC2 변형 </td><td> 요청에 의해 집안에서 사용 가능한 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> E. 대장균 pJH110 변형 </td><td> reques에 의한 하우스에서 사용 가능한티 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> SmUW227 변형 </td><td> 요청에 의해 집안에서 사용 가능한 </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

site-specific bacterial chromosome engineering: &#934;c31 integrase mediated cassette exchange (imce)

박테리아 염색체가 안정적으로 메가베이스 범위의 1에 외국의 DNA를 유지하는 데 사용할 수 있습니다. 염색체에 통합은 플라스미드 복제, 플라스미드 안정성, 플라스미드 호환성 및 플라스미드 사본 번호 분산 등의 문제를 circumvents. 이 방법은 Streptomyces 파지 (Φ) C31 2,3에서 특정 사이트 integrase를 사용합니다. attB 및 attP (각각 34 39 BP) 4 : ΦC31 integrase 두 개의 특정 유전자 사이트 간의 직접적인 재조합을 catalyzes. 이러한 재조합은 안정하고 5 되돌릴 수 없습니다. spectinomycin - 저항 유전자, aadA (SpR), 그리고 E. 구성된 &quot;방문 패드&quot;(LP) 시퀀스 attP 사이트의 어귀 대장균 SS-glucuronidase 유전자가 (uidA) Sinorhizobium meliloti, Ochrobactrum anthropi 및 intergenic 지역의 Agrobacterium tumefaciens의의 염색체에 통합되었고, 오전각각 PC 현장, 그리고 tetA 현장. S. meliloti이 프로토콜에서 사용됩니다. stuffer 적색 형광 단백질 (RFP) 유전자와 항생제 내성 유전자 측면을 노릴 attB 사이트가있는 Mobilizable 기증자 벡터도 구축되었습니다. 이 예제에서는 gentamicin 내성 플라스미드 pJH110이 사용됩니다. RFP 유전자 6 SPH I 및 PST 나를 사용하여 원하는 구조로 대체될 수 있습니다 또는 attB 사이트의 어귀 합성 구조는 pK19mob 7과 mobilizable 벡터에 서브 복제있을 수 있습니다. ΦC31 integrase 유전자 (pHS62 8 일부터 복제)의 표현은 pRK7813 9 플라스미드 mobilizable 광범위한 호스트 범위에 LAC 프로 모터에 의해 구동됩니다. tetraparental 짝짓기 프로토콜은 LP 변형이 됨으로써 기증자 카세트와 LP 시퀀스에서 마커를 교체로 기증자 카세트를 전송하는 데 사용됩니다. 이러한 세포는 트란입니다S-integrants. 횡단 integrants은 0.5 %의 전형적인 효율을 형성하고 있습니다. 횡단 integrants는 일반적으로 5 - 브로모 -4 - 클로로 -3 - 인돌릴 - 베타-D-glucuronic 이상해진 (X-gluc)을 사용하여 항생제 감수성이나 청색 - 흰색 심사에 의해 상영 첫 500-1,000 식민지 내에 찾을 수 있습니다. 이 프로토콜은 횡단 integrants를 생성하고 분리를위한 짝짓기 및 선정 절차가 포함되어 있습니다.

Watch this Scientific Journal Video about Site-specific Bacterial Chromosome Engineering: ÃŽÂ¦C31 Integrase Mediated Cassette Exchange IMCE at JoVE.com

Site-specific Bacterial Chromosome Engineering: ÃƒÅ½Ã‚Â¦C31 Integrase Mediated Cassette Exchange IMCE

미리 만든 수용체의 직전 되나 상륙 패드 종자에 관심있는 외국의 DNA를 통합하는 신속하고 효율적인 방법이 설명되어 있습니다. 방법은 ΦC31 integrase의 활용과 표현을 통해 주어진 변형율의 공학 상륙 패드 현장에 DNA 카세트의 특정 사이트 통합을 허용합니다.

사이트 특정 박테리아 염색체 공학 : ΦC31 Integrase 중재 카세트 거래소 (IMCE)

The bacterial chromosome may be used to stably maintain foreign DNA in the mega-base range1. Integration into the chromosome circumvents issues such as ...

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Site-specific Bacterial Chromosome Engineering: &#934;C31 Integrase Mediated Cassette Exchange (IMCE)

Procedure for Lung Engineering

룽 공학을위한 절차

Lung tissue, including lung cancer and chronic lung diseases such as chronic obstructive pulmonary disease, cumulatively account for some 280,000 deaths ...

연구

생체공학

Characterizing Bacterial Volatiles using Secondary Electrospray Ionization Mass Spectrometry (SESI-MS)

Characterizing Bacterial Volatiles using Secondary Electrospray Ionization Mass Spectrometry SESI-MS

보조 전기 분무 이온화 질량 분석법 (SESI - MS)를 사용하여 특성화 세균 휘발성 물질

Secondary electrospray ionization mass spectrometry (SESI-MS) is a method developed for the rapid detection of volatile compounds, without the need for ...

High efficiency, Site-specific Transfection of Adherent Cells with siRNA Using Microelectrode Arrays (MEA)

High efficiency, Site-specific Transfection of Adherent Cells with siRNA Using Microelectrode Arrays MEA

Microelectrode 배열을 사용하여 siRNA와 자기편 세포의 높은 효율, 특정 사이트 Transfection (MEA)

The discovery of RNAi pathway in eukaryotes and the subsequent development of RNAi agents, such as siRNA and shRNA, have achieved a potent method for ...

Capillary Force Lithography for Cardiac Tissue Engineering

심장 조직 공학을위한 모세관 력 리소그래피

Cardiovascular disease remains the leading cause of death worldwide1. Cardiac tissue engineering holds much promise to deliver groundbreaking medical ...

Observing and Quantifying Fibroblast-mediated Fibrin Gel Compaction

섬유아세포 매개 피브린 겔 다짐 관찰 및 정량화

Cells embedded in collagen and fibrin gels attach and exert traction forces on the fibers of the gel. These forces can lead to local and global ...

Synthesis of an Intein-mediated Artificial Protein Hydrogel

테인 매개 인공 단백질 히드로 겔의 합성

We present the synthesis of a highly stable protein hydrogel mediated by a split-intein-catalyzed protein trans-splicing reaction. The building blocks of ...

Manufacturing Of Robust Natural Fiber Preforms Utilizing Bacterial Cellulose as Binder

바인더로 박테리아 셀룰로오스를 활용하여 강력한 천연 섬유 프리폼 제조

A novel method of manufacturing rigid and robust natural fiber preforms is presented here. This method is based on a papermaking process, whereby loose ...

Microbiologically Induced Calcite Precipitation Mediated by Sporosarcina pasteurii

Microbiologically Induced Calcite Precipitation Mediated by Sporosarcina pasteurii

미생물 학적으로 방해석 강수량 유도에 의해 중재<em&gt; Sporosarcina pasteurii</em

The particular bacterium under investigation here (S. pasteurii) is unique in its ability, under the right conditions, to induce the hydrolysis of urea ...

Tissue Engineering by Intrinsic Vascularization in an In Vivo Tissue Engineering Chamber

Tissue Engineering by Intrinsic Vascularization in an In Vivo Tissue Engineering Chamber

에 내장 혈관 신생에 의하여 조직 공학<em&gt; 생체</em&gt; 조직 공학 상공 회의소

In reconstructive surgery, there is a clinical need for an alternative to the current methods of autologous reconstruction which are complex, costly and ...

Microfluidic Buffer Exchange for Interference-free Micro/Nanoparticle Cell Engineering

간섭이없는 마이크로 / 나노 입자의 세포 공학을위한 미세 유체 버퍼 교환

Engineering cells with active-ingredient-loaded micro/nanoparticles (NPs) is becoming an increasingly popular method to enhance native therapeutic ...