Name: chromatin immunoprecipitation (chip) using drosophila tissue
Uploaded: 2012-03-23T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue at JoVE.com

فإن الكتاب أود أن أشكر مختبر الدكتور كيجي زهاو (المعاهد الوطنية للصحة / NHLBI) لمساعدتهم في تقديم نتائج التسلسل. ونود أيضا أن نشكر مشروع الجينوم UCSC لاستخدام متصفح الجينوم لتصور التسلسل تعيين يقرأ. وقد تم دعم هذا العمل من قبل المعاهد الوطنية للصحة المسار R00HD055052 على جائزة الاستقلال وR01HD065816 من معاهد الصحة القومية، وParkard مؤسسة وسيل، وجامعة جونز هوبكنز لبدء التمويل لXC

(الإجراء CHIP كامل يستغرق نحو يومين. التحضير للمكتبات رقاقة لعالية الإنتاجية تسلسل يأخذ آخر أيام 2-3.) 1. تشريح الأنسجة وإعداد لتجربة رقاقة (~ 1 مليون خلية) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تشريح الأنسجة من مصل...

<ol>
	<li>Kharchenko, P. V., Alekseyenko, A. A., Schwartz, Y. B., Minoda, A., Riddle, N. C., Ernst, J., Sabo, P. J., Larschan, E., Gorchakov, A. A., Gu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+analysis+of+the+chromatin+landscape+in+Drosophila+melanogaster.">Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster.</a> Nature. 471, 480-485 (2011).</li><li>Filion, G. J., van Bemmel, J. G., Braunschweig, U., Talhout, W., Kind, J., Ward, L. D., Brugman, W., de Castro, I. J., Kerkhoven, R. M., Bussemaker, H. J., van Steensel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+protein+location+mapping+reveals+five+principal+chromatin+types+in+Drosophila+cells.">Systematic protein location mapping reveals five principal chromatin types in Drosophila cells.</a> Cell. 143, 212-224 (2010).</li><li>Barski, A., Cuddapah, S., Cui, K., Roh, T. Y., Schones, D. E., Wang, Z., Wei, G., Chepelev, I., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+profiling+of+histone+methylations+in+the+human+genome.">High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.</a> Cell. 129, 823-837 (2007).</li><li>Chen, X., Lu, C., Prado, J. R., Eun, S. H., Fuller, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequential+changes+at+differentiation+gene+promoters+as+they+become+active+in+a+stem+cell+lineage.">Sequential changes at differentiation gene promoters as they become active in a stem cell lineage.</a> Development. 138, 2441-2450 (2011).</li><li>Gonczy, P., Matunis, E., DiNardo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=bag-of-marbles+and+benign+gonial+cell+neoplasm+act+in+the+germline+to+restrict+proliferation+during+Drosophila+spermatogenesis.">bag-of-marbles and benign gonial cell neoplasm act in the germline to restrict proliferation during Drosophila spermatogenesis.</a> Development. 124, 4361-4371 (1997).</li><li>McKearin, D. M., Spradling, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=bag-of-marbles:+a+Drosophila+gene+required+to+initiate+both+male+and+female+gametogenesis.">bag-of-marbles: a Drosophila gene required to initiate both male and female gametogenesis.</a> Genes Dev. 4, 2242-2251 (1990).</li><li>Gan, Q., Schones, D. E., Eun, S. H., Wei, G., Cui, K., Zhao, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monovalent+and+unpoised+status+of+most+genes+in+undifferentiated+cell-enriched+Drosophila+testis.">Monovalent and unpoised status of most genes in undifferentiated cell-enriched Drosophila testis.</a> Genome Biol. 11, 42-42 (2010).</li><li>Gan, Q., Chepelev, I., Wei, G., Tarayrah, L., Cui, K., Zhao, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+regulation+of+alternative+splicing+and+chromatin+structure+in+Drosophila+gonads+revealed+by+RNA-seq.">Dynamic regulation of alternative splicing and chromatin structure in Drosophila gonads revealed by RNA-seq.</a> Cell Res. 7, 763-783 (2010).</li></ol>

ويمكن استخدام براعة من التحليلات CHIP التي نوقشت في هذا البروتوكول على أنسجة مختلفة، الأمر الذي يوفر فرصة لدراسة حالة لونين في النظام ذات الصلة من الناحية البيولوجية. التجارب الرقاقة باستخدام خلايا من نظم مثقف ومريحة لأداء إذ لا يمكن أن كمية كبيرة من الخلايا التي تم ا?...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم كاشف </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td><td> تعليقات </td></tr><tr><td> كاملة المانع البروتيني البسيطة كوكتيل </td><td> روش </td><td> 11836153001 </td><td></td></tr><tr><td> الفورمالديهايد (37٪) </td><td> Supelco </td><td> 47083-U </td><td></td></tr><tr><td> PMSF </td><td> سيغما </td><td> 78830 </td><td></td></tr><tr><td> Kontes بيليه مدقة </td><td> فيشر العلمية </td><td> K749521-1590 </td><td></td></tr><tr><td> PCR تنقية كيت </td><td> QIAGEN </td><td> 28104 </td><td></td></tr><tr><td> خطي بولكرلميد </td><td> سيغما </td><td> 56575-1ML </td><td></td></tr><tr><td> الجليكوجين </td><td> QIAGEN </td><td> 158930 </td><td></td></tr><tr><td> SYBR الخضراء / ROX qPCR ميكس ماستر </td><td> Fermentas </td><td> K0223 </td><td></td></tr><tr><td> لوحة صغيرة الدوار </td><td> LABNET </td><td> Z723533 </td><td></td></tr><tr><td> في الوقت الحقيقي PCR نظام </td><td> التطبيقية Biosystem </td><td> 4351101 </td><td></td></tr><tr><td> صغير الحجم المعالج بالموجات فوق الصوتية </td><td> Misonix </td><td> HS-XL2000 </td><td> نموذج توقف </td></tr><tr><td> Dynabeads، البروتين </td><td> إينفيتروجن </td><td> 100-01D </td><td></td></tr><tr><td> Dynamag مغناطيس </td><td> إينفيتروجن </td><td> 123-21D </td><td></td></tr><tr><td> الفينول: Chlorofrom: IAA </td><td> إينفيتروجن </td><td> 15593-049 </td><td></td></tr><tr><td> Epicentre الحمض النووي نهاية إصلاح كيت </td><td> التكنولوجيات الحيوية Epicentre </td><td> ER0720 </td><td></td></tr><tr><td> التفاعل الذي MinEluteن تنظيف كيت </td><td> QIAGEN </td><td> 28204 </td><td></td></tr><tr><td> Klenow جزء (3 &#39;→ 5&#39; EXO-) </td><td> نيو انغلاند Biolabs </td><td> M0212S </td><td></td></tr><tr><td> T4 الحمض النووي يغاز </td><td> Promega شركة </td><td> M1794 </td><td></td></tr><tr><td> محول [أليغنوكليوتيد] </td><td> البورشيد </td><td> PE-400-1001 </td><td></td></tr><tr><td> تقرن-النهاية 1.0 و 2.0 التمهيدي </td><td> البورشيد </td><td> 1001783 1001 784 </td><td></td></tr><tr><td> E-جل Electorphoresis نظام </td><td> إينفيتروجن </td><td> G6512ST </td><td></td></tr><tr><td> 2X Phusion HF Mastermix </td><td> Finnzymes </td><td> F-531 </td><td></td></tr></tbody></table>

chromatin immunoprecipitation (chip) using drosophila tissue

علم التخلق يبقى مجال ينمو بسرعة، كيف يمكن للدراسات حالة لونين يساهم في التعبير الجيني الفرق في أنواع الخلايا المتميزة في مراحل تنموية مختلفة. تنظيم جينية تسهم في طائفة واسعة من العمليات البيولوجية، بما في ذلك تمايز الخلايا أثناء التطور الجنيني والتوازن في الجسم في مرحلة البلوغ. استراتيجية بالغة الأهمية في دراسات جينية هو لبحث كيفية إدخال تعديلات بسيطة وعوامل شتى لونين تنظيم التعبير الجيني. للتصدي لهذا، يتم استخدام الكروماتين مناعي (رقاقة) على نطاق واسع للحصول على لقطة من الجمعيات من العوامل خاصة مع الحمض النووي في خلايا الفائدة. تقنية رقاقة يستخدم عادة الخلايا المستزرعة كما بدءا المادية، التي يمكن الحصول عليها في وفرة وتجانس لتوليد البيانات استنساخه. ومع ذلك، هناك محاذير عدة: قد أولا، والبيئة لزراعة خلايا في طبق بيتري وهو يختلف عن ذلك في الجسم الحي، وبالتاليلا تعكس الحالة الذاتية لونين من الخلايا في كائن حي. ثانيا، لا يمكن لجميع أنواع خلايا الجسم الحي يكون السابقين مثقف. لا يوجد سوى عدد محدود من خطوط الخلايا، من الذي يمكن للناس الحصول على ما يكفي من المواد لفحص رقاقة. نحن هنا وصفا لطريقة للقيام تجربة الرقاقة باستخدام الأنسجة ذبابة الفاكهة. يتم تشريح المواد بدءا من أنسجة حيوان، وبالتالي يمكن أن تعبر بدقة عن حالة لونين الذاتية. والقدرة على التكيف على هذه الطريقة مع العديد من أنواع مختلفة من الأنسجة تسمح للباحثين لمعالجة الكثير من المسائل ذات الصلة فيما يتعلق بيولوجيا تنظيم جينية في الجسم الحي 1 و 2. والجمع بين هذه الطريقة مع الإنتاجية العالية التسلسل (رقاقة وما يليها) تسمح مزيد من الباحثين للحصول على المشهد epigenomic.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

في الآونة الأخيرة زادت الإنتاجية العالية التكنولوجيا التسلسل كثيرا حساسية مناعي الكروماتين (رقاقة)، ​​ودفعت تجربة تطبيقه باستخدام خلايا النقي أو أنسجة تشريح. نحن هنا تحدد طريقة لاستخدام تقنية رقاقة مع<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; الأنسجة، والتي يمكن أن تتصدى الدولة لونين الذاتية في نظام بيولوجي جيدا تتميز.

لونين مناعي (رقاقة) باستخدام ذبابة الفاكهة الأنسجة

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Research

JoVE Journal

Biology

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Patterning of Embryonic Stem Cells Using the Bio Flip Chip

الزخرفة من الخلايا الجذعية الجنينية باستخدام رقاقة بيو فليب

Cell-cell interactions consisting of diffusible signaling and cell-cell contact (juxtacrine signaling) are important in numerous biological processes such ...

A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

والفحص الكروماتين لأنسجة المخ الإنسان

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

مناعي لونين من الخلايا الجذعية الجنينية البشرية

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Methylated DNA Immunoprecipitation

ميثليته الحمض النووي مناعي

The identification of DNA methylation patterns is a common procedure in the study of epigenetics, as methylation is known to have significant effects on ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

مناعي لونين (CHIP) لتعديل هيستون الفحص الحيوي في التعبير الجيني في الخلايا البشرية المنشط

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

مناعي لونين الفحص الجينات الأنسجة الخاصة باستخدام أجنة فئران في مرحلة مبكرة

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element (CRE) Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

الكمية مقارنة رابطة الدول المستقلة التنظيم العنصر (لجنة المساواة العرقية) في الأنشطة المعدلة وراثيا ذبابة الفاكهة السوداء البطن</em

Gene expression patterns are specified by cis-regulatory element (CRE) sequences, which are also called enhancers or cis-regulatory modules. A typical CRE ...

Efficient Chromatin Immunoprecipitation using Limiting Amounts of Biomass

مناعي لونين كفاءة استخدام كميات محدودة من الكتلة الحيوية

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a  widely-used method for determining the interactions of different proteins with  DNA in chromatin of living ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

جيل من جودة عالية لونين القالب الحمض النووي مناعي لتسلسل عالية الإنتاجية (رقاقة وما يليها)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

The ChroP Approach Combines ChIP and Mass Spectrometry to Dissect Locus-specific Proteomic Landscapes of Chromatin

النهج ChroP يجمع بين الشذرة والطيف الكتلي لتشريح المناظر الطبيعية البروتيومية الحالة رقم محدد من الكروماتين

Chromatin is a highly dynamic nucleoprotein complex made of DNA and proteins that controls various DNA-dependent processes. Chromatin structure and ...