Name: chromatin immunoprecipitation (chip) using drosophila tissue
Uploaded: 2012-03-23T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue at JoVE.com

המחברים מבקשים להודות מעבדה ד&quot;ר Keji של ג&#39;או (NIH / NHLBI) על עזרתם במתן תוצאות רצף. אנו רוצים גם להודות פרויקט הגנום UCSC לשימוש של דפדפן הגנום לדמיין רצף ממופה קורא. עבודה זו נתמכה על ידי מסלול R00HD055052 NIH להעניק העצמאות R01HD065816 מ NICHD, Parkard לוסיל קרן, ואת ג &#39;ון הופקינס סטארט אפ מימון XC

(הליך שבב כולו אורך כ 2 ימים. הכנת ספריות השבבים עבור רצף תפוקה גבוהה לוקח עוד 2-3 ימים.) 1. לנתח ולהכין רקמות לקראת ניסוי שבב (~~~HEAD=NNS 1 מיליון תאים) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לנתח רקמות עניין (למשל 200 זוג...

<ol>
	<li>Kharchenko, P. V., Alekseyenko, A. A., Schwartz, Y. B., Minoda, A., Riddle, N. C., Ernst, J., Sabo, P. J., Larschan, E., Gorchakov, A. A., Gu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+analysis+of+the+chromatin+landscape+in+Drosophila+melanogaster.">Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster.</a> Nature. 471, 480-485 (2011).</li><li>Filion, G. J., van Bemmel, J. G., Braunschweig, U., Talhout, W., Kind, J., Ward, L. D., Brugman, W., de Castro, I. J., Kerkhoven, R. M., Bussemaker, H. J., van Steensel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+protein+location+mapping+reveals+five+principal+chromatin+types+in+Drosophila+cells.">Systematic protein location mapping reveals five principal chromatin types in Drosophila cells.</a> Cell. 143, 212-224 (2010).</li><li>Barski, A., Cuddapah, S., Cui, K., Roh, T. Y., Schones, D. E., Wang, Z., Wei, G., Chepelev, I., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+profiling+of+histone+methylations+in+the+human+genome.">High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.</a> Cell. 129, 823-837 (2007).</li><li>Chen, X., Lu, C., Prado, J. R., Eun, S. H., Fuller, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequential+changes+at+differentiation+gene+promoters+as+they+become+active+in+a+stem+cell+lineage.">Sequential changes at differentiation gene promoters as they become active in a stem cell lineage.</a> Development. 138, 2441-2450 (2011).</li><li>Gonczy, P., Matunis, E., DiNardo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=bag-of-marbles+and+benign+gonial+cell+neoplasm+act+in+the+germline+to+restrict+proliferation+during+Drosophila+spermatogenesis.">bag-of-marbles and benign gonial cell neoplasm act in the germline to restrict proliferation during Drosophila spermatogenesis.</a> Development. 124, 4361-4371 (1997).</li><li>McKearin, D. M., Spradling, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=bag-of-marbles:+a+Drosophila+gene+required+to+initiate+both+male+and+female+gametogenesis.">bag-of-marbles: a Drosophila gene required to initiate both male and female gametogenesis.</a> Genes Dev. 4, 2242-2251 (1990).</li><li>Gan, Q., Schones, D. E., Eun, S. H., Wei, G., Cui, K., Zhao, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monovalent+and+unpoised+status+of+most+genes+in+undifferentiated+cell-enriched+Drosophila+testis.">Monovalent and unpoised status of most genes in undifferentiated cell-enriched Drosophila testis.</a> Genome Biol. 11, 42-42 (2010).</li><li>Gan, Q., Chepelev, I., Wei, G., Tarayrah, L., Cui, K., Zhao, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+regulation+of+alternative+splicing+and+chromatin+structure+in+Drosophila+gonads+revealed+by+RNA-seq.">Dynamic regulation of alternative splicing and chromatin structure in Drosophila gonads revealed by RNA-seq.</a> Cell Res. 7, 763-783 (2010).</li></ol>

צדדיות של ניתוחים שבב שנדונו פרוטוקול זה יכול לשמש על רקמות שונות, אשר מספק הזדמנות לבחון את מצב הכרומטין במערכת רלוונטיות מבחינה ביולוגית. ניסויים שבב באמצעות תאים בתרבית ממערכות נוח לבצע בגלל כמות גדולה של תאים ניתן להשיג בקלות. עם זאת, תאים בתרבית אינן משקפות בהכר...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגי </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> מעכבי פרוטאז השלם מיני קוקטייל </td><td> רוש </td><td> 11836153001 </td><td></td></tr><tr><td> פורמלדהיד (37%) </td><td> Supelco </td><td> 47083-U </td><td></td></tr><tr><td> PMSF </td><td> סיגמא </td><td> 78830 </td><td></td></tr><tr><td> Kontes גלולה העלי </td><td> פישר סיינטיפיק </td><td> K749521-1590 </td><td></td></tr><tr><td> PCR ערכת טיהור </td><td> Qiagen </td><td> 28104 </td><td></td></tr><tr><td> יישור קווי polyacrylamide </td><td> סיגמא </td><td> 56575-1ML </td><td></td></tr><tr><td> גליקוגן </td><td> Qiagen </td><td> 158930 </td><td></td></tr><tr><td> SYBR ירוק / רוקס QPCR מיקס מאסטר </td><td> Fermentas </td><td> K0223 </td><td></td></tr><tr><td> מיני הצלחת טווה </td><td> Labnet </td><td> Z723533 </td><td></td></tr><tr><td> בזמן אמת, מערכת ה-PCR </td><td> יישומי Biosystem </td><td> 4351101 </td><td></td></tr><tr><td> נפח מעבד קטן Ultrasonic </td><td> Misonix </td><td> HS-XL2000 </td><td> דגם הופסק </td></tr><tr><td> Dynabeads, חלבון </td><td> Invitrogen </td><td> 100-01D </td><td></td></tr><tr><td> Dynamag מגנט </td><td> Invitrogen </td><td> 123-21D </td><td></td></tr><tr><td> פנול: Chlorofrom: רשות העתיקות </td><td> Invitrogen </td><td> 15593-049 </td><td></td></tr><tr><td> Epicentre DNA קצה ערכת תיקון </td><td> Epicentre ביוטכנולוגיות </td><td> ER0720 </td><td></td></tr><tr><td> MinElute Reaction ערכת ניקוי </td><td> Qiagen </td><td> 28204 </td><td></td></tr><tr><td> Klenow שבר (3 &#39;→ 5&#39; exo-) </td><td> ניו אינגלנד Biolabs </td><td> M0212S </td><td></td></tr><tr><td> T4 DNA ligase </td><td> Promega Corporation </td><td> M1794 </td><td></td></tr><tr><td> מתאם oligonucleotides </td><td> Illumina </td><td> PE-400-1001 </td><td></td></tr><tr><td> יחד סוף פריימר 1.0 ו 2.0 </td><td> Illumina </td><td> 1001783 1001 784 </td><td></td></tr><tr><td> E-Gel Electorphoresis מערכת </td><td> Invitrogen </td><td> G6512ST </td><td></td></tr><tr><td> 2X Phusion HF Mastermix </td><td> Finnzymes </td><td> F-531 </td><td></td></tr></tbody></table>

chromatin immunoprecipitation (chip) using drosophila tissue

אפיגנטיקה נשאר בתחום המתפתח במהירות כי מחקרים איך המדינה הכרומטין תורם ביטוי ההפרש גנים סוגי תאים שונים בשלבים התפתחותיים שונים. תקנה epigenetic תורם ספקטרום רחב של תהליכים ביולוגיים, כולל התמיינות במהלך ההתפתחות העוברית הומאוסטזיס בבגרות. אסטרטגיה קריטית במחקרים אפיגנטים המשנים היא לבחון כיצד שינויים היסטון שונים וגורמים הכרומטין לווסת את ביטוי הגנים. לכתובת זו, הכרומטין immunoprecipitation (שבב) נעשה שימוש נרחב כדי לקבל תמונת מצב של הקשר של גורמים מסוימים עם ה-DNA בתאים של עניין. הטכניקה שבב כלל משתמשת בתאי תרבית חומר המוצא, אשר ניתן להשיג בשפע והומוגניות להפיק נתונים לשחזור. עם זאת, ישנם מספר תנאים: ראשית, הסביבה לגדול תאים בצלחת פטרי שונה מזה in vivo, ולכן עשוייםלא משקפים את מצב הכרומטין אנדוגני של התאים בכל יצור חי. שנית, לא כל סוגי התאים יכולים להיות vivo לשעבר תרבותי. יש רק מספר מוגבל של שורות תאים, אשר אדם יכול להשיג מספיק חומר assay שבב. כאן אנו מתארים שיטה לעשות ניסוי שבב באמצעות רקמות תסיסנית. חומר המוצא היא גזור רקמה מן החי, ובכך יכול לשקף במדויק את מצב הכרומטין אנדוגני. ההסתגלות של שיטה זו עם סוגים שונים של רקמות יאפשר לחוקרים להתייחס הרבה יותר מבחינה ביולוגית שאלות רלוונטיות לגבי רגולציה epigenetic ב 1 vivo, 2. שילוב שיטה זו עם רצף תפוקה גבוהה (שבב ואילך) יהיה עוד יותר לאפשר לחוקרים לקבל הנוף epigenomic.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

לאחרונה תפוקה גבוהה טכנולוגיית ריצוף גדלה מאוד הרגישות של הכרומטין immunoprecipitation (שבב) הניסוי מתבקש יישומו באמצעות תאים או רקמות גזור מטוהרים. כאן אנו קובעים שיטה להשתמש בטכניקה שבב עם<em&gt; תסיסנית</emרקמת&gt;, אשר יכול להתמודד עם מצב הכרומטין אנדוגני במערכת הביולוגית היטב מאופיין.

הכרומטין immunoprecipitation (שבב) באמצעות תסיסנית רקמה

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Research

JoVE Journal

Biology

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Patterning of Embryonic Stem Cells Using the Bio Flip Chip

דפוסים של תאים עובריים באמצעות שבב להעיף ביו

Cell-cell interactions consisting of diffusible signaling and cell-cell contact (juxtacrine signaling) are important in numerous biological processes such ...

A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

Assay הכרומטין של רקמת מוח האדם

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

הכרומטין immunoprecipitation מן בתאי גזע עובריים אנושיים

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Methylated DNA Immunoprecipitation

ה-DNA מפוגל immunoprecipitation

The identification of DNA methylation patterns is a common procedure in the study of epigenetics, as methylation is known to have significant effects on ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

הכרומטין immunoprecipitation (שבב) לשינוי Assay דינמי היסטון בביטוי הגנים המופעלת בתא האדם

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

הכרומטין Assay immunoprecipitation עבור גנים ספציפיים רקמות באמצעות שלבים מוקדמים של עוברי עכברים

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element (CRE) Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

השוואה כמותית של Cis-רגולטוריות (Cre) אלמנט פעילות טראנסגנטי תסיסנית melanogaster</em

Gene expression patterns are specified by cis-regulatory element (CRE) sequences, which are also called enhancers or cis-regulatory modules. A typical CRE ...

Efficient Chromatin Immunoprecipitation using Limiting Amounts of Biomass

הכרומטין immunoprecipitation יעיל באמצעות כמויות מגבילות של ביומסה

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a  widely-used method for determining the interactions of different proteins with  DNA in chromatin of living ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

דור של תבנית הכרומטין immunoprecipitation איכות גבוהה עבור ה-DNA רצף תפוקה גבוהה (שבב ואילך)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

The ChroP Approach Combines ChIP and Mass Spectrometry to Dissect Locus-specific Proteomic Landscapes of Chromatin

גישת ChroP משלבת שבב וספקטרומטריית המסה לנתח נופי proteomic לוקוס ספציפיים של הכרומטין

Chromatin is a highly dynamic nucleoprotein complex made of DNA and proteins that controls various DNA-dependent processes. Chromatin structure and ...