Name: chromatin immunoprecipitation (chip) using drosophila tissue
Uploaded: 2012-03-23T13:00:00
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著者らは、シーケンシングの結果を提供することで彼らの助けのために博士Keji趙の研究室（NIH / NHLBI）に感謝したいと思います。また、読み込み、マップされたシーケンスを視覚化するためにゲノムブラウザを使用するためのUCSCゲノムプロジェクトに感謝​​します。 この作業は、起動時にXCに資金NICHD、ルシールParkard財団、ジョンズ·ホプキンス大学からの独立賞、R01HD065816にR00HD055052 NIH経路によってサポートされてい

（チップ全体の手順は約2日かかります。ハイスループットシーケンシング用チップライブラリーの調製別の2〜3日かかります。） 1。解剖するとChIP実験（〜1万個の細胞）の組織を準備する<ol><li>冷PBS + 1×プロテアーゼ阻害剤（7倍のストック溶液を得るために1.5 mlの1X PBS中のプロテアーゼインヒビターカクテル1ペレットを溶解）で（ ショウジョウバエ</...

<ol>
	<li>Kharchenko, P. V., Alekseyenko, A. A., Schwartz, Y. B., Minoda, A., Riddle, N. C., Ernst, J., Sabo, P. J., Larschan, E., Gorchakov, A. A., Gu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+analysis+of+the+chromatin+landscape+in+Drosophila+melanogaster.">Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster.</a> Nature. 471, 480-485 (2011).</li><li>Filion, G. J., van Bemmel, J. G., Braunschweig, U., Talhout, W., Kind, J., Ward, L. D., Brugman, W., de Castro, I. J., Kerkhoven, R. M., Bussemaker, H. J., van Steensel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+protein+location+mapping+reveals+five+principal+chromatin+types+in+Drosophila+cells.">Systematic protein location mapping reveals five principal chromatin types in Drosophila cells.</a> Cell. 143, 212-224 (2010).</li><li>Barski, A., Cuddapah, S., Cui, K., Roh, T. Y., Schones, D. E., Wang, Z., Wei, G., Chepelev, I., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+profiling+of+histone+methylations+in+the+human+genome.">High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.</a> Cell. 129, 823-837 (2007).</li><li>Chen, X., Lu, C., Prado, J. R., Eun, S. H., Fuller, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequential+changes+at+differentiation+gene+promoters+as+they+become+active+in+a+stem+cell+lineage.">Sequential changes at differentiation gene promoters as they become active in a stem cell lineage.</a> Development. 138, 2441-2450 (2011).</li><li>Gonczy, P., Matunis, E., DiNardo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=bag-of-marbles+and+benign+gonial+cell+neoplasm+act+in+the+germline+to+restrict+proliferation+during+Drosophila+spermatogenesis.">bag-of-marbles and benign gonial cell neoplasm act in the germline to restrict proliferation during Drosophila spermatogenesis.</a> Development. 124, 4361-4371 (1997).</li><li>McKearin, D. M., Spradling, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=bag-of-marbles:+a+Drosophila+gene+required+to+initiate+both+male+and+female+gametogenesis.">bag-of-marbles: a Drosophila gene required to initiate both male and female gametogenesis.</a> Genes Dev. 4, 2242-2251 (1990).</li><li>Gan, Q., Schones, D. E., Eun, S. H., Wei, G., Cui, K., Zhao, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monovalent+and+unpoised+status+of+most+genes+in+undifferentiated+cell-enriched+Drosophila+testis.">Monovalent and unpoised status of most genes in undifferentiated cell-enriched Drosophila testis.</a> Genome Biol. 11, 42-42 (2010).</li><li>Gan, Q., Chepelev, I., Wei, G., Tarayrah, L., Cui, K., Zhao, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+regulation+of+alternative+splicing+and+chromatin+structure+in+Drosophila+gonads+revealed+by+RNA-seq.">Dynamic regulation of alternative splicing and chromatin structure in Drosophila gonads revealed by RNA-seq.</a> Cell Res. 7, 763-783 (2010).</li></ol>

このプロトコルで説明したChIP解析の汎用性は、生物学的に関連したシステムではクロマチンの状態を勉強する機会を提供する別の組織で使用することができます。培養されたシステムからの細胞を用いたChIP実験は、細胞の大量を容易に得ることができるので、実行するために便利です。しかし、培養細胞は、必ずしも多細胞環境内のセルを反映するものではありません。生きた動物から切?...

<table border="1"><tbody><tr><td> 試薬の名前 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td><td> コメント </td></tr><tr><td>完全なミニプロテアーゼインヒビターカクテル</td><td>ロシュ社</td><td> 11836153001 </td><td></td></tr><tr><td>ホルムアルデヒド（37％） </td><td>スペルコ</td><td> 47083-U </td><td></td></tr><tr><td> PMSF </td><td>シグマ</td><td> 78830 </td><td></td></tr><tr><td> Kontesペレット乳棒</td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td> K749521-1590 </td><td></td></tr><tr><td> PCR精製キット</td><td>キアゲン</td><td> 28104 </td><td></td></tr><tr><td>線形ポリアクリルアミド</td><td>シグマ</td><td> 56575-1ML </td><td></td></tr><tr><td>グリコーゲン</td><td>キアゲン</td><td> 158930 </td><td></td></tr><tr><td> SYBRグリーン/ ROX定量PCRマスターミックス</td><td> Fermentas </td><td> K0223 </td><td></td></tr><tr><td>ミニプレートスピナー</td><td> Labnet </td><td> Z723533 </td><td></td></tr><tr><td>リアルタイムPCRシステム</td><td>アプライドバイオシステム</td><td> 4351101 </td><td></td></tr><tr><td>少量の超音波プロセッサ</td><td> Misonix </td><td> HS-XL2000 </td><td>モデル廃止</td></tr><tr><td>ダイナ、タンパク質</td><td>インビトロジェン</td><td> 100-01D </td><td></td></tr><tr><td>磁石をDynamag </td><td>インビトロジェン</td><td> 123-21D </td><td></td></tr><tr><td>フェノール：Chlorofrom：IAA </td><td>インビトロジェン</td><td> 15593-049 </td><td></td></tr><tr><td> EPICENTRE DNA END-リペアキット</td><td> EPICENTREバイオテクノロジー</td><td> ER0720 </td><td></td></tr><tr><td> MinElute Reaction個のクリーンアップキット</td><td>キアゲン</td><td> 28204 </td><td></td></tr><tr><td>クレノウフラグメント（3 &#39;→5&#39;エキソ） </td><td>ニューイングランドバイオラボ</td><td> M0212S </td><td></td></tr><tr><td> T4 DNAリガーゼ</td><td>プロメガ株式会社</td><td> M1794 </td><td></td></tr><tr><td>アダプターオリゴヌクレオチド</td><td>イルミナ</td><td> PE-400-1001 </td><td></td></tr><tr><td>ペアエンドプライマー1.0および2.0 </td><td>イルミナ</td><td> 1001783 1001 784 </td><td></td></tr><tr><td> E-ゲルElectorphoresisシステム</td><td>インビトロジェン</td><td> G6512ST </td><td></td></tr><tr><td> 2X备考HFマスターミックス</td><td> Finnzymes </td><td> F-531 </td><td></td></tr></tbody></table>

chromatin immunoprecipitation (chip) using drosophila tissue

エピジェネティクスは、研究クロマチンの状態は、異なる発達段階で異なる種類の細胞で異なる遺伝子発現に寄与してどのように急速に発展してフィールドのままです。エピジェネティックな調節は、成人期の胚発生と恒常性の間に細胞分化を含む生物学的プロセスの広いスペクトルに貢献しています。エピジェネティクス研究における重要な戦略は、様々なヒストン修飾とクロマチン因子が遺伝子発現を調節する方法を検討することである。この問題に対処するために、クロマチン免疫沈降（ChIP）は、目的の細胞のDNAを持つ特定の要因の関連のスナップショットを取得するために広く使用されています。 ChIPのテクニックは、一般的に再現性のあるデータを生成するために豊かさと均一性を得ることができる出発材料として、培養細胞を使用しています。しかし、いくつかの制約があります：まず、ペトリ皿に細胞を成長させる環境は、このように、in vivoでのものとは異なる場合があります生体内の細胞の内因性のクロマチンの状態を反映していない。第二に、細胞のすべてではないタイプは、ex vivoで培養することができます。人々は、ChIPアッセイのための十分な材料を得ることができ、そこから細胞株の限られた数があります。 ここでは、 ショウジョウバエの組織を用いたChIP実験を行うための方法について説明します。出発原料は、このように正確に内因性のクロマチンの状態を反映することができ、生きている動物から組織を解剖しています。組織の多くの異なったタイプのこのメソッドの適応性は、研究者がより多くの生物学的に多くの生体 1、2 のエピジェネティック制御についての関連問題に対処することができます。ハイスループットシーケンシング（CHIP-SEQ）でこのメソッドを組み合わせることにより、さらに研究者らはエピ風景を取得することができます。

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Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

最近のハイスループットシーケンシング技術が大幅にクロマチン免疫沈降（ChIP）実験の感度を増加させ、精製した細胞や組織解剖を使用して、そのアプリケーションを求めている。ここでは、チップ技術を使用する方法を描く<em&gt;ショウジョウバエ</emよく特徴付けられた生物学的システムにおける内因性のクロマチン状態に対処することができます&gt;組織。

を使用してクロマチン免疫沈降（ChIP）ショウジョウバエ組織

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Research

JoVE Journal

Biology

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

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Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

の定量的比較シス</emトランスジェニックで> -調節エレメント（CRE）の活動キイロショウジョウバエ</em

Gene expression patterns are specified by cis-regulatory element (CRE) sequences, which are also called enhancers or cis-regulatory modules. A typical CRE ...

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バイオマスの制限額を使用して効率的なクロマチン免疫沈降

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Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

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