Name: chromatin immunoprecipitation (chip) using drosophila tissue
Uploaded: 2012-03-23T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue at JoVE.com

Авторы хотели бы поблагодарить лаборатории доктора Кеджи Чжао (NIH / NHLBI) за их помощь в обеспечении последовательности результатов. Мы также хотели бы поблагодарить УСК проект генома для использования генома браузер наглядно отображается последовательность чтения. Эта работа была поддержана Путь R00HD055052 NIH на премию независимости и R01HD065816 из NICHD, Люсиль Parkard Фонда и Университета Джонса Хопкинса запуск финансирования для XC

(Вся процедура ChIP занимает около двух дней. Подготовка ChIP библиотеки для высокой пропускной последовательности занимает еще 2-3 дней). 1. Проанализируйте и подготовка ткани для чипа эксперимента (~ 1 млн. клеток) <ol><li> Проанализируйте ткани интерес (например, 200 пар...

<ol>
	<li>Kharchenko, P. V., Alekseyenko, A. A., Schwartz, Y. B., Minoda, A., Riddle, N. C., Ernst, J., Sabo, P. J., Larschan, E., Gorchakov, A. A., Gu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+analysis+of+the+chromatin+landscape+in+Drosophila+melanogaster.">Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster.</a> Nature. 471, 480-485 (2011).</li><li>Filion, G. J., van Bemmel, J. G., Braunschweig, U., Talhout, W., Kind, J., Ward, L. D., Brugman, W., de Castro, I. J., Kerkhoven, R. M., Bussemaker, H. J., van Steensel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+protein+location+mapping+reveals+five+principal+chromatin+types+in+Drosophila+cells.">Systematic protein location mapping reveals five principal chromatin types in Drosophila cells.</a> Cell. 143, 212-224 (2010).</li><li>Barski, A., Cuddapah, S., Cui, K., Roh, T. Y., Schones, D. E., Wang, Z., Wei, G., Chepelev, I., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+profiling+of+histone+methylations+in+the+human+genome.">High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.</a> Cell. 129, 823-837 (2007).</li><li>Chen, X., Lu, C., Prado, J. R., Eun, S. H., Fuller, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequential+changes+at+differentiation+gene+promoters+as+they+become+active+in+a+stem+cell+lineage.">Sequential changes at differentiation gene promoters as they become active in a stem cell lineage.</a> Development. 138, 2441-2450 (2011).</li><li>Gonczy, P., Matunis, E., DiNardo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=bag-of-marbles+and+benign+gonial+cell+neoplasm+act+in+the+germline+to+restrict+proliferation+during+Drosophila+spermatogenesis.">bag-of-marbles and benign gonial cell neoplasm act in the germline to restrict proliferation during Drosophila spermatogenesis.</a> Development. 124, 4361-4371 (1997).</li><li>McKearin, D. M., Spradling, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=bag-of-marbles:+a+Drosophila+gene+required+to+initiate+both+male+and+female+gametogenesis.">bag-of-marbles: a Drosophila gene required to initiate both male and female gametogenesis.</a> Genes Dev. 4, 2242-2251 (1990).</li><li>Gan, Q., Schones, D. E., Eun, S. H., Wei, G., Cui, K., Zhao, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monovalent+and+unpoised+status+of+most+genes+in+undifferentiated+cell-enriched+Drosophila+testis.">Monovalent and unpoised status of most genes in undifferentiated cell-enriched Drosophila testis.</a> Genome Biol. 11, 42-42 (2010).</li><li>Gan, Q., Chepelev, I., Wei, G., Tarayrah, L., Cui, K., Zhao, K., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+regulation+of+alternative+splicing+and+chromatin+structure+in+Drosophila+gonads+revealed+by+RNA-seq.">Dynamic regulation of alternative splicing and chromatin structure in Drosophila gonads revealed by RNA-seq.</a> Cell Res. 7, 763-783 (2010).</li></ol>

Универсальность ChIP анализа обсуждаются в этот протокол может быть использован на различных тканях, что дает возможность изучить состояние хроматина в биологически соответствующей системы. ChIP экспериментов с использованием клеток из культуры системы удобно проводить, потому что бол?...

<table border="1"><tbody><tr><td> Название реагента </td><td> Компания </td><td> Номер по каталогу </td><td> Комментарии </td></tr><tr><td> Полное Мини коктейль ингибитор протеазы </td><td> Roche </td><td> 11836153001 </td><td></td></tr><tr><td> Формальдегид (37%) </td><td> Supelco </td><td> 47 083-U </td><td></td></tr><tr><td> PMSF </td><td> Сигма </td><td> 78830 </td><td></td></tr><tr><td> Kontes гранул пестиком </td><td> Фишер Научные </td><td> K749521-1590 </td><td></td></tr><tr><td> ПЦР Очистка Kit </td><td> Qiagen </td><td> 28104 </td><td></td></tr><tr><td> Линейный полиакриламид </td><td> Сигма </td><td> 56575-1мл </td><td></td></tr><tr><td> Гликоген </td><td> Qiagen </td><td> 158930 </td><td></td></tr><tr><td> SYBR зеленый / ROX КПЦР Master Mix </td><td> Fermentas </td><td> K0223 </td><td></td></tr><tr><td> Мини пластины счетчик </td><td> LabNet </td><td> Z723533 </td><td></td></tr><tr><td> ПЦР в реальном времени системы </td><td> Прикладная Biosystem </td><td> 4351101 </td><td></td></tr><tr><td> Малый объем ультразвуковой процессор </td><td> Misonix </td><td> HS-XL2000 </td><td> Модель прекращено </td></tr><tr><td> Dynabeads, белки </td><td> Invitrogen </td><td> 100-01D </td><td></td></tr><tr><td> Dynamag магнит </td><td> Invitrogen </td><td> 123-21D </td><td></td></tr><tr><td> Фенол: Chlorofrom: IAA </td><td> Invitrogen </td><td> 15593-049 </td><td></td></tr><tr><td> Эпицентр ДНК END-Repair Kit </td><td> Эпицентр биотехнологии </td><td> ER0720 </td><td></td></tr><tr><td> MinElute Reactioл Очистка Kit </td><td> Qiagen </td><td> 28204 </td><td></td></tr><tr><td> Фрагмент Кленова (3 &#39;→ 5&#39; экзо-) </td><td> New England Biolabs </td><td> M0212S </td><td></td></tr><tr><td> T4 ДНК-лигазы </td><td> Promega корпорации </td><td> M1794 </td><td></td></tr><tr><td> Адаптер олигонуклеотидов </td><td> Illumina </td><td> PE-400-1001 </td><td></td></tr><tr><td> Парные-End Primer 1.0 и 2.0 </td><td> Illumina </td><td> 1001783 1001 784 </td><td></td></tr><tr><td> E-гель Electorphoresis системы </td><td> Invitrogen </td><td> G6512ST </td><td></td></tr><tr><td> 2X Phusion HF Mastermix </td><td> Finnzymes </td><td> F-531 </td><td></td></tr></tbody></table>

chromatin immunoprecipitation (chip) using drosophila tissue

Эпигенетика остается быстро развивающейся области исследований, которые, как состояние хроматина способствует дифференциальной экспрессии генов в различных типах клеток на разных стадиях развития. Эпигенетической регуляции способствует широкий спектр биологических процессов, в том числе дифференцировки клеток в процессе эмбрионального развития и гомеостаза в зрелом возрасте. Важнейшую стратегию в эпигенетические исследования является изучение того, как различные модификации гистонов хроматина и факторы регулируют экспрессию генов. Для решения этой проблемы Хроматин иммунопреципитации (чип) широко используется для получения снимков связаны с разными факторами ДНК в клетках интерес. ChIP техника обычно используется культуре клеток в качестве исходного материала, который можно получить в изобилии и однородности для получения воспроизводимых данных. Однако, есть несколько предостережений: во-первых, условия для роста клеток в чашке Петри отличается от того, в естественных условиях, таким образом, можетне отражают эндогенный состояние хроматина клеток в живом организме. Во-вторых, не все типы клеток может быть культурным бывших естественных условиях. Есть лишь ограниченное число клеточных линий, от которых люди могут получить достаточно материала для чипов анализа. Здесь мы опишем способ сделать ChIP эксперимент с использованием дрозофилы тканей. В качестве исходного материала рассечена тканей у живого животного, таким образом, можно точно отражают эндогенный состояние хроматина. Адаптации этого метода с различными типами тканей позволит исследователям для решения гораздо более биологически значимых вопросов, касающихся эпигенетической регуляции естественных условиях в 1, 2. Сочетание этого метода с высокой пропускной последовательности (Chip-далее) в дальнейшем позволит исследователям получить эпигеномном ландшафта.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

Недавно высокой пропускной последовательности технологий значительно увеличило чувствительность Хроматин иммунопреципитации (чип) эксперимент и побудило его применения с использованием очищенных клеток или расчлененные ткани. Здесь мы очертить метод использовать ChIP технику<em&gt; Drosophila</em&gt; Ткани, которая может решить эндогенного состояния хроматина в хорошо изученных биологических системах.

Хроматин иммунопреципитации (чип) использование Drosophila Ткани

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Research

JoVE Journal

Biology

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Patterning of Embryonic Stem Cells Using the Bio Flip Chip

Структурирование эмбриональных стволовых клеток Использование Био Flip Chip

Cell-cell interactions consisting of diffusible signaling and cell-cell contact (juxtacrine signaling) are important in numerous biological processes such ...

A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

Хроматин Пробирной по правам ткани мозга

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

Хроматин Иммунопреципитация из человеческих эмбриональных стволовых клеток

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Methylated DNA Immunoprecipitation

Метилированный Иммунопреципитация ДНК

The identification of DNA methylation patterns is a common procedure in the study of epigenetics, as methylation is known to have significant effects on ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Хроматин Иммунопреципитация (чип) с Пробирной Динамический гистонов Внесение изменений в Активированный экспрессии генов в клетках человека

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

Хроматин Иммунопреципитация Пробирной для тканеспецифические Гены использованием ранней стадии эмбрионы мыши

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element (CRE) Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element CRE Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Количественное сравнение СНГ-Регуляторного элемента (CRE) Деятельность в Трансгенные Дрозофилы</em

Gene expression patterns are specified by cis-regulatory element (CRE) sequences, which are also called enhancers or cis-regulatory modules. A typical CRE ...

Efficient Chromatin Immunoprecipitation using Limiting Amounts of Biomass

Эффективное использование Иммунопреципитация хроматина Ограничение количество биомассы

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a  widely-used method for determining the interactions of different proteins with  DNA in chromatin of living ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Генерация высших шаблона ДНК хроматина Качество Иммунопреципитация для высокопроизводительного секвенирования (чип-след)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

The ChroP Approach Combines ChIP and Mass Spectrometry to Dissect Locus-specific Proteomic Landscapes of Chromatin

ChroP подход сочетает в себе чип и масс-спектрометрии для Рассеките Локус-специфические протеомные Пейзажи хроматина

Chromatin is a highly dynamic nucleoprotein complex made of DNA and proteins that controls various DNA-dependent processes. Chromatin structure and ...