Name: chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing (chia-pet) for mapping chromatin interactions and understanding transcription regulation
Uploaded: 2012-04-30T13:00:00
Duration: 21 min 55 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing ChIA-PET for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation at JoVE.c

लेखक सिंगापुर के एक * स्टार द्वारा समर्थित हैं. इसके अलावा, MJF ए स्टार * राष्ट्रीय विज्ञान, साइंस नेशनल फैलोशिप और ली कुआन यू पोस्ट - डॉक्टरल फैलोशिप में महिलाओं के लिए छात्रवृत्ति एक ल &#39;ओरियल द्वारा समर्थित है. YR NIH सांकेतिक शब्दों में बदलना अनुदान (R01 HG004456-01 और R01 HG003521 01) द्वारा समर्थित है. लेखकों को भी दृश्य फिल्माने, वीडियो संपादन और के लिए सुश्री मिशेल Teo के लिए सुश्री Siti रहीम के लिए 8 पिक्सल प्रोडक्शंस, विशेष रूप से श्री केल्विन Issey, श्री चांग काई जियांग और श्री Sherwin गण मन में सिंगापुर, वीडियोग्राफी टीम को स्वीकार करते हैं आवाज पर.

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	<li>Cai, S., Lee, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SATB1+packages+densely+looped,+transcriptionally+active+chromatin+for+coordinated+expression+of+cytokine+genes.">SATB1 packages densely looped, transcriptionally active chromatin for coordinated expression of cytokine genes.</a> Nat. Genet. 38, 1278-1288 (2006).</li><li>Cook, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+organization+of+replication+and+transcription.">The organization of replication and transcription.</a> Science. 284, 1790-1795 (1999).</li><li>Das, P. M., Ramachandran, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation+assay.">Chromatin immunoprecipitation assay.</a> Biotechniques. 37, 961-969 (2004).</li><li>Deng, W., Blobel, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Do+chromatin+loops+provide+epigenetic+gene+expression+states.">Do chromatin loops provide epigenetic gene expression states.</a> Curr. Opin. Genet. Dev. 20, 548-554 (2010).</li><li>Fullwood, M. J., Han, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+interaction+analysis+using+paired-end+tag+sequencing.">Chromatin interaction analysis using paired-end tag sequencing.</a> Curr. Protoc. Mol. Biol. Chapter 21, 21-25 (2010).</li><li>Fullwood, M. J., Liu, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+oestrogen-receptor-alpha-bound+human+chromatin+interactome.">An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome.</a> Nature. 462, 58-64 (2009).</li><li>Jackson, D. A., Hassan, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+of+focal+sites+of+transcription+within+human+nuclei.">Visualization of focal sites of transcription within human nuclei.</a> EMBO J. 12, 1059-1065 (1993).</li><li>Li, G., Fullwood, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIA-PET+tool+for+comprehensive+chromatin+interaction+analysis+with+paired-end+tag+sequencing.">ChIA-PET tool for comprehensive chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing.</a> Genome Biol. 11, R22 (2010).</li><li>Li, G., Ruan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extensive+Promoter-Centered+Chromatin+Interactions+Provide+a+Topological+Basis+for+Transcription+Regulation.">Extensive Promoter-Centered Chromatin Interactions Provide a Topological Basis for Transcription Regulation.</a> Cell. 148, 84-98 (2012).</li><li>Ng, P., Wei, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Paired-end+diTagging+for+transcriptome+and+genome+analysis.">Paired-end diTagging for transcriptome and genome analysis.</a> Curr. Protoc. Mol. Biol. Chapter. Chapter 21, 12 (2007).</li><li>Nowak, D. E., Tian, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-step+cross-linking+method+for+identification+of+NF-kappaB+gene+network+by+chromatin+immunoprecipitation.">Two-step cross-linking method for identification of NF-kappaB gene network by chromatin immunoprecipitation.</a> Biotechniques. 39, 715-725 (2005).</li><li>Osborne, C. S., Chakalova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Active+genes+dynamically+colocalize+to+shared+sites+of+ongoing+transcription.">Active genes dynamically colocalize to shared sites of ongoing transcription.</a> Nat. Genet. 36, 1065-1071 (2004).</li><li>Rippe, K., von Hippel, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Action+at+a+distance:+DNA-looping+and+initiation+of+transcription.">Action at a distance: DNA-looping and initiation of transcription.</a> Trends Biochem. Sci. 20, 500-506 (1995).</li><li>Schoenfelder, S., Sexton, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preferential+associations+between+co-regulated+genes+reveal+a+transcriptional+interactome+in+erythroid+cells.">Preferential associations between co-regulated genes reveal a transcriptional interactome in erythroid cells.</a> Nat. Genet. 42, 53-61 (2010).</li><li>Zeng, P. Y., Vakoc, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+dual+cross-linking+for+identification+of+indirect+DNA-associated+proteins+by+chromatin+immunoprecipitation.">In vivo dual cross-linking for identification of indirect DNA-associated proteins by chromatin immunoprecipitation.</a> Biotechniques. 41, 694-698 (2006).</li></ol>

ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.

Chia पीईटी प्रतिलेखन विनियमन में लंबी दूरी की बातचीत की पहचान विधि विकसित की है. महत्वपूर्ण कारकों में से एक है है है कि एक चिया पीईटी पुस्तकालय की गुणवत्ता निर्धारित चिप सामग्री की गुणवत्ता है. वीडियो में दिखाया गया प्रोटोकॉल ईजीएस और formaldehyde के उपयोग कोशिकाओं पार से लिंक शामिल हैं. formaldehyde के उपयोग एक दूसरे पार से जोड़ने की एक लंबे समय तक असर स्पेसर हाथ अभिकर्मक के साथ संयुक्त प्रोटीन है जो formaldehyde द्वारा 3,11,15 अकेले बाध्य नहीं जा सकता है के बंधन में मदद मिल सकती है. हम इस पद्धति है जो मजबूत बाध्यकारी साइटों और लंबी दूरी की बातचीत 9 प्रदर्शन किया है के साथ पुस्तकालयों का निर्माण किया है. हालांकि, पार से जोड़ने और चिप शर्तों हित के हर पहलू के लिए अनुकूलित किया जाना चाहिए, और यह अधिक नहीं crosslink के लिए महत्वपूर्ण है के रूप में बहुत ज्यादा पार से जोड़ने विखंडन में sonication द्वारा कठिनाइयों में परिणाम होगा, और संभवतः नकली chromatin बातचीत में परिणाम हो सकता है . Chromatin बातचीतChia पीईटी प्रतिदीप्ति में स्वस्थानी संकरण 4 के रूप में एक अलग तरीका है, के द्वारा की पहचान के द्वारा मान्य किया जाना चाहिए. हम chromatin सामग्री के 100 एनजी की एक न्यूनतम की सलाह देते हैं. जबकि हम chromatin सामग्री के 50 एनजी से अच्छी गुणवत्ता पुस्तकालयों का निर्माण किया है, हमने देखा है कि प्रारंभिक सामग्री की बड़ी मात्रा की अनुमति कम से कम 16 पीसीआर चक्र, जिससे कम से कम amplicons और प्रत्येक पुस्तकालय के अतिरेक के साथ Chia पीईटी पुस्तकालयों के निर्माण. यह कम अतिरेक उच्च अद्वितीय प्रतिचित्रित और भी उपयोगी डेटा के एक उच्च प्रतिशत टैग के साथ सहसंबद्ध, जिससे अनुक्रमण की कम गलियों के साथ एक अधिक व्यापक chromatin बातचीत नक्शा सक्षम. मोतियों की एक ट्यूब में अंतिम पैक मात्रा 50 μl और चुंबकीय और Sepharose मोतियों के लिए क्रमश: 100 μl होना चाहिए. यदि पैक मनका मात्रा कम से कम कहा गया है, इसी तरह पूर्व मंजूरी दे दी रिक्त चुंबकीय या Sepharose मोतियों के साथ न्यूनतम पैक मात्रा लाने के लिए डीएनए असर मनका के नुकसान को कम करनेबाद के चरणों में है. Sawed बंद सुझावों या बड़े कोर युक्तियाँ Sepharose मोती pipetting के लिए इस्तेमाल किया जाना चाहिए. संशोधनों के बाद पहले प्रकाशित Chia पीईटी 5 प्रोटोकॉल के बाद शामिल किया गया. सबसे पहले, चुंबकीय जी मोती washes दौरान नमूना नुकसान को कम करने के लिए इस्तेमाल किया गया. इसके अतिरिक्त, हम 100 बीपी और 138 बीपी की अनुमानित आकार के साथ गैर विशिष्ट बैंड की पहचान करने के लिए आत्म ligated आधा linkers / या और adapters के amplicons. इसलिए, हम biotinylated आधा linkers और 454 GS20 एडेप्टर की एकाग्रता के लिए पीसीआर प्रवर्धन के दौरान गैर विशिष्ट बैंड को कम करने को कम कर दिया. निकटता ligation मात्रा 50 मिलीग्राम से 10 मिलीग्राम बाद शुद्धि चरणों के दौरान नमूना नुकसान को कम करने के लिए और भी अभिकर्मक लागत पर बचाने के लिए कम हो गया था. हम भी ऊष्मायन समय में वृद्धि हुई मोती Chia पीईटी डीएनए स्थिर streptavidin मोती के पर चिया पीईटी डीएनए की अधिक से अधिक पर कब्जा सुनिश्चित करने के. निकटता ligation चरण के दौरान, chimeric था ligationsटी vivo chromatin बातचीत में सच का प्रतिनिधित्व नहीं कर रहे हैं अनिवार्य रूप से एक गैर विशिष्ट और बेतरतीब तरीके में उत्पन्न. इसलिए, किसी भी प्रयोग चिया पीईटी से डेटा की गुणवत्ता का मूल्यांकन करने, काइमेरावाद की दर दो विशिष्ट nucleotide बारकोड TAAG और ATGT 5 के साथ विभिन्न आधा linkers के उपयोग से अनुमान लगाया गया है. उच्च throughput अनुक्रमण के बाद, चिया पीईटी दृश्यों 1 linker बारकोड संरचना और दृश्यों विशिष्ट ligation उत्पादों और गैर विशिष्ट ligation उत्पादों से प्राप्त के लिए विश्लेषण कर रहे हैं 8 प्रतिष्ठित किया जा सकता है. ज्ञात काइमेरा का प्रतिशत (यानी heterodimers एबी linkers) उपस्थित MCF-7 में हमारे घर में शाही सेना पोलीमरेज़ द्वितीय Chia पीईटी पुस्तकालयों से कम 15% है. Chia पीईटी दृश्यों के बाद दो श्रेणियों, अर्थात् आत्म ligation जाते हैं और अंतर - ligation पालतू जानवर में वर्गीकृत कर रहे हैं. सेल्फ ligation जाते chromatin टुकड़े के ligation आत्म circularization से प्राप्त कर रहे हैं, जबकि अंतर - ligation जाते मैं से प्राप्त कर रहे हैंदो अलग डीएनए टुकड़े के बीच nter ligation. बाद तो एक ही गुणसूत्र (intrachromosomal पालतू जानवर अंतर ligation) पर या दोनों टैग दो अलग क्रोमोसोम (interchromosomal पालतू जानवर अंतर ligation) के लिए मैप किए जाते हैं कि प्रत्येक टैग के जीनोमिक दूरी के आधार पर तीन अलग - अलग श्रेणियों में उप विभाजित. हम एक उपकरण Chia पीईटी सॉफ्टवेयर के लिए बाहर तरह विभिन्न श्रेणियों के 8 पैकेज विकसित किया है. यह डीएनए टुकड़े कि पुस्तकालय में हैं के आधार पर किया जाएगा. आम तौर पर, छोटी चिप टुकड़े एक उच्च संकल्प दे और इन शाही सेना पोलीमरेज़ द्वितीय Chia पीईटी पुस्तकालयों के लिए काट 4 केबी के बारे में है. इसके अलावा, एक बातचीत क्लस्टर में अंतर - ligation पालतू जानवरों की संख्या की गणना करके वास्तविक chromatin बातचीत यादृच्छिक शोर से प्रतिष्ठित किया जा सकता है, दूसरे शब्दों में, उच्च पीईटी गिनती के एक समूह के लिए एक वास्तविक chromatin 8 बातचीत होने की संभावना अधिक है कहा जाता है . हमारे झूठी सकारात्मक फिल्टरसे वृद्धि अत्यधिक समृद्ध एंकर है जो यादृच्छिक मौका अंतर ligation पालतू जानवर के रूप में कर सकते हैं, एक सांख्यिकीय विश्लेषण रूपरेखा भी दो 8 एंकर के बीच किसी भी पालतू जानवर के अंतर ligation यादृच्छिक गठन के लिए खाते में तैयार किया गया. अंत में, Chia पीईटी तकनीक एक वैश्विक स्तर पर chromatin बातचीत नेटवर्क मानचित्रण की अनुमति देता है. Chia पीईटी में चिप के कार्यान्वयन पुस्तकालय जटिलता और पृष्ठभूमि शोर की कमी की अनुमति देता है. इसके अलावा, चिप chromatin बातचीत के लिए विशिष्टता कहते हैं, विशिष्ट विशेष प्रतिलेखन 5 कारकों के साथ जुड़े chromatin बातचीत की परीक्षा को सक्षम.

<table border="1"><tbody><tr><td> अभिकर्मक के नाम </td><td> कंपनी </td><td> सूचीपत्र संख्या </td><td> टिप्पणियां </td></tr><tr><td> 4-20% ढाल tbe जेल </td><td> Invitrogen </td><td> EC6225BOX </td><td> चरण बी, 6.3 </td></tr><tr><td> 5 x खूंटी के साथ टी -4 डीएनए ligase बफर </td><td> Invitrogen </td><td> 46300018 </td><td> चरण बी, 2.2 </td></tr><tr><td> 6% tbe जेल </td><td> Invitrogen </td><td> EC6263BOX </td><td> चरण बी, 6.8 </td></tr><tr><td> Agilent 100 परख डीएनए </td><td> टेक्नोलॉजीज </td><td> 5067-1504 </td><td rowspan="3"> चरण बी, 7.1 </td></tr><tr><td> Agilent उच्च संवेदनशीलता डीएनए परख </td><td> टेक्नोलॉजीज </td><td> 5067-4626 </td></tr><tr><td> Agilent 2100 Bioanalyzer </td><td> टेक्नोलॉजीज </td><td> G2940CA </td></tr><tr><td> ट्यूब फिल्टर अपकेंद्रित्र (स्पिन एक्स) </td><td> Corning &lt;/ P&gt; <td> CLS8160 </td><td> चरण बी 3.7, और 6.9 </td></tr><tr><td> डार्क रीडर Transilluminator </td><td> Clare केमिकल रिसर्च </td><td> DR46B </td><td> चरण बी, 6.8 </td></tr><tr><td> डिजिटल Sonifier सेल disrupter </td><td> ब्रैंसन </td><td> 450D - 0101063591 </td><td> चरण 4.3 ए, </td></tr><tr><td> चुंबक DynaMag-2 (चुंबकीय कण Concentrator) </td><td> Invitrogen </td><td> 123-21D </td><td> ए, 7.5.1 चरण बी चुंबकीय सभी कदम धोने मनकों के लिए कदम </td></tr><tr><td> चुंबक DynaMag-15 (चुंबकीय कण Concentrator) </td><td> Invitrogen </td><td> 123.01D </td><td> चरण 5 और एक 6 </td></tr><tr><td> DynaMag पीसीआर (चुंबकीय कण Concentrator) </td><td> Invitrogen </td><td> 49-2025 </td><td> चरण बी, 6.5 </td></tr><tr><td> मैं Escherichia कोलाई डीएनए पोलीमरेज़ </td><td> चंचु </td><td> M0209 </td><td> चरण बी, 5.6 </td></tr><tr><td> GlycoBlue </td><td> Ambion </td><td> AM9516 </td&gt; <td> एक, 7.5.1 चरण बी, 4.3 और 6.5 कदम </td></tr><tr><td> Illumina CBOT क्लस्टर जनरेशन सिस्टम </td><td> Illumina </td><td> SY-301-2002 </td><td> चरण बी, 7.4 </td></tr><tr><td> Illumina जीनोम विश्लेषक IIx </td><td> Illumina </td><td> SY-301-1301 </td><td> चरण बी, 7.5 </td></tr><tr><td> Illumina पीई प्राइमरों </td><td> Illumina </td><td> पीई 102 1004 </td><td> चरण बी, 5.4 (यदि आवश्यक हो) </td></tr><tr><td> खुफिया मिक्सर </td><td> Palico बायोटेक </td><td> RM-2L </td><td> बी कदम, रोटेशन के साथ किसी भी incubations </td></tr><tr><td> LightCycler 480 रियल टाइम पीसीआर सिस्टम </td><td> Roche </td><td> 04 268 001 640 </td><td> चरण, 7.5.3 चरण बी, 7.3 </td></tr><tr><td> LightCycler480 डीएनए SYBR ग्रीन मैं MasterMix </td><td> Roche </td><td> 03 186 001 752 </td><td> चरण बी, 7.5.3 </td></tr><tr><td> M-280 streptavidin Dynabeads </td><td> Invitrogen </td><td> 11206D </td><td> चरण बी, 5.2 </td></tr> &lt;tr&gt; <td> चुंबकीय (Dynabeads) प्रोटीन जी </td><td> Invitrogen </td><td> 100.03D </td><td> चरण 5.1.1, और 5.2.1 </td></tr><tr><td> उच्च घनत्व (2ml) MaXtract </td><td> क्विएज़न </td><td> 129056 </td><td> एक 7.5.1, कदम </td></tr><tr><td> उच्च घनत्व (50ml) MaXtract </td><td> क्विएज़न </td><td> 129073 </td><td> चरण बी, 4.2 </td></tr><tr><td> MmeI </td><td> चंचु </td><td> R0637 </td><td> R0637 </td></tr><tr><td> RNase वन Ribonuclease </td><td> PROMEGA </td><td> M426C </td><td> चरण बी, 4.8 </td></tr><tr><td> शाही सेना पोलीमरेज़ द्वितीय (8WG16) मोनोक्लोनल एंटीबॉडी </td><td> Covance </td><td> एमएमएस-126R </td><td> चरण 5.2.4 ए, </td></tr><tr><td> ओक रिज अपकेंद्रित्र ट्यूब (Polypropylene) </td><td> Nalgene </td><td> 3119-0050 </td><td> चरण 3.1 ए, </td></tr><tr><td> ओक रिज अपकेंद्रित्र ट्यूब (Teflon FEP) </td><td> Nalgene </td><td> 3114-0050 </td><td> चरण बी, 4.3 </td></tr><tr><td> Phusआयन उच्च फिडेलिटी मास्टर मिक्स </td><td> Finnzymes </td><td> F-531 </td><td> बी, 6 कदम </td></tr><tr><td> (क्वांट यह) dsDNA अभिकर्मक Picogreen </td><td> Invitrogen </td><td> P11495 </td><td> चरण 7.5.2 ए, </td></tr><tr><td> Polystyrene गोलाकार नीचे टेस्ट ट्यूब </td><td> बी.डी. बायोसाइंसेज </td><td> 352057 </td><td> चरण 4.1 ए, </td></tr><tr><td> Protease अवरोध कॉकटेल गोलियाँ (पूर्ण, EDTA मुक्त) </td><td> Roche </td><td> 11873580001 </td><td> ए, 1.6 के बाद कदम </td></tr><tr><td> Proteinase कश्मीर समाधान (20mg/ml) </td><td> Fermentas </td><td> E00491 </td><td> एक कदम है, 4.4, 7.5.1 चरण बी, 4.1 </td></tr><tr><td> टी -4 डीएनए ligase </td><td> Fermentas </td><td> EL0013 </td><td> चरण बी, 2.2, 3.9 और 5.4 </td></tr><tr><td> टी -4 डीएनए ligase बफर (चंचु) </td><td> चंचु </td><td> B0202S </td><td> चरण बी, 3.3 और 3.9 </td></tr><tr><td> टी -4 डीएनए पोलीमरेज़ </td><td> PROMEGA </td><td> M4215 </td><td>चरण बी, 1.2 </td></tr><tr><td> टी -4 डीएनए polynucleotide Kinase </td><td> चंचु </td><td> M0201 </td><td> चरण बी, 3.3 </td></tr><tr><td> TruSeq SBS v5-GA किट </td><td> Illumina </td><td> FC-104-5001 </td><td> Illumina जीनोम विश्लेषक IIx प्रणाली के लिए रीजेण्ट </td></tr><tr><td> TruSeq पीई क्लस्टर V2-CBOT-GA किट </td><td> Illumina </td><td> पीई-300-2001 </td><td> Illumina CBOT क्लस्टर जनरेशन सिस्टम के साथ प्रयोग </td></tr><tr><td> SYBR ग्रीन मैं </td><td> Invitrogen </td><td> S-7585 </td><td> चरण बी, 6.3 और 6.8 </td></tr><tr><td> XCell SureLock वैद्युतकणसंचलन मिनी सेल प्रणाली </td><td> Invitrogen </td><td> EI0001 </td><td> चरण बी, 6.3 और 6.8 </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td> नाम </td><td colspan="2"> अनुक्रम </td><td> टिप्पणियां </td></tr><tr><td rowspan="2"> Biotinylated आधा linkers A (200ng/μl) </td><td> शीर्ष </td><td> 5 सीजी CCG CGA / / iBiodT एटीसी TTA टीसीसी 3 AAC &#39; </td><td> 250 nmole पैमाने HPLC शुद्ध आंतरिक बायोटिन dT (9) </td></tr><tr><td> निर्माण - परिचालन - अंतरण </td><td> 5 &#39;GTT GGA TAA GAT एटीसी 3 जीसी&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने HPLC शुद्ध </td></tr><tr><td rowspan="2"> Biotinylated आधा linkers बी (200ng/μl) </td><td> शीर्ष </td><td> 5 &#39;GGC CGC GA / iBiodT / अता कैट 3 AAC टीसीसी&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने HPLC शुद्ध आंतरिक बायोटिन dT (9) </td></tr><tr><td> निर्माण - परिचालन - अंतरण </td><td> 5 &#39;GTT GGA ATG बुनना एटीसी 3 जीसी&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने HPLC शुद्ध </td></tr><tr><td rowspan="2"> गैर biotinylated आधा linkers (200ng/μl) </td><td> शीर्ष </td><td> 5 &#39;GGC CGC GAT एटीसी GGA टीसीसी AAC 3&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td> निर्माण - परिचालन - अंतरण </td><td> 5 &#39;GTT GGA टीसीसी GAT एटीसी 3 जीसी&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td rowspan="2"> GS20 अडैप्टर (200ng/μl) </td><td> शीर्ष </td><td> 5 &#39;सीसीए TCT कैट सीसीसी TGC GTG टीसीसी कैटCTG टीटीसी CCT सीसीसी TGT सीटीसी AGN एन 3 &#39; </td><td> 250 nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td> निर्माण - परिचालन - अंतरण </td><td> 5&#39;CTG आगा सीएजी GGA GGG AAC आगा TGG ​​GAC ACG सीएजी GGA TGA GAT GG 3 &#39; </td><td> 250 nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td rowspan="2"> GS20 अडैप्टर बी (200ng/μl) </td><td> शीर्ष </td><td> 5 &#39;CTG आगा सीएसी GCA एसीए GGG GAT AGG CAA GGC एसीए सीएजी GGG अता GG 3&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td> निर्माण - परिचालन - अंतरण </td><td> 5 &#39;CCT एटीसी सीसीसी TGT GTG CCT TGC CTA टीसीसी CCT GTT GCG TGT सीटीसी AGN एन 3&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td rowspan="2"> Illumina-एनएन adapters </td><td> शीर्ष </td><td> 5 &#39;एसीए सीटीसी TTT सीसीसी टीएसी ACG ACG सीटीसी टीटीसी CGA टीसी 3&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने HPLC शुद्ध चरण बी, 5.4 देखें </td></tr><tr><td> निर्माण - परिचालन - अंतरण </td><td> 5 &#39;phos GAT CGG आग AGC GGT TCA GCA GGA ATG CCG एजी 3&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने HPLC शुद्ध phosphorylated 5 &#39;अंत चरण बी, 5.4 </td></tr><tr><td> 1-454 (आगे) प्राइमर Illumina (10 सुक्ष्ममापी) </td><td colspan="2"> 5 &#39;AAT GAT ACG GCG ACC एसीसी भूमिकाः एटीसी टीएसी एसीसी CTA टीसीसी CCT GTG TGC सीटीटी 3 जी&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td> Illumina 2-454 (रिवर्स) प्राइमर (10 सुक्ष्ममापी) </td><td colspan="2"> 5 &#39;CAA GCA GAA GAC GGC अता CGA GAT CGG टीसीसी एटीसी TCA टीसीसी CTG CGT 3 गोरखा प्रशिक्षण केन्द्र&#39; </td><td> 250 nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td> qPCR 1.1 प्राइमर (10 सुक्ष्ममापी) </td><td colspan="2"> 5 &#39;AAT GAT ACG 3 पर GCG ACC एसीसी भूमिकाः&#39; </td><td> 10nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td> qPCR 2.1 प्राइमर (10 सुक्ष्ममापी) </td><td colspan="2"> 5 &#39;CAA GCA GAA GAC GGC अता 3 CGA&#39; </td><td> 10nmole पैमाने पीसीआर ग्रेड </td></tr><tr><td> Illumina 3-454 अनुक्रमण प्राइमर (100 सुक्ष्ममापी) </td><td colspan="2"> 5&#39;TGC GTG टीसीसी कैट CTG टीटीसी CCT सीसीसी TGT सीटीसी एजी 3 &#39; </td><td> 100nmole पैमाने HPLC शुद्ध </td></tr><tr><td> Illumina 4-454 अनुक्रमण प्राइमर (100 सुक्ष्ममापी) </td><td colspan="2"> 5&#39;GTG CCT TGC CTA टीसीसी CCT GTT GCG TGT सीटीसी एजी 3 &#39; </td><td> 100nmole पैमानेHPLC शुद्ध </td></tr></tbody></table> Oligos और adapters के टेबल से एकीकृत डीएनए (IDT) और के रूप में एक ही तरीके से linkers और adapters तैयार आदेश oligos 10 पहले से वर्णित है. आधा linkers और adapters पहले से तैयार किया जा सकता है और -20 डिग्री सेल्सियस पर कई महीनों के लिए संग्रहीत

chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing (chia-pet) for mapping chromatin interactions and understanding transcription regulation

जीनोम तीन आयामी संरचना में आयोजित कर रहे हैं, माइक्रोन आकार परमाणु 7 रिक्त स्थान के अंदर उच्च आदेश रचना, 2, 12 को गोद लेने. इस तरह के आर्किटेक्चर यादृच्छिक नहीं हैं और जीन प्रमोटरों और नियामक तत्वों 13 के बीच बातचीत शामिल हैं. प्रतिलेखन कारकों के विशिष्ट विनियामक दृश्यों के बंधन प्रतिलेखन विनियमन और समन्वय 1, 14 के एक नेटवर्क के बारे में लाता है. Chromatin इंटरेक्शन विश्लेषण बनती अंत टैग अनुक्रमण (Chia पीईटी) के लिए इन उच्च आदेश chromatin संरचना 5,6 की पहचान करने के लिए विकसित किया गया था. कोशिकाओं को तय कर रहे हैं और बातचीत loci सहसंयोजक डीएनए प्रोटीन पार लिंक द्वारा कब्जा कर रहे हैं. गैर विशिष्ट शोर को कम करने के लिए और जटिलता को कम करने के रूप में के रूप में अच्छी तरह से chromatin बातचीत विश्लेषण की विशिष्टता को बढ़ाने, chromatin immunoprecipitation (चिप) विशिष्ट प्रोटीन कारकों के खिलाफ निकटता ligation से पहले ब्याज की chromatin टुकड़े को समृद्ध करने के लिए प्रयोग किया जाता है. आधा linkers शामिल Ligation बाद में डीएनए व्यक्तिगत chromatin परिसरों के भीतर एक साथ tethered टुकड़े के जोड़े के बीच सहसंयोजक लिंक रूपों. flanking आधा linkers में MmeI प्रतिबंध एंजाइम साइटों बनती अंत टैग MmeI पाचन पर linker टैग constructs (पालतू जानवर) की निकासी की अनुमति देते हैं. के रूप में आधा linkers biotinylated कर रहे हैं, इन पीईटी constructs streptavidin चुंबकीय मोतियों का उपयोग कर शुद्ध कर रहे हैं. शुद्ध पशुओं के लिए अगली पीढ़ी के अनुक्रमण एडेप्टर और बातचीत के टुकड़े की एक सूची Illumina जीनोम विश्लेषक के रूप में अगली पीढ़ी sequencers के माध्यम से उत्पन्न ligated कर रहे हैं. मानचित्रण और जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण तो चिप समृद्ध साइटों बाध्यकारी और चिप समृद्ध chromatin बातचीत 8 को पहचानने के लिए किया जाता है. हम एक वीडियो का उत्पादन किया है प्रोटोकॉल Chia पीईटी, विशेष रूप से चिप की तैयारी के महत्वपूर्ण पहलुओं के प्रदर्शन के रूप में चिप के गुणवत्ता एक चिया पीईटी पुस्तकालय के परिणाम में एक प्रमुख भूमिका निभाता है. के रूप में प्रोटोकॉलबहुत लंबे समय से है, केवल महत्वपूर्ण कदम वीडियो में दिखाए जाते हैं.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing ChIA-PET for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation at JoVE.c

Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing ChIA-PET for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation

Chromatin इंटरेक्शन विश्लेषण बनती अंत टैग अनुक्रमण (Chia पीईटी) के लिए एक विधि है<em&gt; डी Novo</em&gt; Chromatin बातचीत के transcriptional नियंत्रण की बेहतर समझ के लिए, पता लगाने.

Chromatin Chromatin सहभागिता मानचित्रण और प्रतिलेखन विनियमन समझना के लिए बनती अंत टैग अनुक्रमण (Chia पीईटी) के साथ इंटरेक्शन विश्लेषण

Genomes are organized into three-dimensional structures, adopting higher-order conformations inside the micron-sized nuclear spaces 7, 2, 12. Such ...

Research

JoVE Journal

Biology

Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation

A Chromatin Assay for Human Brain Tissue

मानव मस्तिष्क के ऊतकों के लिए एक chromatin परख

Chronic neuropsychiatric illnesses such as schizophrenia, bipolar disease and autism are thought to result from a combination of genetic and environmental ...

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं से chromatin immunoprecipitation

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Single Read and Paired End mRNA-Seq Illumina Libraries from 10 Nanograms Total RNA

एकल पढ़ें और बनती अंत mRNA Seq 10 कुल शाही सेना nanograms से Illumina पुस्तकालय

Whole transcriptome sequencing by mRNA-Seq is now used extensively to perform global gene expression, mutation, allele-specific expression and other ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

Chromatin immunoprecipitation (चिप) का उपयोग ड्रोसोफिला ऊतक

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Chromatin Isolation by RNA Purification (ChIRP)

Chromatin Isolation by RNA Purification ChIRP

शाही सेना शोधन द्वारा chromatin अलगाव (कूजन)

Long noncoding RNAs are key regulators of chromatin states for important biological processes such as dosage compensation, imprinting, and developmental ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

उच्च throughput अनुक्रमण के लिए उच्च गुणवत्ता chromatin immunoprecipitation डीएनए टेम्पलेट की पीढ़ी (चिप seq)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Generation and Purification of Human INO80 Chromatin Remodeling Complexes and Subcomplexes

जनरेशन और मानव INO80 Chromatin Remodeling परिसर और Subcomplexes का शोधन

INO80 chromatin remodeling complexes regulate nucleosome dynamics and DNA accessibility by catalyzing ATP-dependent nucleosome remodeling. Human INO80 ...

Biochemical Assays for Analyzing Activities of ATP-dependent Chromatin Remodeling Enzymes

एटीपी निर्भर Chromatin Remodeling एंजाइमों की गतिविधियों का विश्लेषण के लिए जैव रासायनिक assays

Members of the SNF2 family of ATPases often function as components of multi-subunit chromatin remodeling complexes that regulate nucleosome dynamics and ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

एराबिडोप्सिस प्रोटीन डीएनए बातचीत की पहचान के लिए chromatin immunoprecipitation परख<em&gt; Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

Isolation of Specific Genomic Regions and Identification of Associated Molecules by enChIP

विशिष्ट जीनोमिक क्षेत्र और enChIP द्वारा एसोसिएटेड अणु की पहचान का अलगाव

The identification of molecules associated with specific genomic regions of interest is required to understand the mechanisms of regulation of the ...