Name: chemically-blocked antibody microarray for multiplexed high-throughput profiling of specific protein glycosylation in complex samples
Uploaded: 2012-05-04T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chemically-blocked Antibody Microarray for Multiplexed High-throughput Profiling of Specific Protein Glycosylation in Complex Samples at JoVE.com

وأيد هذا العمل من قبل معهد أبحاث التهاب الكبد الوبائي وفيروس.

1. طباعة جسم [ميكروأري] لفحص <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تمييع كل الأجسام المضادة إلى 0.5 ملغ / مل في المياه المالحة العازلة الفوسفات ودرجة الحموضة 7.2 (PBS). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قسامة 40 ميكرولتر من كل الأجسام المضادة في لوحة مصدر 384 أيضا. </li><li style...

<ol>
	<li>Fang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ER+UDPase+ENTPD5+promotes+protein+N-glycosylation,+the+Warburg+effect,+and+proliferation+in+the+PTEN+pathway.">The ER UDPase ENTPD5 promotes protein N-glycosylation, the Warburg effect, and proliferation in the PTEN pathway.</a> Cell. 143, 711-724 (2010).</li><li>Marino, K., Bones, J., Kattla, J. J., Rudd, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+systematic+approach+to+protein+glycosylation+analysis:+a+path+through+the+maze.">A systematic approach to protein glycosylation analysis: a path through the maze.</a> Nat. Chem. Biol. 6, 713-723 (2010).</li><li>Shental-Bechor, D., Levy, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+glycosylation+on+protein+folding:+a+close+look+at+thermodynamic+stabilization.">Effect of glycosylation on protein folding: a close look at thermodynamic stabilization.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105, 8256-8261 (2008).</li><li>Hossler, P., Khattak, S. F., Li, Z. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimal+and+consistent+protein+glycosylation+in+mammalian+cell+culture.">Optimal and consistent protein glycosylation in mammalian cell culture.</a> Glycobiology. 19, 936-949 (2009).</li><li>Nothaft, H., Szymanski, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+glycosylation+in+bacteria:+sweeter+than+ever.">Protein glycosylation in bacteria: sweeter than ever.</a> Nat. Rev. Microbiol. 8, 765-778 (2011).</li><li>Sola, R. J., Griebenow, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+glycosylation+on+the+stability+of+protein+pharmaceuticals.">Effects of glycosylation on the stability of protein pharmaceuticals.</a> J. Pharm. Sci. 98, 1223-1245 (2009).</li><li>Li, C., Lubman, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+serum+protein+glycosylation+with+antibody-lectin+microarray+for+high-throughput+biomarker+screening.">Analysis of serum protein glycosylation with antibody-lectin microarray for high-throughput biomarker screening.</a> Methods Mol. Biol. 723, 15-28 (2011).</li><li>Dwek, M. V., Jenks, A., Leathem, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+sensitive+assay+to+measure+biomarker+glycosylation+demonstrates+increased+fucosylation+of+prostate+specific+antigen+(PSA)+in+patients+with+prostate+cancer+compared+with+benign+prostatic+hyperplasia.">A sensitive assay to measure biomarker glycosylation demonstrates increased fucosylation of prostate specific antigen (PSA) in patients with prostate cancer compared with benign prostatic hyperplasia.</a> Clin. Chim. Acta. 411, 1935-1939 (2010).</li><li>Drake, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sweetening+the+pot:+adding+glycosylation+to+the+biomarker+discovery+equation.">Sweetening the pot: adding glycosylation to the biomarker discovery equation.</a> Clin. Chem. 56, 223-236 (2010).</li><li>Kim, Y. -. P., Park, S., Oh, E., Oh, Y. -. H., Kim, H. -. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On-chip+detection+of+protein+glycosylation+based+on+energy+transfer+between+nanoparticles.">On-chip detection of protein glycosylation based on energy transfer between nanoparticles.</a> Biosensors &#38; Bioelectronics. 24, 1189-1194 (2009).</li><li>Boland, M., Rudd, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disease+related+glycosylation+changes+and+biomarker+discovery:+challenges+and+possibilities+in+an+emerging+field.">Disease related glycosylation changes and biomarker discovery: challenges and possibilities in an emerging field.</a> Editorial. Dis. Markers. 25, 189-192 (2008).</li><li>Norton, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N-linked+glycosylation+of+the+liver+cancer+biomarker+GP73.">N-linked glycosylation of the liver cancer biomarker GP73.</a> J. Cell Biochem. 104, 136-149 (2008).</li><li>Nakagawa, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycomic+analysis+of+alpha-fetoprotein+L3+in+hepatoma+cell+lines+and+hepatocellular+carcinoma+patients.">Glycomic analysis of alpha-fetoprotein L3 in hepatoma cell lines and hepatocellular carcinoma patients.</a> J. Proteome Res. 7, 2222-2233 (2008).</li><li>Durazo, F. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Des-gamma-carboxyprothrombin,+alpha-fetoprotein+and+AFP-L3+in+patients+with+chronic+hepatitis,+cirrhosis+and+hepatocellular+carcinoma.">Des-gamma-carboxyprothrombin, alpha-fetoprotein and AFP-L3 in patients with chronic hepatitis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma.</a> J. Gastroenterol Hepatol. 23, 1541-1548 (2008).</li><li>Kobayashi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fucosylated+fraction+of+alpha-fetoprotein,+L3,+as+a+useful+prognostic+factor+in+patients+with+hepatocellular+carcinoma+with+special+reference+to+low+concentrations+of+serum+alpha-fetoprotein.">Fucosylated fraction of alpha-fetoprotein, L3, as a useful prognostic factor in patients with hepatocellular carcinoma with special reference to low concentrations of serum alpha-fetoprotein.</a> Hepatol. Res. 37, 914-922 (2007).</li><li>Maisey, N. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CA19-9+as+a+prognostic+factor+in+inoperable+pancreatic+cancer:+the+implication+for+clinical+trials.">CA19-9 as a prognostic factor in inoperable pancreatic cancer: the implication for clinical trials.</a> Br. J. Cancer. 93, 740-743 (2005).</li><li>Talar-Wojnarowska, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+value+of+serum+neopterin,+tissue+polypeptide-specific+antigen+and+CA19-9+levels+in+differential+diagnosis+between+pancreatic+cancer+and+chronic+pancreatitis.">Clinical value of serum neopterin, tissue polypeptide-specific antigen and CA19-9 levels in differential diagnosis between pancreatic cancer and chronic pancreatitis.</a> Pancreatology. 10, 689-694 (2010).</li><li>Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+analysis+of+glycan+variation+on+native+proteins+captured+by+antibody+microarrays.">Multiplexed analysis of glycan variation on native proteins captured by antibody microarrays.</a> Nat. Methods. 4, 437-444 (2007).</li><li>Shao, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibody+microarray+analysis+of+serum+glycans+in+esophageal+spuamous+cell+carcinoma+cases+and+controls.">Antibody microarray analysis of serum glycans in esophageal spuamous cell carcinoma cases and controls.</a> Proteomics Clinical Applications. 3, 923-931 (2009).</li><li>Chen, S., Haab, B. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+glycans+on+serum+proteins+using+antibody+microarrays.">Analysis of glycans on serum proteins using antibody microarrays.</a> Methods Mol. Biol. 520, 39-58 (2009).</li><li>Yue, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Prevalence+and+Nature+of+Glycan+Alterations+on+Specific+Proteins+in+Pancreatic+Cancer+Patients+Revealed+Using+Antibody-Lectin+Sandwich+Arrays.">The Prevalence and Nature of Glycan Alterations on Specific Proteins in Pancreatic Cancer Patients Revealed Using Antibody-Lectin Sandwich Arrays.</a> Molecular &#38; Cellular Proteomics. 8, 1697-1707 (2009).</li><li>Wolf-Yadlin, A., Sevecka, M., MacBeath, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissecting+protein+function+and+signaling+using+protein+microarrays.">Dissecting protein function and signaling using protein microarrays.</a> Current Opinion in Chemical Biology. 13, 398-405 (2009).</li><li>Richard, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomics+as+Applied+to+Inherited+Metabolic+Diseases.">Proteomics as Applied to Inherited Metabolic Diseases.</a> Current Proteomics. 6, 140-153 (2009).</li><li>Nolen, B., Winans, M., Marrangoni, A., Lokshin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aberrant+tumor-associated+antigen+autoantibody+profiles+in+healthy+controls+detected+by+multiplex+bead-based+immunoassay.">Aberrant tumor-associated antigen autoantibody profiles in healthy controls detected by multiplex bead-based immunoassay.</a> Journal of Immunological Methods. 344, 116-120 (2009).</li><li>Kuno, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Focused+Differential+Glycan+Analysis+with+the+Platform+Antibody-assisted+Lectin+Profiling+for+Glycan-related+Biomarker+Verification.">Focused Differential Glycan Analysis with the Platform Antibody-assisted Lectin Profiling for Glycan-related Biomarker Verification.</a> Molecular &#38; Cellular Proteomics. 8, 99-108 (2009).</li><li>Hsu, K. -. L., Mahal, L. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sweet+tasting+chips:+microarray-based+analysis+of+glycans.">Sweet tasting chips: microarray-based analysis of glycans.</a> Current Opinion in Chemical Biology. 13, 427-432 (2009).</li><li>Borrebaeck, C. A. K., Wingren, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+proteomics+using+antibody+microarrays:+an+update.">High-throughput proteomics using antibody microarrays: an update.</a> Expert Review of Molecular Diagnostics. 7, 673-686 (2007).</li><li>Sanchez-Carbayo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibody+array-based+technologies+for+cancer+protein+profiling+and+functional+proteomic+analyses+using+serum+and+tissue+specimens.">Antibody array-based technologies for cancer protein profiling and functional proteomic analyses using serum and tissue specimens.</a> Tumor Biology. 31, 103-112 (2010).</li><li>Porter, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+motif-based+analysis+of+glycan+array+data+to+determine+the+specificities+of+glycan-binding+proteins.">A motif-based analysis of glycan array data to determine the specificities of glycan-binding proteins.</a> Glycobiology. 20, 369-380 (2010).</li><li>Maupin, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycogene+Expression+Alterations+Associated+with+Pancreatic+Cancer+Epithelial-Mesenchymal+Transition+in+Complementary+Model+Systems.">Glycogene Expression Alterations Associated with Pancreatic Cancer Epithelial-Mesenchymal Transition in Complementary Model Systems.</a> Plos One. 5, (2010).</li><li>Sevecka, M., Wolf-Yadlin, A., MacBeath, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lysate+Microarrays+Enable+High-throughput,+Quantitative+Investigations+of+Cellular+Signaling.">Lysate Microarrays Enable High-throughput, Quantitative Investigations of Cellular Signaling.</a> Molecular &#38; Cellular Proteomics. 10, (2011).</li><li>Wang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+fucosylated+biomarkers+for+the+early+detection+of+hepatocellular+carcinoma.">Novel fucosylated biomarkers for the early detection of hepatocellular carcinoma.</a> Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 18, 1914-1921 (2009).</li></ol>

1. بروتين الهدف والتقاط اختيار الأضداد قبل فحص الجسم المضاد ميكروأري، وهناك حاجة إلى بعض الكواشف والمواد التي سينظر فيها، وأعد. وينبغي لتصميم جسم [ميكروأري] لتحديد ملامح غليكان أو غليكان فحص العلامات البيولوجية، وفريق من الاجسام ا...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> معرف </td><td> اسم كاشف </td><td> الاختصار </td><td> شركة </td><td> كتالوج # </td></tr><tr><td> L1 </td><td> المعقدة البيروكسيديز كونكانافالين A </td><td> كونا </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-1000 </td></tr><tr><td> L2 </td><td> المعقدة البيروكسيديز كتين خمان؛ بلسان أسود </td><td> SNA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> B-1305 </td></tr><tr><td> L3 </td><td> عدسة المعقدة البيروكسيديز Culinaris الملزن </td><td> LCA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-2000 </td></tr><tr><td> L4 </td><td> المعقدة البيروكسيديز الخروع COMMUNIS الملزن أنا </td><td> RCA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-1000 </td></tr><tr><td> L5 </td><td> المعقدة البيروكسيديز كتين Aleuria برتقالية </td><td> AAL </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> B-1395 </td></tr><tr><td> L6 </td><td> المعقدة البيروكسيديز كتين الحمرية Cristagalli </td><td> أطلق بيت التمويل الخليجي </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-3000 </td></tr><tr><td> L7 </td><td> المعقدة البيروكسيديز غريفونيا كتين Simplicifolia (Bandeiraea) الثاني </td><td> GSL الثاني </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-3000 </td></tr><tr><td> L8 </td><td> المعقدة البيروكسيديز القمح الجرثومي الملزن </td><td> WGA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-1000 </td></tr><tr><td> L9 </td><td> المعقدة البيروكسيديز Erythroagglutinin الشائع فاصيلوس </td><td> PHA-E </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-2000 </td></tr><tr><td> L10 </td><td> المعقدة البيروكسيديز Leucoagglutinin الشائع فاصيلوس </td><td> PHA-L </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-2000 </td></tr><tr><td> L11 </td><td> المعقدة البيروكسيديز الفول السوداني الملزن </td><td> السلطة الوطنية الفلسطينية </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-1000 </td></tr><tr><td> L12 </td><td> المعقدة البيروكسيديز بيسوم Pisum الملزن </td><td> PSA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-2000 </td></tr><tr><td> L13 </td><td> المعقدة البيروكسيديز Dolichos Biflorus الملزن </td><td> DBA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-1000 </td></tr><tr><td> L14 </td><td> المعقدة البيروكسيديز كتين جوز ماثل </td><td> DSL </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-3000 </td></tr><tr><td> L15 </td><td> المعقدة البيروكسيديز الصفيراء الملزن تفرضه اليابان </td><td> SJA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-2000 </td></tr><tr><td> L16 </td><td> فول الصويا المعقدة البيروكسيديز الملزن </td><td> SBA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-1000 </td></tr><tr><td> L17 </td><td> المعقدة البيروكسيديز بطاطس (بطاطا) يكتين </td><td> المحكمة الخاصة بلبنان </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-3000 </td></tr><tr><td> L18 </td><td> غريفونيا المعقدة البيروكسيديز (باندeiraea) Simplicifolia كتين أنا </td><td> GSL أنا </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-2000 </td></tr><tr><td> L19 </td><td> المعقدة البيروكسيديز كتين بيقية Villosa </td><td> VVL </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-2000 </td></tr><tr><td> L20 </td><td> المعقدة البيروكسيديز اسكولينتوم (الطماطم) يكتين </td><td> حد الانفجار الأدنى </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-3000 </td></tr><tr><td> L21 </td><td> Ulex المعقدة البيروكسيديز Europaeus الملزن أنا </td><td> أنا UEA </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-1000 </td></tr><tr><td> L22 </td><td> المعقدة البيروكسيديز Jacalin </td><td> JACALIN </td><td> ناقلات مختبرات </td><td> BK-3000 </td></tr><tr><td> A1 </td><td> F عنزة (&#39;أ ب) 2 قطعة مضادة للالغلوبولين المناعي البشري، الأجسام المضادة Fc5μ </td><td> الغلوبولين المناعي </td><td> جاكسون المناعي للبحوث </td><td> 109-006-129 </td></tr><tr><td> A2 </td><td> حمار F (&#39;أ ب) 2 فرج المضادة للمفتش الإنسان (H + L) 1tibody </td><td> AB1 </td><td> جاكسون المناعي للبحوث </td><td> 709-006-149 </td></tr><tr><td> A3 </td><td> الماوس المضادة للمفتش الإنسان F (&#39;أ ب) 2 ريتوكسيماب </td><td> AB3 </td><td> جاكسون المناعي للبحوث </td><td> 209-005-097 </td></tr><tr><td> A4 </td><td> الماعز المضادة للجسم البشري ألفا macroglobulin 2 بولكلونل </td><td> A2M </td><td> GeneTex </td><td> GTX62924 </td></tr><tr><td> A5 </td><td> أرنب المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين الجسم المضاد بولكلونل </td><td> A1AT </td><td> لي Biosiences </td><td> CA1T-80A </td></tr><tr><td> A6 </td><td> الماوس المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين ريتوكسيماب </td><td> A1AT </td><td> سيجما ألدريتش </td><td> SAB4200198 </td></tr><tr><td> A7 </td><td> أرنب المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين الجسم المضاد بولكلونل </td><td> تحرك </td><td> NeoMarkers </td><td> RB-367-A1 </td></tr><tr><td> A8 </td><td> أرنب المضادة للبشريةألفا-1-antichymotrypsin الجسم المضاد بولكلونل </td><td> تحرك </td><td> فيشر العلمية </td><td> RB9213R7 </td></tr><tr><td> A9 </td><td> جسم الفأر ترانسفيرين المناهضة للبشرية وحيدة النسيلة </td><td> ترانسفيرين </td><td> GeneTex </td><td> GTX101035 </td></tr><tr><td> A10 </td><td> أرنب الضد ترانسفيرين المضادة للبشرية بولكلونل </td><td> ترانسفيرين </td><td> GeneTex </td><td> GTX77130 </td></tr><tr><td> A11 </td><td> الماعز المضادة للجسم البشري J ئي بولكلونل </td><td> ApoJ </td><td> Abcam </td><td> ab7610 </td></tr><tr><td> A12 </td><td> الماوس المضادة للبشرية GP73 ريتوكسيماب </td><td> GP73 </td><td> أبوت </td><td> 14H4-23 </td></tr><tr><td> A13 </td><td> الماوس المضادة للبشرية GP73 ريتوكسيماب </td><td> GP73 </td><td> سانتا كروز التكنولوجيا الحيوية المؤتمر الوطني العراقي </td><td> SC-101275 </td></tr><tr><td> A14 </td><td> أرنب المضادة للبشرية ألفا-1 fetoprotein الجسم المضاد بولكلونل </td><td> ا ف ب </td><td> GenWay </td><td> GWB-41C966 </td></tr><tr><td> A15 </td><td> الماوس المضادة للبشرية ألفا-1 بروتين جنيني ريتوكسيماب </td><td> ا ف ب </td><td> فيتزجيرالد </td><td> 10-A05A </td></tr><tr><td> A16 </td><td> جسم الفأر هيموبيكسين المناهضة للبشرية وحيدة النسيلة </td><td> هيموبيكسين </td><td> Assaypro </td><td> 60190-05011 </td></tr><tr><td> A17 </td><td> الماوس المضادة للبشرية glypican-3 (1G12) الأجسام المضادة وحيدة النسيلة </td><td> GPL3 </td><td> سانتا كروز بيو </td><td> SC-65443 </td></tr><tr><td> A18 </td><td> الماوس المضادة للمولد الكاينين ​​الإنسان (LMW) الأجسام المضادة وحيدة النسيلة </td><td> مولد الكاينين </td><td> Assaypro </td><td> 20333-05011 </td></tr><tr><td> A19 </td><td> أرنب المضادة للبشرية MMP-21 ضد وحيد النسيلة </td><td> MMP21 </td><td> Epitomic </td><td> 1955-1 </td></tr><tr><td> A20 </td><td> الماوس المضادة للبشرية CEACAM الأضداد وحيدة النسيلة-1ذ </td><td> CEACAM </td><td> R &amp; D أنظمة </td><td> MAB1180 </td></tr><tr><td> A21 </td><td> الفئران المضادة للبشرية DPPIV/CD26 ريتوكسيماب </td><td> DPPIV </td><td> R &amp; D أنظمة </td><td> MAB22441 </td></tr><tr><td> A22 </td><td> ماوس لمكافحة الأجسام المضادة البشرية وحيدة النسيلة الثاني PIVKA </td><td> PIVICA </td><td> الكريستال الكيميائي </td><td> 8040 </td></tr><tr><td> A23 </td><td> الماوس المضادة للمستضد سرطاني مضغي </td><td> CEA </td><td> الولايات المتحدة البيولوجية </td><td> C1300 </td></tr><tr><td> A24 </td><td> مستضد الماوس المضادة للسرطان CA125 </td><td> CA125 </td><td> الولايات المتحدة البيولوجية </td><td> C0050-01D </td></tr><tr><td> A25 </td><td> ماوس لمكافحة السرطان CA19-9 مستضد </td><td> CA19-9 </td><td> الولايات المتحدة البيولوجية </td><td> C0075-18 </td></tr><tr><td> A26 </td><td> جسم الفأر X المضادة لللويس وحيدة النسيلة </td><td> لويس العاشر </td><td> Calbiochem </td><td> 434631 </td></tr><tr><td> الحيوي </td><td> جيش صرب البوسنة المعقدة البيروكسيديز (مراقبة إيجابية) </td><td> الحيوي </td><td> محلية الصنع </td><td> N / A </td></tr></tbody></table> الجدول رقم 1. قائمة من الليستين والأجسام المضادة المستخدمة في هذا البروتوكول. <table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم المعدات / الكاشف ق </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td></tr><tr><td> غير اتصال microarrayer </td><td> BioDot المؤتمر الوطني العراقي </td><td> sciFLEXARRAYER </td></tr><tr><td> 384 microplate </td><td> الصياد </td><td> 14-230-243 </td></tr><tr><td> FoodSaver </td><td> FoodSaver </td><td> V3835 </td></tr><tr><td> سامسونج النيتروسليلوز coate ميكروأري الشرائح </td><td> Gentel </td><td> PATH </td></tr><tr><td> الشريحة Imprinter (اختياري) </td><td> الجل الشركة </td><td> WSP60-1 </td></tr><tr><td> شاكر </td><td> الصياد </td><td> 15-453-211 </td></tr><tr><td> نبذ </td><td> إيبندورف </td><td> 5804 000.013 </td></tr><tr><td> الشريحة غسيل صحن تلطيخ حوض / الشرائح مع الرف القابل للإزالة </td><td> الصياد </td><td> 08-812 </td></tr><tr><td> الشريحة مربع حضانة الشريحة غرفة / مجهر </td><td> الصياد </td><td> 03-448-5 </td></tr><tr><td> بريج 35، 30٪ حل ث / ت في المياه </td><td> العضوية Acros </td><td> AC32958-0025 </td></tr><tr><td> توين-20 </td><td> الصياد </td><td> P337-100 </td></tr><tr><td> الصوديوم بريودات (NaIO 4) </td><td> سيغما </td><td> 311448 </td></tr><tr><td> L-حمض الغلوتاميك γ-هيدرازيد </td><td> سيغما </td><td> G-7257 </td></tr><tr><td> خلات الصوديوم اللامائية (CH 3 COONa) </td><td> سيغما </td><td> S2889 </td></tr><tr><td> البقري ألبومين المصل (BSA) </td><td> Lampire مختبرات البيولوجي </td> &lt;TD&gt; 7500804 </td></tr><tr><td> المؤسسة العامة لتحلية الفوسفات عازلة (PBS) (10X) </td><td> Denville العلمية </td><td> CP4390-48 </td></tr><tr><td> Dylight 549 NeutrAvidin مترافق </td><td> الحرارية </td><td> 22837 </td></tr><tr><td> أقراص البروتيني مانع كوكتيل </td><td> روش </td><td> 4693159001 </td></tr><tr><td> ChromPure الإنسان مفتش الحكومة، FC شظية </td><td> جاكسون Immunoresearch </td><td> 009-000-008 </td></tr><tr><td> ChromPure الإنسان مفتش الحكومة، كل جزيء </td><td> جاكسون Immunoresearch </td><td> 009-000-003 </td></tr><tr><td> ChromPure الفأر مفتش الحكومة، كل جزيء </td><td> جاكسون Immunoresearch </td><td> 015-000-003 </td></tr><tr><td> ChromPure الفأر مفتش الحكومة، FC شظية </td><td> جاكسون Immunoresearch </td><td> 015-000-008 </td></tr><tr><td> ChromPure أرنب مفتش الحكومة، كل جزيء </td><td> جاكسون Immunoresearch </td><td> 011-000-003 </td></tr><tr><td> ChromPure حمار مفتش الحكومة، كل جزيء </td><td> جاكسون Immunoresearch </td><td> 017-000-003 </td></tr><tr><td> [ميكروأري] ماسحة </td><td> Tecan </td><td> معاد تحميل LS </td></tr></tbody></table> الجدول 2. قائمة من المعدات والكواشف المستخدمة في هذا البروتوكول.

chemically-blocked antibody microarray for multiplexed high-throughput profiling of specific protein glycosylation in complex samples

In this study, we describe an effective protocol for use in a multiplexed high-throughput antibody microarray with glycan binding protein detection that allows for the glycosylation profiling of specific proteins. Glycosylation of proteins is the most prevalent post-translational modification found on proteins, and leads diversified modifications of the physical, chemical, and biological properties of proteins. Because the glycosylation machinery is particularly susceptible to disease progression and malignant transformation, aberrant glycosylation has been recognized as early detection biomarkers for cancer and other diseases. However, current methods to study protein glycosylation typically are too complicated or expensive for use in most normal laboratory or clinical settings and a more practical method to study protein glycosylation is needed. The new protocol described in this study makes use of a chemically blocked antibody microarray with glycan-binding protein (GBP) detection and significantly reduces the time, cost, and lab equipment requirements needed to study protein glycosylation. In this method, multiple immobilized glycoprotein-specific antibodies are printed directly onto the microarray slides and the N-glycans on the antibodies are blocked. The blocked, immobilized glycoprotein-specific antibodies are able to capture and isolate glycoproteins from a complex sample that is applied directly onto the microarray slides. Glycan detection then can be performed by the application of biotinylated lectins and other GBPs to the microarray slide, while binding levels can be determined using Dylight 549-Streptavidin. Through the use of an antibody panel and probing with multiple biotinylated lectins, this method allows for an effective glycosylation profile of the different proteins found in a given human or animal sample to be developed.
Introduction
Glycosylation of protein, which is the most ubiquitous post-translational modification on proteins, modifies the physical, chemical, and biological properties of a protein, and plays a fundamental role in various biological processes1-6. Because the glycosylation machinery is particularly susceptible to disease progression and malignant transformation, aberrant glycosylation has been recognized as early detection biomarkers for cancer and other diseases 7-12. In fact, most current cancer biomarkers, such as the L3 fraction of &alpha;-1 fetoprotein (AFP) for hepatocellular carcinoma 13-15, and CA199 for pancreatic cancer 16, 17 are all aberrant glycan moieties on glycoproteins. However, methods to study protein glycosylation have been complicated, and not suitable for routine laboratory and clinical settings. Chen et al. has recently invented a chemically blocked antibody microarray with a glycan-binding protein (GBP) detection method for high-throughput and multiplexed profile glycosylation of native glycoproteins in a complex sample 18. In this affinity based microarray method, multiple immobilized glycoprotein-specific antibodies capture and isolate glycoproteins from the complex mixture directly on the microarray slide, and the glycans on each individual captured protein are measured by GBPs. Because all normal antibodies contain N-glycans which could be recognized by most GBPs, the critical step of this method is to chemically block the glycans on the antibodies from binding to GBP. In the procedure, the cis-diol groups of the glycans on the antibodies were first oxidized to aldehyde groups by using NaIO4 in sodium acetate buffer avoiding light. The aldehyde groups were then conjugated to the hydrazide group of a cross-linker, 4-(4-N-MaleimidoPhenyl)butyric acid Hydrazide HCl (MPBH), followed by the conjugation of a dipeptide, Cys-Gly, to the maleimide group of the MPBH. Thus, the cis-diol groups on glycans of antibodies were converted into bulky none hydroxyl groups, which hindered the lectins and other GBPs bindings to the capture antibodies. This blocking procedure makes the GBPs and lectins bind only to the glycans of captured proteins. After this chemically blocking, serum samples were incubated with the antibody microarray, followed by the glycans detection by using different biotinylated lectins and GBPs, and visualized with Cy3-streptavidin. The parallel use of an antibody panel and multiple lectin probing provides discrete glycosylation profiles of multiple proteins in a given sample 18-20. This method has been used successfully in multiple different labs 1, 7, 13, 19-31. However, stability of MPBH and Cys-Gly, complicated and extended procedure in this method affect the reproducibility, effectiveness and efficiency of the method. In this new protocol, we replaced both MPBH and Cys-Gly with one much more stable reagent glutamic acid hydrazide (Glu-hydrazide), which significantly improved the reproducibility of the method, simplified and shorten the whole procedure so that the it can be completed within one working day. In this new protocol, we describe the detailed procedure of the protocol which can be readily adopted by normal labs for routine protein glycosylation study and techniques which are necessary to obtain reproducible and repeatable results.

Watch this Scientific Journal Video about Chemically-blocked Antibody Microarray for Multiplexed High-throughput Profiling of Specific Protein Glycosylation in Complex Samples at JoVE.com

Chemically-blocked Antibody Microarray for Multiplexed High-throughput Profiling of Specific Protein Glycosylation in Complex Samples

في هذه الدراسة، فإننا وصف بروتوكول محسن لميكروأري المضاعفة الأجسام المضادة عالية الإنتاجية مع طريقة كشف كتين التي يمكن استخدامها في التنميط ارتباط بالغليكوزيل من بروتينات محددة. يتميز هذا البروتوكول الكواشف موثوق جديدة ويخفف كثيرا من الوقت والتكلفة، ومتطلبات معدات مختبر بالمقارنة مع الإجراء السابق.

كيميائيا سدت [ميكروأري] لتحديد ملامح عالية الإنتاجية من تعدد في الإرسال ارتباط بالغليكوزيل بروتين معين في عينات مجمع

 In this study, we describe an effective protocol for use in a multiplexed high-throughput antibody microarray with glycan binding protein detection that ...

Research

JoVE Journal

Biology

Antibody Profiling by Luciferase Immunoprecipitation Systems (LIPS)

Antibody Profiling by Luciferase Immunoprecipitation Systems LIPS

التنميط الضد من قبل أنظمة مناعي Luciferase (الشفاه)

Technologies for comprehensively understanding and quantifying antibody profiles to autoantigens and infectious agents may yield new insights into disease ...

High-Throughput Measurement and Classification of Organic P in Environmental Samples

عالية الإنتاجية قياس وتصنيف ف العضوية في العينات البيئية

Many types of organic phosphorus (P) molecules exist in environmental samples1.  Traditional P measurements do not detect these organic P compounds since ...

Identification and Characterization of Protein Glycosylation using Specific Endo- and Exoglycosidases

تحديد وتوصيف ارتباط بالغليكوزيل باستخدام بروتين معين إندو وexoglycosidases

Glycosylation, the addition of covalently linked sugars, is a major post-translational modification of proteins that can significantly affect processes ...

Profiling Individual Human Embryonic Stem Cells by Quantitative RT-PCR

التنميط الفردية الخلايا الجذعية الجنينية البشرية من خلال الكمي RT-PCR

Heterogeneity of stem cell population hampers detailed understanding of stem cell biology, such as their differentiation propensity toward different ...

Recovery of Adult Zebrafish Hearts for High-throughput Applications

التعافي من اسماك الزرد الكبار قلوب للتطبيقات عالية الإنتاجية

Use of the zebrafish model system for studying development, regeneration, and disease is expanding toward use of adult hearts for cell dissociation and ...

Green Fluorescent Protein-based Expression Screening of Membrane Proteins in Escherichia coli

Green Fluorescent Protein-based Expression Screening of Membrane Proteins in Escherichia coli

الأخضر الفلورسنت القائم على البروتين التعبير فحص غشاء البروتينات في<em&gt; الإشريكية القولونية</em

The production of recombinant membrane proteins for structural and functional studies remains technically challenging due to low levels of expression and ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

الإنتاجية العالية للكشف عن المغيرون الكيميائية من الجينات المشاركة ما بعد transcriptionally الخاضعة للرقابة

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

A Protocol for Functional Assessment of Whole-Protein Saturation Mutagenesis Libraries Utilizing High-Throughput Sequencing

بروتوكول لالتقييم الوظيفي من كامل البروتين التشبع الطفرات المكتبات الاستفادة من الإنتاجية العالية التسلسل

Site-directed mutagenesis has long been used as a method to interrogate protein structure, function and evolution. Recent advances in massively-parallel ...

High-throughput Screening for Protein-based Inheritance in S. cerevisiae

High-throughput Screening for Protein-based Inheritance in S. cerevisiae

الفرز الفائق للإرث القائم على البروتين في سيريفيسيا س.

The encoding of biological information that is accessible to future generations is generally achieved via changes to the DNA sequence. Long-lived ...

TChIP-Seq: Cell-Type-Specific Epigenome Profiling

تشيب-Seq: التنميط Epigenome الخلية-نوع معين

Epigenetic regulation plays central roles in gene expression. Since histone modification was discovered in the 1960s, its physiological and pathological ...