Name: the its2 database
Uploaded: 2012-03-12T13:00:00
Duration: 16 min 17 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about The ITS2 Database at JoVE.com

אנו מתכבדים תודה קבוצה ITS2, Biocenter, אוניברסיטת וורצבורג, על המשוב עשיר ובעל ערך. כמו כן, אנו מודים Forschungsgemeinschaft דויטשה (DFG, מענק Mu-2831/1-1) למימון.

1. ביאור הנכון של רצף ITS2 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> גישה למסד הנתונים ITS2 תולדות הגזע שולחן העבודה כאן: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מתחילים את הניתוח שלך על ידי לחיצה על &quot;הוסף הערות&quot; סמל בסעיף &quot;הגדרות&quot;. לאחר מכן, להקליד או להדביק רצף לתוך עורך את רצף בחלק העליון של האתר. עורך רצף בודק באופן אוטומטי, בין רצפי ITS2 שלך הם חוקיים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר דגם הממ מתאים רצפים שלך (למשל Viridiplantae לצמחים). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התחל את התהליך על ידי לחיצה על &quot;הוסף הערות.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ידי מרחפת על הסמל &quot;להכליא&quot; אתה יכול לראות תמונה של 5.8S ו 28S rRNA היברידית כאישור של דיוק ביאור של הממ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על ירוק בתוספת סימן רצף ITS2 שנוצר כדי לבחור בדרך של חיזוי מבנה משני: כדי לחזות את המבנה ללא templat ידועדואר, לחץ על &quot;לחזות המבנה.&quot; אם ברצונך להשתמש בתבנית משלך עבור מודלים הומולוגיה, לחץ על &quot;מבנה דגם.&quot; </li></ol> 2. חיזוי מבנה שניוני <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחזות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רצף ITS2 המבואר מודבק באופן אוטומטי לתוך עורך את הרצף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להתחיל את התחזית מבנה משני עם הגדרות ברירת המחדל, לחץ על &quot;לחזות מבנים&quot; כפתור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף ITS2 וכתוצאה מכך לרבות המבנה המשני הדמיית לבריכה הנתונים על ידי לחיצה על סימן ירוק בתוספת ולאחר מכן &quot;הוסף לבריכה.&quot; לחלופין, ניתן להוסיף אותו למאגר הנתונים שלך באמצעות גרירה ושחרור (איור 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם הרצף לא יכול לקפל ישירות, התוצאות הטובות ביותר של מודלים הומולוגיה מוצגים. שמור את המתאים ביותר רצף המבנה באמצעות גרור ושחרר למאגר הנתונים. לחלופין, שמור את רצף המבנה לתוך הבריכה נתונים בלחיצת כפתור הימני ולאחר מכן לחצו על &quot;הוסף לבריכה.&quot; </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התאמה אישית דוגמנות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק אחד או מספר רב של תבניות (עם מבנה ידוע) לתוך עורך את רצף העליון. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק אחד או מספר היעד רצפים (ללא מבנה) לתוך עורך את רצף נמוכים יותר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;תבנית הטובה ביותר לחזות (ים)&quot; להתחיל דוגמנות הומולוגיה עם הגדרות ברירת המחדל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הטובים ביותר תבנית היעד שילובים מוצגים ברשימה הנוצרת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור עיצבו רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי קליק ימין לחצו על &quot;הוסף לבריכה.&quot; </li></ol></li></ol> 3. מוטיב חיפוש <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להקליד או להדביק רצף השאילתה (ים) לתוך עורך את רצף בחלק העליון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר את דגם הממ נכונה (למשל Viridiplantae לצמחים). 3.3. לחץ על &quot;חיפוש מוטיב&quot; כדי להתחיל את התהליך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ITS2 רצפים עם מוטיבים הן מודגשות illustraטד בחלק התחתון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על הסמל ליד הכותרת ברצף כדי להציג את המוטיבים מודגשים במבנה משני. </li></ol> 4. חיפוש ועיון ב <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיפוש <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סוג או שם taxon או מזהה GenBank (GI) בשדה החיפוש בחלק העליון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיפוש לפי שם taxon נתמך על ידי תיבת החיפוש מופיעה לייב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ניתן לבצע חיפוש מרובים באמצעות פסיק, המפריד בין השאילתות שלך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;חיפוש&quot; על מנת לבצע את החיפוש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התוצאות מופיעות ברשימה בכרטיסיה חדשה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על שם העמודה כדי למיין את התוצאות לפי עמודה מסוימת. אתה יכול גם להוסיף או להסיר עמודות על פי בחירתך עם תפריט העמודה. תפריט עמוד ניתן להזין בלחיצה על סמל החץ המופיע בתוך שם העמודה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;הצג פרטים&quot; כדי להציג את הפרטים של מבנה רצף. &lt;/ Li&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;שמור בחירה&quot; או &quot;שמור הכל.&quot; </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדפדף <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עיון במאגר ITS2 ידי ניווט באמצעות מבנה עץ דמוי בצד שמאל של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על סימן פלוס להציג מינים 1 לרמה נמוכה יותר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על שם taxon כדי לפתוח כרטיסייה חדשה המכילה כל רצף המבנה של taxon. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;הצג פרטים&quot; כדי להציג את הפרטים של זוג רצף המבנה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;שמור בחירה&quot; או &quot;שמור הכל.&quot; </li></ol></li></ol> 5. ITS2 הפיצוץ<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק רצפים בשאילתה אחת או יותר לתוך עורך את הרצף. רצפים שלך יכולים להיות רצפי נוקליאוטידים רגיל או רצף, מבנה בזוגות. ניתן גם להקליד מספר מבנים משניים מתחת רצף אחד. על ידי סימון התיבה &quot;מסדר אלמנטים רצפים XXFASTA&quot; מבנים אלה משמשים לאחר מכן כמו שאילתות בודדים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להתחיל תפציץ עם הגדרות ברירת המחדל, לחץ על &quot;פיצוץ&quot;. בהתאם לאופי של השאילתה שלך, או BLASTN משותפת או ITS2 רצף המבנה תפציץ מתבצע. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כרטיסיית המשנה נפתח עבור כל רצף שאילתה בתוך המופיעים טאב &quot;תוצאות הפיצוץ&quot;, כמו גם סקירה של החיפושים שבוצעו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;יישור הצג&quot; כדי להציג את יישור הפיצוץ מחושבים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את המכות הפיצוץ על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על הבחירה שמור &quot;&quot;או&quot; שמור הכל. &quot; </li></ol> 6. יישור מרובות רצף המבנה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תסתכל על הבריכה הנתונים שלך על ידי לחיצה על &quot;ניהול מערך נתונים&quot; ואז סמל זכוכית המגדלת ממש ליד מספר רצפים בבריכה שלך. לחלופין, ניתן ללחוץ על סימן נתונים בריכה בפינה השמאלית התחתונה של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על זוג רצף המבנה בבריכה הנתונים כדי להציג את פרטיו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי ליצור מספר רב של יישור רצף המבנה של כל רצף מבנה זוגות בבריכה, לחץ על &quot;בסיס הנתונים נתח&quot; ואז &quot;רצף &amp; מבנה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עכשיו אתם מתבקשים לבחור את מצב גרפי של יישור שלך. אם יישור שלך מכיל רק כמה רצפים, לדחות את מצב הדק על ידי לחיצה על &quot;לא&quot; אחרת לבחור את מצב הגרפיקה רזה על ידי לחיצה על &quot;כן.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בעוד כמה רגעים, יישור שלך מוצג בכרטיסיה חדשה (איור 2). יתר על כן, הוא נשמר באופן אוטומטי למאגר הנתונים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור אתיישור לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;יישור שמור&quot;. </li></ol> 7. עץ פילוגנטי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לחשב שכן רצף המבנה מבוסס הצטרפות עץ יישור מרובות, לחץ על &quot;בסיס הנתונים נתח&quot; ואז &quot;שכן ההצטרפות.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עץ וכתוצאה מכך באה לידי ביטוי בכרטיסיה חדשה (איור 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סולם העץ שלך בחופשיות עם פס גלילה &quot;עץ זום&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Reroot שלך העץ על ידי לחיצה על הצומת או עלה של עץ ואז &quot;Reroot בצומת זה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם אתה רוצה להסיר taxon ממאגר הנתונים שלך, לחץ על עלה ובחר &quot;הסרה של node זה לבריכה.&quot; עכשיו אתה יכול לחשב מחדש יישור שלך עץ עם הדגימה taxon מופחת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;עץ שמור&quot; כדי לשמור עץ פילוגנטי שלך כתוצאה הסופית של הניתוח שלך לקובץ NEWICK חיצוני. </li></ol> 8. תוכנה נוספת <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;אתר זה אודות&quot; - &quot;כלי&quot; כדי למצוא נוספת להודיעation על 4SALE כלי עצמאי ו ProfDistS. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לצד יישור ותפקוד שכן ההצטרפות שמספקת ממשק מסד נתונים ITS2 האינטרנט, עכשיו אתה יכול לגשת פונקציות חדשות שונות, למשל תיחום המינים המבוססת על שינויים בסיס פיצוי (CBCs). </li></ol> 9. נציג תוצאות העבודה כמתואר לעיל בהצלחה הוחל במספר סקרים גישה פתוחות 3,4. דוגמאות ניתן לראות דרך הקישורים הבאים: <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info% 3Adoi% 2F10.1371% 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> אלה מחקרים בקנה מידה גדול, היינו יכולים לפתור את תולדות הגזע של Chlorophyta וכן Hypnales (Bryophyta) Wברזולוציה גבוהה ith. בשני המקרים, הדגימה taxon ממצה נאסף מתוך מסד נתונים ITS2 9, מיושר אוטומטית עם 4SALE 15,16 ומעובד ולבסוף ידי ProfDistS 17 לתוך עץ פילוגנטי. בכל השלבים הללו, רצף ומידע המבנה שימשו בעת ובעונה אחת. תמיכה bootstrap על עמוד השדרה פילוגנטי הושגה באמצעות שכן פרופיל ההצטרפות (PNJ) 19, אשר זמין בגירסה עצמאית של ProfDistS. עבור קבוצה קטנה יותר של רצף, מבנה זוגות, דמויות 1 עד 3 מתארים את השלבים העיקריים של זרימת עבודה זו אוטומטי 5 ישירות על שולחן העבודה ITS2 חדש מסד נתונים: הדגימה taxon, יישור מספר רצף המבנה, ובסופו של דבר את החישוב עץ פילוגנטי. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="איור 1" /> באיור 1. הדגימה Taxon לכל גרירה ושחרור. בכל רצפים זמן או רצף structur<html> זוגות אלקטרוני ניתן להוסיף למאגר הנתונים, למשל באמצעות גרירה ושחרור. כאן רצף, מבנה נוסף באמצעות גרור ושחרר לאחר חיזוי המבנה המשני. האליפסה הכחולה מסמנת את המקום בו רצף המבנה הוא ירד אל תוך בריכת נתונים. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">לחץ כאן כדי לצפות בגרסה בגודל מלא של התמונה.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="איור 2" /> איור 2. יישור מרובות רצף המבנה במצב גרפי מלא. במשך כמה רצפים במאגר הנתונים, מצב גרפי מלא נבחר. בסיסים הם בצבע, זוגות בסיסים יכולים להיות מודגשים עם עיגולים אדומים על ידי לחיצה על בסיס אחד או סוגר צמד הבסיס. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">לחץ כאן כדי לצפות בגרסה בגודל מלא של התמונה.</a> &quot;Alt =&quot; 3.jpg איור 3 &quot;/&gt; 3. איור רצף המבנה שכן ההצטרפות עץ. עץ מדרגי בחופשיות מחושב של יישור 7 מינים מרובים רצף המבנה ניתן לשמור בפורמט NEWICK.

<ol>
	<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees.">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li><li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., M&#252;ller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+&#40;ITS2&#41;+throughout+the+Eukaryota.">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 &#40;ITS2&#41; throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li><li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Internal+Transcribed+Spacer+2+(nu+ITS2+rRNA)+Sequence-Structure+Phylogenetics:+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life.">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li><li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+(Bryophyta)+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data.">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li><li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics:+a+how-to+manual+for+molecular+systematics.">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons.">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence.">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li><li>M&#252;ller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinguishing+species.">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li><li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny.">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation.">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li><li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GenBank.">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li><li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization.">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li><li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homology+modeling+revealed+more+than+20,000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+(ITS2)+secondary+structures.">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li><li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST:+a+new+generation+of+protein+database+search+programs.">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE.">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing.">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li><li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProfDistS:(profile-)+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments.">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li><li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+neighbor-joining+method:+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees.">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li><li>M&#252;ller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances:+a+study+of+the+Chlorophyceae+(Chlorophyta.">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li><li>Ludwig, W. o. l. f. g. a. n. g. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ARB:+a+software+environment+for+sequence+data.">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li><li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobyle:+a+new+full+web+bioinformatics+framework.">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li><li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny.">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li><li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+trees+from+DNA+sequences:+a+maximum+likelihood+approach.">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li></ol>

אין ניגוד עניינים הצהיר.

מאגר ITS2 הוא שולחן העבודה שלם ומתפקד באופן מלא עבור פנימיים תמלילי 2 נוספות Spacer רצף המבנה מבוסס phylogenetics. באתר ניתן להפעלה מאוד מהירה ואינטואיטיבית. בעוד אחרים מבוססי אינטרנט כמו שולחנות עבודה תולדות הגזע ARB 20 או 21 Mobyle הם רק מסוגלים לעבוד על רצף ו / או מבנה מידע קונצנזוס, מסד נתונים ITS2 9 רואה רצפים ומבנים משניים בודדים עבור כל taxon בו זמנית. עם זאת, בשל מגבלות ביכולת החישוב של שרת האינטרנט, מומלץ מאוד להשתמש עצמאיים כלים יישור שכן מספר רב של הצטרפות 18 החישוב, 4SALE 15,16 ו ProfDistS 17, בהתאמה, על מערכי נתונים גדולים. לצד העבודה הבסיסית רצף המבנה ITS2 תולדות הגזע 5, כלים אלה כוללים פונקציות נוספות אחדות, כמו חישוב bootstrap משכפל, שכן פרופיל ההצטרפות (PNJ) 19 או גזעתיחום זה מבוסס על שינויים בסיס פיצוי (CBCs) 8. ניתן לגשת דרך &quot;אודות האתר&quot; - בסעיף &quot;הגדרות&quot; להורדה ומידע מפורט. כדי להשתמש 4SALE ו ProfDistS, יש צורך תמיד להביא את הקבצים לפורמט המתאים. Taxon הדגימה להיות מעובד על ידי 4SALE חייב להיות סוף. Fasta או. Txt, בעוד יישור רצף המבנה כקלט עבור ProfDistS חייב להסתיים. Xfasta. כרגע אנחנו ביישום שיטות חלופיות לשיקום עץ פילוגנטי באתר ITS2 כמו גם את הכלים בנושא. לכן, שיטות כמו החסכנות רצף מבנה המבוסס על מקסימום 22 ו / או סבירות מקסימום 23 יהיה נגיש בעתיד.

<html><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> גישה לאינטרנט </td><td></td><td> רצוי במהירות גבוהה </td></tr><tr><td> ITS2 מסד נתונים 9 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> אתר אינטרנט: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> תוכנה: 4SALE 15,16 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> הורדה: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> תוכנה: ProfDistS 17 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> להורדה:Ni-wuerzburg.de / &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

the its2 database

Spacer עיבד פנימי 2 (ITS2) שימש כסמן פילוגנטי במשך יותר משני עשורים. כמו ITS2 המחקר התמקד בעיקר רצף ITS2 משתנה מאוד, זה מוגבל זה סמן ברמה נמוכה phylogenetics בלבד. עם זאת, שילוב של רצף ITS2 ומבנה שמור ביותר שלה משני משפרת את הרזולוציה פילוגנטי 1 ומאפשרת מסקנה פילוגנטי על הדרגות טקסונומיות מרובות, כולל תיחום מינים 2-8. מאגר ITS2 9 מציג מערך נתונים מקיף של פנימיות 2 רצפים תמלילי הודעות Spacer מ צמח השדה GenBank 11 reannotated במדויק 10. בעקבות ביאור ידי מודלים פרופיל מוסתרים מרקוב (HMMs), המבנה המשני של כל רצף הוא ניבא. ראשית, נבחן האם אנרגיה מינימלית המבוססת פי 12 (פי ישירה) תוצאות הקונפורמציה, נכון סליל 4. אם זה לא המקרה, המבנה הואניבא על ידי מודלים הומולוגיה 13. בדוגמנות הומולוגיה, מבנה משני ידוע כבר מועבר רצף אחר ITS2, מבנה משני, אשר לא היה מסוגל להתקפל כראוי פי ישירה. מאגר ITS2 הוא לא רק מסד נתונים לאחסון ואחזור של ITS2 רצף מבנים. הוא גם מספק מספר כלים לעיבוד ITS2 משלך רצפים, כולל חיזוי, ביאור מבנית, זיהוי מוטיב ו 14 תפציץ חיפוש מידע על רצף המבנה גם יחד. יתר על כן, משלב גרסאות גזומים של 4SALE 15,16 ו 17 ProfDistS לצורך חישוב רצף מבנה רב יישור שכן ההצטרפות 18 שחזור עץ. יחד הם יוצרים צינור ניתוח קוהרנטי מתוך סדרה ראשונית של רצפים על תולדות הגזע מבוסס על רצף ומבנה משני. בקיצור, זה מפשט את שולחן העבודה ניתוח פילוגנטי הראשונים בלבדכמה לחיצות עכבר, בעוד בנוסף מתן כלים ונתונים עבור בקנה מידה גדול ניתוחים מקיפים.

Watch this Scientific Journal Video about The ITS2 Database at JoVE.com

The ITS2 Database

מאגר ITS2 הוא שולחן העבודה של רצף היקש פילוגנטי בו זמנית בהתחשב ומבנה משני spacer עיבד פנימית 2. זה כולל איסוף נתונים עם ביאור מדויק, חיזוי מבנה, יישור מרובות ברצף, מבנה עץ חישוב מהיר. בקיצור, זה מפשט את שולחן העבודה ניתוח פילוגנטי הראשונים כמה קליקים.

מאגר ITS2

The internal transcribed spacer 2 (ITS2) has been used as a phylogenetic marker for more than two decades.  As ITS2 research mainly focused on the very ...

Research

JoVE Journal

Biology

Photobleaching Assays (FRAP &amp; FLIP) to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

Photobleaching Assays FRAP & FLIP to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

מבחני photobleaching (FRAP &amp; FLIP) כדי למדוד Dynamics חלבון הכרומטין בתוך החיים בתאי גזע עובריים

Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) enable the study of protein dynamics in living cells with ...

Detection of Nitric Oxide and Superoxide Radical Anion by Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy from Cells using Spin Traps

זיהוי של תחמוצת החנקן אניון קיצוני superoxide ידי ספקטרוסקופיה פאראמגנטיים אלקטרונים תהודה בין תאים באמצעות מלכודות ספין

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in ...

Isolation of Neonatal Extrahepatic Cholangiocytes

בידוד של ילודים extrahepatic Cholangiocytes

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, ...

Isolation of Murine Valve Endothelial Cells

בידוד של תאי Murine Valve האנדותל

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and ...

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment (Kartchner Caverns, AZ, USA)

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment Kartchner Caverns, AZ, USA

השימוש בMALDI-TOF המוני ספקטרומטריית ומסד נתונים מותאמים אישית לאפיון חיידקים ילידים למערת סביבה ייחודית (Kartchner מערות, AZ, ארה&quot;ב)

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, ...

Imaging Spatial Reorganization of a MAPK Signaling Pathway Using the Tobacco Transient Expression System

הדמית ארגון מחדש מרחבית של מסלול איתות MAPK שימוש במערכת הביטוי החולפת הטבק

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular ...

Visualization and Quantification of Mesenchymal Cell Adipogenic Differentiation Potential with a Lineage Specific Marker

ויזואליזציה, כימות פוטנציאל בידול Adipogenic תא Mesenchymal עם סמן ספציפי שושלת היוחסין

Several dyes are currently available for use in detecting differentiation of mesenchymal cells into adipocytes. Dyes, such as Oil Red O, are cheap, easy ...

Adipo-Clear: A Tissue Clearing Method for Three-Dimensional Imaging of Adipose Tissue

Adipo-ברור: רקמה ניקוי שיטה עבור הדמיה תלת-ממדית של רקמת שומן

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte ...

A Labor-saving and Repeatable Touch-force Signaling Mutant Screen Protocol for the Study of Thigmomorphogenesis of a Model Plant Arabidopsis thaliana

A Labor-saving and Repeatable Touch-force Signaling Mutant Screen Protocol for the Study of Thigmomorphogenesis of a Model Plant Arabidopsis thaliana

שמירת עבודה והמשך המגע הכוח איתות פרוטוקול המסך מוטציה למחקר של Thigmomorphogenesis של צמח המודל Arabidopsis thaliana

Plants responding to both intracellular and extracellular mechanical stimulations (or force signals) and develop special morphological changes, a called ...

Pupal and Adult Injections for RNAi and CRISPR Gene Editing in Nasonia vitripennis

Pupal and Adult Injections for RNAi and CRISPR Gene Editing in Nasonia vitripennis

זריקות פואפאל ומבוגרים לעריכת גנים RNAi ו- CRISPR בנסוניה ויטריפניס

The jewel wasp, Nasonia vitripennis, has become an efficient model system to study epigenetics of haplo-diploid sex determination, B-chromosome biology, ...