Name: the its2 database
Uploaded: 2012-03-12T13:00:00
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हम cordially समूह ITS2, में Biocenter, विश्वविद्यालय वुर्जबर्ग, अमीर और बहुमूल्य राय के लिए धन्यवाद. वित्त पोषण के लिए, हम भी ड्यूश Forschungsgemeinschaft (अनुदान Mu-2831/1-1 DFG) धन्यवाद.

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	<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees.">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li><li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., M&#252;ller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+&#40;ITS2&#41;+throughout+the+Eukaryota.">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 &#40;ITS2&#41; throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li><li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Internal+Transcribed+Spacer+2+(nu+ITS2+rRNA)+Sequence-Structure+Phylogenetics:+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life.">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li><li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+(Bryophyta)+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data.">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li><li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics:+a+how-to+manual+for+molecular+systematics.">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons.">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence.">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li><li>M&#252;ller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinguishing+species.">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li><li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny.">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation.">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li><li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GenBank.">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li><li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization.">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li><li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homology+modeling+revealed+more+than+20,000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+(ITS2)+secondary+structures.">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li><li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST:+a+new+generation+of+protein+database+search+programs.">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE.">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing.">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li><li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProfDistS:(profile-)+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments.">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li><li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+neighbor-joining+method:+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees.">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li><li>M&#252;ller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances:+a+study+of+the+Chlorophyceae+(Chlorophyta.">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li><li>Ludwig, W. o. l. f. g. a. n. g. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ARB:+a+software+environment+for+sequence+data.">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li><li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobyle:+a+new+full+web+bioinformatics+framework.">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li><li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny.">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li><li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+trees+from+DNA+sequences:+a+maximum+likelihood+approach.">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li></ol>

ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.

ITS2 धन्यवाद आंतरिक लिखित स्पेसर 2 अनुक्रम संरचना आधारित phylogenetics के लिए एक पूर्ण और पूरी तरह कार्यात्मक कार्यक्षेत्र है. वेबसाइट बहुत तेजी से और intuitively से संचालित किया जा सकता है. जबकि अन्य वेब आधारित फाइलोजेनी workbenches 20 एआरबी या Mobyle 21 की तरह केवल अनुक्रम और / या आम सहमति संरचना जानकारी पर काम कर रहे हैं, ITS2 9 डाटाबेस प्रत्येक टैक्सोन के लिए और दृश्यों व्यक्तिगत माध्यमिक संरचनाओं के साथ ही समझता है. हालांकि, वेब सर्वर के कम्प्यूटेशनल क्षमता में सीमाओं के कारण, यह अत्यधिक कई संरेखण और 18 गणना में शामिल 15,16 4SALE और ProfDistS 17, क्रमशः बड़े डेटासेट लिए, पड़ोसी के लिए खड़े अकेले उपकरण का उपयोग की सिफारिश की है. बुनियादी ITS2 अनुक्रम संरचना फाइलोजेनी 5 वर्कफ़्लो के अलावा, इन उपकरणों के कई अतिरिक्त कार्यों की सुविधा, जैसे गणना बूटस्ट्रैप प्रतिकृति, प्रोफाइल पड़ोसी (PNJ) 19 या नकदी में शामिल होनेहै परिसीमन प्रतिपूरक आधार परिवर्तन 8 (CBCS) पर आधारित. &quot;उपकरण&quot; डाउनलोड और विस्तृत जानकारी के लिए खंड - वे &quot;इस वेबसाइट के बारे में&quot; के माध्यम से पहुँचा जा सकता है. को 4SALE और ProfDistS उपयोग करने के लिए, यह आवश्यक है हमेशा सही प्रारूप में फाइलों को लाने के लिए. एक नमूना टैक्सोन को 4SALE द्वारा संसाधित किया जा समाप्त fasta या. Txt का समर्थन करता है, संरेखण ProfDistS के लिए एक निवेश के रूप में अनुक्रम संरचना जबकि xfasta. के साथ समाप्त होना चाहिए. चाहिए. वर्तमान में हम ITS2 डेटाबेस में के रूप में के रूप में अच्छी तरह से संबंधित उपकरणों में वंशावली पेड़ के पुनर्निर्माण के लिए वैकल्पिक तरीकों को लागू कर रहे हैं. इस प्रकार, जैसे अनुक्रम संरचना के आधार पर अधिकतम 22 कृपणता और / या अधिकतम 23 संभावना तरीकों भविष्य में सुलभ हो जाएगा.

<html><table border="1"><tbody><tr><td> अभिकर्मक का नाम </td><td> कंपनी </td><td> टिप्पणियाँ </td></tr><tr><td> इंटरनेट का उपयोग </td><td></td><td> अधिमानतः उच्च गति </td></tr><tr><td> ITS2 9 धन्यवाद </td><td> जैव सूचना विज्ञान विभाग, विश्वविद्यालय वुर्जबर्ग </td><td> वेबसाइट: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> सॉफ्टवेयर: 15,16 4SALE है </td><td> जैव सूचना विज्ञान विभाग, विश्वविद्यालय वुर्जबर्ग </td><td> डाउनलोड: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> सॉफ्टवेयर: ProfDistS 17 </td><td> जैव सूचना विज्ञान विभाग, विश्वविद्यालय वुर्जबर्ग </td><td> डाउनलोड:नी - wuerzburg.de &quot;लक्ष्य =&quot; / &quot;_blank&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

the its2 database

आंतरिक लिखित 2 स्पेसर (ITS2) के अधिक से अधिक दो दशकों के लिए किया गया है एक वंशावली मार्कर के रूप में इस्तेमाल किया. ITS2 अनुसंधान के रूप में मुख्य रूप से बहुत चर ITS2 के दृश्य पर ध्यान केंद्रित, यह केवल निम्न स्तर phylogenetics इस मार्कर सीमित है. हालांकि, ITS2 अनुक्रम और अपने अत्यधिक संरक्षित माध्यमिक संरचना के संयोजन वंशावली 1 संकल्प में सुधार और प्रजातियों 2-8 परिसीमन सहित कई वर्गीकरण रैंक, वंशावली निष्कर्ष की अनुमति देता है. ITS2 9 डेटाबेस NCBI 11 GenBank सही reannotated 10 से आंतरिक लिखित स्पेसर दो दृश्यों की संपूर्ण डाटासेट प्रस्तुत करता है. प्रोफ़ाइल हिडन मार्कोव मॉडल (HMMs) द्वारा एक टिप्पणी के बाद, प्रत्येक अनुक्रम के माध्यमिक संरचना की भविष्यवाणी की है. सबसे पहले, यह है कि एक न्यूनतम ऊर्जा आधारित गुना 12 (प्रत्यक्ष गुना) के परिणाम सही, चार हेलिक्स रचना में परीक्षण किया है. यदि यह मामला नहीं है, संरचना हैअनुरूपता 13 मॉडलिंग ने भविष्यवाणी की है. अनुरूपता मॉडलिंग में, एक पहले से ही ज्ञात माध्यमिक संरचना अन्य ITS2 अनुक्रम करने के लिए स्थानांतरित कर रहा है, जिसका माध्यमिक संरचना एक प्रत्यक्ष गुना में सही ढंग से गुना में सक्षम नहीं था. ITS2 धन्यवाद न केवल भंडारण और ITS2 - अनुक्रम संरचनाओं की बहाली के लिए एक डेटाबेस है. यह भी कई उपकरण प्रदान करने के लिए एनोटेशन, संरचनात्मक भविष्यवाणी, आकृति का पता लगाने और ब्लास्ट संयुक्त जानकारी अनुक्रम संरचना पर 14 खोज सहित खुद ITS2 दृश्यों, प्रक्रिया. इसके अलावा, यह से 15,16 4SALE छंटनी संस्करणों को एकीकृत करता है और कई संरेखण अनुक्रम संरचना गणना और पड़ोसी 18 पेड़ पुनर्निर्माण में शामिल होने के लिए 17 ProfDistS. साथ में वे दृश्यों का एक आरंभिक सेट से एक सुसंगत विश्लेषण एक अनुक्रम और माध्यमिक संरचना के आधार पर फाइलोजेनी पाइपलाइन के रूप में. संक्षेप में, इस कार्यक्षेत्र केवल पहली वंशावली विश्लेषण सरलकुछ माउस क्लिक करता है, जबकि अतिरिक्त उपकरणों और व्यापक बड़े पैमाने पर विश्लेषण के लिए डेटा प्रदान.

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The ITS2 Database

ITS2 धन्यवाद वंशावली अनुमान एक साथ विचार अनुक्रम और आंतरिक लिखित 2 स्पेसर की माध्यमिक संरचना के लिए एक कार्यक्षेत्र है. यह सही एनोटेशन, संरचना भविष्यवाणी, एकाधिक अनुक्रम संरचना संरेखण और तेजी से पेड़ गणना के साथ डेटा संग्रह में शामिल हैं. संक्षेप में, इस कार्यक्षेत्र कुछ ही क्लिक करने के लिए पहली वंशावली विश्लेषण सरल है.

ITS2 धन्यवाद

The internal transcribed spacer 2 (ITS2) has been used as a phylogenetic marker for more than two decades.  As ITS2 research mainly focused on the very ...

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