Name: microrna detection in prostate tumors by quantitative real-time pcr (qpcr)
Uploaded: 2012-05-16T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR qPCR at JoVE.com

この作品は、カナダの癌協会研究所、助成金なしで資金を供給された。 019038。

<html> 1。前立腺のサンプルコレクション<ol><li>前立腺全摘除術時の前立腺のサンプルを収集します。標本は解剖学的ランドマークを用いて配向されている。前立腺と精嚢は、次のように描かれています。右側の緑、左側の青。 </li><li>前立腺のランダムな横方向の中央部には、直腸表面に垂直に撮影し、液体窒素中で凍結し、-80°C 9で保存されています。 </li><li>検体のバンクスライス?...

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	<li>Reinhart, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+in+plants.">MicroRNAs in plants.</a> Genes Dev. 16, 1616-1616 (2002).</li><li>Xu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Drosophila+microRNA+Mir-14+suppresses+cell+death+and+is+required+for+normal+fat+metabolism.">The Drosophila microRNA Mir-14 suppresses cell death and is required for normal fat metabolism.</a> Curr. Biol. 13, 790 (2003).</li><li>Bueno, M. J., Perez, d. e. C. a. s. t. r. o., I, ., Malumbres, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+cell+proliferation+pathways+by+microRNAs.">Control of cell proliferation pathways by microRNAs.</a> Cell Cycle. 7, 3143-3143 (2008).</li><li>Friedman, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Most+mammalian+mRNAs+are+conserved+targets+of+microRNAs.">Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs.</a> Genome Res. 19, 92 (2009).</li><li>Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs:+genomics,+biogenesis,+mechanism,+and+function.">MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function.</a> Cell. 116, 281-281 (2004).</li><li>Croce, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Causes+and+consequences+of+microRNA+dysregulation+in+cancer.">Causes and consequences of microRNA dysregulation in cancer.</a> Nat. Rev. Genet. 10, 704 (2009).</li><li>Coppola, V., De, M. R., Bonci, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+and+prostate+cancer.">MicroRNAs and prostate cancer.</a> Endocr. Relat. Cancer. 17, 1-1 (2010).</li><li>Gordanpour, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miR-221+Is+down-regulated+in+TMPRSS2:ERG+fusion-positive+prostate+cancer.">miR-221 Is down-regulated in TMPRSS2:ERG fusion-positive prostate cancer.</a> Anticancer Res. 31, 403-403 (2011).</li><li>Nam, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+the+TMPRSS2:ERG+fusion+gene+predicts+cancer+recurrence+after+surgery+for+localised+prostate+cancer.">Expression of the TMPRSS2:ERG fusion gene predicts cancer recurrence after surgery for localised prostate cancer.</a> Br. J. Cancer. 97, 1690 (2007).</li><li>Ambs, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+profiling+of+microRNA+and+messenger+RNA+reveals+deregulated+microRNA+expression+in+prostate+cancer.">Genomic profiling of microRNA and messenger RNA reveals deregulated microRNA expression in prostate cancer.</a> Cancer Res. 68, 6162 (2008).</li><li>Liu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microRNA+miR-34a+inhibits+prostate+cancer+stem+cells+and+metastasis+by+directly+repressing+CD44.">The microRNA miR-34a inhibits prostate cancer stem cells and metastasis by directly repressing CD44.</a> Nat. Med. 17, 211 (2011).</li></ol>

正常組織10に比較した場合、いくつかのmiRNAの異常な表現が一貫して前立腺腫瘍で発見されており、これらのmiRNAのいくつかは、前立腺癌11に対する潜在的な新規治療薬として名指しされている。したがって、miRNAの異常な発現レベルは、有用な診断および/または予後バイオマーカーにすることができます。ここで紹介するリアルタイム定量PCR手法は、前立腺腫瘍組織におけるm...

<table border="1"><tbody><tr><td> 試薬の名前 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td></tr><tr><td> TRIzol試薬</td><td>インビトロジェン</td><td> 15596 </td></tr><tr><td> miScript逆転写キット</td><td>キアゲン</td><td> 218061 </td></tr><tr><td> miScriptプライマーアッセイ</td><td>キアゲン</td><td>特定の実験</td></tr><tr><td> miScript SYBRグリーンPCRキット</td><td>キアゲン</td><td> 218073 </td></tr><tr><td>ライトサイクラー3.5リアルタイムPCRシステム</td><td>ロシュ社</td><td></td></tr><tr><td>ライトサイクラーキャピラリー</td><td>ロシュ社</td><td> 04929292001 </td></tr><tr><td>光度計1000分光光度計</td><td>サーモフィッシャーサイエンティフィック</td><td> 2538 </td></tr><tr><td> Agilent 2100バイオアナライザ</td><td> G2943CA </td><td></td></tr></tbody></table>

microrna detection in prostate tumors by quantitative real-time pcr (qpcr)

マイクロRNA（miRNA）は、一本鎖、18から24ヌクレオチド長、非コーディングRNA分子である。彼らは、開発1、アポトーシス2、および細胞周期の調節3を含むほぼすべての細胞プロセスに関与している。 miRNAはそのターゲットメッセンジャーRNA（mRNA）5に結合することにより、ヒト遺伝子の30％〜90％4の発現を調節すると推定されている。 miRNAの広範囲の調節不全は、様々な疾患や癌のサブタイプ6で報告されています。その有病率とユニークな構造により、これらの小分子は、バイオマーカー、治療薬および/またはターゲットの次の世代になる可能性があります。 miRNAの発現を調べるために使われるメソッドは、SYBR Green I色素をベースと同様のTaqManプローブベース定量PCRが含まれています。 miRNAが効率的に臨床の現場で使用する場合は、それが新鮮な、そして/または、アーカイブされた臨床検体での検出は、正確な再現性、およびspであることが不可欠であるecific。定量PCRは、広くこのようなマイクロアレイ研究7などの全ゲノム解析におけるmiRNAの発現を検証するために使用されています。このプロトコルで使用されているサンプルは、臨床的限局性前立腺癌に対する根治的前立腺摘除術を施行した患者からのものであった。しかし、他の組織や細胞株は、切除した後に液体窒素で瞬間凍結した前立腺標本インチ置換することができます。臨床的変数とそれぞれの患者のフォローアップ情報は、その後の分析8に収集した。 前立腺腫瘍サンプル中のmiRNAレベルの定量化 。腫瘍の定量PCR解析の主な手順は次のとおりです。トータルRNA抽出、cDNA合成、およびmiRNA特異的プライマーを用いた定量PCR産物の検出。 mRNAは、miRNAの、および他のsmall RNAを含むトータルRNAは、TRIzol試薬を用いて検体から抽出した。キアゲンのmiScriptシステムはcDNAを合成し、定量PCR（ 図1）を実行するために使用されていました。内因性miRNAはPOではありません逆転写の過程で、したがって、lyadenylated、ポリ（A）ポリメラーゼがmiRNAをpolyadenylates。 miRNAはオリゴdTと逆転写酵素を用いてcDNAを合成するためのテンプレートとして使用されています。 oligo-dTプライマーの5 &#39;末端に普遍的なタグ配列は、PCRのステップでcDNAの増幅を容易にします。 PCR産物の増幅は、SYBRグリーン、二本鎖DNAにインターカレート色素が発する蛍光のレベルで検出されます。ユニバーサルタグ配列に結合するユニバーサルプライマーと一緒に特定のmiRNAのプライマーは、特定のmiRNAの配列を増幅します。 miScriptプライマーアッセイは、千以上の人間に固有のmiRNA、およびマウス固有のmiRNAの何百もご利用いただけます。相対定量法はmiRNAの発現を定量化するためにここで使用されていました。異なるサンプル間のばらつきを補正するために、ターゲットのmiRNAの発現レベルは、基準遺伝子の発現レベルに正規化されています。 GEの選択ターゲットの表現を正規化するのNEは、分析の相対定量法では非常に重要です。彼らは安定してほとんどのサンプルを越えて発現していることが考えられているとして、通常、この容量で使用されているリファレンス遺伝子の例としては、RNU6B、RNU44、とRNU48の小さなRNAである。このプロトコルでは、RNU6Bを参照遺伝子として使用されます。

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MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR qPCR

定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（定量PCR）は、腫瘍サンプル中の様々なマイクロRNA（miRNA）分子の発現レベルを調査するために迅速かつ高感度な方法です。異なるmiRNA分子の何百ものこのメソッド式を使用して、増幅定量化し、同じcDNAをテンプレートから分析することができます。

定量的リアルタイムPCR（定量PCR）による前立腺腫瘍におけるマイクロRNAの検出

MicroRNAs (miRNAs) are single-stranded, 18&#x2013;24 nucleotide long, non-coding RNA molecules. They are involved in virtually every cellular process ...

Research

JoVE Journal

Medicine

MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR (qPCR)

Multispectral Real-time Fluorescence Imaging for Intraoperative Detection of the Sentinel Lymph Node in Gynecologic Oncology

婦人科腫瘍におけるセンチネルリンパ節の術中検出のためのマルチスペクトルのリアルタイム蛍光イメージング

The prognosis in virtually all solid tumors depends on the presence or absence of lymph node metastases.1-3 Surgical treatment most often combines radical ...

医学

A Real-time Electrical Impedance Based Technique to Measure Invasion of Endothelial Cell Monolayer by Cancer Cells

癌細胞による内皮細胞単層の侵入を測定するリアルタイム電気インピーダンス基づく手法

Metastatic dissemination of malignant cells requires degradation of basement membrane, attachment of tumor cells to vascular endothelium, retraction of ...

Evaluation of Nanoparticle Uptake in Tumors in Real Time Using Intravital Imaging

生体内イメージングを使ってリアルタイムで腫瘍におけるナノ粒子の取り込みの評価

Current technologies for tumor imaging, such as ultrasound, MRI, PET and CT, are unable to yield high-resolution images for the assessment of nanoparticle ...

Detection and Genogrouping of Noroviruses from Children's Stools By Taqman One-step RT-PCR

のTaqManワンステップRT-PCR法によるキッズスツールからノロウイルスの検出とGenogrouping

Noroviruses (NoVs) are the leading cause of outbreaks of sporadic acute gastroenteritis worldwide in humans of all ages. They are important cause of ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

定量的免疫蛍光法を用いて腫瘍におけるタンパク質発現の不均一性のマッピング

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

Identification of Sleeping Beauty Transposon Insertions in Solid Tumors using Linker-mediated PCR

Identification of Sleeping Beauty Transposon Insertions in Solid Tumors using Linker-mediated PCR

の同定<em&gt;眠れる森の美女</emリンカ媒介PCRを用いた固形腫瘍&gt;トランスポゾン挿入

Genomic, proteomic, transcriptomic, and epigenomic analyses of human tumors indicate that there are thousands of anomalies within each cancer genome ...

Movement Retraining using Real-time Feedback of Performance

パフォーマンスのリアルタイムのフィードバックを使用して再教育運動

Any modification of movement - especially movement patterns that have been honed over a number of years - requires re-organization of the neuromuscular ...

Using Quantitative Real-time PCR to Determine Donor Cell Engraftment in a Competitive Murine Bone Marrow Transplantation Model

競争力のあるマウス骨髄移植モデルにおけるドナー細胞の生着を​​決定するために、定量的リアルタイムPCRを用いて

Murine bone marrow transplantation models provide an important tool in measuring hematopoietic stem cell (HSC) functions and determining genes/molecules ...

Cerebrospinal Fluid MicroRNA Profiling Using Quantitative Real Time PCR

定量リアルタイムPCRを用いて脳脊髄液マイクロRNAプロファイリング

MicroRNAs (miRNAs) constitute a potent layer of gene regulation by guiding RISC to target sites located on mRNAs and, consequently, by modulating their ...

Real-time Cytotoxicity Assays in Human Whole Blood

ヒト全血でのリアルタイム細胞毒性アッセイ

A live cell-based whole blood cytotoxicity assay (WCA) that allows access to temporal information of the overall cell cytotoxicity is developed with ...