Name: microrna detection in prostate tumors by quantitative real-time pcr (qpcr)
Uploaded: 2012-05-16T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR qPCR at JoVE.com

Bu çalışma Kanada Kanser Topluluğu Araştırma Enstitüsü tarafından finanse edildi, hiçbir vermek. 019.038.

<html> 1. Prostat Örnek Toplama <ol><li> Prostatektomi zamanda prostat örnekleri toplamak. Numune anatomik noktalar kullanılarak yönlendirilmelidir edilir. Prostat ve seminal veziküllerin aşağıdaki gibi boyanmıştır: sağ tarafında yeşil, sol tarafında mavi. </li><li> Prostatın rastgele enine midsection, rektal yüzeyine dik alınan sıvı nitrojen içinde dondurulmuş ve -80 ° C 9 saklanır. </li><li> Örneklerin banked dilimleri, (, arka, ön sağ ve sol) odaklı, fotokopi quadrisected vard?...

<ol>
	<li>Reinhart, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+in+plants.">MicroRNAs in plants.</a> Genes Dev. 16, 1616-1616 (2002).</li><li>Xu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Drosophila+microRNA+Mir-14+suppresses+cell+death+and+is+required+for+normal+fat+metabolism.">The Drosophila microRNA Mir-14 suppresses cell death and is required for normal fat metabolism.</a> Curr. Biol. 13, 790 (2003).</li><li>Bueno, M. J., Perez, d. e. C. a. s. t. r. o., I, ., Malumbres, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+cell+proliferation+pathways+by+microRNAs.">Control of cell proliferation pathways by microRNAs.</a> Cell Cycle. 7, 3143-3143 (2008).</li><li>Friedman, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Most+mammalian+mRNAs+are+conserved+targets+of+microRNAs.">Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs.</a> Genome Res. 19, 92 (2009).</li><li>Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs:+genomics,+biogenesis,+mechanism,+and+function.">MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function.</a> Cell. 116, 281-281 (2004).</li><li>Croce, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Causes+and+consequences+of+microRNA+dysregulation+in+cancer.">Causes and consequences of microRNA dysregulation in cancer.</a> Nat. Rev. Genet. 10, 704 (2009).</li><li>Coppola, V., De, M. R., Bonci, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+and+prostate+cancer.">MicroRNAs and prostate cancer.</a> Endocr. Relat. Cancer. 17, 1-1 (2010).</li><li>Gordanpour, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miR-221+Is+down-regulated+in+TMPRSS2:ERG+fusion-positive+prostate+cancer.">miR-221 Is down-regulated in TMPRSS2:ERG fusion-positive prostate cancer.</a> Anticancer Res. 31, 403-403 (2011).</li><li>Nam, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+the+TMPRSS2:ERG+fusion+gene+predicts+cancer+recurrence+after+surgery+for+localised+prostate+cancer.">Expression of the TMPRSS2:ERG fusion gene predicts cancer recurrence after surgery for localised prostate cancer.</a> Br. J. Cancer. 97, 1690 (2007).</li><li>Ambs, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+profiling+of+microRNA+and+messenger+RNA+reveals+deregulated+microRNA+expression+in+prostate+cancer.">Genomic profiling of microRNA and messenger RNA reveals deregulated microRNA expression in prostate cancer.</a> Cancer Res. 68, 6162 (2008).</li><li>Liu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microRNA+miR-34a+inhibits+prostate+cancer+stem+cells+and+metastasis+by+directly+repressing+CD44.">The microRNA miR-34a inhibits prostate cancer stem cells and metastasis by directly repressing CD44.</a> Nat. Med. 17, 211 (2011).</li></ol>

Bazı miRNA&#39;lar anormal ifadeler, sürekli normal doku 10, ve bu miRNA&#39;lar bazı prostat kanserine karşı 11 potansiyel yeni terapötik maddeler olarak adlandırılmış olan ile karşılaştırıldığında prostat tümörleri bulunmuştur. Dolayısıyla miRNA anormal ekspresyon düzeyleri yararlı tanısal ve / veya prognostik biyolojik olabilir. Burada sunulan Real-Time qPCR metodolojisi prostat tümör dokusunda miRNA düzeylerinin tayini için daha kesin bir ölçüm sağlar. Kullanı...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td></tr><tr><td> TRIzol Reaktif </td><td> Invitrogen </td><td> 15596 </td></tr><tr><td> miScript Ters Transkripsiyon Kiti </td><td> Qiagen </td><td> 218061 </td></tr><tr><td> miScript Astar Tahliller </td><td> Qiagen </td><td> Belirli Deney </td></tr><tr><td> miScript SYBR Green PCR Kiti </td><td> Qiagen </td><td> 218073 </td></tr><tr><td> LightCycler 3.5 Real-Time PCR Sistemi </td><td> Roche </td><td></td></tr><tr><td> Işık Cycler kılcal </td><td> Roche </td><td> 04929292001 </td></tr><tr><td> NanoDrop 1000 spektrofotometre </td><td> Thermo Scientific </td><td> 2538 </td></tr><tr><td> Agilent 2100 Bioanalyzer </td><td> G2943CA </td><td></td></tr></tbody></table>

microrna detection in prostate tumors by quantitative real-time pcr (qpcr)

MicroRNA (miRNA&#39;lar) tek iplikçikli, 18-24 nükleotid uzunluğunda, kodlamayan RNA molekülleri vardır. Onlar geliştirme 1, 2 apoptoz ve hücre döngüsü regülasyon 3 olmak üzere hemen her türlü hücresel işlemi katılmaktadırlar. MiRNA&#39;lar hedef haberci RNA (mRNA) 5 bağlanarak 4 insan genlerinin% 90% 30 ifadesi düzenleyen tahmin edilmektedir. MiRNA&#39;lar yaygın düzensizliği çeşitli hastalıklar ve kanser alt 6 rapor edilmiştir. Yaygınlığı ve benzersiz yapısı sayesinde, bu küçük moleküllerin biyolojik, tedavi ajanları ve / veya hedeflerin nesil olması muhtemeldir. MiRNA ifade araştırmak için kullanılan yöntemler SYBR yeşil Ben boya dayalı olarak Taqman-prob tabanlı qPCR içerir. MiRNA&#39;lar etkili bir klinik uygulamada kullanılacak olursa, taze ve / veya muhafaza klinik örneklerde bunların algılama, tekrar üretilebilir ve sp olması şarttırecific. qPCR yaygın tür mikroarray çalışmaları 7 gibi tüm genom analizlerinde miRNA&#39;lar ifade doğrulamak için kullanılmıştır. Bu protokolde kullanılan örnekleri klinik lokalize prostat kanseri için radikal prostatektomi yapılan hastaların oldukları gözlenirken, diğer doku ve hücre hatları ek dondurulmuş rezeksiyon sonrası sıvı azot vardı Prostat numuneler in ikame edilebilir. Klinik değişkenler ve her hasta için izlem bilgileri 8 sonraki analiz için toplandı. Prostat tümörü örneklerinde miRNA düzeylerinin belirlenmesi. Tümörlerin qPCR analizinde temel adımları şunlardır: miRNA-spesifik primerler kullanılarak total RNA ekstraksiyonu, cDNA sentezi ve qPCR ürünlerinin tespiti. MRNA, miRNA ve diğer küçük RNA içerir RNA, TRIzol reaktif kullanılarak örneklerden çıkarıldı. Qiagen Kullanıcı miScript Sistemi cDNA sentez ve qPCR (Şekil 1) gerçekleştirmek için kullanılmıştır. Endojen miRNA&#39;lar po değildirTers transkripsiyon işlemi sırasında bu nedenle, lyadenylated, bir poli (A) polimeraz miRNA polyadenylates. MiRNA oligo-dT ve Reverse Transcriptase kullanılarak cDNA sentezi için bir şablon olarak kullanılmıştır. Oligo-dT primerlerin 5 &#39;ucunda bir evrensel bir etiket dizisi PCR adımda cDNA&#39;sının çoğaltılmasında kolaylaştırır. PCR ürünü amplifikasyon SYBR Green, çift sarmallı DNA&#39;ya intercalates bir boya tarafından yayılan floresan düzeyi tespit edilir. Evrensel etiketi dizisi bağlanan bir Universal Astar ile birlikte Özgül miRNA astar, özel miRNA dizileri yükseltmek olacaktır. MiScript Primer Tahliller binin üzerinde insana özgü miRNA&#39;lar ve fare özgü miRNA&#39;lar yüzlerce mevcuttur. Nispi miktar yöntemi miRNA&#39;lar ifadesi ölçmek için kullanılmıştır. Farklı örnekleri arasında değişkenlik düzeltmek için, bir hedef miRNA ifade seviyelerini bir referans genin ekspresyon düzeyleri normalize edilir. Bir GE seçimine analiz Göreceli ölçüm yöntemi kritik hedeflerinin ifade normalleştirmek için olduğu açıktır. Genellikle bu kapasite kullanılan referans gen örnekleri bunlar stabil en örnekleri üzerinden ifade edilmesi olarak kabul edildiğinden, küçük RNA RNU6B, RNU44 ve RNU48 vardır. Bu protokolde, RNU6B referans gen olarak kullanılır.

Watch this Scientific Journal Video about MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR qPCR at JoVE.com

MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR qPCR

Kantitatif Real Time PCR (qPCR) tümör örneklerinde çeşitli mikroRNA ifade seviyeleri (miRNA) molekülleri araştırmak için hızlı ve duyarlı bir yöntemdir. Farklı miRNA moleküller yüzlerce bu yöntem ifadesi kullanılarak, amplifiye miktarı, ve aynı cDNA şablon ile analiz edilebilir.

Kantitatif Gerçek-zamanlı PCR (qPCR) tarafından Prostat tümörlerinde mikroRNA Algılama

MicroRNAs (miRNAs) are single-stranded, 18&#x2013;24 nucleotide long, non-coding RNA molecules. They are involved in virtually every cellular process ...

Research

JoVE Journal

Medicine

MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR (qPCR)

Multispectral Real-time Fluorescence Imaging for Intraoperative Detection of the Sentinel Lymph Node in Gynecologic Oncology

Jinekolojik Onkoloji Sentinel lenf nodu intraoperatif Algılama için Multispektral Gerçek zamanlı Floresans Görüntüleme

The prognosis in virtually all solid tumors depends on the presence or absence of lymph node metastases.1-3 Surgical treatment most often combines radical ...

A Real-time Electrical Impedance Based Technique to Measure Invasion of Endothelial Cell Monolayer by Cancer Cells

Kanser Hücreleri Endotel Hücre Tek tabakalı Invasion Tedbir Gerçek zamanlı Elektrik Empedans Tabanlı Tekniği

Metastatic dissemination of malignant cells requires degradation of basement membrane, attachment of tumor cells to vascular endothelium, retraction of ...

Evaluation of Nanoparticle Uptake in Tumors in Real Time Using Intravital Imaging

Intravital Görüntüleme Gerçek Zamanlı tümörler Nanopartikül Alımı Değerlendirme

Current technologies for tumor imaging, such as ultrasound, MRI, PET and CT, are unable to yield high-resolution images for the assessment of nanoparticle ...

Detection and Genogrouping of Noroviruses from Children's Stools By Taqman One-step RT-PCR

Taqman By Çocuk Tabureler gelen Noroviruses tespiti ve Genogrouping Tek aşamalı RT-PCR

Noroviruses (NoVs) are the leading cause of outbreaks of sporadic acute gastroenteritis worldwide in humans of all ages. They are important cause of ...

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

Kantitatif İmmünofloresan kullanarak Tümörler Protein İfade heterojenite Haritalama

Morphologic heterogeneity within an individual tumor is well-recognized by histopathologists in surgical practice. While this often takes the form of ...

Identification of Sleeping Beauty Transposon Insertions in Solid Tumors using Linker-mediated PCR

Identification of Sleeping Beauty Transposon Insertions in Solid Tumors using Linker-mediated PCR

Tanımlanması<em&gt; Sleeping Beauty</emLinker-aracılı PCR kullanarak Solid Tümörlerde&gt; Transposon Eklemeler

Genomic, proteomic, transcriptomic, and epigenomic analyses of human tumors indicate that there are thousands of anomalies within each cancer genome ...

Movement Retraining using Real-time Feedback of Performance

Hareket Performans Gerçek zamanlı geri bildirim ile yeniden eğitimi

Any modification of movement - especially movement patterns that have been honed over a number of years - requires re-organization of the neuromuscular ...

Using Quantitative Real-time PCR to Determine Donor Cell Engraftment in a Competitive Murine Bone Marrow Transplantation Model

Rekabetçi bir mürin Kemik İliği Transplantasyon Modelinde Donör Hücre Aşı belirleme Kantitatif Gerçek-zamanlı PCR kullanarak

Murine bone marrow transplantation models provide an important tool in measuring hematopoietic stem cell (HSC) functions and determining genes/molecules ...

Cerebrospinal Fluid MicroRNA Profiling Using Quantitative Real Time PCR

Kantitatif Real Time PCR kullanarak Beyin Omurilik Sıvısı MicroRNA Profil

MicroRNAs (miRNAs) constitute a potent layer of gene regulation by guiding RISC to target sites located on mRNAs and, consequently, by modulating their ...

Real-time Cytotoxicity Assays in Human Whole Blood

İnsan Tüm Kan gerçek zamanlı sitotoksisite deneyleri

A live cell-based whole blood cytotoxicity assay (WCA) that allows access to temporal information of the overall cell cytotoxicity is developed with ...