Name: spectral karyotyping to study chromosome abnormalities in humans and mice with polycystic kidney disease
Uploaded: 2012-02-03T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Spectral Karyotyping to Study Chromosome Abnormalities in Humans and Mice with Polycystic Kidney Disease at JoVE.com

Yazarlar, teknik yardım için Brian Muntean&#39;ın Shao Lo, Maki Takahashi ve Blair Mell teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma NIH (DK080640) ve The University of Toledo &amp; ProMedica Dr. Surya Nauli Translasyonel Araştırma Uyarım Ödülü ödül tarafından desteklenmiştir.

1. Hücre Tedavi öncesi ve metafaz hazırlığı <ol><li> % 70-80 konfluense ulaşıncaya kadar hücrelerin,, Dulbecco% 5 CO 2 kuvöz ile% 10-15, 37 fetal sığır serumu (FBS) ve% 1 penisilin / streptomisin ° C içeren Eagle Orta (DMEM) Modifikasyonunda yetiştirilmektedir. </li><li> , At 0,05 ug / 30-60 min için ml &#39;, colcemid bir çözüm ile birlikte hücreleri Treat. </li><li> ,,, 50-ml steril bir-falcon centrifuge tüpler in herhangi bir kayan bir hücreleri ihtiva eden medium Collect. ,, Steri...

<ol>
	<li>Caspersson, T., Farber, S., Foley, G. E., Kudynowski, J., Modest, E. J., Simonsson, E., Wagh, U., Zech, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+differentiation+along+metaphase+chromosomes.">Chemical differentiation along metaphase chromosomes.</a> Experimental Cell Research. 49, 219-222 (1968).</li><li>Seabright, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+banding+technique+for+human+chromosomes.">A rapid banding technique for human chromosomes.</a> Lancet. 2, 971-972 (1971).</li><li>Padilla-Nash, H. M., Barenboim-Stapleton, L., Difilippantonio, M. J., Ried, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spectral+karyotyping+analysis+of+human+and+mouse+chromosomes.">Spectral karyotyping analysis of human and mouse chromosomes.</a> Nature Protocols. 1, 3129-3142 (2006).</li><li>Schrock, E., Zschieschang, P., O'Brien, P., Helmrich, A., Hardt, T., Matthaei, A., Stout-Weider, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spectral+karyotyping+of+human,+mouse,+rat+and+ape+chromosomes--applications+for+genetic+diagnostics+and+research.">Spectral karyotyping of human, mouse, rat and ape chromosomes--applications for genetic diagnostics and research.</a> Cytogenetic and Genome Research. 114, 199-221 (2006).</li><li>Padilla-Nash, H. M., Heselmeyer-Haddad, K., Wangsa, D., Zhang, H., Ghadimi, B. M., Macville, M., Augustus, M., Schrock, E., Hilgenfeld, E., Ried, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Jumping+translocations+are+common+in+solid+tumor+cell+lines+and+result+in+recurrent+fusions+of+whole+chromosome+arms.">Jumping translocations are common in solid tumor cell lines and result in recurrent fusions of whole chromosome arms.</a> Genes, Chromosomes &#38; Cancer. 30, 349-363 (2001).</li><li>Veldman, T., Vignon, C., Schrock, E., Rowley, J. D., Ried, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hidden+chromosome+abnormalities+in+haematological+malignancies+detected+by+multicolour+spectral+karyotyping.">Hidden chromosome abnormalities in haematological malignancies detected by multicolour spectral karyotyping.</a> Nature Genetics. 15, 406-410 (1997).</li><li>Karpf, A. R., Matsui, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+disruption+of+cytosine+DNA+methyltransferase+enzymes+induces+chromosomal+instability+in+human+cancer+cells.">Genetic disruption of cytosine DNA methyltransferase enzymes induces chromosomal instability in human cancer cells.</a> Cancer Research. 65, 8635-8639 (2005).</li><li>Matsui, S., Faitar, S. L., Rossi, M. R., Cowell, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+spectral+karyotyping+to+the+analysis+of+the+human+chromosome+complement+of+interspecies+somatic+cell+hybrids.">Application of spectral karyotyping to the analysis of the human chromosome complement of interspecies somatic cell hybrids.</a> Cancer Genetics and Cytogenetics. 142, 30-35 (2003).</li><li>Nestor, A. L., Hollopeter, S. L., Matsui, S. I., Allison, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+model+for+genetic+complementation+controlling+the+chromosomal+abnormalities+and+loss+of+heterozygosity+formation+in+cancer.">A model for genetic complementation controlling the chromosomal abnormalities and loss of heterozygosity formation in cancer.</a> Cytogenetic and Genome Research. 116, 235-247 (2007).</li><li>Ried, T., Liyanage, M., du Manoir, S., Heselmeyer, K., Auer, K., Macville, M., Schrock, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor+cytogenetics+revisited:+comparative+genomic+hybridization+and+spectral+karyotyping.">Tumor cytogenetics revisited: comparative genomic hybridization and spectral karyotyping.</a> Journal of Molecular Medicine (Berlin, Germany). 75, 801-814 (1997).</li><li>AbouAlaiwi, W. A., Takahashi, M., Mell, B. R., Jones, T. J., Ratnam, S., Kolb, R. J., Nauli, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliary+polycystin-2+is+a+mechanosensitive+calcium+channel+involved+in+nitric+oxide+signaling+cascades.">Ciliary polycystin-2 is a mechanosensitive calcium channel involved in nitric oxide signaling cascades.</a> Circulation Research. 104, 860-869 (2009).</li><li>Nauli, S. M., Alenghat, F. J., Luo, Y., Williams, E., Vassilev, P., Li, X., Elia, A. E., Lu, W., Brown, E. M., Quinn, S. J., Ingber, D. E., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polycystins+1+and+2+mediate+mechanosensation+in+the+primary+cilium+of+kidney+cells.">Polycystins 1 and 2 mediate mechanosensation in the primary cilium of kidney cells.</a> Nature Genetics. 33, 129-137 (2003).</li><li>Nauli, S. M., Kawanabe, Y., Kaminski, J. J., Pearce, W. J., Ingber, D. E., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endothelial+cilia+are+fluid+shear+sensors+that+regulate+calcium+signaling+and+nitric+oxide+production+through+polycystin-1.">Endothelial cilia are fluid shear sensors that regulate calcium signaling and nitric oxide production through polycystin-1.</a> Circulation. 117, 1161-1171 (2008).</li><li>AbouAlaiwi, W. A., Ratnam, S., Booth, R. L., Shah, J. V., Nauli, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endothelial+cells+from+humans+and+mice+with+polycystic+kidney+disease+are+characterized+by+polyploidy+and+chromosome+segregation+defects+through+survivin+down-regulation.">Endothelial cells from humans and mice with polycystic kidney disease are characterized by polyploidy and chromosome segregation defects through survivin down-regulation.</a> Human Molecular Genetics. 20, 354-367 (2011).</li><li>Padilla-Nash, H. M., Nash, W. G., Padilla, G. M., Roberson, K. M., Robertson, C. N., Macville, M., Schrock, E., Ried, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+cytogenetic+analysis+of+the+bladder+carcinoma+cell+line+BK-10+by+spectral+karyotyping.">Molecular cytogenetic analysis of the bladder carcinoma cell line BK-10 by spectral karyotyping.</a> Genes, Chromosomes &#38; Cancer. 25, 53-59 (1999).</li></ol>

Tayfsal Karyotipik (SKY), genomik ve kromozomal kompozisyonlar incelenmesinde kullanılan bir sitogenetik tekniktir. Bu teknik kromozom boyayan problar yararlanır ve bu problar tespiti bir sagnac interferometre yoluyla elde edilir. Tam SKY süreç genellikle bir hafta sürer ve birkaç önemli adımları içermektedir (Şekil 1). SKY ilk Padilla-Nash ve ark. 3 tarafından tanımlanan standart bir protokol kullanır. Protokolü bu yana ülkemiz de dahil olmak üzere çeşitli sitogen...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> DMEM </td><td> Cellgro Mediatech Inc. </td><td> 10-013-CV </td><td></td></tr><tr><td> Fetal bovine serum (FBS) </td><td> Hyclone </td><td> SH30088-03 </td><td></td></tr><tr><td> Penecillin / Streptomisin </td><td> Thermo Scientific </td><td> SV30010 </td><td></td></tr><tr><td> Colcemid </td><td> Roche Diagnostics </td><td> 10 295 892 001 </td><td> 10 ug / ml &#39;&#39; </td></tr><tr><td> HCl </td><td> Fisher Scientific </td><td> A144-500 </td><td></td></tr><tr><td> KCl </td><td> Fisher Scientific </td><td> S77375-1 </td><td></td></tr><tr><td> Fosfat tamponlu salin </td><td> Thermo Scientific </td><td> : SH30256-01 </td><td></td></tr> &lt;tr&gt; <td> SKY boya prob kiti (İnsan) </td><td> Uygulamalı Spektral Görüntüleme </td><td> SKY000028 </td><td></td></tr><tr><td> SKY boya prob kiti (Fare) </td><td> Uygulamalı Spektral Görüntüleme </td><td> SKY000030 </td><td></td></tr><tr><td> Konsantre antikor tespit kiti </td><td> Uygulamalı Spektral Görüntüleme </td><td> SKY000033 </td><td></td></tr><tr><td> Tripsin </td><td> Thermo Scientific </td><td> SH30236.01 </td><td></td></tr><tr><td> Metanol </td><td> Fisher Scientific </td><td> A433P-4 </td><td></td></tr><tr><td> Asetik asit </td><td> Fisher Scientific </td><td> A38-212 </td><td></td></tr><tr><td> RNaz A </td><td> Roche Diagnostics </td><td> 10 109 169 001 </td><td></td></tr><tr><td> Pepsin </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P6887-5G </td><td></td></tr><tr><td> MgCl 2 </td><td> Fluka </td><td> 63069-500ML- </td><td></td></tr><tr><td> 37% Formaldehit </td><td> Mallinckrodt Baker </td><td> 2106-02 </td><td></td></tr><tr><td> 20X SSC </td><td> Promega </td><td> V4261 </td><td></td></tr><tr><td> Formamid </td><td> Fluka </td><td> 47671 </td><td> kullanmadan önce sadece hazırlamak </td></tr><tr><td> Tween-20 </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP337-500 </td><td></td></tr><tr><td> Mikroskop cam slaytlar </td><td> Fisher Scientific </td><td> 12-549 </td><td></td></tr><tr><td> Mikroskop kapağı cam 24x60mm </td><td> VWR Vista Vision </td><td> 16004-312 </td><td></td></tr><tr><td> Kauçuk tutkalı </td><td> Elmer (yerel perakende mağazası) </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Hibridizasyon / humidifiedchamber / Tepsi </td><td> Simport </td><td> M920-2 </td><td> altındaki ıslak kağıt havlu koymak </td></tr><tr><td> Thermocycler </td><td> Eppendorf </td><td> Epgradient S </td><td></td></tr><tr><td> Platformu Çalkalama / Orbital çalkalayıcı </td><td> Bellco Biyoteknoloji </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Çalkalama / su banyosu </td><td> Hassas Bilimsel </td><td></td><td></td></tr><tr><td> DAPI filtre küp </td><td> Krom Teknoloji </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Sky filtre küp </td><td> Krom Teknoloji </td><td></td><td></td></tr><tr><td> SpectraCube </td><td> Uygulamalı Spektral Görüntüleme </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Ters hücre kültürü mikroskobu </td><td> Nikon </td><td> Nikon Eclipse TS100 </td><td></td></tr><tr><td> Fluorescence mikroskop </td><td> Olympus </td><td> IX70 </td><td> 60X yağ </td></tr></tbody></table>

spectral karyotyping to study chromosome abnormalities in humans and mice with polycystic kidney disease

Bilgileri kimliğinizi saptamak ve bireysel chromosomes sınıflandırmak için Konvansiyonel bir yöntemini,,,, 1, 2, ediliyor analiz, bir belirli bir türlerin in her biri chromosome of de benzersiz bir bir bantlama bir pattern on bağlıdır. Bu klasik bantlama tekniği Ancak, kanseri ile ilişkili gibi kompleks kromozomal sapmaları belirlenmesinde güvenilir değildir. , Bantlama tekniği sınırlamaları aşmak için, Tayfsal Karyotipik (SKY) kromozom anomalileri kadar güvenilir bilgi sağlamak amacıyla getirilmiştir. SKY bir çok renkli floresans in-situ hibridizasyon (FISH) tekniği ile metafaz kromozom spektral mikroskop 3, 4 algılamak için. SKY geniş bir alanda çok sayıda genetik hastalıklar ve maligniteler 5, 6 ile ilişkili kromozom anomalileri sitogenetik analiz için değerli bir araç olduğu kanıtlanmıştır. SKY, dejenere oligonucle hazırlanan çok renkli floresan işaretli DNA probları kullanımını gerektirirPCR ile otide primerler. Böylece her kromozom farklı floresan boyalar (rodamin, Texas Kırmızı, Cy5, FITC ve Cy5.5) oluşan bir karışım ile etiketlenir probları, in-situ hibridizasyon sonra benzersiz bir spektral renk vardır. SKY için kullanılan sondalar 7-10 55 kromozom spesifik problar oluşur. , SKY için yordamı,, birkaç adımları uygulayın (Şekil 1,.) Içerir. SKY yüksek mitotik indeks ile normal ya da hastalıklı doku ya da kan hücrelerinin durumu gerektirir. Taze izole edilen primer hücre veya bir hücre satır ya tek bir hücrenin kromozomlarının bir cam slayt yayılır. Bu kromozom yayılması, her bir kromozom için özel floresan boyalar farklı bir kombinasyonu ile etiketlenmiştir. Sensör algılama ve görüntü alımı için, spektral görüntüleme sistemi sagnac interferometre ve bir CCD kamera oluşur. Bu örnek yayılan görünür ışık spektrumunun ölçümünü sağlar fro spektral görüntü elde etmek içinm bireysel kromozomlar. HiSKY, çekilen fotoğrafların sonuçları analiz etmek için kullanılan yazılım, kromozom anomalilerinin kolay bir kimlik sağlar. Sonuçta bir metafaz ve karyotip sınıflandırma görüntü, kromozomların her bir çifti ayrı bir renk (Şekil 2) sahip olduğu bir. Bu kromozom kimlikler ve translokasyonların kolaylıkla saptanabilmektedir. Daha fazla bilgi için lütfen Uygulamalı Spektral Görüntüleme web sitesi (ziyaret <a href="http://www.spectral-imaging.com/" target="_blank">http://www.spectral-imaging.com/</a> ). SKY son zamanlarda kromozom ayrımı kusurlar ve kromozom anomalileri Otozomal Dominant Polikistik Böbrek Hastalığı (bireylerinde),, birincil siliya 11-13 disfonksiyon ile karakterize genetik bir hastalık olan insanlar ve fareler üzerinde yapılan bir tanımlama kullanıldı. Bu tekniği kullanarak, biz, bireylerinde hasta ve fare modelleri 14 anormal kromozom segregasyon kromozomal anomali ve varlığını göstermiştir. SKY kullanarak daha fazla analizler bize kromozom sayısı ve kimliğini belirlemek için değil, aynı zamanda doğru gibi, kromozom delesyonlarına ve translokasyonlar (Şekil 2) gibi çok karmaşık kromozomal sapmaları tespit etmek için izin verilmez.

Watch this Scientific Journal Video about Spectral Karyotyping to Study Chromosome Abnormalities in Humans and Mice with Polycystic Kidney Disease at JoVE.com

Spectral Karyotyping to Study Chromosome Abnormalities in Humans and Mice with Polycystic Kidney Disease

Spektral Karyotipik (SKY), genomik ve kromozomal sapmaları belirlemek için gelişmiş bir sitogenetik bir yöntemdir. Bu teknik, bütün kromozomlar sınıflamasına izin verir, kromozom boyayan problar yararlanır. SKY da polikistik böbrek hastalığı dahil olmak üzere çeşitli hastalıklar, farelerde ve insanlarda kompleks kromozom anomalileri ve ayrımcılığın kusurları tespit edebilir.

Polikistik Böbrek Hastalığı Olan İnsanlar ve Fareler kromozom anomalileri Eğitim Spektral Karyotipik

Conventional method to identify and classify individual chromosomes depends on the unique banding pattern of each chromosome in a specific species being ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Orthotopic Aortic Transplantation in Mice for the Study of Vascular Disease

Damar Hastalığı Çalışmaları Farelerde Ortotopik Aort Nakli

Vascular procedures involving anastomoses in the mouse are generally thought to be difficult and highly dependent on the skill of the individual surgeon. ...

5/6th Nephrectomy in Combination with High Salt Diet and Nitric Oxide Synthase Inhibition to Induce Chronic Kidney Disease in the Lewis Rat

Yüksek Tuz Diyet ve Lewis Rat Kronik Böbrek Hastalığı tetikleyebilecek Nitrik Oksit Sentaz inhibisyonu ile bağlantılı 5/6th nefrektomi

Chronic kidney disease (CKD) is a global problem. Slowing CKD progression is a major health priority. Since CKD is characterized by complex derangements ...

Assessment of Vascular Function in Patients With Chronic Kidney Disease

Kronik Böbrek Hastalarında Vasküler Fonksiyon Değerlendirilmesi

Patients with chronic kidney disease (CKD) have significantly increased risk of cardiovascular disease (CVD) compared to the general population, and this ...

A Possible Zebrafish Model of Polycystic Kidney Disease: Knockdown of wnt5a Causes Cysts in Zebrafish Kidneys

A Possible Zebrafish Model of Polycystic Kidney Disease: Knockdown of wnt5a Causes Cysts in Zebrafish Kidneys

Polikistik Böbrek Hastalığı Olası Zebra balığı Modeli: demonte<em&gt; Wnt5a</em&gt; Zebra balığı Böbrekler Kistler Nedenler

Polycystic kidney disease (PKD) is one of the most common causes of end-stage kidney disease, a devastating disease for which there is no cure. The ...

Adapting Human Videofluoroscopic Swallow Study Methods to Detect and Characterize Dysphagia in Murine Disease Models

İnsan Videofloroskopik Kırlangıç ​​Eğitim Yöntemleri uyarlanması Algılama ve Mürin Hastalık Modelleri disfajiyi Characterize

This study adapted human videofluoroscopic swallowing study (VFSS) methods for use with murine disease models for the purpose of facilitating ...

Using Adeno-associated Virus as a Tool to Study Retinal Barriers in Disease

Aracı Olarak Adeno-ilişkili virüs kullanarak Hastalığında Retina Engelleri Eğitim için

M&#252;ller cells are the principal glial cells of the retina. Their end-feet form the limits of the retina at the outer and inner limiting membranes ...

Use of Ultra-high Field MRI in Small Rodent Models of Polycystic Kidney Disease for In Vivo Phenotyping and Drug Monitoring

Use of Ultra-high Field MRI in Small Rodent Models of Polycystic Kidney Disease for In Vivo Phenotyping and Drug Monitoring

Için Polikistik Böbrek Hastalığında Küçük Kemirgen modelleri Ultra yüksek Saha MRI Kullanımı<em&gt; In Vivo</em&gt; Fenotiplendirme ve İlaç İzleme

Several in vivo pre-clinical studies in Polycystic Kidney Disease (PKD) utilize orthologous rodent models to identify and study the genetic and molecular ...

Surgical Models of Gastroesophageal Reflux with Mice

Fare ile Gastroözofageal Reflü Cerrahi Modelleri

Multiple surgical procedures have been reported to induce gastroesophageal reflux in animals. Herein, we report three surgical models with mice aiming to ...

Symmetric Bihemispheric Postmortem Brain Cutting to Study Healthy and Pathological Brain Conditions in Humans

İnsanlardaki Sağlıklı ve Patolojik Beyin Koşulları Eğitim için Kesme Simetrik Bihemispheric Postmortem Beyin

Neuropathologists, at times, feel intimidated by the amount of knowledge needed to generate definitive diagnoses for complex neuropsychiatric phenomena ...

A Model to Simulate Clinically Relevant Hypoxia in Humans

Bir Model İnsanlarda klinik İlgili ününüz Benzet

In case of apnea, arterial partial pressure of oxygen (pO2) decreases, while partial pressure of carbon dioxide (pCO2) increases. To avoid damage to ...