Name: isolation and genome analysis of single virions using 'single virus genomics'
Uploaded: 2013-05-26T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics' at JoVE.com

ونود أن نشكر كين نيلسون لبصيرته والمشورة في جميع مراحل عملية إعداد المخطوطة.

1. إعداد معلقات الفيروسية قبل عزل virions واحدة عن طريق التدفق الخلوي، وإعداد معلقات الفيروسية غير المثبتة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عزل الجزيئات الفيروسية باستخدام البروتوكولات المعمول بها سابقا والتأكد م?...

<ol>
	<li>Raghunathan, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+DNA+amplification+from+a+single+bacterium.">Genomic DNA amplification from a single bacterium.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71, 3342-337 (2005).</li><li>Lasken, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+genomic+sequencing+using+Multiple+Displacement+Amplification.">Single-cell genomic sequencing using Multiple Displacement Amplification.</a> Curr. Opin. Microbiol. 10, 510-516 (2007).</li><li>Ishoey, T., Woyke, T., Stepanauskas, R., Novotny, M., Lasken, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+sequencing+of+single+microbial+cells+from+environmental+samples.">Genomic sequencing of single microbial cells from environmental samples.</a> Curr. Opin. Microbiol. 11, 198-204 (2008).</li><li>Edwards, R. A., Rohwer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viral+metagenomics.">Viral metagenomics.</a> Nature Reviews Microbiology. 3, 504-510 (2005).</li><li>Rohwer, F., Prangishvili, D., Lindell, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Roles+of+viruses+in+the+environment.">Roles of viruses in the environment.</a> Environ. Microbiol. 11, 2771-2774 (2009).</li><li>Williamson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Sorcerer+II+Global+Ocean+Sampling+Expedition:+metagenomic+characterization+of+viruses+within+aquatic+microbial+samples.">The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: metagenomic characterization of viruses within aquatic microbial samples.</a> PLoS ONE. 3, e1456 (2008).</li><li>John, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+and+efficient+method+for+concentration+of+ocean+viruses+by+chemical+flocculation.">A simple and efficient method for concentration of ocean viruses by chemical flocculation.</a> Environ. Microbiol. Rep. 3, 195-202 (2011).</li><li>Noble, R., Fuhrman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+SYBR+Green+I+for+rapid+epifluorescence+counts+of+marine+viruses+and+bacteria.">Use of SYBR Green I for rapid epifluorescence counts of marine viruses and bacteria.</a> Aquat Microb Ecol. 14, 113-118 (1998).</li><li>Hara, S., Terauchi, K., Koike, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Abundance+of+viruses+in+marine+waters:+assessment+by+epifluorescence+and+transmission+electron+microscopy.">Abundance of viruses in marine waters: assessment by epifluorescence and transmission electron microscopy.</a> Appl. Environ. Microbiol. 57, 2731-2734 (1991).</li><li>Hennes, K. P., Suttle, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+counts+of+viruses+in+natural+waters+and+laboratory+cultures+by+epifluorescence+microscopy.">Direct counts of viruses in natural waters and laboratory cultures by epifluorescence microscopy.</a> Limnol. Oceanogr. 40, 1050-1055 (1995).</li><li>Marie, D., Brussaard, C. P. D., Thyrhaug, R., Bratbak, G., Vaulot, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enumeration+of+marine+viruses+in+culture+and+natural+samples+by+flow+cytometry.">Enumeration of marine viruses in culture and natural samples by flow cytometry.</a> Appl. Environ. Microbiol. 65, (1999).</li><li>Brussaard, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enumeration+of+bacteriophages+using+flow+cytometry.">Enumeration of bacteriophages using flow cytometry.</a> Methods Mol. Biol. 501, 97-111 (2009).</li><li>Allen, L. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+Virus+Genomics:+A+New+Tool+for+Virus+Discovery.">Single Virus Genomics: A New Tool for Virus Discovery.</a> Plos One. 6, (2011).</li><li>Hutchison, C. A., Smith, H. O., Pfannkoch, C., Venter, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell-free+cloning+using+phi+29+DNA+polymerase.">Cell-free cloning using phi 29 DNA polymerase.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102, 17332-17336 (2005).</li></ol>

يجب اتخاذ عدد من العوامل الهامة في الاعتبار عند تطبيق النهج SVG. التنميط الجيني، كما تم تنفيذ خلال إثبات صحة مفهوم التجربة 13، ليس خيارا صالحا للعزلة البيئية أو غير معروف كما الاشعال الحفظ غير متوفرة في جميع الفئات الفيروسية. أيضا، يتم الإبلاغ خلفية توليف الحمض ا?...

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Material Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalogue Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1X TE buffer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12090-015</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffer-saturated Phenol</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15513-039</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GenomiPhi HY kit</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>25-6600-22</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycoblue</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>AM9516</td>
			<td>15 mg/ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LMP agarose</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>16520100</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTFE microscope slide</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>63430-04</td>
			<td>24 well, 4 mm Diameter</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SybrGreen</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>S7585</td>
			<td>10,000X</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&beta;-agarase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0392S</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

isolation and genome analysis of single virions using 'single virus genomics'

كامل الجينوم التضخيم وتسلسل الخلايا الميكروبية واحدة تمكن توصيف الجيني من دون الحاجة إلى زراعة 1-3. الفيروسات، والتي هي في كل مكان والكيانات الأكثر عددا على كوكبنا 4 وهامة في جميع البيئات 5، لم يتم الكشف عنها عن طريق نهج مماثلة. نحن هنا وصف نهج لعزل وتوصيف العوامل الوراثية من virions واحد يسمى &quot;علم الجينوم فيروس واحد &#39;(SVG). SVG تستخدم التدفق الخلوي لعزل الفيروسات الفردية والتضخيم كله الجينوم للحصول على ارتفاع الوزن الجزيئي الحمض النووي الجيني (gDNA) التي يمكن استخدامها في التفاعلات التسلسل اللاحقة.

Watch this Scientific Journal Video about Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics' at JoVE.com

Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics'

علم الجينوم فيروس واحد (SVG) هو وسيلة لعزل وتضخيم الجينوم من virons واحد. يتم تصنيف معلقات الفيروسية من تجمع مختلط باستخدام التدفق الخلوي على شريحة المجهر مع آبار منفصلة تحتوي على الاغاروز، وبالتالي الاستيلاء على الفيريون والحد من قص الجينوم أثناء التجهيز النهائي. ويتم تحقيق كامل الجينوم التضخيم متعددة باستخدام التضخيم التشرد (MDA) مما أدى إلى المواد الجينية التي هي مناسبة لتسلسل.

العزلة وتحليل الجينوم Virions واحدة باستخدام &#39;جينوم فيروس واحد&#39;

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells enables genomic characterization without the need of cultivation 1-3. Viruses, which ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

RNAi Screening for Host Factors Involved in Vaccinia Virus Infection using Drosophila Cells

RNAi Screening for Host Factors Involved in Vaccinia Virus Infection using Drosophila Cells

فحوص للكشف عن العوامل رني المضيفة المعنية في الوقس عدوى فيروس باستخدام ذبابة الفاكهة خلايا

Viral pathogens represent a significant public health threat; not only can viruses cause natural epidemics of human disease, but their potential use in ...

Separation of Single-stranded DNA, Double-stranded DNA and RNA from an Environmental Viral Community Using Hydroxyapatite Chromatography

فصل واحدة الذين تقطعت بهم السبل الحمض النووي ، والحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل ، والحمض النووي الريبي من جالية الفيروسية البيئة باستخدام الكروماتوغرافيا هيدروكسيباتيت

Viruses, particularly bacteriophages (phages), are the most numerous biological entities on Earth1,2.  Viruses modulate host cell abundance and diversity, ...

Single-cell Analysis of Bacillus subtilis Biofilms Using Fluorescence Microscopy and Flow Cytometry

Single-cell Analysis of Bacillus subtilis Biofilms Using Fluorescence Microscopy and Flow Cytometry

وحيد الخلية تحليل<emالعصوية الرقيقة> الأغشية الحيوية باستخدام المجهر الإسفار والتدفق الخلوي

Biofilm formation is a general attribute to almost all bacteria 1-6. When bacteria form biofilms, cells are encased in extracellular matrix that is mostly ...

Visualizing Protein-DNA Interactions in Live Bacterial Cells Using Photoactivated Single-molecule Tracking

تصور التفاعلات الحمض النووي البروتين في الخلايا البكتيرية عن طريق لايف Photoactivated تتبع جزيء واحدة

Protein-DNA interactions are at the heart of many fundamental cellular processes. For example, DNA replication, transcription, repair, and chromosome ...

Preparation of Single-cell Suspensions for Cytofluorimetric Analysis from Different Mouse Skin Regions

إعداد وحيدة الخلية تعليق لتحليل Cytofluorimetric من المناطق الجلد ماوس مختلفة

The skin is a barrier organ that interacts with the external environment. Being continuously exposed to potential microbial invasion, the dermis and ...

Neutrophil Isolation and Analysis to Determine their Role in Lymphoma Cell Sensitivity to Therapeutic Agents

عزل وتحليل العدلة لتحديد ما دورها في الغدد اللمفاوية حساسية الخلية وكلاء العلاجية

Neutrophils are the most abundant (40% to 75%) type of white blood cells and among the first inflammatory cells to migrate towards the site of ...

Highly Multiplexed, Super-resolution Imaging of T Cells Using madSTORM

عالية متعددة، والتصوير فائقة الدقة من الخلايا T باستخدام مادستورم

Imaging heterogeneous cellular structures using single molecule localization microscopy has been hindered by inadequate localization precision and ...

Single-cell Quantitation of mRNA and Surface Protein Expression in Simian Immunodeficiency Virus-infected CD4+ T Cells Isolated from Rhesus macaques

Single-cell Quantitation of mRNA and Surface Protein Expression in Simian Immunodeficiency Virus-infected CD4+ T Cells Isolated from Rhesus macaques

كوانتيتيشن خلية واحدة مرناً و "سطح التعبير البروتين" في خلايا CD4 المصابين "فيروس نقص المناعة القردي"+ "تي الخلايا المعزولة" من macaques ريسوس

Single-cell analysis is an important tool for dissecting heterogeneous populations of cells. The identification and isolation of rare cells can be ...

Single-cell Analysis of Immunophenotype and Cytokine Production in Peripheral Whole Blood via Mass Cytometry

تحليل خلية واحدة من إيمونوفينوتيبي وإنتاج سيتوكين في الدم كله الطرفية عبر الخلوي الشامل

Cytokines play a pivotal role in the pathogenesis of autoimmune diseases. Hence, the measurement of cytokine levels has been the focus of multiple studies ...

Isolation of Single Intracellular Bacterial Communities Generated from a Murine Model of Urinary Tract Infection for Downstream Single-cell Analysis

عزل واحد المجتمعات البكتيرية داخل الخلايا التي تم إنشاؤها من نموذج موريني لعدوى المسالك البولية لتحليل خلية واحدة أسفل المجرى

In this article, we outline a procedure used to isolate individual intracellular bacterial communities from a mouse that has been experimentally infected ...